Author: "PRIAM" / Publisher: hal ccsd - Searchworks@Jio Institute Digital Library Search Results

Your search keyword '"PRIAM"' showing total 42 results

Start Over Author "PRIAM" Publisher hal ccsd

42 results on '"PRIAM"'

1. Sparse and reduced-rank family of generalized regressions with transformation from pca or autoencoder

Author: Priam, Rodolphe and Priam, Rodolphe
Subjects: [STAT.ME] Statistics [stat]/Methodology [stat.ME]
Abstract: Linear regression is one of the most studied methods after descriptive statistics, and univariate tests because it aims at understanding a target variable as a function of explaining or predictive variables. The interest in pca regression is how to improve the estimation of the output by new algorithms reducing the design matrix, also relevant for generalized linear models. By an association of several criteria, a family of new objective functions is proposed and the results are compared with pca regression and regression.
Published: 2023

2. Linear and Deep Models Basics with Pytorch, Numpy, and Scikit-Learn

Author: Priam, Rodolphe and Priam, Rodolphe
Subjects: [INFO.INFO-AI] Computer Science [cs]/Artificial Intelligence [cs.AI], algorithm, numpy, pytorch, deep learning, scikit-learn, [INFO.INFO-LG] Computer Science [cs]/Machine Learning [cs.LG], linear models, [STAT.CO] Statistics [stat]/Computation [stat.CO]
Abstract: This book is an introduction to computational statistics for the generalized linear models (glm) and to machine learning with the python language. Extensions of the glm with nonlinearities come from hidden layer(s) within a neural network for linear and nonlinear regression or classification. This allows to present side by side classical statistics and current deep learning. The loglikelihoods and the corresponding loss functions are explained. The gradient and hessian matrix are discussed and implemented for these linear and nonlinear models. Several methods are implemented from scratch with numpy for prediction (linear, logistic, poisson regressions) and for reduction (principal component analysis, random projection). The gradient descent, newton-raphson, natural gradient and l-fbgs algorithms are implemented. The datasets in stake are with 10 to 10^7 rows, and are tabular such that images or texts are vectorized. The data are stored in a compressed format (memmap or hdf5) and loaded by chunks for several case studies with pytorch or scikit-learn. Pytorch is presented for training with minibatches via a generic implementation for studying with computer programs. Scikit-learn is presented for processing large datasets via the partial fit, after the small examples. Sixty exercises are proposed at the end of the chapters with selected solutions to go beyond the contents.
Published: 2022

3. Negative binomial latent block model with generalized constraints

Author: Priam, Rodolphe, University of Southampton, and Priam, Rodolphe
Subjects: [STAT.ME] Statistics [stat]/Methodology [stat.ME], latent block model, expectation maximization, regression, negative binomial distribution, [STAT.CO]Statistics [stat]/Computation [stat.CO], [STAT.CO] Statistics [stat]/Computation [stat.CO], [STAT.ME]Statistics [stat]/Methodology [stat.ME]
Abstract: The latent block model is a clustering method for rows and columns of a numerical matrix. Numerical experiments have shown that it is able to outperform other methods for several datasets when well estimated and well parameterized. For count data, the negative binomial distribution generalizes the poisson one with fitting improvements for excess of zeros. Herein, we propose to consider such distribution with the latent block model and a fitting algorithm which is suitable for a large sparse matrix such as a textual contingency table. Some constraints met in the literature are generalized via a regression setting in order to compute automatically the parameters.
Published: 2021

4. A brief survey of numerical procedures for empirical likelihood

Author: Priam, Rodolphe, University of Southampton, and Priam, Rodolphe
Subjects: [STAT.CO]Statistics [stat]/Computation [stat.CO], [STAT.CO] Statistics [stat]/Computation [stat.CO]
Abstract: Empirical likelihood (EL) is a statistical framework for non parametric parameters inference. It adds weights in an estimating equation in order to proceed jointly to the parameters inference and to the estimation of the weights via an additional criterion. This results into a new objective function depending on the parameters and the weights with embedded lagrangian multipliers. Thus algorithms have been proposed in the current literature in order to maximize this function under constraints. EL is very appealing because it is more general than the usual parametric likelihoods: EL is enough flexible to handle many kind of estimating equations. It inference appears more restrictive in comparison to parametric likelihood thus several approaches have been developed in order to leverage this limitation. This paper presents an overview of the existing inferential and numerical methods with computational perspectives.
Published: 2021

5. Latent block principal component analysis for binary tables

Author: Priam, Rodolphe, Priam, Rodolphe, and University of Southampton
Subjects: pca, BEM algorithm, ComputingMethodologies_PATTERNRECOGNITION, Bernoulli latent block mixture model, [STAT.ME] Statistics [stat]/Methodology [stat.ME], co-clustering, [STAT.CO]Statistics [stat]/Computation [stat.CO], [STAT.ME]Statistics [stat]/Methodology [stat.ME], [STAT.CO] Statistics [stat]/Computation [stat.CO], binary matrix
Abstract: A pca method embedded with a co-clustering for binary tables is proposed via a probabilistic latent variable framework. Two local quadratic approximations of the objective function and a regularization of the parameters lead to iterative expectation maximization algorithms for the inference of the parameters.
Published: 2021

6. Probabilistic Elastic Embedding Model: Comparison of Alternative Models

Author: Priam, Rodolphe, Priam, Rodolphe, and University of Southampton
Subjects: [STAT.ML]Statistics [stat]/Machine Learning [stat.ML], [STAT.ML] Statistics [stat]/Machine Learning [stat.ML]
Abstract: In data visualization, Elastic Embedding adds an exponential penalty to an Euclidean criterion. It is able to separate the natural classes but its lacks a probabilistic generative setting which brings more flexibility to the modeling and the inference. Hence, it is proposed a new generative interpretation of Elastic Embedding which is closely related to LargeVis. Numerical experiments compare the proposed model and several alternative ones via two new visual indicators among different approaches.
Published: 2021

7. Visualization of generalized mean estimators using auxiliary information in survey sampling: additive case and stratification

Author: Priam, Rodolphe, University of Southampton, and Priam, Rodolphe
Subjects: [STAT]Statistics [stat], bias, stratification, ratio estimator, mean squared error, auxiliary variable, [STAT] Statistics [stat]
Abstract: The mean estimators with ratio depend on multiple auxiliary variables and unknown parameters in a finite population setting. Recently a new generic approach for modeling multivariate mean estimators with matrices has been proposed in order to compute automatically their minimum mean squared error. This brings naturally a graphical analysis for comparing mean estimators via nonlinear curves of their approximated mean squared error or their bias. Herein generalized additive ratio estimators with two auxiliary variables and higher order expansions in the approximations are proposed. This is just after a brief review of the new generic method, with an extension to constrained parameters. This leads to complete the main matrix in stake with higher-order moments of the auxiliary and target variables while keeping an underlying regression model for the optimization. The stratification of the generalized estimators is also considered with the proposed matricial approach. A perspective is the visualization of alternative models under this framework when empirical means are associated with ratio functions of auxiliary variables.
Published: 2020

8. Prescription de l’activité physique chez les patients diabétiques de type 2 : enquête auprès des médecins généralistes de Guyane. Étude descriptive observationnelle

Author: Dranebois, Stéphanie, Thelusme, Liliane, Priam, Rodolphe, Deungoue, Sandra, Demar, Magalie Pierre, Dueymes, Maryvonne, Sabbah, Nadia, Université de Guyane (UG), and Matillon, Mirlène
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2021

9. Projet GeoLaw : Modélisation SIG des tensions spatiales pour la conservation de la biodiversité en Amazonie brésilienne

Author: Priam, Jonathan, Gros-Desormeaux, Jean-Raphaël, Rodrigues Da Cunha Fischer, Luly, Tupiassu, Lise, Benatti, José, Laboratoire caribéen de sciences sociales (LC2S), Université des Antilles (UA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CEBA, LC2S, CAPES-COFECUB IBIS, and CIDHA
Subjects: [SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography
Abstract: La mise en œuvre des politiques de conservation de la biodiversité en Amazonie brésilienne n'a pas toujours reposé sur des processus de négociation avec les diverses parties prenantes dans le cadre de stratégies de conservation ascendantes. Historiquement, les agendas environnementaux et de développement, décidés au niveau national, ont eu pour conséquence une perte de la biodiversité, associée à la violation des droits de l'Homme de populations locales. Les productions scientifiques liées à la planification de l'utilisation des terres au Brésil suggèrent que l'absence de référentiels géographiques coordonnés à une planification territoriale globale, entraîne des tensions spatiales qui affectent négativement les politiques de conservation de la biodiversité. L'objectif principal de ce projet est d'analyser les interactions entre « société » et « écosystème » afin de promouvoir une gestion conjointe sous l’angle des systèmes socio-écologiques (SES). La recherche a souhaité tester l'hypothèse des « politiques de dérégulation » en observant les cas de superposition spatiale et d'agrégation de différents produits géographiques pour la planification de l'utilisation des terres dans l'État du Pará au Brésil. L'approche privilégie les relations interdisciplinaires entre le droit et la géomatique. La méthodologie repose sur une l'analyse transversale des deux champs d'études en utilisant des techniques d'interprétation juridique, géomatique et géostatistique.L’objectif de cette tâche est d’identifier et d’évaluer les zones d'intersections géographiques et les doublons entre les zonages règlementaires dans l’État du Pará. Ces travaux précèdent la tâche de vérification juridique de la cohérence règlementaire entre ces zones enchevêtrées.Cette recherche a bénéficié du soutien des "Investissements d'avenir" de l'Agence nationale de la recherche (Ceba, ANR-10-LABX-25-01) et du programme CAPES-COFECUB IBIS.
Published: 2021

