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5 results on '"Hugo Bertin"'

1. Association of plasma YKL-40 with brain amyloid-β levels, memory performance, and sex in subjective memory complainers

Author

Andrea Vergallo, Simone Lista, Pablo Lemercier, Patrizia A. Chiesa, Henrik Zetterberg, Kaj Blennow, Marie-Claude Potier, Marie-Odile Habert, Filippo Baldacci, Enrica Cavedo, Filippo Caraci, Bruno Dubois, Harald Hampel, Hovagim Bakardjian, Habib Benali, Hugo Bertin, Joel Bonheur, Laurie Boukadida, Nadia Boukerrou, Patrizia Chiesa, Olivier Colliot, Marion Dubois, Stéphane Epelbaum, Geoffroy Gagliardi, Remy Genthon, Marion Houot, Aurélie Kas, Foudil Lamari, Marcel Levy, Christiane Metzinger, Fanny Mochel, Francis Nyasse, Catherine Poisson, Marie Revillon, Antonio Santos, Katia Santos Andrade, Marine Sole, Mohmed Surtee, Michel Thiebaut de Schotten, Nadjia Younsi, Mohammad Afshar, Lisi Flores Aguilar, Leyla Akman-Anderson, Joaquín Arenas, Jesús Ávila, Claudio Babiloni, Richard Batrla, Norbert Benda, Keith L. Black, Arun L.W. Bokde, Ubaldo Bonuccelli, Karl Broich, Francesco Cacciola, Giuseppe Caruso, Juan Castrillo†, Roberto Ceravolo, Massimo Corbo, Jean-Christophe Corvol, Augusto Claudio Cuello, Jeffrey L. Cummings, Herman Depypere, Andrea Duggento, Enzo Emanuele, Valentina Escott-Price, Howard Federoff, Maria Teresa Ferretti, Massimo Fiandaca, Richard A. Frank, Francesco Garaci, Hugo Geerts, Ezio Giacobini, Filippo S. Giorgi, Edward J. Goetzl, Manuela Graziani, Marion Haberkamp, Britta Hänisch, Karl Herholz, Felix Hernandez, Bruno P. Imbimbo, Dimitrios Kapogiannis, Eric Karran, Steven J. Kiddle, Seung H. Kim, Yosef Koronyo, Maya Koronyo-Hamaoui, Todd Langevin, Stéphane Lehéricy, Francisco Llavero, Jean Lorenceau, Alejandro Lucía, Dalila Mango, Mark Mapstone, Christian Neri, Robert Nisticò, Sid E. O’bryant, Giovanni Palermo, George Perry, Craig Ritchie, Simone Rossi, Amira Saidi, Emiliano Santarnecchi, Lon S. Schneider, Olaf Sporns, Nicola Toschi, Pedro L. Valenzuela, Bruno Vellas, Steven R. Verdooner, Nicolas Villain, Kelly Virecoulon Giudici, Mark Watling, Lindsay A. Welikovitch, Janet Woodcock, Erfan Younesi, José L. Zugaza, Alzheimer Precision Medicine [CHU Pitié-Salpétriêre] (GRC 21 AMP), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Institut du Cerveau et de la Moëlle Epinière = Brain and Spine Institute (ICM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Imagerie Biomédicale (LIB), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
musculoskeletal diseases, 0301 basic medicine, Apolipoprotein E, Male, Risk, Aging, medicine.medical_specialty, Amyloid, YKL-40, [SDV]Life Sciences [q-bio], Disease, 03 medical and health sciences, Alzheimer's disease, amyloid, neuroinflammation, Sex, 0302 clinical medicine, Neuroinflammation, Alzheimer Disease, Memory, Internal medicine, medicine, Premovement neuronal activity, Humans, Effects of sleep deprivation on cognitive performance, Chitinase-3-Like Protein 1, Longitudinal Studies, Inflammation, Amyloid beta-Peptides, business.industry, General Neuroscience, Neurodegeneration, Settore FIS/07, Brain, medicine.disease, 030104 developmental biology, Endocrinology, Biomarker (medicine), Female, Neurology (clinical), Geriatrics and Gerontology, business, Alzheimer’s disease, 030217 neurology & neurosurgery, Biomarkers, Developmental Biology
Abstract

