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International audience; As part of the European Union project GEroNIMO, a broad survey was conducted with stakeholders (breeders, managers, advisers and processors) involved in preserving local pig breeds (LB) to collect their perceptions and involve them in the project. It was designed in seven languages including English and was carried out online. An overall descriptive analysis of the responses of 339 participants is presented; results by country or breed are also mentioned. The data collected covers 11 countries and 32 breeds, with unequal representation by breed and country. Preserving genetic diversity is the main motivation stated by the stakeholders surveyed, followed by the economic activities associated with LB. The animals are raised purebred in small (median size: nine sows) and quite recent farms (median existence: 7 years); their selection is based mainly on phenotypic features (breed standards, number and quality of the teats). Participants expressed interest in selection, particularly for reproductive traits, but there are many barriers to the implementation of breeding programmes. Most of them expressed concern about the sustainability of LB, especially for economic reasons. Concerns about compliance with health regulations and fears of infection by pathogens came next. Stakeholders expected support from public authorities, especially to improve productivity and to protect the use of breed names.; Dans le cadre du projet européen GEroNIMO, une vaste enquête a été menée auprès des acteurs (éleveurs, techniciens, gestionnaires ou transformateurs) impliqués dans la conservation des races locales de porcs (RL) pour recueillir leurs perceptions et les associer au projet. Elle a été traduite en sept langues dont l'anglais et s’est déroulée en ligne. Une analyse descriptive globale des réponses de 339 participants est présentée ; des résultats par pays ou par race sont aussi mentionnés. Les données collectées couvrent 11 pays et 32 races, avec des représentations déséquilibrées par race et par pays. Les acteurs interrogés placent en tête de leurs motivations la préservation de la diversité génétique puis les activités économiques associées aux RL. Les animaux sont élevés en race pure dans de petits ateliers (effectif médian de neuf truies), assez récents (durée médiane de 7 ans). La sélection des reproducteurs repose principalement sur des caractéristiques phénotypiques : standard des races, nombre et qualité des tétines. Les participants manifestent de l’intérêt pour la sélection, particulièrement pour les caractères de reproduction, mais de nombreux freins à la mise en oeuvre de programmes de sélection existent. Ils expriment majoritairement des inquiétudes sur la pérennité des RL, surtout pour des raisons économiques. Les préoccupations liées au respect des normes sanitaires et aux craintes d’infection par des pathogènes viennent après. Les acteurs impliqués dans la préservation des RL attendent un soutien des pouvoirs publics, notamment pour améliorer la productivité et pour protéger l’utilisation du nom des races.

Native from North America, rainbow trout has been domesticated since the 1870s and introduced on all continents. Domestication and selective breeding have led to genetic changes due to inbreeding, genetic drift and selection. To address evolutionary biology questions, we used variant databases from USDA and INRAE to develop a 665K SNP array* (HD chip) for rainbow trout from a subset of the 32,372,492 SNPs. We prioritized the most variable SNPs in both databases with homogenous repartition over the genome. Of the 664,531 HD chip SNPs, 65% and 61% passed quality control and were polymorphic in samples of 288 and 175 genotyped fish from two commercial French lines (LB and LC respectively). Then, a subset of 72 LB and 67 LC genotypes of weakly related fish was pooled with the HD genotypes of 14 fish from the INRAE synthetic line (SY) and of 20 fish coming from rivers of the North West of USA (HA). These genotypes were used to reveal regions of the genome with low genetic diversity among various populations, likely to involve genes positively selected during either domestication or selection. The three French lines were moderately differentiated (Fst ~ 0 .10-0.12), but strongly differed from the HA population (Fst ~ 0 .27-0.29). A run of homozygosity (ROH) study revealed homozygous regions shared by all populations on Omy2, Omy12 and Omy15. These ROH islands included 26 annotated genes related to key roles in reproduction, embryonic development, genome stability and immunity.

