Search

Your search keyword '"Olivier, Nibourel"' showing total 4 results
Start Over Author "Olivier, Nibourel" Publisher hal ccsd
4 results on '"Olivier, Nibourel"'

1. Genomic analysis of primary and secondary myelofibrosis redefines the prognostic impact of ASXL1 mutations: a FIM study

Author

Jean-Claude Chomel, Jean-Christophe Ianotto, Laurane Cottin, Pierre Sujobert, Véronique Mansat-De Mas, Barbara Burroni, Vincent Cussac, Nathalie Jézéquel, Brigitte Dupriez, Bruno Cassinat, Emmanuelle Verger, Raouf Ben Abdelali, Dana Ranta, Damien Luque Paz, Olivier Kosmider, Olivier Mansier, Gabriel Etienne, Jerome Rey, Maxime Renard, Jean-Jacques Kiladjian, Fabienne Vacheret, Guillaume Denis, Anne Murati, Jérémie Riou, Pascal Mossuz, Françoise Boyer, Eric Lippert, Yannick Le Bris, Pascale Cony-Makhoul, Ivan Sloma, Anouk Walter-Petrich, Suzanne Tavitian, Stéphane Giraudier, Stéphane Girault, Aurélie Chauveau, Gérard Socié, François Girodon, Lydia Roy, Olivier Nibourel, Borhane Slama, Valérie Ugo, Margot Robles, Mathieu Wemeau, Bernardo, Elizabeth, Innate Immunity and Immunotherapy (CRCINA-ÉQUIPE 7), Centre de Recherche en Cancérologie et Immunologie Nantes-Angers (CRCINA), Université d'Angers (UA)-Université de Nantes (UN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes)-Université d'Angers (UA)-Université de Nantes (UN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Service d'hématologie [Angers], Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), UFR Santé [UNIV Angers], Université d'Angers (UA), Micro et Nanomédecines Translationnelles (MINT), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hématopoïèse normale et pathologique : émergence, environnement et recherche translationnelle [Paris] ((UMR_S1131 / U1131)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Laboratoire de Biologie Cellulaire [AP-HP Hôpital Saint-Louis], Hopital Saint-Louis [AP-HP] (AP-HP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), CHRU Brest - Service d'Hématologie (CHU-Brest-Hemato), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest), Service d'hématologie clinique [CHRU Brest], Service d'hématologie clinique [CH Lens], Centre Hospitalier de Lens, Service des maladies du sang [Angers], Service d'Hématologie [Bordeaux], CHU Bordeaux [Bordeaux], Biologie des maladies cardiovasculaires = Biology of Cardiovascular Diseases, Université de Bordeaux (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service d'Immuno-hématologie clinique [Hôpital Sainte Marguerite - APHM], Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Hôpital Sainte-Marguerite [CHU - APHM] (Hôpitaux Sud ), Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille (CRCM), Aix Marseille Université (AMU)-Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Bergonié [Bordeaux], UNICANCER, Institut Universitaire du Cancer de Toulouse - Oncopole (IUCT Oncopole - UMR 1037), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service d'Hématologie Cellulaire [Lille], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Cancer Heterogeneity, Plasticity and Resistance to Therapies - UMR 9020 - U 1277 (CANTHER), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service d'Hématologie biologique [CHU Limoges], CHU Limoges, Regulation of Bcl2 and p53 Networks in Multiple Myeloma and Mantle Cell Lymphoma (CRCINA-ÉQUIPE 10), Service d'Hématologie [Nantes], Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Service d'hématologie biologique (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Service d'Hématologie Clinique [CHRU Nancy], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Service de Cancérologie Biologique [CHU Poitiers], Centre hospitalier universitaire de Poitiers (CHU Poitiers), Service d'Hématologie [CH Annecy], CH Annecy, Service d'hématologie biologique [Centre Hospitalier Lyon Sud - HCL], Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL] (CHLS), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre Hospitalier Perigueux, Laboratoire CERBA [Saint Ouen l'Aumône], Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Laboratoire d’Hématologie [CHU Henri-Mondor - APHP], CHU Henri Mondor, Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Faculté de médecine (UPEC Médecine), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Laboratoire d'Hématologie et d'Immunologie [CHU Henri Mondor], Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Service d'Hématologie [CH Perpignan], CH Perpignan, Centre Hospitalier de Roubaix, Service d'hématologie et d'Oncologie [CHU Grenoble], Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU), Avignon Université (AU), Service d’Onco-Hématologie et Médecine interne [Le Mans], Centre Hospitalier Le Mans (CH Le Mans), Centre Hospitalier de Rochefort, Equipe 2 : ECSTRA - Epidémiologie Clinique, STatistique, pour la Recherche en Santé (CRESS - U1153), Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153)), Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Département d'anatomopathologie [CHU Cochin], Unité d'hématologie et de transplantation, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], CIC Saint Louis (CIC-1427), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Angers (UA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Angers (UA), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Paoli-Calmettes, Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Fédération nationale des Centres de lutte contre le Cancer (FNCLCC)-Aix Marseille Université (AMU), Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service d'hématologie biologique [CHU de Dijon], CHU Henri Mondor [Créteil], and Centre Hospitalier de Rochefort (CH Rochefort)

