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Submitted by Fernando Nicolau Mendonça (engcartfernando@gmail.com) on 2019-09-23T19:22:21Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao-Fernando.pdf: 1984353 bytes, checksum: 097945a6d8ebddcd2089e6ea36fba7ad (MD5) Approved for entry into archive by Maria Lucia Martins Frederico null (mlucia@fca.unesp.br) on 2019-09-23T19:37:53Z (GMT) No. of bitstreams: 1 mendonca_fn_me_botfca.pdf: 1984353 bytes, checksum: 097945a6d8ebddcd2089e6ea36fba7ad (MD5) Made available in DSpace on 2019-09-23T19:37:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 mendonca_fn_me_botfca.pdf: 1984353 bytes, checksum: 097945a6d8ebddcd2089e6ea36fba7ad (MD5) Previous issue date: 2019-07-29 A aerofotogrametria com Veículo Aéreo Não Tripulado (VANT), tem se tornado uma grande fonte de informações em diversas áreas da atividade econômica mundial, entre elas a agricultura de precisão. O Brasil, destacando-se como o maior produtor mundial de cana-de-açúcar, apresenta nesse segmento um grande mercado consumidor de geoinformação, sobretudo no que diz respeito a mapas de plantio da lavoura para orientação de piloto automático. Esta dissertação parte da hipótese de que um determinado produtor rural necessita mapear as linhas de plantio de sua lavoura e, para isso, pretende valer-se de técnicas de aerofotogrametria com VANT. Portanto, a metodologia mais eficiente deve ser aplicada visando à redução dos custos operacionais para viabilizar o investimento. Foram mapeados três talhões em diferentes estágios de desenvolvimento da lavoura, 40, 80 e 110 cm de altura, e cada um desses talhões foi sobrevoado com três alturas de voo, 70, 110 e 150 metros. Ao final deste experimento concluiu-se que quanto maior a altura de voo, menor é o custo computacional para obtenção da ortofoto e menor é a resolução do produto, o que ocasiona dificuldades na identificação das linhas de plantio. Conclui-se que nos estágios iniciais de desenvolvimento a cultura deve-se utilizar um GSD de no máximo 5cm/pixel para observar-se o contraste entra as plantas e o solo. Já para estágios mais avançados, com a lavoura entre 80 e 110 centímetros os GSD de 6,5 cm/pixel entregaram produtos aptos a identificação das linhas de plantio.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-10-19Bitstream added on 2014-06-13T20:46:47Z : No. of bitstreams: 1 mendonca_ff_dr_botib.pdf: 1283042 bytes, checksum: 8a80c771f6e7095e9d6a43bb354b173b (MD5) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) Os tubarões representam atualmente um importante recurso para a pesca mundial. No entanto, a falta de informações básicas tais como características populacionais, definições taxonômicas precisas e avaliações dos volumes capturados têm favorecido a contínua e intensiva exploração de espécies e populações que já podem estar apresentando declínios em níveis críticos para a manuntenção da sustentabilidade. Pertencente à família Carcharhinidae, o gênero Rhizoprionodon é constituído por sete espécies de tubarões de pequeno porte distribuídas em praticamente todos os mares e devido seus hábitos associados às regiões costeiras, frequentemente representam uma grande parcela dos volumes desembarcados. Destas espécies, três apresentam-se distribuídas no Atlântico Ocidental (R. terraenovae, R. porosus e R. lalandii) com ocorrências desde o Norte dos EUA até a América do Sul, onde a pesca tem sido intensa, principalmente no Brasil. No presente estudo, utilizando marcadores moleculares do DNA mitocondrial, foram analisadas as estruturas populacionais das espécies R. porosus e R. lalandii, desde o Mar do Caribe até a região sul do Brasil, foi buscada a distinção espécie-específica entre R. terraenovae e R. porosus e foram desenvolvidos protocolos de identificação forense para espécies de tubarões amplamente explorados pela pesca na costa brasileira. Na análise utilizando sequencias da região controladora do mtDNA de amostras de R. porosus foram encontrados 53 halótipos com forte estruturação populacional (FST=0.271, P

Submitted by Ingrid Vasconcellos Bunholi (ingrid.bunholi@unesp.br) on 2020-09-22T14:15:28Z No. of bitstreams: 1 PG_Zoologia_Dissertação_Ingrid_Bunholi_Repositorio.pdf: 1374566 bytes, checksum: 5bb0c20fb382d339e5bca5586ce3a6da (MD5) Approved for entry into archive by ROSANGELA APARECIDA LOBO null (rosangelalobo@btu.unesp.br) on 2020-09-22T14:31:10Z (GMT) No. of bitstreams: 1 bunholi_iv_me_bot.pdf: 1374566 bytes, checksum: 5bb0c20fb382d339e5bca5586ce3a6da (MD5) Made available in DSpace on 2020-09-22T14:31:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 bunholi_iv_me_bot.pdf: 1374566 bytes, checksum: 5bb0c20fb382d339e5bca5586ce3a6da (MD5) Previous issue date: 2020-07-23 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) Recursos pesqueiros compreendem importantes fontes econômicas e são essenciais em muitas regiões, porém, seu acesso não regulamentado e insustentável pode ocasionar acentuados declínios populacionais em muitas espécies. O cação-anjo Squatina guggenheim é um tubarão costeiro e endêmico do Atlântico Sudoeste e um dos principais alvos da pesca incidental. Em decorrência disso, esses tubarões apresentam fortes sinais de declínio populacional e estão atualmente classificados como “Em Perigo” na Lista Vermelha de Espécies