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1. Inactivation of Toxoplasma gondii in dry sausage and processed pork, and quantification of the pathogen in pig tissues prior to production

Author: Dámek, Filip, Fremaux, Bastien, Aubert, Dominique, Thoumire, Sandra, Delsart, Maxime, Martin, Jean-Luc, Vuillermet, Sandra, Opsteegh, Marieke, Jokelainen, Pikka, Le Roux, Delphine, Boireau, Pascal, Villena, Isabelle, Blaga, Radu, Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut du Porc (IFIP), Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Centre National de Référence (CNR) Toxoplasmose/Toxoplasma Biological Resource Center (BRC) (CNR Toxoplasmose-Toxoplasma BRC), CHU Limoges, Epidémiologie des maladies animales infectieuses (EpiMAI USC), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Epidémiologie (EPI), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), National Institute for Public Health and the Environment [Bilthoven] (RIVM), Statens Serum Institut [Copenhagen], Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), This work was supported by funding from the France-Agri-Mer: contract number 0917003490 and the European Union's Horizon 2020 Research and Innovation programme under grant agreement No 773830: One Health European Joint Programme (projects ToxSauQMRA and TOXOSOURCES)., and European Project: 773830, H2020-SFS-2017-1 ,One Health EJP(2018)
Subjects: [SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, meat, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, nitrate, Epidemiology, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, viability, distribution, salt, Parasitology, nitrite
Abstract: Toxoplasma gondiiis an important zoonotic foodborne parasite. Meat of infected animals appears to be a major source of infection in Europe. Pork is the most consumed meat in France, with dry sausages well represented. The risk of transmission via consumption of processed pork products is largely unknown, mainly since processing will affect viability but may not entirely inactivate allT. gondiiparasites. We investigated the presence and concentration ofT. gondiiDNA in the shoulder, breast, ham, and heart of pigs orally inoculated with 1000 oocysts (n= 3) or tissue cysts (n = 3) and naturally infected pigs (n= 2), by means of magnetic capture qPCR (MC-qPCR). Muscle tissues of experimentally infected pigs were further used to evaluate the impact of manufacturing processes of dry sausages, including different concentrations of nitrates (0, 60, 120, 200 ppm), nitrites (0, 60, 120 ppm), and NaCl (0, 20, 26 g/kg), ripening (2 days at 16-24 °C) and drying (up to 30 days at 13 °C), by a combination of mouse bioassay, qPCR and MC-qPCR. DNA ofT. gondiiwas detected in all eight pigs, including in 41.7% (10/24) of muscle samples (shoulder, breast and ham) and 87.5% (7/8) of hearts by MC-qPCR. The number of parasites per gram of tissue was estimated to be the lowest in the hams (arithmetic mean (M) = 1, standard deviation (SD) = 2) and the highest in the hearts (M = 147, SD = 233). However, theT. gondiiburden estimates varied on the individual animal level, the tissue tested and the parasitic stage used for the experimental infection (oocysts or tissue cysts). Of dry sausages and processed pork, 94.4% (51/54) were positive forT. gondiiby MC-qPCR or qPCR, with the meanT. gondiiburden estimate equivalent to 31 parasites per gram (SD = 93). Only the untreated processed pork sample collected on the day of production was positive by mouse bioassay. The results suggest an uneven distribution ofT. gondiiin the tissues examined, and possibly an absence or a concentration below the detection limit in some of them. Moreover, the processing of dry sausages and processed pork with NaCl, nitrates, and nitrites has an impact on the viability ofT. gondiifrom the first day of production. Results are valuable input for future risk assessments aiming to estimate the relative contribution of different sources ofT. gondiihuman infections.
Published: 2023

2. MALDI-TOF: A new tool for the identification of Schistosoma cercariae and detection of hybrids

Author: Antoine Huguenin, Julien Kincaid-Smith, Jérôme Depaquit, Jérôme Boissier, Hubert Ferté, Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Laboratoire de Parasitologie-Mycologie (LPM), IFR 53, Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-CHU Maison Blanche-UPRES EA 2070, Interactions Hôtes-Pathogènes-Environnements (IHPE), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM), This research was funded by the program HySWARM (ANR-18-CE35-0001) from the French Research National Agency., and ANR-18-CE35-0001,HySWARM,Hybrid Swarm: rôle de l'hybridation dans les capacités invasives, l'épidémiologie et le diagnostic de la schistosomiase(2018)
Subjects: Infectious Diseases, Public Health, Environmental and Occupational Health, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract: Schistosomiasis is a neglected water-born parasitic disease caused by Schistosoma affecting more than 200 million people. Introgressive hybridization is common among these parasites and raises issues concerning their zoonotic transmission. Morphological identification of Schistosoma cercariae is difficult and does not permit hybrids detection. Our objective was to assess the performance of MALDI-TOF for the specific identification of cercariae in human and non-human Schistosoma and for the detection of hybridization between S. bovis and S. haematobiumSpectra were collected from laboratory reared molluscs infested with strains of S. haematobium, S. mansoni, S. bovis, S. rodhaini and S. bovis x S. haematobium natural (Corsican hybrid) and artificial hybrids. Cluster analysis showed a clear separation between S. haematobium, S. bovis, S. mansoni and S. rodhaini. Corsican hybrids are classified with those of the parental strain of S. haematobium whereas other hybrids formed a distinct cluster. In blind test analysis the developed MALDI-TOF spectral database permits identification of Schistosoma cercariae with high accuracy (94%) and good specificity (S. bovis: 99.59%, S. haematobium 99.56%, S. mansoni and S. rodhaini: 100%). Most misidentifications were between S. haematobium and the Corsican hybrids. The use of machine learning permits to improve the discrimination between these last two taxa, with accuracy, F1 score and Sensitivity/Specificity > 97%. In multivariate analysis the factors associated with obtaining a valid identification score (> 1.7) were absence of ethanol preservation (p < 0.001) and a number of 2-3 cercariae deposited per well (p < 0.001). Also spectra acquired from S. mansoni cercariae are more likely to obtain a valid identification score than those acquired from S. haematobium (pMALDI-TOF is a reliable technique for high-throughput identification of Schistosoma cercariae of medical and veterinary importance and could be useful for field survey in endemic areas.Author SummarySchistosomoses are neglected tropical diseases, affecting approximately 200 million people worldwide. They are transmitted during contact with water contaminated with the infesting stage of the parasite (the cercaria stage). Species-level recognition of cercariae present in water has important implications for field campaigns aimed at eradicating schistosomiasis. In addition, Schistosomes are able to hybridize between different species. Identification of Schistosomes cercariae on microscopy is difficult because of their similarity, and it does not allow hybrids to be distinguished. Molecular biology techniques allow a reliable diagnosis but are expensive. MALDI-TOF is a recent technique that permits an inexpensive identification of micro-organisms in a few minutes. In this paper, we evaluate MALDI-TOF identification of Schistosomes cercariae.We have implemented a database of MALDI-TOF cercariae spectra obtained from parental strains and hybrids of species of medical or veterinary interest, allowing reliable identification with an accuracy of 94%. The identification errors mainly come from confusion between the natural Corsican hybrid (S. haematobium x S. bovis) and S. haematobium. The use of machine learning algorithms permits to obtain an accuracy of more than 97% in the recognition of these two parasites. In conclusion, MALDI-TOF is a promising tool for the identification of Schistosome cercariae.
Published: 2023

3. IgM triplet in neonatal diagnosis by immunoblotting and its potential use as a diagnostic marker for congenital toxoplasmosis

Author: Peyclit, Lucie, Villard, Odile, Paris, Luc, Fricker-Hidalgo, Hélène, Houzé, Sandrine, Cimon, Bernard, Deleplancque, Anne-Sophie, Tournus, Céline, Pelloux, Hervé, Villena, Isabelle, Pomares, Christelle, L’ollivier, Coralie, Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection (IHU Marseille), Laboratoire de Parasitologie et de Mycologie Médicale [Strasbourg], Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), CHU Grenoble, AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service Parasitologie Mycologie CHU Angers, Service de Parasitologie-Mycologie [CHRU LIlle], Institut de Microbiologie [CHRU Lille], Pôle de Biologie Pathologie Génétique [CHU Lille], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Pôle de Biologie Pathologie Génétique [CHU Lille], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Centre Hospitalier de Saint-Denis [Ile-de-France], Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU), Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Hôpital Archet 2 [Nice] (CHU), Vecteurs - Infections tropicales et méditerranéennes (VITROME), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA)
Subjects: IgM triplet, [SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, Congenital toxoplasmosis, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Toxoplasma gondii Congenital toxoplasmosis Neonatal diagnosis Immunoblotting IgM triplet, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Immunoblotting, Toxoplasma gondii, Neonatal diagnosis
Abstract: International audience; Primary infection during pregnancy by the protozoan Toxoplasma gondii can be worrisome because transmission to the fetus may lead to congenital toxoplasmosis (CT). Neonatal diagnosis is usually performed by serological profile comparison of the mother and newborn. As previously reported in 2012 by C. L’Ollivier et al., three IgM bands at 75, 90 and 100 kDa called the “IgM triplet” has caught our attention and seems to be pathognomonic of CT. This retrospective multicenter study involved nine reference laboratories included in the French National Reference Center for Toxoplasmosis network and concerned determining the specificity and sensitivity of this IgM triplet. On this basis, we were able to propose a new read of the comparison of IgG and IgM immunoblot profiles of mother and infant to increase the sensitivity of this diagnostic marker. The effect of the trimester of pregnancy at the time of infection, but also of maternal treatment with pyrimethamine/sulfadiazine/folinic acid on the presence of this IgM triplet in the infant, could be studied. The presence of the triplet appears pathognomonic for the diagnosis of CT, and it increased the sensitivity of the immunoblot assay from 55.04% to 72.48%. As a result, it would be wise to enhance conventional immunoblot reading by adding the presence of the three IgM bands in the infant pattern for neonatal diagnosis of CT.; La primo-infection pendant la grossesse par le protozoaire Toxoplasma gondii peut se révéler préoccupante car la transmission au fœtus peut conduire à une toxoplasmose congénitale (TC). Un diagnostic néonatal est généralement réalisé par comparaison des profils sérologiques de la mère et du nouveau-né. Comme précédemment rapporté en 2012 par C. L’Ollivier et al. , l’association de trois bandes d’IgM à 75, 90, et 100 kDa appelée la « triplette IgM » a retenu notre attention et semble être pathognomonique de la TC. Cette étude rétrospective multicentrique impliquant neuf laboratoires de référence inclus dans le réseau du Centre National de Référence pour la Toxoplasmose a permis de déterminer la spécificité et la sensibilité de cette triplette IgM. Ainsi, cela a permis de proposer une nouvelle lecture de la comparaison des profils d’immunoblot IgG et IgM de la mère et du nourrisson pour augmenter la sensibilité de ce marqueur diagnostique. L’effet du trimestre de la grossesse au moment de l’infection mais aussi du traitement maternel par pyriméthamine/sulfadiazine/acide folinique sur la présence de la triplette IgM chez l’enfant a pu être analysé. La présence de cette triplette semble pathognomonique pour le diagnostic de TC et elle permet d’augmenter la sensibilité du test immunoblot de 55,04 % à 72,48 %. Ainsi, il pourrait être judicieux d’améliorer la lecture conventionnelle de l’immunoblot en ajoutant la présence des trois bandes IgM dans le schéma du nourrisson pour le diagnostic néonatal de TC.
Published: 2023

4. Gradient concentration strip–specific epidemiological cut-off values of antifungal drugs in various yeast species and five prevalent Aspergillus species complexes

Author: Victor Mercier, Valérie Letscher-Bru, Marie-Elisabeth Bougnoux, Laurence Delhaes, Francoise Botterel, Danièle Maubon, Frédéric Dalle, Alexandre Alanio, Sandrine Houzé, Eric Dannaoui, Carole Cassagne, Sophie Cassaing, Marie-Fleur Durieux, Arnaud Fekkar, Jean-Philippe Bouchara, Jean-Pierre Gangneux, Julie Bonhomme, Damien Dupont, Damien Costa, Boualem Sendid, Taieb Chouaki, Nathalie Bourgeois, Antoine Huguenin, Sophie Brun, Caroline Mahinc, Lilia Hasseine, Solène Le Gal, Anne-Pauline Bellanger, Eric Bailly, Florent Morio, Céline Nourrisson, Nicole Desbois-Nogard, Estelle Perraud-Cateau, Anne Debourgogne, Hélène Yéra, Laurence Lachaud, Milène Sasso, Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM), Centre Hospitalier Universitaire de Nîmes (CHU Nîmes), Dynamique des interactions hôte pathogène (DIHP), Université de Strasbourg (UNISTRA), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Biologie et Pathogénicité fongiques - Fungal Biology and Pathogenicity (BPF), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), CHU de Bordeaux Pellegrin [Bordeaux], Centre de recherche Cardio-Thoracique de Bordeaux [Bordeaux] (CRCTB), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-CHU Bordeaux [Bordeaux]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Dynamic Microbiology - EA 7380 (DYNAMIC), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est (UPE)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Institute for Advanced Biosciences / Institut pour l'Avancée des Biosciences (Grenoble) (IAB), Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang - Auvergne-Rhône-Alpes (EFS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Laboratoire de parasitologie mycologie (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université de Bourgogne (UB)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut Agro Dijon, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Hopital Saint-Louis [AP-HP] (AP-HP), Mycologie moléculaire - Molecular Mycology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Centre National de Référence Mycoses Invasives et Antifongiques - National Reference Center Invasive Mycoses & Antifungals (CNRMA), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Université Paris Cité (UPCité), Unité de Parasitologie-Mycologie [CHU HEGP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Vecteurs - Infections tropicales et méditerranéennes (VITROME), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA), Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection (IHU Marseille), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), CHU Limoges, CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Centre d'Immunologie et des Maladies Infectieuses (CIMI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Infections Respiratoires Fongiques (IRF), Université d'Angers (UA)-Université de Brest (UBO), SFR UA 4208 Interactions Cellulaires et Applications Thérapeutiques (ICAT), Université d'Angers (UA), Laboratoire de Parasitologie-Mycologie [CHU Angers], Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), Institut de recherche en santé, environnement et travail (Irset), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes (UR)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP), CHU Pontchaillou [Rennes], CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Hospices Civils de Lyon (HCL), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU), Département de microbiologie [CHU Rouen], CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), UNIROUEN - UFR Santé (UNIROUEN UFR Santé), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle - UMR 8576 (UGSF), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Amiens-Picardie, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Hôpital Avicenne [AP-HP], Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne [CHU Saint-Etienne] (CHU ST-E), Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice), Laboratoire de Parasitologie et Mycologiede [CHRU Brest], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest), Service de parasitologie et mycologie [CHRU de Besançon], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), CHU Trousseau [Tours], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Cibles et Médicaments des Infections et de l'Immunité (IICiMed), Nantes Université - UFR des Sciences Pharmaceutiques et Biologiques (Nantes Univ - UFR Pharmacie), Nantes Université - pôle Santé, Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université - pôle Santé, Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ), Microbes, Intestin, Inflammation et Susceptibilité de l'Hôte (M2iSH), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre de Recherche en Nutrition Humaine d'Auvergne (CRNH d'Auvergne)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Infection Inflammation et Interaction Hôtes Pathogènes [CHU Clermont-Ferrand] (3IHP ), Direction de la recherche clinique et de l’innovation [CHU Clermont-Ferrand] (DRCI), CHU Clermont-Ferrand-CHU Clermont-Ferrand, CHU de la Martinique [Fort de France], Centre hospitalier universitaire de Poitiers (CHU Poitiers), Ecologie et biologie des interactions (EBI), Université de Poitiers-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Stress, Immunité, Pathogènes (SIMPA), Université de Lorraine (UL), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Service de parasitologie-mycologie [CHU Cochin], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), and Institut Pasteur [Paris] (IP)
Subjects: Microbiology (medical), Gradient concentration strip–specific, Infectious Diseases, Aspergillus, Epidemiological cut-off values, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, General Medicine, Antifungal susceptibility, Candida
Abstract: International audience; Objectives: To determine the epidemiological cut-off values (ECVs) of ten antifungal agents in a wide range of yeasts and Aspergillus spp. using gradient concentration strips.Methods: The minimum inhibitory concentrations for amphotericin B, anidulafungin, caspofungin, micafungin, flucytosine, fluconazole, itraconazole, isavuconazole, posaconazole, and voriconazole, determined with gradient concentration strips at 35 French microbiology laboratories between 2002 and 2020, were retrospectively collected. Then, the ECVs were calculated using the iterative method and a cut-off value of 97.5%.Results: Minimum inhibitory concentrations were available for 17 653 clinical isolates. In total, 48 ECVs (including 32 new ECVs) were determined: 29 ECVs for frequent yeast species (e.g. Candida albicans and itraconazole/flucytosine, and Candida glabrata species complex [SC] and flucytosine) and rare yeast species (e.g. Candida dubliniensis, Candida inconspicua, Saccharomyces cerevisiae, and Cryptococcus neoformans) and 19 ECVs for Aspergillusflavus SC, Aspergillusfumigatus SC, Aspergillusnidulans SC, Aspergillusniger SC, and Aspergillusterreus SC.Conclusions: These ECVs can be added to the already available gradient concentration strip-specific ECVs to facilitate minimum inhibitory concentration interpretation and streamline the identification of nonwild type isolates.
Published: 2022

5. MALDI-TOF MS Limits for the Identification of Mediterranean Sandflies of the Subgenus Larroussius, with a Special Focus on the Phlebotomus perniciosus Complex

Author: Huguenin, Antoine, Pesson, Bernard, Kaltenbach, Matthieu, Diarra, Adama, Parola, Philippe, Depaquit, Jérôme, Randrianambinintsoa, Fano, Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Vecteurs - Infections tropicales et méditerranéennes (VITROME), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA), and Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection (IHU Marseille)
Subjects: Larroussius, Phlebotomus Larroussius species complex MALDI-TOF MS identification high-throughput identification molecular biology, high-throughput identification, Phlebotomus, [SDV]Life Sciences [q-bio], MALDI-TOF MS, identification, molecular biology, species complex
Abstract: International audience; Leishmania infantum is the agent of visceral leishmaniasis in the Mediterranean basin. It is transmitted by sandflies of the subgenus Larroussius. Although Phlebotomus perniciosus is the most important vector in this area, an atypical Ph. perniciosus easily confused with Ph. longicuspis has been observed in North Africa. MALDI-TOF MS, an important tool for vector identification, has recently been applied for the identification of sandflies. Spectral databases presented in the literature, however, include only a limited number of Larroussius species. Our objective was to create an in-house database to identify Mediterranean sandflies and to evaluate the ability of MALDI-TOF MS to discriminate close species or atypical forms within the Larroussius subgenus. Field-caught specimens (n = 94) were identified morphologically as typical Ph. perniciosus (PN; n = 55), atypical Ph. perniciosus (PNA; n = 9), Ph. longicuspis (n = 9), Ph. ariasi (n = 9), Ph. mascittii (n = 3), Ph. neglectus (n = 5), Ph. perfiliewi (n = 1), Ph. similis (n = 9) and Ph. papatasi (n = 2). Identifications were confirmed by sequencing of the mtDNA CytB region and sixteen specimens were included in the in-house database. Blind assessment on 73 specimens (representing 1073 good quality spectra) showed a good agreement (98.5%) between MALDI-TOF MS and molecular identification. Discrepancies concerned confusions between Ph. perfiliewi and Ph. perniciosus. Hierarchical clustering did not allow classification of PN and PNA. The use of machine learning, however, allowed discernment between PN and PNA and between the lcus and lcx haplotypes of Ph. longicuspis (accuracy: 0.8938 with partial-least-square regression and random forest models). MALDI-TOF MS is a promising tool for the rapid and accurate identification of field-caught sandflies. The use of machine learning could allow to discriminate similar species.
Published: 2022

6. Evaluation of eimeria spp. Parasites as surrogates for the study of toxoplasma gondii oocyst inactivation

Author: Augendre, Laure, Escotte-Binet, Sandie, Aubert, Dominique, Silvestre, Anne, Répérant, Jean-Michel, Villena, Isabelle, Dumètre, Aurélien, La Carbona, Stéphanie, Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Université de Tours (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort [ANSES], Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Vecteurs - Infections tropicales et méditerranéennes (VITROME), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA), Actalia [Saint-Lô], and This work is supported by UMT ACTIA Protorisk (grant CIFRE)
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract: International audience; Foodborne diseases are a global public health concern. Toxoplasma gondii is considered as one of the most of concern parasites in the world due to its multiple routes of transmission, high prevalence, and global distribution. The T. gondii oocyst the environmental form of the parasite, is known to remain infective for very long periods in soils and waters. These reservoirs can be sources of contamination during the primary production of vegetables, fruits, and seafood. In order to reduce human exposure, food industries implement control measures whose efficiency to inactivate the pathogens in the food matrix requires evaluation. However, for T. gondii, such studies face methodological and financial constraints. Indeed, sourcing infective oocysts in large quantities and measuring their infectivity are costly, require specific expertise and authorizations, and raise ethical and biohazard issues. Therefore, identifying and characterizing organisms that could be used as surrogates for T. gondii oocysts is a critical issue for the agri-food industry.The ideal surrogate should be non-pathogenic, easy to produce in large quantities and its viability/infectivity easily measured in the laboratory to assess control measures inactivation efficiency. The surrogate should display comparable or less inactivation to T. gondii oocysts, as well as similar inactivation kinetics. Whenever possible, the model should be equivalent in structure and size to the target pathogen and have a similar mode of transmission in the matrices to be studied. In this study, oocysts of the genus Eimeria were evaluated as surrogates of T. gondii. Physical and chemical treatments were applied to Eimeria acervulina and Toxoplasma oocysts and their impact on their structure was evaluated by flow cytometry and microscopy. The following parameters were studied: integrity (size/granulometry) and permeability, measured by the incorporation of different markers such as lectins. The first data obtained suggest that Eimeria acervulina would be a good model to study T. gondii for certain treatments.
Published: 2022

7. Toxoplasmosis in patients with an autoimmune disease and immunosuppressive agents: A multicenter study and literature review

