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A doença azul do algodoeiro é uma importante patologia do algodão do cerrado brasileiro, acarretando grandes perdas econômicas. Trata-se de uma virose transmitida pelo pulgão Aphis gossypii, de forma persistente e circulativa. Em um trabalho recente, Corrêa et al. obteve parte da seqüência genômica do vírus responsável pela doença azul no estado de Mato Grosso. A análise da seqüência indicou a presença de um Polerovirus (família Luteoviridae) associado à doença, recebendo o nome de Cotton leafrol dwarf virus (CLRDV). Este trabalho analisou a diversidade genética de diversos isolados virais utilizando a sequência do capsídeo do CLRDV de plantas oriundas do estado do Mato Grosso, São Paulo e Goiás, e de parte da polimerase e região intergênica de plantas oriundas do estado do Mato Grosso. Uma vez amplificadas as regiões nos genomas virais foram sequenciadas e as seqüências obtidas comparadas ao isolado de Mato Grosso originalmente descrito. Os resultados obtidos até o momento revelaram uma alta taxa de conservação entre todos os isolados analisados. Palavras-chave: doença azul do algodoeiro, CLRDV, diversidade genética, Cotton blue disease.