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26 results on '"de Mita, Stéphane"'

1. Impact of ploidy and pathogen life cycle on resistance durability

Author

Saubin, Méline, De Mita, Stéphane, Halkett, Fabien, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Université de Lorraine (UL)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and HALKETT, Fabien

Subjects
[SDV.GEN.GPO]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], [MATH.MATH-GM]Mathematics [math]/General Mathematics [math.GM], [SDV.SA.SF]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Silviculture, forestry, [SDV.GEN.GPO] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], [MATH.MATH-GM] Mathematics [math]/General Mathematics [math.GM], [SDV.EE.IEO] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, [SDV.SA.SF] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Silviculture, forestry, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

International audience

Published
2021

2. Joint inference of effective population size and genetic load from temporal population genomic data

Author

Pavinato, Vitor, De Mita, Stéphane, Marin, Jean-Michel, Navascués, Miguel, de Navascués, Miguel, Agricultural Sciences for sustainable Development - - AGRO2010 - ANR-10-LABX-0001 - LABX - VALID, Mediterranean Center for Environment and Biodiversity - - CeMEB2010 - ANR-10-LABX-0004 - LABX - VALID, Laboratoires d'excellence - Digital and Hardware Solutions and Modeling for the Environement and Life Sciences - - NUMEV2010 - ANR-10-LABX-0020 - LABX - VALID, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Université de Lorraine (UL)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut Montpelliérain Alexander Grothendieck (IMAG), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This project has received funding from the LabEx AGRO (convention ANR-10-LABX-0001-01), CEMEB (convention ANR-10-LABX-0004) and NUMEV (convention ANR-10-LABX-20), through the AAP Inter-LabEx (ABC Selection). This project has received funding from the European Union’s Horizon 2020 research and innovation programme under the Marie Sk lodowska-Curie grant agreement No 791695 (TimeAdapt). S. De Mita was funded by INRAE (Projet Innovant EFPA)., Wellcome Genome Campus, Cambridge, ANR-10-LABX-0001,AGRO,Agricultural Sciences for sustainable Development(2010), ANR-10-LABX-0004,CeMEB,Mediterranean Center for Environment and Biodiversity(2010), ANR-10-LABX-0020,NUMEV,Digital and Hardware Solutions and Modeling for the Environement and Life Sciences(2010), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
[SDV.GEN.GPO]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.GEN.GPO] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE]
Abstract

International audience; Most classical population genetic inference methods assume that genome wide genetic diversity is mostly influenced by neutral processes (commonly named as “demography”) while selective processes affecting few isolated loci. Thus, changes in allele frequencies through time for a large number of loci can be used to infer the amount of drift (i.e. the effective population size,Ne) and the presence of some selection is assumed to have a negligible impact on that estimate. Loci under selection can then be identified as the ywill present allele frequency changes larger or more often in the same direction, than expected under pure drift. In some cases these assumptions might not hold. If the action of selection is widespread along the genome or recurrent in time, the high proportion of loci affected by selection and hitch-hiking could significantly bias the estimates of effective population size. Removing outlier loci would not solve this problem because only loci with large effects will be detected but manyother loci under weaker selection (e.g. selection on polygenic characters) could be present. We propose to make population genetic inference using models that include both the neutral and adaptive processes on the genome scale. This will allow to estimate demographic and selection parameters taking into account their interaction. Because these models are difficult to address under a likelihood framework we recourse to approximate Bayesian computation via Random Forest (ABC-RF). ABC-RF uses simulations to generate a training data set from which RF can learn and make inferences from real data.