Author: Marie-Fleur Durieux, Jean-Guillaume Lopez, Maher Banjari, Karine Passebosc-Faure, Marie-Pierre Brenier-Pinchart, Luc Paris, Gilles Gargala, Sabine Berthier, Julie Bonhomme, Cathy Chemla, Isabelle Villena, Pierre Flori, Emilie Fréalle, Coralie L’Ollivier, Florian Lussac-Sorton, José Gilberto Montoya, Estelle Cateau, Christelle Pomares, Loïc Simon, Dorothée Quinio, Florence Robert-Gangneux, Hélène Yera, Marc Labriffe, Anne-Laure Fauchais, Marie-Laure Dardé, Hôpital Dupuytren [CHU Limoges], Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM), Service de Parasitologie Mycologie [CHU Limoges], CHU Limoges, Institute for Advanced Biosciences / Institut pour l'Avancée des Biosciences (Grenoble) (IAB), Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang - Auvergne-Rhône-Alpes (EFS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Sorbonne Université (SU), COVID-Mucor study group, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Aliments Bioprocédés Toxicologie Environnements (ABTE), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU), Service de Microbiologie [CHU Caen], Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Service des Agents Infectieux et Hygiène [CHU Saint-Etienne], Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne [CHU Saint-Etienne] (CHU ST-E)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM), Service de Parasitologie-Mycologie [CHRU LIlle], Institut de Microbiologie [CHRU Lille], Pôle de Biologie Pathologie Génétique [CHU Lille], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Pôle de Biologie Pathologie Génétique [CHU Lille], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Vecteurs - Infections tropicales et méditerranéennes (VITROME), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA), Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection (IHU Marseille), Hôpital Pellegrin, CHU Bordeaux [Bordeaux]-Groupe hospitalier Pellegrin, Laboratoire de Parasitologie-Mycologie (CHU de Poitiers), Centre hospitalier universitaire de Poitiers (CHU Poitiers), Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Nice, Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice)-Université Côte d'Azur (UCA), Centre méditerranéen de médecine moléculaire (C3M), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Côte d'Azur (UCA), Groupe de Recherche en Informatique, Image et Instrumentation de Caen (GREYC), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-École Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen (ENSICAEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Strasbourg, Institut de recherche en santé, environnement et travail (Irset), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes (UR)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), CHU Pontchaillou [Rennes], and The French National Reference Center for Toxoplasmosis received financial support by Santé Publique France (the national public health agency, https://www.santepubliquefrance.fr) for genotyping study, but no author has personally received grant.
Subjects: Infectious Diseases, Adrenal Cortex Hormones, Toxoplasmosis, Cerebral, [SDV]Life Sciences [q-bio], Public Health, Environmental and Occupational Health, Humans, Multicenter Studies as Topic, Toxoplasma, Immunosuppressive Agents, Autoimmune Diseases
Abstract: Background Cases of Toxoplasma reactivation or more severe primary infection have been reported in patients receiving immunosuppressive (IS) treatment for autoimmune diseases (AID). The purpose of this study was to describe features of toxoplasmosis occurring in patients with AID treated by IS therapy, excluded HIV-positive and transplant patients. Methods A multicenter descriptive study was conducted using data from the French National Reference Center for Toxoplasmosis (NRCT) that received DNA extracts or strains isolated from patients, associated with clinical data. Other cases were retrieved through a questionnaire sent to all French parasitology and internal medicine departments. Furthermore, a systematic literature review was conducted. Results 61 cases were collected: 25 retrieved by the NRCT and by a call for observations and 36 from a literature review. Half of the cases were attributed to reactivation (50.9%), and most of cases (49.2%) were cerebral toxoplasmosis. The most common associated AID were rheumatoid arthritis (28%) and most frequent treatments were antimetabolites (44.3%). Corticosteroids were involved in 60.7% of cases. Patients had a favorable outcome (50.8%) but nine did not survive. For 12 cases, a successful Toxoplasma strain characterization suggested the possible role of this parasitic factor in ocular cases. Conclusion Although this remains a rare condition, clinicians should be aware for the management of patients and for the choice of IS treatment.
Published: 2022

8. Évaluation des parasites protozoaires Eimeria spp. comme modèles d’étude de l’inactivation des oocystes de Toxoplasma gondii

Author: Augendre, Laure, Escotte-Binet, Sandie, Aubert, Dominique, Silvestre, Anne, Répérant, Jean-Michel, Villena, Isabelle, Dumètre, Aurélien, Carbona, Stephanie, Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Université de Tours (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort [ANSES], Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Vecteurs - Infections tropicales et méditerranéennes (VITROME), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA), Actalia [Saint-Lô], and SFP - SFMM
Subjects: [SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology
Abstract: National audience; Les maladies d’origine alimentaire constituent un problème de santé publique à l’échelle mondiale. La sécurité alimentaire s’inscrit dans une approche intégrée dite de la fourche à la fourchette qui prend en considération chacun des maillons de la chaîne en intégrant des mesures d’évaluation et de maîtrise des dangers.Selon l’EFSA (European Food Safety Authority), chaque année, plus de 1000 cas humains d’infections parasitaires d'origine alimentaire sont signalées dans l'Union Européenne. Toxoplasma gondii est considéré comme l'un des parasites les plus préoccupants au monde en raison des multiples voies d'infection, de sa forte prévalence et de sa distribution mondiale. L’oocyste de T. gondii, forme environnementale du parasite, est connu pour être résistant et survivre pendant de très longues périodes dans les environnements telluriques et hydriques. Ces réservoirs peuvent représenter des sources de contamination lors de la production primaire des légumes, fruits et coquillages. Afin de réduire l’exposition de l’Homme, les industriels de l’agroalimentaire mettent en place des mesures de maîtrise qui visent à inactiver les pathogènes potentiellement présents dans les matières premières. Ces procédés peuvent être chimiques et/ou physiques et leur efficacité doit être évaluée pour chacun des dangers identifiés pour un aliment donné. Cependant, les études menées sur T. gondii sont entravées par des contraintes méthodologiques et financières. En effet, l’approvisionnement en oocystes infectieux en quantités importantes et la mesure du caractère infectieux s’avèrent compliqués, coûteux, requièrent une expertise spécifique et soulèvent des problèmes d’éthique et de risques biologiques. Par conséquent, identifier et caractériser des organismes qui pourraient être utilisés comme substituts aux oocystes de T. gondii constitue un enjeu essentiel pour l'industrie agroalimentaire.L’organisme modèle idéal serait non pathogène, produit aisément en grandes quantités et sa viabilité/infectiosité pourrait être plus facilement mesurée en laboratoire afin d’évaluer sa résistance aux traitements. Ce modèle doit mimer le comportement du pathogène cible et donc présenter des niveaux de résistance comparables ou supérieurs, ainsi que des cinétiques d’inactivation similaires. Dans la mesure du possible, le modèle doit présenter une structure et une taille équivalentes à la cible et avoir un mode de transmission similaire à celui du pathogène cible dans les matrices que l’on souhaite étudier. Il est très important de sélectionner et de valider soigneusement les substituts potentiels afin d’éviter unesurestimation de l’efficacité des technologies de décontamination et un biais dans l’évaluation de l’exposition.Dans cette étude, les oocystes du genre Eimeria ont été évalués comme modèles de T. gondii. Différents traitements physiques et chimiques ont été appliqués sur des oocystes d’Eimeria et de Toxoplasma et leur impact sur la structure a été évalué par cytométrie en flux et microscopie. Les paramètres suivants ont été étudiés : intégrité (taille/granulométrie) et perméabilité, mesurée par l’incorporation de différents marqueurs (lectines). Les premières données obtenues suggèrent qu’Eimeria acervulina serait un bon modèle d’étude de T. gondii pour certains traitements.
Published: 2022

9. Make visible the invisible: Optimized development of an environmental DNA metabarcoding tool for the characterization of trematode parasitic communities

Author: Philippe Douchet, Jérôme Boissier, Stephen Mulero, Hubert Ferté, Margot Doberva, Jean‐François Allienne, Eve Toulza, Kévin Bethune, Olivier Rey, Interactions Hôtes-Pathogènes-Environnements (IHPE), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Laboratoire d'Ecologie Alpine (LECA ), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Plateforme technologique BioEnvironnement, Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM)
Subjects: 0106 biological sciences, 0303 health sciences, cryptic diversity, Ecology, [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], parasites, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, biodiversity assessment, 03 medical and health sciences, water-sediment interface, metabarcoding, Genetics, 14. Life underwater, Trematoda, freshwater, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, parastes, 030304 developmental biology
Abstract: International audience; The world's parasitic and mutualistic biodiversity is undergoing major upheavals related to modifications in host community structures, changes in interactions between species, and through coextinction events. Trematodes are an important component of this invisible biodiversity, in terms of species richness, but also because of their role in ecosystems functioning and in the emergence of associated diseases. Together, these elements point to the need for a better assessment and understanding of the structure and dynamics of trematode diversity. In this context, our aim was to develop an optimized eDNA-based metabarcoding approach to detect trematodes and characterizetheir communities, most of which associated to aquatic environments. The efficiency of this newly developed tool was first assessed by exhaustive in silico and in vitro validation steps. We next assessed the ability of our eDNA-based approach to reconstruct trematode communities compared to a classical trematode monitoring method over four freshwater aquatic ecosystems. Our eDNA-based monitoring tool displayed a high amplification enrichment of trematode DNA, a 100% detection score for tracking back an in vitro mock community composed of 28 trematode species, and high genetic resolution which makes it relevant to discriminate between even phylogenetically close trematode species. Over the four natural ecosystems screened in natura, 33 OTUs were generated from the eDNA-based approach, from which 11 trematode species were identified. In comparison, we identified fivetrematode species using the classical monitoring method, three of which were also detected by the eDNA-based approach. We believe that this new eDNA-based metabarcoding tool will open new perspectives for fundamental and applied research in community ecology, conservation, and healthsurvey.
Published: 2022

10. Cryptosporidiosis outbreak in Amazonia, French Guiana, 2018

Author: Estelle Menu, Emilie Mosnier, Arnaud Cotrel, Loic Favennec, Romy Razakandrainibe, Stéphane Valot, Denis Blanchet, Frédéric Dalle, Damien Costa, Mélanie Gaillet, Magalie Demar, Franck de Laval, Vecteurs - Infections tropicales et méditerranéennes (VITROME), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA), Unité des Maladies Infectieuses et Tropicales (UMIT), Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française], Sciences Economiques et Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale (SESSTIM - U1252 INSERM - Aix Marseille Univ - UMR 259 IRD), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Rouen, Normandie Université (NU), Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Université de Guyane (UG), Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université de Bourgogne (UB)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut Agro Dijon, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Centre d'épidémiologie et de santé publique des armées [Marseille] (CESPA), Service de Santé des Armées, COMBE, Isabelle, and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA)
Subjects: Male, RC955-962, Cryptosporidiosis, Social Sciences, Disease Outbreaks, Feces, Medical Conditions, Law Enforcement, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Natural Resources, Water Quality, Arctic medicine. Tropical medicine, Waterborne Diseases, Medicine and Health Sciences, Child, Protozoans, [SDV.MP.VIR] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [SDV.MHEP.ME] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Emerging diseases, [SDV.MHEP.ME]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Emerging diseases, Eukaryota, Pollution, Police, French Guiana, [SDV.MHEP.CSC] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Cardiology and cardiovascular system, Professions, Infectious Diseases, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Water Resources, [SDV.MHEP.MI] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Female, Public aspects of medicine, RA1-1270, [SDV.MP.PAR] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, Research Article, Diarrhea, Adolescent, Cryptosporidium, Gastroenterology and Hepatology, Immunocompromised Host, Young Adult, Signs and Symptoms, Rivers, [SDV.MHEP.CSC]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Cardiology and cardiovascular system, Surface Water, parasitic diseases, Parasitic Diseases, Humans, [SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, Retrospective Studies, Cryptosporidium parvum, Drinking Water, Ecology and Environmental Sciences, Water Pollution, Organisms, Public Health, Environmental and Occupational Health, Biology and Life Sciences, Infant, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Parasitic Protozoans, People and Places, Earth Sciences, Law and Legal Sciences, Population Groupings, Hydrology, Clinical Medicine, [SDV.MP.BAC] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Criminal Justice System
Abstract: Background Cryptosporidiosis outbreaks in South America are poorly documented. In March 2018, 51 cases of cryptosporidiosis were reported in Maripasoula, a village located in a remote forest area along the border between Surinam and French Guiana. Method To identify the origin of the epidemic, we performed epidemiological, microbiological, and environmental investigations. Only the cases involving diarrhoea and Cryptosporidium-positive stool were considered as bona fide, while cases involving diarrhoea and close contact with a confirmed case were classified as “possible”. Results We identified 16 confirmed cases and 35 possible ones. Confirmed cases comprised nine children (median age of 18 months, range: 6–21), one immunocompromised adult and six soldiers. One child required a hospitalisation for rehydration. All 16 Cryptosporidium stools were PCR positive, and sequencing of the gp60 gene confirmed only one Cryptosporidium hominis subtype IbA10G2. Tap water consumption was the only common risk factor identified. Contamination of the water network with Cryptosporidium parvum subtype IIdA19G2 was found. Conclusion Water quality is a major public health issue in Amazonian French Guiana, especially for population at risk (children, people with comorbidity, travelers). For them, alternative water supply or treatment should be implemented.
Published: 2022

11. Evaluation of the Bio-Evolution Microsporidia generic and typing real-time PCR assays for the diagnosis of intestinal microsporidiosis

Author: Moniot, Maxime, Nourrisson, Céline, Bonnin, Virginie, Damiani, Céline, Argy, Nicolas, Bonhomme, Julie, Fréalle, Emilie, Angebault, Cécile, Debourgogne, Anne, Sitterlé, Emilie, Flori, Pierre, Brunet, Julie, Dalle, Frédéric, Favennec, Loïc, Poirier, Philippe, Microsporidiosis Network, French, Laboratoire de Parasitologie et Mycologie [CHU Clermont-Ferrand], CHU Gabriel Montpied [Clermont-Ferrand], CHU Clermont-Ferrand-CHU Clermont-Ferrand, Infection Inflammation et Interaction Hôtes Pathogènes [CHU Clermont-Ferrand] (3IHP ), Direction de la recherche clinique et de l’innovation [CHU Clermont-Ferrand] (DRCI), Microbes, Intestin, Inflammation et Susceptibilité de l'Hôte (M2iSH), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre de Recherche en Nutrition Humaine d'Auvergne (CRNH d'Auvergne)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Laboratoire de parasitologie et de mycologie médicales [CHU Amiens], CHU Amiens-Picardie, Agents infectieux, résistance et chimiothérapie - UR UPJV 4294 (AGIR ), Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-CHU Amiens-Picardie, AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Mère et enfant en milieu tropical : pathogènes, système de santé et transition épidémiologique (MERIT - UMR_D 216), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris Cité (UPCité), Aliments Bioprocédés Toxicologie Environnements (ABTE), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU), Service de Microbiologie [CHU Caen], Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Service de Parasitologie-Mycologie [CHRU LIlle], Institut de Microbiologie [CHRU Lille], Pôle de Biologie Pathologie Génétique [CHU Lille], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Pôle de Biologie Pathologie Génétique [CHU Lille], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Unité de Parasitologie-Mycologie [Créteil], Département de Prévention, Diagnostic et Traitement des Infections [Créteil], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Henri Mondor-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Henri Mondor, Dynamic Microbiology - EA 7380 (DYNAMIC), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est (UPE)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Unité de Parasitologie-Mycologie, Service de Microbiologie [Hôpital Necker-Enfants-Malades, Paris], Assistance Publique - Hôpitaux de Paris, Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne (CHU de Saint-Etienne), Laboratoire de Parasitologie et de Mycologie Médicale [Strasbourg], Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS), Laboratoire de parasitologie mycologie (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Procédés Alimentaires et Microbiologiques [Dijon] (PAM), Université de Bourgogne (UB)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut Agro Dijon, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Centre national de référence des Cryptosporidioses, CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Mère et enfant en milieu tropical : pathogènes, système de santé et transition épidémiologique (MERIT - UMR_D 261), CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Henri Mondor [Créteil]-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Henri Mondor [Créteil], Stress, Immunité, Pathogènes (SIMPA), Université de Lorraine (UL), Laboratoire de Microbiologie Clinique [AP-HP Hôpital Necker-Enfants Malades], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne [CHU Saint-Etienne] (CHU ST-E), Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), 'Direction de la Recherche Clinique et de l'Innovation (DRCI)' of the Clermont-Ferrand University Hospital, Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 (CIIL), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie et Pathogénicité fongiques (BPF), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Pasteur [Paris] (IP)
Subjects: Enterocytozoon bieneusi, Veterinary (miscellaneous), Enterocytozoon, Real-Time Polymerase Chain Reaction, Encephalitozoon intestinalis, Infectious Diseases, Insect Science, Bio-Evolution, Microsporidia, Microsporidiosis, Humans, Animal Science and Zoology, Parasitology, [SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, Real-time PCR
Abstract: Cases of intestinal microsporidiosis infection are underestimated and affect both immunocompromized and immunocompetent patients. Real-time PCR is superseding microscopic examination for its diagnosis in medical analysis laboratories. However, few manufacturers include microsporidia in their PCR panel for the diagnosis of infectious gastroenteritis. Here, we evaluated the performances of the real-time PCR assays microsporidia generic and microsporidia typing (Bio-Evolution, France) on the Rotor-Gene Q real-time PCR cycler (Qiagen, France). We included 45 negative and 44 positive stool samples for Enterocytozoon bieneusi (n = 34, with various genotypes), Encephalitozoon intestinalis (n = 4), Encephalitozoon hellem (n = 4), and Encephalitozoon cuniculi (n = 2). We also studied a four-year survey of an inter-laboratory quality control program including 9 centers that used this commercial assay. Sensitivity and specificity of the microsporidia generic assay were 86.4% and 93.3%, respectively. Encephalitozoon hellem and Encephalitozoon cuniculi were detected by the microsporidia generic PCR assay but not by the microsporidia typing PCR assay. These results were consistent with the results of the inter-laboratory quality control program. In conclusion, Bio-Evolution Real-time PCR assays are useful tools for intestinal microsporidiosis, but negative results for microsporidia typing assays require supplementary analyses to confirm E. hellem or E. cuniculi infections.Évaluation des tests de PCR en temps réel Bio-Evolution Microsporidia generic et typing pour le diagnostic de la microsporidiose intestinale.Les microsporidioses intestinales sont des infections sous-estimées affectant à la fois les patients immunodéprimés et immunocompétents. Le diagnostic microscopique en laboratoire médical est aujourd’hui supplanté par la PCR en temps réel. Cependant, peu de fabricants incluent les microsporidies dans leurs panels PCR pour le diagnostic des gastro-entérites infectieuses. Ici, nous avons évalué les performances des tests PCR en temps réel microsporidia generic et microsporidia typing (Bio-Evolution, France) sur le thermocycleur PCR en temps réel Rotor-Gene Q (Qiagen, France). Nous avons inclus 45 échantillons de selles négatifs et 44 échantillons positifs pour Enterocytozoon bieneusi (n = 34, avec divers génotypes), Encephalitozoon intestinalis (n = 4), Encephalitozoon hellem (n = 4) et Encephalitozoon cuniculi (n = 2). Nous avons également analysé les résultats sur 4 ans d’un programme de contrôle qualité inter-laboratoires dont 9 centres ont utilisé ces kits commerciaux. La sensibilité et la spécificité du kit microsporidia generic étaient respectivement de 86,4 % et 93,3 %. Encephalitozoon hellem et E. cuniculi ont été détectés par le kit microsporidia generic mais pas par le kit microsporidia typing. Ces résultats étaient cohérents avec ceux du programme de contrôle de qualité inter-laboratoires. En conclusion, les tests de PCR en temps réel Bio-Evolution sont des outils intéressants pour la microsporidiose intestinale, mais un résultat négatif pour le test de typage microsporidia nécessite une analyse supplémentaire pour confirmer les infections à E. hellem ou E. cuniculi.
Published: 2022

12. Seroprevalence and incidence of Puumala orthohantavirus in its bank vole (Myodes glareolus) host population in northeastern France: Between-site and seasonal variability

Author: E, Monchatre-Leroy, F, Sauvage, F, Boué, D, Augot, P, Marianneau, V, Hénaux, L, Crespin, Laboratoire de la rage et de la faune sauvage de Nancy (LRFSN), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Seenovate, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Laboratoire de Lyon [ANSES], Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Unité Mixte de Recherche d'Épidémiologie des maladies Animales et zoonotiques (UMR EPIA), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), This work was supported by the AFSSET (now ANSES), program EST-07-75 Sauvage, and INSERM/MATE (No. EN99115)
Subjects: index, Arvicolinae, Epidemiology, Bank voles, Incidence, Public Health, Environmental and Occupational Health, Seroprevalence, Puumala virus, Microbiology, Cross-Sectional Studies, Infectious Diseases, Puumala orthohantavirus, Seroepidemiologic Studies, Hemorrhagic Fever with Renal Syndrome, Virology, Animals, Generalized estimating equations, Parasitology, Suppress normalized difference vegetation, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, France, Seasons
Abstract: International audience; Given the difficulty of measuring pathogen transmission in wildlife, epidemiological studies frequently rely on cross-sectional seroprevalence. However, seropositivity indicates only exposure to a pathogen at an unknown time. By allowing to obtain repeated test results from individuals sampled multiple times over an extended period, longitudinal data help reduce this uncertainty. We used capture-mark-recapture data on bank vole (Myodes glareolus) individuals collected at four sites over ten years in northeastern France to investigate the impact of environmental variables on seroprevalence and incidence of Puumala orthohantavirus (PUUV). PUUV causes a chronic infection without apparent symptoms, that may however impair survival of its rodent host in the wild. Viral transmission between rodents may occur through direct contact or via the environment. Principal component analysis was used to deal with multicollinearity among environmental variables. Incidence and seroprevalence were investigated with either generalized estimating equations or Poisson regression models depending on the number of observations for each season. In spring, only the factor site was found to be significant for seroprevalence, while a principal component including meteorological conditions of the previous winter and the normalized difference vegetation index (NDVI) of both the previous winter and spring had a significant effect on incidence. In autumn, only the factor site was significant for incidence, while two principal components, including either the meteorological conditions of the autumn and previous spring or NDVI of the autumn significantly affected seroprevalence. We discuss these results in light of the particular demography of small mammals. We encourage other researchers to investigate the relationships between demographic parameters of wild host populations and the environment, by using both incidence and seroprevalence.
Published: 2022

13. Toxoplasmosis in pregnancy: Practical Management

Author: Mandelbrot, Laurent, Kieffer, F., Wallon, M., Winer, Norbert, Massardier, J., Picone, O., Fuchs, Florent, Peyron, F., Benoist, G., Garcia-Meric, P., L’ollivier, C., Paris, L., Piarroux, R., Villena, I., Hôpital Louis Mourier - AP-HP [Colombes], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Université Sorbonne Paris Nord, CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Hospices Civils de Lyon (HCL), Hôpital de la Croix-Rousse [CHU - HCL], Centre de recherche en neurosciences de Lyon - Lyon Neuroscience Research Center (CRNL), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Physiopathologie des Adaptations Nutritionnelles (PhAN), Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Institut Desbrest de santé publique (IDESP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Hôpital Arnaud de Villeneuve [CHRU Montpellier], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations (CESP), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Paul Brousse-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay, CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Hôpital de la Conception [CHU - APHM] (LA CONCEPTION), Vecteurs - Infections tropicales et méditerranéennes (VITROME), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA), Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection (IHU Marseille), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Service de Gynécologie-Obstétrique [Hôpital Louis-Mourier - APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPC)-Université Sorbonne Paris Nord, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon, Service de Gynécologie et Obstétrique [Hôpital de la Croix-Rousse - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU), Service de Parasitologie - Mycologie [CHU Pitié-Salpétrière], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Université Sorbonne Paris Nord, Centre de recherche en neurosciences de Lyon (CRNL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA), Service de parasitologie - mycologie [CHU Pitié-Salpétrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), and Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Subjects: Sulfonamides, Diagnostic anténatal, Mother-to-child transmission, Foetopathies, Prenatal diagnosis, Amniocentèse, Traitement in utero, [SDV.MHEP.GEO]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Gynecology and obstetrics, Toxoplasmose, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Congenital, Fetal therapy, Grossesse, Spiramycine, Pyrimethamine, Pyriméthamine, Fetal infection, Congénitale, Pregnancy, Transmission mère-enfant, Prophylaxie, Spiramycin, Amniocentesis, Sulfamides, Toxoplasmosis
Abstract: International audience; The burden of congenital toxoplasmosis has become small in France today, in particular as a result of timely therapy for pregnant women, fetuses and newborns. Thus, the French screening and prevention program has been evaluated and recently confirmed despite a decline over time in the incidence of toxoplasmosis. Serological diagnosis of maternal seroconversion is usually simple but can be difficult when the first trimester test shows the presence of IgM, requiring referral to an expert laboratory. Woman with confirmed seroconversion should be referred quickly to an expert center, which will decide with her on treatment and antenatal diagnosis. Although the level of proof is moderate, there is a body of evidence in favor of active prophylactic prenatal treatment started as early as possible (ideally within 3 weeks of seroconversion) to reduce the risk of maternal-fetal transmission, as well as symptoms in children. The recommended therapies to prevent maternal-fetal transmission are: (1) spiramycin in case of maternal infection before 14 gestational weeks; (2) pyrimethamine and sulfadiazine (P-S) with folinic acid in case of maternal infection at 14 WG or more. Amniocentesis is recommended to guide prenatal and neonatal care. If fetal infection is diagnosed by PCR on amniotic fluid, therapy with P-S should be initiated as early as possible or continued in order reduce the risk of damage to the brain or eyes. Further research is required to validate new approaches to preventing congenital toxoplasmosis.
Published: 2021

