Author: "Gautier, Thierry" / Publisher: hal ccsd - Searchworks@Jio Institute Digital Library Search Results

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96 results on '"Gautier, Thierry"'

1. Suspending OpenMP Tasks on Asynchronous Events: Extending the Taskwait Construct

Author: Pereira, Romain, Martin, Maël, Roussel, Adrien, Gautier, Thierry, Carribault, Patrick, DAM Île-de-France (DAM/DIF), Direction des Applications Militaires (DAM), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Algorithms and Software Architectures for Distributed and HPC Platforms (AVALON), Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme (LIP), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Lyon, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Laboratoire en Informatique Haute Performance pour le Calcul et la simulation (LIHPC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction des Applications Militaires (DAM), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay
Subjects: [INFO]Computer Science [cs], [INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC]
Abstract: International audience; Many-core and heterogeneous architectures now require programmers to compose multiple asynchronous programming model to fully exploit hardware capabilities. As a shared-memory parallel programming model, OpenMP has the responsibility of orchestrating the suspension and progression of asynchronous operations occurring on a compute node, such as MPI communications or CUDA/HIP streams. Yet, specifications only come with the task detach(event) API to suspend tasks until an asynchronous operation is completed, which presents a few drawbacks. In this paper, we introduce the design and implementation of an extension on the taskwait construct to suspend a task until an asynchronous event completion. It aims to reduce runtime costs induced by the current solution, and to provide a standard API to automate portable task suspension solutions. The results show twice less overheads compared to the existing task detach clause.
Published: 2023

2. Investigating Dependency Graph Discovery Impact on Task-based MPI+OpenMP Applications Performances

Author: Pereira, Romain, Roussel, Adrien, Carribault, Patrick, Gautier, Thierry, DAM Île-de-France (DAM/DIF), Direction des Applications Militaires (DAM), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Algorithms and Software Architectures for Distributed and HPC Platforms (AVALON), Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme (LIP), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Lyon, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Laboratoire en Informatique Haute Performance pour le Calcul et la simulation (LIHPC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction des Applications Militaires (DAM), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay
Subjects: HPC, Task, Dependency, OpenMP, MPI, [INFO]Computer Science [cs], [INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], Graph
Abstract: International audience; The architecture of supercomputers is evolving to expose massive parallelism. MPI and OpenMP are widely used in application codes on the largest supercomputers in the world. The community primarily focused on composing MPI with OpenMP before its version 3.0 introduced task-based programming. Recent advances in OpenMP task model and its interoperability with MPI enabled fine model composition and seamless support for asynchrony. Yet, OpenMP tasking overheads limit the gain of task-based applications over their historical loop parallelization (parallel for construct).This paper identifies the OpenMP task dependency graph discovery speed as a limiting factor in the performance of task-based applications.We study its impact on intra and inter-node performances over two benchmarks (Cholesky, HPCG) and a proxy-application (LULESH). We evaluate the performance impacts of several discovery optimizations, and introduce a persistent task dependency graph reducing overheads by a factor upto 15 at run-time. We measure 2x speedup over parallel for versions weak scaled to 16K cores, due to improved cache memory use and communication overlap, enabled by task refinement and depth-first scheduling.
Published: 2023
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3. Enhancing MPI+OpenMP task based applications for heterogenous architectures with GPU support

Author: Ferat, Manuel, Pereira, Romain, Roussel, Adrien, Carribault, Patrick, Steffenel, Luiz-Angelo, Gautier, Thierry, Laboratoire d'Informatique en Calcul Intensif et Image pour la Simulation (LICIIS), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), Laboratoire de Recherche Conventionné DIGIT (LRC CEA/URCA DIGIT), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-CEA DAM ILE-DE-FRANCE - Bruyères-le-Châtel [Arpajon] (CEA DAM IDF), DAM Île-de-France (DAM/DIF), Direction des Applications Militaires (DAM), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Algorithms and Software Architectures for Distributed and HPC Platforms (AVALON), Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme (LIP), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Lyon, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Laboratoire en Informatique Haute Performance pour le Calcul et la simulation (LIHPC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction des Applications Militaires (DAM), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Michael Klemm, Bronis R. de Supinski, Jannis Klinkenberg, Brandon Neth, and Present results have been obtained within the frame of DIGIT, Contractual Research Laboratory between CEA, CEA/DAM-Île de France center and the University of Reims Champagne Ardenne.
Subjects: Task programming, MPI+OpenMP, GPU Computing, OpenMP, [INFO]Computer Science [cs], Asynchronism, [INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC]
Abstract: Editors: Michael Klemm; Bronis R. de Supinski et al.; International audience; Heterogeneous supercomputers are widespread over HPC systems and programming efficient applications on these architectures is a challenge. Task-based programming models are a promising way to tackle this challenge. Since OpenMP 4.0 and 4.5, the target directives enable to offload pieces of code to GPUs and to express it as tasks with dependencies. Therefore, heterogeneous machines can be programmed using MPI+OpenMP(task+target) to exhibit a very high level of concurrent asynchronous operations for which data transfers, kernel executions, communications and CPU computations can be overlapped. Hence, it is possible to suspend tasks performing these asynchronous operations on the CPUs and to overlap their completion with another task execution. Suspended tasks can resume once the associated asynchronous event is completed in an opportunistic way at every scheduling point. We have integrated this feature into the MPC framework and validated it on a AXPY microbenchmark and evaluated on a MPI+OpenMP(tasks) implementation of the LULESH proxy applications. The results show that we are able to improve asynchronism and the overall HPC performance, allowing applications to benefit from asynchronous execution on heterogeneous machines.
Published: 2022
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4. Evaluation of two topology-aware heuristics on level-3 BLAS library for multi-GPU platforms

Author: Gautier, Thierry, Lima, Joao Vicente Ferreira, Algorithms and Software Architectures for Distributed and HPC Platforms (AVALON), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme (LIP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), Universidade Federal de Santa Maria (UFSM), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Universidade Federal de Santa Maria = Federal University of Santa Maria [Santa Maria, RS, Brazil] (UFSM)
Subjects: [INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC]
Abstract: International audience; Nowadays GPUs have dominated the market considering the computing/power metric and numerous research works have provided Basic Linear Algebra Subprograms implementations accelerated on GPUs. Several software libraries have been developed for exploiting performance of systems with accelerators, but the real performance may be far from the platform peak performance with multiple GPUs. This paper presents two runtime heuristics to gain in performance when task based programs are performed on heterogeneous architecture such as multi-GPU systems. The first is a topology-aware policy to takes into account the heterogeneity of the high speed links that interconnect GPUs. The second is an optimistic heuristic that favor communication between devices. These have been implemented in the XKBLAS library BLAS-3 library. We made experiments on a NVIDIA DGX-1 with up to 8 GPUs V100 on a set of Basic Linear Algebra Subroutines. Experimental results on kernels showed that XKBlas outperformed most implementations including the overhead of creation and scheduling of dynamic tasks.
Published: 2021

5. A Framework for Fixed Priority Periodic Scheduling Synthesis from Synchronous Data-flow Graphs

Author: Tran, Hai, Honorat, Alexandre, Bhattacharyya, Shuvra, Talpin, Jean-Pierre, Gautier, Thierry, Besnard, Loïc, Laboratoire des sciences et techniques de l'information, de la communication et de la connaissance (Lab-STICC), École Nationale d'Ingénieurs de Brest (ENIB)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-École Nationale Supérieure de Techniques Avancées Bretagne (ENSTA Bretagne)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Bretagne Loire (UBL)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Institut d'Électronique et des Technologies du numéRique (IETR), Nantes Université (NU)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Maryland School of Dentistry [Baltimore] (UMSOD), University of Maryland System, Tim, Events and Architectures (TEA), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-LANGAGE ET GÉNIE LOGICIEL (IRISA-D4), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), École Nationale d'Ingénieurs de Brest (ENIB)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-École Nationale Supérieure de Techniques Avancées Bretagne (ENSTA Bretagne)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Bretagne Loire (UBL)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Université de Nantes (UN)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-École Nationale d'Ingénieurs de Brest (ENIB)-École Nationale Supérieure de Techniques Avancées Bretagne (ENSTA Bretagne)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Bretagne Loire (UBL), Université de Nantes (UN)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1)
Subjects: Dengue, SARSCOV-2, Hepatitis C virus, Flavonoid, ACM: F.: Theory of Computation/F.2: ANALYSIS OF ALGORITHMS AND PROBLEM COMPLEXITY/F.2.2: Nonnumerical Algorithms and Problems/F.2.2.5: Sequencing and scheduling, Quercetin, [INFO]Computer Science [cs], Antiviral action, Influenza
Abstract: International audience; Unlabelled - Medicinally active compounds in the flavonoid class of phytochemicals are being studied for antiviral action against various DNA and RNA viruses. Quercetin is a flavonoid present in a wide range of foods, including fruits and vegetables. It is said to be efficient against a wide range of viruses. This research investigated the usefulness of Quercetin against Hepatitis C virus, Dengue type 2 virus, Ebola virus, and Influenza A using computational models. A molecular docking study using the online tool PockDrug was accomplished to identify the best binding sites between Quercetin and PubChem-based receptors. Network-pharmacological assay to opt to verify function-specific gene-compound interactions using STITCH, STRING, GSEA, Cytoscape plugin cytoHubba. Quercetin explored tremendous binding affinity against NS5A protein for HCV with a docking score of - 6.268 kcal/mol, NS5 for DENV-2 with a docking score of - 5.393 kcal/mol, VP35 protein for EBOV with a docking score of - 4.524 kcal/mol, and NP protein for IAV with a docking score of - 6.954 kcal/mol. In the network-pharmacology study, out of 39 hub genes, 38 genes have been found to interact with Quercetin and the top interconnected nodes in the protein-protein network were (based on the degree of interaction with other nodes) and Negative binding energies were noticed in Quercetin-receptor interaction. Results demonstrate that Quercetin could be a potential antiviral agent against these viral diseases with further study in models. Supplementary information - The online version contains supplementary material available at 10.1007/s40203-022-00132-2.
Published: 2021