Neuroinflammation, a key early pathomechanistic alteration of Alzheimer’s disease, may represent either a detrimental or a compensatory mechanism or both (according to the disease stage). YKL-40, a glycoprotein highly expressed in differentiated glial cells, is a candidate biomarker for in vivo tracking neuroinflammation in humans. We performed a longitudinal study in a monocentric cohort of cognitively healthy individuals at risk for Alzheimer’s disease exploring whether age, sex, and the apolipoprotein E e4 allele affect plasma YKL-40 concentrations. We investigated whether YKL-40 is associated with brain amyloid-β (Aβ) deposition, neuronal activity, and neurodegeneration as assessed via neuroimaging biomarkers. Finally, we investigated whether YKL-40 may predict cognitive performance. We found an age-associated increase of YKL-40 and observed that men display higher concentrations than women, indicating a potential sexual dimorphism. Moreover, YKL-40 was positively associated with memory performance and negatively associated with brain Aβ deposition (but not with metabolic signal). Consistent with translational studies, our results suggest a potentially protective effect of glia on incipient brain Aβ accumulation and neuronal homeostasis.

Published
2020
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2. Plasma amyloid β 40/42 ratio predicts cerebral amyloidosis in cognitively normal individuals at risk for Alzheimer's disease

Author

Geoffroy Gagliardi, Roberto Ceravolo, Herman Depypere, Bruno Dubois, Fanny Mochel, Christiane Metzinger, George L. W. Perry, Marine Sole, Massimo S. Fiandaca, Amira Saidi, E. Cavedo, Patrizia Andrea Chiesa, Thiebaud de Schotten M, Juan I. Castrillo, Jean Lorenceau, Jeffrey L. Cummings, Craig W. Ritchie, Ubaldo Bonuccelli, Francesco Cacciola, Arun L.W. Bokde, F. Lamari, Keith L. Black, Marion Haberkamp, Jean-Christophe Corvol, Ann De Vos, Maya Koronyo-Hamaoui, Filippo Sean Giorgi, Todd Langevin, H. Hampel, Richard Frank, Stéphane Epelbaum, Mohmed Surtee, Remy Genthon, Nadjia Younsi, Olaf Sporns, Harald Hampel, Marion Dubois, Filippo Baldacci, Lindsay A. Welikovitch, Karl Broich, Stéphane Lehéricy, Henrik Zetterberg, M.O. Habert, Manuela Graziani, Janet Woodcock, S. Lista, Aurélie Kas, Lon S. Schneider, Katia Andrade, Robert Nisticò, Simone Rossi, Foudil Lamari, Howard J. Federoff, Francis Nyasse, Enrica Cavedo, Lisi Flores Aguilar, Erfan Younesi, M.C. Potier, Seung Hyun Kim, Karl Herholz, Nadia Boukerrou, Lucile Megret, Catherine Poisson, Claudio Babiloni, A.C. Cuello, Dalila Mango, Antonio Melo dos Santos, Norbert Benda, Marcel Levy, A. Vergallo, Patrizia A. Chiesa, Sid E. O'Bryant, Marie Revillon, Nicola Toschi, Hugo Geerts, Maria Teresa Ferretti, Mark Mapstone, Kaj Blennow, Eugeen Vanmechelen, Simone Lista, Marie-Odile Habert, Marie-Claude Potier, Eric Karran, Nicolas Villain, Laurie Boukadida, Emiliano Santarnecchi, Yosef Koronyo, Olivier Colliot, Habib Benali, Hugo Bertin, Valentina Escott-Price, Andrea Duggento, Steven Verdooner, Andrea Vergallo, Christian Neri, Joel Bonheur, Francesco Garaci, Hovagim Bakardjian, Marion Houot, Alzheimer Precision Medicine [CHU Pitié-Salpétriêre] (GRC 21 AMP), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Institut du Cerveau et de la Moëlle Epinière = Brain and Spine Institute (ICM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Adaptation Biologique et Vieillissement = Biological Adaptation and Ageing (B2A), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Imagerie Biomédicale (LIB), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
Male, 0301 basic medicine, Apolipoprotein E, Oncology, Epidemiology, [SDV]Life Sciences [q-bio], Simoa immunoassay, Disease, Cohort Studies, Classification and regression trees (CART), Cognition, 0302 clinical medicine, medicine.diagnostic_test, Health Policy, Amyloidosis, Settore FIS/07, Brain, Alzheimer's disease, 3. Good health, Psychiatry and Mental health, Positron emission tomography, Cohort, Female, Amyloid PET, Machine learning, Plasma amyloid β, Subjective memory complainers, medicine.medical_specialty, 03 medical and health sciences, Cellular and Molecular Neuroscience, Developmental Neuroscience, Alzheimer Disease, Memory, Internal medicine, medicine, Humans, Aged, Amyloid beta-Peptides, Receiver operating characteristic, business.industry, Clinical study design, medicine.disease, Peptide Fragments, Clinical trial, Cerebral Amyloid Angiopathy, 030104 developmental biology, Positron-Emission Tomography, Neurology (clinical), Geriatrics and Gerontology, business, Biomarkers, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract

Introduction Blood-based biomarkers of pathophysiological brain amyloid β (Aβ) accumulation, particularly for preclinical target and large-scale interventions, are warranted to effectively enrich Alzheimer's disease clinical trials and management. Methods We investigated whether plasma concentrations of the Aβ 1–40 /Aβ 1–42 ratio, assessed using the single-molecule array (Simoa) immunoassay, may predict brain Aβ positron emission tomography status in a large-scale longitudinal monocentric cohort (N = 276) of older individuals with subjective memory complaints. We performed a hypothesis-driven investigation followed by a no-a-priori hypothesis study using machine learning. Results The receiver operating characteristic curve and machine learning showed a balanced accuracy of 76.5% and 81%, respectively, for the plasma Aβ 1–40 /Aβ 1–42 ratio. The accuracy is not affected by the apolipoprotein E ( APOE ) e4 allele, sex, or age. Discussion Our results encourage an independent validation cohort study to confirm the indication that the plasma Aβ 1–40 /Aβ 1–42 ratio, assessed via Simoa, may improve future standard of care and clinical trial design.

Published
2019
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3. Multi-omics signature of brain amyloid deposition in asymptomatic individuals at-risk for Alzheimer's disease: The INSIGHT-preAD study

Author

Gaëlle Fontaine, Marie Lhomme, Arthur Tenenhaus, Stéphane Epelbaum, Laura Xicota, Inka Leroy, Marie-Claude Potier, François-Xavier Lejeune, Farid Ichou, Benoit Colsch, Bruno Dubois, Hugo Bertin, Marie-Odile Habert, Fanny Mochel, Institut du Cerveau = Paris Brain Institute (ICM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Unité de Recherche sur les Maladies Cardiovasculaires, du Métabolisme et de la Nutrition = Research Unit on Cardiovascular and Metabolic Diseases (ICAN), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Cardiométabolisme et Nutrition = Institute of Cardiometabolism and Nutrition [CHU Pitié Salpêtrière] (IHU ICAN), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Service de Pharmacologie et Immunoanalyse (SPI), Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire des signaux et systèmes (L2S), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CentraleSupélec, Université Paris-Saclay, Centre d'Acquisition et de Traitement des Images [Paris], Laboratoire d'Imagerie Biomédicale [Paris] (LIB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre des Maladies Cognitives et Comportementales [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Algorithms, models and methods for images and signals of the human brain (ARAMIS), Sorbonne Université (SU)-Inria de Paris, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut du Cerveau = Paris Brain Institute (ICM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), AvidFondation AlzheimerThis study was supported by INSERM in collaboration with Institut du Cerveau et de la Moelle Épinière (ICM), Institut Hospitalo-Universitaire-A ICM, and Pfizer, and was supported with funding from Pfizer and the Investissement d'Avenir (ANR-10-AIHU-06) that was used for the recruitment of clinical research assistants, neuropsychologists, and a study physician, ANR-10-IAHU-0006,IHU-A-ICM,Institut de Neurosciences Translationnelles de Paris(2010), Institut du Cerveau et de la Moëlle Epinière = Brain and Spine Institute (ICM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Recherche sur les Maladies Cardiovasculaires, du Métabolisme et de la Nutrition = Institute of cardiometabolism and nutrition (ICAN), Sorbonne Université-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université-Sorbonne Université (SU), Laboratoire d'Etude du Métabolisme des Médicaments (LEMM), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS), CentraleSupélec-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Imagerie Biomédicale (LIB), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut du Cerveau et de la Moëlle Epinière = Brain and Spine Institute (ICM), Sorbonne Université-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Avid, Fondation Alzheimer, This study was supported by INSERM in collaboration with Institut du Cerveau et de la Moelle Épinière (ICM), Institut Hospitalo-Universitaire-A ICM, and Pfizer, and was supported with funding from Pfizer and the Investissement d'Avenir (ANR-10-AIHU-06) that was used for the recruitment of clinical research assistants, neuropsychologists, and a study physician, ANR-10-IAIHU-06,IHU-A-ICM,Institut de Neurosciences Translationnelles de Paris(2011), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP]-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Pitié-Salpêtrière [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP]-Sorbonne Université (SU), CEA Paris Saclay, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-CentraleSupélec-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP]-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [APHP]-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Service de Pharmacologie et d'Immunoanalyse (SPI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Potier, Marie-Claude, Unité Matériaux et Transformations - UMR 8207 (UMET), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Lille (ENSCL)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), sans affiliation, Pfizer, Institut Hospitalo-Universitaire and Institut du Cerveau et de la Moelle Epiniere (IHU-A-ICM), Ministry of Research, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Gestionnaire, Hal Sorbonne Université, and Institut de Neurosciences Translationnelles de Paris - - IHU-A-ICM2010 - ANR-10-IAHU-0006 - IAHU - VALID

