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El chile (Capsicum annuum) es uno de los cultivos con mayor tradición en mesoamérica, ya que constituye un elemento básico dentro de la dieta de la población. Sin embargo, los rendimientos en México son bajos, debido en gran parte al ataque por agentes fitopatógenos, siendo Phytophthora capsici uno de los más importantes, ocasionando pérdidas entre 60-100% por la enfermedad conocida como marchitez del chile, junto con un complejo fúngico en el que recurrentemente se aíslan Rhizoctonia solani y Fusarium spp. Con la finalidad de detectar la presencia de P. capsici y prevenir daños por marchitez, se desarrolló una estrategia basada en PCR para el diagnóstico de esta enfermedad. Se emplearon iniciadores específicos para el gen que codifica para la cutinasa de P. capsici, obteniéndose amplificaciones específicas tanto en extracciones de DNA a partir de micelio, así como de plantas infectadas. Asímismo, se lograron determinar condiciones de amplificación específicas para diferenciar la presencia de P. capsici en plantas de chile en las que además se presentaron R. solani y Fusarium spp.

Colletotrichum gloeosporioides presenta una alta variabilidad morfológica, patogénica y genética, lo cual ha sido difícil de evaluar usando los métodos tradicionales. En los últimos años, las técnicas moleculares han facilitado la separación y caracterización genética. En este trabajo se evaluó la diversidad genética de 21cepas monospóricas de C. gloeosporioides provenientes de frutos de papaya de Veracruz, Chiapas y Campeche, México. Se utilizó la técnica molecular RAPD para caracterizar la variabilidad genética del hongo, para lo cual se extrajo el DNA de cada una de las cepas. Se usaron 18 oligonucleótidos decámeros de secuencias aleatorias, los cuales se hicieron reaccionar con el DNA de cada una de las cepas para determinar la variabilidad. Se obtuvieron en total 134 bandas polimórficas; el OPX-16 presentó el menor número de bandas que fue de 4, en contraste, el OPX-04 y el OPM-20 que presentaron 12, siendo el mayor número de bandas. Se obtuvo un dendrograma en el cual se observó la formación de dos grupos principales de cepas (A y B) ampliamente separados, con un valor de 100% de asociación entre los agrupamientos. En el grupo A se asociaron las cepas Ca2, Ca3 y Ca5, las cuales genéticamente presentan características completamente diferentes al resto de las cepas agrupadas en B. En general, se observó una tendencia de agrupamientos de acuerdo a su lugar de procedencia.