6. sOMP: NUMA and cache-aware simulations for task-based applications

Author: Daoudi, Idriss, Thibault, Samuel, Gautier, Thierry, Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme (LIP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), STatic Optimizations, Runtime Methods (STORM), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Algorithms and Software Architectures for Distributed and HPC Platforms (AVALON), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme (LIP), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), This work was funded by the Inria Project Lab HAC-SPECIS (see http://hacspecis.gforge.inria.fr/)., and Inria
Subjects: Shared-memory, NUMA, Modélisation, Modeling, Tâches, [INFO]Computer Science [cs], Mémoire partagée, Tasks, Simulation
Abstract: Anticipating the behavior of applications, studying, and designing algorithms are some of the most important purposes for the performance and correction studies about simulations and applications relating to intensive computing. Many frameworks were designed to simulate largedistributed computing infrastructures and the applications running on them. At the node level, some frameworks have also been proposed to simulate task-based parallel applications. However, one missing critical capability from these works is the ability to take Non-Uniform Memory Access (NUMA) effects into account, even though virtually every HPC platform nowadays exhibits such effects. We thus propose a simulator for dependency-based task-parallel applications, that enables experimenting with multiple data locality models. We also introduce two locality-aware performance models: a lightweight communication-oriented model that uses topology information to weight data transfers, and a more complex communications and cache model that takes into account data storage in the LLC. We validate both models on linear algebra test cases and show that, on average, our simulator reproducibly predicts execution time with a small relative error.; Anticiper le comportement des applications, étudier et concevoir des algorithmes sont parmi les objectifs les plus importants des études de performance et de correction sur les simulations et les applications liées au calcul intensif. De nombreux outils ont été conçus pour simuler de grandes infrastructures informatiques distribuées et les applications qui y sont exécutées. Au niveau du nœud, certains outils ont également été proposés pour simuler des applications parallèles à base de tâches. Cependant, une capacité critique manquante à ces travaux est la capacité à prendre en compte les effets NUMA (Non-Uniform Memory Access), même si pratiquement toutes les plates-formes HPC présentent aujourd’hui de tels effets. Nous proposons ainsi un simulateur pour les applications parallèles à base de tâches avec dépendances, qui permet d’expérimenter plusieurs modèles de localité de données. Nous introduisons également deux modèles de performances prenant en compte la localité: un modèle léger orienté communications qui utilise les informations de topologie pour pondérer les transferts de données, et un modèle de communication et de cache plus complexe qui prend en compte le stockage des données dans le LLC. Nous validons les deux modèles sur des cas test d’algèbre linéaire et montrons qu’en moyenne, notre simulateur prédit de manière reproductible le temps d’exécution avec une petite erreur relative.
Published: 2021

7. sOMP: simulations prenant en charge le cache et les effets NUMA pour les applications à base de tâches

Author: Daoudi, Idriss, Thibault, Samuel, Gautier, Thierry, Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme (LIP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), STatic Optimizations, Runtime Methods (STORM), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Algorithms and Software Architectures for Distributed and HPC Platforms (AVALON), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme (LIP), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), This work was funded by the Inria Project Lab HAC-SPECIS (see http://hacspecis.gforge.inria.fr/)., Inria, École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Shared-memory, NUMA, Modélisation, Modeling, Tâches, [INFO]Computer Science [cs], Mémoire partagée, Tasks, Simulation
Abstract: Anticipating the behavior of applications, studying, and designing algorithms are some of the most important purposes for the performance and correction studies about simulations and applications relating to intensive computing. Many frameworks were designed to simulate largedistributed computing infrastructures and the applications running on them. At the node level, some frameworks have also been proposed to simulate task-based parallel applications. However, one missing critical capability from these works is the ability to take Non-Uniform Memory Access (NUMA) effects into account, even though virtually every HPC platform nowadays exhibits such effects. We thus propose a simulator for dependency-based task-parallel applications, that enables experimenting with multiple data locality models. We also introduce two locality-aware performance models: a lightweight communication-oriented model that uses topology information to weight data transfers, and a more complex communications and cache model that takes into account data storage in the LLC. We validate both models on linear algebra test cases and show that, on average, our simulator reproducibly predicts execution time with a small relative error.; Anticiper le comportement des applications, étudier et concevoir des algorithmes sont parmi les objectifs les plus importants des études de performance et de correction sur les simulations et les applications liées au calcul intensif. De nombreux outils ont été conçus pour simuler de grandes infrastructures informatiques distribuées et les applications qui y sont exécutées. Au niveau du nœud, certains outils ont également été proposés pour simuler des applications parallèles à base de tâches. Cependant, une capacité critique manquante à ces travaux est la capacité à prendre en compte les effets NUMA (Non-Uniform Memory Access), même si pratiquement toutes les plates-formes HPC présentent aujourd’hui de tels effets. Nous proposons ainsi un simulateur pour les applications parallèles à base de tâches avec dépendances, qui permet d’expérimenter plusieurs modèles de localité de données. Nous introduisons également deux modèles de performances prenant en compte la localité: un modèle léger orienté communications qui utilise les informations de topologie pour pondérer les transferts de données, et un modèle de communication et de cache plus complexe qui prend en compte le stockage des données dans le LLC. Nous validons les deux modèles sur des cas test d’algèbre linéaire et montrons qu’en moyenne, notre simulateur prédit de manière reproductible le temps d’exécution avec une petite erreur relative.
Published: 2021

8. Brouillon: sOMP: simulations prenant en charge le cache et les effets NUMA pour les applications à base de tâches

Author: Daoudi, Idriss, Thibault, Samuel, Gautier, Thierry, Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme (LIP), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), STatic Optimizations, Runtime Methods (STORM), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Algorithms and Software Architectures for Distributed and HPC Platforms (AVALON), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme (LIP), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This work was funded by the Inria Project Lab HAC-SPECIS (see http://hacspecis.gforge.inria.fr/)., Inria, Plafrim, École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL)
Subjects: Shared-memory, NUMA, Modélisation, Modeling, Tâches, [INFO]Computer Science [cs], Mémoire partagée, Tasks, Simulation
Abstract: This version of research report 9400 is only a draft of a paper currently being submitted for publication, this is not published material.; Anticipating the behavior of applications, studying, and designing algorithms are some of the most important purposes for the performance and correction studies about simulations and applications relating to intensive computing. Many frameworks were designed to simulate large distributed computing infrastructures and the applications running on them. At the node level, some frameworks have also been proposed to simulate task-based parallel applications. However, one missing critical capability from these works is the ability to take Non-Uniform Memory Access (NUMA) effects into account, even though virtually every HPC platform nowadays exhibits such effects. We thus enhance an existing simulator for dependency-based task-parallel applications, that enables experimenting with multiple data locality models. We also introduce two localityaware performance models: we update a lightweight communication-oriented model that uses topology information to weight data transfers, and introduce a more complex communications and cache model that takes into account data storage in the LLC. We validate both models on dense linear algebra test cases and show that, on average, our simulator reproducibly predicts execution time with a small relative error.; Anticiper le comportement des applications, étudier et concevoir des algorithmes sont parmi les objectifs les plus importants des études de performance et de correction sur les simulations et les applications liées au calcul intensif. De nombreux outils ont été conçus pour simuler de grandes infrastructures informatiques distribuées et les applications qui y sont exécutées. Au niveau du nœud, certains outils ont également été proposés pour simuler des applications parallèles à base de tâches. Cependant, une capacité critique manquante à ces travaux est de pouvoir prendre en compte les effets NUMA (Non-Uniform Memory Access), alors que pratiquement toutes les plates-formes HPC présentent aujourd’hui de tels effets. Nous améliorons ici un simulateur pour les applications parallèles à base de tâches avec dépendances, qui permet d’expérimenter plusieurs modèles de localité de données. Nous introduisons également deux modèles de performances: nous améliorons un modèle orientécommunication léger, et nous introduisons un modèle de communication et de cache plus complexe qui prend en compte le stockage des données dans le LLC. Nous validons les deux modèles sur des cas test d’algèbre linéaire dense et montrons qu’en moyenne, notre simulateur prédit de manière reproductible le temps d’exécution avec une erreur relative faible.
Published: 2021

9. COMET: A High-Performance Model for Fine-Grain Composition

Author: Bigot, Julien, Gautier, Thierry, Pérez, Christian, Richard, Jérôme, Maison de la Simulation (MDLS), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Algorithms and Software Architectures for Distributed and HPC Platforms (AVALON), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme (LIP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), and projet C2S@Exa
Subjects: Multi-cores, ordonnancement de tâches, Software Component Model, calcul haute-performance, [INFO.INFO-SE]Computer Science [cs]/Software Engineering [cs.SE], [INFO.INFO-CL]Computer Science [cs]/Computation and Language [cs.CL], Task scheduling, Shared-memory, Task-Based Model, multi-coeurs, HPC, modèle à base de tâches, mémoire partagée, [INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], modèle à composants
Abstract: This paper deals with the efficient combination of software components and task-based models for HPC. Task-based models are known to greatly enhance performance and performance portability while component models ease the separation of concerns and thus improves modularity and adaptability. The paper describe the C OMET programming model, a component model for HPC extended with task concepts. We demonstrate its prototype implementation built on top of the task model of OpenMP and the low level component model L2C. We evaluate the approach on five synthetic use-cases representative of common patterns from HPC applications. Experimental results show that the approach is very efficient on the use-cases. On one hand, independent software codes can be easily composed. On the other hand, fine-grained composition supports very good performance. It sometimes even outperforms classical hand-written OpenMP implementations thank to better task interleaving.; Ce rapport traite de la combinaison de modèles à composants et de modèles d’ordonnancement de tâches pour le calcul haute-performance (HPC). Les modèles d’ordonnancement de tâches sont connu pour améliorer les performances et la portabilité des performance des codes HPC tandis que les modèles à composants facilite la séparation des préoccupation et donc améliorent la modularité et l’adaptation des codes. Le rapport décrit le modèle de programmationComet: un modèle à composant HPC étendu avec des concepts de tâches. Nous démontrons sa mise en oeuvre utilisant le modèle de tâche OpenMP ainsi que le modèle à composant de bas niveau L2C. Nous évaluons l’approche sur cinq cas d’utilisation synthétiques représentatif des patrons de codes issues des applications HPC. Les résultats expérimentaux montrent que l’approche se révèle être très efficace sur les cas d’utilisation présentés. D’une part, la composition de des codes indépendants est facilement réalisable. D’autre part, la composition à grain fin permetd’obtenir de très bonne performances. Les performance obtenue avec cette approche sont même parfois meilleures que celle obtenue avec un code OpenMP écrit à la main grâce à une exécution efficace entrelaçant l’exécution des tâches.
Published: 2017

10. Comet: Un modèle de haute-performance pour la composition à grain fin

Author: Bigot, Julien, Gautier, Thierry, Pérez, Christian, Richard, Jérôme, Maison de la Simulation (MDLS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Saclay-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), Algorithms and Software Architectures for Distributed and HPC Platforms (AVALON), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme (LIP), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), projet C2S@Exa, Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL)
Subjects: Multi-cores, ordonnancement de tâches, Software Component Model, calcul haute-performance, [INFO.INFO-SE]Computer Science [cs]/Software Engineering [cs.SE], [INFO.INFO-CL]Computer Science [cs]/Computation and Language [cs.CL], Task scheduling, Shared-memory, Task-Based Model, multi-coeurs, HPC, modèle à base de tâches, mémoire partagée, [INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], modèle à composants
Abstract: This paper deals with the efficient combination of software components and task-based models for HPC. Task-based models are known to greatly enhance performance and performance portability while component models ease the separation of concerns and thus improves modularity and adaptability. The paper describe the C OMET programming model, a component model for HPC extended with task concepts. We demonstrate its prototype implementation built on top of the task model of OpenMP and the low level component model L2C. We evaluate the approach on five synthetic use-cases representative of common patterns from HPC applications. Experimental results show that the approach is very efficient on the use-cases. On one hand, independent software codes can be easily composed. On the other hand, fine-grained composition supports very good performance. It sometimes even outperforms classical hand-written OpenMP implementations thank to better task interleaving.; Ce rapport traite de la combinaison de modèles à composants et de modèles d’ordonnancement de tâches pour le calcul haute-performance (HPC). Les modèles d’ordonnancement de tâches sont connu pour améliorer les performances et la portabilité des performance des codes HPC tandis que les modèles à composants facilite la séparation des préoccupation et donc améliorent la modularité et l’adaptation des codes. Le rapport décrit le modèle de programmationComet: un modèle à composant HPC étendu avec des concepts de tâches. Nous démontrons sa mise en oeuvre utilisant le modèle de tâche OpenMP ainsi que le modèle à composant de bas niveau L2C. Nous évaluons l’approche sur cinq cas d’utilisation synthétiques représentatif des patrons de codes issues des applications HPC. Les résultats expérimentaux montrent que l’approche se révèle être très efficace sur les cas d’utilisation présentés. D’une part, la composition de des codes indépendants est facilement réalisable. D’autre part, la composition à grain fin permetd’obtenir de très bonne performances. Les performance obtenue avec cette approche sont même parfois meilleures que celle obtenue avec un code OpenMP écrit à la main grâce à une exécution efficace entrelaçant l’exécution des tâches.
Published: 2017

