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International audience; The European mink (Mustela lutreola) is considered as critically endangered in the IUCN red list, and is already extinct in large parts of its ancestral range. A chromosome-scale reference genome has been recently produced during the ERGA (European Reference Genome Atlas) pilot project, from an individual sampled in 2006 in Dordogne (France) in the framework of the first National Action Plan for European Mink. A fibroblast cell culture was derived from a skin biopsy on this animal, and then cryopreserved in liquid nitrogen in the Paris National Museum of Natural History cell collection. This frozen sample was used to generate fresh cell cultures for the production of high-quality DNA that was subsequently sequenced and assembled into a high-quality reference genome. This reference can now be used for genomic studies of this species that presents a very high risk of inbreeding depression especially in the western part of its geographic distribution. Inbreeding depression is a critical concern for conservation efforts as it is common in small, declining or fragmented populations. Demographic history of a population can also have an impact on inbreeding depression and shape the levels of genetic load. Interestingly, small populations with extremely low genetic diversity do not always present evidence of Inbreeding depression and may persist thanks to the purging of strong deleterious variants. One way to measure the extent of inbreeding is to scan genomes for runs of homozygosity (ROH). This method is becoming more commonly used to estimate inbreeding and could become a new index for conservation status in wild animals. For this study, we selected two European mink from France (LIFE VISON et PNA Vison), two from Romania, two from Estonia and two from Spain for whole genome re-sequencing (> 25x), each genomic sequence being compared to the reference genome. We expect to find long stretches of ROH that would indicate recent events of inbreeding. The results might have a direct impact on the current conservation program for the European mink.

In a context of the race to the discovery of novel reagents for the late-stage introduction of emergent fluorinated substituents (EFS), we worked on the development of new methodologies and new reagents to access various EFS-bearing structures. A first approach involving fluorinated carbon-centered radicals and arynes proved unsuccessful. In a second part we tried to synthetize a bismuth-centered trifluoromethoxylated complex. The inherent problems of this type of chemistry prevented us to isolate the targeted complexes. We managed however to propose an efficient methodology for the direct trifluoromethoxylation of alkyl iodides. We produced silver (I) trifluoromethanolate from ex situ-generated difluorophosgene. Finally, in an approach more oriented towards the early-stage introduction of the EFS we could synthetize several trifluoromethylthiolated azirines that reacted in situ with a variety of nucleophiles and ambiphiles., Dans un contexte de course aux réactifs d’introduction tardive de groupements fluorés émergents (GFE) nous avons travaillé à développer de nouvelles méthodes et de nouveaux réactifs permettant l’accès à diverses structures porteuses de GFE. Une première approche impliquant des radicaux fluorés et des arynes s’est avérée infructueuse. Dans une seconde partie de thèse nous avons tenté d’isoler un sel de trifluorométhanolate coordiné à un centre de bismuth. Si les problèmes inhérents aux intermédiaires impliqués nous ont empêchés d’isoler le composé désiré nous avons malgré tout pu proposer une méthode de trifluorométhoxylation directe en produisant du trifluorométhanolate d’argent (I) à partir de difluorophosgène généré ex situ. Le sel a pu très efficacement réagir sur l’(α-iodo)acétophénone pour produire le dérivé trifluorométhoxylé particulièrement précieux. Finalement, dans une approche plus orientée vers l’introduction du GFE en début de synthèse nous avons pu produire plusieurs azirines thiotrifluorométhylées qui ont réagi in situ avec une grande variété de nucléophiles et d’ambiphiles.