14. Epidemiological and clinical study of microsporidiosis in French kidney transplant recipients from 2005 to 2019: TRANS‐SPORE registry

Author: Dumond, Clément, Aulagnon, Florence, Etienne, Isabelle, Heng, Anne‐Elisabeth, Bougnoux, Marie‐Elisabeth, Favennec, Loic, Kamar, Nassim, Iriart, Xavier, Pereira, Bruno, Büchler, Mathias, Desoubeaux, Guillaume, Kaminski, Hannah, Lussac‐Sorton, Florian, Gargala, Gilles, Anglicheau, Dany, Poirier, Philippe, Scemla, Anne, Garrouste, Cyril, Labbe, Franck, Damiani, Céline, Le Govic, Yohann, Totet, Anne, De Gentile, Ludovic, Lemoine, Jean‐Philippe, Bellanger, Anne Pauline, Accoceberry, Isabelle, Delhaes, Laurence, Gabriel, Frédéric, Millet, Pascal, Le Gal, Solène, Nevez, Gilles, Bonhomme, Julie, Capitaine, Agathe, Demar, Magalie, Moniot, Maxime, Nourrisson, Céline, Angebault, Cécile, Botterel, Françoise, Foulet, Françoise, Basmaciyan, Louise, Dalle, Frédéric, Valot, Stéphane, Desbois‐Nogard, Nicole, Robert, Gladys, Deleplancque, Anne‐Sophie, Frealle, Emilie, Leroy, Jordan, Ajzenberg, Daniel, Durieux, Marie‐Fleur, Chapey‐Picq, Emmanuelle, Dupont, Damien, Menotti, Jean, Rabodonirina, Meja, Lollivier, Coralie, Bastien, Patrick, Debourgogne, Anne, Machouart, Marie, Lavergne, Rose‐Anne, Morio, Florent, Delaunay, Pascal, Pomares, Christelle, Simon, Loïc, Sasso, Milène, Argy, Nicolas, Houze, Sandrine, Yera, Hélène, Dannaoui, Eric, Sitterle, Emilie, Kapel, Nathalie, Tantaoui, Ilhame, Thellier, Marc, Belkadi, Ghania Belkacem, Moreno‐Sabater, Alicia, Hamane, Samia, Nicolas, Muriel, Perraud, Estelle, Chemla, Cathy, Villena, Isabelle, Autier, Brice, Costa, Damien, Flori, Pierre, Brunet, Julie, BERRY, Antoine, Chesnay, Adélaïde, Artur, Fabienne, Verdurme, Laura, Foulquier, Jean‐Baptiste, Prigent, Gwenole, Chatelain, Rémi, Lesthelle, Sophie, Groupe d'Étude des Interactions Hôte-Pathogène (GEIHP), Université d'Angers (UA), SFR UA 4208 Interactions Cellulaires et Applications Thérapeutiques (ICAT), Laboratoire de Parasitologie et Mycologiede [CHRU Brest], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest), CHU Clermont-Ferrand, CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), CHU Rouen, Normandie Université (NU), Institut Toulousain des Maladies Infectieuses et Inflammatoires (Infinity), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), CHU Trousseau [Tours], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), CHU Bordeaux [Bordeaux], Infection Inflammation et Interaction Hôtes Pathogènes [CHU Clermont-Ferrand] (3IHP ), Direction de la recherche clinique et de l’innovation [CHU Clermont-Ferrand] (DRCI), CHU Clermont-Ferrand-CHU Clermont-Ferrand, Université Clermont Auvergne (UCA), Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), and Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)
Subjects: Male, medicine.medical_specialty, Opportunistic infection, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030230 surgery, Microsporidiosis, Gastroenterology, Albendazole, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Internal medicine, parasitic diseases, medicine, Humans, Enterocytozoon bieneusi, Fumagillin, Registries, Kidney transplantation, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Aged, 0303 health sciences, Transplantation, biology, 030306 microbiology, business.industry, Enterocytozoon, Middle Aged, Spores, Fungal, fumagillin, medicine.disease, biology.organism_classification, Kidney Transplantation, 3. Good health, immunosuppressive regimen, Diarrhea, Infectious Diseases, medicine.symptom, business, medicine.drug
Abstract: Introduction Microsporidiosis is an emerging opportunistic infection in renal transplantation (RT) recipients. We aimed to describe its clinical presentation and treatment. Materials and methods We collected microsporidiosis cases identified in RT recipients between 2005 and 2019 in six French centers from the Crystal, Divat and Astre prospective databases. Results We report 68 RT recipients with intestinal microsporidiosis; the patients were predominantly male (61.8%), with a median age of 58 (46-69) years. Infection occurred at a median time of 3 (0.8-6.8) years posttransplant. Only Enterocytozoon bieneusi was found. Microsporidiosis manifested as diarrhea (98.5% of patients) with weight loss (72.1%) and acute renal injury (57.4%) without inflammatory biological parameters. The therapeutic approaches were no treatment (N = 9), reduction of the immunosuppressive regimen (∆IS) (N = 22), fumagillin alone (N = 9), fumagillin and ∆IS (N = 19), and albendazole or nitazoxanide and ∆IS (N = 9). Overall clinical remission was observed in 60 patients (88.2%). We observed no acute kidney rejection, renal transplant failure or death within 6 months after microsporidiosis. Conclusion E. bieneusi is an underestimated opportunistic pathogen in RT recipients, and infection with E. bieneusi leads to diarrhea with important dehydration and acute renal injury. The treatment is based on the reduction of the immunosuppressive regimen and the administration of fumagillin if available. This article is protected by copyright. All rights reserved.
Published: 2021

15. Puumala Virus Variants Circulating in Forests of Ardennes, France: Ten Years of Genetic Evolution

Author: Franck Boué, Jordi Serra-Cobo, Séverine Murri, Mathilde Couteaudier, Dominique Pontier, Philippe Marianneau, Noël Tordo, Viviane Hénaux, Guillaume Castel, Denis Augot, Frank Sauvage, Marc López-Roig, Elodie Monchatre-Leroy, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Laboratoire de la rage et de la faune sauvage de Nancy (LRFSN), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut de Recerca de la Biodiversitat - Biodiversity Research Institute [Barcelona, Spain] (IRBio UB), Universitat de Barcelona (UB), Department de Biologia Evolutiva, Ecologia i Ciències Ambientals, University of Barcelona, Laboratoire de Lyon [ANSES], Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Morphogénèse et antigénicité du VIH et du virus des Hépatites (MAVIVH - U1259 Inserm - CHRU Tours ), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours)-Université de Tours (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Seenovate, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), LabEx Ecofect, Eco-Evolutionary Dynamics of Infectious Diseases, Stratégies Antivirales, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP), Institut Pasteur de Guinée, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), This research was internally funded by the participating teams and received additional funding from ANSES (Afsset grant EST-2007-75) as well as EU grants FP7-261504 EDENext and FP7-278976 ANTIGONE and the LABEX ECOFECT (ANR-11-LABX-0048) of Université de Lyon., ANR-11-LABX-0048,ECOFECT,Dynamiques eco-évolutives des maladies infectieuses(2011), European Project: 261504,EC:FP7:HEALTH,FP7-HEALTH-2010-single-stage,EDENEXT(2011), European Project: 278976,EC:FP7:HEALTH,FP7-HEALTH-2011-two-stage,ANTIGONE(2011), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Tours-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU TOURS), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANSES (Afsset grant EST-2007-75), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV), Institut Pasteur [Paris], Marchal-Mauer, Sophie, Dynamiques eco-évolutives des maladies infectieuses - - ECOFECT2011 - ANR-11-LABX-0048 - LABX - VALID, Biology and control of vector-borne infections in Europe - EDENEXT - - EC:FP7:HEALTH2011-01-01 - 2015-06-30 - 261504 - VALID, and ANTIcipating the Global Onset of Novel Epidemics - ANTIGONE - - EC:FP7:HEALTH2011-11-01 - 2016-10-31 - 278976 - VALID
Subjects: Microbiology (medical), Orthohantavirus, Rodent, Population, Zoology, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, Article, 03 medical and health sciences, biology.animal, [SDV.BID.SPT] Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, Myodes glareolus, evolution, Nephropathia epidemica, medicine, population dynamics, Immunology and Allergy, Seroprevalence, education, Virus Orthohantavirus, Molecular Biology, 030304 developmental biology, [SDV.MP.VIR] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, 0303 health sciences, education.field_of_study, Genetic diversity, General Immunology and Microbiology, biology, seroprevalence, 030306 microbiology, Microevolution, biology.organism_classification, medicine.disease, Bank vole, Infectious Diseases, microdiversity, [SDV.SPEE] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Medicine, Puumala virus, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract: International audience; In Europe, Puumala virus (PUUV) transmitted by the bank vole (Myodes glareolus) is the causative agent of nephropathia epidemica (NE), a mild form of haemorrhagic fever with renal syndrome. In France, very little is known about the spatial and temporal variability of the virus circulating within bank vole populations. The present study involved monitoring of bank vole population dynamics and PUUV microdiversity over a ten-year period (2000–2009) in two forests of the Ardennes region: Elan and Croix-Scaille. Ardennes region is characterised by different environmental conditions associated with different NE epidemiology. Bank vole density and population parameters were estimated using the capture/marking/recapture method, and blood samples were collected to monitor the overall seroprevalence of PUUV in rodent populations. Phylogenetic analyses of fifty-five sequences were performed to illustrate the genetic diversity of PUUV variants between forests. The pattern of the two forests differed clearly. In the Elan forest, the rodent survival was higher, and this limited turn-over resulted in a lower seroprevalence and diversity of PUUV sequences than in the Croix-Scaille forest. Uncovering the links between host dynamics and virus microevolution is improving our understanding of PUUV distribution in rodents and the NE risk.
Published: 2021

16. Etest ECVs/ECOFFs for detection of resistance in prevalent and three non-prevalent Candida spp. to triazoles and amphotericin B and Aspergillus spp. to caspofungin: Further assessment of modal variability

Author: Damien Dupont, John D. Turnidge, J Fuller, Maiken Cavling Arendrup, A Forastiero, M Dehais, Emilia Cantón, Hélène Guegan, Nathalie Bourgeois, Ana Espinel-Ingroff, Guillermo Garcia-Effron, Laurence Delhaes, B. Bouteille, Teresa Peláez, J Garcia, Cornelia Lass-Flörl, Jesús Guinea, Arnaud Fekkar, Nelesh P. Govender, Françoise Botterel, Eric Dannaoui, Gloria M. González, R Magobo, Sophie Cassaing, Michaela Lackner, Milène Sasso, Sandrine Houzé, Virginia Commonwealth University (VCU), Hôpital Lapeyronie [Montpellier] (CHU), University of Adelaide, Statens Serum Institut [Copenhagen], CHU Henri Mondor, CHU Limoges, CHU Toulouse [Toulouse], Unité de Parasitologie-Mycologie [CHU HEGP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), CHU Bordeaux [Bordeaux], Hospices Civils de Lyon, Departement de Neurologie (HCL), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), University of Western Ontario (UWO), Universidad Nacional del Litoral [Santa Fe] (UNL), Hospital Universitario La Paz, Universidad Autonoma de Nuevo Leon [Mexique] (UANL), National Institute for Communicable Diseases [Johannesburg] (NICD), Institut de recherche en santé, environnement et travail (Irset), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Hospital General Universitario 'Gregorio Marañón' [Madrid], Mère et enfant en milieu tropical : pathogènes, système de santé et transition épidémiologique (MERIT - UMR_D 216), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Paris (UP), Leopold Franzens Universität Innsbruck - University of Innsbruck, Universidad de Oviedo [Oviedo], CHU Henri Mondor [Créteil], Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes (UR)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Mère et enfant en milieu tropical : pathogènes, système de santé et transition épidémiologique (MERIT - UMR_D 261), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris Cité (UPCité)
Subjects: Posaconazole, [SDV]Life Sciences [q-bio], Aspergillus fumigatus, Microbiology, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, Amphotericin B, medicine, Pharmacology (medical), 030212 general & internal medicine, caspofungin, Candida albicans, triazoles, Etest, Candida, Aspergillus spp., Candida, ECOFFS, ECVs, ERG11 mutants, amphotericin B, antifungal resistance, caspofungin, nonprevalent Candida, triazoles, Pharmacology, Voriconazole, ECOFFS, 0303 health sciences, biology, 030306 microbiology, ERG11 mutants, antifungal resistance, biochemical phenomena, metabolism, and nutrition, biology.organism_classification, bacterial infections and mycoses, amphotericin B, Aspergillus spp, nonprevalent Candida, Infectious Diseases, chemistry, ECVs, Caspofungin, Fluconazole, medicine.drug
Abstract: International audience; Susceptibility testing is an important tool in the clinical setting; its utility is based on the availability of categorical endpoints, breakpoints (BPs) or epidemiological cutoff values (ECVs/ECOFFs). CLSI and EUCAST have developed antifungal susceptibility testing, BPs and ECVs for some fungal species. Although the Concentration Gradient Strip BioMerieux Etest is useful for routine testing in the clinical laboratory, ECVs are not available for all agent/species; the lack of clinical data precludes development of BPs. We re-evaluated and consolidated Etest data points from three previous studies, and included new data. We defined ECOFFinder Etest ECVs for three sets of species/agent combinations: fluconazole, posaconazole and voriconazole and 8 Candida spp.; amphotericin B and 3 non-prevalent Candida spp.; and caspofungin and 5 Aspergillus spp. The total of Etest MICs from 23 laboratories (Europe, the Americas, South Africa) included (antifungal agent/dependent): 17,242 Candida albicans, 244 C. dubliniensis, 5,129 C. glabrata species complex (SC), 275 C. guilliermondii (Meyerozyma guilliermondii), 1,133 C. krusei (Pichia kudriavzevii), 933 C. kefyr (Kluyveromyces marxianus), 519 C. lusitaniae (Clavispora lusitaniae), 2,947 C. parapsilosis SC, 2,214 C. tropicalis, 3,212 Aspergillus fumigatus, 232 A. flavus, 181 A. niger, and 267 A. terreus SC isolates. Triazole MICs for 66 confirmed non-wild-type (non-WT) Candida isolates were available (ERG11 point mutations). Distributions fulfilling CLSI ECV criteria were pooled and ECOFFinder Etest ECVs were established for triazoles (9 Candida spp.); amphotericin B (3 less-prevalent Candida spp.) and caspofungin (4 Aspergillus spp.). Etest fluconazole ECVs could be good detectors of Candida non-WT isolates (59/61 Non-WT: 4 of 6 species).
Published: 2021

17. Evolution, systematics and historical biogeography of sand flies of the subgenus Paraphlebotomus (Diptera, Psychodidae, Phlebotomus) inferred using restriction-site associated DNA markers

Author: Cruaud, Astrid, Lehrter, Véronique, Genson, Guenaëlle, Rasplus, Jean-Yves, Depaquit, Jérôme, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), and Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)
Subjects: RC955-962, Whole Genome Amplification, Disease Vectors, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, Medical Conditions, Arctic medicine. Tropical medicine, Medicine and Health Sciences, DNA extraction, Leishmaniasis, Phylogeny, Data Management, Protozoans, Leishmania, Geography, [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], Eukaryota, Phylogenetic Analysis, Genomics, Phylogenetics, Insects, Infectious Diseases, Biogeography, Public aspects of medicine, RA1-1270, Research Article, Genetic Markers, Computer and Information Sciences, Arthropoda, Evolution, Molecular, Middle East, Extraction techniques, parasitic diseases, Genetics, Animals, Humans, Evolutionary Systematics, Taxonomy, Evolutionary Biology, Diptera, Ecology and Environmental Sciences, Organisms, Gene Amplification, Biology and Life Sciences, Invertebrates, Parasitic Protozoans, Insect Vectors, Sand Flies, Research and analysis methods, [SDV.BA.ZI]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Invertebrate Zoology, Species Interactions, Phlebotomus, Earth Sciences, Zoology, Entomology, Animal Distribution
Abstract: Phlebotomine sand flies are the main natural vectors of Leishmania, which cause visceral and tegumentary tropical diseases worldwide. However, their taxonomy and evolutionary history remain poorly studied. Indeed, as for many human disease vectors, their small size is a challenge for morphological and molecular works. Here, we successfully amplified unbiased copies of whole genome to sequence thousands of restriction-site associated DNA (RAD) markers from single specimens of phlebotomines. RAD markers were used to infer a fully resolved phylogeny of the subgenus Paraphlebotomus (11 species + 5 outgroups, 32 specimens). The subgenus was not recovered as monophyletic and we describe a new subgenus Artemievus subg. nov. Depaquit for Phlebotomus alexandri. We also confirm the validity of Ph. riouxi which is reinstated as valid species. Our analyses suggest that Paraphlebotomus sensu nov. originated ca 12.9–8.5 Ma and was possibly largely distributed from peri-Mediterranean to Irano-Turanian regions. Its biogeographical history can be summarized into three phases: i) a first split between Ph. riouxi + Ph. chabaudi and other species that may have resulted from the rise of the Saharan belt ca 8.5 Ma; ii) a Messinian vicariant event (7.3–5.3 Ma) during which the prolonged drought could have resulted in the divergence of main lineages; iii) a recent radiation event (3–2 Ma) that correspond to cycles of wet and dry periods in the Middle East and the East African subregions during the Pleistocene. Interestingly these cycles are also hypothetical drivers of the diversification of rodents, in the burrows of which Paraphlebotomus larvae develop. By meeting the challenge of sequencing pangenomics markers from single, minute phlebotomines, this work opens new avenues for improving our understanding of the epidemiology of leishmaniases and possibly other human diseases transmitted by arthropod vectors., Author summary Phlebotomine sand flies are tiny insects transmitting unicellular parasites called Leishmania worldwide. They are bad flyers and are known to be a group dispersing according to historical events. No invasive species are known within Phlebotomine sandflies. Their taxonomy includes about 40 genera. In the Old World, the subgenus Paraphlebotomus includes the main vectors of Leishmania tropica, the agent of a cutaneous leishmaniasis mostly in North Africa visceral and the Middle West. The goal of this study was to explore the phylogeny and the biogeographical history of this subgenus using a new generation sequencing technique. We successfully amplified DNA copies from the selected DNA extracts, some of them being more than 20 years old. We fully resolved the phylogeny of the subgenus Paraphlebotomus who was not recovered as monophyletic, meaning it does not include all the ascendants of last common ancestor. Consequently, the taxonomy was revised with the creation of a new subgenus. We also suggest that Paraphlebotomus originated about 10 million years ago. After a first split isolating North African species, the Messinian crisis caused by the aridification of the Tethys (the ancestor of the Mediterranean Sea) occurring 7 million years ago allowed the divergence of the main lineages including that of Phlebotomus sergenti the most important vector of the group. Most recent radiation events occurred during the Pleistocene. The historical biogeography of these Phlebotomine sandflies are closely related to that of the Leishmania they transmit.
Published: 2021

18. Experimental infection with Toxoplasma gondii in broiler chickens (Gallus domesticus): seroconversion, tissue cyst distribution, and prophylaxis

Author: Zsuzsa Kalmár, Gereon Schares, Adriana Györke, Cristina Laura Ştefănuţ, Ivana Klun, Vasile Cozma, Viorica Mircean, Zsuzsa Friss, Maria E Nedişan, Andra Toma-Naic, Olgica Djurković-Djaković, Radu Blaga, Isabelle Villena, Amandine Blaizot, Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Friedrich-Loeffler-Institut (FLI), University of Belgrade [Belgrade], Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), and Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)
Subjects: Male, Antibodies, Protozoan, Artemisia annua, 030308 mycology & parasitology, chemistry.chemical_compound, Mice, Random Allocation, 0302 clinical medicine, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Parasite hosting, Tissue Distribution, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 0303 health sciences, biology, Triazines, Antibody titer, Brain, Heart, General Medicine, 3. Good health, Infectious Diseases, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Seroconversion, Female, Antibody, Toxoplasma, Tissue cysts, Genotype, 030231 tropical medicine, TOXOSOURCES, Toxoplasma gondii, Pectoralis Muscles, 03 medical and health sciences, Mouse bioassay, Diclazuril, Nitriles, parasitic diseases, medicine, Animals, Poultry Diseases, [SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, Plants, Medicinal, General Veterinary, Broiler, medicine.disease, biology.organism_classification, Virology, Toxoplasmosis, Toxoplasmosis, Animal, chemistry, Insect Science, biology.protein, Cats, Coccidiostats, Parasitology, Chickens
Abstract: Toxoplasma gondii is a widespread zoonotic protozoan that infects most species of mammals and birds, including poultry. This study aimed to investigate the course of T. gondii infection and the efficacy of diclazuril and Artemisia annua in preventing infection in experimentally infected chickens. Seventy-five 1-month-old chickens, female and male, were randomly divided into five groups (n = 15 each) as follows: (1) uninfected untreated (negative control, NC); (2) infected with T. gondii genotype II/III isolated from a wild cat (group WC); (3) infected with T. gondii genotype II isolated from a domestic cat (group DC); (4) infected with T. gondii domestic cat strain and treated with the anticoccidial diclazuril (group DC-D); and (5) infected with T. gondii domestic cat strain and treated with the medicinal plant Artemisia annua (group DC-A). Clinical signs, body temperature, mortality rate, weight gain, feed conversion ratio, hematological parameters, and the presence of T. gondii–specific IgY antibodies were recorded in all groups. Five chickens per group were euthanized 28 days post-infection (p.i.) and their brains, hearts, and breast muscle tested for T. gondii by mouse bioassay and polymerase chain reaction (PCR). No clinical signs related to the experimental infection were observed throughout the study period. T. gondii–specific antibodies were detected by day 28 p.i., but not in all infected chickens. Overall, T. gondii DNA was detected (bioassay or tissue digests) in all infected and untreated chickens (10/10), while viable parasite (bioassay) was isolated from 7 out of 10 chickens. The parasite was most frequently identified in the brain (7/10). There were no differences in the T. gondii strains regarding clinical infection and the rate of T. gondii detection in tissues. However, higher antibody titers were obtained in chickens infected with T. gondii WC strain (1:192) comparing with T. gondii DC strain (1:48). A. annua reduced replication of the parasite in 3 out of 5 chickens, while diclazuril did not. In conclusion, broiler chickens were resistant to clinical toxoplasmosis, irrespective of the strain (domestic or wild cat strain). The herb A. annua presented prophylactic efficacy by reduced parasite replication. However, further studies are required aiming at the efficacy of diclazuril and A. annua for the prevention of T. gondii infection in chickens using quantitative analysis methods.
Published: 2021