10. Residual odds ratios from 2x2xk tables

Author: Priam, Rodolphe and University of Southampton
Subjects: measure of interaction, contingency table, principal component analysis, odds ratio, [STAT.ME]Statistics [stat]/Methodology [stat.ME]
Abstract: In health statistics, it exists several indicators in order to find which factors are more related to a health issue such as a disease. Herein, it is proposed a data analysis method for the k related 2x2 contingency tables in order to help decide the importance of the modalities and binary variables involved. This leads to define from the counts of the contingency tables an indicator named residual odds ratio. This indicator allows a visual interpretation of the usual odds ratio computed via a logistic regression or quotient in the literature. Another indicator with an additive definition is also retrieved by linearity of the rotation while a transformation is involved for the non linear indicator. The method is implemented in a r package which automatically generates a report with also odds ratios, intervals and statistical tests from a dataset.
Published: 2021

11. Visualization of generalized mean estimators using auxiliary information in survey sampling

Author: Rodolphe Priam, University of Southampton, and Priam, Rodolphe
Subjects: Statistics and Probability, bias, Mean squared error, Population, 0211 other engineering and technologies, Survey sampling, Ratio estimator, 02 engineering and technology, 01 natural sciences, Auxiliary variables, 010104 statistics & probability, ratio estimator, Statistics, 0101 mathematics, education, mean squared error, auxiliary variable, visualization, Mathematics, education.field_of_study, 021103 operations research, [STAT.ME] Statistics [stat]/Methodology [stat.ME], [STAT.TH] Statistics [stat]/Statistics Theory [stat.TH], Estimator, [STAT.TH]Statistics [stat]/Statistics Theory [stat.TH], Visualization, Generalized mean, [STAT.ME]Statistics [stat]/Methodology [stat.ME]
Abstract: International audience; The mean estimators with ratio depend on multiple auxiliary variables and unknown parameters in a finite population setting. We propose a new generalized approach with matrices for modeling the mutivariate mean estimators with two auxiliary variables. Our approach brings naturally a graphical analysis for comparing mean estimators.
Published: 2019

12. La difficile transparence des statistiques épidémiologiques de la Covid-19, ou comment les minorités peinent à exister dans la bataille des chiffres en Amazonie

Author: Emilie Stoll, Edna Alencar, Tabatha Benitz, Thiago Mota Cardoso, Luiza Dias Flores, Élise Capredon, Ricardo Folhes, João Paulo Soares de Cortes, Lise Tupiassu, Luly Fischer, Jonathan Priam, Laboratoire caribéen de sciences sociales (LC2S), Université des Antilles (UA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche en Sciences Sociales sur la Biodiversité Caraïbe - Amériques (IRCAB), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), UFPA - Universidade Federal do Pará, Instituto de Desenvolvimento Sustentável Mamirauá (IDSM), Universidade Federal do Amazonas - UFAM (UFAM), Université Lumière - Lyon 2 - UFR Anthropologie, Sociologie et Science politique (UL2 UFR ASSP), Université Lumière - Lyon 2 (UL2), Laboratoire d'Anthropologie des Mondes contemporains (LADEC), Universidade Federal do Pará (UFPA), Núcleo de Altos Estudos Amazônicos (NAEA), Federal University of Para - Universidade Federal do Para [Belem - Brésil], Universidade Federal do Oeste do Pará [Santarém] (UFOPA), Instituto de Ciências e Tecnologia das Águas (ICTA), instituto de ciências juridicas (ICJ), instituto de ciências juridicas, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Federal University of Para - Universidade Federal do Pará - UFPA [Belém, Brazil] (UFPA), Federal University of Amazonas, Laboratoire d’Anthropologie Des Enjeux Contemporains (LADEC), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and IRN IRCAB
Subjects: Social Sciences and Humanities, statistiques épidémiologiques, génocide, COVID-19, [SHS.ANTHRO-SE]Humanities and Social Sciences/Social Anthropology and ethnology, epidemiological statistics, genocide, Arts and Humanities (miscellaneous), Anthropology, Sciences Humaines et Sociales, Peuples autochtones, Indigenous peoples, Amazon, Amazonie
Abstract: En Amazonie, l’une des régions du Brésil les plus touchées par l’épidémie de COVID-19, les statistiques épidémiologiques publiées par les autorités brossent un tableau de la crise sanitaire qui interroge, car il ne considère pas ou trop partiellement le sort des populations issues des minorités ethniques et culturelles qui habitent la région. Au cours de la première vague épidémique (de février à juillet 2020), une équipe de 11 chercheurs a recensé et analysé la mobilisation des populations autochtones et quilombolas, et leur appropriation de l’outil statistique, pour apparaître dans les chiffres officiels. En réaction à ces mobilisations, les bulletins épidémiologiques publiés par les États et les communes amazoniennes ont fortement évolué d’un mois sur l’autre, faisant apparaître différentes lectures de la crise sanitaire, ancrées dans les imaginaires et les enjeux de pouvoir des régions amazoniennes. L’analyse met en évidence ce combat, discret mais essentiel, des minorités ethniques du pays, pour que soient actées, par les chiffres et dans les discours, les conséquences de l’épidémie sur leurs populations., In Amazonas, one of the regions of Brazil most affected by the COVID-19 epidemic, epidemiological statistics published by authorities paint a picture of the health crisis that must be called into question, as it does not or only partially considers the situation of ethnic and cultural minorities living in the region. During the first wave of the pandemic (from February to July 2020), a team of 11 researchers documented and analyzed the protests of Indigenous populations and quilombolas and their appropriation of statistical tools, to appear in the official statistics. As a response to these protests, epidemiological updates published by the states and Amazonian municipalities evolved greatly from one month to the next, reflecting the different interpretations of the health crisis anchored in the imaginations and power interests of Amazonian regions. The analysis underscores the subtle but essential fight of the country’s ethnic minorities to ensure that the consequences of the epidemic on their population are recorded both in the official numbers and in policies.
Published: 2021

13. D’une « maladie de riches » à un « génocide ethnico-racial ». Évolution des discours et des perceptions de la Covid-19 en Amazonie brésilienne

Author: Stoll, Émilie, Ferreira Alencar, Edna, Benitz, Tabatha, Cardoso, Thiago Mota, Dias Flores, Luiza, CAPREDON, ELISE, Theophilo Folhes, Ricardo, Soares de Cortes, João Paulo, Tupiassu, Lise, Rodrigues Da Cunha Fischer, Luly, Priam, Jonathan, Laboratoire caribéen de sciences sociales (LC2S), Université des Antilles (UA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche en Sciences Sociales sur la Biodiversité Caraïbe - Amériques (IRCAB), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Universidade Federal do Pará (UFPA)
Subjects: [SHS.ANTHRO-SE]Humanities and Social Sciences/Social Anthropology and ethnology, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society
Published: 2020

14. The microfluidic laboratory at Synchrotron SOLEIL Chaussavoine Igor

Author: Chaussavoine, Igor, Beauvois, Anthony, Mateo, Tiphaine, Vasireddi, Ramakrishna, Douri, Nadine, Priam, Jordan, Liatimi, Youssef, Lefrancois, Stéphane, Tabuteau, Hervé, Davranche, Mélanie, Vantelon, Delphine, Bizien, Thomas, Chavasa, Leonard, Lassalle-Kaisera, Benedikt, European Synchrotron Radiation Facility (ESRF), Géosciences Rennes (GR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Physique de Rennes (IPR), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Synchrotron SOLEIL (SSOLEIL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), 708130, Horizon 2020, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [PHYS]Physics [physics], macromolecular crystallography Horizon 2020 708130, X-ray microfluorescence, small-angle X-ray scattering, microfluidics, SOLEIL, X-ray absorption
Abstract: International audience; A microfluidic laboratory recently opened at Synchrotron SOLEIL, dedicated to in-house research and external users. Its purpose is to provide the equipment and expertise that allow the development of microfluidic systems adapted to the beamlines of SOLEIL as well as other light sources. Such systems can be used to continuously deliver a liquid sample under a photon beam, keep a solid sample in a liquid environment or provide a means to track a chemical reaction in a time-resolved manner. The laboratory provides all the amenities required for the design and preparation of soft-lithography microfluidic chips compatible with synchrotron-based experiments. Three examples of microfluidic systems that were used on SOLEIL beamlines are presented, which allow the use of X-ray techniques to study physical, chemical or biological phenomena. © 2020 International Union of Crystallography.
Published: 2020
Full Text: View/download PDF