Telomeres ensure chromosome end stability. Failure to do so would lead to chromosome end fusions and the formation dicentric chromosomes (i.e. chromosomes with two centromeres) that are unstable in mitosis. Dicentrics are a threat to cell viability and a source of extensive mutagenesis. In Saccharomyces cerevisiae, dicentrics formed by telomere fusion preferentially break at the fusion. This unexplained process allows the recovery of a normal karyotype and protects the genome from the detrimental consequences of accidental telomere fusions. Here, I address the molecular basis of this rescue pathway. Simple tandem arrays tightly bound by the telomere factor Rap1 or a heterologous high-affinity DNA binding factor are sufficient to establish breakage hotspots, mimicking telomere fusions within dicentrics. I also adress the mechanism allowing breakage at pericentromeric regions when dicentric do not bear telomeric sequences. During anaphase, Condensins generate forces sufficient to rapidly relocalize the centromeres to the bud neck and refold dicentrics prior their breakage by cytokinesis. This relocalisation is essential for breakage at pericentromeres. Moreover Condensin-dependent refolding is essential to the preferential breakage at telomere fusions, more generally at Rap1-bound arrays and which delimit insulated chromosomal domains. Thus, the rescue of fused telomeres results from a Condensin- and Rap1-driven chromosome conformation that favours fusion entrapment where the septum closes. These results suggest that Rap1-bound telomere sequences stall loop-extrusion by Condensins. In addition, this work provides a new and direct way to monitor Condensin activity on chromatin in live cells. It also shows that dicentric chromosomes are broken during septation and that cytokinesis is not delayed by chromatin bridges.; Les télomères garantissent la stabilité des extrémités chromosomiques. Une défaillance de protection entraine l’apparition de chromosomes dicentriques (c-à-d. possédant deux centromères) instables en mitose. La présence de chromosomes dicentriques est donc une source de mutagénèse et une menace pour la viabilité des cellules. Chez Saccharomyces cerevisiae, les dicentriques issus d’une fusion de télomères cassent préférentiellement à la fusion. Ce processus inexpliqué permet la régénération d’un caryotype normal et protège les chromosomes des conséquences néfastes d’une fusion accidentelle de leurs extrémités. Ce manuscrit explore les mécanismes moléculaires de cette voie de secours. La haute affinité de Rap1, pour ses sites consensus en tandem ou pour des séquences télomériques est suffisantes pour former un point chaud de cassure des chromosomes dicentriques. Une protéine hétérologue ayant aussi une haute affinité fixation pour sa séquence mime la présence de fusions de télomères, montrant que la forte affinité d’une protéine pour ses sites en tandem suffit à créer un point chaud. En l’absence de séquence télomérique interne, les chromosomes dicentriques cassent plutôt aux régions péricentromériques. Ces positions de cassure dépendent d’une force générée par les Condensines capable de relocaliser rapidement les centromères des chromosomes dicentriques au site de cytodiérèse avant leur cassure. De plus, le repliement des chromosomes dicentriques dépendant des Condensines est également nécessaire à une cassure préférentielle aux séquences fixant Rap1. En anaphase, ces séquences forment aussi un isolateur capable de séparer deux domaines chromosomiques. Ainsi, les télomères fusionnés sont secourus par un mécanisme qui favorise une capture des fusions et des régions péricentromériques par le septum dépendant de la conformation des chromosomes dirigées par les Condensines et par Rap1, Ces résultats suggèrent que les séquences télomériques fixant Rap1 bloquent l’extrusion de boucles par Condensine. De plus ce travail propose un nouvel outil pour l’étude de la condensation in vivo. Il montre également que la cassure des chromosomes dicentriques survient pendant la septation et que cytodiérèse n’est pas ralentie par la présence d’un pont de chromatine.

International audience; Duplication and segregation of chromosomes involves dynamic reorganization of their internal structure by conserved architectural proteins, including the structural maintenance of chromosomes (SMC) complexes cohesin and condensin. Despite active investigation of the roles of these factors, a genome-wide view of dynamic chromosome architecture at both small and large scale during cell division is still missing. Here, we report the first comprehensive 4D analysis of the higher-order organization of the Saccharomyces cerevisiae genome throughout the cell cycle and investigate the roles of SMC complexes in controlling structural transitions. During replication, cohesion establishment promotes numerous long-range intra-chromosomal contacts and correlates with the individualization of chromosomes, which culminates at metaphase. In anaphase, mitotic chromosomes are abruptly reorganized depending on mechanical forces exerted by the mitotic spindle. Formation of a condensin-dependent loop bridging the centromere cluster with the rDNA loci suggests that condensin-mediated forces may also directly facilitate segregation. This work therefore comprehensively recapitulates cell cycle-dependent chromosome dynamics in a unicellular eukaryote, but also unveils new features of chromosome structural reorganization during highly conserved stages of cell division.