19. Assessment of a Multiplex PCR for the Simultaneous Diagnosis of Intestinal Cryptosporidiosis and Microsporidiosis

Author: Cyril Garrouste, Frédéric Dalle, Frédéric Delbac, Loïc Favennec, Céline Nourrisson, Maxime Moniot, Philippe Poirier, Charlotte Faure, CHU Clermont-Ferrand, Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA), Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), and Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon)
Subjects: 030231 tropical medicine, Microsporidiosis, Pathology and Forensic Medicine, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Multiplex polymerase chain reaction, parasitic diseases, Medicine, Multiplex, Enterocytozoon bieneusi, 0303 health sciences, biology, 030306 microbiology, business.industry, fungi, Cryptosporidium, [SDV.MHEP.HEG]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Hépatology and Gastroenterology, medicine.disease, biology.organism_classification, Virology, Encephalitozoon intestinalis, 3. Good health, Microsporidia, Molecular Medicine, Encephalitozoon, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, business
Abstract: International audience; Microsporidiosis and cryptosporidiosis are associated with chronic diarrhea in immunocompromised patients. The objectives of this study were to: i) assess a multiplex quantitative PCR assay targeting Cryptosporidium spp and the microsporidian Enterocytozoon bieneusi and Encephalitozoon spp, and ii) provide an update on the epidemiology of these pathogens. A prospective study was conducted from January 2017 to January 2019. Performance of the assay was assessed, and all cryptosporidia and microsporidia isolates were genotyped. The sensitivity of the multiplex PCR method reached 1 copy/μL for each targeted pathogen. The sensitivity of co-proantigen testing in the diagnosis of cryptosporidiosis was 73%. The sensitivity of microscopy in the diagnosis of cryptosporidiosis was 64%, and microsporidiosis, 50%. Among the 456 patients included, 14 were positive for Cryptosporidium spp (4 different species); 5, for E. bieneusi; and 2, for Encephalitozoon intestinalis. The overall prevalence of cryptosporidia was 3.1%, and of microsporidia, 1.5%; in kidney transplant recipients (n = 82), corresponding values were 7.3% and 2.4% (6 and 2 patients), respectively. Two cases of E. intestinalis infection were diagnosed in children who had traveled to the tropics. This study is the first to assess a multiplex quantitative PCR method for the simultaneous diagnosis of intestinal microsporidiosis and cryptosporidiosis. The highest prevalences of both pathogens were observed in kidney transplant recipients
Published: 2021

20. Soil contamination by Echinococcus multilocularis in rural and urban vegetable gardens in relation to fox, cat and dog faecal deposits

Author: Christophe Caillot, Carine Peytavin de Garam, Jenny Knapp, Sandra Courquet, Vanessa Bastid, Franck Boué, Jean-Marc Boucher, Vincent Scalabrino, Gérald Umhang, Camille Renault, Laurence Millon, Marie-Lazarine Poulle, Abdou Malik da Silva, Matthieu Bastien, Marine Faisse, Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale (IMBE), Avignon Université (AU)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ecologie marine tropicale dans les Océans Pacifique et Indien (ENTROPIE [Réunion]), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de La Réunion (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Laboratoire de la rage et de la faune sauvage de Nancy (LRFSN), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Laboratoire de Chimie et de Biochimie Pharmacologiques et Toxicologiques (LCBPT - UMR 8601), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Service de parasitologie et mycologie [CHRU de Besançon], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Centre de Recherche et de Formation en Eco-éthologie (2C2A-CERFE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), This work was supported by the 'Zones Ateliers'network and the Conseil Départemental des Ardennes, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de La Réunion (UR)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), and Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE)
Subjects: Veterinary medicine, Soil test, Environmental contamination, Veterinary (miscellaneous), [SDV]Life Sciences [q-bio], 030231 tropical medicine, Foxes, Alveolar echinococcosis, Infectious and parasitic diseases, RC109-216, Echinococcus multilocularis, 030308 mycology & parasitology, Foodborne parasites, 03 medical and health sciences, Feces, Soil, 0302 clinical medicine, Dogs, Soil flotation, Vegetables, Animals, Carnivore, Soil-transmitted parasites, 2. Zero hunger, 0303 health sciences, Copro-qPCR, Repeated sampling, biology, biology.organism_classification, Soil contamination, Molecular analysis, Infectious Diseases, Insect Science, Cats, Animal Science and Zoology, Parasitology, Gardens, Research Article
Abstract: Echinococcus multilocularis eggs are deposited on the ground with the faeces of the carnivore definitive hosts. A reliable assessment of the spatial distribution of E. multilocularis eggs in environments used by humans is crucial for the prevention of alveolar echinococcosis (AE). This study was conducted in 192 rural and 71 urban vegetable gardens in AE endemic areas of north-eastern France. Its objective was to explore the relationship between the spatial distribution of E. multilocularis estimated from the collection and molecular analysis of two types of samples: faeces and soil. A total of 1024 carnivore faeces and 463 soil samples were collected and analysed by real-time PCR. No fox droppings and no positive soil samples were collected from the urban gardens. Positive soil samples, positive carnivore faeces, or both, were found in 42%, 24% and 6% of the sampled rural gardens, respectively. No significant association was found between the detection of E. multilocularis in soil samples collected from 50 gardens during a single sampling session and the extent and frequency of deposits of fox and cat faeces collected during repeated sampling sessions conducted in the previous months. In 19/50 gardens, E. multilocularis was detected in the soil while no positive faeces had been collected in the previous 12 months. Conversely, in 8/50 gardens, no soil samples were positive although positive faeces had been collected in the previous months. Collecting and analysing faeces provide information on soil contamination at a given time, while analysing soil samples provides an overview of long-term contamination.Contamination du sol par Echinococcus multilocularis dans des jardins potagers ruraux et urbains en relation avec les dépôts fécaux de renards, de chats et de chiens.Les œufs d’Echinococcus multilocularis sont déposés sur le sol avec les fèces des carnivores hôtes définitifs. Une évaluation fiable de la distribution spatiale des œufs d’E. multilocularis dans les environnements utilisés par l’homme est cruciale pour la prévention de l’échinococcose alvéolaire (EA). La présente étude a été conduite dans 192 jardins potagers ruraux et 71 jardins potagers urbains des zones endémiques d’EA du nord-est de la France. Son objectif était d’explorer la relation entre la distribution spatiale d’E. multilocularis estimée à partir de la collecte et de l’analyse moléculaire de deux types d’échantillons : des fèces et du sol. Au total, 1024 fèces et 463 échantillons de sol ont été collectés et analysés par PCR en temps réel. Aucun excrément de renard et aucun échantillon de sol positif n’a été collecté dans les jardins urbains. Des échantillons de sol positifs, des fèces de carnivores positives ou les deux ont été trouvés dans 42 %, 24 % et 6 % des jardins ruraux échantillonnés. Aucune association significative n’a été trouvée entre la détection d’E. multilocularis dans les échantillons de sol collectés dans 50 potagers lors d’une unique session d’échantillonnage et l’importance et la fréquence des dépôts de fèces de renards et de chats collectées lors d’échantillonnages répétés conduits au cours des mois précédents. Dans 19/50 potagers, E. multilocularis a été détecté dans le sol alors qu’aucun excrément positif n’avait été collectés dans les 12 mois précédents. A l’inverse, dans 8/50 potagers aucun échantillon de sol n’était positif alors que des fèces positives avait été collectées dans les mois précédents. La collecte et l’analyse de fèces renseignent sur la contamination du sol à un instant donné, alors que l’analyse d’échantillons de sol fournissent un aperçu de la contamination à long terme.
Published: 2021

21. Investigation of antiparasitic activity of ten European tree bark extracts on Toxoplasma gondii and bioguided identification of triterpenes in Alnus glutinosa barks

Author: Darme, Pierre, Spalenka, Jérémy, Hubert, Jane, Escotte-Binet, Sandie, Debelle, Laurent, Villena, Isabelle, Sayagh, Charlotte, Borie, Nicolas, Martinez, Agathe, Renault, Jean-Hugues, Bertaux, Benjamin, Voutquenne-Nazabadioko, Laurence, Aubert, Dominique, Institut de Chimie Moléculaire de Reims - UMR 7312 (ICMR), SFR Condorcet, Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), NatExplore, Matrice extracellulaire et dynamique cellulaire - UMR 7369 (MEDyC), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), and Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Alnus glutinosa, bark, antiparasitic, toxoplasma gondii, Betulaceae, apicomplexa, triterpene, [SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, [CHIM.THER]Chemical Sciences/Medicinal Chemistry, [SDV.BV.BOT]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Botanics
Abstract: International audience; Toxoplasmosis is a worldwide parasitosis that affects one-third of the population. People at risk, such as immunocompromised patients (AIDS, chemotherapy treatment) or fetuses (maternal-fetal transmission) can develop severe forms of the disease. The antiparasitic activity of extracts of different polarities ( n -heptane, MeOH, MeOH/H 2 O) of ten tree species endemics to temperate regions was investigated against Toxoplasma gondii infection in vitro . Our results showed that the n -heptane extract of the black alder ( Alnus glutinosa ) exhibited a significant antiparasitic activity without any cytotoxicity at the tested concentrations, with an IC 50 of up to 25.08 μg/mL and a selectivity index higher than 3.99. The chemical profiling of this extract revealed triterpenes as major constituents. The ability of commercially available triterpene (betulin, betulinic acid, and betulone) to inhibit the growth of T. gondii was evaluated and showed growth inhibition rates of 44%, 49%, and 99% at 10 μM, respectively.
Published: 2021

22. Taxonomical insights and ecology of sandfly (Diptera, Psychodidae) species in six provinces of Northern Vietnam

Author: Vu Sinh Nam, Tran Hai Son, Tran Vu Phong, Tran Cong Tu, Tran Nhu Duong, Dang Duc Anh, Nguyen Thi Yen, Vu Thi Lieu, Ngo Khanh Phuong, Nguyen Viet Hoang, Hoàng Ngọc Anh, Cassan Cécile, Prudhomme Jorian, Depaquit Jérôme, Rahola Nil, Bañuls Anne-Laure, National Institute of Hygiene and Epidemiology [Hanoi, Vietnam] (NIHE), Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Transmission Vectorielle et Épidémiosurveillance de Maladies Parasitaires - EA 4688 (VECPAR), SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), and Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)
Subjects: Male, Veterinary (miscellaneous), [SDV]Life Sciences [q-bio], 030231 tropical medicine, Infectious and parasitic diseases, RC109-216, Leishmaniasis risk, 030308 mycology & parasitology, 03 medical and health sciences, Dogs, 0302 clinical medicine, Animals, Spatial distribution, Sandfly, Leishmaniasis, 0303 health sciences, Northern Vietnam, Ecology, Sergentomyia, Infectious Diseases, Vietnam, Insect Science, Phlebotomus, Female, Animal Science and Zoology, Parasitology, Psychodidae, Research Article
Abstract: We studied sandfly (Diptera: Psychodidae) populations in six provinces of Vietnam. This work explores the diversity of sandfly species according to the province, as well as environment, and updated information on public health since leishmaniasis cases were reported in two provinces. Sandflies were collected using 428 CDC light traps from May 30 to October 13, 2016 and identified based on the morphology of the cibarium, pharynx and/or male genitalia or female spermathecae. A total of 2585 sandflies belonging to five genera and 13 identified species were collected. The main species were: the Sergentomyia barraudi group (12.53%), Se. sylvatica (9.63%) and Phlebotomus stantoni (3.95%). In all, 294 Sergentomyia specimens classified as Se. sp2 and Se. sp3 and a heterogeneous group, herein called Se. und_sp., showed unknown morphological characteristics requiring further studies. We provide detailed comments about morphological description and taxonomical identification in order to help standardization of sandfly classification in Southeast Asia. We observed differentiation according to the provinces in terms of density and species richness, with Lang Son having the highest density and Ninh Binh having the highest species richness. The majority of specimens were collected in rock caves and outdoors, suggesting mainly cavernicolous and exophilic characters of sandfly species in Northern Vietnam. However, specimens were also collected in intra- and peri-domiciliary sites. It is worth noting that Ph. stantoni was the main species found in dog sheds and indoors, and in particular in a leishmaniasis patient's house.Aperçu taxonomique et écologie des espèces de phlébotomes (Diptera, Psychodidae) dans six provinces du nord du Vietnam.Nous avons étudié les populations de phlébotomes (Diptera : Psychodidae) dans six provinces du Vietnam. Ce travail explore la diversité des espèces de phlébotomes selon les provinces, les environnements et les informations mises à jour sur la santé publique depuis que des cas de leishmanioses ont été signalés dans deux provinces. Des phlébotomes ont été collectés à l’aide de 428 pièges lumineux CDC du 30 mai au 13 octobre 2016 et identifiés sur la base de la morphologie du cibarium, du pharynx et/ou des organes génitaux des mâles ou des spermathèques des femelles. Au total, 2585 phlébotomes, appartenant à cinq genres et 13 espèces identifiées, ont été collectés. Les principales espèces étaient : le groupe Sergentomyia barraudi (12,53 %), Se. sylvatica (9,63 %) et Phlebotomus stantoni (3,95 %). 294 spécimens de Sergentomyia classés comme Se. sp2 et Se. sp3 et un groupe hétérogène ici appelé Se. und_sp. ont montré des caractéristiques morphologiques inconnues nécessitant des études complémentaires. Nous fournissons des commentaires détaillés sur la description morphologique et l’identification taxonomique afin d’aider à la normalisation de la classification des phlébotomes en Asie du Sud-Est. Nous avons observé une différenciation selon les provinces en termes de densité et de richesse en espèces, avec Lang Son ayant la plus forte densité et Ninh Binh ayant la plus grande richesse en espèces. La majorité des spécimens ont été collectés dans des grottes rocheuses et à l’extérieur, suggérant principalement des caractères cavernicoles et exophiles des espèces de phlébotomes du nord du Vietnam. Cependant, des spécimens ont également été collectés dans des sites intra et péri-domiciliaires. Il convient de noter que Ph. stantoni était la principale espèce trouvée dans les abris pour chiens et à l’intérieur, notamment dans la maison d’un patient atteint de leishmaniose.
Published: 2021

23. Outbreak of Amazonian Toxoplasmosis: A One Health Investigation in a Remote Amerindian Community

Author: Romain Blaizot, Cécile Nabet, Laure Laghoe, Benjamin Faivre, Sandie Escotte-Binet, Felix Djossou, Emilie Mosnier, Fanny Henaff, Denis Blanchet, Aurélien Mercier, Marie-Laure Dardé, Isabelle Villena, Magalie Demar, Service des maladies infectieuses, Hopital Andree Rosemond, Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française], Ecosystemes Amazoniens et Pathologie Tropicale (EPat), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Guyane (UG), Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), Centre National de Référence (CNR) Toxoplasmose/Toxoplasma Biological Resource Center (BRC) (CNR Toxoplasmose-Toxoplasma BRC), CHU Limoges, Unité des Maladies Infectieuses et Tropicales (UMIT), Laboratoire Hospitalo-Universitaire de Parasitologie-Mycologie, Coordination Régionale de la lutte contre le Virus de L'Immunodéficience Humaine (COREVIH)-Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française]-Université des Antilles (UA), Neuroépidémiologie Tropicale (NET), Institut Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST), Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM)-CHU Limoges-Institut d'Epidémiologie Neurologique et de Neurologie Tropicale-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), CHU Limoges-Institut d'Epidémiologie Neurologique et de Neurologie Tropicale-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST), Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM), and Gestionnaire, HAL Sorbonne Université 5
Subjects: 0301 basic medicine, Microbiology (medical), medicine.medical_specialty, parasitology, 030106 microbiology, Immunology, lcsh:QR1-502, Microbiology, lcsh:Microbiology, Disease Outbreaks, 03 medical and health sciences, Cellular and Infection Microbiology, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Environmental health, Epidemiology, medicine, Humans, One Health, indigenous, Original Research, 2. Zero hunger, biology, outbreak, Transmission (medicine), Public health, Zoonosis, Toxoplasma gondii, Outbreak, 15. Life on land, biology.organism_classification, medicine.disease, Toxoplasmosis, rainforest (Amazon forest), 3. Good health, French Guiana, 030104 developmental biology, Infectious Diseases, [SDV.MHEP.MI] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Toxoplasma, toxoplasmosis
Abstract: International audience; Background: Toxoplasma gondii is a parasite of worldwide importance but its burden in indigenous communities remains unclear. In French Guiana, atypical strains of T. gondii originating from a complex rainforest cycle involving wild felids have been linked to severe infections in humans. These cases of Amazonian toxoplasmosis are sporadic and outbreaks are rarely described. We report on the investigation of an outbreak of acute toxoplasmosis in a remote Amerindian village. We discuss the causes and consequences of this emergence.Methods: In May 2017, during the rainy season and following an episode of flooding, four simultaneous cases of acute toxoplasmosis were serologically confirmed in two families living the village. Other non-diagnosed cases were then actively screened by a medical team along with epidemiological investigations. Inhabitants from nine households were tested for T. gondii antibodies and parasite DNA by PCR when appropriate. Samples of water, cat feces and cat rectal swabs, soil, and meat were tested for T. gondii DNA by PCR. Positive PCR samples with sufficient DNA amounts were genotyped using 15 microsatellite markers.Results: Between early May and early July 2017, out of 54 tested inhabitants, 20 cases were serologically confirmed. A fetus infected at gestational week 10 died but other cases were mild. Four patients tested positive for parasite DNA and two identical strains belonging to an atypical genotype could be isolated from unrelated patients. While domestic cats had recently appeared in the vicinity, most families drank water from unsafe sources. Parasite DNA was recovered from one water sample and nine soil samples. Three meat samples tested positive, including wild and industrial meat.Conclusions: The emergence of toxoplasmosis in such a community living in close contact with the Amazon rainforest is probably multifactorial. Sedentary settlements have been built in the last few decades without providing safe water sources, increasing the risk of parasite circulation in cases of dangerous new habits such as cat domestication. Public health actions should be implemented in these communities such as safe water supply, health recommendations, and epidemiological surveillance of acute toxoplasmosis. A “One Health” strategy of research involving medical anthropology, veterinary medicine, and public health needs to be pursued for a better understanding of the transmission routes and the emergence of this zoonosis.
Published: 2020

24. Fluorescent bead-based serological detection of Toxoplasma gondii infection in chickens

Author: Martin Koethe, Benedikt T. Fabian, Isabelle Villena, Gereon Schares, Frank Seeber, Dominique Aubert, Berit Bangoura, Franz Josef Conraths, Fatima Hedar, Pavlo Maksimov, Robert Koch Institute [Berlin] (RKI), Friedrich-Loeffler-Institut (FLI), Leipzig University, Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), and Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims)
Subjects: 0301 basic medicine, Serum, Multiplexing, Serology, 0302 clinical medicine, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Direct agglutination test, Bioassay, Multiplex, SAG1, Fluorescent Antibody Technique, Indirect, 2. Zero hunger, medicine.diagnostic_test, Primary and secondary antibodies, Infectious Diseases, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, MAT, ELISA, Antibody, Toxoplasma, Magnetic-Capture PCR, 030231 tropical medicine, TOXOSOURCES, Toxoplasma gondii, Antigens, Protozoan, Enzyme-Linked Immunosorbent Assay, Luminex assay, Biology, Immunofluorescence, Microbiology, lcsh:Infectious and parasitic diseases, 03 medical and health sciences, Antigen, parasitic diseases, medicine, Animals, Serologic Tests, lcsh:RC109-216, Poultry Diseases, [SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, Research, biology.organism_classification, Virology, IFAT, 030104 developmental biology, Toxoplasmosis, Animal, biology.protein, Parasitology, Chickens, Real-time PCR
Abstract: Background Free-ranging chickens are often infected with Toxoplasma gondii and seroconvert upon infection. This indicates environmental contamination with T. gondii. Methods Here, we established a bead-based multiplex assay (BBMA) using the Luminex technology for the detection of T. gondii infections in chickens. Recombinant biotinylated T. gondii surface antigen 1 (TgSAG1bio) bound to streptavidin-conjugated magnetic Luminex beads served as antigen. Serum antibodies were detected by a fluorophore-coupled secondary antibody. Beads of differing color codes were conjugated with anti-chicken IgY or chicken serum albumin and served for each sample as an internal positive or negative control, respectively. The assay was validated with sera from experimentally and naturally infected chickens. The results were compared to those from reference methods, including other serological tests, PCRs and bioassay in mice. Results In experimentally infected chickens, the vast majority (98.5%, n = 65/66) of birds tested seropositive in the BBMA. This included all chickens positive by magnetic-capture PCR (100%, n = 45/45). Most, but not all inoculated and TgSAG1bio-BBMA-positive chickens were also positive in two previously established TgSAG1-ELISAs (TgSAG1-ELISASL, n = 61/65; or TgSAG1-ELISASH, n = 60/65), or positive in an immunofluorescence assay (IFAT, n = 64/65) and in a modified agglutination test (MAT, n = 61/65). All non-inoculated control animals (n = 28/28, 100%) tested negative. In naturally exposed chickens, the TgSAG1bio-BBMA showed a high sensitivity (98.5%; 95% confidence interval, CI: 90.7–99.9%) and specificity (100%; 95% CI: 85.0–100%) relative to a reference standard established using ELISA, IFAT and MAT. Almost all naturally exposed chickens that were positive in bioassay or by PCR tested positive in the TgSAG1bio-BBMA (93.5%; 95% CI: 77.1–98.9%), while all bioassay- or PCR-negative chickens remained negative (100%; 95% CI: 85.0–100%). Conclusions The TgSAG1bio-BBMA represents a suitable method for the detection of T. gondii infections in chickens with high sensitivity and specificity, which is comparable or even superior to other tests. Since assays based on this methodology allow for the simultaneous analysis of a single biological sample with respect to multiple analytes, the described assay may represent a component in future multiplex assays for broad serological monitoring of poultry and other farm animals for various pathogens.
Published: 2020