15. In Vitro Anti-Inflammatory and Immunomodulatory Activities of an Extract from the Roots of Bupleurum rotundifolium

Author: Juliette Cholet, Caroline Decombat, Marjolaine Vareille-Delarbre, Maël Gainche, Alexandre Berry, François Senejoux, Isabelle Ripoche, Laetitia Delort, Marion Vermerie, Didier Fraisse, Catherine Felgines, Edwige Ranouille, Jean-Yves Berthon, Julien Priam, Etienne Saunier, Albert Tourrette, Yves Troin, Gilles Thebaud, Pierre Chalard, Florence Caldefie-Chezet, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Institut de Chimie de Clermont-Ferrand (ICCF), SIGMA Clermont (SIGMA Clermont)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), GREENTECH, Dômes Pharma, and AltoPhyto
Subjects: bupleurum rotundifolium, antioxidant, inflammation, lcsh:R, PBMCs, Bupleurum rotundifolium, lcsh:Medicine, [CHIM]Chemical Sciences, Article, cytokines, antioxidan
Abstract: This article belongs to the Special Issue Biological Potential and Medical Use of Natural Extracts; International audience; Background: Some Bupleurum species, such as the Bupleurum chinense DC. or the Bupleurum scorzonerifolium Willd have been extensively studied (especially their roots) for the treatment of inflammation. In contrast, only compounds extracted from the aerial parts of Bupleurum rotundifolium have been studied and showed anti-inflammatory or antiproliferative activities. This study was conducted to investigate the antioxidant, anti-inflammatory, and immunomodulatory effects of Bupleurum rotundifolium roots. Methods: To tackle the various aspects of inflammation, we studied in vitro a methanolic extract from the roots of Bupleurum rotundifolium on peripheral blood mononuclear cells (PBMCs), polymorphonuclear neutrophils (PMNs), and the monocytic cells THP-1. Its antioxidant capacities and iron-chelating activity were assessed. The extract was tested on THP-1 differentiation, reactive oxygen species (ROS) production by leukocytes, neutrophils chemotaxis, cytokines, PGE2 production, and NF-κB activation in PBMCs. Results: The extract showed a decreased ROS production in stimulated cells. It increased PBMC chemokine secretion and up-regulated the differentiation of THP-1 monocytes into macrophage-like cells, indicating a potential interest of the extract in the resolution of acute inflammation. In addition, the analysis of cytokine production suggests that Bupleurum rotundifolium has immunomodulatory properties. Conclusions: Cytokines secretion, especially IL-1β and IL-12p70, provided us with a set of indicators suggesting that the extract might be able to drive the polarization of macrophages and lymphocytes toward a Th2 anti-inflammatory profile in excessive inflammation.
Published: 2019
Full Text: View/download PDF

16. Cheese as a new source of bioactive metabolites for veterinary applications : development and validation of a proof-of-concept methodology

Author: Guillaume, Cardin, Chalard, Pierre, Poupet, Cyril, Priam, Julien, Bonnet, Muriel, Veisseire, Philippe, Ripoche, Isabelle, Bornes, Stéphanie, Rios, Laurent, Unité Mixte de Recherche sur le Fromage (UMRF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Institut de Chimie de Clermont-Ferrand (ICCF), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Institut national polytechnique Clermont Auvergne (INP Clermont Auvergne), Université Clermont Auvergne (UCA)-Université Clermont Auvergne (UCA), and Dômes Pharma
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract: International audience
Published: 2019

17. Promoting the antioxidant power of Psidium guajava L. through extraction optimization and characterization of lycopene, one of its micronutrients

Author: Priam, Fabienne, Marcelin, O., Marcus, R., Jô, L.-F., Smith-Ravin, Juliette, and FALCO, Eliane
Subjects: [SDV.BBM.BC] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], [SDV.BV.BOT] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Botanics
Abstract: The aim of this study was first to optimize the extraction and characterization of lycopene, a carotenoid, derived from a tropical fruit, Psidium guajava L., and then to demonstrate its health benefits through its antioxidant power. An extraction procedure was used to reach depletion and a high yield of lycopene, thus minimizing the use of organic solvent. An excellent carotenoid purification was obtained by HPLC-VIS (470 nm) detection in isocracy with a mobile acetonitrile/methanol/tetrahydrofurane phase. The characterization of this pigment has been confirmed by FT analysis. Therefore, we developed an adapted DPPH test to lycopene, which allowed to evaluate its EC50, thus classifying this micronutrient among the good antioxidants. From these results, we can suggest that pink guava (Psidium guajava L.) grown in the West Indies and particularly consumed raw or cooked, contain high levels of lycopene and these results corroborate the health benefit effect of guava and guava-derived products.Reference :Priam F.1, Marcelin O. 1, Marcus R. 1, Jô L-F. 1, Smith-Ravin E-J. Lycopene extraction from Psidium guajava L. and evaluation of its antioxidant properties using a modified DPPH test. IOSR-JESTFT, 11, 2017, 67-73.
Published: 2019

18. De la mise en carte à la mise en SIG : le cas de la structure foncière aux Antilles françaises

Author: Lalubie, Guillaume, Priam, Jonathan, Gros-Désormeaux, Jean-Raphaël, Laboratoire caribéen de sciences sociales (LC2S), Université des Antilles (UA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Jean-Raphaël Gros-Désormeaux et Christine Chivalon, EHESS, Université Paris Diderot, and Myriam Cottias (DR CNRS)
Subjects: [SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2018

19. Evaluation et Suivi de la Biodiversité dans les Bananeraies : Guadeloupe et Martinique

Author: Burac, Maurice, Gros-Desormeaux, Jean-Raphaël, Lalubie, Guillaume, Lesales, Thierry, Angin, Baptiste, Breuil, Michel, Ibéné, Béatrice, Gomès, Régis, Lurel, Felix, Manyri, Laurent, Picard, Rémi, Priam, Jonathan, Ranguin, Nelly, Archéologie Industrielle, Histoire, Patrimoine - Géographie, Développement, Environnement de la Caraïbe (AIHP-GEODE), Université des Antilles (UA), Laboratoire caribéen de sciences sociales (LC2S), Université des Antilles (UA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Centre de Recherche en Économie, Gestion, Modélisation et Informatique Appliquée (CEREGMIA), Union des Groupements des Producteurs de Banane Guadeloupe et Martinique (UGPBAN), and CIHENCE sarl
Subjects: [SHS.ENVIR]Humanities and Social Sciences/Environmental studies, [SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography, Antilles françaises, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Bananes
Published: 2018

20. Lycopene extraction from Psidium guajava L. and evaluation of its antioxidant properties using a modified DPPH test

Author: Roselyne Marcus, Fabienne Priam, Louis-Felix Jô, Emilie Juliette Smith-Ravin, Odile Marcelin, Archéologie Industrielle, Histoire, Patrimoine - Géographie, Développement, Environnement de la Caraïbe (AIHP-GEODE), and Université des Antilles (UA)
Subjects: [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, DPPH, 01 natural sciences, High-performance liquid chromatography, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Lycopene, Liquid–liquid extraction, Petroleum ether, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Food science, Carotenoid, 2. Zero hunger, chemistry.chemical_classification, Psidium, 030505 public health, Liquid-liquid Extraction, Chemistry, 010401 analytical chemistry, Extraction (chemistry), 0104 chemical sciences, FTIR, Psidium guajava L, HPLC, 0305 other medical science, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: International audience; The aim of this study was to optimize the extraction and characterization of lycopene, a carotenoid, from a tropical fruit, Psidium guajava L. and to demonstrate its health benefits. Deionised water, mixed with organic solvents, was used for extraction, and the depletion stage was reached in order to define the number of extractions needed to extract most of the lycopene. Optimum extraction was achieved with petroleum ether combined with guava puree:deionised water ratio of 40% using 15 ml of water. Four extractions were a satisfactory compromise to maximize the amount of lycopene recovered and to minimize the use of organic solvent. Excellent purification of lycopene was obtained by HPLC-VIS detection (470 nm) with acetonitrile/methanol/tetrahydrofuran mobile phase. Characterization was confirmed by FTIR analysis. A modification of the DPPH test made it possible to assess the EC50, thereby ranking lycopene among good antioxidants. As Psidium guajava is already widely used in the food industry, these results support claims for health benefits for products derived from guava.
Published: 2017
Full Text: View/download PDF

21. Data visualization via latent variables and mixture models: a brief survey

Author: Mohamed Nadif, Rodolphe Priam, and Priam, Rodolphe
Subjects: Probabilistic latent semantic analysis, business.industry, Probabilistic logic, [INFO.INFO-TT] Computer Science [cs]/Document and Text Processing, Pattern recognition, 02 engineering and technology, Latent variable, Mixture model, 01 natural sciences, [STAT] Statistics [stat], 010104 statistics & probability, Univariate distribution, Artificial Intelligence, Binary data, 0202 electrical engineering, electronic engineering, information engineering, 020201 artificial intelligence & image processing, Computer Vision and Pattern Recognition, Artificial intelligence, 0101 mathematics, business, Row, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Mathematics, Parametric statistics
Abstract: In the literature, data visualization is extensively studied via diverse parametric probabilistic distributions for the exploration of continuous, binary, and counting data. An overview of the existing methods for non-symmetric data matrices is presented in an unified framework via the Bernoulli law and binary variables. An extension to continuous or counting variables is available by using instead any another univariate distribution such as the Poisson or Gaussian one. Several approaches are possible when the model is with a distribution on the rows, the columns, the row clusters, the column clusters, the cells, the blocks, or a transformed matrix of the distances from the pairs of rows or columns. The objective functions are presented with their full expressions in separated sections, one for each method: Kohonen's map and related methods of self-organizing maps, generative topographic mapping as a probabilistic self-organizing map, linear principal component analysis and related matricial methods (non-negative factorization, factorization), probabilistic parametric embedding, probabilistic latent semantic visualization, latent cluster position model, t-distributed stochastic neighbor embedding. The conclusion is a discussion of the contribution with perspectives.
Published: 2015

22. An integrative analytical study of the functional and antioxidant properties of selected varieties of pink guava Psidium guajava L

Author: Marcelin, Odile, Mazaloubeaud, Chloé, Priam, Fabienne, Marcus, Roselyne, Belloir, Fabien, Vrabié, Valériu, Smith-Ravin, Emilie Juliette, Archéologie Industrielle, Histoire, Patrimoine - Géographie, Développement, Environnement de la Caraïbe (AIHP-GEODE), and Université des Antilles (UA)
Subjects: Total polyphenols, Lycopene, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, Antioxidant activity, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Vitamin C, Psidium guajava L
Abstract: International audience; (Guava (Psidium guajava L.) is a tropical fruit widely consumed around the world. The study wascarried out on four selected guava varieties grown in Martinique. Two fruit harvests were gathered at two-yearintervals, at the green/yellow color change maturity stage. First, we established the homogeneity of all fruitbatches by bootstrapping, ANOVA, box plot and multiple comparison statistical analysis on physicalparameters. Red Supreme Ruby clearly differs from the other three varieties, whereas the results for CentenoProlific are between Beauséjour and Enana Cuba. We determined on puree obtained from a homogeneousbatch of each variety the physicochemical and functional properties as well as the antioxidant properties. Ourresults show that the combination of lycopene and vitamin C, and their synergistic mechanisms in the fruitextracts may be responsible for the high antioxidant activity of guava puree, and we demonstrate a statisticallysignificant positive correlation between EC50 and lycopene.
Published: 2017
Full Text: View/download PDF

