En el presente trabajo se realizó la caracterización cariológica y molecular de cuatro especies pertenecientes al género Proechimys, las cuales fueron colectadas en diferentes regiones de Colombia y posteriormente ubicadas en colonias en el Bioterio de Experimentación del Instituto Nacional de Salud-INS. El número estimado de especies varía según el criterio de diferentes autores lo cual reflejan la gran dificultad para establecer límites en Proechimys a sus taxones subordinados. En general, los caracteres morfológicos son la aproximación usual para evaluar las preguntas sistemáticas por la mayoría de mastozoólogos, pero ésto ha sido relativamente improductivo en Proechimys. Como consecuencia de las variaciones morfológicas presentadas en los individuos, varios autores se han centrado sobre este aspecto, buscando la manera más adecuada de establecer diferencias entre las especies y han recurrido a técnicas de tipo genético y molecular que permitan esclarecer la separación específica de los grupos. Para este trabajo la caracterización cariológica se llevó a cabo a partir de la técnica de cultivo de linfocitos de sangre periférica. La caracterización molecular se realizó a partir de un fragmento de 800 pares de bases del gen Citocromo B. Para la construcción de los árboles se utilizaron otras secuencias para Proechimys, disponibles en Genbank y se incluyeron secuencias suministradas, en calidad de préstamo, por el Doctor James Patton de la Universidad de California, Berkeley. Se confirmó, por medio de información cariológica y molecular, que los individuos de la colonia del INS pertenecen a cuatro especies diferentes las cuales fueron identificadas como: Proechimys chrysaeolus (departamento de Santander), P. sp. “Barinas” (departamento de Casanare), P. oconnelli (departamento de Casanare) y P. canicollis (departamento de La Guajira). Los tiempos de divergencia obtenidos para las especies (entre 2,89 MA y 5,92 MA) se aproximan al Mioceno, época en la cual se presume que Proechimys evolucionó en la Amazonia. Tres de las cuatro especies de este estudio son incluidas dentro de los grupos propuestos por Patton (1987): P. chrysaeolus, grupo trinitatus, P. canicollis, grupo canicollis (monotípico) y P. oconnelli, grupo semispinosus. La forma nominal P. sp. “Barinas” no es referida por este autor.