Ameaçadas da International Union for Conservation of Nature (IUCN). A partir desse cenário, este estudo teve como objetivo avaliar os níveis de diversidade genética, estrutura populacional e aspectos demográficos de S. guggenheim no Atlântico Sudoeste, utilizando marcadores moleculares mitocondriais: Região Controle (RC), Citocromo B (CytB), Citocromo c oxidase subunidade I (COI) e o marcador molecular nuclear: internal transcribed spacer 2 (its-2). Detectamos altos índices de diversidade genética para os marcadores mitocondriais concatenados em 122 amostras (hRC+COI+CytB = 0.838; πRC+COI+CytB = 0.0017) e uma significativa estruturação populacional para os mesmos marcadores (ɸST RC+COI+CytB = 0.2992, p=0.001), enquanto o marcador nuclear demonstrou ausência de estruturação. A maior divergência genética foi observada entre as populações Sudeste do Brasil (SEBR) e Sul do Atlântico Sudoeste (SASO). As análises filogenéticas apresentam a presença de duas linhagens matrilineares simpátricas para a espécie, que divergiram 1,26 milhões de anos atrás (Mia) durante o Pleistoceno. Sinais de expansão demográfica leve foram detectadas no mesmo período geológico para ambas as populações, porém ocorridas em eventos glaciais-interglaciais diferentes. Essas descobertas refletem uma alta fragilidade desta espécie ameaçada de tubarão frente aos impactos da pesca local e fornecem informações relevantes para a elaboração de planos de conservação eficazes para preservar seu potencial evolutivo, principalmente nas regiões mais frágeis. Fishery resources are essential economic sources and a profitable activity in many regions however its unregulated and unsustainable access can provide major population declines for many species. The angel shark Squatina guggenheim is a coastal and endemic shark from the southwestern Atlantic Ocean and has been the main victims of bycatch fishing. As a result, this shark set out high signs of population decline and is currently listed as “Endangered” by the International Union for Conservation of Nature (IUCN). In this view, the present study aimed to investigate the levels of genetic diversity, population structure and demographic aspects of S. guggenheim in the Southwest Atlantic using three mitochondrial DNA (mtDNA) molecular markers: mitochondrial control region (CR), Cytochrome b (CytB), Cytochrome c oxidase subunit I (COI) and one nuclear molecular marker: internal transcribed spacer 2 (its-2). We detected high mitochondrial genetic diversity in 122 samples for concatenated mtDNA markers hCR+COI+CytB = 0.838; πCR+COI+CytB = 0.0017 and significant population genetic structure (ɸST CR+COI+CytB = 0.2992, p=0.001), whereas no population structure was detected in the nuclear marker. The highest genetic divergence was observed between two populations: Southeast Brazil (SEBR) and South-Southwest Atlantic (SASO). Phylogenetics analyses show the presence of two sympatric matrilineal lineages, which diverged about 1.26 million years ago during the Pleistocene. Signs of smooth demographic expansion were also detected at the same geologic period for both populations but occurring during distinct glacial events. These findings reflect a high fragility for this endangered shark to local fishing impacts and provide relevant information for the elaboration of effective conservation plans to preserve its evolutionary potential mostly in the more fragile regions. CAPES: 8888720082620180 FAPESP: 2017/17605-3

Submitted by Bruno Lopes da Silva Ferrette (brunoferrette@gmail.com) on 2018-10-11T17:02:09Z No. of bitstreams: 1 TESE_ISTIOPHORUS_FINAL_UNESP.pdf: 2852740 bytes, checksum: d36d494f9d722d2db92fb817b783e223 (MD5) Approved for entry into archive by ROSANGELA APARECIDA LOBO null (rosangelalobo@btu.unesp.br) on 2018-10-16T12:51:53Z (GMT) No. of bitstreams: 1 ferrette_bls_dr_bot_par.pdf: 949220 bytes, checksum: c823f2bcb611595d383a1bf7e33de07d (MD5) Made available in DSpace on 2018-10-16T12:51:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ferrette_bls_dr_bot_par.pdf: 949220 bytes, checksum: c823f2bcb611595d383a1bf7e33de07d (MD5) Previous issue date: 2018-07-27 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) A atividade pesqueira desempenha um importante papel ambiental e socioeconômico, pois é fonte de renda e alimento para milhões de pessoas no mundo. Entretanto, falhas em sua gestão e lacunas nos dados biológicos para muitas espécies, tem resultado na sobreexplotação de seus estoques, o que pode impactar diversos ecossistemas marinhos. Neste contexto, os peixes-de-bico, grupo formado pelas famílias Xiphiidae e Istiophoridae, são considerados valiosos recursos pesqueiros, porém ainda não há consenso sobre o número e a validade das espécies da família Istiophoridae e também há incertezas sobre a avaliação atual de seus estoques. Sendo assim, o objetivo deste estudo é o de delimitar as espécies da família Istiophoridae e os estoques genéticos do agulhão-vela Istiophorus platypterus no Oceano Atlântico utilizando marcadores moleculares mitocondriais. Entre os resultados dos testes de delimitação de espécies, o número variou entre 6 e 12 táxons possíveis, dependendo do teste aplicado. Em relação a delimitação dos estoques genéticos de I. platypterus no Atlântico, assumindo-se apenas uma espécie no