National audience; La plateforme vendéenne est un secteur clé situé à la croisée de trois domaines géodynamiques : la bordure méridionale du Massif Armoricain varisque affleurant à l'Ile d'Yeu et à Rochebonne, la bordure septentrionale du bassin d'aquitaine/bassin de Parentis (flexure " celta-aquitaine ") et la marge Nord-Gascogne qui a enregistré l'histoire du golfe de Gascogne. L'évolution du remplissage sédimentaire méso-cénozoïque et Plio-Quaternaire et la trame tectonique de la plate-forme continentale vendéenne sont mal connus. En 2005 et 2006, les missions de sismique réflexion Haute Résolution (GEOVEND, GEOVEND06, Géosciences Rennes-BRGM) ont permis de proposer une cartographie des unités sismiques des formations du Jurassique et du Crétacé (Huerta et al., 2008). Mais la synthèse cartographique Terre-Mer (Thinon et al., 2013) a montré des zones d'incohérences cartographiques entre les cartes géologiques existantes. La campagne supplémentaire de Sismique réflexion Très Haute Résolution, entre l'île d'Yeu, Rochebonne et l'île de Ré ", SYRRE, a eu lieu du 7 au 17 Mai 2014, dans le cadre du projet "RGF-plateau continental"* en collaboration entre le BRGM et les universités de Rennes et La Rochelle. La densification du réseau sismique permet de préciser l'extension des bassins tertiaires et des dépôts du Crétacé supérieur et d'imager les géométries des surfaces majeures et des dépôts méso-cénozoïques pour déterminer les directions de progradation et en déduire les aires de subsidence. Elle apporte des éléments pour la reconstitution des paléogéographies du Jurassique au Tertiaire. Elles renseignent sur la répartition des structures, le style et le calendrier de déformation. Cette connaissance permettra d'obtenir une vision globale de la structuration et de la sédimentation du plateau continental vendéen dans le prolongement du plateau continental Sud-Bretagne. Huerta P., Proust J.N., Guennoc P., Thinon I. -2010- Seismic stratigraphy of the Vendée-Armorican Platform of the French Atlantic Shelf: new insights into the history of the North Atlantic Ocean. Bull. Soc. géol. Fr. , t. 181, no 1, pp. 37-50. Thinon I., Baudouin V., Paquet F., Conil P., Béchennec F., Le Bayon B.- 2013- Cartographie géologique harmonisée du littoral des Pays-de-la-Loire - BRGM/RP-62383-FR. 79p. * appartient au programme de recherche et de cartographie Terre-Mer du territoire français du BRGM.

National audience; The site on which the Saint Thomas Chapel is located in Aizier was a medieval leprosarium, then a modern priory belonging to the Fécamp Abbaye. This establishment was the focus of a ten-year long excavation programme. The field work has now been completed. However, the research is still in progress. The living conditions of a small community of lepers, undoubtedly quite poor, who lived and died in Aizier between the 12th and 16th centuries, have already begun to emerge.; Le site de la « chapelle Saint-Thomas » à Aizier fut une léproserie médiévale, puis un prieuré moderne dépendant de l’abbaye de Fécamp. Cet établissement a fait l’objet d’une fouille programmée durant 10 ans. La phase terrain est à présent achevée, mais les études sont toujours en cours. Cependant commence déjà à se dessiner le cadre de vie d’une petite communauté de lépreux, sans doute fort pauvre, qui vécut et mourut à Aizier entre les XIIe et XVIe siècles.

National audience; The site on which the Saint Thomas Chapel is located in Aizier was a medieval leprosarium, then a modern priory belonging to the Fécamp Abbaye. This establishment was the focus of a ten-year long excavation programme. The field work has now been completed. However, the research is still in progress. The living conditions of a small community of lepers, undoubtedly quite poor, who lived and died in Aizier between the 12th and 16th centuries, have already begun to emerge.; Le site de la « chapelle Saint-Thomas » à Aizier fut une léproserie médiévale, puis un prieuré moderne dépendant de l’abbaye de Fécamp. Cet établissement a fait l’objet d’une fouille programmée durant 10 ans. La phase terrain est à présent achevée, mais les études sont toujours en cours. Cependant commence déjà à se dessiner le cadre de vie d’une petite communauté de lépreux, sans doute fort pauvre, qui vécut et mourut à Aizier entre les XIIe et XVIe siècles.

Labo L3i; n.a.