11. Présentation

Author: Galli , Hugues, Gautier , Thierry, Jeannerod , Dominique, Centre Pluridisciplinaire Textes et Cultures [Dijon] ( CPTC ), Université de Bourgogne ( UB ) -Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), and Queen's University [Belfast] ( QUB )
Subjects: [ SHS.LITT ] Humanities and Social Sciences/Literature, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience; No abstract
Published: 2017

12. Présentation

Author: Galli, Hugues, Gautier, Thierry, Jeannerod, Dominique, Centre Pluridisciplinaire Textes et Cultures [Dijon] (CPTC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB), and Queen's University [Belfast] (QUB)
Subjects: [SHS.LITT]Humanities and Social Sciences/Literature, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience; No abstract
Published: 2017

13. Présentation

Author: Galli, Hugues, Gautier, Thierry, Jeannerod, Dominique, and Université de Bourgogne, CPTC
Subjects: [SHS.LITT] Humanities and Social Sciences/Literature, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: No abstract
Published: 2017

14. Présentation

Author: Galli , Hugues, Gautier , Thierry, Jeannerod , Dominique, Centre Pluridisciplinaire Textes et Cultures [Dijon] ( CPTC ), Université de Bourgogne ( UB ) -Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), and Queen's University [Belfast] ( QUB )
Subjects: [ SHS.LITT ] Humanities and Social Sciences/Literature, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience; No abstract
Published: 2017

15. Présentation

Author: Galli , Hugues, Gautier , Thierry, Jeannerod , Dominique, Centre Pluridisciplinaire Textes et Cultures [Dijon] ( CPTC ), Université de Bourgogne ( UB ) -Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), and Queen's University [Belfast] ( QUB )
Subjects: [ SHS.LITT ] Humanities and Social Sciences/Literature, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience; No abstract
Published: 2017

16. Abécédaire et b.a.–ba d’une enfance dans les lettres

Author: Galli, Hugues, Gautier, Thierry, Jeannerod, Dominique, Centre Pluridisciplinaire Textes et Cultures [Dijon] ( CPTC ), Université de Bourgogne ( UB ) -Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Queen's University [Belfast] ( QUB ), Université de Bourgogne, CPTC, Centre Pluridisciplinaire Textes et Cultures [Dijon] (CPTC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université de Bourgogne (UB), and Queen's University [Belfast] (QUB)
Subjects: [SHS.LITT] Humanities and Social Sciences/Literature, [SHS.LITT]Humanities and Social Sciences/Literature, [ SHS.LITT ] Humanities and Social Sciences/Literature, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience; No abstract
Published: 2017

17. Using Runtime Systems Tools to Implement Efficient Preconditioners for Heterogeneous Architectures

Author: Roussel, Adrien, Gratien, Jean-Marc, Gautier, Thierry, IFP Energies nouvelles (IFPEN), PrograMming and scheduling design fOr Applications in Interactive Simulation (MOAIS), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire d'Informatique de Grenoble (LIG), Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Algorithms and Software Architectures for Distributed and HPC Platforms (AVALON), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme (LIP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), Tim, Events and Architectures (TEA), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-LANGAGE ET GÉNIE LOGICIEL (IRISA-D4), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec-IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), IFP Energies nouvelles ( IFPEN ), PrograMming and scheduling design fOr Applications in Interactive Simulation ( MOAIS ), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Laboratoire d'Informatique de Grenoble ( LIG ), Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 ( UPMF ) -Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -Institut National Polytechnique de Grenoble ( INPG ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Grenoble Alpes ( UGA ) -Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 ( UPMF ) -Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -Institut National Polytechnique de Grenoble ( INPG ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Grenoble Alpes ( UGA ), Algorithms and Software Architectures for Distributed and HPC Platforms ( AVALON ), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme ( LIP ), École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Tim, Events and Architectures ( TEA ), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -LANGAGE ET GÉNIE LOGICIEL ( IRISA_D4 ), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires ( IRISA ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National des Sciences Appliquées - Rennes ( INSA Rennes ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire ( IMT Atlantique ) -Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National des Sciences Appliquées - Rennes ( INSA Rennes ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique ( Inria ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire ( IMT Atlantique ) -Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires ( IRISA ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National des Sciences Appliquées - Rennes ( INSA Rennes ) -Université de Bretagne Sud ( UBS ) -École normale supérieure - Rennes ( ENS Rennes ) -CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -IMT Atlantique Bretagne-Pays de la Loire ( IMT Atlantique ), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique)
Subjects: Parallel computing, [ INFO.INFO-DC ] Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], Linear solver, Runtime System, Domain Decomposition Method, Sparse linear algebra, [INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC]
Abstract: International audience; Solving large sparse linear systems is a time-consuming step in basin modeling or reservoir simulation. The choice of a robust preconditioner strongly impact the performance of the overall simulation. Heterogeneous architectures based on General Purpose computing on Graphic Processing Units (GPGPU) or many-core architectures introduce programming challenges which can be managed in a transparent way for developer with the use of runtime systems. Nevertheless, algorithms need to be well suited for these massively parallel architectures. In this paper, we present preconditioning techniques which enable to take advantage of emerging architectures. We also present our task-based implementations through the use of the HARTS (Heterogeneous Abstract RunTime System) runtime system, which aims to manage the recent architectures. We focus on two preconditoners. The first is ILU(0) preconditioner implemented on distributing memory systems. The second one is a multi-level domain decomposition method implemented on a shared-memory system. Obtained results are then presented on corresponding architectures, which open the way to discuss on the scalability of such methods according to numerical performances while keeping in mind that the next step is to propose a massively parallel implementations of these techniques.; La résolution de grands systèmes linéaires creux est une étape coûteuse de la modélisation de bassin ou la simulation de réservoir, et le choix de préconditionneurs robustes impacte fortement la performance de ceux-ci. Les architectures hétérogènes à base d'architectures de type General Purpose computing on Graphic Processing Units (GPGPU) ou many-coeurs introduisent de nouveaux challenges de programmation qui peuvent être gérés de manière transparente pour le développeur grâce à l'utilisation de moteurs exécutifs. Il faut néanmoins que les algorithmes soient adaptés à ce type d'architectures massivement parallèles. Nous présentons dans cet article les méthodes de préconditionnement permettant de tirer au maximum avantage des architectures émergentes. Nous présentons également une implémentation de celles-ci avec le moteur exécutif HARTS (Heterogeneous Abstract RunTime System) conçu pour gérer de manière efficace les architectures hétérogènes. Nous détaillons les implémentations de deux préconditionneurs. L'un est un préconditionneur ILU(0) porté sur architecture distribuée. L'autre est une méthode de décomposition de domaines multi-niveaux implémentée sur architecture à mémoire partagée. Après avoir détaillé ces deux préconditionneurs, une étude sur la portabilité de telles méthodes et leur scalabilité sur différents modèles d'architectures sera menée.
Published: 2016
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18. Description, Implementation and Evaluation of an Affinity Clause for Task Directives

Author: Virouleau, Philippe, Roussel, Adrien, Broquedis, François, Gautier, Thierry, Rastello, Fabrice, Gratien, Jean-Marc, Compiler Optimization and Run-time Systems (CORSE), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire d'Informatique de Grenoble (LIG ), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Algorithms and Software Architectures for Distributed and HPC Platforms (AVALON), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de l'Informatique du Parallélisme (LIP), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), IFP Energies nouvelles (IFPEN), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)
Subjects: NUMA, task dependencies, OpenMP, affinity, runtime systems, [INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC]
Abstract: International audience; OpenMP 4.0 introduced dependent tasks, which give the programmer a way to express fine grain parallelism. Using appropriate OS support (such as NUMA libraries), the runtime can rely on the information in the depend clause to dynamically map the tasks to the architecture topology. Controlling data locality is one of the key factors to reach a high level of performance when targeting NUMA architectures. On this topic, OpenMP does not provide a lot of flexibility to the programmer yet, which lets the runtime decide where a task should be executed. In this paper, we present a class of applications which would benefit from having such a control and flexibility over tasks and data placement. We also propose our own interpretation of the new affinity clause for the task directive, which is being discussed by the OpenMP Architecture Review Board. This clause enables the programmer to give hints to the runtime about tasks placement during the program execution, which can be used to control the data mapping on the architecture. In our proposal, the programmer can express affinity between a task and the following resources: a thread, a NUMA node, and a data. We then present an implementation of this proposal in the Clang-3.8 compiler, and an implementation of the corresponding extensions in our OpenMP runtime LIBKOMP. Finally , we present a preliminary evaluation of this work running two task-based OpenMP kernels on a 192-core NUMA architecture, that shows noticeable improvements both in terms of performance and scalability.
Published: 2016