23. Generalized topographic block model

Author: Gérard Govaert, Mohamed Nadif, Rodolphe Priam, Southampton Statistical Sciences Research Institute (S3RI), University of Southampton, Laboratoire d'Informatique Paris Descartes (LIPADE - EA 2517), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Heuristique et Diagnostic des Systèmes Complexes [Compiègne] (Heudiasyc), Université de Technologie de Compiègne (UTC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Southampton [Southampton], Laboratoire d'Informatique Paris Descartes ( LIPADE - EA 2517 ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ), Heuristique et Diagnostic des Systèmes Complexes [Compiègne] ( Heudiasyc ), and Université de Technologie de Compiègne ( UTC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
Subjects: 0301 basic medicine, Cognitive Neuroscience, Gaussian, Inference, 02 engineering and technology, Machine learning, computer.software_genre, Poisson distribution, 03 medical and health sciences, symbols.namesake, Bernoulli's principle, Exponential family, Artificial Intelligence, [MATH.MATH-ST]Mathematics [math]/Statistics [math.ST], 0202 electrical engineering, electronic engineering, information engineering, Applied mathematics, [ MATH.MATH-ST ] Mathematics [math]/Statistics [math.ST], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Mathematics, Block (data storage), business.industry, Maximization, Mixture model, Computer Science Applications, 030104 developmental biology, symbols, 020201 artificial intelligence & image processing, Artificial intelligence, business, computer
Abstract: Co-clustering leads to parsimony in data visualisation with a number of parameters dramatically reduced in comparison to the dimensions of the data sample. Herein, we propose a new generalized approach for nonlinear mapping by a re-parameterization of the latent block mixture model. The densities modeling the blocks are in an exponential family such that the Gaussian, Bernoulli and Poisson laws are particular cases. The inference of the parameters is derived from the block expectation–maximization algorithm with a Newton–Raphson procedure at the maximization step. Empirical experiments with textual data validate the interest of our generalized model.
Published: 2016

24. Generative topographic mapping and factor analyzers

Author: Priam, Rodolphe, Nadif, Mohamed, and Priam, Rodolphe
Subjects: ComputingMethodologies_PATTERNRECOGNITION, [STAT.TH] Statistics [stat]/Statistics Theory [stat.TH]
Abstract: By embedding random factors in the Gaussian mixture model (GMM), we propose a new model called faGTM. Our approach is based on a flexible hierarchical prior for a generalization of the generative topographic mapping (GTM) and the mixture of principal components analyzers (MPPCA). The parameters are estimated with expectation-maximization and maximum a posteriori. Empirical experiments show the interest of our proposal.
Published: 2012

25. The pro-inflammatory cytokine 14-3-3 epsilon is a ligand of CD13 in cartilage

Author: Meriam, Nefla, Laure, Sudre, Guillaume, Denat, Sabrina, Priam, Gwenaëlle, Andre-Leroux, Francis, Berenbaum, Claire, Jacques, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), and Societe Francaise de Rhumatologie Arthritis Fondation Courtin
Subjects: Small interfering RNA, [SDV]Life Sciences [q-bio], Osteoarthritis, CD13 Antigens, Biology, 14-3-3ε, Chondrocyte, Aminopeptidase N, Mice, 03 medical and health sciences, Chondrocytes, 0302 clinical medicine, 14-3-3 epsilon, Matrix Metalloproteinase 13, medicine, Animals, [INFO]Computer Science [cs], [MATH]Mathematics [math], 030304 developmental biology, Inflammation, 0303 health sciences, Gene knockdown, Cartilage homeostasis, Cartilage, Cell Biology, Ligand (biochemistry), medicine.disease, Cell biology, medicine.anatomical_structure, 14-3-3 Proteins, 030220 oncology & carcinogenesis, Immunology, Matrix Metalloproteinase 3, Signal transduction, CD13, Research Article
Abstract: Osteoarthritis is a whole-joint disease characterized by the progressive destruction of articular cartilage involving abnormal communication between subchondral bone and cartilage. Our team previously identified 14-3-3ε protein as a subchondral bone soluble mediator altering cartilage homeostasis. The aim of this study was to investigate the involvement of CD13 (also known as aminopeptidase N, APN) in the chondrocyte response to 14-3-3ε. After identifying CD13 in chondrocytes, we knocked down CD13 with small interfering RNA (siRNA) and blocking antibodies in articular chondrocytes. 14-3-3ε-induced MMP-3 and MMP-13 was significantly reduced with CD13 knockdown, which suggests that it has a crucial role in 14-3-3ε signal transduction. Aminopeptidase N activity was identified in chondrocytes, but the activity was unchanged after stimulation with 14-3-3ε. Direct interaction between CD13 and 14-3-3ε was then demonstrated by surface plasmon resonance. Using labeled 14-3-3ε, we also found that 14-3-3ε binds to the surface of chondrocytes in a manner that is dependent on CD13. Taken together, these results suggest that 14-3-3ε might directly bind to CD13, which transmits its signal in chondrocytes to induce a catabolic phenotype similar to that observed in osteoarthritis. The 14-3-3ε–CD13 interaction could be a new therapeutic target in osteoarthritis., Summary: 14-3-3 might directly bind to CD13, which transmits a signal in chondrocytes to induce a catabolic phenotype similar to that observed in osteoarthritis.
Published: 2015
Full Text: View/download PDF

26. A parameterization via random factor for generative topographic mapping

Author: Priam, Rodolphe, Nadif, M., Priam, Rodolphe, and University of Southampton
Subjects: [INFO.INFO-LG]Computer Science [cs]/Machine Learning [cs.LG], [MATH.MATH-ST]Mathematics [math]/Statistics [math.ST], Latent block mixture model, [INFO.INFO-LG] Computer Science [cs]/Machine Learning [cs.LG], Block expectation maximization, Generative topographic mapping, [MATH.MATH-ST] Mathematics [math]/Statistics [math.ST]
Abstract: The model proposed is based on a flexible hierarchical prior for a generalization of the generative topographic mapping (GTM) and the mixture of principal components ana-lyzers (MPCA). By introducing random factors with correlated features in the Gaussian mixture model (GMM) this makes more flexible the center means such that the resulting projection is written with a new term coming from the prior. The parameters are estimated with a generalized expectation-maximization and maximum a posteriori. Empirical experiments illustrate positively the interest of our proposal.
Published: 2009

27. The Block Generative Topographic Mapping

Author: Rodolphe Priam, Mohamed Nadif, Gérard Govaert, and Priam, Rodolphe
Subjects: Computer science, business.industry, Probabilistic logic, Pattern recognition, Mixture model, [STAT] Statistics [stat], Generative model, Bernoulli's principle, Generative topographic map, Binary data, Artificial intelligence, Latent variable model, business, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Block (data storage)
Abstract: This paper presents a generative model and its estimation allowing to visualize binary data. Our approach is based on the Bernoulli block mixture model and the probabilistic self-organizing maps. This leads to an efficient variant of Generative Topographic Mapping. The obtained method is parsimonious and relevant on real data.
Published: 2008

28. Carte auto-organisatrice probabiliste sur données binaires

Author: Priam, Rodolphe, Nadif, Mohamed, University of Southampton, Laboratoire d'Informatique Paris Descartes (LIPADE - EA 2517), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Université Paris Descartes - UFR de Mathématiques et Informatique (UPD5 Mathématiques Informatique), and Priam, Rodolphe
Subjects: [INFO.INFO-TT]Computer Science [cs]/Document and Text Processing, [INFO.INFO-TT] Computer Science [cs]/Document and Text Processing, [MATH] Mathematics [math], [MATH]Mathematics [math], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2006

29. CASOM : Carte auto-organisée pour l’analyse exploratoire des tableaux de contingence

Author: Priam, Rodolphe and Priam, Rodolphe
Subjects: [INFO.INFO-TT] Computer Science [cs]/Document and Text Processing, [INFO.INFO-HC] Computer Science [cs]/Human-Computer Interaction [cs.HC], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Published: 2006

30. Induction of nerve growth factor expression and release by mechanical and inflammatory stimuli in chondrocytes: possible involvement in osteoarthritis pain