gênero Istiophorus, nossos resultados apontam a existência de alta diversidade genética, componde um único estoque genético no Atlântico (ΦST=0,01121, p=0,02438), apresentando um alto fluxo gênico. Porém, pela análise da rede de haplótipos e da inferência bayesiana observa-se a existência de diferentes linhagens mitocondriais simpátricas, que divergiram durante o Mioceno Superior e foram reaproximadas, interrompendo seu processo de especiação. Em tal contexto, o papel da genética é extremamente importante, pois a preservação destas linhagens é considerada crítica para a manutenção a longo prazo da atividade pesqueira sustentável. Os resultados deste estudo ainda mantêm a discussão sobre o status taxonômico dos peixes-de-bico, mas apresentam informações relevantes sobre a diversidade genética, estrutura genética populacional, conectividade e história demográfica de I. platypterus, apoiando o desenvolvimento de planos de gestão e manejo pesqueiros e a conservação da espécie no Oceano Atlântico. Fishing activity plays an important environmental and socio-economic role, as it is a source of income and food for millions of people worldwide. Although, shortcomings in management and gaps in biological data for many species resulted in the overexploitation of their stocks, which may impact several marine ecosystems. In this context, billfishes, a group compounded by the Xiphiidae and Istiophoridae families, are considered valuable fish resources, but there is still no consensus on the number and validity of the species of Istiophoridae family and there are also uncertainties about the current fisheries stocks assessments. Thus, the main objectives of this study are to delimit the species of the Istiophoridae family and the genetic stocks of the sailfish, Istiophorus platypterus, in the Atlantic Ocean using mitochondrial molecular markers. Among the species delimitation tests results, the number ranged from 6 to 12 possible taxa depending on the test applied. In order to determine the genetic stock of I. platypterus in the Atlantic Ocean, assuming only one species in the genus Istiophorus, our results point to the existence of high genetic diversity, comprising a single genetic stock in the Atlantic (ΦST = 0.01121, p = 0.02438), presenting a high gene flow. However, the analysis of the network of haplotypes and Bayesian inference shows the existence of different sympatric mitochondrial lines, which diverged during the Upper Miocene and were re-approximated, interrupting their speciation process. In this context, the role of Genetics is of great importance, as the preservation of these lineages is considered critical for the long-term maintenance of sustainable fishing activity. The results still maintain the discussion about the taxonomic status of billfishes, but display relevant information about the genetic diversity, genetic population structure, connectivity and demographic history of I. platypterus, supporting the development of management plans and conservation of the species in the Atlantic Ocean. BIOTA/FAPESP: 2011/23787-0

Submitted by Carolina de Oliveira Magalhães (carol17magalhaes@gmail.com) on 2018-09-21T15:17:51Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_CAROLINAMAGALHÃES_final.pdf: 1818254 bytes, checksum: b9239b005b8f3d845eb3db757d56dc23 (MD5) Approved for entry into archive by ROSANGELA APARECIDA LOBO null (rosangelalobo@btu.unesp.br) on 2018-09-24T19:56:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 magalhaes_co_me_bot_par.pdf: 1390143 bytes, checksum: 9cc396c6ece0087826396eadfe5aef40 (MD5) Made available in DSpace on 2018-09-24T19:56:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 magalhaes_co_me_bot_par.pdf: 1390143 bytes, checksum: 9cc396c6ece0087826396eadfe5aef40 (MD5) Previous issue date: 2018-07-27 Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) O tubarão mako, ou anequim-preto Isurus paucus, é uma espécie oceânica-pelágica que habita regiões tropicais e temperadas em todo mundo. Suas características biológicas, como fecundidade tardia e baixa taxa de natalidade, aliadas à forte pressão pesqueira, têm contribuído para o aumento de desequilíbrios em sua dinâmica populacional. Isurus paucus é comumente capturado por embarcações atuneiras e, no entanto, os registros disponíveis são esporádicos e mesmo sua distribuição geográfica completa ainda não está clara. Atualmente, I. paucus está classificada como “Vulnerável” na Lista Vermelha da União Internacional para a Conservação da Natureza e dos Recursos Naturais (IUCN), porém, há poucos estudos relacionados à sua biologia, dinâmica pesqueira, além da falta de dados relacionados ao status populacional da espécie. Assim, utilizando a região controladora do DNA mitocondrial, o presente estudo buscou caracterizar a variabilidade genética, sua distribuição e estrutura populacional na região equatorial do Oceano Atlântico. No presente estudo foram caracterizaram apenas 11 haplótipos com baixos índices de diversidade nucleotídica (π=0.00224 ± 0.00017) e moderada diversidade haplotípica (h=0.790 ± 0.020), além da ausência de estruturação populacional (ΦST= -0.02123), com alto fluxo gênico nas porções leste e oeste do Atlântico. Tais resultados contribuem para o conhecimento sobre esta espécie e contribuir no aperfeiçoamento de