19. H1–nucleosome interactions and their functional implications

Author: Sharma, Abhishek Bharadwaj, Van Dyck, Eric, Razvi, Syed Shoeb, Hasan, Mohammed Nihal, Hassan, Mohammed, Moselhy, Said Salama, Abualnaja, Khalid Omer, Kumosani, Taha Abduallah, Halwani, Majed, Asami, Tadao, Shukla, Manu, Soueidan, Lama, Noirclerc-Savoye, Marjolaine, Le Roy, Aline, Omran, Ziad, Zamzami, Mazin, Al-Malki, Abdulrahman Labeed, Choudhry, Hani, Andronov, Leonid, Michalon, Jonathan, Orlov, Igor, Vonesch, Jean-Luc, Klaholz, Bruno, Richert, Ludovic, Ashraf, Waseem, Alhosin, Mahmoud, Zaayter, Liliyana, Ahmad, Tanveer, Mély, Yves, Mousli, Marc, Garcia-Saez, Isabel, Cutter, Amber, Reymer, Anna, Syed, Sajad, Tonchev, Ognyan, Crucifix, Corinne, Lavery, Richard, Hayes, Jeffrey, Petosa, Carlo, Ibrahim, Abdulkhaleg, Gras, Stéphanie Le, VELT, Amandine, Jost, Bernard, Bronner, Christian, Fromental-Ramain, Catherine, Ramain, Philippe, Ors, Aysegul, Favier, Bertrand, Dalkara, Defne, Ozturk, Mehmet, Naidenov, Mladen, Ramos, Lorrie, Shuaib, Muhammad, Syed, Sajad Hussain, Lone, Imtiaz Nizar, Boopathi, Ramachandran, Fontaine, Emeline, Papai, Gabor, Tachiwana, Hiroaki, Gautier, Thierry, Skoufias, Dimitrios, Padmanabhan, Kiran, Kurumizaka, Hitoshi, Schultz, Patrick, Charles Richard, John Lalith, Shukla, Manu Shubhdarshan, Menoni, Hervé, Lone, Imtiaz Nisar, Roulland, Yohan, Ben Simon, Elsa, Kundu, Tapas, Angelov, Dimitar, Latrick, Chrysa, Marek, Martin, Ouararhni, Khalid, Papin, Christophe, Stoll, Isabelle, Ignatyeva, Maria, Obri, Arnaud, Ennifar, Eric, Romier, Christophe, Bednar, Jan, Hamiche, Ali, Dimitrov, Stefan, Institute for Advanced Biosciences / Institut pour l'Avancée des Biosciences (Grenoble) (IAB), Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Etablissement français du sang - Auvergne-Rhône-Alpes (EFS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Laboratoire de Biologie Moléculaire de la Cellule (LBMC), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon, Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ), Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Institut de génétique et biologie moléculaire et cellulaire (IGBMC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Fonctions et dysfonctions épithéliales - UFC (EA 4267) (FDE), Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Laboratoire de Bioimagerie et Pathologies (UMR 7021), Université de Strasbourg (UNISTRA), Laboratoire de Biophotonique et Pharmacologie - UMR 7213 (LBP), Réseau nanophotonique et optique, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Bioimagerie et Pathologies (LBP), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie et chimie des protéines [Lyon] (IBCP), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institute for advanced biosciences, Uiversité de Lyon, Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de biochimie théorique [Paris] (LBT (UPR_9080)), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut de biologie physico-chimique (IBPC (FR_550)), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Santé de la vigne et qualité du vin (SVQV), Université Louis Pasteur - Strasbourg I-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre Léon Bérard [Lyon], Department of Medical Biology and Genetics, School of Medicine-Dokuz Eylul University, Institut d'oncologie/développement Albert Bonniot de Grenoble (INSERM U823), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-EFS-CHU Grenoble-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF), Institut cellule souche et cerveau (U846 Inserm - UCBL1), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris sciences et lettres (PSL), Synchronous programming for the trusted component-based engineering of embedded systems and mission-critical systems (ESPRESSO), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Waseda University, Molecular Biology and Genetics Unit [Bangalore, India] (Transcription and Disease Laboratory), Jawaharlal Nehru Centre for Advanced Scientific Research (JNCASR)-Indian Institute of Science, Biologie moléculaire et cellulaire de la différenciation, Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut Albert Bonniot-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de biologie moléculaire eucaryote (LBME), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre de Biologie Intégrative (CBI), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Architecture et réactivité de l'ARN (ARN), Université Louis Pasteur - Strasbourg I-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Spectrométrie Physique (LSP), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), INSERM U823, équipe 4 (Chromatine et Epigénétique), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-EFS-CHU Grenoble-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-EFS-CHU Grenoble-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA), Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang - Auvergne-Rhône-Alpes (EFS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Louis Pasteur - Strasbourg I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Réseau nanophotonique et optique, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de biologie physico-chimique (IBPC (FR_550)), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Strasbourg (UNISTRA), School of Medicine-Dokuz Eylül Üniversitesi = Dokuz Eylül University [Izmir] (DEÜ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre de Biologie Intégrative (CBI), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Chimie du CNRS (INC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang - Auvergne-Rhône-Alpes (EFS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Bioimagerie et Pathologie (LBP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de biologie physico-chimique (IBPC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Louis Pasteur - Strasbourg I, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut cellule souche et cerveau / Stem Cell and Brain Research Institute (SBRI), PSL Research University (PSL), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut de biologie physico-chimique (IBPC), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0301 basic medicine, Histone-modifying enzymes, Molecular Sequence Data, Biophysics, Biochemistry, Histones, 03 medical and health sciences, Structural Biology, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Genetics, Animals, Humans, Nucleosome, Histone code, Amino Acid Sequence, Molecular Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Chromatin Fiber, 030102 biochemistry & molecular biology, biology, Chromatin Assembly and Disassembly, Linker DNA, Nucleosomes, Chromatin, 030104 developmental biology, Histone, Gene Expression Regulation, Chromatosome, biology.protein
Abstract: Linker histones are three domain proteins and consist of a structured (globular) domain, flanked by two likely non-structured NH2- and COOH-termini. The binding of the linker histones to the nucleosome was characterized by different methods in solution. Apparently, the globular domain interacts with the linker DNA and the nucleosome dyad, while the binding of the large and rich in lysines COOH-terminus results in "closing" the linker DNA of the nucleosome and the formation of the "stem" structure. What is the mode of binding of the linker histones within the chromatin fiber remains still elusive. Nonetheless, it is clear that linker histones are essential for both the assembly and maintenance of the condensed chromatin fiber. Interestingly, linker histones are post-translationally modified and how this affects both their binding to chromatin and functions is now beginning to emerge. In addition, linker histones are highly mobile in vivo, but not in vitro. No explanation of this finding is reported for the moment. The higher mobility of the linker histones should, however, have strong impact on their function. Linker histones plays an important role in gene expression regulation and other chromatin related process and their function is predominantly regulated by their posttranslational modifications. However, the detailed mechanism how the linker histones do function remains still not well understood despite numerous efforts. Here we will summarize and analyze the data on the linker histone binding to the nucleosome and the chromatin fiber and will discuss its functional consequences.
Published: 2016
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20. Integration of polychrony and QGen model compiler

Author: Junke, Christophe, Gautier, Thierry, Talpin, Jean-Pierre, Besnard, Loic, Tim, Events and Architectures (TEA), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-LANGAGE ET GÉNIE LOGICIEL (IRISA-D4), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), PIA Corail, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Talpin, Jean-Pierre, CentraleSupélec-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-CentraleSupélec-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)
Subjects: [INFO]Computer Science [cs], [INFO] Computer Science [cs]
Abstract: International audience; We present the development of a model transformation tool between the synchronous Signal language and QGen model compiler’s intermediate language as well as an alternative block sequencing implementation for QGen which supports strict partial and total orders. We discuss our contributions and their possible applications in the field of reactive system design as well as some experiments
Published: 2016

21. Modular translation validation of a full-sized synchronous compiler using off-the-shelf verification tools (abstract)

Author: Ngo, Van Chan, Talpin, Jean-Pierre, Gautier, Thierry, Besnard, Loic, Le Guernic, Paul, Efficient STAtistical methods in SYstems of systems (ESTASYS), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-LANGAGE ET GÉNIE LOGICIEL (IRISA-D4), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), CentraleSupélec-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-CentraleSupélec-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Tim, Events and Architectures (TEA), Service Expérimentation et Développement (SED [Rennes]), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), ACM, ANR-10-BLAN-0310,VeriSync,Vérification formelle d'un générateur de code pour un langage synchrone(2010), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique
Subjects: [INFO.INFO-PL]Computer Science [cs]/Programming Languages [cs.PL], [INFO]Computer Science [cs], [INFO.INFO-ES]Computer Science [cs]/Embedded Systems
Abstract: International audience; The aim of this presentation is to demonstrate a scalable, modular, refinable methodology to design, assess and improve the trustability of an existing (20 years old), large (500k lines of C), open source (Eclipse/Polarsys IWG project POP) code generation suite using off-the-shelf, open-source, SAT/SMT verification tools (Yices), by adapting and optimizing the translation validation principle introduced by Pnueli et al. in 1998. This methodology results from the ANR project VERISYNC, in which we aimed at revisiting Pnueli's seminal work on translation validation using off-the-shelf, up-to-date, verification technology. In face of the enormous task at hand, the verification of a compiler infrastructure comprising around 500 000 lines of C code, we devised to narrow down and isolate the problem to the very data-structures manipulated by the infrastructure at the successive steps of code generation, in order to both optimize the whole verification process and make the implementation of a working prototype at all doable. Our presentation outlines the successive steps of this endeavour, from clock synthesis, static scheduling to target code production.
Published: 2015

22. Les salauds vont en enfer : pièce en 2 actes

Author: Dard, Fédéric, Galli, Hugues, Jeannerod, Dominique, Gautier, Thierry, Dard, Patrice, Pribile, Jean-François, Reymond, Gérard, Centre Pluridisciplinaire Textes et Cultures ( CPTC ), Université de Bourgogne ( UB ), Université de Bourgogne, CPTC, Centre Pluridisciplinaire Textes et Cultures (CPTC), and Université de Bourgogne (UB)
Subjects: [SHS.LITT] Humanities and Social Sciences/Literature, [SHS.LITT]Humanities and Social Sciences/Literature, Frédéric Dard -- Adaptations -- Histoire et critique, [ SHS.LITT ] Humanities and Social Sciences/Literature
Abstract: International audience; On connaît Frédéric Dard romancier, on connaît moins Frédéric Dard auteur dramatique, scénariste ou dialoguiste. L'auteur a pourtant écrit de nombreux textes pour le théâtre. Certaines pièces sont parues en livres ou dans des revues, mais la plupart d'entre elles ont été jouées sans que le texte fasse l'objet d'une publication. C'est le cas de la pièce 'Les salauds vont en enfer'. Montée au théâtre du Grand-Guignol à Paris en 1954 et mise en scène par Robert Hossein, cette pièce a connu un destin particulier car elle a fait l'objet de trois transpositions particulièrement intéressantes. Dès 1955, en effet, l'adaptation cinématographique est confiée à Robert Hossein et parallèlement sur les conseils de son éditeur, Frédéric Dard écrit l'adaptation romanesque de la pièce. Le roman sort en 1956 sous le même titre. En 1971, Abder Isker propose une dernière adaptation pour la télévision. La présente édition offre au lecteur un texte inédit, annoté et accompagné d'un dossier critique. Ce dernier présente l'œuvre dans son contexte et étudie ses différentes variantes dans le cadre de sa transmédialité
Published: 2015