Published
2021

3. From population genomics to molecular approaches to identify and analyse the first avirulence gene in the poplar rust fungus Melampsora larici-populina

Author

Louet, Clémentine, Saubin, Méline, Persoons, Antoine, Andrieux, Axelle, Fabre, Bénédicte, Pétrowski, Jérémy, de Mita, Stéphane, Frey, Pascal, Duplessis, Sébastien, Halkett, Fabien, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Université de Lorraine (UL)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and HALKETT, Fabien

Subjects
[SDV.GEN.GPO]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.SA.SF]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Silviculture, forestry, [SDV.GEN.GPO] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.EE.IEO] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, [SDV.SA.SF] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Silviculture, forestry, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

International audience

Published
2020

4. Genomic and phenotypic divergence among heavy metal tolerant and sensitive isolates of the ericoid fungus Oidiodendron maius

Author

Daghino, Stefania, Murat, Claude, De Mita, Stéphane, Martino, Elena, Martin, Francis, Perotto, Silvia, Department of Life Sciences and Systems Biology [University of Turin], University of Turin, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Dipartimento di Scienze della Vita e Biologia dei Sistemi, and Università degli studi di Torino (UNITO)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2020

5. Evolutionary dynamics of virulence spread: effects of life cycle, genetic determinism and host resistance deployment

Author

Saubin, Méline, Louet, Clémentine, De Mita, Stéphane, Persoons, Antoine, Andrieux, Axelle, Pétrowski, Jérémy, Fabre, Bénédicte, Frey, Pascal, Halkett, Fabien, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), and HALKETT, Fabien

Subjects
[SDV.GEN.GPO]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], fungi, [SDV.BID.EVO] Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.GEN.GPO] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.EE.IEO] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

International audience; Melampsora larici-populina is a partially asexual basidiomycete fungus responsible for poplar rust, with its sexual stage on larch (Larix sp.) and its asexual stage on poplar (Populus sp.). Resistant 7 poplar cultivars were widely planted in northern France until a major resistance breakdown which occurred in 1994. This selective event lead to a rapid and complete shift in the pathogen population. Two independent mutations are responsible for the virulent recessive allele: a SNP and a deletion. Here we study the dynamics of virulence allele fixation both theoretically and empirically, by modeling virulence fixation in different evolutionary scenarios, and by tracing back the polymorphism evolution at the candidate locus before, during and after the resistance breakdown. The modeling part highlighted the interplay between the life cycle (host alternation or not) and the extent of resistance deployment on the probability and dynamics of fixation. Fluorescence ratio methods allowed us to successfully characterize genotypes of reference strains. This method will be applied to nearly 300 isolates collected from 1988 to 2016. By linking our model results and the observed polymorphism evolution in the studied populations, we will investigate whether the combined presence of the deletion and the mutation conferring virulence may have led to such a rapid and complete replacement of the pathogen population.

Published
2019

6. Genetic architecture of pathogenicity-associated traits in the poplar rust fungus, Melampsora larici-populina

Author

Maupetit, Agathe, Hayden, Katherine, Segura, Vincent, Larbat, Romain, de Mita, Stéphane, Frey, Pascal, Halkett, Fabien, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Royal Botanic Garden Edinburgh, Biologie intégrée pour la valorisation de la diversité des Arbres et de la Forêt (BioForA), Office National des Forêts (ONF)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire Agronomie et Environnement (LAE), and HALKETT, Fabien

Subjects
[SDV.GEN.GPO]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.SA.SF]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Silviculture, forestry, [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.BID.EVO] Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.GEN.GPO] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.EE.IEO] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, [SDV.SA.SF] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Silviculture, forestry, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

International audience

Published
2018

7. Evolutionary potential of aggressiveness related traits in the poplar rust fungus, Melampsora larici-populina

Author

Maupetit, Agathe, HAYDEN, Katherine, Frey, Pascal, De Mita, Stéphane, Halkett, Fabien, HALKETT, Fabien, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL)

Subjects
[SDV.GEN.GPO]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.SA.SF]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Silviculture, forestry, [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.BID.EVO] Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.GEN.GPO] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.EE.IEO] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, [SDV.SA.SF] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Silviculture, forestry, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