25. Epidemiological investigation for grouped cases of Trichosporon asahii using whole genome and IGS1 sequencing

Author: N. Brieu, B. Sendid, E. Sitterle, Frédéric Gabriel, I. Poilane, D. Moissenet, Christine Aznar, V. Blanc, N. Traversier, M. Sasso, N. Godineau, O. Eloy, Corinne Maufrais, Danièle Maubon, H. Rabérin, C. Lawrence, P. Mariani, P. Cahen, C. Bonnal, B. Bouteille, M. Cornet, F. Moriot, B. Heym, Elisabeth Chachaty, Dominique Toubas, M. Nicolas, Sophie Cassaing, A. Paugam, S. Picot, E. Moalic, Adela Angoulvant, Loïc Favennec, Françoise Dromer, M. Gari‐toussaint, Marc Pihet, Taieb Chouaki, Magalie Pierre Demar, Frédéric Grenouillet, N. Fauchet, L. Collet, Frédéric Dalle, Marie-Elisabeth Bougnoux, Céline Nourrisson, Marie Desnos-Ollivier, O. Faure, Françoise Botterel, C. Nabet, N. Bourgeois, E. Bailly, Dorothée Quinio, Alexandre Alanio, O. Mouquet, S. Brun, S. Bland, Julie Bonhomme, Jean-Pierre Gangneux, Stéphane Ranque, Philippe Poirier, N. Desbois, Florence Persat, Anne-Pauline Bellanger, H. Piarroux, E. Forget, L. Lachaux, V. Bru, Laurence Millon, A. Minoza, C. Kauffman, L. Hasseine, Martine Wallon, A.L. Roux, D. Poisson, S. Bonacorsi, Mycologie moléculaire - Molecular Mycology, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d'Informatique pour la Biologie, Institut Pasteur [Paris], Laboratoire de Parasitologie-Mycologie (CHU d'Angers), Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), Groupe d'Étude des Interactions Hôte-Pathogène (GEIHP), Université d'Angers (UA), SFR UA 4208 Interactions Cellulaires et Applications Thérapeutiques (ICAT), Laboratoire Hospitalo-Universitaire de Parasitologie-Mycologie, Coordination Régionale de la lutte contre le Virus de L'Immunodéficience Humaine (COREVIH)-Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française]-Université des Antilles (UA), Observatoires Régionaux du Pneumocoque, Partenaires INRAE, Université de Picardie Jules Verne (UPJV), Service de parasitologie et mycologie [CHRU de Besançon], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest), Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA), Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Henri Mondor-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), CEA-Direction des Energies (ex-Direction de l'Energie Nucléaire) (CEA-DES (ex-DEN)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Thérapeutique Recombinante Expérimentale (TIMC-IMAG-TheREx ), Techniques de l'Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications Grenoble - UMR 5525 (TIMC-IMAG), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP ), Université Grenoble Alpes (UGA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP ), Université Grenoble Alpes (UGA), Laboratoire de parasitologie [Pointe-à-Pitre], CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe], Ecosystemes Amazoniens et Pathologie Tropicale (EPat), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Guyane (UG), CHU Tenon [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), CHU Sud Saint Pierre [Ile de la Réunion], Centre Hospitalier de Versailles André Mignot (CHV), Hôpital Huriez, CHU Limoges, Hospices Civils de Lyon (HCL), Institut de parasitologie et mycologie médicale, Vecteurs - Infections tropicales et méditerranéennes (VITROME), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA), Service de Maladies Infectieuses et Tropicales [Fort-de-France, Martinique], CHU Fort de France-CHU de la Martinique [Fort de France]-Hôpital Pierre Zobda-Quitman [CHU de la Martinique], CHU de la Martinique [Fort de France], Hydrosciences Montpellier (HSM), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice), Matrice extracellulaire et dynamique cellulaire - UMR 7369 (MEDyC), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Parasitologie-Mycologie [Rennes], Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-CHU Pontchaillou [Rennes], Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Hôpital Delafontaine, Centre Hospitalier de Saint-Denis [Ile-de-France], Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne (CHU de Saint-Etienne), Service de Parasitologie et Mycologie, CHU Toulouse [Toulouse]-Institut Fédératif de Biologie (IFB) - Hôpital Purpan, Hôpital Purpan [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse]-CHU Toulouse [Toulouse]-Hôpital Purpan [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse], Hôpital universitaire Bichat, Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Hopital Saint-Louis [AP-HP] (AP-HP), CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Institut Curie [Paris], Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP), Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-CHU Pontchaillou [Rennes], Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne [CHU Saint-Etienne] (CHU ST-E), Service de Parasitologie et Mycologie [CHU Toulouse], Institut Fédératif de Biologie (IFB), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Pôle Biologie [CHU Toulouse], and Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)
Subjects: 0301 basic medicine, Adult, Male, Antifungal Agents, Adolescent, Genotype, Genotyping Techniques, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030106 microbiology, Single-nucleotide polymorphism, Dermatology, Trichosporon asahii, Biology, Genome, DNA, Ribosomal, 030207 dermatology & venereal diseases, 03 medical and health sciences, Young Adult, 0302 clinical medicine, Trichosporonosis, medicine, Humans, Child, DNA, Fungal, Mycological Typing Techniques, Genotyping, Phylogeny, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Aged, Genetics, Voriconazole, Whole genome sequencing, Whole Genome Sequencing, Basidiomycota, Haplotype, Infant, General Medicine, Sequence Analysis, DNA, Middle Aged, medicine.disease, 3. Good health, Infectious Diseases, Child, Preschool, Female, France, Genome, Fungal, medicine.drug
Abstract: BACKGROUND Trichosporonosis is a rare invasive infection in humans mainly due to Trichosporon asahii, and especially recovered from patients having haematological malignancy. Since 2012, IGS1 region sequencing is used as a genotyping method to distinguish isolates, with high frequency of one haplotype worldwide and a geographic specificity for some haplotypes. OBJECTIVES We compared the IGS1 genotyping method and whole genome sequencing (WGS) to study the relationship between clinical isolates involved in two grouped cases in France. METHODS IGS1 sequencing and antifungal susceptibility testing were performed for 54 clinical isolates. Clinical data for 28 isolates included in surveillance programs were analysed. Whole genome was sequenced for 32 clinical isolates and the type strain. RESULTS All isolates were intrinsically resistant to flucytosine, while voriconazole had the most potent in vitro activity. The majority of the isolates was recovered from patients with haematological malignancies (42.86%), with a high proportion of children (
Published: 2020

26. Two new phlebotomine sandflies (Diptera: Psychodidae) from the forest edge in Madagascar: the anthropophilic Phlebotomus artemievi sp. nov. and Sergentomyia maroantsetra ensis sp. nov

Author: Sébastien Boyer, Jérôme Depaquit, Jean-Philippe Martinet, Luciano Michaël Tantely, Christopher D. Golden, Fano José Randrianambinintsoa, Vincent Robert, Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Unité d'Entomologie Médicale [Antananarivo, Madagascar] (IPM), Institut Pasteur de Madagascar, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Hôpital Maison Blanche, Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Harvard T.H. Chan School of Public Health, Madagascar Health and Environmental Research [Maroantsetra, Madagascar] (MAHERY), Institut Pasteur du Cambodge, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), and Field data collection was funded by the Madagascar Health and Environmental Research (MAHERY) team and the Institut Pasteur de Madagascar.
Subjects: Biotope, Male, 030231 tropical medicine, Zoology, Phlebotomus artemievi sp. nov, Disease Vectors, Forests, Madaphlebotomus, 030308 mycology & parasitology, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Anthropophily, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Natural park, Madagascar, Animals, Disease ecology, Psychodidae, Ecosystem, [SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, 0303 health sciences, General Veterinary, biology, General Medicine, 15. Life on land, biology.organism_classification, Infectious Diseases, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Insect Science, Phlebotomus, Ensis, Vector ecology, Phlebotomine sandflies, Parasitology, Female, Morphological and molecular taxonomy, Sergentomyia maroantsetraensis sp. nov
Abstract: International audience; A few data are related to the anthropophily of Malagasy Phlebotomine sandflies. Prior studies focussed mainly to inventories and description of new species. Our goal was to emphasize the anthropophily of Malagasy Phlebotomine sandflies. We worked in the Makira region, using two simultaneous methods: human landing catches (HLC) and CDC light traps. We collected sandflies in three rural communities adjacent to the Makira Natural Park. In each community, three different biotopes were sampled: within community settlements; at the edge of forest, typically in agricultural land; and within the forest. We collected 61 sandflies belonging to two new species presently described: Phlebotomus artemievi sp. nov. and Sergentomyia maroantsetraensis sp. nov. These sandflies were caught exclusively in the forest edge biotope. None were captured within communities or within forests. HLC provided 97% of the collected sandflies, corresponding to a human-biting rate of 15 females per human per night. CDC provided only two females. Ph. artemievi sp. nov. was predominantly captured by HLC and appears to be highly anthropophilic. Here, we update the behavioural ecology of sandflies and describe two new species. Further research is required to understand their vector competence and their ability to transmit arboviruses and other pathogens such as Leishmania.
Published: 2020

27. Antifungal susceptibility testing practices in mycology laboratories in France, 2018

Author: E. Mazars, Jean-Pierre Gangneux, Isabelle Accoceberry, Valérie Letscher-Bru, B. Bouteille, O. Augereau, V. Risco-Castillo, Sophie Brun, Jean-Philippe Bouchara, Arnaud Fekkar, Jacques Guillot, E. Bailly, André Paugam, Y. Le Govic, R.-A. Lavergne, Taieb Chouaki, C. Angebault, Emilie Frealle, Damien Costa, Adela Angoulvant, J. Dorin, Florence Persat, P. Bourdeau, Eric Dannaoui, Céline Nourrisson, Julie Bonhomme, S. Larréché, K. Brunet, Françoise Foulet, L. Hasseine, Anne-Pauline Bellanger, Y. Senghor, Stéphane Ranque, A.-M. Camin-Ravenne, Marie Machouart, Juliette Guitard, N. Desbois, F. Bert, Françoise Botterel, Marie-Elisabeth Bougnoux, Laurence Lachaud, S. Le Gal, Sophie Cassaing, Milène Sasso, Marc Sautour, Boualem Sendid, A. Fiacre, Antoine Huguenin, C. Bonnal, M. Cornet, Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de parasitologie [Mondor], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Henri Mondor-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Hôpital universitaire Bichat, CHU Bordeaux [Bordeaux], Dynamic Microbiology - EA 7380 (DYNAMIC), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est (UPE)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Service de Parasitologie-Mycologie, AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) (GQE-Le Moulon), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre Hospitalier Régional d'Orléans (CHRO), Hôpital Universitaire de Tours, Hôpital Beaujon, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Groupe d'Étude des Interactions Hôte-Pathogène (GEIHP), Université d'Angers (UA), Laboratoire de Parasitologie-Mycologie (CHU d'Angers), Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), Biologie et Pathogénicité fongiques - Fungal Biology and Pathogenicity (BPF), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS), CHU Limoges, Hôpital Avicenne [AP-HP], Centre hospitalier universitaire de Poitiers (CHU Poitiers), Pharmacologie des anti-infectieux (PHAR), Université de Poitiers-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier de Bigorre [Tarbes], Service de Parasitologie et Mycologie [CHU Toulouse], Institut Fédératif de Biologie (IFB), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Pôle Biologie [CHU Toulouse], Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Université de Picardie Jules Verne (UPJV), Techniques de l'Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications Grenoble - UMR 5525 (TIMC-IMAG), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP ), Université Grenoble Alpes (UGA), CHU Rouen, Normandie Université (NU), Service de Maladies Infectieuses et Tropicales [Fort-de-France, Martinique], CHU Fort de France-CHU de la Martinique [Fort de France]-Hôpital Pierre Zobda-Quitman [CHU de la Martinique], CHU de la Martinique [Fort de France], Service de Parasitologie-Mycologie [CHRU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Service de Parasitologie-Mycologie [CHRU LIlle], Institut de Microbiologie [CHRU Lille], Pôle de Biologie Pathologie Génétique [CHU Lille], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Pôle de Biologie Pathologie Génétique [CHU Lille], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Ecologie du parasitisme - EA 3609 (ECOPA), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Université de Lille, Droit et Santé, Service de Parasitologie-Mycologie [Rennes], Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-CHU Pontchaillou [Rennes], CHU Saint-Antoine [AP-HP], Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice), Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Hôpital d'Instruction des Armées Begin, Service de Santé des Armées, Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Laboratoire de Parasitologie et Mycologiede [CHRU Brest], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest), Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS), CHU Valenciennes, Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital Cochin [AP-HP], Vecteurs - Infections tropicales et méditerranéennes (VITROME), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA), Laboratoire de Biomécanique et Biomatériaux Ostéo-Articulaires (B2OA), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Laboratoire de parasitologie mycologie (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Institute for Translational Research in Inflammation - U 1286 (INFINITE (Ex-Liric)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Hôpital Henri Mondor, Unité de Parasitologie-Mycologie [CHU HEGP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), We are very grateful to Dominique Toubas for all the help she provided for the preparation and smooth running of our meeting. We also thank all our colleagues who participate to the meeting and discuss the results of the present survey., Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Research Group Dynamyc , EA 7380, EnvA (DynamYc), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est (UPE), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS), Centre Hospitalier de Bigorre (Tarbes), Service de Parasitologie et Mycologie, CHU Toulouse [Toulouse]-Institut Fédératif de Biologie (IFB) - Hôpital Purpan, Hôpital Purpan [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse]-CHU Toulouse [Toulouse]-Hôpital Purpan [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse], Univ. Grenoble Alpes, CNRS, CHU Grenoble Alpes, Grenoble INP*, TIMC-IMAG, Grenoble, France, EA3609, Laboratoire ECOPA, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-CHU Pontchaillou [Rennes], Service de Parasitologie - Mycologie [CHU Saint-Antoine], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA), Translational Innovation in Medicine and Complexity / Recherche Translationnelle et Innovation en Médecine et Complexité - UMR 5525 (TIMC ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Institut Fédératif de Biologie (IFB) - Hôpital Purpan, CHU Toulouse [Toulouse]-CHU Toulouse [Toulouse], Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), and Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)
Subjects: Antifungal, Quality Control, medicine.medical_specialty, Susceptibility testing, Laboratory Proficiency Testing, Antifungal Agents, medicine.drug_class, Laboratory practice, Microbial Sensitivity Tests, Mycology, History, 21st Century, 03 medical and health sciences, [SDV.MHEP.CSC]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Cardiology and cardiovascular system, Disk Diffusion Antimicrobial Tests, Drug Resistance, Fungal, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Surveys and Questionnaires, medicine, Humans, Medical physics, [SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, Antifungal susceptibility testing, Etest, 0303 health sciences, [SDV.MHEP.ME]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Emerging diseases, 030306 microbiology, Professional Practice, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, 3. Good health, Infectious Diseases, Geography, Mic values, MIC value interpretation, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, France, Laboratories
Abstract: International audience; A survey of mycology laboratories for antifungal susceptibility testing (AFST) was undertaken in France in 2018, to better understand the difference in practices between the participating centers and to identify the difficulties they may encounter as well as eventual gaps with published standards and guidelines. The survey captured information from 45 mycology laboratories in France on how they perform AFST (number of strains tested, preferred method, technical and quality aspects, interpretation of the MIC values, reading and interpretation difficulties). Results indicated that 86% of respondents used Etest as AFST method, with a combination of one to seven antifungal agents tested. Most of the participating laboratories used similar technical parameters to perform their AFST method and a large majority used, as recommended, internal and external quality assessments. Almost all the participating mycology laboratories (98%) reported difficulties to interpret the MIC values, especially when no clinical breakpoints are available. The survey highlighted that the current AFST practices in France need homogenization, particularly for MIC reading and interpretation.
Published: 2020

28. Corneal Pharmacokinetics of Voriconazole and Posaconazole following Intrastromal Injection and Posaconazole Eye Drops Instillation in Rats

Author: Gueudry, Julie, Le Goff, Laetitia, Lamoureux, Fabien, Pereira, Tony, Levefre, Sabine, Razakandrainibe, Romy, Costa, Damien, Ballet, Jean, Muraine, Marc, Ballet, Jean Jacques, Favennec, Loïc, Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), and Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)
Subjects: Male, endocrine system, medicine.medical_specialty, Posaconazole, Antifungal Agents, Antifungal drugs, Corneal Stroma, [SDV]Life Sciences [q-bio], Administration, Ophthalmic, Microbial Sensitivity Tests, Infectious Keratitis, Cornea, Rats, Sprague-Dawley, 03 medical and health sciences, Cellular and Molecular Neuroscience, 0302 clinical medicine, Pharmacokinetics, Tandem Mass Spectrometry, Ophthalmology, medicine, Animals, Fungal keratitis, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Voriconazole, Blindness, business.industry, Triazoles, medicine.disease, Sensory Systems, 3. Good health, Rats, medicine.anatomical_structure, 030221 ophthalmology & optometry, Injections, Intraocular, Ophthalmic Solutions, business, 030217 neurology & neurosurgery, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, medicine.drug, Chromatography, Liquid
Abstract: Purpose/Aims: Infectious keratitis is a major cause of visual impairment and blindness worldwide. Common difficulties in treating fungal keratitis prompt new therapeutic possibilities. In this stud...
Published: 2020

29. Use of the bivalve Dreissena polymorpha as a biomonitoring tool to reflect the protozoan load in freshwater bodies

Author: Dominique Aubert, Elodie Géba, Catherine Cazeaux, Jitender P. Dubey, Alain Geffard, Fanny Bastien, Stéphanie La Carbona, Mélissa Palos Ladeiro, Isabelle Villena, Loïc Durand, Sandy Escotte, Aurélie Bigot-Clivot, Isabelle Bonnard, Stress Environnementaux et BIOsurveillance des milieux aquatiques (SEBIO), Institut National de l'Environnement Industriel et des Risques (INERIS)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université Le Havre Normandie (ULH), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-SFR Condorcet, Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Actalia [Saint-Lô], Animal Parasitic Diseases Laboratory [Beltsville, USA], United States Department of Agriculture (USDA)-USDA Agricultural Research Service [Beltsville, Maryland], and USDA-ARS : Agricultural Research Service-USDA-ARS : Agricultural Research Service
Subjects: animal structures, Environmental Engineering, Freshwater bivalve, animal diseases, 0208 environmental biotechnology, Cryptosporidiosis, Cryptosporidium, Zoology, Fresh Water, 02 engineering and technology, 010501 environmental sciences, 01 natural sciences, Dreissena, parasitic diseases, Biomonitoring, Animals, 14. Life underwater, Waste Management and Disposal, Ecosystem, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 0105 earth and related environmental sciences, Water Science and Technology, Civil and Structural Engineering, [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, biology, Ecological Modeling, Aquatic ecosystem, fungi, Mussel, biology.organism_classification, Pollution, 6. Clean water, Bivalvia, 020801 environmental engineering, Cryptosporidium parvum, Zebra mussel, Protozoa, Biological Monitoring
Abstract: Cryptosporidium parvum, Toxoplasma gondii and Giardia duodenalis are worldwide pathogenic protozoa recognized as major causal agents of waterborne disease outbreaks. To overcome the normative process (ISO 15553/2006) limitations of protozoa detection in aquatic systems, we propose to use the zebra mussel (Dreissena polymorpha), a freshwater bivalve mollusc, as a tool for biomonitoring protozoan contamination. Mussels were exposed to three concentrations of C. parvum oocysts, G. duodenalis cysts or T. gondii oocysts for 21 days followed by 21 days of depuration in clear water. D. polymorpha accumulated protozoa in its tissues and haemolymph. Concerning T. gondii and G. duodenalis, the percentage of protozoa positive mussels reflected the contamination level in water bodies. As for C. parvum detection, oocysts did accumulate in mussel tissues and haemolymph, but in small quantities, and the limit of detection was high (between 50 and 100 oocysts). Low levels of T. gondii (1–5 oocysts/mussel) and G. duodenalis (less than 1 cyst/mussel) were quantified in D. polymorpha tissues. The ability of zebra mussels to reflect contamination by the three protozoa for weeks after the contamination event makes them a good integrative matrix for the biomonitoring of aquatic ecosystems.
Published: 2020

30. Epidémie de toxoplasmose amazonienne en territoire amérindien : analyse d'une situation d'émergence

Author: Blaizot, Romain, Nabet, Cécile, Laghoe, L., Faivre, B., Escotte-Binet, Sandie, Djossou, Félix, Mosnier, Emilie, Henaff, Fanny, Blanchet, Denis, Mercier, Aurélien, Dardé, Marie-Laure, Villena, Isabelle, Demar, Magalie Pierre, Ecosystemes Amazoniens et Pathologie Tropicale (EPat), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Guyane (UG), Protozooses Transmises par l'Alimentation (Cryptosporidiose, Giardose et Toxoplasmose) : Mode de Contamination et Pathogénie (PROTAL) - EA 3800 (PROTAL), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV), Unité des Maladies Infectieuses et Tropicales (UMIT), Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française], Epidémiologie des parasitoses et mycoses tropicales, Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Parasitologie Mycologie [CHU Limoges], CHU Limoges, Neuroépidémiologie Tropicale (NET), CHU Limoges-Institut d'Epidémiologie Neurologique et de Neurologie Tropicale-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST), Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM), Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), and Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)
Subjects: [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2020

31. In Vitro and In Vivo Activity of Anogeissus leiocarpa Bark Extract and Isolated Metabolites against Toxoplasma gondii

Author: Jérémy Spalenka, Jane Hubert, Dominique Aubert, Isabelle Villena, Jean-Hugues Renault, Laurence Voutquenne-Nazabadioko, Sandie Escotte-Binet, Nicolas Borie, Frédéric Velard, Institut de Chimie Moléculaire de Reims - UMR 7312 (ICMR), SFR Condorcet, Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Biomatériaux et inflammation en site osseux - EA 4691 (BIOS), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV), and Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims)
Subjects: natural products, Population, Pharmaceutical Science, Toxoplasma gondii, [CHIM.THER]Chemical Sciences/Medicinal Chemistry, 01 natural sciences, complex mixtures, Analytical Chemistry, Mice, centrifugal partition chromatography, Combretaceae, Drug Discovery, parasitic diseases, Plant Bark, Parasite hosting, Animals, chemosensitivity, [SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, education, Pharmacology, education.field_of_study, biology, Traditional medicine, Anogeissus leiocarpa, 010405 organic chemistry, Plant Extracts, Organic Chemistry, [SDV.BV.BOT]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Botanics, biology.organism_classification, Leiocarpa, 0104 chemical sciences, 3. Good health, Malaria, Plant Leaves, 010404 medicinal & biomolecular chemistry, Complementary and alternative medicine, visual_art, visual_art.visual_art_medium, Molecular Medicine, Bark, Toxoplasma
Abstract: Toxoplasma gondii, belonging to the Apicomplexa phylum, is a cosmopolitan protozoan parasite that affects at least 30% of the worldʼs population. In West Africa, the leaves and bark of the tree species Anogeissus leiocarpa (DC.) Guill. & Perr. are used against zoonosis in traditional medicine and play a key role in controlling diseases induced by Apicomplexans such as malaria. In this study, extracts, fractions, and pure compounds obtained from an ethanol extract of the bark of A. leiocarpa were evaluated against T. gondii infection in vitro and in vivo. The crude bark extract showed significant activity on tachyzoites from the T. gondii RH strain (IC50 = 59.30 µg/mL). The crude bark extract without tannins and pure trachelosperogenin E purified by centrifugal partition chromatography showed the highest activity (IC50s = 12.83 and 26.63 µg/mL, respectively) with satisfying selectivity indexes of 9.61 and 9.75, respectively. The crude bark extract without tannins and pure trachelosperogenin E were able to significantly inhibit host cell invasion by the parasite in vitro, while the crude bark extract without tannins was able to increase mice survival in our murine model of chronic toxoplasmosis. These results provide new biological data for natural compounds that could enhance the current panoply of treatments against toxoplasmosis.
Published: 2020

32. Cryptosporidium spp., Giardia duodenalis and Toxoplasma gondii detection in fresh vegetables consumed in Marrakech, Morocco

Author: Yassine Amraouza, Isabelle Villena, Sandie Escotte-Binet, Jamaleddine Hafid, Dominique Aubert, Pierre Flori, Salma Berrouch, Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA), Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Physiopathologie et biothérapies des infections muqueuses (GIMAP), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM), Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Dubois, laurence, Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Veterinary medicine, 030231 tropical medicine, Fresh vegetables, [SDV.TOX.TCA]Life Sciences [q-bio]/Toxicology/Toxicology and food chain, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, parasitic diseases, Medicine, [SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, 2. Zero hunger, biology, business.industry, Toxoplasma gondii, Cryptosporidium, Articles, General Medicine, Contamination, biology.organism_classification, Contaminated water, protozoan parasites, Marrakech, qPCR, [SDV.TOX.TCA] Life Sciences [q-bio]/Toxicology/Toxicology and food chain, Giardia duodenalis, business, [SDV.MP.PAR] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology
Abstract: Background: Protozoan parasites such as Toxoplasma gondii, Giardia duodenalis, and Cryptosporidium spp., can be transmitted to humans via accidental consumption of contaminated water, fresh produce and foodstuffs. There is a lack of epidemiological data about these pathogens in Morocco. Hence the aim of this study, which is the determination of their prevalence in some leafy greens and root vegetables sold in Marrakech. Methods: A total of 132 vegetable samples including carrot, coriander, lettuce, parsley and radish were purchased monthly from three different markets in Marrakech from March 2017 to January 2018, pre-treated and subjected to microscopic and molecular analyses. Results: Of the 132 samples of vegetables analyzed by qPCR, the overall rate of protozoan was 21.21% (28/132); 22 samples were found to be contaminated with T. gondii, 6 with G. duodenalis, and none was positive for C. parvum/hominis. Whereas, modified Ziehl-Neelsen staining allowed the detection of Cryptosporidium spp. in 3% (4/132) of examined samples. Conclusion: This survey on the presence of protozoan parasites in fresh vegetables revealed that vegetables sold in Marrakech are contaminated by these protozoan parasites, as it showed that leafy green vegetables were more susceptible for parasitic contamination than root ones. Keywords: Fresh vegetables; protozoan parasites; Marrakech; qPCR.
Published: 2020