23. Optimisation de l'utilisation du cache dans EUROPLEXUS

Author: Sridi, Marwa, Faucher, Vincent, Raffin, Bruno, Gautier, Thierry, PrograMming and scheduling design fOr Applications in Interactive Simulation (MOAIS), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire d'Informatique de Grenoble (LIG), Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Pascal Felber, Laurent Philippe, Etienne Riviere, Arnaud Tisserand, Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF), Laboratoire d'Informatique de Grenoble (LIG), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, and Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)
Subjects: [INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC]
Abstract: National audience; in this paper we propose a new data structure organization for EUROPLEXUS: a simulation code developed by the CEA and dedicated to the analysis of fast phenomena of fluids and structures. The approach we propose is built so that the data accessed by the processor operating on a portion of the calculation for a time step are as contiguous as possible. This new distribution will help to minimize the number of cache misses compared to that obtained with the current organization of the data structure. Studies have validated the performance gain achieved with the new organization in the case of large scale problems.; Dans cet article, nous proposons une nouvelle organisation de la structure de données d'EUROPLEXUS,un code de simulation en dynamique rapide des fluides et des structures développé par le CEA. Cette nouvelle organisation est construite de telle sorte que les données consultées par le processeur travaillant sur une partie du calcul pendant un pas de temps Ti soient le plus contigües possible afin qu'elles tiennent dans le cache de ce dernier. Cette nouvelle répartition nous permettra de minimiser le nombre de défauts de cache comparé à celui obtenu avec l'organisation actuelle de la structure de données. Les études de performance ont validé le gain réalisé avec la nouvelle organisation des données dans le cas des problèmes de grande taille.
Published: 2014

24. Logically timed specifications in the AADL : a synchronous model of computation and communication (recommendations to the SAE committee on AADL)

Author: Besnard, Loïc, Borde, Etienne, Dissaux, Pierre, Gautier, Thierry, Le Guernic, Paul, Talpin, Jean-Pierre, Service Expérimentation et Développement (SED [Rennes]), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Laboratoire Traitement et Communication de l'Information (LTCI), Télécom ParisTech-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Autonomic and Critical Embedded Systems (ACES), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Télécom Paris-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Télécom Paris, Département Informatique et Réseaux (INFRES), Télécom ParisTech, Ellidiss Technologies [Brest], Ellidiss Technologies, Tim, Events and Architectures (TEA), LANGAGE ET GÉNIE LOGICIEL (IRISA-D4), CentraleSupélec-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-CentraleSupélec-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, INRIA D2T, standardisation support program, INRIA, Telecom ParisTech, ELLIDISS, Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-LANGAGE ET GÉNIE LOGICIEL (IRISA-D4), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: embedded!system!design, [INFO.INFO-OH]Computer Science [cs]/Other [cs.OH], ACM: D.: Software/D.2: SOFTWARE ENGINEERING/D.2.4: Software/Program Verification, ACM: D.: Software/D.3: PROGRAMMING LANGUAGES/D.3.1: Formal Definitions and Theory, ACM: D.: Software/D.3: PROGRAMMING LANGUAGES/D.3.3: Language Constructs and Features, !formal!semantics!and!analysis, [INFO.INFO-SE]Computer Science [cs]/Software Engineering [cs.SE], ACM: D.: Software/D.2: SOFTWARE ENGINEERING/D.2.2: Design Tools and Techniques, [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, [INFO.INFO-CL]Computer Science [cs]/Computation and Language [cs.CL], ACM: D.: Software/D.2: SOFTWARE ENGINEERING, !synchronous!programming, [INFO.INFO-ES]Computer Science [cs]/Embedded Systems, ACM: D.: Software/D.2: SOFTWARE ENGINEERING/D.2.1: Requirements/Specifications, ACM: I.: Computing Methodologies, !SAE!standard!AADL!
Abstract: The purpose of this document is to provide an analysis of the SAE standard AADL (AS5506) and submit recommendations for equipping it with a synchronous model of computation and communication (MoCC). Our goal is to provide a framework that best fits the semantic and expressive capability of the AADL, and is designed in a way that requires as few conceptual, semantic, or syntactic extensions as possible, on either the standard or its existing annexes. Our approach consists of the definition of an algebraic framework in which time is formally defined from implicit or specified AADL concepts, such as events. Starting from these concepts, that constitute the synchronous core of the AADL, we define a formal design methodology to use the AADL in a way that supports formal analysis, verification and synthesis of timed properties. By putting forward synchrony and timing, we intend to define time starting from software and hardware events that incur synchronisation in an architecture specification. Synchronisation indeed is the fundamental artefact from which time can be sensed, in either software or hardware. Synchrony relates to that fundamental concept as a model of computation and communication, applicable to both software and hardware design. It puts emphasis on logical time, abstracted through synchronisation points, in order to break down computations into zero-time reactions and regard communications as instantaneous. While abstracting real time, synchronous logical time provides an algebraic framework in which both event-driven and time-triggered execution policies can be specified. Bridging the gap between system-level, logical, synchronous specifications and time-triggered, distributed, and dynamically scheduled real-time applications necessitates a refinement-based design methodology, which we additionally intend to outline, to support the applicability of the proposed concepts in system design. To support the formal presentation of our MoCC, we define a algebra of automata consisting of transition systems and logical timing constraints. We consider the behaviour annex (BA) as the mean to implement this model, together with the constraint annex (CA), as a mean to represent abstractions of behaviour annexes using clock constraints and regular expressions.; L'architecture logiciel d'un système embarqué est un artefact de conception de constituants hétérogènes au croisement de plusieurs points de vue: logiciel, matériel, physique. Le temps à une nature différente quand il est observé de ces points de vue différents : il est discret et évènementiel vu du logiciel, discret et périodique vu du matériel, et continu en physique. Il n'est pas surprenant que ce soit une notion commune à l'architecte d'un système, étant donné sa criticité, sa diversité, la difficulté de le maitriser. Pour compliquer les choses un peu plus, les formalismes de spécification et de programmation de haut-niveau utilisés pour spécifier ces systèmes altèrent significativement cette perception du temps. Dans un modèle physique, on simule le temps par des équations différentielles dont la résolution est discrète. Dans un modèle matériel, on représente les circuits par différents niveaux d'abstractions pour faire face à leur complexité: registre, transaction, système. Dans un modèle logiciel, on abstrait le temps par un modèle conceptuel de la concurrence, pas exemple synchrone. Délivrer un cadre mathématique, des outils de vérification et de synthèse, pour analyser, composer, orchestrer ces modèles serait d'une valeur inestimable pour l'architecte d'un système. L'architecte travaille en effet d'un point de vue ou' toutes les composantes d'un système: logiciel, intergiciel, matériel, environnement; doivent être analysés, profilés, évalués, composés, simulés et validés. L'objectif de ce document est de proposer un cadre méthodologique formel pour conduire le travail de l'architecte: l'exploration d'architecture et le prototypage virtuel de systèmes embarqués. Pour définir cette méthodologies, nous nous appuyons sur le standard AADL (architecture analysis description language) du consortium SAE, auquel nous recommandons la définition d'une annexe temporelle au standard.
Published: 2014

25. Polychronous Design of Real-Time Applications with Signal

Author: Gautier, Thierry, Le Guernic, Paul, Talpin, Jean-Pierre, and Gautier, Thierry
Subjects: ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, GeneralLiterature_MISCELLANEOUS, ComputingMethodologies_COMPUTERGRAPHICS, [INFO.INFO-ES] Computer Science [cs]/Embedded Systems
Abstract: This paper provides an introduction to the synchronous, multi-clocked, data-flow specification language Signal. The main operators are described and their use is illustrated through a few simple examples. Basic techniques for compiling Signal programs are outlined.
Published: 2008

26. Modeling multi-clocked data-flow programs using the Generic Modeling Environment

Author: Brunette, Christian, Talpin, Jean-Pierre, Besnard, Loïc, Gautier, Thierry, Synchronous programming for the trusted component-based engineering of embedded systems and mission-critical systems (ESPRESSO), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, and Gautier, Thierry
Subjects: Signal, GME, synchronous languages, model transformation, [INFO.INFO-ES]Computer Science [cs]/Embedded Systems, Metamodeling, [INFO.INFO-ES] Computer Science [cs]/Embedded Systems
Abstract: International audience; This paper presents Signal-Meta, the metamodel designed for the synchronous data-flow language Signal. It relies on the Generic Modeling Environment (GME), a configurable object-oriented toolkit that supports the creation of domain-specific modeling and program synthesis environments. The graphical description constitutes the base to build multi-clock environments, and a good front-end for the Polychrony platform. To complete this frontend, we develop a tool that transforms the graphical Signal-Meta specifications to the Signal code. This modeling paradigm constitutes a first work for generalizing the use of formal methods proposed by Polychrony.
Published: 2006

27. Toward Static Analysis of SIGNAL Programs using Interval Techniques

Author: Gamatié, Abdoulaye, Gautier, Thierry, Le Guernic, Paul, Contributions of the Data parallelism to real time (DART), Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille (LIFL), Université de Lille, Sciences et Technologies-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lille, Sciences Humaines et Sociales-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille, Sciences et Technologies-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lille, Sciences Humaines et Sociales-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Lille - Nord Europe, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Université de Lille, Sciences et Technologies-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lille, Sciences Humaines et Sociales-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Synchronous programming for the trusted component-based engineering of embedded systems and mission-critical systems (ESPRESSO), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Gautier, Thierry, Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique
Subjects: [INFO.INFO-ES]Computer Science [cs]/Embedded Systems, [INFO.INFO-ES] Computer Science [cs]/Embedded Systems
Abstract: International audience; This paper presents a work-in-progress aiming at improving the functional analysis of Signal programs. The usual adopted technique relies on abstractions. Typically, in order to check the presence or absence of variables in a program at some logical instants, the program is transformed into another program that reflects its clock information so that the presence or absence of each variable can be straightforwardly checked. Signal adopts a boolean abstraction for the static functional analysis of programs. This abstraction does not enable to fully reason on the values of non logical variables. Here, we propose a solution based on interval techniques in order to be able to deal with both logical and numerical parts of programs.
Published: 2006

28. Synchronous design of avionic applications based on model refinements

Author: Gamatié, Abdoulaye, Gautier, Thierry, Le Guernic, Paul, Contributions of the Data parallelism to real time (DART), Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille (LIFL), Université de Lille, Sciences et Technologies-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lille, Sciences Humaines et Sociales-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille, Sciences et Technologies-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lille, Sciences Humaines et Sociales-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Lille - Nord Europe, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Université de Lille, Sciences et Technologies-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lille, Sciences Humaines et Sociales-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Synchronous programming for the trusted component-based engineering of embedded systems and mission-critical systems (ESPRESSO), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Gautier, Thierry, Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique
Subjects: synchronous design, Integrated Modular Avionics, model refinement, [INFO.INFO-ES]Computer Science [cs]/Embedded Systems, ARINC, SIGNAL, [INFO.INFO-ES] Computer Science [cs]/Embedded Systems
Abstract: International audience; In this article, we address the design of avionic applications based on an approach, which relies on model refinement. This study is done within the synchronous framework, which has solid mathematical foundations enabling formal methods for specification, verification and analysis, transformations, etc. In the proposed approach, we first consider a functional description of a given application using the SIGNAL language. This description is independent of a specific implementation platform. Then, some transformations that fully preserve the semantics of manipulated SIGNAL programs are applied to the description such that a representation reflecting an integrated modular avionics architecture results.
Published: 2006