estratégias de manejo das pescas e conservação no Atlântico. The mako shark, or black angora Isurus paucus, is an oceanic-pelagic species that inhabits tropical and temperate regions around the world. Its biological characteristics, such as late fertility and low birth rate, coupled with strong fishing pressure, have contributed to the increase of imbalances in its population dynamics. Isurus paucus is commonly caught by tuna vessels and yet the records available are sporadic and even its full geographical distribution is still unclear. Currently, I. paucus is classified as "Vulnerable" in the IUCN Red List, but there are few studies related to its biology, fishing dynamics, and the lack of data related to the IUCN. population status of the species. Thus, using the mitochondrial DNA control region, the present study aimed to characterize the genetic variability, its distribution and population structure in the equatorial region of the Atlantic Ocean. In the present study, only 11 haplotypes with low levels of nucleotide diversity (π = 0.00224 ± 0.00017) and moderate haplotypic diversity (h = 0.790 ± 0.020) were characterized, as well as the absence of population structure (ΦST = -0.02123), with high gene flow in the eastern and western portions of the Atlantic. These results contribute to the knowledge about this species and contribute to the improvement of strategies for fisheries management and conservation in the Atlantic. 132163/2017-9

Submitted by JULIANA BELTRAMIN DE BIASI (jubbiasi@gmail.com) on 2018-09-21T21:41:08Z No. of bitstreams: 1 Tese_-Juliana-Beltramin-De-Biasi_FINAL.pdf: 1476738 bytes, checksum: 33b9188b4140ef9f9884ff60b466c05b (MD5) Approved for entry into archive by ROSANGELA APARECIDA LOBO null (rosangelalobo@btu.unesp.br) on 2018-09-25T16:10:32Z (GMT) No. of bitstreams: 1 biasi_jb_dr_bot_par.pdf: 925540 bytes, checksum: d7f64f52383d98e0a4866413df83e95e (MD5) Made available in DSpace on 2018-09-25T16:10:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 biasi_jb_dr_bot_par.pdf: 925540 bytes, checksum: d7f64f52383d98e0a4866413df83e95e (MD5) Previous issue date: 2018-07-26 Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) Tubarões são organismos amplamente reconhecidos como predadores de topo de cadeia e sua distribuição geográfica associada à capacidade migratória em diversas espécies, principalmente pelágicas, tornam as avaliações e monitorias de suas populações uma tarefa complexa. O tubarão-azul, Prionace glauca, é uma espécie globalmente distribuída e altamente migradora, classificado como “Quase Ameaçado” na Lista Vermelha de Espécies Ameaçadas da IUCN. No entanto, ao longo de sua história, P. glauca vem sendo frequentemente associado a capturas da pesca industrial e, seus registros recentes, apontam declínios relevantes em suas populações em algumas localidades. Dentre o conhecimento necessário para a gestão adequada e conservação de espécies amplamente exploradas, podemos ressaltar que as informações sobre a variabilidade genética e dinâmica populacional são de grande valia, principalmente quando se trata de uma espécie de elevada capacidade de dispersão. Assim, este estudo é o primeiro a caracterizar a biodiversidade molecular e a estrutura populacional desta espécie globalmente, a partir de 534 indivíduos provenientes de diferentes localidades nos oceanos Atlântico, Índico e Pacífico. Utilizando a região controle de DNA mitocondrial (CR), encontramos 43 haplótipos com diversidade Hd=0,778, diversidade de nucleotídeos de π=0,005 e índice de estrutura populacional global de ΦST=0,054 (P=0,0001). Estes resultados indicam que P. glauca está entre as espécies de tubarões com os maiores índices de variabilidade genética e um alto fluxo gênico entre todos os oceanos, com baixa delimitação geográfica e moderada estrutura populacional. Para fins de conservação e aplicação na gestão pesqueira, os índices de diversidade genética e o conhecimento da estruturação populacional, podem ser utilizados como parâmetro em avaliações periódicas, visando a manutenção e o auxílio na caracterização de áreas prioritárias para a espécie Sharks are organisms widely recognised as top-chain predators and their geographic distribution associated with migratory capacity in several species, mainly pelagic, make evaluations and monitoring of their populations a complex task. The blue shark (Prionace glauca) is a globally distributed and highly migratory species, classified as "Near Threatened" on the IUCN Red List of Threatened Species. However, throughout its history, P. glauca has been frequently associated with industrial fisheries catches, and its recent records indicate relative declines in their populations in some localities. Among the knowledge necessary for the proper management and conservation of widely exploited species, we can highlight the information about genetic variability and population dynamics are of great value, especially when it is a species of high dispersion capacity. Thus, this study is the first to characterise the molecular biodiversity and population structure of this species globally, from 534 individuals from different locations in the Atlantic, Indian and Pacific Oceans. Using the mitochondrial DNA control region (CR), we found 43 haplotypes with diversity Hd = 0.778, nucleotide diversity of π = 0.005 and a global population structure index of ΦST = 0.054 (P = 0.0001). These results indicate that P. glauca is among the species of sharks with the highest indexes of genetic variability and high gene flow among the oceans, with low geographic delimitation and moderate population structure. For purposes of conservation and application in fisheries management, the indexes of genetic diversity can be used as a parameter in periodic evaluations aiming their maintenance, and the knowledge of the population structure can help in the characterisation of priority areas for the species.