International audience

Published
2018

8. Conséquences génomiques de l’adaptation à l’hôte chez l’agent de la rouille du peuplier

Author

Maupetit, Agathe, Persoons, Antoine, Segura, Vincent, Coudoux, Thomas, Frey, Pascal, De Mita, Stéphane, Halkett, Fabien, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Norwich Research Park, Institut of Food Research, Unité de recherche Amélioration, Génétique et Physiologie Forestières (AGPF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ANR-13-BSV7- 0011 FUNFIT project, and ANR-12-ADAP-0009 GANDALF project

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract

National audience; La France est le premier pays producteur de peupliers en Europe et le deuxième pays du monde en termes de surfaces plantées (236 000 ha). Le principal agent pathogène en populiculture est le champignon phytopathogène Melampsora larici-populina, responsable de la rouille du peuplier. Dans l’intérêt de la production de bois de peuplier pour les filières énergétiques et industrielles, des variétés résistantes à cette maladie ont été sélectionnées et déployées au champ. Pendant des décennies, la sélection portait sur des variétés portant des résistances qualitatives. Celles-ci procurent à la plante une résistance totale aux isolats du champignon porteurs de l’allèle d’avirulence correspondant. Suite au déploiement à grande échelle de ces cultivars, l’évolution de la virulence du champignon a systématiquement conduit au contournement des résistances. Plusieurs événements de contournement de résistance chez M. larici-populina ont été observés dont les contournements des résistances qualitatives R2 (portée principalement par le cultivar 'Luisa-Avanzo') en 1986, R7 (portée par 'Beaupré') en 1994 et R8 (portée par 'Hoogvorst') en 1997. Nous nous intéressons en particulier au contournement de la résistance R7 ayant eu lieu en 1994 en Belgique et dans le nord de la France suite à des plantations massives du cultivar 'Beaupré' (R7). Des échantillonnages de M. larici-populina avant et après le contournement de la résistance R7 ont, entre autres, été effectués dans trois régions françaises. Des analyses de la structure des populations, de la séquence des génomes complets, ainsi que plusieurs caractères liés au pouvoir pathogène ont été réalisées sur quatre populations (une population échantillonnée avant contournement ; une échantillonnée au moment du contournement et quatre ans après ; enfin une population échantillonnée sur des peupliers sauvages ne portant pas de gène de résistance). L’impact du contournement de la résistance R7 sur ces populations a ainsi pu être décrit (Persoons et al. 2017). Une approche de scan génomique a permis d’identifier 20 régions du génome qui montrent des signatures potentielles de balayage sélectif. Par ailleurs, une étude d'association génétique pangénomique (genome-wide association study, GWAS) nous a permis d’identifier une région génomique fortement liée au phénotype virulent/avirulent 7, ce qui ouvre des perspectives pour l’identification du premier gène d’avirulence chez ce champignon.

Published
2017

9. When a plant pathogen runs down a river

Author

Frey, Pascal, Xhaard, Constance, Pernaci, Michaël, Becheler, Ronan, HAYDEN, Katherine, De Mita, Stéphane, Halkett, Fabien, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), PalmElit, Royal Botanic Garden Edinburgh, ANR-13-BSV7- 0011, FUNFIT project, ANR-12-ADAP-0009, GANDALF project, and ANR-11-BSV7-0007, Clonix project

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2017

10. Genome-wide QTL mapping of aggressiveness traits in the poplar rust fungus

Author

Pernaci, Michaël, Maupetit, Agathe, De Mita, Stéphane, Fabre, Bénédicte, Duplessis, S., Halkett, Fabien, Frey, Pascal, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Unité Expérimentale Forestière Lorraine (UEFL), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ANR-13-BSV7- 0011, FUNFIT project, ANR-12-ADAP-0009, GANDALF project, and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2017