Author: Francis Berenbaum, M.-C. Laiguillon, Xavier Houard, Laure Sudre, S. Priam, Marjolaine Gosset, Emilie Pecchi, A. Pigenet, BMC, Ed., Centre de Recherche Saint-Antoine (UMRS893), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de rhumatologie [CHU Saint-Antoine], CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Service de rhumatologie [Saint-Antoine], Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), This work was supported by Labex Transimmunom, managed by the ANR within the Investissements d'Avenir programme under reference ANR-11-IDEX-0004-02., and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)
Subjects: Cartilage, Articular, medicine.medical_specialty, Immunology, Nicotinamide phosphoribosyltransferase, Pain, Stimulation, Enzyme-Linked Immunosorbent Assay, Real-Time Polymerase Chain Reaction, Transfection, Chondrocyte, Proinflammatory cytokine, chemistry.chemical_compound, Mice, Chondrocytes, Rheumatology, Internal medicine, Physical Stimulation, Nerve Growth Factor, Osteoarthritis, Medicine, Immunology and Allergy, Animals, Humans, Prostaglandin E2, RNA, Small Interfering, Cells, Cultured, Inflammation, [SDV.MHEP.RSOA] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Rhumatology and musculoskeletal system, biology, business.industry, Cartilage, medicine.anatomical_structure, Endocrinology, Nerve growth factor, chemistry, [SDV.MHEP.RSOA]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Rhumatology and musculoskeletal system, biology.protein, Cytokines, Cyclooxygenase, business, medicine.drug, Research Article
Abstract: International audience; INTRODUCTION: Nerve growth factor (NGF) level is increased in osteoarthritis (OA) joint and is involved in pain associated with OA. Stimuli responsible for NGF stimulation in chondrocytes are unknown. We investigated whether mechanical stress and pro-inflammatory cytokines may influence NGF synthesis by chondrocytes. METHODS: Primary cultures of human OA chondrocytes, newborn mouse articular chondrocytes or cartilage explants were stimulated by increasing amounts of IL-1beta, prostaglandin E2 (PGE2), visfatin / nicotinamide phosphoribosyltransferase (NAMPT) or by cyclic mechanical compression (0.5 Hz, 1 MPa). Before stimulation, chondrocytes were pretreated with indomethacin, Apo866, a specific inhibitor of NAMPT enzymatic activity, or transfected by siRNA targeting visfatin/NAMPT. mRNA NGF levels were assessed by real-time quantitative PCR and NGF released into media was determined by ELISA. RESULTS: Unstimulated human and mouse articular chondrocytes expressed low levels of NGF (19.2 +/- 8.7 pg/mL, 13.5 +/- 1.0 pg/mL and 4.4 +/- 0.8 pg/mL/mg tissue for human and mouse articular chondrocytes and costal explants, respectively). Mechanical stress induced NGF release in conditioned media. When stimulated by IL-1beta or visfatin/NAMPT, a pro-inflammatory adipokine produced by chondocytes in response to IL-1beta, a dose-dependent increase in NGF mRNA expression and NGF release in both human and mouse chondrocyte conditioned media was observed. Visfatin/NAMPT is also an intracellular enzyme acting as the rate-limiting enzyme of the generation of NAD. The expression of NGF induced by visfatin/NAMPT was inhibited by Apo866, whereas IL-1beta-mediated NGF expression was not modified by siRNA targeting visfatin/NAMPT. Interestingly, PGE2, which is produced by chondrocytes in response to IL-1beta and visfatin/NAMPT, did not stimulate NGF production. Consistently, indomethacin, a cyclooxygenase inhibitor, did not counteract IL-1beta-induced NGF production. CONCLUSIONS: These results show that mechanical stress, IL-1beta and extracellular visfatin/NAMPT, all stimulated the expression and release of NGF by chondrocytes and thus suggest that the overexpression of visfatin/NAMPT and IL-1beta in OA joint and the increased mechanical loading of cartilage may mediate OA pain via the stimulation of NGF expression and release by chondrocytes.
Published: 2014
Full Text: View/download PDF

31. Topographic Bernoulli block mixture mapping for binary tables

Author: Mohamed Nadif, Gérard Govaert, Rodolphe Priam, University of Southampton, Laboratoire d'Informatique Paris Descartes (LIPADE - EA 2517), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Heuristique et Diagnostic des Systèmes Complexes [Compiègne] (Heudiasyc), Université de Technologie de Compiègne (UTC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Southampton [Southampton], Laboratoire d'Informatique Paris Descartes ( LIPADE - EA 2517 ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ), Heuristique et Diagnostic des Systèmes Complexes [Compiègne] ( Heudiasyc ), and Université de Technologie de Compiègne ( UTC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
Subjects: Mathematical optimization, 02 engineering and technology, Sigmoid function, Mixture model, 01 natural sciences, 010104 statistics & probability, Bernoulli's principle, Artificial Intelligence, Generative topographic map, [MATH.MATH-ST]Mathematics [math]/Statistics [math.ST], Expectation–maximization algorithm, Binary data, 0202 electrical engineering, electronic engineering, information engineering, 020201 artificial intelligence & image processing, Logical matrix, Computer Vision and Pattern Recognition, [ MATH.MATH-ST ] Mathematics [math]/Statistics [math.ST], 0101 mathematics, Algorithm, Block (data storage), Mathematics
Abstract: International audience; Co-clustering methods are valuable parsimonious approaches for the analysis of a binary data table by a simultaneous partitioning of the rows or the columns. Bringing the property of visualization to co-clustering is of first importance for a fast access to the essential topics and their relations. We propose a new generative self-organizing map by a particular parameterization of the Bernoulli block mixture model. The method is called block GTM or topographic block model. Thanks to the underlying probabilistic framework, the inference of the parameters of the method is performed with the block EM algorithm. At the maximization step, two local quadratic approximations of the objective function arise from a second-order optimization, respectively, with the Newton–Raphson algorithm and with a variational bound of the sigmoid function. In the experiments with several datasets, the two algorithms are able to outperform former approaches and lead to similar results when the parameters are regularized with a L1-norm. The conclusion summarizes the contribution and some perspectives.
Published: 2014
Full Text: View/download PDF

32. identification of 14-3-3e as a new subchondral bone mediator involved in cartilage degradation in osteoarthritis

Author: Priam, Sabrina, Bougault, Carole, Houard, Xavier, Gosset, Marjolaine, Salvat, Colette, Berenbaum, Francis, Jacques, Claire, Enzymologie Moléculaire et Fonctionnelle, and Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)
Subjects: [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2013

33. Instrumentation bio-acoustique pour la surveillance d'une espèce menacée : Le cas du Moqueur gorge-blanche (R. brachyurus)

Author: Priam, Jonathan, Gros-Désormeaux, Jean-Raphaël, MAINSON, Médéric, Centre de Recherche sur les Pouvoirs Locaux dans la Caraibe (CRPLC), Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), UMR 228 Espace-Dev, Espace pour le développement, Université de Guyane (UG)-Université des Antilles (UA)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Avignon Université (AU)-Université de La Réunion (UR)-Université de Montpellier (UM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Avignon Université (AU)-Université de La Réunion (UR)-Université de Montpellier (UM)-Université de Guyane (UG)-Université des Antilles (UA)
Subjects: [SHS.ENVIR]Humanities and Social Sciences/Environmental studies, [SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2013

34. Nonlinear mapping by constrained co-clustering

Author: Priam, Rodolphe, Nadif, Mohamed, Govaert, Gérard, Multimedia content-based indexing (TEXMEX), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Centre de Recherche en Informatique de Paris 5 (CRIP5 - EA 2517), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Heuristique et Diagnostic des Systèmes Complexes [Compiègne] (Heudiasyc), Université de Technologie de Compiègne (UTC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Govaert, Gérard, Multimedia content-based indexing ( TEXMEX ), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires ( IRISA ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National des Sciences Appliquées - Rennes ( INSA Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National des Sciences Appliquées - Rennes ( INSA Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ), Centre de Recherche en Informatique de Paris 5 ( CRIP5 - EA 2517 ), Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ), Heuristique et Diagnostic des Systèmes Complexes [Compiègne] ( Heudiasyc ), and Université de Technologie de Compiègne ( UTC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
Subjects: [STAT.TH] Statistics [stat]/Statistics Theory [stat.TH], [MATH.MATH-ST]Mathematics [math]/Statistics [math.ST], [ MATH.MATH-ST ] Mathematics [math]/Statistics [math.ST], [STAT.TH]Statistics [stat]/Statistics Theory [stat.TH], [ STAT.TH ] Statistics [stat]/Statistics Theory [stat.TH], [MATH.MATH-ST] Mathematics [math]/Statistics [math.ST], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2012

35. New cellular models for tracking the odontoblast phenotype

Author: Juliette Bitard, Morgane Locker, Mireille Bonnefoix, V. Ronco, Anne Poliard, F. Priam, Michel Goldberg, T. Duchêne, K. Bourd, T. Wurtz, Odile Kellermann, Faculté de Chirurgie dentaire de Montrouge, Génétique moléculaire et intégration des fonctions cellulaires (GMIFC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Régulations et communications cellulaires (RCC (IFR_58)), and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: MESH: Odontoblasts, [SDV.NEU.NB]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, Cell Culture Techniques, Odontoblast differentiation, Cell Separation, Simian virus 40, Mice, 0302 clinical medicine, MESH: Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction, MESH: Animals, 0303 health sciences, Odontoblasts, [SDV.NEU.PC]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Psychology and behavior, Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction, DLX2, [SDV.NEU.SC]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Cognitive Sciences, MESH: Adenoviridae, General Medicine, MESH: Genes, medicine.anatomical_structure, Dentin sialoprotein, MESH: Dental Pulp, MESH: Mice, Transgenic, Recombinant Fusion Proteins, Mesenchyme, MESH: Tooth Germ, Blotting, Western, Mice, Transgenic, Biology, MESH: Cell Separation, Adenoviridae, Viral Proteins, 03 medical and health sciences, MESH: Gene Expression Profiling, stomatognathic system, MESH: Simian virus 40, medicine, MESH: Recombinant Fusion Proteins, Animals, MESH: Blotting, Western, General Dentistry, MESH: Mice, Dental Pulp, 030304 developmental biology, MESH: Cell Culture Techniques, MESH: Osteoblasts, Osteoblasts, Gene Expression Profiling, MESH: Clone Cells, Tooth Germ, 030206 dentistry, Cell Biology, Molecular biology, MESH: Viral Proteins, DMP1, Clone Cells, stomatognathic diseases, Odontoblast, Genes, Otorhinolaryngology, MESH: Biomarkers, Pulp (tooth), Homeobox, Biomarkers
Abstract: International audience; Odontoblasts and osteoblasts differ functionally and histologically. Because of their close relationship, mesenchymal cells derived from teeth and bone are difficult to distinguish ex vivo. Indeed, the main non-collagenous components of the odontoblastic extracellular matrix, dentin sialoprotein (DSP) or dentin matrix protein 1 (DMP1), have also been detected in osteoblasts. The need to develop cellular models of odontoblast differentiation and to identify markers specific for the odontoblast lineage, has led us to establish clonal cell lines from tooth germs of day 18 mouse embryos transgenic for an adenovirus-SV40 recombinant plasmid. In this study, we analyzed the phenotypes of three independent clones by RT-PCR and Western blot. These clones synthesised DSP, DMP1 and other extracellular matrix proteins typical of the odontoblast and are therefore likely to be derived from the pulp. Transcripts encoding a set of homeobox proteins involved in craniofacial development, such as Pax9, Msx1, Cbfa1, Dlx2 and 5 were also expressed albeit at a different level. These features of the pulpal clones are shared by the C1 mesodermal cells that are capable of differentiating along osteogenic, chondrogenic or adipogenic lineages In contrast, transcripts for two LIM-domain homeobox family genes (Lhx6 and Lhx7) were only detected in the dental clones. Since these genes are preferentially expressed in the mesenchyme of the developing tooth, this suggests that our transgenic-derived cell lines retain intrinsic properties of odontoblastic cells. They may help to characterise genes specifying the odontoblast phenotype and the signalling pathways underlying odontoblast differentiation.
Published: 2005
Full Text: View/download PDF