Submitted by MILLKE JASMINE ARMININI MORALES null (millke.jasmine@gmail.com) on 2016-12-28T01:56:17Z No. of bitstreams: 1 Tese_Millke_out2016.pdf: 1617534 bytes, checksum: 6dc57275243c5927af2876a010a7806e (MD5) Rejected by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo a orientação abaixo: O arquivo submetido está sem a ficha catalográfica. A versão submetida por você é considerada a versão final da dissertação/tese, portanto não poderá ocorrer qualquer alteração em seu conteúdo após a aprovação. Orientamos que seja indicado nos agradecimentos o número do processo de financiamento FAPESP. Corrija estas informações e realize uma nova submissão com o arquivo correto. Agradecemos a compreensão. on 2017-01-03T15:29:10Z (GMT) Submitted by MILLKE JASMINE ARMININI MORALES null (millke.jasmine@gmail.com) on 2017-02-14T16:29:34Z No. of bitstreams: 1 Tese_Millke_out2016.pdf: 1624373 bytes, checksum: 8ec6975f41563bfdba4ba57aea95dd0e (MD5) Approved for entry into archive by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br) on 2017-02-16T17:00:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 morales_mja_dr_bot_parc.pdf: 975862 bytes, checksum: 6a80bdfe1e1120647a32d8827ae83eac (MD5) Made available in DSpace on 2017-02-16T17:00:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 morales_mja_dr_bot_parc.pdf: 975862 bytes, checksum: 6a80bdfe1e1120647a32d8827ae83eac (MD5) Previous issue date: 2016-10-27 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) Populações de elasmobrânquios têm sofrido declínios severos nas últimas décadas devido à massiva pressão pesqueira. Com características de vida que tornam a espécie mais suscetível à pesca, o tubarão-raposa Alopias superciliosus está classificado atualmente como vulnerável na lista vermelha de espécies ameaçadas da IUCN. A espécie apresenta maturação sexual tardia e somente dois (raramente quatro) filhotes a cada gestação, que dura aproximadamente 12 meses. Estas características evidenciam a necessidade de sistemas de manejo pesqueiro adequados à estruturação populacional da espécie, que se apresenta como um instrumento fundamental para sua conservação. Com o advento de novas tecnologias atualmente é viável utilizar ferramentas moleculares para elucidar questões evolutivas e genético-populacionais em organismos não modelos, gerando informações que podem auxiliar na elaboração de planos de manejo. Tendo em vista à escassez de informações sobre a dinâmica populacional do tubarão-raposa, o presente estudo teve como objetivo o desenvolvimento e aplicação de marcadores moleculares em amostras de A. superciliosus provenientes de diferentes localidades dos oceanos Atlântico e Índico. Um total de 12 marcadores moleculares do tipo microssatélite, sendo 11 polimórficos e 1 monomórfico, foram identificados e, a partir desta identificação, primers espécie-específicos foram desenvolvidos e padronizados. Para acessar a diversidade genética e populacional de A. superciliosus foram genotipados quatro destes marcadores, além da realização do sequenciamento da região controle do DNA mitocondrial, em cerca de 200 amostras de tubarão-raposa coletados ao longo de todo o Oceano Atlântico e parte do Oceano Índico. Os índices de diversidade nucleotídica e haplotípica encontrados nas sequências do DNAmt foram baixos, sendo π=0.0012 ± 0.0009 e h=0.127 ± 0.030, respectivamente. Duas linhagens mitocondriais distintas foram identificadas, porém o DNAmt não demonstrou evidencias de ocorrência de estruturação populacional, com valores de ՓST negativos e não significativos. Já com a utilização de microssatélites foi possível identificar diferenciação genética entre algumas populações, com um FST global de 0,072 (p-valor < 0,001), sendo identificada uma estruturação forte entre as populações do centro-sudoeste do Atlântico e as demais populações, bem como uma moderada estruturação entre a população do sudeste desta bacia oceânica e os indivíduos coletados na parte centro-nordeste. Mesmo não sendo incomum em elasmobrânquios a identificação de baixos valores de diversidade genética entre populações, os resultados aqui obtidos evidenciaram valores que estão entre os mais baixos já registrados para elasmobrânquios. A complexa dinâmica populacional do tubarão-raposa identificada no presente estudo pode ser explicada devido a uma baixa variabilidade causada provavelmente pela ação de efeito fundador, migrações inter-oceânicas recentes e uma forte estruturação populacional no Atlântico sul. Neste contexto, dois clados distintos foram identificados, estando separados por um mínimo de 8 passos mutacionais, sendo que o clado menos frequente é composto por apenas cerca de 4% dos indivíduos analisados