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9 results on '"Martineau, Estelle"'

1. NMR metabolite quantification of a synthetic urine sample: an inter-laboratory comparison of processing workflows

Author

Canlet, Cécile, DEBORDE, Catherine, Cahoreau, Edern, da Costa, Grégory, Gautier, Roselyne, Jacob, Daniel, Jousse, Cyril, Lacaze, Mélia, Le Mao, Inès, Martineau, Estelle, Peyriga, Lindsay, Richard, Tristan, Silvestre, Virginie, Traïkia, Mounir, Moing, Annick, Giraudeau, Patrick, ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Metatoul AXIOM (E20 ), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), MetaboHUB-Bordeaux, MetaboHUB, Plateforme Bordeaux Metabolome, Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Bordeaux, MetaboHUB-MetaboHUB, Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), MetaToul FluxoMet (TBI-MetaToul), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Recherche Œnologie [Villenave d'Ornon] (OENO), Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Chimie de Clermont-Ferrand (ICCF), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Institut national polytechnique Clermont Auvergne (INP Clermont Auvergne), Université Clermont Auvergne (UCA)-Université Clermont Auvergne (UCA), MetaboHUB-Clermont, Plateforme Exploration du Métabolisme (PFEM), MetaboHUB-MetaboHUB-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), CAPACITÉS SAS, Nantes Université (Nantes Univ), Chimie Et Interdisciplinarité : Synthèse, Analyse, Modélisation (CEISAM), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Nantes université - UFR des Sciences et des Techniques (Nantes univ - UFR ST), Nantes Université - pôle Sciences et technologie, Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université - pôle Sciences et technologie, Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ), MetaboHUB-Grand-Ouest, ANR-11-INBS-0010,METABOHUB,Développement d'une infrastructure française distribuée pour la métabolomique dédiée à l'innovation(2011), and European Project: 814747,SUMMIT

Subjects
Synthetic urine, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, [SDV]Life Sciences [q-bio], Peak integration, Metabolomic profiling, Deconvolution, Quantitative NMR
Abstract

International audience; Introduction Absolute quantification of individual metabolites in complex biological samples is crucial in targeted metabolomic profiling. Objectives An inter-laboratory test was performed to evaluate the impact of the NMR software, peak-area determination method (integration vs. deconvolution) and operator on quantification trueness and precision. Methods A synthetic urine containing 32 compounds was prepared. One site prepared the urine and calibration samples, and performed NMR acquisition. NMR spectra were acquired with two pulse sequences including water suppression used in routine analyses. The pre-processed spectra were sent to the other sites where each operator quantified the metabolites using internal referencing or external calibration, and his/her favourite in-house, open-access or commercial NMR tool. Results For 1D NMR measurements with solvent presaturation during the recovery delay (zgpr), 20 metabolites were successfully quantified by all processing strategies. Some metabolites could not be quantified by some methods. For internal referencing with TSP, only one half of the metabolites were quantified with a trueness below 5%. With peak integration and external calibration, about 90% of the metabolites were quantified with a trueness below 5%. The NMRProcFlow integration module allowed the quantification of several additional metabolites. The number of quantified metabolites and quantification trueness improved for some metabolites with deconvolution tools. Trueness and precision were not significantly different between zgpr- and NOESYpr-based spectra for about 70% of the variables. Conclusion External calibration performed better than TSP internal referencing. Inter-laboratory tests are useful when choosing to better rationalize the choice of quantification tools for NMR-based metabolomic profiling and confirm the value of spectra deconvolution tools.

Published
2023

2. Preliminary results of a MetaboHUB 2.0 inter-laboratory test on 1D 1H NMR metabolite quantification of a synthetic urine

Author

Deborde, Catherine, Giraudeau, Patrick, Cahoreau, Edern, da Costa, Gregory, Gautier, Roselyne, Jacob, Daniel, Jousse, Cyril, Lacaze, Melia, Le Mao, Inès, Martineau, Estelle, Moing, Annick, Peyriga, Lindsay, Richard, Tristan, Silvestre, Virginie, Traïkia, Mounir, Canlet, Cécile, Plateforme Bordeaux Metabolome, Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Bordeaux, MetaboHUB-MetaboHUB, Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Chimie Et Interdisciplinarité : Synthèse, Analyse, Modélisation (CEISAM), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Nantes université - UFR des Sciences et des Techniques (Nantes univ - UFR ST), Nantes Université - pôle Sciences et technologie, Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université - pôle Sciences et technologie, Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ), Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), MetaToul FluxoMet (TBI-MetaToul), MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Recherche Œnologie [Villenave d'Ornon] (OENO), Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), ToxAlim (ToxAlim), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Metatoul AXIOM (E20 ), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Institut de Chimie de Clermont-Ferrand (ICCF), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Institut national polytechnique Clermont Auvergne (INP Clermont Auvergne), Université Clermont Auvergne (UCA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Plateforme Exploration du Métabolisme (PFEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-MetaboHUB-Clermont, CAPACITÉS SAS, and Nantes Université (Nantes Univ)