Subjects
Neuroblastoma RAS viral oncogene homolog, Oncology, medicine.medical_specialty, IDH1, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, medicine.disease_cause, IDH2, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, [SDV.CAN] Life Sciences [q-bio]/Cancer, Internal medicine, medicine, Humans, Myelofibrosis, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Mutation, Acute leukemia, Myeloid Neoplasia, business.industry, Hazard ratio, Bayes Theorem, Hematology, Genomics, medicine.disease, Prognosis, 3. Good health, Repressor Proteins, Primary Myelofibrosis, 030220 oncology & carcinogenesis, KRAS, business
Abstract

We aimed to study the prognostic impact of the mutational landscape in primary and secondary myelofibrosis. The study included 479 patients with myelofibrosis recruited from 24 French Intergroup of Myeloproliferative Neoplasms (FIM) centers. The molecular landscape was studied by high-throughput sequencing of 77 genes. A Bayesian network allowed the identification of genomic groups whose prognostic impact was studied in a multistate model considering transitions from the 3 conditions: myelofibrosis, acute leukemia, and death. Results were validated using an independent, previously published cohort (n = 276). Four genomic groups were identified: patients with TP53 mutation; patients with ≥1 mutation in EZH2, CBL, U2AF1, SRSF2, IDH1, IDH2, NRAS, or KRAS (high-risk group); patients with ASXL1-only mutation (ie, no associated mutation in TP53 or high-risk genes); and other patients. A multistate model found that both TP53 and high-risk groups were associated with leukemic transformation (hazard ratios [HRs] [95% confidence interval], 8.68 [3.32-22.73] and 3.24 [1.58-6.64], respectively) and death from myelofibrosis (HRs, 3.03 [1.66-5.56] and 1.77 [1.18-2.67], respectively). ASXL1-only mutations had no prognostic value that was confirmed in the validation cohort. However, ASXL1 mutations conferred a worse prognosis when associated with a mutation in TP53 or high-risk genes. This study provides a new definition of adverse mutations in myelofibrosis with the addition of TP53, CBL, NRAS, KRAS, and U2AF1 to previously described genes. Furthermore, our results argue that ASXL1 mutations alone cannot be considered detrimental.

Published
2021

2. Oncogenic Predictors of Outcome in Older AML Patients Treated Intensively. Analysis of the ALFA-1200 Trial

Author

Lauris Gastaud, Sylvain Chantepie, Olivier Nibourel, Karine Celli-Lebras, Christine Terré, Nicolas Boissel, Hervé Dombret, Lionel Ades, Jean-Baptiste Micol, Benjamin Papoular, Raphael Itzykson, Cécile Pautas, Nicolas Duployez, Elise Fournier, Claude Gardin, Céline Berthon, Emilie Lemasle, Thomas Cluzeau, Thorsten Braun, Xavier Thomas, Alice Marceau-Renaut, Emmanuel Raffoux, Jean Valère Malfuson, Philippe Rousselot, Claude Preudhomme, Jean-Pierre Marolleau, Hématopoïèse normale et pathologique, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôpital Claude Huriez [Lille], CHU Lille, Recherche clinique appliquée à l'hématologie (URP_3518), Université Paris Cité (UPCité), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre de Recherche Jean-Pierre AUBERT Neurosciences et Cancer - U837 (JPArc), Université Lille Nord de France (COMUE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille, Cancer Heterogeneity, Plasticity and Resistance to Therapies - UMR 9020 - U 1277 (CANTHER), Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service d'Hématologie Biologique [Mondor], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Henri Mondor, Service d'Hématologie Cellulaire [Lille], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Centre de Lutte Contre le Cancer Henri Becquerel Normandie Rouen (CLCC Henri Becquerel), Service de pathologie [CHU Lille], Département d'hématologie [Gustave Roussy], Institut Gustave Roussy (IGR), Hôpital Saint-Louis, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Service clinique des Maladies du Sang, CHU Amiens-Picardie, Hôpital d'instruction des Armées Percy, Service de Santé des Armées, Centre de Lutte contre le Cancer Antoine Lacassagne [Nice] (UNICANCER/CAL), UNICANCER-Université Côte d'Azur (UCA), Service d'hématologie biologique, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Biomarqueurs et essais cliniques en Cancérologie et Onco-Hématologie (BECCOH), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Université Paris-Saclay, Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL] (CHLS), Hospices Civils de Lyon (HCL), Institut d'Hématologie de Basse-Normandie (IHBN), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Centre Régional de Lutte contre le Cancer François Baclesse [Caen] (UNICANCER/CRLC), Normandie Université (NU)-UNICANCER-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-UNICANCER, Mathématiques & Sécurité de l'information (XLIM-MATHIS), XLIM (XLIM), Université de Limoges (UNILIM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Limoges (UNILIM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Hospitalier Universitaire de Nîmes (CHU Nîmes), Département de Génétique [CH Versailles], Centre Hospitalier de Versailles André Mignot (CHV), Service d'Hématologie [AP-HP Hôpital Saint-Louis], Hopital Saint-Louis [AP-HP] (AP-HP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service d'hématologie clinique [Avicenne], Université Paris 13 (UP13)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Avicenne [AP-HP], and DESSAIVRE, Louise