e encontrado somente no Atlântico leste. Fatores como indícios de endogamia, estruturação populacional evidenciada principalmente na região centro sudoeste do Oceano Atlântico e a identificação de um clado aparentemente raro e com distribuição limitada impõem a necessidade de maiores esforços nas estratégias de conservação, sobretudo na região leste do Oceano Atlântico, onde a diversidade genética ainda é menos reduzida. Elasmobranch populations have suffered severe declines during the last decades due to massive fisheries pressure. The bigeye thresher shark Alopias superciliosus is currently classified as vulnerable according to the IUCN Red List since its life characteristics make this fish prone to fisheries. This species shows late sexual maturity and only two (rarely four) young born per gestation, which lasts approximately 12 months. Due to the natural vulnerability of this shark, elaborating a fisheries management system adequate to the species population structure is fundamental to its conservation. New technologies enable the usage of molecular tools to answer evolutionary questions in non-model organisms. Considering the lack of information about the population genetics of this species, the aim of this study was to develop and apply molecular markers for samples of A. superciliosus from the Indian and Atlantic oceans. Species-specific primers have been developed and standardized from 12 microsatellite markers, being 11 polymorphic and one monomorphic. Four of these microsatellite markers were genotyped and the mitochondrial DNA control region was sequenced, for approximately 200 samples of bigeye thresher shark from the Atlantic Ocean and part of the Indian Ocean, to understand the population dynamics and the genetic diversity of this species. Low values of nucleotide and haplotype diversity were found in the mtDNA (π=0.0012 ± 0.0009 e h=0.127 ± 0.030, respectively). Although the mtDNA has not demonstrated a significant population structure (negative and non-significant values of ՓST) two distinct mitochondrial lineages were found. On the contrary, the microsatellite markers showed a significant population structure (FST = 0.072, p-value

Made available in DSpace on 2016-09-27T13:40:03Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-07-30. Added 1 bitstream(s) on 2016-09-27T13:45:14Z : No. of bitstreams: 1 000868604.pdf: 7511265 bytes, checksum: 93f9743b585a8a25ab439536efae28dd (MD5) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) Até poucas décadas atrás, a captura de tubarões era considerada apenas como incidental e sem efeitos significativos para as suas populações. No entanto, principalmente devido ao grande aumento no valor das nadadeiras e ao declínio das populações de peixes mais tradicionais para o consumo humano, os tubarões passaram a serem alvos das pescarias em praticamente todo o mundo. Destes, o tubarão galha-branca Carcharhinus longimanus apresenta fortes sinais de esgotamento populacional, estando listado atualmente como globalmente Vulnerável na Lista Vermelha de Espécies Ameaçadas da União Internacional para a Conservação da Natureza. Entre os parâmetros básicos para a definição de planos de conservação eficientes, a aquisição de conhecimentos sobre a estrutura genética populacional das espécies é um passo fundamental para o estabelecimento de políticas de conservação eficazes. Dessa maneira, considerando a urgente necessidade de ações para a preservação de diversas espécies de elasmobrânquios e o ainda o restrito conhecimento a respeito de sua biodiversidade e distribuição, sobretudo de seu ponto de vista molecular, este estudo teve como objetivo caracterizar a estrutura genética populacional do tubarão galha-branca Carcharhinus longimanus no Oceano Atlântico e em regiões do Oceano Índico, utilizando sequencias nucleotídicas da região controladora do DNA mitocondrial (D-loop). A partir de 215 espécimes de C. longimanus, foram obtidos 724 pares de bases analisáveis, identificando nove sítios polimórficos que resultaram em 12 haplótipos distintos. A diversidade nucleotídica total foi de π = 0.0013 e a diversidade haplotípica de h = 0.5953. Estes resultados mostram uma variabilidade genética ligeiramente abaixo da média observada entre outras espécies de tubarões pelágicos. A análise de variância molecular (AMOVA) evidenciou níveis moderados de estrutura populacional (FST = 0.1039, P

Made available in DSpace on 2016-06-07T17:12:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-26. Added 1 bitstream(s) on 2016-06-07T17:16:43Z : No. of bitstreams: 1 000866312.pdf: 1513735 bytes, checksum: ebc1a9c4c91be977c085b13a32f3b8b4 (MD5) Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) A crescente exploração pesqueira de diversas espécies de tubarões nas últimas décadas tem se tornado um assunto de preocupação internacional. Tal situação tem determinado a realização de levantamentos sobre o estado atual das populações, tornando urgente a disponibilização de informações que auxiliem no estabelecimento de planos de conservação. Dentre as espécies mais exploradas, o tubarão martelo Sphyrna zygaena está classificado mundialmente como Vulnerável, já tendo sido incluída na lista de restrições de comércio internacional da Comissão Internacional para o Comércio de Espécies