Subjects
[CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract

International audience

Published
2022

3. Microbiological alteration of egg products during their production process : chzracterisation of metabolic pathways and dicovery of early prediction biomarkers

Author

Coat, Rémy, Martineau, Estelle, Giraudeau, Patrick, Arhaliass, Abdellah, Gonçalves, Olivier, Laboratoire de génie des procédés - environnement - agroalimentaire (GEPEA), Université de Nantes - UFR des Sciences et des Techniques (UN UFR ST), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Polytechnique de l'Université de Nantes (EPUN), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Institut Universitaire de Technologie - Nantes (IUT Nantes), Université de Nantes (UN)-Institut Universitaire de Technologie Saint-Nazaire (IUT Saint-Nazaire), Université de Nantes (UN)-Institut Universitaire de Technologie - La Roche-sur-Yon (IUT La Roche-sur-Yon), Université de Nantes (UN)-Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS)-Université Bretagne Loire (UBL), Bioprocédés Appliqués aux Microalgues (GEPEA-BAM), Université de Nantes (UN)-Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS)-Université Bretagne Loire (UBL)-Université de Nantes - UFR des Sciences et des Techniques (UN UFR ST), Chimie Et Interdisciplinarité : Synthèse, Analyse, Modélisation (CEISAM), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC), and Matrices Aliments Procédés Propriétés Structure - Sensoriel (GEPEA-MAPS2)

Subjects
[SPI]Engineering Sciences [physics], [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, [CHIM]Chemical Sciences, [SPI.GPROC]Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2018

4. Potentiel des systèmes d’analyse en ligne pour le chémotypage de la matrice ovoproduit

Author

Coat, Rémy, Gouilleux, Boris, Arhaliass, Abdellah, Legrand, Jack, Thouand, Gerald, Martineau, Estelle, Assaf, Ali, Giraudeau, Patrick, Gonçalves, Olivier, Bioprocédés Appliqués aux Microalgues (GEPEA-BAM), Laboratoire de génie des procédés - environnement - agroalimentaire (GEPEA), Université de Nantes - UFR des Sciences et des Techniques (UN UFR ST), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Polytechnique de l'Université de Nantes (EPUN), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Institut Universitaire de Technologie - Nantes (IUT Nantes), Université de Nantes (UN)-Institut Universitaire de Technologie Saint-Nazaire (IUT Saint-Nazaire), Université de Nantes (UN)-Institut Universitaire de Technologie - La Roche-sur-Yon (IUT La Roche-sur-Yon), Université de Nantes (UN)-Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS)-Université Bretagne Loire (UBL)-Université de Nantes - UFR des Sciences et des Techniques (UN UFR ST), Université de Nantes (UN)-Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS)-Université Bretagne Loire (UBL), Chimie Et Interdisciplinarité : Synthèse, Analyse, Modélisation (CEISAM), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC), Matrices Aliments Procédés Propriétés Structure - Sensoriel (GEPEA-MAPS2), Traitement Eau Air Métrologie (GEPEA-TEAM), Capacités SAS, ISTE Editions, and Legrand, Jack

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, [SDV.IDA] Life Sciences [q-bio]/Food engineering, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2018

5. Caractérisation de l’altération des ovoproduits par des approches ciblées et non ciblées

Author

Coat, Rémy, Gouilleux, Boris, Thouand, Gerald, Assaf, Ali, Arhaliass, Abdellah, Legrand, Jack, Thierry, Anne, Martineau, Estelle, Courant, Frédérique, Giraudeau, Patrick, Gonçalves, Olivier, Bioprocédés Appliqués aux Microalgues (GEPEA-BAM), Laboratoire de génie des procédés - environnement - agroalimentaire (GEPEA), Université de Nantes - UFR des Sciences et des Techniques (UN UFR ST), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Polytechnique de l'Université de Nantes (EPUN), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Institut Universitaire de Technologie - Nantes (IUT Nantes), Université de Nantes (UN)-Institut Universitaire de Technologie Saint-Nazaire (IUT Saint-Nazaire), Université de Nantes (UN)-Institut Universitaire de Technologie - La Roche-sur-Yon (IUT La Roche-sur-Yon), Université de Nantes (UN)-Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS)-Université Bretagne Loire (UBL)-Université de Nantes - UFR des Sciences et des Techniques (UN UFR ST), Université de Nantes (UN)-Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS)-Université Bretagne Loire (UBL), Chimie Et Interdisciplinarité : Synthèse, Analyse, Modélisation (CEISAM), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC), Traitement Eau Air Métrologie (GEPEA-TEAM), Matrices Aliments Procédés Propriétés Structure - Sensoriel (GEPEA-MAPS2), Science et Technologie du Lait et de l'Oeuf (STLO), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Capacités SAS, Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS), and ISTE Editions

