1. Open-access quantitative MRI data of the spinal cord and reproducibility across participants, sites and manufacturers
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Alexandra Tinnermann, Dimitri Van De Ville, Cornelia Laule, Sean Mackey, Robert L. Barry, Benjamin De Leener, Anna Pichiecchio, Eva Alonso-Ortiz, Giancarlo Germani, Ali Khatibi, Nico Papinutto, Marc J. Ruitenberg, René Labounek, Nawal Kinany, Francesco Grussu, Michela Fratini, Petr Kudlička, Christophe Lenglet, Kouhei Kamiya, Pierre-Gilles Henry, Julien Cohen-Adad, Richard G. Wise, Deborah Pareto, Tomáš Horák, Jürgen Finsterbusch, Alex Rovira, Todd B. Parrish, Y. Suzuki, George Tackley, Junqian Xu, Falk Eippert, Virginie Callot, Daniel Papp, Laura Barlow, Karla R. Epperson, Charley Gros, Nicole Atcheson, Akifumi Hagiwara, Jan Valošek, Yaou Liu, Patrick Freund, Maria Marcella Laganà, James M. Joers, Marco Battiston, Markus Barth, Adam V. Dvorak, Masaaki Hori, Joo Won Kim, Miloš Keřkovský, Paulo Loureiro de Sousa, Sara Llufriu, Mihael Abramovic, Igor Nestrasil, Kenneth A. Weber, Christine S. Law, Paul Kuntke, Elisabeth Solana, Kristin P. O’Grady, Alexandru Foias, Slawomir Kusmia, Claudia A. M. Wheeler-Kingshott, Hagen H. Kitzler, Alex K. Smith, Nyoman D. Kurniawan, Shannon H. Kolind, Marios C. Yiannakas, Seth A. Smith, Zachary A. Smith, Federico Giove, Tobias Leutritz, Matthew D. Budde, Rebecca S. Samson, Christian Büchel, Kevin S. Epperson, Marek Dostál, Giovanni Savini, Issei Fukunaga, Haleh Karbasforoushan, Loan Mattera, Nikolaus Weiskopf, Guillaume Gilbert, Yazhuo Kong, Ferran Prados, Maryam Seif, Anna J.E. Combes, Julien Doyon, P Wyss, Alan C. Seifert, Carina Arneitz, Eloy Martinez-Heras, Maxime Descoteaux, Centre de résonance magnétique biologique et médicale (CRMBM), Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d'Exploration Métabolique par Résonance Magnétique [Hôpital de la Timone - AP-HM] (CEMEREM), Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE), Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie (ICube), École Nationale du Génie de l'Eau et de l'Environnement de Strasbourg (ENGEES)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Strasbourg (INSA Strasbourg), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Matériaux et nanosciences d'Alsace (FMNGE), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Réseau nanophotonique et optique, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA), Universitat Oberta de Catalunya (UOC), Universitat Oberta de Catalunya. eHealth Center, Institut Català de la Salut, [Cohen-Adad J] NeuroPoly Lab, Institute of Biomedical Engineering, Polytechnique Montreal, Montreal, QC, Canada. Functional Neuroimaging Unit, CRIUGM, Université de Montréal, Montreal, QC, Canada. Mila - Quebec AI Institute, Montreal, QC, Canada. [Alonso-Ortiz E] NeuroPoly Lab, Institute of Biomedical Engineering, Polytechnique Montreal, Montreal, QC, Canada. [Abramovic M, Arneitz C] Department of Radiology, Swiss Paraplegic Centre, Nottwil, Switzerland. [Atcheson N] Centre for Advanced Imaging, The University of Queensland, Brisbane, Australia. [Barlow L] Department of Radiology, University of British Columbia, Vancouver, BC, Canada. [Grussu F] NMR Research Unit, Queen Square MS Centre, UCL Queen Square Institute of Neurology, Faculty of Brain Sciences, University College London, London, UK. Radiomics Group, Vall d’Hebron Institute of Oncology (VHIO), Barcelona, Spain. Vall d’Hebron Hospital Universitari, Barcelona, Spain. [Pareto D, Rovira À] Secció de Neuroradiologia, Vall d’Hebron Hospital Universitri, Barcelona, Spain, Vall d'Hebron Barcelona Hospital Campus, Centre d'Exploration Métabolique par Résonance Magnétique [Hôpital de la Timone - APHM] (CEMEREM), Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE)-Centre de résonance magnétique biologique et médicale (CRMBM), Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Matériaux et Nanosciences Grand-Est (MNGE), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Réseau nanophotonique et optique, and Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