Ameaçadas. Assim, dada a urgente necessidade da formulação de programas de controle sustentável da pesca, este estudo busca caracterizar a estrutura genética populacional da espécie S. zygaena no Oceano Atlântico utilizando marcadores moleculares do DNA mitocondrial. Neste trabalho apresentam-se os resultados sobre a estrutura genética populacional do tubarão-martelo, Sphyrna zygaena, utilizando sequências da região controladora do DNA mitocondrial de espécimes capturados em diversas regiões do Oceano Atlântico (191) e em pontos dos oceanos Índico (21) e Pacífico (39). A análise realizada em 733 nucleotídeos de 251 indivíduos resultou na identificação de nove haplótipos pela combinação de sete sítios polimórficos. Os índices de variabilidade genética da espécie, considerando a totalidade das amostras, foi de 0,00177 para diversidade nucleotídica e 0,519 para diversidade haplotípica. Na estimativa de diferenciação genética pelo método de Análise de Variância Molecular observa-se que há forte estruturação populacional (FST = 0.78149) e baixo fluxo gênico da espécie entre o Oceano Atlântico e a região do Indo-Pacífico, caracterizando estoques genéticos distintos. Entre os grupos amostrais do Atlântico, onde o maior número de amostras possibilitou análises em fina escala, não foram...

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-09-27Bitstream added on 2014-06-13T19:12:56Z : No. of bitstreams: 1 000749214.pdf: 1021607 bytes, checksum: d716daae1fd7be486189d76347e657ad (MD5) Até poucas décadas atrás, a pesca de tubarões era incidental e sem efeitos significativos para as suas populações. No entanto, devido ao grande aumento no valor de suas nadadeiras na Ásia e ao declínio das populações de peixes mais tradicionais para o consumo humano, os tubarões passaram a ser alvo de pescarias em quase todo o mundo, promovendo a inclusão de diversas espécies na lista de espécies ameaçadas de extinção. Entre os tubarões mais explorados, as espécies pelágicas apresentam uma maior complexidade na avaliação e monitoramento de suas populações devido à sua distribuição em vastas áreas geográficas. Destas, o tubarão mako, Isurus oxyrinchus, com ocorrência circunglobal, está entre as principais espécies que apresentam sinais de vulnerabilidade, com tendência ao esgotamento populacional e, no entanto, avaliações que viabilizem o manejo adequado da pesca ainda são inconsistentes. Estudos relacionados à estruturação genética populacional de peixes têm contribuído substancialmente para a elucidação de questões como a variabilidade genética, distribuição geográfica, padrões de migração, estoques reprodutivos, taxonomia, sistemática e eventos históricos. Tais aspectos são especialmente relevantes para o setor pesqueiro, fornecendo subsídios para o manejo e conservação dos estoques. Considerando a urgente necessidade de controle sustentável da pesca, dificultada principalmente pela falta de informações, este estudo buscou caracterizar a estrutura genética populacional da espécie I. oxyrinchus no Oceano Atlântico, utilizando sequências da região controladora do DNA mitocondrial (D-loop). Foram analisados 144 indivíduos e a análise de 729 pares de bases nucleotídicas desta região genômica permitiu a caracterização de 27 haplótipos, sendo que 18 destes haplótipos (67%) estão compartilhados por todas as regiões amostradas. Os resultados indicam a... Until a few decades ago, shark fishing was only incidental and had no significant effects on their populations. However, due to the large increase in the value of shark’s fins in Asia and the decline of more traditional fish populations for human consumption, sharks became target fishing around the world, promoting the inclusion of several species in the list of endangered species. Among the most exploited sharks, the pelagic species exhibit greater complexity in the assessment and monitoring of their populations due to their distribution in broad geographical areas. From these species, the mako shark, Isurus oxyrinchus, of global occurrence, is among the main species that show vulnerability signs, with a trend to deplete population, and however, evaluations that facilitate appropriate management of fisheries are still inconsistent. Studies related to genetic structure of fish populations have contributed substantially to the elucidation of issues such as genetic variability, geographical distribution, migration patterns, reproductive stocks, taxonomy, systematics, and historical events. These aspects are especially relevant to fisheries sector, providing subsidies for the management and conservation of fish stocks. Considering the urgent need for a sustainable control of fisheries, hampered mainly by the lack of information, this study aimed to characterize the population genetic structure of the shark I. oxyrinchus in the Atlantic Ocean, using sequences of mitochondrial DNA control region (D-loop). We analyzed 144 individuals and analysis of 729 nucleotide base pairs of this genomic region allowed the characterization of 27 haplotypes, with 18 of these haplotypes (67%) being shared by all regions sampled. The results indicate the occurrence of a moderate genetic variability (π = 0.004 and h = 0.791 ± 0.029), with high population structure between the northern and southern hemispheres (FST values: ...