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2018

6. Quantitative in-situ NMR to characterize protein oxidation and its dynamics

Author

Pages, Guilhem, Morisse, Amaël, Gatellier, Philippe, Martineau, Estelle, Giraudeau, Patrick, Bonny, J.-M., Qualité des Produits Animaux (QuaPA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Programme Qualiment Staboxal

Subjects
résonance magnétique nucléaire, [SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering, [SPI.GPROC]Engineering Sciences [physics]/Chemical and Process Engineering, qualité des aliments, oxydation des protéines
Abstract

International audience; Preserving food quality is critical to limit the oxidation processes. The evolution of meat colour or the development of rancid taste in oils are two examples of oxidative processes degrading the food quality. The reaction of oxygen (or its derivatives) with metal ions naturally present in food ( eg. iron) forms free radical reactive oxygen species (ROS). These ROS are the main factors of food oxidation. The aim of this work is to evaluate the intakes of quantitative in situ NMR to understand and characterize the oxidation mechanisms. Our preliminary work focussed on the evaluation of some amino acid mixtures as models of protein oxidation. Due to NMR signal overlaps, recording 2D NMR spectra is indispensable to isolate NMR signals from targeted amino-acids. However, these experiments are time- consuming and not adapted to chemically evolving media. To address this limitation, we developed tailored hybrid methods based on ultrafast 2D NMR. The spectrum recording time decreased from ~30 min for a classical pulse sequence to a few minutes only with the ultrafast method. This approach allows the real-time monitoring of chemical evolutions in such complex mixtures. Using this quantitative approach, we observed a fast oxidation for the histidine while threonine and lysine oxidization kinetics were significantly slower. Our analytical approach offers a promising tool to monitor oxidation processes in food products.

Published
2016

7. C and 15 N natural isotope abundance reflects breast cancer cell metabolism OPEN

Author

Tea, Illa, Martineau, Estelle, Antheaume, Ingrid, Lalande, Julie, Mauve, Caroline, Gilard, Francoise, Barillé-Nion, Sophie, Blackburn, Anneke, Tcherkez, Guillaume, Chimie Et Interdisciplinarité : Synthèse, Analyse, Modélisation (CEISAM), Université de Nantes - Faculté des Sciences et des Techniques, Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Cancer Metabolism and Genetics Group [Canberra, Australia], Australian National University (ANU)-The John Curtin School of Medical Research, Cellule de compétences SPECTROMAITRISE, Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Nantes - Faculté des Sciences et des Techniques, Plateforme Métabolisme-Métabolome [Orsay], Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay (IPS2 (UMR_9213 / UMR_1403)), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris-Saclay-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Centre de Recherche en Cancérologie / Nantes - Angers (CRCNA), Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes)-Faculté de Médecine d'Angers-Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Hôpital Laennec-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hôtel-Dieu de Nantes, Research School of Biology [Canberra, Australia], and Australian National University (ANU)