International audience

International audience; AbstractBackgroundIn France, implementation of genomic evaluations in dairy cattle breeds started in 2009 and this has modified the breeding schemes drastically. In this context, the goal of our study was to understand the impact of genomic selection on the genetic diversity of bulls from three French dairy cattle breeds born between 2005 and 2015 (Montbéliarde, Normande and Holstein) and the factors that are involved.MethodsWe compared annual genetic gains, inbreeding rates based on runs of homozygosity (ROH) and pedigree data, and mean ROH length within breeds, before and after the implementation of genomic selection.ResultsGenomic selection induced an increase in mean annual genetic gains of 50, 71 and 33% for Montbéliarde, Normande and Holstein bulls, respectively, and in parallel, the generation intervals were reduced by a factor of 1.7, 1.9 and 2, respectively. We found no significant change in inbreeding rate for the two national breeds, Montbéliarde and Normande, and a significant increase in inbreeding rate for the Holstein international breed, which is now as high as 0.55% per year based on ROH and 0.49% per year based on pedigree data (equivalent to a rate of 1.36 and 1.39% per generation, respectively). The mean ROH length was longer for bulls from the Holstein breed than for those from the other two breeds.ConclusionsWith the implementation of genomic selection, the annual genetic gain increased for bulls from the three major French dairy cattle breeds. At the same time, the annual loss of genetic diversity increased for Holstein bulls, possibly because of the massive use of a few elite bulls in this breed, but not for Montbéliarde and Normande bulls. The increase in mean ROH length in Holstein may reflect the occurrence of recent inbreeding. New strategies in breeding schemes, such as female donor stations and embryo transfer, and recent implementation of genomic evaluations in small regional breeds should be studied carefully in order to ensure the sustainability of breeding schemes in the future.

La biodiversité aviaire régresse ces dernières années en lien avec la réduction voire l'arrêt des accompagnements financiers de la part des collectivités locales envers les collectifs de races locales, la non-inclusion en 2010 des volailles dans le dispositif pour la Protection des Races Menacées (PRM) et l’évolution incontrôlée de la consanguinité, faute de gestion génétique appropriée pour certaines races. La caractérisation de la diversité des races locales apporte des informations nouvelles sur la gestion génétique et l’organisation structurelle, et permet de construire un argumentaire pour le développement de politiques de conservations adaptés. D’une part, grâce à la remontée des données généalogiques, des outils de gestion génétique adaptés aux races locales ont pu être mis en place : procéder au choix des reproducteurs en conciliant une amélioration du niveau génétique des candidats sélectionnés avec une stabilisation de l’apparentement moyen et établir des plans d’accouplement limitant l’évolution de la consanguinité attendue à la génération suivante. D’autre part, le dispositif PRM a été adapté aux volailles permettant un accompagnement financier des collectifs de races locales avec deux mesures : la première pour les races en phase de valorisation économique, la seconde pour les races en phase de relance comptant un cheptel de reproducteurs réduit., Aviary biodiversity has been regressing these past few years with the reduction or even closure of local authority funding towards local breed associations, the non-inclusion of poultry in the Protection of Endangered Breeds (PEB) Program, and the uncontrolled evolution of coancestry for some breeds which lack proper genetic management. The characterization of diversity of local breeds brings new information on genetic management and structural organization, making it possible to build argument to develop proper conservation policies. On the one side, with genealogic data feedback, genetic management tools suitable for local breeds have been set up: choosing breeding stock by balancing improvement of genetic level of selected candidates with stabilization inbreeding rate and designing mating plans while limiting expected coancestry evolution for the next generation. On the other side, PEB Program was adjusted for poultry allowing a financial support for local breeds associations with two measures: one for breeds currently experiencing economic valorization, the other one for breeds experiencing a recovery plan with a limited breeding stock.

The small population sizes of French local breeds raise the question of their in- or ex-situ conservation. For thatgoal the characterization of their genetic diversity with molecular tools appears as a preliminary key step. 22local breeds along with 4 control widespread lines with an average of 60 individuals per breed were genotypedusing a 57K DNA SNP chip leading to a total sample made of 26 breeds and 1516 individuals. Within breedgenetic diversity was good but variable among them (mean F comprised between 3 and 28%), inbreedingcoefficients being related to the population sizes. Among breed diversity was large (Fst=0.25) allowing for aclear genetic identification of breeds. Relationships among breeds figured out their history (origin, breeders) orusage (broilers, layers...). Finally combining these genetic analyses with morphological data could help detectinggenomic region of interest in a selection perspective. To conclude, French local breeds appeared to be largelydiversified genetically and morphologically making them a good example of a successful management by bothbreeders and selection centers. Nevertheless much attention should be paid for their long term conservation.; Les faibles effectifs observés chez les races traditionnelles, locales et/ou anciennes posent la question de leurconservation in- ou ex-situ. La caractérisation de leur diversité génétique est un des déterminants essentiels deleur maintien et les analyses moléculaires s’avèrent être l’outil idéal pour cela. 22 races locales de poules ontdonc été génotypées à raison de 60 individus par population en moyenne avec une puce à ADN haute densité(57K). 4 lignées commerciales témoin ont également été intégrées, soit un total de 26 populations et 1516individus. La diversité intra-race est bonne, avec un niveau de consanguinité correct mais variable entre races (Fmoyen compris entre 3 et 28%), le niveau de consanguinité d’une race étant logiquement lié avec ses effectifs. Ilexiste également une grande diversité entre races (Fst=0.25), qui se différencient bien les unes des autres. Deplus, les relations observées entre races sont cohérentes avec leurs histoires. La structuration génétiques’explique ensuite principalement par la conduite des élevages. L’usage des races (pondeuses, de chair,commerciales) affecte aussi leur structure génétique. Finalement, ces analyses, combinées à la descriptionmorphologique des races, pourraient permettre de détecter des zones du génome d’intérêt pour la sélection. Enconclusion, les races locales françaises de poules présentent une grande diversité génétique, avec des spécificités,permettant de les distinguer très clairement les unes des autres. De plus leur gestion semble bien menée par leséleveurs et centres de sélection avec le maintien d’une diversité intra et inter-population relativement importante.