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:02Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-07-31Bitstream added on 2014-06-13T20:33:36Z : No. of bitstreams: 1 morales_mja_me_botib.pdf: 825355 bytes, checksum: 4a475b18f35e03371b78505d759221e5 (MD5) Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) As populações de tubarões têm sofrido um acentuado declínio nas últimas décadas principalmente devido à pressão da pesca para provisão de alimento e à valorização das nadadeiras no mercado asiático. Como as espécies deste grupo se caracterizam por sua suscetibilidade aos efeitos da sobre-pesca, questões relacionadas ao status populacional são essenciais para o manejo correto dos estoques pesqueiros. Para a identificação destes estoques, ferramentas genéticas que acessam a variabilidade das espécies são eficientes e têm sido amplamente utilizadas. Considerando os fortes indícios de esgotamento populacional do tubarão-raposa Alopias superciliosus e a falta de informações que permitem viabilizar planos de conservação, o presente estudo buscou abordar questões relacionadas à dinâmica populacional da espécie no Oceano Atlântico utilizando a região controle do DNA mitocondrial como marcador molecular. Assim, 114 indivíduos de A. superciliosus foram analisados utilizando sequências nucleotídicas da região controle (D-loop) do DNA mitocondrial. Os 913 pares de bases analisáveis desta região do genoma permitiram a caracterização de apenas oito haplótipos em todas as amostras analisadas, sendo um único destes haplótipos compartilhado por 91,5% dos indivíduos. Os resultados indicam a ocorrência de uma baixa variabilidade genética (π = 0,00140 e h=0,152 ± 0,0046), a ausência de estruturação populacional (valores de FST e ΦST não significativos) e a caracterização de um único estoque pesqueiro na região abrangida pela amostragem no Oceano Atlântico. As análises também revelaram a existência de duas linhagens de DNAmt distintas, separadas por um mínimo de 9 mutações e com aproximadamente 1,2% de diferença genética, sendo uma delas composta por apenas 6 indivíduos, originando... Populations of several shark species have decreased in the last decades, especially because of the fishing pressure and Asian demand for their fins. Since this group is susceptible to overfishing due to its biological traits, studies regarding its populations distribution are necessary for the appropriate management of their fish stocks. Genetic tools addressing species variability are efficient and widely used to the identification of fisheries stocks. Considering the lack of information about A. superciliosus populations, the remarkable decline in the abundance of this species around the world, and the lack of information management and conservation strategies, the aim of this study was solve issues about the populational dynamic of the species in the Atlantic Ocean. Using mitochondrial DNA control region (D-loop) sequences with 913 bp from 114 individuals of Alopias superciliosus, only eight haplotypes were found, which just one was shared by 91.5% of the analyzed sharks. The results suggest a low genetic variability (π = 0.00140 and h=0.152 ± 0.0046), no populational structure (FST values and ΦST no significant), and the characterization of a single A. superciliosus stock in the Atlantic Ocean. In addition, it was found two distinct mtDNA lineages, separated by a minimum of nine mutational steps and about 1.2% genetic difference, one of which consists of only six individuals, resulting in five distinct haplotypes. Thus, this lineage showing rare haplotypes could be related to recent migration events from the Indian Ocean, which would have occurred right after the last glaciations, in warming periods at the region of the Benguela Upwelling. At the other hand, migration processes also can be happening nowadays, with intermittent transference of warm waters from the Indian Ocean to the South Atlantic region. Such events could be... (Complete abstract click electronic access below)