29. An Example of Synchronous Design of Embedded Real-Time Systems based on IMA

Author: Gamatié, Abdoulaye, Gautier, Thierry, Le Guernic, Paul, Contributions of the Data parallelism to real time (DART), Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille (LIFL), Université de Lille, Sciences et Technologies-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lille, Sciences Humaines et Sociales-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille, Sciences et Technologies-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lille, Sciences Humaines et Sociales-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Lille - Nord Europe, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Université de Lille, Sciences et Technologies-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lille, Sciences Humaines et Sociales-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Synchronous programming for the trusted component-based engineering of embedded systems and mission-critical systems (ESPRESSO), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Gautier, Thierry, Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique
Subjects: [INFO.INFO-ES]Computer Science [cs]/Embedded Systems, [INFO.INFO-ES] Computer Science [cs]/Embedded Systems
Abstract: International audience; We present a study on the design of embedded real-time systems in general, and avionic systems in particular. The synchronous language Signal is used to describe a real world avionic application based on the recent Integrated Modular Avionics concept (IMA). The exposed case study shows how the synchronous technology helps for a reliable and modular design of real-time systems. One major advantage of this technology is the availability of formal tools and techniques for verification and validation, which are important for safety-critical systems such as avionics systems.
Published: 2004

30. Evaluating SDVG translation validation: from Signal to C

Author: Ngo, van Chan, Talpin, Jean-Pierre, Gautier, Thierry, Le Guernic, Paul, Synchronous programming for the trusted component-based engineering of embedded systems and mission-critical systems (ESPRESSO), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), INRIA, ANR-10-BLAN-0310,VeriSync,Vérification formelle d'un générateur de code pour un langage synchrone(2010), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, and ANR-BLANC-SIMI-3-2010,VeriSync,Vérification formelle d'un générateur de code pour un langage synchrone(2010)
Subjects: [INFO.INFO-ES]Computer Science [cs]/Embedded Systems, Formal Verification, Translation Validation, Synchronous Programs, Certified Compiler, Value-Graphs
Abstract: In this work, we describe how the preservation of value-equivalence of variables can be proved based on translation validation of synchronous data-flow value-graphs. It focuses on proving that every output variables in the original program and their counterparts in the transformed program, the generated C code, have the same values. The computation of each output variable and its counterpart is represented by a formal representation, a shared value-graph. This graph deterministically represents the computation of the output in the original program and its counterpart in the transformed program, and the nodes for the common variables have been shared in the graph. Given a SDVG, support that we want to show that the two output variables have the same value. We simply need to check that they are represented by graphs which are rooted at the same graph node. We manage to make the check by normalizing SDVGs by some rewrite rules.; Dans ce travail, nous décrivons comment la préservation de la valeur d'équivalence de variables peut être prouvée sur la base de la translation validation de valeur-graphe synchrone. Il se concentre sur ce qui prouve que toutes les variables de sortie dans le programme d'origine et leurs correspondants dans le programme transformé, le code C généré, ont les mêmes valeurs. Le calcul de chaque variable de sortie et son correspondant est représentée par une représentation formelle, un valeur-graphe partagé. Ce graphique représente la façon déterministe le calcul de la sortie dans le programme d'origine et son équivalent dans le programme transformé, et les noeuds pour les variables communes ont été partagées dans le graphique. Étant donné un SDVG, soutenons que nous voulons montrer que les deux variables de sortie ont la même valeur. Nous avons simplement besoin de verifier qu'ils sont représentés par des graphiques qui sont enracinées dans le même noeud du graphe. Nous parvenons à faire le chèque en normalisant SDVGs par des règles de réécriture.
Published: 2014

31. Simulation de l'Accident de Dimensionnement du Confinement dans un réacteur de IVe génération avec une approche parallèle hybride dans EUROPLEXUS

Author: Faucher, Vincent, Gautier, Thierry, CEA-Direction des Energies (ex-Direction de l'Energie Nucléaire) (CEA-DES (ex-DEN)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), and CSMA
Subjects: calcul parallèle, transitoire accidentel, [PHYS.MECA]Physics [physics]/Mechanics [physics], interaction fluide-structure
Abstract: International audience; Cette contribution les derniers développements méthodologiques mis en œuvre dans le programme EUROPLEXUS pour la simulation de l'Accident de Dimensionnement du Confinement dans un réacteur de 4e génération. Cette simulation requiert des méthodes avancées en interaction fluide-structure avec interfaces et grands déplacements, ainsi qu'un environnement d'exécution parallèle efficace et extensible.
Published: 2013

32. VtkSMP: Task-based Parallel Operators for Accelerating VTK Filters

Author: Ettinger, Mathias, Broquedis, François, Gautier, Thierry, Ploix, Stéphane, Raffin, Bruno, PrograMming and scheduling design fOr Applications in Interactive Simulation (MOAIS), Laboratoire d'Informatique de Grenoble (LIG), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Simulation Neutronique, Technologies de l’Information et Calcul Scientifique (EDF R&D SINETICS), EDF R&D (EDF R&D), EDF (EDF)-EDF (EDF), INRIA, Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire d'Informatique de Grenoble (LIG), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF), and Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: ACM: I.: Computing Methodologies/I.3: COMPUTER GRAPHICS/I.3.1: Hardware Architecture/I.3.1.3: Parallel processing, ACM: D.: Software/D.1: PROGRAMMING TECHNIQUES/D.1.3: Concurrent Programming/D.1.3.1: Parallel programming, [INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], ACM: C.: Computer Systems Organization/C.1: PROCESSOR ARCHITECTURES/C.1.2: Multiple Data Stream Architectures (Multiprocessors)/C.1.2.5: Parallel processors
Abstract: NUMA nodes are potentially powerful but taking benefit of their capabilities is challenging due to their architecture (multiple computing cores, advanced memory hierarchy). They are nonetheless one of the key components to enable processing the ever growing amount of data produced by scientific simulations.In this paper we study the parallelization of patterns commonly used in VTK algorithms and propose a new multi-threaded plugin for VTK that eases the development of parallel multi-core VTK filters. We specifically focus on task-based approaches and show that with a limited code refactoring effort we can take advantage of NUMA node capabilities. We experiment our patterns on a transform filter, base isosurface extraction filter and a min/max tree accelerated isosurface extraction. We support 3 programming environ- ments, OpenMP, Intel TBB and X-KAAPI, and propose different algorithmic refinements according to the capabilities of the target environment. Results show that we can speed execution up to 30 times on a 48-core machine.; Les architectures NUMA multicœurs sont potentiellement très puissantes, mais les exploiter pleinement reste difficile étant donné leur complexité (grand nombre de cœurs, hiérarchie mémoire profonde). Un usage efficace des ces ressources est cependant impératif pour pouvoir traiter la masse toujours plus importante de données produites par les simulations numériques.Dans ce papier, nous étudions les différentes environnements de parallélisation qui ont été développés en visualisation scientifique, et tout particulièrement autour de la plateforme VTK. En complément des solutions existantes nous proposons une approche s’appuyant sur la programmation par tâches et le mécanisme d’équilibrage de charge par vol de tâches pour la parallélisation de filtres VTK. Nous expérimentons plusieurs schémas sur les filtres de transformation locale, d’extraction d’iso-surface directe et d’une version optimisée reposant sur une structure accélératrice arborescente de type min/max. Nous évaluons les performances avec 3 environnements, OpenMP, Intel TBB et X-KAAPI. Les résultats mon- trent que l’on peut obtenir des accélérations significatives sur une machine à 48 cœurs.
Published: 2013

33. Locality-Aware Work Stealing on Multi-CPU and Multi-GPU Architectures

Author: Gautier, Thierry, Ferreira Lima, Joao Vicente, Maillard, Nicolas, Raffin, Bruno, PrograMming and scheduling design fOr Applications in Interactive Simulation (MOAIS), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire d'Informatique de Grenoble (LIG), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF), Instituto de Informática da UFRGS (UFRGS), Universidade Federal do Rio Grande do Sul [Porto Alegre] (UFRGS), Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Informatique de Grenoble (LIG), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, and Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)
Subjects: [INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC]
Abstract: International audience; Most recent HPC platforms have heterogeneous nodes com- posed of a combination of multi-core CPUs and accelerators, like GPUs. Scheduling on such architectures relies on a static partitioning and cost model. In this paper, we present a locality-aware work stealing scheduler for multi-CPU and multi-GPU architectures, which relies on the XKaapi runtime system. We show performance results on two dense linear algebra kernels, Cholesky (POTRF) and LU (GETRF) factorization, to evaluate our scheduler on a heterogeneous architecture composed of two hexa-core CPUs and eight NVIDIA Fermi GPUs. Our experiments show that an online locality-aware scheduling achieve performance results as good as static strategies, and in most cases outperform them.
Published: 2013

34. XKaapi: A Runtime System for Data-flow Task Programming on Heterogenenous Architectures

Author: Gautier, Thierry, Lima, Joao, Maillard, Nicolas, Raffin, Bruno, Synchronous programming for the trusted component-based engineering of embedded systems and mission-critical systems (ESPRESSO), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Cardiovascular Imaging, Johns Hopkins University School of Medicine-The Johns Hopkins Hospital-Heart and Vascular Institute, Instituto de Informática da UFRGS (UFRGS), Universidade Federal do Rio Grande do Sul [Porto Alegre] (UFRGS), PrograMming and scheduling design fOr Applications in Interactive Simulation (MOAIS), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire d'Informatique de Grenoble (LIG), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Informatique de Grenoble (LIG), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, and Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)
Subjects: [INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2013

35. Modelling Statecharts and Activitycharts as Signal equations

Author: Beauvais, Jean-René, Rutten, Eric, Gautier, Thierry, Houdebine, Roland, Le Guernic, Paul, Tang, Yan-Mei, Environnement de programmation d'applications temps réel (EP-ATR), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-INRIA Rennes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Biped Robot (BIP), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-INRIA Rennes, and Gautier, Thierry
Subjects: Signal, languages, Statemate, behavioral modeling, synchronous languages, reactive systems, [INFO.INFO-ES]Computer Science [cs]/Embedded Systems, Statecharts, [INFO.INFO-ES] Computer Science [cs]/Embedded Systems
Abstract: International audience; The languages for modeling reactive systems are of different styles, like the imperative, state-based ones and the declarative, data-flow ones. They are adapted to different application domains. This paper, through the example of the languages Statecharts and Signal, shows a way to give a model of an imperative specification (Statecharts) in a declarative, equational one (Signal). This model constitutes a formal model of the Statemate semantics of Statecharts, upon which formal analysis techniques can be applied. Being a transformation from an imperative to a declarative structure, it involves the definition of generic models for the explicit management of state (in the case of control as well as of data). In order to obtain a structural construction of the model, a hierarchical and modular organization is proposed, including proper management and propagation of control along the hierarchy. The results presented here cover the essential features of Statecharts as well as of another language of Statemate: Activitycharts. As a translation, it makes multiformalism specification possible, and provides support for the integrated operation of the languages. The motivation lies also in the perspective of gaining access to the various formal analysis and implementation tools of the synchronous technology, using the DC exchange format, as in the Sacres programming environment.
Published: 2001