11. Demographic and genomic consequences of a major selective event in the poplar rust

Author

Halkett, Fabien, Persoons, Antoine, Maupetit, Agathe, Duplessis, Sébastien, Frey, Pascal, de Mita, Stéphane, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), ANR-13-BSV7- 0011, FUNFIT project, ANR-12-ADAP-0009, GANDALF project, ANR-11-BSV7-0007, Clonix project, and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2017

12. The escalatory Red Queen: Population extinction and replacement following arms race dynamics in poplar rust

Author

Persoons, Antoine, HAYDEN, Katherine, Fabre, Bénédicte, Frey, Pascal, De Mita, Stéphane, Tellier, Aurélien, Halkett, Fabien, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Earlham Institute, Norwich Research Park, Ctr Life & Food Sci, Technische Universität Munchen - Université Technique de Munich [Munich, Allemagne] (TUM), French National Research Agency ANR-13-BSV7-0011, ANR-12-ADAP-0009, ANR-11-BSV7-0007, Region Lorraine, INRA, INRA METAPROGRAMME SMaCH, AgreenSkills Mobility Program PCOFUND-GA-2010-267196, European Project: 267196,EC:FP7:PEOPLE,FP7-PEOPLE-2010-COFUND,AGREENSKILLS(2012), Université de Lorraine (UL)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Technical University of Munich (TUM)

Subjects
ALLELE FREQUENCY DATA, rouille du peuplier, [SDV]Life Sciences [q-bio], antagonisme, GENETIC-STRUCTURE, MELAMPSORA-LARICI-POPULINA, HOST-PATHOGEN METAPOPULATION, F-STATISTICS, antagonism, interaction hôte parasite, melampsora larici populina, WHEAT YELLOW RUST, time analysis, COMPUTER-PROGRAM, évolution des populations, DURABLE RESISTANCE, France, VENTURIA-INAEQUALIS, PARASITE COEVOLUTION, analyse temporelle
Abstract

Host–parasite systems provide convincing examples of Red Queen co-evolutionary dynamics.Yet, a key process underscored in Van Valen's theory – that arms race dynamics can result in extinction – has never been documented.One reason for this may be that most sampling designs lack the breadth needed to illuminate the rapid pace of adaptation by pathogen populations. In this study, we used a 25-year temporal sampling to decipher the demographic history of a plant pathogen: the poplar rust fungus, Melampsora larici-populina. A major adaptive event occurred in 1994 with the breakdown of R7 resistance carried by several poplar cultivars widely planted in Western Europe since 1982.The corresponding virulence rapidly spread in M. larici-populina populations and nearly reached fixation in northern France, even on susceptible hosts. Using both temporal records of virulence profiles and temporal population genetic data, our analyses revealed that (i) R7 resistance breakdown resulted in the emergence of a unique and homogeneous genetic group, the so-called cultivated population, which predominated in northern France for about 20 years, (ii) selection for Vir7 individuals brought with it multiple other virulence types via hitchhiking, resulting in an overall increase in the population-wide number of virulence types and (iii) – above all – the emergence of the cultivated population superseded the initial population which predominated at the same place before R7 resistance breakdown.Our temporal analysis illustrates how antagonistic co-evolution can lead to population extinction and replacement, hence providing direct evidence for the escalation process which is at the core of Red Queen dynamics.

Published
2017

13. Phenotypic and genomic adaptation of the ericoid fungus Oidiodendron maius to heavy metals

Author

Daghino, Stefania, Murat, Claude, de Mita, Stéphane, Martino, Elena, Martin, Francis, Perotto, Silvia, Department of Life Sciences and Systems Biology [University of Turin], University of Turin, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Université de Lorraine (UL)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Dipartimento di Scienze della Vita e Biologia dei Sistemi, Università degli studi di Torino (UNITO), and Martino, Elena

