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Immunmarkierungen konnen an Zellkulturen, ganzen Organismen (z. B. Protozoen, Nematoden), kleinen Gewebestucken oder dunnen Gewebeschnitten (Kryostatschnitte, Vibratomschnitte) durchgefuhrt und dann direkt betrachtet werden (whole mount-Immunmarkierung). Oder sie werden danach fur die hoher auflosende licht- oder die elektronenmikroskopische Untersuchung fixiert, eingebettet und geschnitten (preembedding-Technik). Alternativ erfolgt die Immunmarkierung erst am Ende des Praparationsganges an Schnitten des Paraffin- oder Kunststoff-eingebetteten Materials (Schnittmarkierung oder postembedding-Technik). Jede Technik hat, je nach Objekt und Fragestellung, bestimmte Vor- und Nachteile und erfordert eigene Praparationsschritte.

Die Bindung von Antikorpern an Antigene in Zellen und Geweben kann durch verschiedene Techniken sichtbar gemacht werden. Welche Technik anzuwenden ist, um ein jeweils optimales Ergebnis zu erhalten, hangt von verschiedenen Parametern ab (zum Beispiel Praparationstechnik, Gewebe, Antigenkonzentration, Fragestellung etc.).

Falsch-positive Signale nach einer Immunmarkierung lassen sich durch sorgfaltige Kontrollen ausschliesen. Bei indirekten Methoden sollte zum Vergleich z. B. stets mindestens ein Praparat mitgefuhrt werden, bei dem in Praimmunserum oder nur in Sekundarantikorper inkubiert wird. Daruber hinaus kann das Antikorperserum gegen homologe und heterologe Antigene praadsorbiert werden. Aus einer Vielzahl von Grunden kann es zu einer zu schwachen oder unspezifischen Markierung kommen. Tissue-Prints sowie Dot-Spot-Verfahren helfen dabei, den Einfluss der Praparationsschritte und der Inkubationsbedingungen auf die Markierbarkeit der Antigene zu uberprufen. Haufige Fehlerquellen und mogliche Abhilfen sind tabellarisch zusammengefasst.

Zarte und weiche Gewebe, wie zum Beispiel Bluten oder tierische und menschliche Gewebeproben, lassen sich am besten als Kryostatschnitte (siehe Romeis, 18. Aufl., 2010) fur Tissue-Prints verwenden.

Die Tissue-Prints werden mit Coomassie-Blau gefarbt, um die Struktur des gedruckten Gewebes erkennen zu konnen.

Durch verschiedene Verfahren konnen die ubertragenen Molekule (z. B. Proteine und Nukleinsauren aber auch kleine, diffusible Molekule wie H2O2) und Enzymaktivitaten auf den Membranen sichtbar gemacht werden. Durch Vergleiche mit der Anatomie von Schnittpraparaten ist es moglich, sie mit hoher Sensitivitat zu identifizieren und zu lokalisieren.