33. Horizontal and vertical distribution of mosquitoes (Diptera: Culicidae) in the rainforest of Maromizaha, Madagascar: implications for pathogen transmission to humans and animals

Author: Sébastien Boyer, Fano José Randrianambinintsoa, Friederike Woog, Ratsimbazafy J, Michaël Luciano Tantely, M. R. Raharinirina, Romain Girod, Unité d'Entomologie Médicale [Antananarivo, Madagascar] (IPM), Institut Pasteur de Madagascar, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Staatliches Museum für Naturkunde Stuttgart (SMNS), Université d'Antananarivo, Institut Pasteur du Cambodge, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), and This study was supported by Institut Pasteur de Madagascar.
Subjects: Horizontal and vertical, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030231 tropical medicine, Distribution (economics), Rainforest, Biology, 030308 mycology & parasitology, law.invention, diversity, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, law, parasitic diseases, distribution, pathogen transmission, Pathogen, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, 0303 health sciences, Ecology, business.industry, fungi, 15. Life on land, Transmission (mechanics), Culicidae, Insect Science, business, rainforest, Agronomy and Crop Science
Abstract: International audience; The horizontal and vertical distribution of mosquito species was studied in Maromizaha rainforest, Madagascar. In November 2014, horizontal distribution was studied using light traps that were placed in four habitat types, ranging from degraded forest to primary rainforest. In November to December 2016, vertical distribution was studied using light traps placed near to the ground and elevated near the canopy. From the horizontal survey, 476 adults were collected: Uranotaenia (52.10%) and Culex (35.2%) were the most abundant genera. The highest numbers of mosquitoes were observed in the rainforest edge habitat, while the highest mosquito diversity was observed within primary rainforest. From the vertical survey, 276 adults were collected: Culex was the most abundant genus and represented 75.70% of adults caught. Mosquitoes were more abundant in traps placed near the ground than those near the canopy. The highest species diversity was observed near the canopy. The higher abundance of mosquitoes at the forest edge agrees with the role of this zone as an ecotone between intact rainforest and the nearest human habitation. Increased mosquito abundance in lower strata might heighten their contact with particular vertebrate hosts. The presence of vectors in different habitats and in varying elevations likely influences the risk of pathogen transmission between animals and humans in this rainforest.
Published: 2019

34. Mosquitoes of North-Western Europe as Potential Vectors of Arboviruses: A Review

Author: Jean-Philippe Martinet, Anna-Bella Failloux, Hubert Ferté, Francis Schaffner, Jérôme Depaquit, Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), Arbovirus et Insectes Vecteurs - Arboviruses and Insect Vectors, Institut Pasteur [Paris], Hôpital Maison Blanche, Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Universität Zürich [Zürich] = University of Zurich (UZH), Francis Schaffner Consultancy, This research received no external funding, The authors thank Matthieu L. Kaltenbach for proof-reading this manuscript., University of Zurich, Martinet, Jean-Philippe, Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), and Institut Pasteur [Paris] (IP)
Subjects: 0301 basic medicine, 10078 Institute of Parasitology, chikungunya, viruses, Population Dynamics, Review, medicine.disease_cause, 0302 clinical medicine, Communicable Diseases, Imported, Aedes, 600 Technology, Aedes cinereus, Chikungunya, transmission, virus diseases, Biodiversity, 3. Good health, Europe, Culex, Infectious Diseases, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Aedes albopictus, Anopheles claviger, 030231 tropical medicine, 030106 microbiology, education, Zoology, 610 Medicine & health, Mosquito Vectors, Biology, Arbovirus Infections, West Nile, 03 medical and health sciences, Zika, Virology, Culex pipiens, parasitic diseases, Anopheles, medicine, Animals, Humans, Aedes rusticus, Culiseta, Usutu, fungi, 2725 Infectious Diseases, biology.organism_classification, dengue, Vector (epidemiology), 2406 Virology, 570 Life sciences, biology, Arboviruses
Abstract: Background: The intensification of trade and travel is linked to the growing number of imported cases of dengue, chikungunya or Zika viruses into continental Europe and to the expansion of invasive mosquito species such as Aedes albopictus and Aedes japonicus. Local outbreaks have already occurred in several European countries. Very little information exists on the vector competence of native mosquitoes for arboviruses. As such, the vectorial status of the nine mosquito species largely established in North-Western Europe (Aedes cinereus and Aedes geminus, Aedes cantans, Aedes punctor, Aedes rusticus, Anopheles claviger s.s., Anopheles plumbeus, Coquillettidia richiardii, Culex pipiens s.l., and Culiseta annulata) remains mostly unknown. Objectives: To review the vector competence of both invasive and native mosquito populations found in North-Western Europe (i.e., France, Belgium, Germany, United Kingdom, Ireland, The Netherlands, Luxembourg and Switzerland) for dengue, chikungunya, Zika, West Nile and Usutu viruses. Methods: A bibliographical search with research strings addressing mosquito vector competence for considered countries was performed. Results: Out of 6357 results, 119 references were related to the vector competence of mosquitoes in Western Europe. Eight species appear to be competent for at least one virus. Conclusions: Aedes albopictus is responsible for the current outbreaks. The spread of Aedes albopictus and Aedes japonicus increases the risk of the autochthonous transmission of these viruses. Although native species could contribute to their transmission, more studies are still needed to assess that risk.
Published: 2019

35. Multi-centric evaluation of the online MSI platform for the identification of cryptic and rare species of Aspergillus by MALDI-TOF

Author: Anne Cécile Normand, Christine Schuttler, Lise Kristensen, Lilia Hasseine, Frédéric Gabriel, Damien Costa, Dirk Stubbe, Marijke Hendrickx, Sébastien Imbert, Sophie Brun, Hélène Raberin, Renaud Piarroux, Laurence Lachaud, Arnaud Fekkar, C. Bonnal, Sophie Cassaing, CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Institut Pierre Louis d'Epidémiologie et de Santé Publique (iPLESP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Institut d'Histoire de la Pensée Classique (IHPC), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Rouen, Normandie Université (NU), Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice), Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne [CHU Saint-Etienne] (CHU ST-E), Immunité et Infection, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-IFR113-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), WHO Collaborating Center on Prevention and Treatment of Human Echinococcosis, Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Centre d'Immunologie et des Maladies Infectieuses (CIMI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de parasitologie - mycologie [CHU Pitié-Salpétrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne (CHU de Saint-Etienne), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR113-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), and Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)
Subjects: 0301 basic medicine, Microbiological Techniques, Species complex, Databases, Factual, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030106 microbiology, Rare species, DNA sequencing, 03 medical and health sciences, Species level, Humans, species complex, Sensu stricto, mass spectrometry, Aspergillus species, Aspergillus, cryptic species, Internet, biology, Mass spectrometry, General Medicine, biology.organism_classification, 030104 developmental biology, Infectious Diseases, Evolutionary biology, Spectrometry, Mass, Matrix-Assisted Laser Desorption-Ionization, Cryptic species, Taxonomy (biology)
Abstract: The taxonomy of Aspergillus species has recently been revolutionized with the introduction of cryptic species and section concepts. However, their species-level identification in routine laboratories remains a challenge. The aim of this study was to prospectively assess the identification accuracy of cryptic species of Aspergillus in various laboratories using the mass spectrometry identification (MSI) platform, an independent and freely accessible online mass spectrometry database. Over a 12-month period, when a select set of MSI users identified cryptic species, they were contacted and requested to send the isolates to our laboratory for sequence-based identification. Sequence and MSI identification results were then compared. During the study period, 5108 Aspergillus isolates were identified using MSI including 1477 (28.9%) cryptic species. A total of 245 isolates that corresponded to 56 cryptic species and 13 sections were randomly selected for DNA sequencing confirmation. Agreement between the two methods was 99.6% at the section level and 66.1% at the species level. However, almost all discrepancies (72/83, 86.7%) were misidentifications between closely related cryptic species belonging to the same section. Fifty-one isolates from noncryptic species were also identified, thus yielding 100% and 92.2% agreement at the section and species level, respectively. Although the MSI fungus database is a reliable tool to identify Aspergillus at the section level, the database still requires adjustment to correctly identify rare or cryptic species at the species level. Nevertheless, the application properly differentiated between cryptic and sensu stricto species in the same section, thus alerting on possible specific isolate characteristics.
Published: 2019

36. Pneumocystis Infection Outbreaks in Organ Transplantation Units in France: A Nation-Wide Survey

Author: M. Leterrier, Anne Totet, Céline Damiani, Danièle Maubon, Solène Le Gal, Isabelle Accoceberry, Julie Bonhomme, Pierre Marty, E. Bailly, Ermanno Candolfi, Anne Debourgogne, Laurence Millon, Frédéric Dalle, Anne-Pauline Bellanger, Patrice Le Pape, Denis Pons, Christelle Pomares, Yann Le Meur, Marie Machouard, Marie-Laure Dardé, Laurence Delhaes, Ahmed Abou Bacar, Dominique Toubas, Frédéric Gabriel, Estelle Cateau, Gilles Nevez, Loïc Favennec, Marie-Hélène Rodier, Xavier Iriart, Eric Dannaoui, Laurence Lachaud, Guillaume Desoubeaux, Pierre Flori, Laboratoire Universitaire de Biodiversité et Ecologie Microbienne (LUBEM), Université de Brest (UBO), Laboratoire de Parasitologie et Mycologie (Parasito - Myco - BREST), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest), Matrice extracellulaire et dynamique cellulaire - UMR 7369 (MEDyC), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de parasitologie et de mycologie médicales, Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-CHU Amiens-Picardie, Laboratoire de parasitologie mycologie (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Institut de Parasitologie et de Pathologie Tropicale de Strasbourg, Faculté de Médecine de Strasbourg, Université de Strasbourg, CHRU Brest - Service de Nephrologie (CHU - BREST - Nephrologie), Microbiologie cellulaire et moléculaire et pathogénicité (MCMP), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU TOURS), Service de parasitologie et mycologie [CHU de Besançon], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Besançon] (CHRU Besançon), Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249) (LCE), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU), Microbiologie de l'Eau (MDE), Ecologie et biologie des interactions (EBI), Université de Poitiers-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Poitiers-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Parasitologie et de Pathologie Tropicale, UMR-I 01 - AMIENS, Université de Picardie Jules Verne (UPJV), Unité de Parasitologie-Mycologie [CHU HEGP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Université de Limoges (UNILIM), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Université de Bordeaux (UB), Centre d’Etude des Pathologies Respiratoires (CEPR), UMR 1100 (CEPR), Université de Tours-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Anofel Cryptosporidium National Network, Institut d'Histoire de la Pensée Classique (IHPC), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Bordeaux [Bordeaux], Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Laboratoire de Microbiologie (CHD de la Roche-Sur-Yon), CHD Vendee (La Roche Sur Yon), Cibles et médicaments de l'infection, de l'immunité et du cancer (IICiMed), Université de Nantes - UFR des Sciences Pharmaceutiques et Biologiques, Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), Laboratoire de recherche en Hydrodynamique, Énergétique et Environnement Atmosphérique (LHEEA), École Centrale de Nantes (ECN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Adaptation et pathogénie des micro-organismes [Grenoble] (LAPM), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre méditerranéen de médecine moléculaire (C3M), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Gabriel Montpied (CHU), CHU Clermont-Ferrand, Université de Poitiers-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital de la Cavale Blanche - CHRU Brest (CHU - BREST ), SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Departments of Medical Parasitology and Mycology, Service de néphrologie, Sagem - SAFRAN Gr., Université de Strasbourg (UNISTRA), Centre National de Référence (CNR) Toxoplasmose/Toxoplasma Biological Resource Center (BRC) (CNR Toxoplasmose-Toxoplasma BRC), CHU Limoges, Service de Parasitologie-Mycologie [CHRU Nancy], Stress, Immunité, Pathogènes (SIMPA), Université de Lorraine (UL), Appareil Digestif Environnement Nutrition (ADEN ), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Groupe Immunité des Muqueuses et Agents Pathogènes (GIMAP), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM), Service de parasitologie et de mycologie, Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Groupe d'Étude des Interactions Hôte-Pathogène (GEIHP), Université d'Angers (UA), Laboratoire de Parasitologie et Mycologiede [CHRU Brest], Laboratoire de parasitologie et de mycologie médicales [CHU Amiens], CHU Amiens-Picardie, Service de parasitologie et mycologie [CHRU de Besançon], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Périnatalité et Risques Toxiques - UMR INERIS_I 1 (PERITOX), Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-CHU Amiens-Picardie-Institut National de l'Environnement Industriel et des Risques, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Côte d'Azur (UCA), CHU Gabriel Montpied [Clermont-Ferrand], Mycologie moléculaire, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut d’Histoire des Représentations et des Idées dans les Modernités (IHRIM), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université Jean Moulin - Lyon 3 (UJML), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Clermont Auvergne (UCA)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Université de Tours (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), and COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Subjects: Microbiology (medical), medicine.medical_specialty, Genotype, Pneumocystis carinii, Organ transplantation, Disease Outbreaks, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, genotypes, Surveys and Questionnaires, Internal medicine, Humans, Medicine, Pneumocystis jirovecii, [SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, 030212 general & internal medicine, Genotyping, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.MP.MYC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology, Retrospective Studies, Transplant recipients, [SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, 0303 health sciences, biology, 030306 microbiology, business.industry, Pneumocystis, Pneumonia, Pneumocystis, Outbreak, Organ Transplantation, biology.organism_classification, 3. Good health, Transplantation, Infectious Diseases, Renal transplant, France, business, Pneumocystis Infections
Abstract: The burden of nosocomial Pneumocystis infections in transplantation units in France was evaluated through a retrospective survey. Over 12 years, 16 outbreaks occurred, including 13 among renal transplant recipients (RTRs). We performed Pneumocystis jirovecii genotyping in 5 outbreaks, which suggested that specific strains may have been selected by RTRs.
Published: 2019

37. Comparative Evaluation of Commercial Concentration Procedures for Human Intestinal Parasite Detection

Author: Damien Costa, Denis Lemeteil, Loïc Favennec, Gilles Gargala, Romy Razakandrainibe, Jean Jacques Ballet, CHU Rouen, Normandie Université (NU), Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Immunité de l'infection et transplantations, Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Appareil Digestif Environnement Nutrition (ADEN ), and Université de Rouen Normandie (UNIROUEN)
Subjects: Adult, Male, 0301 basic medicine, Veterinary medicine, Concentration, Adolescent, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030106 microbiology, Clinical Biochemistry, Intestinal parasite, Stool specimen, medicine.disease_cause, Specimen Handling, Comparative evaluation, Feces, Young Adult, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, medicine, Helminth, Animals, Humans, Helminths, Parasite hosting, Parasites, 030212 general & internal medicine, Intestinal Diseases, Parasitic, Protozoa, Child, Aged, Aged, 80 and over, biology, Clinical Laboratory Techniques, Diagnostic Tests, Routine, Biochemistry (medical), Infant, Middle Aged, biology.organism_classification, 3. Good health, Parasite, Detection, Stool, Child, Preschool, Parasitic Intestinal Diseases, Female
Abstract: BackgroundEffective stool concentration is essential in microscopically based diagnosis of human intestinal parasite infections.ObjectiveTo compare the performances of 4 concentration commercial kits and 1 homemade procedure in 96 clinical stool specimens that tested positive for the detection of 9 helminth and 8 protozoa parasites.MethodsThe presence or absence of parasite forms was microscopically determined under conditions of standard practice. Also, we established the accuracies, concentration factors, and extraction yields.ResultsNo difference was observed between procedures for preconcentration specimens that tested positive. However, for preconcentration specimens that tested negative, we discovered that the homemade procedure was the most effective, and 2 of the 4 commercial kits were discovered to be satisfactory for routine applications.ConclusionsFor all parasites, procedures with biphasic solvents exhibited higher performances than organic solvent-free procedures. For the first time, the effectiveness of commercial concentration kits has been evaluated on several common stool parasites, and the results suggest that improvement of commercial procedures is possible.
Published: 2019

38. The relationship between the presence of antibodies and direct detection of Toxoplasma gondii in slaughtered calves and cattle in four European countries

Author: J. van der Giessen, Simona Cherchi, Henk J. Wisselink, Furio Spano, Javier Guitian, Georgina Limon, Alison Burrells, Gereon Schares, Isabelle Villena, Frank Katzer, Alessia Possenti, Adriana Györke, Marieke Opsteegh, Cecile Dam-Deisz, J.B.W.J. Cornelissen, Edoardo Pozio, Elisabeth A. Innes, Anamaria Balea, Dominique Aubert, National Institute for Public Health and the Environment [Bilthoven] (RIVM), Istituto Superiore di Sanita [Rome], Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Wageningen BioVeterinary Research, Wageningen University and Research [Wageningen] (WUR), and Friedrich-Loeffler-Institut (FLI)
Subjects: Serum, 0301 basic medicine, Epidemiology, Antibodies, Protozoan, Serology, 0302 clinical medicine, Mouse bioassay, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Direct agglutination test, Bioassay, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Immunoassay, biology, Bacteriologie, Bacteriology, Host Pathogen Interaction & Diagnostics, Europe, Detection, Infectious Diseases, Real-time polymerase chain reaction, PCR, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Liver, Molecular Diagnostic Techniques, Antibody, Toxoplasma, Bioinformatica & Diermodellen, Diaphragm, 030231 tropical medicine, Cattle Diseases, Toxoplasma gondii, Sensitivity and Specificity, 03 medical and health sciences, Bio-informatics & Animal models, parasitic diseases, Animals, Epidemiology, Bio-informatics & Animal models, Host Pathogen Interaction & Diagnostics, Epidemiologie, [SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, Diagnostic Tests, Routine, Bacteriology, biology.organism_classification, Virology, Host Pathogen Interactie & Diagnostiek, Toxoplasmosis, Animal, 030104 developmental biology, Epidemiologie, Bioinformatica & Diermodellen, Immunoglobulin G, Bacteriologie, Host Pathogen Interactie & Diagnostiek, biology.protein, Parasitology, Cattle, Trypsin Digestion
Abstract: In cattle, antibodies to Toxoplasma gondii infection are frequently detected, but evidence for the presence of T. gondii tissue cysts in cattle is limited. To study the concordance between the presence of anti-T. gondii IgG and viable tissue cysts of T. gondii in cattle, serum, liver and diaphragm samples of 167 veal calves and 235 adult cattle were collected in Italy, the Netherlands, Romania and the United Kingdom. Serum samples were tested for anti-T. gondii IgG by the modified agglutination test and p30 immunoblot. Samples from liver were analyzed by mouse bioassay and PCR after trypsin digestion. In addition, all diaphragms of cattle that had tested T. gondii-positive (either in bioassay, by PCR on trypsin-digested liver or serologically by MAT) and a selection of diaphragms from cattle that had tested negative were analyzed by magnetic capture quantitative PCR (MC-PCR). Overall, 13 animals were considered positive by a direct detection method: seven out of 151 (4.6%) by MC-PCR and six out of 385 (1.6%) by bioassay, indicating the presence of viable parasites. As cattle that tested positive in the bioassay tested negative by MC-PCR and vice-versa, these results demonstrate a lack of concordance between the presence of viable parasites in liver and the detection of T. gondii DNA in diaphragm. In addition, the probability to detect T. gondii parasites or DNA in seropositive and seronegative cattle was comparable, demonstrating that serological testing by MAT or p30 immunoblot does not provide information about the presence of T. gondii parasites or DNA in cattle and therefore is not a reliable indicator of the risk for consumers.
Published: 2019

39. Light chain lambda myeloma with fatal AL cardiac amyloidosis in a 21‐year‐old patient: A case report and review

Author: Sydney Dubois, Elena-Liana Veresezan, Arnaud Jaccard, Fabrice Jardin, Vincent Camus, Arnaud François, Pascal Lenain, Dominique Penther, Fabrice Bauer, Pierre-Alain Thiebaut, Jean-Michel Picquenot, Stéphane Leprêtre, Génomique et Médecine Personnalisée du Cancer et des Maladies Neuropsychiatriques (GPMCND), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Médecine Interne [CHU Rouen], CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU), Département de Pathologie [CHU Rouen], Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), Département d'Oncologie Génétique [Rouen] (CLCC Henri Becquerel), Centre de Lutte Contre le Cancer Henri Becquerel Normandie Rouen (CLCC Henri Becquerel), Service de cardiologie [CHU Rouen], Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Rouen, CNR de l'amylose AL et des autres maladies par dépôt d'immunoglobulines monoclonales [CHU Limoges], Hôpital Dupuytren [CHU Limoges], VILLIER, Venceslas, Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), and Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)
Subjects: Pathology, medicine.medical_specialty, multi‐organ amyloidosis, medicine.medical_treatment, [SDV]Life Sciences [q-bio], lcsh:Medicine, Concentric hypertrophy, Case Report, Case Reports, Disease, 030204 cardiovascular system & hematology, Immunoglobulin light chain, chemotherapy, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, AL amyloidosis, medicine, cardiac involvement, lcsh:R5-920, Chemotherapy, [SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, business.industry, lcsh:R, Daratumumab, Combination chemotherapy, General Medicine, medicine.disease, daratumumab, 3. Good health, [SDV] Life Sciences [q-bio], Cardiac amyloidosis, 030220 oncology & carcinogenesis, light chain myeloma, lcsh:Medicine (General), business, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract: International audience; Multi-organ AL amyloidosis is a therapeutic challenge because of light chain deposits severely damaging the function of concerned organs. Cardiac involvement, which leads to concentric hypertrophy of both ventricles, is particularly severe and leads to poor prognosis regardless of combination chemotherapy. This case pinpoints the relevance of combining clinical, histological, and echocardiographic information in the management of this complex and life-threatening disease.
Published: 2019

40. Prevalence, geographic risk factor, and development of a standardized protocol for fungal isolation in cystic fibrosis: Results from the international prospective study 'MFIP'