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2016

14. Update on Melampsora larici-populina genomics

Author

Duplessis, S., De Mita, Stéphane, Halkett, Fabien, Frey, Pascal, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Duplessis, Sebastien, and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], fungi, food and beverages, ComputingMethodologies_GENERAL, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience; The genome of the poplar rust fungus Melampsora larici-populina has been sequenced almost 10 years ago by an international consortium in the frame of the Community Sequencing Program of the US DoE Joint Genome Institute. The detailed analysis of the genome content and gene annotation, along with comparison to the cereal rust fungus Puccinia graminis f.sp. tritici, has revealed the singular profile of rust fungal genomes. Similar to other obligate biotrophic fungi (e.g. powdery mildews), rust fungi exhibit a large genome size (>80Mb) and an important content in repeat elements (~45%). In contrast, they possess a large gene complement (>15,000 genes) marked by the presence of many expanded gene families specific to the Pucciniales order or the corresponding families (i.e. Melampsoraceae or Pucciniaceae). Since, more rust genomes have been sequenced, analyzed and published, confirming these general trends and opening great perspectives for comparative rust genomics. The genome of M. larici-populina has been instrumental to explore the genetic diversity of the fungus through re-sequencing of isolates sampled through the years in natural populations. Beside, gene expression during poplar leaf infection or throughout the life cycle has helped to build a comprehensive transcriptomic analysis of the rust fungus. More recently, a genetic map of the poplar rust fungus has been obtained from a self-cross of the reference genome isolate. All these data have led to the version 2 of the genome now anchored to 18 linkage groups, including a refined gene annotation available online on the MycoCosm website. We will provide here a complete update on the poplar rust genome and an overview of ongoing works to decipher the biology of this fascinating and devastating rust fungus.

Published
2016

15. Genetic architecture of pathogenicity-related life history traits in the poplar rust fungus

Author

Maupetit, Agathe, Pernaci, Michaël, Fabre, Bénédicte, Duplessis, S., De Mita, Stéphane, Halkett, Fabien, Frey, Pascal, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Unité Expérimentale Forestière Lorraine (UEFL), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ANR-13-BSV7-0011, FUNFIT project, ANR-12-ADAP-0009, GANDALF project, and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2016

16. Mapping QTL of aggressiveness traits in the poplar rust fungus

Author

Pernaci, Michaël, De Mita, Stéphane, Fabre, Bénédicte, Duplessis, S., Halkett, Fabien, Frey, Pascal, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Unité Expérimentale Forestière Lorraine (UEFL), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ANR-13-BSV7-0011, FUNFIT project, ANR-12-ADAP-0009, GANDALF project, and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2015

17. On the road to mapping QTLs of morphological and aggressiveness traits in the poplar rust fungus

Author

Pernaci, Michaël, de Mita, Stéphane, Fabre, Bénédicte, Andrieux, Axelle, Halkett, Fabien, Frey, Pascal, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Unité Expérimentale Forestière Lorraine (UEFL), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ANR-13-BSV7-0011 FUNFIT project, ANR-12-ADAP-0009 GANDALF project, and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2015

18. Identification of candidate effectors in the poplar rust fungus Melampsora larici-populina through a population genomics approach

Author

Persoons, Antoine, Halkett, Fabien, de Mita, Stéphane, Duplessis, Sébastien, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2015

19. Patterns of genomic variation in the poplar rust fungus Melampsora larici-populina identify pathogenesis-related factors

Author

Persoons, Antoine, Morin, Emmanuelle, Delaruelle, Christine, Payen, Thibaut, Halkett, Fabien, Frey, Pascal, De Mita, Stéphane, Duplessis, S., Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2014

20. Étude du déterminisme génétique des traits de vie qualitatifs et quantitatifs de Melampsora larici-populina, agent de la rouille foliaire du peuplier

Author

Pernaci, Michaël, De Mita, Stéphane, Fabre, Bénédicte, Andrieux, Axelle, Halkett, Fabien, Frey, Pascal, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), ANR-13-BSV7-0011 FUNFIT project, and ANR-12-ADAP-0009 GANDALF project