Subjects
0301 basic medicine, Oncology, Neuroblastoma RAS viral oncogene homolog, medicine.medical_specialty, Univariate analysis, business.industry, [SDV]Life Sciences [q-bio], Immunology, Hazard ratio, Cell Biology, Hematology, Odds ratio, Gene mutation, medicine.disease_cause, Biochemistry, [SDV] Life Sciences [q-bio], Transplantation, 03 medical and health sciences, 030104 developmental biology, Gene interaction, Internal medicine, medicine, KRAS, business
Abstract

Context. The prognostic value of gene mutations in older AML patients (pts) treated intensively remains unclear. Only one study has explored the role of mutation patterns determined by NGS in older AML pts prospectively treated with various chemotherapies in years 2000-2010 (Eisfeld Leukemia 2018). Methods. Pts older than 60y enrolled in the ALFA-1200 trial (NCT01966497) between 09/2012 and 06/2016 were sequenced with a 37-gene myeloid panel. Pts received one 7+3 course followed by 2 intermediate-dose cytarabine courses. Pts with non-favorable risk were eligible for allogeneic stem cell transplantation (SCT). Variable selection for multivariate analyses was performed by lasso penalized regression including age, gender and log(WBC) as covariates. Results. Sequencing was done in 471 (93%) of the 509 enrolled pts. Median age and WBC count were 68y and 5.3x109/L, respectively (resp). CR (including CRp) was achieved in 341 (72%) pts and 90 underwent RIC-SCT in first CR. With a median follow-up of 25.4 months, median OS was 20.7 months. Pts had a median of 3 mutations (range 1-10). The 17 mostly frequently mutated genes (≥5% of pts, by decreasing frequency: DNMT3A, NPM1, TET2, ASXL1, FLT3, SRSF2, IDH2, RUNX1, NRAS, IDH1, STAG2, BCOR, TP53, PTPN11, U2AF1, EZH2 and KRAS) were retained for prognostic analyses. Genes belonging to a common pathway (eg. NRAS and KRAS) may have divergent prognostic values, preventing biology-informed grouping of mutations. Cytogenetic risk (derived from ELN 2017, Döhner Blood 2017, not considering gene mutations) was favorable (fav), intermediate (int), adverse (adv) and missing in 3%, 72%, 18% and 7% resp. Because of the few pts with fav cytogenetics in our cohort, pts were further grouped into non-adv and adv cytogenetics. CR rates and median OS were 75.6% vs 56.6% and 24.8 vs 9.5 months in pts with non-adv and adv cytogenetics, resp (both p In the 388 pts with non-adv cytogenetics, NPM1 mutations independently predicted improved CR rate (Odds Ratio [OR]=2.3, p=0.014), while mutations in ASXL1 (OR=0.46, p=0.012), RUNX1 (OR=0.46, p=0.013) and NRAS (OR=0.49, p=0.04) had independent adverse predictive value. In univariate analysis the shorter OS of FLT3-ITD pts was confined to allele ratios≥ 0.5 (FLT3-ITDhigh, p=0.02). In a multivariate analysis accounting for clinical covariates, mutations in NPM1 (Hazard Ratio [HR]=0.45, p In the 83 pts with adv cytogenetics, TP53 mutations predicted shorter OS (p=0.004). Among pts with adv cytogenetics, those without TP53 mutation had a median OS of 12.6 months and were thus classified as high risk while the median OS of the 30 pts with adv cytogenetics and TP53 mutations was only 5.4 months, defining very high risk disease. This stratification resulted in improved OS prediction compared to the full molecular ELN 2017 (C-index 0.63 vs 0.58, resp). This stratification also predicted Relapse-Free Survival (RFS, Figure, p Conclusion. In AML patients older than 60y treated intensively, mutations in 7 genes (NPM1, SRSF2, FLT3, DNMT3A, ASLX1, NRAS and TP53) can refine the prognosis of cytogenetic sub-groups. Figure Figure. Disclosures Cluzeau: MENARINI: Consultancy; CELGENE: Consultancy; JAZZ PHARMA: Consultancy.