36. Grotte du trou du Renard (Ribiers, Hautes-Alpes)

Author: Morin, A., La Participation Scientifique De, Avec, Sivan, O., Bressy-Leandri, C., Millet, J.-J., Bertochio, P., Griggo, C., La Collaboration De, Avec, Margarit, X., Priam, F., Rouge, J.-P., Müller, S., Economies, sociétés et environnements préhistoriques (ESEP), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Université de Provence - Aix-Marseille 1-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and SRA Rhône-Alpes
Subjects: Grotte, Silex, [SHS.ARCHEO]Humanities and Social Sciences/Archaeology and Prehistory, Hautes Alpes
Published: 2005

37. Méthodes de carte auto-organisatrice par mélange de lois contraintes. Application à l'exploration dans les tableaux de contingence textuels

Author: Priam, Rodolphe, Multimedia content-based indexing (TEXMEX), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Université Rennes 1, Annie Morin(Annie.Morin@irisa.fr), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique
Subjects: self-organizing map, carte auto-organisatrice, analyse exploratoire des tableaux de contingence, mélange de lois de probabilité contraintes, exploratory analysis of contingency tables, [INFO.INFO-HC]Computer Science [cs]/Human-Computer Interaction [cs.HC], misture of probabilistic constrained laws
Abstract: This thesis is concerned with exploratory analysis of multidimensional data, which are often qualitative or textual, in particular Kohonen's self-organizing map models. The goal is to cluster and project simultaneously lines or columns of a data matrix. The result of these methods is a reduction in the form of a discrete surface of regression. We study more precisely mixture models of probabilistic laws: the parameters corresponding to means of clustered vectors are constrained by setting them at the nodes of a rectangular mesh. After an overview of these methods, and of the learning algorithms based on EM (Expectation - Maximization), we introduce two new approaches. The first one aims at generalizing the Correspondence Analysis method to large matrices: the CASOM algorithm is a naive Bayes classifier, which is constrained as a TPEM (Topology Preserving EM) for a contingency table. The second one consists in mutating image-clustering algorithms into map algorithms. As an illustration, we modify a clustering algorithm based on mean-field, and we get an algorithm named TNEM. We use these methods to ease the navigation in a textual corpus. Indeed, we provide objective criteria and cartographies.; Cette thèse d'intéresse à l'analyse exploratoire des données multimdimensionnelles souvent qualitatives voire textuelles par des modèles particuliers de carte auto-organisatrice de Kohonen. Il s'agit d'effectuer une classification et une projection simultanées des lignes ou colonnes d'une matrice de données. Le résultat de ces méthodes est une réduction sous la forme d'une surface de régression discrète. Nous étudions plus particulièrement les modèles de mélange de lois de probabilité : les paramètres correspondant aux espérances des vecteurs classés sont contraints en les plaçant aux nœuds d'une grille rectangulaire. Après une présentation de ces méthodes, et des algorithmes d'estimation basés sur l'EM (Expectation - Maximization), nous introduisons essentiellement deux nouvelles approches. La première vise à "généraliser la méthode d'Analyse Factorielle des Correspondances" aux grandes matrices : l'algorithme CASOM est un classifieur naïf de Bayes contraint en un TPEM (Topology Preserving EM) pour tableau de contingence. La seconde consiste en un schéma général d'adaptation des méthodes de segmentation d'image en carte auto-organisatrice. Pour l'illustrer, nous modifions un algorithme de segmentation par champs moyens, et obtenons un algorithme appelé TNEM. Nous utilisons ces méthodes pour aider à la navigation dans un corpus textuel. En effet, nous aboutissons à des critères et des moyens de représentation objectifs.
Published: 2003

38. Comparison of different segmentation approaches without using gold standard. Application to the estimation of the left ventricle ejection fraction from cardiac cine MRI sequences.

Author: Laboratoire d'Imagerie Fonctionnelle (LIF) ; INSERM - IFR14 - IFR49 - Université Pierre et Marie Curie (UPMC) - Paris VI, Imagerie et Modélisation en Neurobiologie et Cancérologie (IMNC) ; CNRS - IN2P3 - Université Paris VII - Paris Diderot - Université Paris XI - Paris Sud, IMPACT ; Laboratoire Traitement du Signal et de l'Image (LTSI) ; INSERM - Université de Rennes 1 - INSERM - Université de Rennes 1 - CIC-IT Rennes ; INSERM - Hôpital Pontchaillou - INSERM - Hôpital Pontchaillou - Laboratoire Traitement du Signal et de l'Image (LTSI) ; INSERM - Université de Rennes 1 - INSERM, Centre de recherche en applications et traitement de l'image pour la santé (CREATIS) ; CNRS - INSERM - Hospices Civils de Lyon - Université Claude Bernard - Lyon I (UCBL) - Institut National des Sciences Appliquées [INSA], Laboratoire d'Informatique Gaspard-Monge (LIGM) ; CNRS - Université Paris-Est Marne-la-Vallée (UPEMLV) - École des Ponts ParisTech (ENPC) - Fédération de Recherche Bézout - ESIEE, Laboratoire Electronique, Informatique et Image (Le2i) ; CNRS - Arts et Métiers ParisTech - Université de Bourgogne, Image ; Groupe de Recherche en Informatique, Image, Automatique et Instrumentation de Caen (GREYC) ; CNRS - Université de Caen Basse-Normandie - Ecole Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen - CNRS - Université de Caen Basse-Normandie - Ecole Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen, Laboratoire des sciences et matériaux pour l'électronique et d'automatique (LASMEA) ; CNRS - Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II, PRIAM ; ESME-Sudria, Image Science for Interventional Techniques (ISIT) ; CNRS - Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I - Clermont Université, The authors gratefully acknowledge the GdR2647 Stic-Santé for its support to the MedIEvalaction., Lebenberg, Jessica, Buvat, Irène, Garreau, Mireille, Casta, Christopher, Constantinidès, Constantin, Cousty, Jean, Cochet, Alexandre, Jehan-Besson, Stéphanie, Tilmant, Christophe, Lefort, Muriel, Roullot, Elodie, Najman, Laurent, Sarry, Laurent, Clarysse, Patrick, De Cesare, Alain, Lalande, Alain, Frouin, Frédérique, Laboratoire d'Imagerie Fonctionnelle (LIF) ; INSERM - IFR14 - IFR49 - Université Pierre et Marie Curie (UPMC) - Paris VI, Imagerie et Modélisation en Neurobiologie et Cancérologie (IMNC) ; CNRS - IN2P3 - Université Paris VII - Paris Diderot - Université Paris XI - Paris Sud, IMPACT ; Laboratoire Traitement du Signal et de l'Image (LTSI) ; INSERM - Université de Rennes 1 - INSERM - Université de Rennes 1 - CIC-IT Rennes ; INSERM - Hôpital Pontchaillou - INSERM - Hôpital Pontchaillou - Laboratoire Traitement du Signal et de l'Image (LTSI) ; INSERM - Université de Rennes 1 - INSERM, Centre de recherche en applications et traitement de l'image pour la santé (CREATIS) ; CNRS - INSERM - Hospices Civils de Lyon - Université Claude Bernard - Lyon I (UCBL) - Institut National des Sciences Appliquées [INSA], Laboratoire d'Informatique Gaspard-Monge (LIGM) ; CNRS - Université Paris-Est Marne-la-Vallée (UPEMLV) - École des Ponts ParisTech (ENPC) - Fédération de Recherche Bézout - ESIEE, Laboratoire Electronique, Informatique et Image (Le2i) ; CNRS - Arts et Métiers ParisTech - Université de Bourgogne, Image ; Groupe de Recherche en Informatique, Image, Automatique et Instrumentation de Caen (GREYC) ; CNRS - Université de Caen Basse-Normandie - Ecole Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen - CNRS - Université de Caen Basse-Normandie - Ecole Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen, Laboratoire des sciences et matériaux pour l'électronique et d'automatique (LASMEA) ; CNRS - Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II, PRIAM ; ESME-Sudria, Image Science for Interventional Techniques (ISIT) ; CNRS - Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I - Clermont Université, The authors gratefully acknowledge the GdR2647 Stic-Santé for its support to the MedIEvalaction., Lebenberg, Jessica, Buvat, Irène, Garreau, Mireille, Casta, Christopher, Constantinidès, Constantin, Cousty, Jean, Cochet, Alexandre, Jehan-Besson, Stéphanie, Tilmant, Christophe, Lefort, Muriel, Roullot, Elodie, Najman, Laurent, Sarry, Laurent, Clarysse, Patrick, De Cesare, Alain, Lalande, Alain, and Frouin, Frédérique
Abstract: International audience, A statistical method is proposed to compare several estimates of a relevant clinical parameter when no gold standard is available. The method is illustrated by considering the left ventricle ejection fraction derived from cardiac magnetic resonance images and computed using seven approaches with different degrees of automation. The proposed method did not use any a priori regarding with the reliability of each method and its degree of automation. The results showed that the most accurate estimates of the ejection fraction were obtained using manual segmentations, followed by the semiautomatic methods, while the methods with the least user input yielded the least accurate ejection fraction estimates. These results were consistent with the expected performance of the estimation methods, suggesting that the proposed statistical approach might be helpful to assess the performance of estimation methods on clinical data for which no gold standard is available.

