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Charbit-Henrion, Fabienne, Parlato, Marianna, Hanein, Sylvain, Duclaux-Loras, Rémi, Nowak, Jan, Begue, Bernadette, Rakotobe, Sabine, Bruneau, Julie, Fourrage, Cécile, Alibeu, Olivier, Rieux-Laucat, Frédéric, Lévy, Eva, Stolzenberg, Marie-Claude, Mazerolles, Fabienne, Latour, Sylvain, Lenoir, Christelle, Fischer, Alain, Picard, Capucine, Aloi, Marina, Amil Dias, Jorge, Ben Hariz, Mongi, Bourrier, Anne, Breuer, Christian, Breton, Anne, Bronski, Jiri, Buderus, Stephan, Cananzi, Mara, Coopman, Stéphanie, Crémilleux, Clara, Dabadie, Alain, Dumant-Forest, Clémentine, Egritas Gurkan, Odul, Fabre, Alexandre, Fischer, Aude, German Diaz, Marta, Gonzalez-Lama, Yago, Goulet, Olivier, Guariso, Graziella, Gurcan, Neslihan, Homan, Matjaz, Hugot, Jean-Pierre, Jeziorski, Eric, Karanika, Evi, Lachaux, Alain, Lewindon, Peter, Lima, Rosa, Magro, Fernando, Major, Janos, Malamut, Georgia, Mas, Emmanuel, Mattyus, Istvan, Mearin, Luisa M., Melek, Jan, Navas-Lopez, Victor Manuel, Paerregaard, Anders, Pelatan, Cecile, Pigneur, Bénédicte, Pinto Pais, Isabel, Rebeuh, Julie, Romano, Claudio, Siala, Nadia, Strisciuglio, Caterina, Tempia-Caliera, Michela, Tounian, Patrick, Turner, Dan, Urbonas, Vaidotas, Willot, Stéphanie, Ruemmele, Frank M., Cerf-Bensussan, Nadine, Laboratory of Intestinal Immunity (Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IMAGINE - U1163), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Gastroentérologie, d'hépatologie et nutrition pédiatrique [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), GENIUS Group, Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Department of Pathology, University of Alabama at Birmingham [ Birmingham] (UAB), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Service de pathologie [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), The Clinical Bioinformatics laboratory (Equipe Inserm U1163), Immunogenetics of pediatric autoimmune diseases (Equipe Inserm U1163), Immunité et cancer (U932), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut Curie [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Epidémiologie et analyses en santé publique : risques, maladies chroniques et handicaps (LEASP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Service d'immuno-hématologie pédiatrique [CHU Necker], Université Sorbonne Paris Cité (USPC), Chaire Médecine expérimentale (A. Fischer), Collège de France (CdF (institution)), Service de Gastroentérologie et nutrition [CHU Saint-Antoine], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Gastro-entérologie, Hépatologie, Nutrition, Diabétologie, Hôpital des Enfants, CHU Toulouse [Toulouse]-CHU Toulouse [Toulouse], Unité Pédiatrique [Jeanne de Flandre], Hôpital Jeanne de Flandre [Lille], CHU Pontchaillou [Rennes], Service de pédiatrie médicale et médecine de l'adolescent [Rouen], CHU Rouen, Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU), Origine, structure et évolution de la biodiversité (OSEB), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Hôpital Femme Mère Enfant [CHU - HCL] (HFME), Hospices Civils de Lyon (HCL), Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition (CarMeN), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Hospital de São João [Porto], Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Unité de Gastroentérologie, Hépatologie, Nutrition, Diabétologie et Maladies Héréditaires du Métabolisme, Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse, Institut de Recherche en Santé Digestive (IRSD ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Le Mans (CH Le Mans), University of Messina, Department of Pediatrics, Centre Hospitalier Universitaire Mongi Slim [La Marsa], CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Sorbonne Université (SU), CHU Trousseau [Tours], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), This work was supported by ERC-2013-AdG-339407-IMMUNOBIOTA, Investissement d’Avenir ANR-10-IAHU-01, Fondation des Maladies Rares, and Association François Aupetit. FC-H was supported by a fellowship from INSERM. JN received a fellowship from the Polish National Science Centre [2015/16/T/NZ5/00168]., The authors acknowledge the use of the bioresources of the Necker Imagine DNA biobank [BB-033-00065]. They are grateful to the members of the Department of Clinical Research of the Imagine Institute, headed by Elisabeth Hullier-Ammar, for their guidance with ethical procedures, and to Pauline Touche for her help with the Immunobiota protocol., ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), European Project: 339407,EC:FP7:ERC,ERC-2013-ADG,IMMUNOBIOTA(2014), roussel, pascale, Instituts Hospitalo-Universitaires - Institut Hospitalo-Universitaire Imagine - - Imagine2010 - ANR-10-IAHU-0001 - IAHU - VALID, Host-microbiota interactions across the gut immune system:lessons from early onset inflammatory bowel diseases and from gnotobiotic mice - IMMUNOBIOTA - - EC:FP7:ERC2014-03-01 - 2019-02-28 - 339407 - VALID, Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Collège de France - Chaire Médecine expérimentale (A. Fischer), CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Service Diabétologie [CHU Toulouse], Pôle Cardiovasculaire et Métabolique [CHU Toulouse], Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Gastroentérologie et pancréatologie [CHU Toulouse], Pôle Maladies de l'appareil digestif [CHU Toulouse], Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut Curie-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Collège de France (CDF), Collège de France (CdF), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Saint-Antoine [APHP], Institut de Recherche juridique sur l'Entreprise et les Relations Professionnelles (IRERP), Université Paris Nanterre (UPN), Origine, structure et évolution de la biodiversité, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), CHU Le MAns, ANR-10-IAHU-0001/10-IAHU-0001,Imagine,Imagine(2010), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Institut Curie-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), and Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)