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2014

21. Identification d’effecteurs de Melampsora larici-populina par une approche originale : de la génomique des populations à la génomique fonctionnelle

Author

Persoons, Antoine, De Mita, Stéphane, Halkett, Fabien, Duplessis, S., Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), ANR-13-BSV7-0011, FUNFIT project, and ANR-12-ADAP-0009, GANDALF project

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract

National audience; L’interaction hôte-pathogène implique un dialogue moléculaire entre les partenaires, gouverné notamment par la relation gène-pour-gène. Parmi les molécules mises en jeu, les effecteurs produits par l’agent pathogène lui permettent d’interférer avec les réactions de défense de la plante, conduisant au succès de l'infection et à la maladie1. Ces effecteurs font l’objet de nombreuses recherches chez les champignons qu'ils soient pathogènes ou mutualistes. Les effecteurs mis à jour jusqu’à présent ont permis de mettre en évidence des caractéristiques communes et notamment d'en regrouper une large majorité sous le terme de PPS. Des travaux ont par ailleurs permis de montrer que certains effecteurs évoluaient sous la pression des systèmes de reconnaissance de l’hôte1. Cependant les fonctions des effecteurs restent majoritairement inconnues et leurs séquences codantes sont très variées, limitant les approches de génomique comparative. Afin de dépasser cette limitation, nous proposons de rechercher les effecteurs fongiques par une identification des loci soumis à sélection lors d’un évènement de contournement de résistance. Notre modèle d’étude est Melampsora laricipopulina, l’agent de la rouille du peuplier, principale maladie des peupleraies européennes. Son génome est séquencé et assemblé et une recherche systématique des PPS a été réalisée2. Ainsi l’objectif de cette étude est d’identifier l’ensemble des régions génomiques impliquées dans ce contournement en utilisant une étude combinée de génétique et de génomique des populations couplée à une validation des effecteurs candidats par une approche de génomique fonctionnelle3,4. Nous avons appliqué les outils de la génétique des populations sur une collection de 600 isolats issus de populations échantillonnées en France de 1992 à 2012 et typés à l’aide de 25 marqueurs microsatellites5. Cette étude a permis de mettre en évidence trois groupes génétiques distincts dont un groupe pré-contournant aujourd’hui disparu et un groupe formé par les individus contournants. Grâce à l'analyse de la structuration génétique façonnée par cet évènement, nous avons appliqué une approche de génomique des populations, basée sur le reséquençage d’une centaine d’isolats. Les analyses en cours de scan génomique ont d’ores et déjà permis de mettre à jour des régions génomiques d’intérêt, dont certaines codent des PPS qui représentent des effecteurs candidats pour l’analyse fonctionnelle.

Published
2014

22. Genomics, transcriptomics and effectoromics of the poplar leaf rust fungus Melampsora larici-populina

Author

Petre, Benjamin, Hacquard, Stéphane, Persoons, Antoine, Tisserant, Emilie, Morin, Emmanuelle, Delaruelle, Christine, Pernaci, Michaël, De Mita, Stéphane, Halkett, Fabien, HECKER, Arnaud, Rouhier, Nicolas, Frey, Pascal, Duplessis, S., ProdInra, Migration, Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL)

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2014

23. Effet des variations climatiques sur la variabilité des gènes déterminant la date de floraison : une étude chez Medicago truncatula

Author

Burgarella, Concetta, Chantret, Nathalie, Gay, Laurène, Prosperi, Jean-Marie, de Mita, Stéphane, Young, Nevin, Ronfort, Joelle, Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro), Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), University of Minnesota [Twin Cities], University of Minnesota System, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), University of Minnesota [Twin Cities] (UMN), Université de Lorraine (UL)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and ProdInra, Archive Ouverte

Subjects
[SDV.MP.VIR] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, floraison, Medicago truncatula, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, variation adaptative, genetique d’association
Abstract