Author: Laurence Delhaes, Florent Morio, Wieland Meyer, Jean-Philippe Bouchara, A. Biffi, E. Manso, Gabriella Ricciotti, Rafael Cantón, Patrice Le Pape, Gilles Nevez, Maiz-Luis Carro, Kada Touati, Walter Buzina, Lisa Cariani, Ersilia Fiscarelli, Marc Pihet, Elia Gómez, Frédéric Grenouillet, Françoise Botterel, Veroniek Saegeman, Muriel Cornet, Alain Duhamel, Silvia Campana, Solène Le Gal, Katrien Lagrou, Odile Faure-Cognet, Eric Dannaoui, Sharon C.-A. Chen, Andrew M. Borman, Emmanuel Roilides, Loïc Favennec, Maria Simitsopoulou, Thérapeutique Recombinante Expérimentale (TIMC-IMAG-TheREx), Techniques de l'Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications, Grenoble - UMR 5525 (TIMC-IMAG), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Hospital Universitario Ramón y Cajal [Madrid], Universidad de Alcalá - University of Alcalá (UAH), Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Henri Mondor-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU), Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Groupe d'Étude des Interactions Hôte-Pathogène (GEIHP), Université d'Angers (UA), Laboratoire de Parasitologie et Mycologiede [CHRU Brest], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest), Mycology Reference Laboratory, Health Protection Agency, Catholic University of Leuven - Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven), The University of Sydney, Third Department of Pediatrics, Aristotle University, Ippokration Hospital of Thessaloniki, Fondazione IRCCS Ca' Granda - Ospedale Maggiore Policlinico, and Children's Hospital Bambino Gesù IRCCS [Rome]
Subjects: Male, Microbiological Techniques, 0301 basic medicine, Cystic Fibrosis, International Cooperation, [SDV]Life Sciences [q-bio], Cystic fibrosis, Aspergillus fumigatus, Molds, 0302 clinical medicine, Risk Factors, Prevalence, Prospective Studies, Prospective cohort study, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, education.field_of_study, biology, 3. Good health, Aspergillus, Female, medicine.symptom, Cladosporium, Adult, Pulmonary and Respiratory Medicine, medicine.medical_specialty, Filamentous fungi, Lung mycobiota, Population, Context (language use), Specimen Handling, 03 medical and health sciences, Internal medicine, Mycological examination, medicine, Humans, education, Lung Diseases, Fungal, business.industry, Fungi, Sputum, Reproducibility of Results, medicine.disease, biology.organism_classification, Culture Media, 030104 developmental biology, 030228 respiratory system, Pediatrics, Perinatology and Child Health, business, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract: © 2018 Background: Fungi are increasingly recognized for their potential role in contributing to pulmonary damage in Cystic Fibrosis (CF). We therefore designed a prospective international study aimed at (i) determining the prevalence of fungi isolated from sputum samples collected from a large CF population, (ii) comparing the performance of different media used for fungal culture, and (iii) proposing a standardized protocol suitable for CF routine microbiology. Methods: An international, consensually designed prospective study was set up (https://www.ecfs.eu/special-projects/mucofong-international-project). All centers worked according to the same protocol approved by Lille Ethical Committee. CF sputa were inoculated onto eight semi-selective media incubated at 37 °C or 25 °C–30 °C for 15 days, and inspected twice weekly for fungal growth. Results: A total of 469 sputa were collected from patients at 18 European and one Australian CF centers. Positive cultures for fungal growth were significantly associated with patient ages. Aspergillus fumigatus was the most frequently isolated mold. We identified a growing European North-to-South gradient of Scedosporium prevalence, while yeasts, Aspergillus section Fumigati, Cladosporium and Penicillium were significantly more prevalent in the Northern regions. Conclusions: According to the CHi-squared Automatic Interaction Detector method, we propose a consensual protocol based on two media (YPDA or Sabouraud medium, and B(+) medium) to detect the main opportunistic molds in CF context; the use of an additional medium being recommended according to the patient's clinical status. This standardized protocol allows us to have an accurate overview of the respiratory mycobiome on the culturomic side in CF. ispartof: JOURNAL OF CYSTIC FIBROSIS vol:18 issue:2 pages:212-220 ispartof: location:Netherlands status: published
Published: 2019

41. Toxoplasma gondii Oocyst Infectivity Assessed Using a Sporocyst-Based Cell Culture Assay Combined with Quantitative PCR for Environmental Applications

Author: Dominique Aubert, Sandie Escotte-Binet, Isabelle Villena, Angélique Rousseau, Sophie Kubina, Aurélien Dumètre, Sophie Chagneau, Loïc Favennec, Aurélie Bigot-Clivot, Jitender P. Dubey, Stéphanie La Carbona, Didier Majou, Protozooses Transmises par l'Alimentation (Cryptosporidiose, Giardose et Toxoplasmose) : Mode de Contamination et Pathogénie (PROTAL) - EA 3800 (PROTAL), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), ACTALIA [Villers-Bocage], Vecteurs - Infections tropicales et méditerranéennes (VITROME), Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU), Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection (IHU Marseille), Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), Animal Parasitic Diseases Laboratory [Beltsville, USA], United States Department of Agriculture (USDA)-USDA Agricultural Research Service [Beltsville, Maryland], USDA-ARS : Agricultural Research Service-USDA-ARS : Agricultural Research Service, ACTIA, Stress Environnementaux et BIOsurveillance des milieux aquatiques (SEBIO), Institut National de l'Environnement Industriel et des Risques (INERIS)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université Le Havre Normandie (ULH), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-SFR Condorcet, Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), Actalia [Saint-Lô], Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and ANR-17-CE21-0005,STRIP,Les réponses aux stress chez les parasites protozoaires d'origine alimentaire Toxoplasma gondii et Cryptosporidium spp(2017)
Subjects: Cell Culture Techniques, 010501 environmental sciences, Biology, Real-Time Polymerase Chain Reaction, 01 natural sciences, Applied Microbiology and Biotechnology, Microbiology, 03 medical and health sciences, Mice, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Waterborne Diseases, parasitic diseases, medicine, Ingestion, Animals, [SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, 0105 earth and related environmental sciences, Infectivity, 0303 health sciences, Ecology, 030306 microbiology, Public and Environmental Health Microbiology, fungi, Oocysts, Toxoplasma gondii, Outbreak, Water, Mussel, DNA, Protozoan, medicine.disease, biology.organism_classification, Toxoplasmosis, 3. Good health, Bivalvia, Disease Models, Animal, Cell culture, Food, Biological Assay, Female, [SDV.IB]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, Cell culture assays, Toxoplasma, Food Science, Biotechnology, Environmental Monitoring
Abstract: Toxoplasma gondii is a ubiquitous foodborne protozoan that can infect humans at low dose and displays different prevalences among countries in the world. Ingestion of food or water contaminated with small amounts of T. gondii oocysts may result in human infection. However, there are no regulations for monitoring oocysts in food, mainly because of a lack of standardized methods to detect them. The objectives of this study were (i) to develop a reliable method, applicable in biomonitoring, for the rapid detection of infectious oocysts by cell culture of their sporocysts combined with quantitative PCR (sporocyst-CC-qPCR) and (ii) to adapt this method to blue and zebra mussels experimentally contaminated by oocysts with the objective to use these organisms as sentinels of aquatic environments. Combining mechanical treatment and bead beating leads to the release of 84% ± 14% of free sporocysts. The sporocyst-CC-qPCR detected fewer than ten infectious oocysts in water within 4 days (1 day of contact and 3 days of cell culture) compared to detection after 4 weeks by mouse bioassay. For both mussel matrices, oocysts were prepurified using a 30% Percoll gradient and treated with sodium hypochlorite before cell culture of their sporocysts. This assay was able to detect as few as ten infective oocysts. This sporocyst-based CC-qPCR appears to be a good alternative to mouse bioassay for monitoring infectious T. gondii oocysts directly in water and also using biological sentinel mussel species. This method offers a new perspective to assess the environmental risk for human health associated with this parasite. IMPORTANCE The ubiquitous protozoan Toxoplasma gondii is the subject of renewed interest due to the spread of oocysts in water and food causing endemic and epidemic outbreaks of toxoplasmosis in humans and animals worldwide. Displaying a sensitivity close to animal models, cell culture represents a real alternative to assess the infectivity of oocysts in water and in biological sentinel mussels. This method opens interesting perspectives for evaluating human exposure to infectious T. gondii oocysts in the environment, where oocyst amounts are considered to be very small.
Published: 2019

42. Comparison of Two Luminex Single-antigen Bead Flow Cytometry Assays for Detection of Donor-specific Antibodies After Renal Transplantation

Author: Dominique Guerrot, Frédérique Hamelin, Arnaud François, Fabienne Farce, Françoise Hau, Dominique Bertrand, Isabelle Etienne, Charlotte Laurent, Institut de Recherche en Communications et en Cybernétique de Nantes (IRCCyN), Mines Nantes (Mines Nantes)-École Centrale de Nantes (ECN)-Ecole Polytechnique de l'Université de Nantes (EPUN), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Médecine Interne [CHU Saint-Antoine], CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Equipe de Recherche sur les Rationalités Philosophiques et les Savoirs (ERRAPHIS), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), Service de Néphrologie [Rouen], Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Rouen, Normandie Université (NU), Service de néphrologie [Rennes], Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Hôpital Pontchaillou-CHU Pontchaillou [Rennes], Etablissement français du sang - Normandie (EFS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), and Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-CHU Pontchaillou [Rennes]
Subjects: Adult, Graft Rejection, Male, Adolescent, Biopsy, [SDV]Life Sciences [q-bio], Immunologic Tests, 030230 surgery, Antibodies, Flow cytometry, Young Adult, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, medicine, Humans, Hla antibodies, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Single antigen bead, Kidney transplantation, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Aged, Transplantation, Kidney, medicine.diagnostic_test, business.industry, Donor specific antibodies, Graft Survival, Middle Aged, Flow Cytometry, medicine.disease, Kidney Transplantation, Molecular biology, Tissue Donors, 3. Good health, medicine.anatomical_structure, Kidney Failure, Chronic, Female, 030211 gastroenterology & hepatology, business
Abstract: Defining the clinical relevance of donor-specific HLA antibodies (DSA) detection by Luminex single-antigen (LSA) flow beads assay is critical in monitoring posttransplant outcome.Sera of kidney transplanted patients were tested by LSA1 and LSA2 with One Lambda Labscreen (test 1) and Immucor Lifecodes (test 2), at the time of a graft biopsy. The first group (G1, n = 50) had a biopsy highly suggestive of humoral rejection, and the second (G2, n = 50) had no criteria of rejection. Positivity criteria for DSA was mean fluorescence intensity greater than 500 for test 1, whereas specificity assignation respected the provider's recommendations for test 2.In G1, we identified at least 1 DSA in 44 patients with test 1, and in 39 patients with test 2. In G2, test 1 identified at least 1 DSA in 16 (32%) patients and test 2 in 7 (14%) patients. Sensitivity and specificity for antibody-mediated rejection diagnosis was 88% and 68%, respectively, with One Lambda, and 78% and 86%, respectively, with Immucor. Correlation and agreement were found in class I and II between intensity parameters of the 2 manufacturers. The use of the sum of the intensity of DSA improved the sensitivity and specificity of the 2 tests.We report the first comparative study of the 2 Luminex assays available for detecting DSA in the postkidney transplant setting. Although there is a good correlation and reliability between the 2 assays, significant differences exist. Positivity criteria for DSA determination differ and interpretation should take these specificities into account.
Published: 2019

43. Tools for the detection and persistence of oocysts in environmental samples

Author: Villena, Isabelle, Dubois, laurence, Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), and Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims)
Subjects: [SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, [SDV.MHEP.MI] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, [SDV.EE.SANT] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, [SDV.MP] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2019

44. Toxoplasma gondii dans la viande bovine consommée en France : variation régionale de la séroprévalence et isolement de parasites

Author: Blaga, Radu, Aubert, Dominique, Thébault, Anne, Perret, Catherine, Geers, Régine, Thomas, Myriam, Alliot, Annie, Djokic, Vitomir, Ortis, Naïma, Halos, Lénaïg, Durand, Benoît, Mercier, Aurélien, Villena, Isabelle, Boireau, Pascal, Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Centre National de Référence (CNR) Toxoplasmose/Toxoplasma Biological Resource Center (BRC) (CNR Toxoplasmose-Toxoplasma BRC), CHU Limoges, Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Direction de l'Evaluation des Risques (DER), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Neuroépidémiologie Tropicale (NET), Institut Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST), Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM)-CHU Limoges-Institut d'Epidémiologie Neurologique et de Neurologie Tropicale-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), CHU Limoges-Institut d'Epidémiologie Neurologique et de Neurologie Tropicale-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST), and Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM)
Subjects: Meat, Bovines, Bovins, parasitic diseases, Prevalences, Strain isolation, Viande, Toxoplasma gondii, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, [SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, Prévalence
Abstract: International audience; In France, the consumption of cattle and sheep meat appears to be a risk factor for infection of pregnant women with Toxoplasma gondii. Several nation-wide surveys in France have investigated the prevalence of T. gondii in sheep and pig meat, but little is known at present about the prevalence of the parasite in beef. The main objective of the present cross-sectional survey was to estimate the seroprevalence of T. gondii infection in beef consumed in France. A secondary objective was to attempt to isolate T. gondii from cattle tissues and to study the geographical and age variations of this seroprevalence. The overall estimate of seroprevalence of T. gondii in bovine carcasses (n = 2912), for a threshold of 1:6 was 17.38%. A strong age effect was observed (p 8 months). Seroprevalence estimates given by area of birth and area of slaughtering for adults showed that the areas with the highest seroprevalence were not the same between these two variables. Only two strains, corresponding to genotype II, were isolated from heart samples, indicating that there is a limited risk of human infection with T. gondii, which needs to be correlated with the food habit of consuming raw or undercook (bleu or saignant) beef. However, new questions have emerged, especially concerning the isolation of parasites from beef and the precise role of bovines, generally described as poor hosts for T. gondii, in human infection.; Toxoplasma gondii dans la viande bovine consommée en France : variation régionale de la séropréva-lence et isolement de parasites. En France, la consommation de viande bovine et ovine apparaît comme un facteur de risque pour la contamination des femmes enceintes par Toxoplasma gondii. Plusieurs enquêtes nationales ont été réalisées afin de déterminer le niveau de contamination par T. gondii de la viande ovine et porcine, en France, mais très peu est encore connu quant à la prévalence du parasite dans la viande bovine. La présente enquête transversale avait pour objectif principal d'estimer la séroprévalence de l'infection à T. gondii dans la viande bovine consommée en France, ainsi que d'isoler T. gondii à partir de tissus de bovins et d'étudier, à titre d'objectif secondaire, les variations géographiques et d'âge de cette prévalence. L'estimation globale de la séroprévalence de T. gondii dans les carcasses de bovins (n = 2912) était de 17,38 % (pour un seuil de dilution à 1:6). Un effet significatif de l'âge a été observé (p < 0,0001) avec une séroprévalence de 5,34 % pour les veaux (8 mois). Les estimations de séroprévalence données par zone de naissance et par zone d'abattage pour les adultes montrent que les zones de séroprévalence les plus élevées n'étaient pas les mêmes pour ces deux variables. Seulement deux souches, de génotype II, ont été isolées à partir d'échantillons de coeurs, soulignant que le risque d'infection humaine est limité, mais doit être corrélé avec les habitudes de consommation alimentaire de la viande bovine peu/pas cuite (bleu ou saignante). Cependant, de nouvelles questions se posent, notamment en ce qui concerne l'isolement du parasite à partir de la viande bovine, ainsi que le rôle précis des bovins, généralement décrits comme des hôtes médiocres pour T. gondii, dans la contamination humaine.
Published: 2019

45. Contribution to the study of new antiamoebic agents in an experimental model of Acanthamoeba keratitis in rats

Author: Gueudry, Julie, Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Physiopathologie, Autoimmunité, maladies Neuromusculaires et THErapies Régénératrices (PANTHER), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Normandie Université, Loïc Favennec, Marc Muraine, and STAR, ABES
Subjects: Keratitis, PHMB, [SDV.MHEP] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, Biguanides, Kératite fongique, Acanthamoeba, Triazoles, Triazolés, Cornea, Cornée, Fungal, Kératite, Voriconazole, Posaconazole, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology
Abstract: Acanthamoeba keratitis (AK) is a rare and severe form of infectious keratitis,which is potentially sight-threatening. The infection is caused by Acanthamoeba spp.a common protozoan present in soil, air and water. Up to 85% of AK cases areassociated with contact lens wearing, more rarely after corneal injury.Currently, there are no agents approved for the treatment of AK in theEuropean Union or in the United States of America. In recent years, combinations ofunlicensed anti-amoebic agents such as biguanides and diamidines have been usedas the reference treatment. Treatment regimens and concentrations of active agentsare based on empirical data. Recently, voriconazole, a mono-triazole, wassuccessfully used to treat cases of human AK. Despite this, the ophthalmologicalcommunity is most often faced with severe forms of the disease with severemanagement difficulties and sometimes with a situation of therapeutic impasse. Thefunctional and anatomical loss of an eye can occur.Several agents and routes of administration have been tested in a rat model ofAK. First, as part of the European ODAK project (Orphan drug for AcanthamoebaKeratitis), our work suggested that a concentration of PHMB eye drops greater thanor equal to 0.04% should be preferred. Second, we were able to show the superiorityof voriconazole in eye drops compared to the oral route. Finally, our study on thepharmacokinetics of voriconazole and posaconazole after intrastromal injections,demonstrates their low utility in human because of the need for frequent reinjection.Nevertheless, additional analyses are necessary to confirm the interest ofposaconazole eye drops. All of this work could make it possible to adapt thetherapeutic protocols of AK., La kératite à Acanthamoeba (KA) est une kératite infectieuse rare et grave,potentiellement cécitante. L'infection est causée par Acanthamoeba spp., unprotozoaire ubiquitaire présent dans le sol, l'air et l'eau. Jusqu'à 85% des cas de KAsont associés au port de lentilles cornéennes, et plus rarement suite à untraumatisme.Actuellement, aucune molécule n’a d’autorisation de mise sur le marché danscette indication dans l'Union européenne et aux États-Unis. Ces dernières années,des combinaisons d'agents anti-amibiens tels que les biguanides et les diamidinesont été utilisées comme traitement de référence. Cependant, les schémasthérapeutiques et les concentrations d'agents actifs reposent sur des donnéesempiriques. Récemment, le voriconazole, antifongique triazolé, a été utilisé avecsuccès pour traiter des KA humaines. Malgré cela, la communauté ophtalmologiquese heurte le plus souvent dans les formes sévères à de grandes difficultés de prise encharge et se retrouve parfois en situation d’impasse thérapeutique. La pertefonctionnelle et anatomique de l’oeil est encore possible.A partir d’un modèle de KA chez le rat, plusieurs molécules et voiesd’administration ont été testées. Dans une première partie, en lien avec projeteuropéen ODAK (Orphan drug for Acanthamoeba Keratitis), nos travaux ont suggéréqu’une concentration de collyre PHMB supérieure ou égale à 0,04% devait êtrepréférée. Dans une deuxième partie, nous avons pu montrer la supériorité duvoriconazole en collyre par rapport à la voie orale. Enfin, l’étude de lapharmacocinétique du voriconazole et du posaconazole après injections directesintracornéennes, démontre leur faible utilité en clinique humaine du fait de lafréquence nécessaire de réinjection, bien que des analyses complémentairesconcernant le posaconazole en collyre pour confirmer son intérêt soient nécessaires.L'ensemble de ces travaux pourrait permettre d’adapter les protocolesthérapeutiques de la KA.
Published: 2018

46. Prenatal therapy with pyrimethamine + sulfadiazine vs spiramycin to reduce placental transmission of toxoplasmosis: a multicenter, randomized trial

