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International audience

International audience; Ticks (Acari: Ixodidae) are ectoparasites infesting livestock in every geographic area in the world and they are vectors of several viral, bacterial, and protozoan pathogens to animals and humans worldwide. A deep knowledge of the geographical distribution of these arthropods would have a key role in the control of tick-borne diseases. Few data are available about tick presence in domestic ruminants in Lebanon. The study aimed at providing an analysis of tick presence and distribution in Lebanon. Ticks were collected from cattle, sheep, and goats farms distributed in 6 Lebanese provinces between June and September 2014. A total of 272 adult hard ticks were randomly collected from domestic ruminants (cattle, sheep, and goats) located at 37 Lebanese farms, distributed among 30 villages. Ticks belonged to 4 Ixodidae genera: Rhipicephalus (72.4%), Haemaphysalis (11.4%), Dermacentor (8.1%), and Hyalomma (8.1%). They included the following species: Rhipicephalus annulatus (50.7%), Rhipicephalus turanicus (18.8%), Hyalomma anatolicum (8.1%), Haemaphylasis punctata (11.4%), Dermacentor marginatus (8.1%), Rhipicephalus sanguineus (2.5%), and Rhipicephalus bursa (0.4%). Rhipicephalus turanicus and H. anatolicum were found on cattle, sheep, and goats, R. annulatus on cattle and sheep, R. sanguineus, D. marginatus and Hea. punctata on sheep and goats, while R. bursa was collected only on sheep. Tick species involved in pathogen transmission were found and some of the identified species were recorded in Lebanon for the first time.

International audience; Gold nanoparticles have attracted and raised interest due to their potential applications in chemical and biochemical sensing for low traces molecule detection, in tumor ablation, and Lab-On Chip technologies. In this context, we actually develop new gold nanoparticles (GNPs) synthesis method which is based on the use of polymer nanoporous structures as reactors for GNPs elaboration. The process is gold precursor-loaded polymer self-assembly-induced the formation of GNPs. In the present project, we aim to understand the mechanism behind the formation of uniform NPs. Thus, a physico-chemical study based on the variation of the experimental parameters is required to tune the optical and physical properties of GNPs. Such structural properties are generally difficult to obtain by chemical ways as compared to our process. Moreover, the control of NPs shape and size will allow us to determine the plasmon band of the NPS and to define their sensing features. Then, bio-sensing measurements based on SERS (Surface Enhanced Raman Spectroscopy) phenomenon and using bacteria as target molecules will be performed in order to evaluate the SERS enhancement factor of the synthesized systems.

Transposable elements are genomic sequences able to replicate themselves and to move within genomes. Their ability to integrate near genes and to produce chromosomal rearrangements by recombination between copies, make transposable elements mutagens. Moreover, transposable elements are able to alter the expression of neighboring genes through their promoter regions. Transposable elements form 45% of the human genome and may represent up to 90% of certain plant genomes. In the first part of my thesis, I examined the factors that determine the distribution of these elements. I have been interested in a particular factor, which is the function of the genes in the vicinity of transposable element insertions. In the second part, I determined the impact of epigenetic modifications alterations (histone modifications) in different gene components, including transposable elements, on the variation of gene expression in tumoral conditions.; Les éléments transposables sont des séquences génomiques capables de se répliquer et de se déplacer dans les génomes. Leur capacité à s’insérer près des gènes et à produire des réarrangements chromosomiques par recombinaison entre copies, font des éléments transposables des agents mutagènes. Les éléments transposables sont de plus capables de modifier l’expression des gènes voisins grâce aux régions promotrices qu’ils possèdent. Les éléments transposables ont été trouvés dans la plupart des génomes dans lesquels ils ont été recherchés. Ils forment ainsi 45 % du génome de l’homme et peuvent représenter jusqu’à 90 % du génome de certaines plantes. Dans la première partie de ma thèse, je me suis penché sur les facteurs qui déterminent la distribution de ces éléments. Je me suis intéressé à un facteur particulier, qui est la fonction des gènes dans le voisinage des insertions d’éléments transposables. Dans la deuxième partie, j’ai essayé de déterminer l’impact de l’altération des modifications épigénétiques (modifications d’histones plus précisément) associées aux différents composants géniques, dont les éléments transposables, sur la variation de l’expression des gènes en condition tumorale.

