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Estudios recientes han sugerido la presencia de un aislado poblacional en la vereda de Runta en el departamento de Boyacá, por el hallazgo de enfermedades raras de herencia recesiva en un número mayor al esperado de pacientes. Esto indica la probabilidad de una tasa de consanguinidad aumentada en esta población. En el presente estudio se busca determinar los parámetros de endogamia mediante isonimia para analizar la estructura poblacional de esta vereda y ayudar a elucidar las causas de la aparición de estas enfermedades. Se establecerán 6 parámetros indicativos de estructura poblacional basados en los apellidos registrados de los habitantes de Runta. Se obtuvo un coeficiente de endogamia (θii) de 0.0083, un alfa de Fisher (α) de 30.0447 y unos estimativos A, B y C de 0.0379, 0.3413 y 0.4669, respectivamente. La mayoría de los individuos se encuentran agrupados en los apellidos más frecuentes de la población y los parámetros de isonimia en Runta son similares a aquellos de comunidades aisladas previamente descritas en la literatura. Estos resultados soportan la idea previa de que se está ante un aislado genético en una población muy cercana a la capital del departamento de Boyacá. [ABSTRACT FROM AUTHOR]