Author: Laurent Mandelbrot, François Kieffer, Rémi Sitta, Hélène Laurichesse-Delmas, Norbert Winer, Louis Mesnard, Alain Berrebi, Gwenaëlle Le Bouar, Jean-Paul Bory, Anne-Gaëlle Cordier, Yves Ville, Franck Perrotin, Jean-Marie Jouannic, Florence Biquard, Claude d’Ercole, Véronique Houfflin-Debarge, Isabelle Villena, Rodolphe Thiébaut, Denis Pons, C. Nourrisson, Rose-Anne Lavergne, Judith Fillaux, Corinne Assouline, Florence Robert-Gangneux, Coralie L’Ollivier, Florence Bretelle, Béatrice Guidicelli, Patricia Garcia, Anne-Gaelle Cordier, Alexandra Benachi, Christelle Vauloup-Fellous, Emmanuelle Letamendia, Marie-Elisabeth Bougnoux, Nathalie Van Langendonck, Jérôme Potin, Pierre Marty, Christelle Pomarès, Cynthia Trastour, Anne Sophie Deleplancque, Jean-Marc Costa, Marie-Thérèse Chève, Jean-Yves Col, Bernard Cimon, Y. Sterkers, Laurence Lachaud, Gilles Burlet, Martine Maréchaud, Estelle Perraud, Anne-Gaelle Grébille, Morgane Valentin, Sandrine Houzé, Sophie Omnès, Yvon Chitrit, Christine Boissinot, Hélène Yéra, Olivia Anselem, Vassilis Tsatsaris, Marie-Victoire Sénat, Florent Fuchs, Adela Angoulvant, Charles Muszynski, Anne Totet, Catherine Noël, Laurent Bidat, Tiphaine Barjat, Pierre Flori, Hervé Pelloux, Marie-Pierre Brenier-Pinchart, Catherine Thong-Vanh, Corinne Floch, Lionel Carbillon, Eric Lachassine, Aude Ricbourg, Luc Paris, Marc Dommergues, Thierry Rousseau, Frederic Dalle, Marie Laure Dardé, Véronique Aubard, Camille Olivier, Eric Verspyk, Loic Favennec, Service de gynécologie obstétrique, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Louis Mourier - AP-HP [Colombes], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Nord Val de Seine, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut de Puériculture et de Périnatalogie, Santé publique et épidémiologie des déterminants professionnels et sociaux de la santé, Epidémiologie, sciences sociales, santé publique (IFR 69), Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne (UP1)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne (UP1)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Gynécologie [CHU Clermont-Ferrand], CHU Estaing [Clermont-Ferrand], CHU Clermont-Ferrand-CHU Clermont-Ferrand, Physiopathologie des Adaptations Nutritionnelles (PhAN), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Nantes (UN), Gynécologie‑Obstétrique, Service de Gynécologie et Obstétrique [Rennes] = Gynaecology [Rennes], CHU Pontchaillou [Rennes], Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), CHRU Tours, Hôpital Bretonneau, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Gynécologie-Obstétrique [CHU Trousseau], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Trousseau [APHP], Service de gynécologie-obstétrique, Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Université de Bordeaux (UB), Centre de recherche sur la Paléobiodiversité et les Paléoenvironnements (CR2P), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan (CPTP), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Parasitologie et Mycologie, CHU Toulouse [Toulouse]-Institut Fédératif de Biologie (IFB) - Hôpital Purpan, Institut de recherche en santé, environnement et travail (Irset), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM), Gynépole, Aix Marseille Université (AMU)- Hôpital Nord [CHU - APHM], Service de gynécologie-obstétrique, médecine de la reproduction [Béclère], Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP - Hôpital Antoine Béclère [Clamart], Division of Pediatrics and Neonatal Critical Care, FAME Department, South Paris, University Hospitals, 'A.Beclere' Medical Center-APHP, Service de Parasitologie-Mycologie-Médecine Tropicale, CHRU Bretonneau, Centre méditerranéen de médecine moléculaire (C3M), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Côte d'Azur (UCA), Anofel Cryptosporidium National Network, Institut de signalisation, biologie du développement et cancer (ISBDC), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA), Laboratoire de Biologie Moléculaire, Hôpital américain, Groupe d'Étude des Interactions Hôte-Pathogène (GEIHP), Université d'Angers (UA), Biologie, Génétique et Pathologie des Pathogènes Eucaryotes (MIVEGEC-BioGEPPE), Pathogènes, Environnement, Santé Humaine (EPATH), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), laboratoire parasitologie, CHU Bichat Paris, Ministère de la santé, Hôpital Louis Mourier - AP-HP [Colombes], Service de parasitologie-mycologie [CHU Cochin], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Service de Gynécologie et Obstétrique [Cochin], Hôpital Cochin [AP-HP], Physiopathologie et Pharmacotoxicologie Placentaire Humaine (U1139), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Gynécologie-Obstétrique [Bicêtre], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Bicêtre, Service de gynécologie-obstétrique et médecine de la reproduction, Université Montpellier 1 (UM1)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Hôpital Arnaud de Villeneuve, Biomécanique et Bioingénierie (BMBI), Université de Technologie de Compiègne (UTC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Departments of Medical Parasitology and Mycology, Centre Hospitalier René Dubos [Pontoise], Groupe Immunité des Muqueuses et Agents Pathogènes (GIMAP), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM), Laboratoire de parasitologie-mycologie, CHU Grenoble, Epigenetique, Pathologie et Developpement (UMR_S_741), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de gynécologie-obstétrique [Hôpital Jean Verdier], Université Paris 13 (UP13)-Hôpital Jean Verdier [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service de Parasitologie - Mycologie [CHU Pitié-Salpétrière], CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Service de Gynécologie-Obstétrique, Maternité, Chirurgie Gynécologique [CHU Pitié-Salpêtrière], Centre Max Weber (CMW), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Interactions Muqueuses Agents Transmissibles (LIMA), Université de Bourgogne (UB), Service de Gynécologie-Obstétrique [CHU Limoges], CHU Limoges, CHU Tenon [AP-HP], Appareil Digestif Environnement Nutrition (ADEN ), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Statistics In System biology and Translational Medicine (SISTM), Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Epidémiologie et Biostatistique [Bordeaux], Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Bordeaux population health (BPH), Université de Bordeaux (UB)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), CHU Bordeaux [Bordeaux], CHU Clermont-Ferrand, Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Centre Hospitalier Régional d'Orléans (CHRO), AP-HP - Hôpital Antoine Béclère [Clamart], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), CHU Lille, Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), Hôpital Maison Blanche, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)- Bordeaux population health (BPH), Université de Bordeaux (UB)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Bordeaux (UB)-Institut de Santé Publique, d'Épidémiologie et de Développement (ISPED)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne (UP1)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne (UP1)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), Université de Nantes (UN)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Hôpital Paule de Viguier, CHU Toulouse [Toulouse]-CHU Toulouse [Toulouse], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), Hôpital Purpan [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse]-CHU Toulouse [Toulouse]-Hôpital Purpan [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse], Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université d'Angers (UA), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Université Côte d'Azur (UCA), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Hôpital Jean Verdier [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris 13 (UP13), Service de parasitologie - mycologie [CHU Pitié-Salpétrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service Gynécologie [CHU Toulouse], Pôle Femme-Mère-Couple [CHU Toulouse], Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Parasitologie et Mycologie [CHU Toulouse], Institut Fédératif de Biologie (IFB), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Pôle Biologie [CHU Toulouse], Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes (UR)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hopital Louis Mourier - AP-HP [Colombes]-Hôpitaux Universitaires Paris Nord Val de Seine, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), Université Panthéon-Sorbonne (UP1)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Panthéon-Sorbonne (UP1)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Pôle de Gynécologie-Obstétrique et Reproduction Humaine, CHU Clermont-Ferrand-Université de Clermont-Ferrand, Physiologie des Adaptations Nutritionnelles [UMR_A1280] (PhAN), Centre de Physiopathologie Toulouse Purpan ex IFR 30 et IFR 150 (CPTP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de recherche Médecine, Science, Santé et Société (CERMES), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Gynécologie et Obstétrique [Rennes], Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CHU Pontchaillou [Rennes]-Hôpital Sud, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Antoine Béclère, Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Côte d'Azur (UCA)-Université Côte d'Azur (UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Trousseau [APHP], Groupe d'Etude des Interactions Hôte-Parasite (GEIHP), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Hopital Louis Mourier - AP-HP [Colombes], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Cochin [AP-HP], CHU Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpital Bicêtre, Université Paris 13 (UP13)-Hôpital Jean Verdier [Bondy], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Service de Gynécologie et Obstétrique [Groupe Hospitalier Pitié-Salpêtrière], CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], and CHU Tenon [APHP]
Subjects: 0301 basic medicine, Adult, medicine.medical_specialty, 030106 microbiology, Antiprotozoal Agents, Sulfadiazine, [SDV.MP.PRO]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Protistology, Toxoplasmosis, Congenital, law.invention, 03 medical and health sciences, Folinic acid, pyrimethamine-sulfadiazine, 0302 clinical medicine, Randomized controlled trial, law, Internal medicine, medicine, Humans, 030212 general & internal medicine, Seroconversion, Pregnancy Complications, Infectious, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, spiramycin, prenatal diagnosis, tolerance, business.industry, Spiramycin, Obstetrics and Gynecology, Prenatal Care, medicine.disease, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Toxoplasmosis, Infectious Disease Transmission, Vertical, 3. Good health, SISTM, Pyrimethamine, Treatment Outcome, Chemoprophylaxis, Drug Therapy, Combination, Female, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, France, pregnancy, business, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, medicine.drug, toxoplasmosis
Abstract: International audience; Background - The efficacy of prophylaxis to prevent prenatal toxoplasmosis transmission is controversial, without any previous randomized clinical trial. In France, spiramycin is usually prescribed for maternal seroconversions. A more potent pyrimethamine + sulfadiazine regimen is used to treat congenital toxoplasmosis and is offered in some countries as prophylaxis. Objective - We sought to compare the efficacy and tolerance of pyrimethamine + sulfadiazine vs spiramycin to reduce placental transmission. Study design - This was a randomized, open-label trial in 36 French centers, comparing pyrimethamine (50 mg qd) + sulfadiazine (1 g tid) with folinic acid vs spiramycin (1 g tid) following toxoplasmosis seroconversion. Results - In all, 143 women were randomized from November 2010 through January 2014. An amniocentesis was later performed in 131 cases, with a positive Toxoplasma gondii polymerase chain reaction in 7/67 (10.4%) in the pyrimethamine + sulfadiazine group vs 13/64 (20.3%) in the spiramycin group. Cerebral ultrasound anomalies appeared in 0/73 fetuses in the pyrimethamine + sulfadiazine group, vs 6/70 in the spiramycin group (P = .01). Two of these pregnancies were terminated. Transmission rates, excluding 18 children with undefined status, were 12/65 in the pyrimethamine + sulfadiazine group (18.5%), vs 18/60 in the spiramycin group (30%, P = .147), equivalent to an odds ratio of 0.53 (95% confidence interval, 0.23-1.22) and which after adjustment tended to be stronger (P = .03 for interaction) when treatment started within 3 weeks of seroconversion (95% confidence interval, 0.00-1.63). Two women had severe rashes, both with pyrimethamine + sulfadiazine. Conclusion - There was a trend toward lower transmission with pyrimethamine + sulfadiazine, but it did not reach statistical significance, possibly for lack of statistical power because enrollment was discontinued. There were also no fetal cerebral toxoplasmosis lesions in the pyrimethamine + sulfadiazine group. These promising results encourage further research on chemoprophylaxis to prevent congenital toxoplasmosis.
Published: 2018

47. Human cryptosporidiosis in immunodeficient patients in France (2015–2017)

Author: Damien Costa, Romy Razakandrainibe, Marc Sautour, Stéphane Valot, Louise Basmaciyan, Gilles Gargala, Denis Lemeteil, Loïc Favennec, Frédéric Dalle, Anne Debourgogne, Adela Angoulvant, Patrice Agnamey, Julie bonhomme, Brigitte Degeilh, Cathy Chemla, Cécile Garnaud, Coralie Lollivier, Cécile angebault, Pascal Delaunay, Guillaume Desoubeaux, Emilie Fréalle, Frédéric Grenouillet, Florent Morio, Françoise Botterel, Ghania Belkadi, Hélène Yera, Gilles Nevez, Xavier Iriart, Isabelle Accoceberry, Julie Brunet, Marc Thellier, Meja Rabodonirina, Milene Sasso, Charline Miossec, Murielle Nicolas, Nicole Desbois, Philippe Poirier, Christelle Pomares, Sandrine Houze, Yohann Le govic, Anne Pauline Bellanger, Franck Labbe, Marie Laure Darde, Olivier Duquesnoy, Pierre Flori, Patrick Bastien, Thomas Gueudet, Isabelle Villena, Dominique Aubert, Estelle Cateau, Marie-Elisabeth Bougnoux, Nathalie Kapel, Eric Dannaoui, Alexis Valentin, Anne Totet, Jean Menotti, Denis Blanchet, Magalie Demar, Emmanuel Dutoit, Renaud Piarroux, Emilie Sitterle, Denis Magne, Samsa Hamane, Antoine Berry, Cecile Ramade, CHU Rouen, Normandie Université (NU), Institut Pasteur de Madagascar, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Laboratoire de parasitologie mycologie (CHU de Dijon), Infections Parasitaires : Transmission, Physiopathologie et Thérapeutiques (IP-TPT), Service de Santé des Armées-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), Appareil Digestif Environnement Nutrition (ADEN ), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Service de Parasitologie-Mycologie [CHRU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Stress, Immunité, Pathogènes (SIMPA), Université de Lorraine (UL), Anofel Cryptosporidium National Network, Agents infectieux, résistance et chimiothérapie - UR UPJV 4294 (AGIR ), Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-CHU Amiens-Picardie, Université de Caen Normandie (UNICAEN), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES), Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Université Grenoble Alpes - UFR Pharmacie (UGA UFRP), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice)-Hôpital l'Archet, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Institut Pasteur de Dakar, Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA), Service de parasitologie-mycologie [CHU Cochin], Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Laboratoire Universitaire de Biodiversité et Ecologie Microbienne (LUBEM), Université de Brest (UBO), CHU Bordeaux [Bordeaux], Microbiologie cellulaire et moléculaire et pathogénicité (MCMP), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Dynamique des interactions Hôte pathogène, Université de Strasbourg (UNISTRA), Immunité et Infection, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-IFR113-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de Parasitologie et Mycologie, Hospices Civils de Lyon (HCL), Biologie, Génétique et Pathologie des Pathogènes Eucaryotes (MIVEGEC-BioGEPPE), Pathogènes, Environnement, Santé Humaine (EPATH), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Laboratoire de Parasitologie-Mycologie-Sérologies Bactériennes et Parasitaires [CHU de la Martinique], Centre Hospitalier Universitaire de la Martinique - CHU Martinique, Parasitologie-Mycologie Fort de France, CHU Fort de France, Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE), Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital Bichat - Claude Bernard, Service de parasitologie et mycologie [CHRU de Besançon], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Neuroépidémiologie Tropicale (NET), CHU Limoges-Institut d'Epidémiologie Neurologique et de Neurologie Tropicale-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST), Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM), Groupe Immunité des Muqueuses et Agents Pathogènes (GIMAP), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM), CHU Clermont-Ferrand, Laboratoire de Parasitologie-Mycologie (LPM), IFR 53, Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-CHU Maison Blanche-UPRES EA 2070, Centre de formation et de recherche sur l'environnement marin (CEFREM), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ecologie et biologie des interactions (EBI), Université de Poitiers-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Departments of Medical Parasitology and Mycology, Service de réanimation médicale, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Laboratoire Hospitalo-Universitaire de Parasitologie-Mycologie, Université des Antilles (UA)-Coordination Régionale de la lutte contre le Virus de L'Immunodéficience Humaine (COREVIH)-Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française], Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2, Laboratoire de parasitologie mycologie, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Groupe hospitalier Albert Chenevier – Henri Mondor, Service de Parasitologie et Mycologie, CHU Toulouse [Toulouse]-Institut Fédératif de Biologie (IFB) - Hôpital Purpan, Hôpital Purpan [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse]-CHU Toulouse [Toulouse]-Hôpital Purpan [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse], Région Haute Normandie, Projet COS Sesa, 2015-2018, Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU TOURS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Coordination Régionale de la lutte contre le Virus de L'Immunodéficience Humaine (COREVIH)-Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française]-Université des Antilles (UA), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Service de Santé des Armées, Université de Rennes (UR), Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA), Microbiologie Fondamentale et Pathogénicité (MFP), Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM), Université de Toulouse (UT), Service de Parasitologie et Mycologie [CHU Toulouse], Institut Fédératif de Biologie (IFB), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Pôle Biologie [CHU Toulouse], and Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)
Subjects: 0301 basic medicine, Male, Pediatrics, Epidemiology, Cryptosporidiosis, 0302 clinical medicine, Risk Factors, Child, Immunodeficiency, [SDV.MP.MYC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology, biology, Mortality rate, Cryptosporidium, General Medicine, Middle Aged, 3. Good health, Diarrhea, Infectious Diseases, Cryptosporidium parvum, Child, Preschool, Protozoan, Cyclosporine, Female, Immunotherapy, France, medicine.symptom, Cryptosporidium hominis, Immunosuppressive Agents, Adult, medicine.medical_specialty, Adolescent, 030231 tropical medicine, 030106 microbiology, Immunology, Context (language use), Tacrolimus, 03 medical and health sciences, Immunocompromised Host, Young Adult, medicine, Humans, [SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, Immunocompromised, Aged, Immunosuppression Therapy, Infant, Newborn, Infant, Mycophenolic Acid, medicine.disease, biology.organism_classification, Parasitology
Abstract: International audience; Cryptosporidiosis is a common disease in children and immunodeficient individuals. In 2006, a national network was set up on the surveillance of human cryptosporidiosis in France. Since January 2015, the 41 tertiary care hospitals and the 3 private laboratories of the French National Network on the surveillance of human cryptosporidiosis have been able to declare confirmed cases of cryptosporidiosis online. Between 2015 and 2017, 210 cases of cryptosporidiosis were declared in immunodeficient patients in France; Cryptosporidium parvum and Cryptosporidium hominis represented 66% and 22% of cases, respectively. A peak was observed in autumn. Cryptosporidiosis occurred mainly in a context of solid organ transplantation (SOT) (49%) and of HIV infection (30%). In SOT recipients, cryptosporidiosis appeared more frequently in the first 6 months post transplantation. Regarding cases declared in SOT recipients, mycophenolate mofetil was used in 68%. A mortality rate of 6% was observed. Present results underline the importance of screening for cryptosporidiosis in immunocompromised patients suffering from diarrhea, especially in the course of major cell mediated immunodeficiency or even systematic screening before SOT. Exclusive Cryptosporidium free water feeding could be suggested during major cell mediated immunodeficiency.
Published: 2018

48. Toxoplasmosis in Transplant Recipients, Europe, 2010-2014

Author: Hervé Pelloux, Isabelle Accoceberry, Effrossyni Gkrania-Klotsas, Zoi Dorothea Pana, Marie-Pierre Brenier-Pinchart, Hamdi Akan, Damien Dupont, Jordi Carratalà, María Carmen Fariñas, Jose-Manuel Garcia, Lubos Drgona, Isabella Abbate, Miruna D. David, Christian van Delden, Isabelle Villena, Fabrizio Bruschi, Tijana Štajner, Lia Monica Junie, Cédric Hirzel, Edward Guy, Nina Khanna, Oscar Len, Valeria Meroni, Florence Robert-Gangneux, Andreas H. Groll, Patricia Muñoz, Tiziana Lazzarotto, Françoise Botterel, Özgür Kurt, Katia Boggian, Nicolas J. Mueller, Francesca Genco, Olgica Djurković-Djaković, Oriol Manuel, Emmanuel Roilides, Institut de recherche en santé, environnement et travail (Irset), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes (UR)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Universitat de Barcelona, Université d'Angers (UA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), and Robert-Gangneux F, Meroni V, Dupont D, Botterel F, Garcia JMA, Brenier-Pinchart MP, Accoceberry I, Akan H, Abbate I, Boggian K, Bruschi F, Carratalà J, David M, Drgona L, Djurković-Djaković O, Farinas MC, Genco F, Gkrania-Klotsas E, Groll AH, Guy E, Hirzel C, Khanna N, Kurt Ö, Junie LM, Lazzarotto T, Len O, Mueller NJ, Munoz P, Pana ZD, Roilides E, Stajner T, van Delden C, Villena I, Pelloux H, Manuel O
Subjects: 0301 basic medicine, Pediatrics, Epidemiology, medicine.medical_treatment, [SDV]Life Sciences [q-bio], lcsh:Medicine, Hematopoietic stem cell transplantation, Chemoprophylaxis, Toxoplasmosis in Transplant Recipients, Europe, 2010–2014, Organ transplantation, 0302 clinical medicine, Risk Factors, Antibiotics, 030212 general & internal medicine, hematopoietic stem cell transplant, toxoplasma infection, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, cerebral toxoplasmosis, Cerebral toxoplasmosis, education.field_of_study, ddc:617, Hematopoietic Stem Cell Transplantation, Middle Aged, 3. Good health, Europe, Infectious Diseases, Electronic data, Hematopoietic stem cell transplant, Europa, Toxoplasma, Toxoplasmosis, Adult, Microbiology (medical), medicine.medical_specialty, Paràsits, 030106 microbiology, Population, Antibiòtics, parasites, lcsh:Infectious and parasitic diseases, 03 medical and health sciences, transplant recipient, medicine, Humans, lcsh:RC109-216, Parasites, education, Survival rate, Retrospective Studies, Toxoplasma infection, Transplantation, business.industry, Research, lcsh:R, chemoprophylaxis, Organ Transplantation, medicine.disease, Transplant Recipients, cotrimoxazole, transplantation, Cotrimoxazole, business, Toxoplasmosi gondii, prevention practices, prevalence, outcomes, hematopoietic stem cell transplant, solid organ transplant, Transplant recipient
Abstract: Transplantation activity is increasing, leading to a growing number of patients at risk for toxoplasmosis. We reviewed toxoplasmosis prevention practices, prevalence, and outcomes for hematopoietic stem cell transplant (HSCT) and solid organ transplant (SOT; heart, kidney, or liver) patients in Europe. We collected electronic data on the transplant population and prevention guidelines/regulations and clinical data on toxoplasmosis cases diagnosed during 2010-2014. Serologic pretransplant screening of allo-hematopoietic stem cell donors was performed in 80% of countries, screening of organ donors in 100%. SOT recipients were systematically screened in 6 countries. Targeted anti-Toxoplasma chemoprophylaxis was heterogeneous. A total of 87 toxoplasmosis cases were recorded (58 allo-HSCTs, 29 SOTs). The 6-month survival rate was lower among Toxoplasma-seropositive recipients and among allo-hematopoietic stem cell and liver recipients. Chemoprophylaxis improved outcomes for SOT recipients. Toxoplasmosis remains associated with high mortality rates among transplant recipients. Guidelines are urgently needed to standardize prophylactic regimens and optimize patient management.
Published: 2018

49. Donor Derived Candida stellimalicola in a Clinical Specimen: Preservation Fluid Contamination During Pancreas Procurement

Author: Véronique Reiter, Dominique Toubas, Emmanuel Morelon, Damien Dupont, Antoine Huguenin, Martine Wallon, Isabelle Villena, Lionel Badet, Elodie Tisserand, Service de parasitologie et mycologie médicale [Hôpital de la Croix Rousse, Lyon], Hôpital de la Croix-Rousse [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre de recherche en neurosciences de Lyon (CRNL), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Hôpital Edouard Herriot [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL), Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Matrice extracellulaire et dynamique cellulaire - UMR 7369 (MEDyC), SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), and Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Adult, 0301 basic medicine, medicine.medical_specialty, Antifungal Agents, Veterinary (miscellaneous), medicine.medical_treatment, 030106 microbiology, Microbial Sensitivity Tests, Drug resistance, Pancreas transplantation, Biology, Applied Microbiology and Biotechnology, Microbiology, 03 medical and health sciences, Medical microbiology, Pharmacotherapy, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Disease Transmission, Infectious, medicine, Ascitic Fluid, Humans, Pathogen, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Candida, [SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, Candidiasis, Tissue Donors, Transplant Recipients, 3. Good health, Transplantation, Treatment Outcome, medicine.anatomical_structure, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Immunology, Female, Pancreas Transplantation, Pancreas, Agronomy and Crop Science, Fluconazole, medicine.drug
Abstract: We report here a case of possible donor-derived Candida stellimalicola infection after pancreas transplantation. Candida stellimalicola, an environmental non-filamentous yeast, was isolated from both the peritoneal fluid of the graft donor and the preservation fluid of the transplanted pancreas. Interestingly, this strain exhibited high minimum inhibitory concentrations to azoles. These results justified the use of echinocandins as therapy instead of fluconazole. This switch permitted a favorable outcome. To our knowledge, this is the first report of C. stellimalicola from clinical samples and therefore the first reported case of a possible human infection. This case report highlights the need for standardized microbiological procedures in solid organ transplant settings. Moreover, it underlines the importance of using molecular identification technique when routine techniques do not allow successful identification of the pathogen. It is of utmost importance to determine sensitivity profile, even in the absence of species-level identification, because resistance to fluconazole is not uncommon, especially in emergent species.
Published: 2018

50. Discovery of New Inhibitors of Toxoplasma gondii via the Pathogen Box

Author: Dominique Aubert, Jean-Hugues Renault, Frédéric Velard, Antoine Huguenin, Ali Bakiri, Jérémy Spalenka, Isabelle Villena, Sandie Escotte-Binet, Simon Duchateau, Jane Hubert, Protozooses Transmises par l'Alimentation (Cryptosporidiose, Giardose et Toxoplasmose) : Mode de Contamination et Pathogénie (PROTAL) - EA 3800 (PROTAL), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV), Institut de Chimie Moléculaire de Reims - UMR 7312 (ICMR), SFR Condorcet, Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biomatériaux et inflammation en site osseux - EA 4691 (BIOS), and Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé)
Subjects: 0301 basic medicine, 030106 microbiology, Population, Toxoplasma gondii, Drug resistance, Biology, Microbiology, Cell Line, 03 medical and health sciences, Inhibitory Concentration 50, Structure-Activity Relationship, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, Chlorocebus aethiops, parasitic diseases, medicine, Pathogen Box, Parasite hosting, Animals, Pharmacology (medical), drug screening, education, Pathogen, Vero Cells, antitoxoplasmic compound, Pharmacology, education.field_of_study, Antiparasitic Agents, antitoxoplasmic activity, [SDV.SP]Life Sciences [q-bio]/Pharmaceutical sciences, medicine.disease, biology.organism_classification, Antiparasitic agent, Toxoplasmosis, 3. Good health, Infectious Diseases, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, Vero cell, Toxoplasma
Abstract: Toxoplasma gondii is a cosmopolitan protozoan parasite which affects approximately 30% of the population worldwide. The drugs currently used against toxoplasmosis are few in number and show several limitations, such as drug intolerance, poor bioavailability, or drug resistance mechanism developed by the parasite. Thus, it is important to find new compounds able to inhibit parasite invasion or proliferation. In this study, the 400 compounds of the open-access Pathogen Box, provided by the Medicines for Malaria Venture (MMV) foundation, were screened for their anti- Toxoplasma gondii activity. A preliminary in vitro screening performed over 72 h by an enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) revealed 15 interesting compounds that were effective against T. gondii at 1 μM. Their cytotoxicity was estimated on Vero cells, and their 50% inhibitory concentrations (IC 50 ) were further calculated. As a result, eight anti- Toxoplasma gondii compounds with an IC 50 of less than 2 μM and a selectivity index (SI) value of greater than 4 were identified. The most active was MMV675968, showing an IC 50 of 0.02 μM and a selectivity index value equal to 275. Two other compounds, MMV689480 and MMV687807, also showed a good activity against T. gondii , with IC 50 s of 0.10 μM (SI of 86.6) and 0.15 μM (SI of 11.3), respectively. Structure-activity relationships for the eight selected compounds also were discussed on the basis of fingerprinting similarity measurements using the Tanimoto method. The anti- Toxoplasma gondii compounds highlighted here represent potential candidates for the development of new drugs that could be used against toxoplasmosis.
Published: 2018

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