Subjects
[SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer
Abstract

International audience; Breast cancer is the most common cancer in women worldwide. Despite the information provided by anatomopathological assessment and molecular markers (such as receptor expression ER, PR, HER2), breast cancer therapies and prognostics depend on the metabolic properties of tumor cells. However, metabolomics have not provided a robust and congruent biomarker yet, likely because individual metabolite contents are insufficient to encapsulate all of the alterations in metabolic fluxes. Here, we took advantage of natural 13 C and 15 N isotope abundance to show there are isotopic differences between healthy and cancer biopsy tissues or between healthy and malignant cultured cell lines. Isotope mass balance further suggests that these differences are mostly related to lipid metabolism, anaplerosis and urea cycle, three pathways known to be impacted in malignant cells. Our results demonstrate that the isotope signature is a good descriptor of metabolism since it integrates modifications in C partitioning and N excretion altogether. Our present study is thus a starting point to possible clinical applications such as patient screening and biopsy characterization in every cancer that is associated with metabolic changes. Medical applications of stable isotopes are now widespread, like the well-known 13 C-urea breath assay for ulcer detection 1. This takes advantage of 13 C-labelling and thus usually neglects differences in reaction rates between isotopic forms, because the isotopic signal used for diagnosing is far above small natural variations in 13 C. By contrast, the use of isotopes at natural abundance exploits such subtle differences (referred to as isotope effects) to identify bottlenecks in metabolic pathways (rate-limiting steps) or the contribution of multiple elemental sources (mass balance), without the need to introduce expensive isotope tracers into the patient. Isotope effects in metabolism are mostly caused by enzymatic reactions that preferentially consume substrates containing either the light or the heavy isotope (isotopologues) and therefore, the natural isotope abundance in metabolites depends on metabolic fluxes and source substrates 2. For example, the natural 13 C abundance in respired CO 2 has been used to trace diet composition and substrate changes during exercise 3,4. In cancer biology, the use of natural variations in Cu and S stable isotopes in hepatocellular carcinoma has been attempted recently 5. But to our knowledge, no study has looked at alterations of natural isotope abundance in breast cancer. Due to changes in primary C and N metabolism such as increased glycolysis, glutaminolysis and nucleotide synthesis 6 , important changes in 13 C and 15 N natural abundance can be anticipated. To address this question, we examined the isotopic signature of intact breast cancer biopsies (mostly from invasive ductal carcinoma, IDC) and cultured breast cancer cell lines (Supplementary Tables S1 and S2) using elemental analysis coupled to isotope ratio mass spectrometry (EA-IRMS). This technique has been recently shown to be applicable to the biochemical analysis of cancerous cell lines 7 .

Published
2016

8. Intramolecular isotope profiling: An efficient tool to fight against counterfeiting

Author

Delanoue, Benoit, Silvestre, Virginie, Robins, Richard J., Akoka, Serge, Remaud, Gérald S., Giraudeau, Patrick, Martineau, Estelle, Boisseau, Renaud, Chimie Et Interdisciplinarité : Synthèse, Analyse, Modélisation (CEISAM), Université de Nantes - UFR des Sciences et des Techniques (UN UFR ST), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC), Laboratoire d'analyse isotopique et électrochimique de metabolismes (LAIEM), Université de Nantes (UN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Cellule de compétences SPECTROMAITRISE, and Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Nantes - UFR des Sciences et des Techniques (UN UFR ST)

Subjects
[CHIM]Chemical Sciences
Abstract

246th National Meeting of the American-Chemical-Society (ACS), Indianapolis, IN, SEP 08-12, 2013

Published
2013

9. Absolute quantification of metabolites in breast cancer cell extracts by quantitative 2D 1H INADEQUATE NMR

Author

Martineau, Estelle, Tea, Illa, Akoka, Serge, Giraudeau, Patrick, Chimie Et Interdisciplinarité : Synthèse, Analyse, Modélisation (CEISAM), Université de Nantes - UFR des Sciences et des Techniques (UN UFR ST), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC), Cellule de compétences SPECTROMAITRISE, and Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Nantes - UFR des Sciences et des Techniques (UN UFR ST)

Subjects
[CHIM]Chemical Sciences
Abstract

Metabolomic studies by NMR spectroscopy are increasingly employed for a variety of biomedical applications. A very standardized 1D proton NMR protocol is generally employed for data acquisition, associated with multivariate statistical tests. Even if targeted approaches have been proposed to quantify metabolites from such experiments, quantification is often made difficult by the high degree of overlap characterizing 1H NMR spectra of biological samples. Two-dimensional spectroscopy presents a high potential for accurately measuring concentrations in complex samples, as it offers a much higher discrimination between metabolite resonances. We have recently proposed an original approach relying on the 1H 2D INADEQUATE pulse sequence, optimized for fast quantitative analysis of complex metabolic mixtures. Here, the first application of the quantitative 1H 2D INADEQUATE experiment to a real metabonomic study is presented. Absolute metabolite concentrations are determined for different breast cancer cell line extracts, by a standard addition procedure. The protocol is characterized by high analytical performances (accuracy better than 1%, excellent linearity), even if it is affected by relatively long acquisition durations (15?min to 1?h per spectrum). It is applied to three different cell lines, expressing different hormonal and tyrosine kinase receptors. The absolute concentrations of 15 metabolites are determined, revealing significant differences between cell lines. The metabolite concentrations measured are in good agreement with previous studies regarding metabolic profile changes of breast cancer. While providing a high degree of discrimination, this methodology offers a powerful tool for the determination of relevant biomarkers. Copyright (c) 2012 John Wiley & Sons, Ltd.

Published
2012

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