39. Improved estimation of the left ventricular ejection fraction using a combination of independent automated segmentation results in cardiovascular magnetic resonance imaging

Author: jessica lebenberg, Alain Lalande, Patrick Clarysse, Irène Buvat, Christopher Casta, Alexandre Cochet, Constantin Constantinides, Jean Cousty, Alain de Cesare, Stéphanie Jehan-Besson, Muriel Lefort, Laurent Najman, Elodie Roullot, Laurent Sarry, Christophe Tilmant, Frédérique Frouin, Mireille Garreau, Lebenberg, Jessica, Laboratoire d'Imagerie Fonctionnelle (LIF), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-IFR14-IFR49-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire Electronique, Informatique et Image [UMR6306] (Le2i), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Arts et Métiers (ENSAM), Arts et Métiers Sciences et Technologies, HESAM Université (HESAM)-HESAM Université (HESAM)-Arts et Métiers Sciences et Technologies, HESAM Université (HESAM)-HESAM Université (HESAM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Imagerie et modélisation Vasculaires, Thoraciques et Cérébrales (MOTIVATE), Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service Hospitalier Frédéric Joliot (SHFJ), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, ESME Sudria, Pôle de Recherche en Ingénierie Appliquée à la Médecine (PRIAM), ESME Sudria [Paris]-ESME Sudria [Paris], Laboratoire d'Informatique Gaspard-Monge (LIGM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Fédération de Recherche Bézout-ESIEE Paris-École des Ponts ParisTech (ENPC)-Université Paris-Est Marne-la-Vallée (UPEM), Image Science for Interventional Techniques (ISIT), Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Clermont Université-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pascal (IP), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-SIGMA Clermont (SIGMA Clermont)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Traitement du Signal et de l'Image (LTSI), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Bourgogne (UB)-École Nationale Supérieure d'Arts et Métiers (ENSAM), HESAM Université (HESAM)-HESAM Université (HESAM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Université Paris-Est Marne-la-Vallée (UPEM)-École des Ponts ParisTech (ENPC)-ESIEE Paris-Fédération de Recherche Bézout-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Arts et Métiers Sciences et Technologies, HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire d'Imagerie Fonctionnelle ( LIF ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -IFR14-IFR49-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Laboratoire Electronique, Informatique et Image ( Le2i ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), 1 - Imagerie et modélisation Vasculaires, Thoraciques et Cérébrales ( MOTIVATE ), Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé ( CREATIS ), Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Université Jean Monnet [Saint-Étienne] ( UJM ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Université Jean Monnet [Saint-Étienne] ( UJM ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ), Service Hospitalier Frédéric Joliot ( SHFJ ), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) ( DRF (CEA) ), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université Paris-Saclay, Pôle de Recherche en Ingénierie Appliquée à la Médecine ( PRIAM ), Laboratoire d'Informatique Gaspard-Monge ( LIGM ), Université Paris-Est Marne-la-Vallée ( UPEM ) -École des Ponts ParisTech ( ENPC ) -ESIEE Paris-Fédération de Recherche Bézout-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Image Science for Interventional Techniques ( ISIT ), Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I ( UdA ) -Clermont Université-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut Pascal ( IP ), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 ( UBP ) -Sigma CLERMONT ( Sigma CLERMONT ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire Traitement du Signal et de l'Image ( LTSI ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), and Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM )
Subjects: [SDV.IB.IMA] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [SDV.MHEP.CSC]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Cardiology and cardiovascular system, [SDV.IB.IMA]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [ SPI.SIGNAL ] Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, [ SDV.MHEP.CSC ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Cardiology and cardiovascular system, [SPI.SIGNAL]Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, [ SDV.IB.IMA ] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Imaging, [SPI.SIGNAL] Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, [SDV.MHEP.CSC] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Cardiology and cardiovascular system
Abstract: —This work aimed at combining different segmenta-tion approaches to produce a robust and accurate segmentation result. Three to five segmentation results of the left ventricle were combined using the STAPLE algorithm and the reliability of the resulting segmentation was evaluated in comparison with the result of each individual segmentation method. This comparison was performed using a supervised approach based on a reference method. Then, we used an unsupervised statistical evaluation, the extended Regression Without Truth (eRWT) that ranks different methods according to their accuracy in estimating a specific biomarker in a population. The segmentation accuracy was evaluated by focusing on the left ventricular ejection fraction (LVEF) estimate resulting from the LV contour delineation using a public cardiac cine MRI database. Eight different segmentation methods, including three expert delineations, were studied, and sixteen combinations of the five automated methods were investigated. The supervised and unsupervised evaluations demonstrated that in most cases, STAPLE results provided better estimates of the LVEF than individual automated segmentation methods. In addition, LVEF obtained with STAPLE were within inter-expert variability. Overall, combining different automated segmentation methods improved the reliability of the segmenta-tion result compared to that obtained using an individual method
Published: 2014

40. Méthodologie Pour Comparer Différentes Méthodes D'extraction De Biomarqueurs Sans Méthode De Référence. Application À La Segmentation Du Ventricule Gauche En Irm Cardiaque Pour Estimer La Fraction D'éjection

Author: Frédérique Frouin, Mireille Garreau, Irène Buvat, Christopher Casta, Constantin Constantinidès, Jean Cousty, Alexandre Cochet, Stéphanie Jehan-Besson, Christophe Tilmant, Murielle Lefort, Laurent Najman, Laurent Sarry, Clarysse, P., Cesare, A., Lalande, A., Laboratoire d'imagerie fonctionnelle [CHU Pitié-Salpétriêre] (LIF), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Laboratoire Traitement du Signal et de l'Image (LTSI), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Imagerie et Modélisation en Neurobiologie et Cancérologie (IMNC (UMR_8165)), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Imagerie et modélisation Vasculaires, Thoraciques et Cérébrales (MOTIVATE), Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Pôle de Recherche en Ingénierie Appliquée à la Médecine (PRIAM), ESME Sudria [Paris], Laboratoire d'Informatique Gaspard-Monge (LIGM), Université Paris-Est Marne-la-Vallée (UPEM)-École des Ponts ParisTech (ENPC)-ESIEE Paris-Fédération de Recherche Bézout-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Equipe Image - Laboratoire GREYC - UMR6072, Groupe de Recherche en Informatique, Image et Instrumentation de Caen (GREYC), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-École Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen (ENSICAEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pascal (IP), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-SIGMA Clermont (SIGMA Clermont)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plateforme Tropicale d'Expérimentation sur l'Animal (PTEA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Auvergne ERIM EA 3295, Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA), Laboratoire de Communication Parlée et traitement du Signal (LCPTS ), Université des Sciences et de la Technologie Houari Boumediene = University of Sciences and Technology Houari Boumediene [Alger] (USTHB), Laboratoire d'imagerie fonctionnelle [Paris] (LIF), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Informatique Gaspard-Monge (ligm), Groupe de Recherche en Informatique, Image, Automatique et Instrumentation de Caen (GREYC), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Sigma CLERMONT (Sigma CLERMONT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université des Sciences et de la Technologie Houari Boumediene [Alger] (USTHB), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Le Corre, Morgane, Laboratoire d'imagerie fonctionnelle [Paris] ( LIF ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ), Laboratoire Traitement du Signal et de l'Image ( LTSI ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Imagerie et Modélisation en Neurobiologie et Cancérologie ( IMNC ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS ( IN2P3 ) -Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), 1 - Imagerie et modélisation Vasculaires, Thoraciques et Cérébrales ( MOTIVATE ), Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé ( CREATIS ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Université Jean Monnet [Saint-Étienne] ( UJM ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Université Jean Monnet [Saint-Étienne] ( UJM ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Pôle de Recherche en Ingénierie Appliquée à la Médecine ( PRIAM ), Laboratoire d'Informatique Gaspard-Monge ( LIGM ), Université Paris-Est Marne-la-Vallée ( UPEM ) -École des Ponts ParisTech ( ENPC ) -ESIEE Paris-Fédération de Recherche Bézout-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Groupe de Recherche en Informatique, Image, Automatique et Instrumentation de Caen ( GREYC ), Université de Caen Normandie ( UNICAEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ) -Ecole Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen ( ENSICAEN ), Normandie Université ( NU ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut Pascal ( IP ), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 ( UBP ) -Sigma CLERMONT ( Sigma CLERMONT ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Plateforme Tropicale d'Expérimentation sur l'Animal ( PTEA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I ( UdA ), Laboratoire de Communication Parlée et traitement du Signal ( LCPTS ), Université des Sciences et de la Technologie Houari Boumediene [Alger] ( USTHB ), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Fédération de Recherche Bézout-ESIEE Paris-École des Ponts ParisTech (ENPC)-Université Paris-Est Marne-la-Vallée (UPEM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen (ENSICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen (ENSICAEN), and Normandie Université (NU)
Subjects: [SDV.IB] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, Modélisation statistique, Segmentation, [SDV.MHEP.CSC]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Cardiology and cardiovascular system, Evaluation non supervisée, IRM cardiaque, Fraction d’éjection, [SDV.IB]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, [ SDV.IB ] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, [ SDV.MHEP.CSC ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Cardiology and cardiovascular system, [SDV.MHEP.CSC] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Cardiology and cardiovascular system
Abstract: International audience; Une méthodologie est proposée pour comparer plusieurs méthodes d’estimation d’un paramètre d’intérêt clinique sans connaître de gold standard. Elle est appliquée à un problème de comparaison de la fraction d’éjection du ventricule gauche en IRM cardiaque obtenue par sept approches de segmentation différentes et appliquée à 30 examens issus de la base de données constituée pour le challenge Miccai 2009 de segmentation du ventricule gauche. La comparaison des méthodes montre une supériorité du tracé manuel, un bon comportement des méthodes de segmentation semi-automatiques et un plus mauvais comportement des méthodes plus largement automatisées. La méthodologie de comparaison proposée qui ne fait aucun a priori sur les méthodes retrouve ainsi l’ordre attendu. Cette approche méthodologique est donc pertinente et doit permettre une classification non supervisée de différentes méthodes d’estimation de biomarqueurs.
Published: 2011