36. Formal verification of automatically generated C-code from polychronous data-flow equations

Author: Ngo, van Chan, Besnard, Loic, Gautier, Thierry, Le Guernic, Paul, Talpin, Jean-Pierre, Synchronous programming for the trusted component-based engineering of embedded systems and mission-critical systems (ESPRESSO), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), ANR-BLANC-SIMI-3-2010,VeriSync,Vérification formelle d'un générateur de code pour un langage synchrone(2010), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, and ANR-10-BLAN-0310,VeriSync,Vérification formelle d'un générateur de code pour un langage synchrone(2010)
Subjects: [INFO.INFO-ES]Computer Science [cs]/Embedded Systems
Abstract: International audience; Synchronous data-flow languages are used as design approaches in developing embedded and critical real-time systems in which synchronous programs are verified by applying formal verification. In a synchronous design approach, transformation and optimization are used to transform synchronous programs and generate general purpose executable code. The incorrectness of the transformations make the guarantees unable to carry over the transformed programs and the executable code. In this work, adopting the translation validation approach, we present an automated verification process to verify the correctness of the synchronous language compiler Signal transformations and code generation on the clock information.
Published: 2012

37. Translation Validation for Transformations on Abstract Clocks in Synchronous Languages

Author: Ngo, van Chan, Talpin, Jean-Pierre, Gautier, Thierry, Le Guernic, Paul, Synchronous programming for the trusted component-based engineering of embedded systems and mission-critical systems (ESPRESSO), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), INRIA, ANR-BLANC-SIMI-3-2010,VeriSync,Vérification formelle d'un générateur de code pour un langage synchrone(2010), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, and ANR-10-BLAN-0310,VeriSync,Vérification formelle d'un générateur de code pour un langage synchrone(2010)
Subjects: SMT solver, [INFO.INFO-ES]Computer Science [cs]/Embedded Systems, Synchronous Data-flow Languages, Formal Verification, Translation Validation, Certified Compiler
Abstract: Translation validation was introduced as a technique to formally verify the correctness of code generators that attempts to verify that program transformations preserve the semantics. In this work, we adopt this approach to formally verify that the clock semantics is preserved during the transformations of a synchronous data-flow compiler. We represent the clock semantics of a program and its transformed counterpart as first-order formulas which are called clock models. Then we introduce a refinement relation which expresses the preservation of clock semantics, as a relation on clock models. Our validator does not require any instrumentation or modification of the compiler, nor any rewriting of the source program.; Validation de la traduction a été présenté comme une technique permettant de vérifier formellement l'exactitude des générateurs de code qui tente de vérifier que les transformations de programmes préservent la sémantique. Dans ce travail, nous adoptons cette approche de vérifier formellement que la sémantique d'horloge sont conservés pendant les transformations d'un compilateur de flux de données synchrone. Nous représentons la sémantique d'horloge d'un programme et son homologue transformé les formules du premier ordre qui sont appelés modèles d'horloge. Ensuite, nous introduisons une relation de raffinement qui exprime la préservation de la sémantique de l'horloge, comme un rapport sur les modèles d'horloge. Notre validateur ne nécessite aucune instrumentation ou la modification du compilateur, ni aucune réécriture du programme source.
Published: 2012

38. XKaapi

Author: Gautier, Thierry, Lementec, Fabien, PrograMming and scheduling design fOr Applications in Interactive Simulation (MOAIS), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire d'Informatique de Grenoble (LIG), and Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)
Subjects: [INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience; no abstract
Published: 2012

39. XKaapi

Author: Gautier, Thierry, Lementec, Fabien, PrograMming and scheduling design fOr Applications in Interactive Simulation (MOAIS), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire d'Informatique de Grenoble (LIG), and Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience; no abstract
Published: 2012

40. Formal Verification of Synchronous Data-flow Compilers

Author: Ngo, van Chan, Talpin, Jean-Pierre, Gautier, Thierry, Le Guernic, Paul, Besnard, Loic, Synchronous programming for the trusted component-based engineering of embedded systems and mission-critical systems (ESPRESSO), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), INRIA, ANR-BLANC-SIMI-3-2010,VeriSync,Vérification formelle d'un générateur de code pour un langage synchrone(2010), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, and ANR-10-BLAN-0310,VeriSync,Vérification formelle d'un générateur de code pour un langage synchrone(2010)
Subjects: [INFO.INFO-ES]Computer Science [cs]/Embedded Systems, Validated Compiler, Formal Verification, Translation Validation, Synchronous Programs, Code Generator
Abstract: Synchronous data-flow languages have been used successfully for design and implementation of embedded and critical real-time systems. Synchronous language compilers compile programs to generate the executable code on particular platforms. To fulfill the high requirements of an efficient and reliable implementation, the correctness of the compilers must be guaranteed. This report aims at constructing a fully automated formal verification process to prove the correctness of a compiler for abstract clocks and clock relations (temporal constraints). We represent the source program and its compiled form (e.g. intermediate form, generated executable code) with polynomial dynamical systems and prove that the compiled form preserves the abstract clocks, and clock relations of the source program. In order to carry out this correctness proof, an appropriate relation called refinement and an automated proof method are provided. In this paper, the highly optimizing, industrial compiler from the widely used synchronous language SIGNAL to C is addressed.
Published: 2012

41. XKaapi

Author: Gautier, Thierry, Lementec, Fabien, PrograMming and scheduling design fOr Applications in Interactive Simulation (MOAIS), Laboratoire d'Informatique de Grenoble (LIG), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, and Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)
Subjects: [INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience; no abstract
Published: 2012

42. X-Kaapi C programming interface

Author: Le Mentec, Fabien, Danjean, Vincent, Gautier, Thierry, PrograMming and scheduling design fOr Applications in Interactive Simulation (MOAIS), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire d'Informatique de Grenoble (LIG), Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), INRIA, Laboratoire d'Informatique de Grenoble (LIG), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), and Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)
Subjects: parallel computing, X-Kaapi, ACM: D.: Software/D.1: PROGRAMMING TECHNIQUES/D.1.3: Concurrent Programming/D.1.3.1: Parallel programming, [INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC]
Abstract: This report defines the X-Kaapi C programming interface.; The rapport d ́ecrit l'interface de programmation C pour X- Kaapi.
Published: 2011

43. The X-Kaapi's Application Programming Interface. Part I: Data Flow Programming

Author: Le Mentec, Fabien, Gautier, Thierry, Danjean, Vincent, PrograMming and scheduling design fOr Applications in Interactive Simulation (MOAIS), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire d'Informatique de Grenoble (LIG), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF), INRIA, Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Informatique de Grenoble (LIG), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, and Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)
Subjects: data flow graph, parallel computing, scheduling, ACM: D.: Software/D.1: PROGRAMMING TECHNIQUES/D.1.3: Concurrent Programming/D.1.3.1: Parallel programming, [INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC]
Abstract: In this report, we present X-Kaapi's programming model. A X-Kaapi parallel program is a C or C++ sequential program with code annotation using #pragma compiler directives that allow to create tasks. A specific source to source compiler translates X-Kaapi directives to runtime calls.; Ce rapport présente le modèle de programmation X-Kaapi qui permet d'annonter un programme séquentiel écrit en C ou C++ par des directives de compilation #pragma afin de décrire simplement les tâches du programme. Un compilateur source à source génère un code qui permet, grâce au runtime X-Kaapi, d'extraire à l'exécution ce graphe de flot de données, y compris pour les programmes récursifs dont les tâches seront générées récursivement.
Published: 2011

44. Modélisation compositionnelle d'architectures GALS dans un modèle de calcul polychrone

Author: Ma, Yue, Gautier, Thierry, Talpin, Jean-Pierre, Le Guernic, Paul, Yu, Huafeng, Synchronous programming for the trusted component-based engineering of embedded systems and mission-critical systems (ESPRESSO), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, and Huafeng, Yu
Subjects: Signal, IMA, AADL, polychronous model, GALS, [INFO.INFO-ES]Computer Science [cs]/Embedded Systems, [INFO.INFO-MO] Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, simulation, [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, [INFO.INFO-ES] Computer Science [cs]/Embedded Systems
Abstract: AADL is dedicated to high-level design and evaluation of embedded systems. It allows describing both system structure and functional aspects via a component-based approach, e.g., GALS system. The polychronous model of computation stands out from other synchronous specification models by the fact that it allows one specifying a system whose components can have their own activation clocks. It is well adapted to support a GALS design methodology. Its framework Polychrony provides models and methods for modeling, transformation and validation of embedded systems. This paper proposes a methodology for modeling and validation of embedded systems specified in AADL via the multi-clock synchronous programming language Signal. This methodology includes system-level modeling via AADL, automatic transformations from the high-level AADL model to the polychronous model, code distribution, formal verification and simulation of the obtained polychronous model. Our transformation takes into account both the system architecture, particularly described in Integrated Modular Avionics (IMA), and functional aspects, e.g., software components implemented in the polychronous language Signal. AADL components are modeled into the polychronous MoC within the IMA architecture using a library of ARINC services. Distributed code generation is obtained with Polychrony. A case study illustrates our methodology for the reliable design of AADL applications., AADL est dédié à la conception de haut niveau et l'évaluation de systèmes embarqués. Il permet de décrire la structure d'un système et ses aspects fonctionnels par une approche à base de composants. Des processus localement synchrones sont alloués sur une architecture distribuée et communiquent de manière globalement asynchrone (système GALS). Une spécificité du modèle polychrone est qu'il permet de spécifier un système dont les composants peuvent avoir leur propre horloge d'activation : il est bien adapté à une méthodologie de conception GALS. Dans ce cadre, l'atelier Polychrony fournit des modèles et des méthodes pour la modélisation, la transformation et la validation de systèmes embarqués. Cet article propose une méthodologie pour la modélisation et la validation de systèmes embarqués spécifiés en AADL via le langage synchrone multi-horloge Signal. Cette méthodologie comprend la modélisation de niveau système en AADL, des transformations automatiques du modèle AADL vers le modèle polychrone, la distribution de code, la vérification formelle et la simulation du modèle polychrone. Notre transformation prend en compte l'architecture du système, décrite dans un cadre IMA, et les aspects fonctionnels, les composants logiciels pouvant être mis en œuvre en Signal. La génération de code distribué est obtenue avec Polychrony. Une étude de cas illustre notre méthodologie pour la conception fiable des applications AADL.
Published: 2011

45. X-KAAPI Fortran programming interface

Author: Gautier, Thierry, Lementec, Fabien, Faucher, Vincent, PrograMming and scheduling design fOr Applications in Interactive Simulation (MOAIS), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire d'Informatique de Grenoble (LIG), Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'études de DYNamique (DYN), Service d'Etudes Mécaniques et Thermiques (SEMT), Département de Modélisation des Systèmes et Structures (DM2S), CEA-Direction des Energies (ex-Direction de l'Energie Nucléaire) (CEA-DES (ex-DEN)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-CEA-Direction des Energies (ex-Direction de l'Energie Nucléaire) (CEA-DES (ex-DEN)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Département de Modélisation des Systèmes et Structures (DM2S), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, INRIA, CEA, and Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)
Subjects: InformationSystems_MODELSANDPRINCIPLES, Software_PROGRAMMINGLANGUAGES, [INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC]
Abstract: This report defines the X-Kaapi Fortran programming interface.; Ce rapport décrit l'interface Fortran du logical X-Kaapi.
Published: 2011

