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Foi investigado, no período de outubro de 1997 a outubro de 1998, a possível associação de Vibrio cholerae com o zooplâncton dos estuários dos rios Anil e Bacanga, em São Luis - MA, Brasil, a presença da forma viável, mas não cultivável de Vibrio cholerae O1 e a correlação entre pH, salinidade e temperatura da água com a sobrevivência da bactéria. Amostras de zooplâncton foram coletadas em dois pontos fixos em cada estuário. O método clássico de isolamento e imunofluorescência direta foram empregados na detecção da bactéria. Nas 52 amostras obtidas de zooplâncton houve predomínio de Copepodes. O cultivo permitiu a obtenção de 55 isolados de Vibrio cholerae não O1. Os sorogrupos O1 e O139 foram demonstrados, respectivamente em 37 (71,1%) e 17 (32,7%) na imunofluorescência. Formas viáveis, mas não cultiváveis de Vibrio cholerae O1 foram detectadas em 70,8% das amostras estudadas. Correlação significativa foi constatada entre salinidade e pH da água e isolamento de Vibrio cholerae. This study was carried from October 1997 to October 1998 with the purpose of investigating the link between the species Vibrio cholerae and zooplankton in the estuaries of rivers Anil and Bacanga in São Luis, Maranhão. Research of viable but non culturable forms of Vibrio cholerae O1, and analyze the correlation between pH values, salinity and water temperature with the presence of bacteria in zooplankton samples. The traditional method of cultivation and fluorescent antibody technique were applied to detect the bacteria. A total of 52 samples of zooplankton were collected. There was a predominance of Copepoda. The culture enabled 55 isolates of Vibrio cholerae non-O1. The serogroups O1 and O139 were identified in 37 (71.1%) and 17 (32.7%) samples respectively by the fluorescence. Viable but non culturable forms of Vibrio cholerae were detected in 70.8% of the samples studied. A significant correlation was established between salinity and the water's pH value and Vibrio cholerae.