Communication orale; Le bassin mediterraneen, aire de distribution naturelle de la Legumineuse modele Medicago truncatula, constitue un cadre ideal pour etudier l’impact des conditions climatiques sur la variation des caracteres adaptatifs. La date de floraison est un caractere potentiellement implique dans la reponse a un ample spectre de pressions selectives : climat, herbivorie, pathogenes, pollinisateurs, et explique une bonne proportion de la variation de la distribution geographique des especes sauvages et cultivees. Dans cette etude nous examinons la diversite naturelle des genes impliques dans la variation de la date de floraison chez M. truncatula (Hecht et al. 2005), espece annuelle et autogame, pour la mettre en relation avec les variables climatiques et des caracteres de floraison . Pour cela, nous utilisons un jeu de donnees issu du sequencage haut debit de 192 plantes qui representent la totalite de l’aire de distribution de l’espece. Une methode multivariee, l'Analyse Discriminant des Composantes Principales (DaPC ; Jombart et al. 2010), a ete utilisee pour inferer la structure genetique neutre de cet echantillon. L’information de 34.550 sites nucleotidiques intergeniques repartis sur l'ensemble du genome montre une partition majeure en deux groupes geographiques : un groupe occidental regroupant des plantes originaires de la peninsule iberique et du Maroc et un deuxieme groupe plus oriental. La relation entre la variation genotypique et la variation environnementale a ete examinee a l'aide de methodes de regression, en tenant compte de la structure genetique et de l’apparentement entre individus intra groupe, pour reperer les locus potentiellement impliques dans la reponse aux conditions climatiques. Les resultats preliminaires sur un sous-echantillon de 330 locus SNP montrent jusqu'a 30% d'associations significatives. La validation de ces locus potentiellement impliques dans l'adaptation locale a l'aide de donnees phenotypiques, par genetique d’association, est en cours.

Published
2012

24. Natural variation and functional analysis provide evidence for co-evolution between pepper eIF4E and potyviral Vpg

Author

Caranta, Carole, Charron, Carine, Nicolaï, Maryse, Gallois, Jean-Luc, Palloix, Alain, Robaglia, Christophe, De Mita, Stéphane, David, Jacques, Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Diversité et adaptation des plantes cultivées (UMR DIAPC), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2), and Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)

Subjects
résistance aux maladies, virus phytopathogène, VPg GENE, [SDV]Life Sciences [q-bio], eIF4E, VIRAL PROTEIN, PVY, TEV, POTATO VIRUS Y, TOBACCO ETCH VIRUS, DISEASE RESISTANCE, POLYMORPHISM, virus, gène de résistance, piment, tomate, arabidopsis, plante expérimentale, potyvirus, plante légumière, lycopersicon esculentum, capsicum, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2008

25. Contrasted evolution of eIF4E genes: conservation in Arabidopsis thaliana versus selection in pepper (driven by RNA viruses?)

Author

Charron, Carine, Sanchez, Pascale, Moretti, André, Palloix, Alain, De Mita, Stéphane, David, Jacques, Caranta, Carole, Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Diversité et adaptation des plantes cultivées (UMR DIAPC), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2), and Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)

Subjects
STRUCTURE DU GENOME, eIF4E, [SDV]Life Sciences [q-bio], SOLANACEAE, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, POLYMORPHISM, RNA VIRAL
Abstract

International audience

Published
2007

26. Évolution contrastée des gènes eIF4E : conservation chez A. thaliana versus sélection chez le piment (exercée par les virus à ARN ?)

Author

Charron, Carine, Sanchez, Pascale, Moretti, André, Palloix, Alain, De Mita, Stéphane, David, Jacques, Caranta, Carole, Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Diversité et adaptation des plantes cultivées (UMR DIAPC), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2), and Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)

Subjects
GENE eIF4E, [SDV]Life Sciences [q-bio], SOLANACEAE, RESISTANCE AUX VIRUS, POTYVIRUS, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2007

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