46. Polychronous Controller Synthesis from MARTE CCSL Timing Speciﬁcations

Author: Yu, Huafeng, Talpin, Jean-Pierre, Besnard, Loïc, Gautier, Thierry, Marchand, Hervé, Le Guernic, Paul, Synchronous programming for the trusted component-based engineering of embedded systems and mission-critical systems (ESPRESSO), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Verification models and techniques applied to testing and control of reactive systems (VERTECS), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, and Huafeng, Yu
Subjects: [INFO.INFO-FL]Computer Science [cs]/Formal Languages and Automata Theory [cs.FL], [INFO.INFO-SE] Computer Science [cs]/Software Engineering [cs.SE], [INFO.INFO-DC] Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], [INFO.INFO-ES]Computer Science [cs]/Embedded Systems, [INFO.INFO-SE]Computer Science [cs]/Software Engineering [cs.SE], [INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], [INFO.INFO-ES] Computer Science [cs]/Embedded Systems, [INFO.INFO-FL] Computer Science [cs]/Formal Languages and Automata Theory [cs.FL]
Abstract: International audience; The UML Profile for Modeling and Analysis of Real-Time and Embedded systems (MARTE) defines a mathematically expressive model of time, the Clock Constraint Specification Language (CCSL), to specify timed annotations on UML diagrams and thus provides them with formally defined timed interpretations. Thanks to its expressive capability, the CCSL allows for the specification of static and dynamic properties, of deterministic and non-deterministic behaviors, or of systems with multiple clock domains. Code generation from such multiclocked specifications (for the purpose of synthesizing a simulator, for instance) is known to be a difficult issue. We address it by using the approach of controller synthesis. In our framework, a timed CCSL specification is regarded as a property whose satisfaction should be enforced for any UML diagram carrying it as annotation. To do so, CCSL statements are first translated into dynamical polynomial systems. Such systems can be manipulated using the model-checker Sigali to synthesize an executable property (a controller) which enforces the satisfaction of the specified timing constraints on the UML diagram with which it is executed.
Published: 2011

47. Ranking de listas enlazadas en procesadores multicore

Author: Vegas, H., Prieto, Manuel, Garcia, C., Gautier, Thierry, Museu Nacl Hist Nat, Université de Lisbonne, PrograMming and scheduling design fOr Applications in Interactive Simulation (MOAIS), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire d'Informatique de Grenoble (LIG), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF), Laboratoire d'Informatique de Grenoble (LIG), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), and Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC]
Abstract: National audience; En este estudio hemos revisado la implementaci 'on de algoritmos paralelos para el ranking de listas enlazadas en procesadores multicore. Este tipo de algoritmos exhibe patrones de acceso a memoria fuertemente irregulares que no se benefician de los mecanismos agresivos que integran las arquitecturas actuales para ocultar los costosos accesos a memoria (caches, mecanismos de preb'usqueda, ...). Debido a esta caracter'ıstica intr'ınseca, el rendimiento de cualquier algoritmo para el ranking de listas esta limitado por los accesos a memoria no consecutivos. En los algoritmos paralelos los problemas de rendimiento se agravan ya que los patrones de acceso irregular suelen provocar mayor contenci'on por recursos compartidos y por lo tanto, continua siendo un importante desaf'ıo dise˜nar algoritmos eficientes para esta aplicaci 'on. Tras explorar distintas alternativas, nos hemos centrado en el algoritmo de Helman y J'aj'a. Como plataforma experimental hemos seleccionado un servidor de memoria compartida con dos procesadores Intel Westmere de seis cores. Se han analizado dos implementaciones, una de ellas siguiendo el modelo de ejecuci'on convencional fork-join soportado por el est'andar OpenMP, y otra que utiliza la librer'ıa TBB (Threading Building Blocks) de Intel, con la que es posible repartir trabajo utilizando work stealing. Como principal aportaci'on mostramos como es posible mejorar la implementaci'on est'andar de Helman y J'aj'a reduciendo el n'umero de accesos a memoria no consecutivos. Las mejoras son notables con ambos modelos, aunque son especialmente significativas para la versi'on basada en Intel TBB, cuya implementaci'on est'andar no consigue aceleraciones respecto al algoritmo secuencial. Palabras clave-- List Ranking, Helman y J'aj'a, Algoritmos irregulares, OpenMP, Intel TBB, Workstealing.
Published: 2011

48. Topic 9 Parallel and Distributed Algorithm: Introduction

Author: Manneback, Pierre, Gautier, Thierry, Rünger, Gudula, Prieto-Matias, Manuel, Pôle Technologie de l'Information, Université de Mons (UMons), PrograMming and scheduling design fOr Applications in Interactive Simulation (MOAIS), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire d'Informatique de Grenoble (LIG), Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Jeannot, Emmanuel and Namyst, Raymond and Roman, Jean, Laboratoire d'Informatique de Grenoble (LIG), Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), and Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (UPMF)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)
Subjects: [INFO.INFO-DC]Computer Science [cs]/Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience; no abstract
Published: 2011

49. San-Antonio et la culture française

Author: Rullier-Theuret, Françoise, Gautier, Thierry, Jeannerod, Dominique, Lagorgette, Dominique, Sens, Texte, Informatique, Histoire (STIH), Université Paris-Sorbonne (UP4), Queen's University [Belfast] (QUB), Langages, Littératures, Sociétés, Études Transfrontalières et Internationales (LLSETI), and Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])
Subjects: Calembour, [SHS.LITT]Humanities and Social Sciences/Literature, Dard Frédéric (1921-2000), San Antonio, Transgression -- Dans la littérature, Parodie -- dans la littérature
Abstract: International audience; San-Antonio, l'auteur français le plus lu du XXe siècle, a vu son oeuvre passer de l'état de bien culturel de grande consommation à celui d'une sorte de trésor national, monument littéraire et linguistique entretenu par une foule de thuriféraires. Plébiscité par les lecteurs, il a aussi retenu l'attention de l'université, séduit la critique et captivé les médias. Soixante ans après sa création et dix ans après la mort de l'auteur, la série de ses aventures continue et les rééditions se succèdent.Pourtant, sa place dans la culture française continue de faire débat. Au delà de son statut de phénomène d'édition, la mesure de son importance dans l'histoire culturelle de l'après guerre jusqu'à nos jours reste à prendre. En 1965, le premier colloque qui lui fut consacré, dirigé par R. Escarpit, l'abordait du point de vue d'une sociologie de la lecture, et en tant que représentant de la "culture de masse". Quarante-cinq ans plus tard, le colloque international qui s'est tenu à la Sorbonne du 18 au 20 mars 2010 envisage son oeuvre dans ses multiples rapports à la culture française, tant populaire que lettrée. Cet ouvrage rassemble les communications présentées dans ce cadre. Il montre à la fois comment San-Antonio est devenu un héros (contre-) culturel en France et une exception française à l'étranger, et comment la série se nourrit de références intertextuelles et parodiques, de Rabelais à Alphonse Allais, des anciens manuels de savoir-vivre à la littérature pornographique. Il donne ainsi une perspective dynamique sur ses origines et sur le contexte culturel dans lequel elle s'inscrit et sur lequel elle a à son tour influé, tout en rappelant à quels titres San-Antonio, Bérurier et les autres peuvent se targuer d'un caractère "épiquement français".SOMMAIRE :-*- Préface / Catherine Fromilhague et Françoise Rullier-Theuret -1- San -Antonio, un vrai faux populaire pour lecteur averti / Jacques Migozzi -2- "Chateaubriand du coq-à-l'âne" ou dernier grand écrivain du siècle : la réception de San-Antonio dans la presse / Dominique Jeannerod -3- Quels enjeux autour d'un fonds documentaire public consacré à San-Antonio? / Luc Savoyat -4- Y a-t-il une place pour San-Antonio dans les lectures féminines . / Gérard Reymond -5- Comment écrivait San-Antonio ? Essai d'analyse quantitative sur l'oeuvre remarquablement abondante de Monsieur Frédéric Dard dit San-Antonio / Pierre Grand-Dewyse -6- Les modifications et ajustements de texte dans les rééditions des San-Antonio / Serge Amoré -7- Le comique chez San-Antonio est-il traduisible ? Du français à l'espagnol / Pauline Largeteau -8- Harmonie culturelle et hommage à la nation française / Pierre Verdaguer -9- San-Antonio : autoportraits (technique mixte) / Richard Zrehen -10- San-Antonio : flic-écrivain ou écrivain qui joue avec un flic ? / Maxime Gillio -11- La "fine-équipe", grâces et disgrâces des personnages secondaires (Son alter ego, son alter mégot, son alter négro, son alter Antonio, son alter cabot et Mathias) / Françoise Rullier-Theuret -12- "C'est con de devenir un chef !" ou San-Antonio face aux autorités / Thierry Gautier -13- Stylé Béru / Violaine Géraud -14- La naissance du personnage de San-Antonio / Daniel Compère -15- Ma langue au chah (noir) : de Allais à San Antonio / Aude Laferrière -16- Les "pattes de mouches sodomisées". Image de la littérature chez San-Antonio. Attirance et transgression / Raymond Milesi -17- Racines dauphinoises et images intimes de Frédéric Dard à travers quelques romans de San-Antonio / Bernard Wagnon -18- San-Antonio roi du français populaire malgré lui / Johannes Westenfelder - 19- Le Standinge : p'tit pastiche (à l'apéro) ou grande leçon de savoir-vivre ? Une étude comparée / Florence Mercier -20- "L'Emasculée Contraception" ou le calembour absolu / Pierre Cahné -21- Démesure(s) rabelaisienne(s) et esprit gaulois chez San-Antonio / Xavier-Laurent Salvador -22- Enonciation grivoise, énonciation pornographique. Le cas San-Antonio / Dominique Maingueneau -23- Toute ma vie, je me suis fait une certaine idée de la France ... San Antonio aussi / Pascal Theuret -24- Chérinouchou : les mots doux dans la série San-Antonio, loukoum verbal et dénigrement / Dominique Lagorgette.
Published: 2010

50. A Synchronous Approach to Threaded Program Verification

Author: Johnson, Kenneth, Besnard, Loïc, Gautier, Thierry, Talpin, Jean-Pierre, Synchronous programming for the trusted component-based engineering of embedded systems and mission-critical systems (ESPRESSO), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), INRIA, ANR-06-SETI-0007,FOTOVP,Outils formels pour le prototypage virtuel des systèmes embarqués(2006), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique
Subjects: Signal, model generation, threads, [INFO.INFO-ES]Computer Science [cs]/Embedded Systems, polychrony, ComputerSystemsOrganization_PROCESSORARCHITECTURES, Software_PROGRAMMINGTECHNIQUES, model checking
Abstract: Modern systems involve a complex organization of computational processes sharing access to both processors and resources. The use of threads in programming provides a method in which lightweight processes may be given specific tasks that can be carried out either independently or in cooperation with other threads. The correct and efficient use of shared resources between threads relies on synchronisation methods, such as semaphores, mutexes, or events. Our work demonstrates a semi-automated method of translating threaded software to the synchronous programming language Signal in order to verify the correctness of thread synchronisations in the source code.
Published: 2010

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