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2. Clouds as atmospheric oases for microorganisms
- Author
-
Peguilhan, R., Rossi, F., Enault, F., Baray, J.-L., Deguillaume, L., Amato, P., Institut de Chimie de Clermont-Ferrand (ICCF), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Institut national polytechnique Clermont Auvergne (INP Clermont Auvergne), Université Clermont Auvergne (UCA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA), Laboratoire Magmas et Volcans (LMV), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement et la société-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Observatoire de Physique du Globe de Clermont-Ferrand (OPGC), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA), and Bonnefoy, Stéphanie
- Subjects
[CHIM] Chemical Sciences ,[CHIM]Chemical Sciences ,ComputingMilieux_MISCELLANEOUS - Abstract
International audience
- Published
- 2021
3. Distribution des bactéries à travers le cycle de l’eau des nuages aux précipitations
- Author
-
Peguilhan, R., Besaury, L., Rossi, F., Enault, F., Baray, J.-L., Deguillaume, L., Amato, P., Bonnefoy, Stéphanie, Institut de Chimie de Clermont-Ferrand (ICCF), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Institut national polytechnique Clermont Auvergne (INP Clermont Auvergne), Université Clermont Auvergne (UCA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA), Laboratoire Magmas et Volcans (LMV), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement et la société-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Observatoire de Physique du Globe de Clermont-Ferrand (OPGC), and Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA)
- Subjects
[CHIM] Chemical Sciences ,[CHIM]Chemical Sciences ,ComputingMilieux_MISCELLANEOUS - Abstract
International audience
- Published
- 2021
4. Développement d’un workflow pour l’analyse de données métagénomiques et métatranscriptomiques dans un contexte environnemental
- Author
-
Peguilhan, R., Rossi, F., Nasr, E., Batut, B., Deguillaume, L., Enault, F., Amato, P., Bonnefoy, Stéphanie, Institut de Chimie de Clermont-Ferrand (ICCF), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Institut national polytechnique Clermont Auvergne (INP Clermont Auvergne), Université Clermont Auvergne (UCA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Laboratoire de Météorologie Physique (LaMP), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA), Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA)
- Subjects
[CHIM] Chemical Sciences ,[CHIM]Chemical Sciences ,ComputingMilieux_MISCELLANEOUS - Abstract
International audience
- Published
- 2021
5. Metagenomic and metatranscriptomic analysis for the study of clouds and aerosols
- Author
-
Peguilhan, R., Rossi, F., Enault, F., Deguillaume, L., Amato, P., Bonnefoy, Stéphanie, Institut de Chimie de Clermont-Ferrand (ICCF), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Institut national polytechnique Clermont Auvergne (INP Clermont Auvergne), Université Clermont Auvergne (UCA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA), Laboratoire Magmas et Volcans (LMV), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement et la société-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Observatoire de Physique du Globe de Clermont-Ferrand (OPGC), and Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA)
- Subjects
[CHIM] Chemical Sciences ,[CHIM]Chemical Sciences ,ComputingMilieux_MISCELLANEOUS - Abstract
International audience
- Published
- 2021
6. Analysis of metagenomic data reveals common features of halophilic viral communities across continents
- Author
-
Simon Roux, Enault F, Ravet V, Colombet J, Bettarel Y, Jc, Auguet, Bouvier T, Lucas-Staat S, Vellet A, Prangishvili D, Forterre P, Debroas D, Sime-Ngando T, Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA), Ecologie des systèmes marins côtiers (Ecosym), Université Montpellier 1 (UM1)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), MARine Biodiversity Exploitation and Conservation (UMR MARBEC), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie Moléculaire du Gène chez les Extrêmophiles (BMGE), Institut Pasteur [Paris], Institut de génétique et microbiologie [Orsay] (IGM), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This study was funded by a programme grant (Archevir) fromthe French ‘Fondation pour la Recherche sur la Biodiversité’(FRB). We are grateful to Dr Jacques Panfili for his scientific advice and logistic support during our mission in Senegal. SRwas supported by a PhD grant from the French defenseprocurement agency (DGA, Direction Générale del’Armement)., Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP), Laboratoire de Mécanique et Technologie (LMT), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) - École normale supérieure - Cachan (ENS Cachan), Microorganismes : génome et environnement (LMGE), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP) - Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Montpellier 1 (UM1) - Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2) - Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER) - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD) - Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER) - Université de Montpellier (UM) - Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) - Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)
- Subjects
Evolutionary Biology ,Salinity ,Genome ,[SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM] ,Australia ,Chromosome Mapping ,Genetic Variation ,Genome, Viral ,Microbiology ,Senegal ,[SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology ,Spain ,[SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology ,Genetics ,Caudovirales ,Viral ,Metagenomics ,Infection ,Ponds ,ComputingMilieux_MISCELLANEOUS ,Biotechnology - Abstract
© 2016 Society for Applied Microbiology and John Wiley & Sons Ltd. Microbial communities from hypersaline ponds, dominated by halophilic archaea, are considered specific of such extreme conditions. The associated viral communities have accordingly been shown to display specific features, such as similar morphologies among different sites. However, little is known about the genetic diversity of these halophilic viral communities across the Earth. Here, we studied viral communities in hypersaline ponds sampled on the coast of Senegal (8-36% of salinity) using metagenomics approach, and compared them with hypersaline viromes from Australia and Spain. The specificity of hyperhalophilic viruses could first be demonstrated at a community scale, salinity being a strong discriminating factor between communities. For the major viral group detected in all samples (Caudovirales), only a limited number of halophilic Caudovirales clades were highlighted. These clades gather viruses from different continents and display consistent genetic composition, indicating that they represent related lineages with a worldwide distribution. Non-tailed hyperhalophilic viruses display a greater rate of gene transfer and recombination, with uncharacterized genes conserved across different kind of viruses and plasmids. Thus, hypersaline viral communities around the world appear to form a genetically consistent community that are likely to harbour new genes coding for enzymes specifically adapted to these environments.
- Published
- 2016
7. Metagenomic approach studying the taxonomic and functional diversity of the bacterial community in lakes
- Author
-
Debroas, D., Enault, F., Isabelle Jouan-Dufournel, Gisele Bronner, Jean-François Humbert, Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA), Biogéochimie et écologie des milieux continentaux (Bioemco), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroParisTech-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL), F.J. de Bruijn (Editeur), Frans J. de Bruijn, Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-AgroParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
- Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio] ,[SDE]Environmental Sciences ,[SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology ,ComputingMilieux_MISCELLANEOUS - Abstract
International audience
- Published
- 2011
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