Transposable elements are genomic sequences able to replicate themselves and to move within genomes. Their ability to integrate near genes and to produce chromosomal rearrangements by recombination between copies, make transposable elements mutagens. Moreover, transposable elements are able to alter the expression of neighboring genes through their promoter regions. Transposable elements form 45% of the human genome and may represent up to 90% of certain plant genomes. In the first part of my thesis, I examined the factors that determine the distribution of these elements. I have been interested in a particular factor, which is the function of the genes in the vicinity of transposable element insertions. In the second part, I determined the impact of epigenetic modifications alterations (histone modifications) in different gene components, including transposable elements, on the variation of gene expression in tumoral conditions., Les éléments transposables sont des séquences génomiques capables de se répliquer et de se déplacer dans les génomes. Leur capacité à s’insérer près des gènes et à produire des réarrangements chromosomiques par recombinaison entre copies, font des éléments transposables des agents mutagènes. Les éléments transposables sont de plus capables de modifier l’expression des gènes voisins grâce aux régions promotrices qu’ils possèdent. Les éléments transposables ont été trouvés dans la plupart des génomes dans lesquels ils ont été recherchés. Ils forment ainsi 45 % du génome de l’homme et peuvent représenter jusqu’à 90 % du génome de certaines plantes. Dans la première partie de ma thèse, je me suis penché sur les facteurs qui déterminent la distribution de ces éléments. Je me suis intéressé à un facteur particulier, qui est la fonction des gènes dans le voisinage des insertions d’éléments transposables. Dans la deuxième partie, j’ai essayé de déterminer l’impact de l’altération des modifications épigénétiques (modifications d’histones plus précisément) associées aux différents composants géniques, dont les éléments transposables, sur la variation de l’expression des gènes en condition tumorale.

Non-volatile flash memory used in computers, mobile phones and USB-keys can be made up of nanocrystals (SC) inserted in an insulating matrix. It requires development of "Oxide/SC/oxide/Si (001)" type hetero-structures and the control of each interface. Within this framework, we studied the initial growth mechanisms of Si and Ge (SC) on LaA1O3(001) crystal oxide substrates with high permittivity (high-k). Chemical and structural properties have been studied in-situ by X-Ray photoemission (XPS and XPD) and electron diffraction (RHEED and LEED) technics and ex­ situ by atomic force microscopy (AFM) and high resolution tunneling electron microscopy (HRTEM). Clean LaA1O3(001) substrate contains a c(2x2) surface reconstruction which attributed to gaps of oxygen (O) on the surface. Si and Ge have been deposited by molecular bearn epitaxy (MBE), at room temperature followed by series of annealings at high temperatures. Epitaxy requires temperature more than 550°C for the deposition. Volmer Weber growth mode was characterized by the formation of nanometric densely packed islands. These islands are relaxed and have an abrupt interface with the substrate. Islands of Ge have mostly random orientations with nevertheless epitaxy privileged relationship, same as that of the Si., Les mémoires flash non volatiles - utilisées dans les ordinateurs, téléphones portables ou clés USB - peuvent être constituées de nanocristaux semiconducteurs (SC) insérées dans une matrice isolante. Elles nécessitent l'élaboration d'hétérostructures de type "oxyde/SC/oxyde/Si(00l)" et la maîtrise de chaque interface. Dans ce cadre, nous avons étudié les mécanismes de croissance initiale du Si et du Ge (SC) sur des substrats d'oxyde cristallins LaA1O3(001) à forte permittivité (high-k). Les propriétés chimiques et structurales ont été déterminées in-situ par photoémission X (XPS et XPD) et par diffraction d'électrons (RHEED et LEED) puis ex-situ par microscopies en champ proche (AFM) et en transmission (HRTEM). Le substrat LaAlO3(001) propre présente une reconstruction de surface c(2x2) attribuée à des lacunes d'O en surface. Les croissances de Si et Ge ont été réalisées par épitaxie par jet moléculaire (MBE), soit à température ambiante suivies de recuits, soit à haute température. L'épitaxie requiert des températures de dépôt supérieures à 550°C. Le mode de croissance est de type Volmer Weber caractérisé par la formation d'îlots cristallins de dimensions nanométriques et de forte densité. Ces îlots sont relaxés et présentent une interface abrupte avec le substrat. Quant aux îlots de Ge, ils ont majoritairement des orientations aléatoires avec néanmoins une relation d'épitaxie privilégiée, la même que celle du Si.