Published
2018

3. Genomic landscape of CXCR4 mutations in Waldenstrom's Macroglobulinemia

Author

Guillemette Marot, Eileen M Boyle, Sabine Tricot, Stéphanie Poulain, Frédéric Leprêtre, Xavier Leleu, Agnès Daudignon, Martin Figeac, Audrey Decambron, Emmanuelle Doye, Bruno Quesnel, Olivier Nibourel, Aline Renneville, Claude Preudhomme, Aurélie Venet-Caillault, Christophe Roumier, Patrick Duthilleul, Sandrine Geffroy, Elisabeth Bertrand, Charles Herbaux, Centre Hospitalier de Valenciennes, Service d'Hématologie Cellulaire [Lille], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Plateforme de génomique fonctionnelle et structurelle [Lille], Institut pour la recherche sur le cancer de Lille [Lille] (IRCL)-Université de Lille, Droit et Santé, MOdel for Data Analysis and Learning (MODAL), Laboratoire Paul Painlevé (LPP), Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille, Sciences et Technologies-Inria Lille - Nord Europe, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Evaluation des technologies de santé et des pratiques médicales - ULR 2694 (METRICS), Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille)-École polytechnique universitaire de Lille (Polytech Lille), Evaluation des technologies de santé et des pratiques médicales - ULR 2694 (METRICS), Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Centre de Recherche Jean-Pierre AUBERT Neurosciences et Cancer - U837 (JPArc), Université Lille Nord de France (COMUE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille, Hôpital Claude Huriez [Lille], CHU Lille, Laboratoire Paul Painlevé - UMR 8524 (LPP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille-Université de Lille, Sciences et Technologies-Inria Lille - Nord Europe, Centre de Recherche Jean-Pierre AUBERT Neurosciences et Cancer - U1172 Inserm - U837 (JPArc), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Lille Nord de France (COMUE)-Université de Lille

Subjects
Male, Cancer Research, Candidate gene, Receptors, CXCR4, Genotype, [SDV]Life Sciences [q-bio], Biology, medicine.disease_cause, DNA sequencing, Immunophenotyping, 03 medical and health sciences, symbols.namesake, 0302 clinical medicine, medicine, Cluster Analysis, Humans, Alleles, Sanger sequencing, Genetics, Mutation, Gene Expression Profiling, Genomic signature, Genomics, Prognosis, Phenotype, 3. Good health, Oncology, Amino Acid Substitution, Gene Expression Regulation, 030220 oncology & carcinogenesis, Cytogenetic Analysis, symbols, Female, Waldenstrom Macroglobulinemia, Transcriptome, Biomarkers, 030215 immunology, SNP array, Genome-Wide Association Study
Abstract

Purpose: Whole-genome sequencing has revealed MYD88 L265P and CXCR4 mutations (CXCR4mut) as the most prevalent somatic mutations in Waldenström macroglobulinemia. CXCR4 mutation has proved to be of critical importance in Waldenström macroglobulinemia, in part due to its role as a mechanism of resistance to several agents. We have therefore sought to unravel the different aspects of CXCR4 mutations in Waldenström macroglobulinemia. Experimental Design: We have scanned the two coding exons of CXCR4 in Waldenström macroglobulinemia using deep next-generation sequencing and Sanger sequencing in 98 patients with Waldenström macroglobulinemia and correlated with SNP array landscape and mutational spectrum of eight candidate genes involved in TLR, RAS, and BCR pathway in an integrative study. Results: We found all mutations to be heterozygous, somatic, and located in the C-terminal domain of CXCR4 in 25% of the Waldenström macroglobulinemia. CXCR4 mutations led to a truncated receptor protein associated with a higher expression of CXCR4. CXCR4 mutations pertain to the same clone as to MYD88 L265P mutations but were mutually exclusive to CD79A/CD79B mutations (BCR pathway). We identified a genomic signature in CXCR4mut Waldenström macroglobulinemia traducing a more complex genome. CXCR4 mutations were also associated with gain of chromosome 4, gain of Xq, and deletion 6q. Conclusions: Our study panned out new CXCR4 mutations in Waldenström macroglobulinemia and identified a specific signature associated to CXCR4mut, characterized with complex genomic aberrations among MYD88L265P Waldenström macroglobulinemia. Our results suggest the existence of various genomic subgroups in Waldenström macroglobulinemia. Clin Cancer Res; 22(6); 1480–8. ©2015 AACR.