- Subjects
Statistics and Probability ,Data Descriptor ,medicine.medical_specialty ,Sciences du Vivant [q-bio]/Neurosciences [q-bio.NC] ,Investigació - Avaluació ,Nervous System::Central Nervous System::Spinal Cord [ANATOMY] ,databases ,Computer science ,Science ,of-the-art ,Spinal cord diseases ,Spinal Cord Diseases ,Imaging techniques ,Library and Information Sciences ,030218 nuclear medicine & medical imaging ,Education ,Databases ,03 medical and health sciences ,0302 clinical medicine ,Diagnosis::Diagnostic Techniques and Procedures::Diagnostic Imaging::Tomography::Magnetic Resonance Imaging [ANALYTICAL, DIAGNOSTIC AND THERAPEUTIC TECHNIQUES, AND EQUIPMENT] ,Investigative Techniques::Epidemiologic Methods::Epidemiologic Research Design::Reproducibility of Results [ANALYTICAL, DIAGNOSTIC AND THERAPEUTIC TECHNIQUES, AND EQUIPMENT] ,medicine ,Medical physics ,diagnóstico::técnicas y procedimientos diagnósticos::diagnóstico por imagen::tomografía::imagen por resonancia magnética [TÉCNICAS Y EQUIPOS ANALÍTICOS, DIAGNÓSTICOS Y TERAPÉUTICOS] ,Other subheadings::Other subheadings::/diagnostic imaging [Other subheadings] ,Protocol (science) ,Reproducibility ,Extramural ,Otros calificadores::Otros calificadores::/diagnóstico por imagen [Otros calificadores] ,técnicas de investigación::métodos epidemiológicos::diseño de la investigación epidemiológica::reproducibilidad de los resultados [TÉCNICAS Y EQUIPOS ANALÍTICOS, DIAGNÓSTICOS Y TERAPÉUTICOS] ,white ,Spinal cord ,spinal cord diseases ,Toolbox ,imaging techniques ,matter ,Computer Science Applications ,magnetization-transfer ,medicine.anatomical_structure ,Imatgeria per ressonància magnètica ,[SDV.NEU]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC] ,sistema nervioso::sistema nervioso central::médula espinal [ANATOMÍA] ,Statistics, Probability and Uncertainty ,Medul·la espinal - Malalties - Imatgeria ,030217 neurology & neurosurgery ,Information Systems - Abstract
In a companion paper by Cohen-Adad et al. we introduce the spine generic quantitative MRI protocol that provides valuable metrics for assessing spinal cord macrostructural and microstructural integrity. This protocol was used to acquire a single subject dataset across 19 centers and a multi-subject dataset across 42 centers (for a total of 260 participants), spanning the three main MRI manufacturers: GE, Philips and Siemens. Both datasets are publicly available via git-annex. Data were analysed using the Spinal Cord Toolbox to produce normative values as well as inter/intra-site and inter/intra-manufacturer statistics. Reproducibility for the spine generic protocol was high across sites and manufacturers, with an average inter-site coefficient of variation of less than 5% for all the metrics. Full documentation and results can be found at https://spine-generic.rtfd.io/. The datasets and analysis pipeline will help pave the way towards accessible and reproducible quantitative MRI in the spinal cord., Measurement(s)spinal cordTechnology Type(s)magnetic resonance imagingFactor Type(s)manufacturer • siteSample Characteristic - OrganismHomo sapiensSample Characteristic - LocationCanada • Switzerland • Australia • United States of America • United Kingdom • Germany • French Republic • Czech Republic • Italy • Japan • Kingdom of Spain • China Machine-accessible metadata file describing the reported data: 10.6084/m9.figshare.14052269
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- 2021
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