International audience

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International audience; Although inland water bodies are more heterogeneous and sensitive to environmental variation than oceans, the diversity of small protists in these ecosystems is much less well-known. Some molecular surveys of lakes exist, but little information is available from smaller, shallower and often ephemeral freshwater systems, despite their global distribution and ecological importance. We carried out a comparative study based on massive pyrosequencing of amplified 18S rRNA gene fragments of protists in the 0.2-5 μm-size range in one brook and four shallow ponds located in the Natural Regional Park of the Chevreuse Valley, France. Our study revealed a wide diversity of small protists, with 812 stringently defined operational taxonomic units (OTUs) belonging to the recognized eukaryotic supergroups (SAR-Stramenopiles, Alveolata, Rhizaria-, Archaeplastida, Excavata, Amoebozoa, Opisthokonta) and to groups of unresolved phylogenetic position (Cryptophyta, Haptophyta, Centrohelida, Katablepharida, Telonemida, Apusozoa). Some OTUs represented deep-branching lineages (Cryptomycota, Aphelida, Colpodellida, Tremulida, clade-10 Cercozoa, HAP-1 Haptophyta). We identified several lineages previously thought to be marine including, in addition to MAST-2 and MAST-12, already detected in freshwater, MAST-3 and possibly MAST-6. Protist community structures were different in the five ecosystems. These differences did not correlate with geographical distances, but seemed to be influenced by environmental parameters.

International audience; Juniperus excelsa is the second most widespread conifer tree in Lebanon. It grows in sites where no other conifer can survive. Despite its high ecological value, until now no field study was made in order to characterize these woodlands in Lebanon. We gathered data on the density, sizestructure, regeneration rate, cone production, proportion of filled seeds (using radiography) and spatial structure. The study was based on the monitoring of eight plots located in contrasted bioclimatic zones in Lebanon. We showed that the overall density of the Lebanese stands of J.excelsa is low and does not exceed 257 trees/ha. Moreover, the regeneration rate of these stands is lower than one and the percentage of filled seeds does not exceed 40%. The main threat affecting the survival of the Lebanese populations differs among sites including woodcutting, expansion of agricultural lands, overgrazing and the coupling with the hydric stress. This makes the future of the Juniper woodland in Lebanon largely uncertain.; Juniperus excelsa pousse dans des sites où aucun autre conifère ne survit et souffre d’une forte pression anthropique. Il est cependant le second conifère le plus répandu au Liban. Malgré sa grande valeur écologique, à ce jour aucune étude de terrain n’a été effectuée pour caractériser les junipéraies du Liban. Dans cette étude nous avons récolté des données sur la densité, la structure en taille, le taux de régénération, la production de cônes, la proportion de graines fertiles (par radiographie) et la structure spatiale des populations. Les données ont été prélevées dans huit parcelles de zones bioclimatiques contrastées. La densité globale des peuplements est faible ne dépassant pas 257 arbres/ha. De plus, leur taux de régénération est inférieur à un et le pourcentage de graines viables ne dépasse pas 40 %. Les principales menaces qui pèsent sur ces populations diffèrent d’un site à l’autre, notamment le défrichage et l’expansion des terres agricoles, le surpâturage et le couplage avec le stress hydrique. Tout ceci rend le devenir des junipéraies libanaises très incertain.

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