41. Usefulness of Tc-99m Sestamibi studies for monitoring response to therapy in patients with high grade gliomas: a preliminary study

Author: Tacchella, Jean-Marc, Yeni, Nathanaelle, Petrirena, Gregorio, Cohen, Mike-Ely, Lefort, Muriel, Guillevin, Rémy, Habert, Marie-Odile, Roullot, Elodie, Kas, Aurélie, Frouin, Frédérique, Pôle de Recherche en Ingénierie Appliquée à la Médecine (PRIAM), ESME Sudria [Paris], Laboratoire d'Imagerie Biomédicale (LIB), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Service de médecine nucléaire [CHU Pitié-Salpétrière], CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service de Neurologie [CHU Pitié-Salpêtrière], IFR70-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Service de Radiologie [Milétrie], Centre hospitalier universitaire de Poitiers (CHU Poitiers), Imagerie Moléculaire in Vivo (IMIV - U1023 - ERL9218), Service Hospitalier Frédéric Joliot (SHFJ), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de Médecine nucléaire [CHU Pitié-Salpétrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Duchange, Nathalie, Laboratoire d'Imagerie Biomédicale [Paris] (LIB), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Service de neurologie 1 [CHU Pitié-Salpétrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], and Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)
Subjects: [SDV.IB] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, Therapy monitoring, Image Processing, [SDV.IB]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering
Abstract: Congrès sous l’égide de la Société Française de Génie Biologique et Médical (SFGBM).; National audience; Early and late Sestamibi studies were acquired in addition to conventional MRI protocol in 14 patients with high-grade gliomas to monitor an antiangiogenic treatment. Global and local indices were deduced from these SPECT studies and were compared with progression free survival (PFS) and overall survival (OS). Variations of intensity in late studies were not correlated with PFS, but were related to OS. This suggests the possible role of Sestamibi for monitoring response to treatment.
Published: 2015

42. Comparison of different segmentation approaches without using gold standard. Application to the estimation of the left ventricle ejection fraction from cardiac cine MRI sequences

Author: Patrick Clarysse, Jessica Lebenberg, Christopher Casta, Alain Lalande, Frédérique Frouin, Alexandre Cochet, Stéphanie Jehan-Besson, Alain De Cesare, Laurent Najman, Constantin Constantinides, Jean Cousty, Christophe Tilmant, Muriel Lefort, Irène Buvat, Elodie Roullot, Mireille Garreau, Laurent Sarry, Laboratoire d'Imagerie Fonctionnelle (LIF), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-IFR14-IFR49-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Imagerie et Modélisation en Neurobiologie et Cancérologie (IMNC (UMR_8165)), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Traitement du Signal et de l'Image (LTSI), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Imagerie et modélisation Vasculaires, Thoraciques et Cérébrales (MOTIVATE), Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Informatique Gaspard-Monge (LIGM), Université Paris-Est Marne-la-Vallée (UPEM)-École des Ponts ParisTech (ENPC)-ESIEE Paris-Fédération de Recherche Bézout-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Electronique, Informatique et Image [UMR6306] (Le2i), Université de Bourgogne (UB)-École Nationale Supérieure d'Arts et Métiers (ENSAM), Arts et Métiers Sciences et Technologies, HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Arts et Métiers Sciences et Technologies, HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Equipe Image - Laboratoire GREYC - UMR6072, Groupe de Recherche en Informatique, Image et Instrumentation de Caen (GREYC), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-École Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen (ENSICAEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des sciences et matériaux pour l'électronique et d'automatique (LASMEA), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), PRIAM, ESME-Sudria, Image Science for Interventional Techniques (ISIT), Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Clermont Université-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), The authors gratefully acknowledge the GdR2647 Stic-Santé for its support to the MedIEvalaction., Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Fédération de Recherche Bézout-ESIEE Paris-École des Ponts ParisTech (ENPC)-Université Paris-Est Marne-la-Vallée (UPEM), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Arts et Métiers (ENSAM), HESAM Université (HESAM)-HESAM Université (HESAM)-Arts et Métiers Sciences et Technologies, HESAM Université (HESAM)-HESAM Université (HESAM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen (ENSICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen (ENSICAEN), Normandie Université (NU), Laboratoire d'Imagerie Fonctionnelle ( LIF ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -IFR14-IFR49-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Imagerie et Modélisation en Neurobiologie et Cancérologie ( IMNC ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS ( IN2P3 ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ), Laboratoire Traitement du Signal et de l'Image ( LTSI ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), 1 - Imagerie et modélisation Vasculaires, Thoraciques et Cérébrales ( MOTIVATE ), Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé ( CREATIS ), Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Université Jean Monnet [Saint-Étienne] ( UJM ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Hospices Civils de Lyon ( HCL ) -Université Jean Monnet [Saint-Étienne] ( UJM ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ), Laboratoire d'Informatique Gaspard-Monge ( LIGM ), Université Paris-Est Marne-la-Vallée ( UPEM ) -École des Ponts ParisTech ( ENPC ) -ESIEE Paris-Fédération de Recherche Bézout-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire Electronique, Informatique et Image ( Le2i ), Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Groupe de Recherche en Informatique, Image, Automatique et Instrumentation de Caen ( GREYC ), Université de Caen Normandie ( UNICAEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ) -Ecole Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen ( ENSICAEN ), Normandie Université ( NU ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Caen Normandie ( UNICAEN ), Normandie Université ( NU ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire des sciences et matériaux pour l'électronique et d'automatique ( LASMEA ), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 ( UBP ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Image Science for Interventional Techniques ( ISIT ), Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I ( UdA ) -Clermont Université-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Senhadji, Lotfi, Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: MESH : Ventricular Function, Left, [ INFO.INFO-TS ] Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, [INFO.INFO-TS] Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, [ SPI.SIGNAL ] Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, 02 engineering and technology, MESH: Regression Analysis, Ventricular Function, Left, Article, MESH: Ventricular Function, Left, 030218 nuclear medicine & medical imaging, MESH: Magnetic Resonance Imaging, 03 medical and health sciences, MESH : Heart, 0302 clinical medicine, [INFO.INFO-TS]Computer Science [cs]/Signal and Image Processing, MESH : Magnetic Resonance Imaging, MESH : Regression Analysis, 0202 electrical engineering, electronic engineering, information engineering, Humans, Medicine, Segmentation, [ SDV.IB ] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, Reliability (statistics), [SPI.SIGNAL] Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, [SDV.IB] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, Ejection fraction, MESH: Humans, business.industry, MESH : Humans, Heart, Regression analysis, Pattern recognition, Image segmentation, Gold standard (test), Magnetic Resonance Imaging, MESH: Heart, medicine.anatomical_structure, Ventricle, Regression Analysis, A priori and a posteriori, 020201 artificial intelligence & image processing, [SDV.IB]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, Artificial intelligence, business, Nuclear medicine, [SPI.SIGNAL]Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing
Abstract: International audience; A statistical method is proposed to compare several estimates of a relevant clinical parameter when no gold standard is available. The method is illustrated by considering the left ventricle ejection fraction derived from cardiac magnetic resonance images and computed using seven approaches with different degrees of automation. The proposed method did not use any a priori regarding with the reliability of each method and its degree of automation. The results showed that the most accurate estimates of the ejection fraction were obtained using manual segmentations, followed by the semiautomatic methods, while the methods with the least user input yielded the least accurate ejection fraction estimates. These results were consistent with the expected performance of the estimation methods, suggesting that the proposed statistical approach might be helpful to assess the performance of estimation methods on clinical data for which no gold standard is available.
Published: 2011
Full Text: View/download PDF

Catalog

Books, media, physical & digital resources

See catalog results

Searchworks

Select search scope, currently: Articles Catalog books, media & more in Jio Institute collections Articles journal articles & other e-resources

Search

Search Constraints

Refine your results

Search Limiters

Topic

Publication Year Range

Language

Publication Type

Database

Publisher

42 results on '"PRIAM"'

Search Results

Catalog

Select search scope, currently: Articles

Catalog

books, media & more in Jio Institute collections

Articles

journal articles & other e-resources