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3 results on '"DONATO, Damien"'

1. Statistical methods for ecoviromics of rodent reservoirs of zoonoses in French Guiana

Author

Franc, Alain, Peyrard, Nathalie, Tirera, Sourakhata, de Thoisy, Benoit, Donato, Damien, Lavergne, Anne, Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology (PLEIADE), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRA), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut Pasteur de la Guyane, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Peyrard, Nathalie, Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, and Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRAE)

Subjects
[SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [MATH] Mathematics [math], [MATH]Mathematics [math], [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2020

2. Rodent-borne viruses in French Guiana

Author

Lavergne, Anne, Matheus, Séverine, Catzeflis, François, Donato, Damien, Lacoste, Vincent, De Thoisy, Benoit, Laboratoire des Interactions Virus-Hôtes [Cayenne, Guyane Française], Institut Pasteur de la Guyane, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Centre National de Référence pour les Arbovirus - Laboratoire de Virologie [Cayenne, Guyane française] (CNR - laboratoire associé), Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (UMR ISEM), École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226, and Université de Montpellier (UM)

Subjects
[SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, rongeurs, arenavirus, hantavirus, Guyane, zoonoses
Abstract

International audience; Les rongeurs sont décrits comme des réservoirs privilégiés de nombreuses zoonoses. Du fait de leurs fortes abondances, de leur dynamique et, pour plusieurs espèces, de leur capacité à coexister avec les populations humaines, les rongeurs jouent un rôle clé dans le maintien et la transmission de pathogènes. En Guyane, 36 espèces de rongeurs ont été recensées et sont présentes aussi bien en forêt primaire et secondaire qu’en savane et en zones urbaines. Certaines populations de rongeurs font face, aujourd’hui, à des perturbations de leurs habitats, du fait des pressions anthropiques. Ces perturbations engendrent des changements dans la dynamique des populations et des communautés pouvant avoir un impact sur la circulation et l’émergence des pathogènes. Nous avons récemment identifié des virus appartenant à deux familles virales, Bunyaviridae et Arenaviridae, chez leurs réservoirs potentiels ainsi que chez l’homme dans le cas des hantavirus (Bunyaviridae). De plus, la caractérisation des habitats les plus favorables des espèces réservoirs d’hantavirus a permis de mettre en évidence les zones à plus fort risque d’émergence. Le rôle des communautés de rongeurs doit maintenant être étudié afin de mieux appréhender les mécanismes d’émergence en milieu amazonien.

Published
2017

3. Human Herpesvirus 7 with Roseoloviruses Closely Related to African Great Apes Are Naturally Infected Supplemental material

Author

Lavergne, Anne, Donato, Damien, Gessain, Antoine, Niphuis, Henk, Nerrienet, Eric, Verschoor, Ernst J, Lacoste, Vincent, Laboratoire des Interactions Virus-Hôtes [Cayenne, Guyane Française], Institut Pasteur de la Guyane, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Epidémiologie et Physiopathologie des Virus Oncogènes (EPVO (UMR_3569 / U-Pasteur_3)), Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biomedical Primate Research Centre [Rijswijk] (BPRC), Centre Pasteur du Cameroun, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), This study benefited from European commission grant REGPOT-CT-2011-285837-STRonGer within the FP7 program, European Project: 285837,EC:FP7:REGPOT,FP7-REGPOT-2011-1,STRONGER(2011), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut Pasteur [Paris]

Subjects
MESH: Sequence Analysis, DNA, MESH: Molecular Sequence Data, viruses, MESH: DNA, Viral/chemistry, MESH: Roseolovirus/isolation & purification, MESH: Polymerase Chain Reaction, MESH: Africa, MESH: Roseolovirus/classification, MESH: Primate Diseases/virology, MESH: Cluster Analysis, MESH: Roseolovirus Infections/virology, MESH: Blood/virology, MESH: Genotype, MESH: Viral Proteins/genetics, MESH: Hominidae, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, MESH: Roseolovirus Infections/veterinary, MESH: DNA, Viral/genetics, MESH: Animals, MESH: Roseolovirus/genetics, MESH: Sequence Homology, MESH: Phylogeny
Abstract

International audience; Primates are naturally infected with herpesviruses. During the last 15 years, the search for homologues of human herpesvirusesin nonhuman primates allowed the identification of numerous viruses belonging to the different herpesvirus subfamilies andgenera. No simian homologue of human herpesvirus 7 (HHV7) has been reported to date. To investigate the putative existence ofHHV7-like viruses in African great apes, we applied the consensus-degenerate hybrid oligonucleotide primers (CODEHOP) program-mediated PCR strategy to blood DNA samples from the four common chimpanzee subspecies (Pan troglodytes verus, P. t.ellioti, P. t. troglodytes, and P. t. schweinfurthii), pygmy chimpanzees (Pan paniscus), as well as lowland gorillas (Gorilla gorillagorilla). This study led to the discovery of a novel roseolovirus close to HHV7 in each of these nonhuman primate species andsubspecies. Generation of the partial glycoprotein B (1,111-bp) and full-length DNA polymerase (3,036/3,042-bp) gene sequencesallowed the deciphering of their evolutionary relationships. Phylogenetic analyses revealed that HHV7 and its Africangreat ape homologues formed well-supported monophyletic lineages whose topological resemblance to the host phylogeny issuggestive of virus-host codivergence. Notably, the evolutionary branching points that separate HHV7 from African great apeherpesvirus 7 are remarkably congruent with the dates of divergence of their hosts. Our study shows that African great apes arehosts of human herpesvirus homologues, including HHV7 homologues, and that the latter, like other DNA viruses that establishpersistent infections, have cospeciated with their hosts.

Published
2014

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