Subjects
0301 basic medicine, Oncology, Male, Proteomics, Research paper, [SDV.NEU.NB]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, 0302 clinical medicine, [STAT.ML]Statistics [stat]/Machine Learning [stat.ML], [MATH.MATH-ST]Mathematics [math]/Statistics [math.ST], 050207 economics, Aged, 80 and over, Univariate analysis, [STAT.AP]Statistics [stat]/Applications [stat.AP], Multi-omics, 050208 finance, 05 social sciences, Brain, General Medicine, Genomics, 3. Good health, Asymptomatic, 030220 oncology & carcinogenesis, Area Under Curve, Cohort, Female, medicine.symptom, [STAT.ME]Statistics [stat]/Methodology [stat.ME], medicine.medical_specialty, Amyloid, Protein Aggregation, Pathological, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, 03 medical and health sciences, Metabolomics, Alzheimer Disease, Internal medicine, Lipidomics, 0502 economics and business, medicine, Humans, Alzheimer, Amyloid PET, Biomarkers, Prediction, Aged, Amyloid beta-Peptides, Receiver operating characteristic, business.industry, [SDV.NEU.NB] Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC]/Neurobiology, Omics, 030104 developmental biology, Case-Control Studies, business
Abstract

International audience; BACKGROUND: One of the biggest challenge in Alzheimer's disease (AD) is to identify pathways and markers of disease prediction easily accessible, for prevention and treatment. Here we analysed blood samples from the INveStIGation of AlzHeimer's predicTors (INSIGHT-preAD) cohort of elderly asymptomatic individuals with and without brain amyloid load.METHODS: We performed blood RNAseq, and plasma metabolomics and lipidomics using liquid chromatography-mass spectrometry on 48 individuals amyloid positive and 48 amyloid negative (SUVr cut-off of 0·7918). The three data sets were analysed separately using differential gene expression based on negative binomial distribution, non-parametric (Wilcoxon) and parametric (correlation-adjusted Student't) tests. Data integration was conducted using sparse partial least squares-discriminant and principal component analyses. Bootstrap-selected top-ten features from the three data sets were tested for their discriminant power using Receiver Operating Characteristic curve. Longitudinal metabolomic analysis was carried out on a subset of 22 subjects.FINDINGS: Univariate analyses identified three medium chain fatty acids, 4-nitrophenol and a set of 64 transcripts enriched for inflammation and fatty acid metabolism differentially quantified in amyloid positive and negative subjects. Importantly, the amounts of the three medium chain fatty acids were correlated over time in a subset of 22 subjects (p

Published
2019
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4. Yet Another ADNI Machine Learning Paper? Paving The Way Towards Fully-reproducible Research on Classification of Alzheimer's Disease

Author

Jorge Samper-Gonzalez, Ninon Burgos, Sabrina Fontanella, Hugo Bertin, Marie-Odile Habert, Stanley Durrleman, Theodoros Evgeniou, Olivier Colliot, Algorithms, models and methods for images and signals of the human brain (ARAMIS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut du Cerveau et de la Moëlle Epinière = Brain and Spine Institute (ICM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria de Paris, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Laboratoire d'Imagerie Biomédicale [Paris] (LIB), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Européen d'administration des Affaires (INSEAD), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Inria de Paris, Laboratoire d'Imagerie Biomédicale (LIB), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria de Paris, Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], and Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria de Paris

