1. Swab cloths as a tool for revealing environmental contamination by Q fever in ruminant farms
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Pauline Carrie, Séverine Barry, Elodie Rousset, Patrick Gasqui, Renée de Crémoux, Claire A.M. Becker, Didier Calavas, Emmanuelle Gilot-Fromont, Carole Sala, Elsa Jourdain, Anne Bronner, Jean-Baptiste Perrin, Kristel Gache, Unité Mixte de Recherche d'Épidémiologie des maladies Animales et zoonotiques (UMR EPIA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Université de Lyon, VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Unité Fièvre Animale Q (NRL Fièvre Q), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Laboratoire de Lyon [ANSES], Bureau de Santé Animale, DGAL, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Mycoplasmoses des Ruminants - UMR (MYCO), Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Fédération nationale des Groupements de Défense Sanitaire (GDS France), Institut de l'élevage, Inst Elevage, Unité Fièvre Animale Q (Fièvre Q), Laboratoire de Sophia Antipolis, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Université de Lyon-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut de l'élevage (IDELE), Épidémiologie des Maladies Animales et Zoonotiques - UMR 346 (EPIA), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de recherche d'Épidémiologie Animale (UEA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Montréal [Montréal], AFSSA Lyon, Unité Epidémiologie, Laboratoire de Lyon, Bureau de la Santé Animale, Direction Générale de l'Alimentation (DGAL), National animal health farmers’organisation, and GDS
- Subjects
Veterinary medicine ,Farms ,040301 veterinary sciences ,animal diseases ,Cattle Diseases ,Sheep Diseases ,Q fever ,Real-Time Polymerase Chain Reaction ,0403 veterinary science ,03 medical and health sciences ,Ruminant ,Pregnancy ,Zoonoses ,medicine ,Environmental Microbiology ,Small ruminant ,Animals ,Humans ,Epidemics ,ComputingMilieux_MISCELLANEOUS ,030304 developmental biology ,2. Zero hunger ,0303 health sciences ,Coxiella burnetii DNA ,Goat Diseases ,Sheep ,General Veterinary ,General Immunology and Microbiology ,biology ,Goats ,Outbreak ,Dust ,04 agricultural and veterinary sciences ,General Medicine ,Contamination ,bacterial infections and mycoses ,medicine.disease ,Coxiella burnetii ,biology.organism_classification ,Housing, Animal ,3. Good health ,Herd ,bacteria ,Cattle ,Female ,[SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology ,Q Fever - Abstract
Q fever is a zoonotic abortive disease of ruminants mostly transmitted by inhalation of aerosols contaminated by Coxiella burnetii. Clusters of cases or even epidemics regularly occur in humans but, to date, there is no consensus about the best way to carry out outbreak investigations in order to identify potential farms at risk. Although environmental samples might be useful during such investigations, there are few baseline data on the presence of C. burnetii in the environment of ruminant farms. We thus investigated dust samples from cattle, sheep and goat farm buildings in order to (a) estimate C. burnetii detection frequency and bacterial loads in the environment, and (b) determine whether this environmental contamination is associated with series of abortions attributed to Q fever. We considered 113 herds with a recent abortive episode potentially related (n = 60) or not (n = 53) to C. burnetii. Dust was sampled using a swab cloth and tested by a quantitative PCR method targeting the IS1111 gene. Coxiella burnetii DNA was detected on 9 of 50 cattle farms, 13 of 19 goat farms and 30 of 40 sheep farms. On 16 cloths, bacterial loads were higher than 108 genome equivalents, levels as high as in infectious materials such as placentas and aborted foetuses. Overall, the probability of detecting C. burnetii DNA was higher on small ruminant farms than cattle farms, in herds suspected of Q fever and in large herds. We conclude that swab cloths are a putative indicator of contamination of ruminant farms by C. burnetii.
- Published
- 2019