Published
2015

4. Genomic characterization of Imatinib resistance in CD34+ cell populations from chronic myeloid leukaemia patients

Author

Catherine Roche-Lestienne, Gabriel Etienne, Christophe Roumier, Véronique Maguer-Satta, Eric Lippert, François Guilhot, Bruno Quesnel, Selim Corm, Nathalie Grardel, Thierry Idziorek, Franck E. Nicolini, Sami Joha, Jean-Luc Laï, Claude Preudhomme, Frédéric Leprêtre, Martin Figeac, Olivier Nibourel, Véronique Dauphin, Centre de Recherche Jean-Pierre AUBERT Neurosciences et Cancer - U837 (JPArc), Université Lille Nord de France (COMUE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille, Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (UNICANCER/CRCL), Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Chimie des Milieux et Matériaux de Poitiers (IC2MP), Université de Poitiers-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'hématologie, CHU Bordeaux [Bordeaux], Laboratoire d'Hématologie Biologique, Centre de biologie Pathologie PM Degand, Centre de Recherche Jean-Pierre AUBERT Neurosciences et Cancer - U1172 Inserm - U837 (JPArc), Functional Genomic Platform, UMR 837 INSERM, Equipe 11, Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Léon Bérard [Lyon]-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Poitiers-Institut de Chimie du CNRS (INC)

Subjects
Genome instability, Cancer Research, Pathology, T-Lymphocytes, Gene Dosage, CD34, MESH: Piperazines, Antigens, CD34, Disease, Piperazines, MESH: Gene Dosage, 0302 clinical medicine, hemic and lymphatic diseases, MESH: In Situ Hybridization, Fluorescence, In Situ Hybridization, Fluorescence, Chromosome 7 (human), Comparative Genomic Hybridization, 0303 health sciences, Hematology, MESH: Genes, abl, MESH: Ikaros Transcription Factor, MESH: Drug Resistance, Neoplasm, 3. Good health, Oncology, 030220 oncology & carcinogenesis, Benzamides, Imatinib Mesylate, Chromosomes, Human, Pair 7, medicine.drug, medicine.medical_specialty, MESH: Chromosomes, Human, Pair 7, MESH: Mutation, Antineoplastic Agents, Locus (genetics), [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Genes, abl, Biology, Chronic myeloid leukaemia, Ikaros Transcription Factor, 03 medical and health sciences, Leukemia, Myelogenous, Chronic, BCR-ABL Positive, medicine, Humans, 030304 developmental biology, Chromosomes, Human, Pair 12, MESH: Humans, Chromosomes, Human, Pair 13, Imatinib resistance, Imatinib, MESH: Antigens, CD34, MESH: Comparative Genomic Hybridization, Pyrimidines, MESH: T-Lymphocytes, MESH: Leukemia, Myelogenous, Chronic, BCR-ABL Positive, Drug Resistance, Neoplasm, MESH: Pyrimidines, Mutation, MESH: Genome-Wide Association Study, Cancer research, MESH: Antineoplastic Agents, MESH: Chromosomes, Human, Pair 13, MESH: Chromosomes, Human, Pair 12, Genome-Wide Association Study
Abstract

International audience; To ascertain genomic alterations associated with Imatinib resistance in chronic myeloid leukaemia, we performed high resolution genomic analysis of CD34(+) cells from 25 Imatinib (IM) resistant and 11 responders CML patients. Using patients' T-cells as reference, we found significant association between number of acquired cryptic copy number alterations (CNA) and disease phase (p=0.036) or loss of IM response for patients diagnosed in chronic phase (CP) (p=0.04). Recurrent cryptic losses were identified on chromosomes 7, 12 and 13. On chromosome 7, recurrent deletions of the IKZF1 locus were detected, for the first time, in 4 patients in CP.

Published
2011

Catalog

Books, media, physical & digital resources
See catalog results