Subjects
FOS: Computer and information sciences, Statistics - Machine Learning, Quantitative Biology - Neurons and Cognition, Computer Vision and Pattern Recognition (cs.CV), FOS: Biological sciences, Computer Science - Computer Vision and Pattern Recognition, [INFO.INFO-IM]Computer Science [cs]/Medical Imaging, Machine Learning (stat.ML), Neurons and Cognition (q-bio.NC), [INFO]Computer Science [cs], Quantitative Biology - Quantitative Methods, Quantitative Methods (q-bio.QM)
Abstract

International audience; In recent years, the number of papers on Alzheimer's disease classification has increased dramatically, generating interesting methodological ideas on the use machine learning and feature extraction methods. However, practical impact is much more limited and, eventually, one could not tell which of these approaches are the most efficient. While over 90% of these works make use of ADNI an objective comparison between approaches is impossible due to variations in the subjects included, image pre-processing, performance metrics and cross-validation procedures. In this paper, we propose a framework for reproducible classification experiments using multimodal MRI and PET data from ADNI. The core components are: 1) code to automatically convert the full ADNI database into BIDS format; 2) a modular architecture based on Nipype in order to easily plug-in different classification and feature extraction tools; 3) feature extraction pipelines for MRI and PET data; 4) baseline classification approaches for unimodal and multimodal features. This provides a flexible framework for benchmarking different feature extraction and classification tools in a reproducible manner. Data management tools for obtaining the lists of subjects in AD, MCI converter, MCI non-converters, CN classes are also provided. We demonstrate its use on all (1519) baseline T1 MR images and all (1102) baseline FDG PET images from ADNI 1, GO and 2 with SPM-based feature extraction pipelines and three different classification techniques (linear SVM, anatomically regularized SVM and multiple kernel learning SVM). The highest accuracies achieved were: 91% for AD vs CN, 83% for MCIc vs CN, 75% for MCIc vs MCInc, 94% for AD-ABeta+ vs CN-ABeta- and 72% for MCIc-ABeta+ vs MCInc-ABeta+. The code is publicly available at : https://github.com/aramis-lab/AD-ML.

Published
2017

5. Multimodal neuroimaging study in presymptomatic GRN mutations carriers

Author

Paola Caroppo, Marie-Odile Habert, Stanley Durrleman, Hugo Bertin, Alexandre Routier, Vincent Perlbarg, Didier Hannequin, Basile Pinsart, Romain Valabrègue, Vincent Deramecourt, Florence Pasquier, Sophie Rivaud-Pechoux, Martine Vercelletto, Ali Bouyahia, Geoffrey Edouart, Guignebert, A., Habib Benali, Stéphane Lehericy, Olivier Colliot, Alexis Brice, Isabelle Le Ber, Centre de Recherche de l'Institut du Cerveau et de la Moelle épinière (CRICM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Algorithms, models and methods for images and signals of the human brain (ARAMIS), Inria Paris-Rocquencourt, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut du Cerveau et de la Moëlle Epinière = Brain and Spine Institute (ICM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Imagerie Fonctionnelle (LIF), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-IFR14-IFR49-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Génétique du cancer et des maladies neuropsychiatriques (GMFC), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire d'Imagerie Neurofonctionnelle, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Troubles cognitifs vasculaires et dégénératifs - EA 2691 (TCDV), Université de Lille, Droit et Santé, Département de neurologie [Lille], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Neurologie et thérapeutique expérimentale, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-IFR70-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de neurologie [Nantes], Université de Nantes (UN)-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes)-Hôpital Guillaume-et-René-Laennec [Saint-Herblain], Institut du Cerveau et de la Moëlle Epinière = Brain and Spine Institute (ICM), Laboratoire d'Imagerie Biomédicale [Paris] (LIB), Institut d'imagerie neurofonctionnelle (IIN), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Ecole Nationale Supérieure des Télécommunications (ENST)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Center for NeuroImaging Research-Human MRI Neuroimaging core facility for clinical research [ICM Paris] (CENIR), Institut du Cerveau = Paris Brain Institute (ICM), Assistance publique - 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Subjects
[SPI.SIGNAL]Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SPI.SIGNAL] Engineering Sciences [physics]/Signal and Image processing
Abstract

International audience

Published
2014

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