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2. Staphylococcus aureus infective endocarditis versus bacteremia strains: Subtle genetic differences at stake
- Author
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Bouchiat, Coralie, Moreau, Karen, Devillard, Sébastien, Rasigade, Jean-Philippe, Mosnier, Amandine, Geissmann, Thomas, Bes, Michèle, Tristan, Anne, Lina, Gérard, Laurent, Frédéric, Piroth, Lionel, Aissa, Nejla, Duval, Xavier, Le Moing, Vincent, Vandenesch, François, Study Group, French Virsta, Pathogénie des Staphylocoques – Staphylococcal Pathogenesis (StaPath), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de Reference des Staphylocoques, Université de Lyon, Laboratoire de Bacteriologie, BRON, Hospices Civils de Lyon (HCL), Ecologie et évolution des populations, Département écologie évolutive [LBBE], Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Immunologie de l'allergie cutanée et vaccination – Immunology of skin allergy and vaccination, Service de Maladies Infectieuses et Tropicales [CHU Dijon], Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), CIC Hôpital Bichat, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-UFR de Médecine-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Département Maladies Infectieuses et Tropicales, Hôpital Universitaire, Montpellier, France, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques er émergentes (TransVIHMI), Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-UFR de Médecine, Recherches Translationnelles sur le VIH et les maladies infectieuses endémiques et émergentes (TransVIHMI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Yaoundé I-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Herrada, Anthony
- Subjects
Genetic Markers ,Staphylococcus aureus ,Genotype ,Genetic Variation ,Reproducibility of Results ,DAPC ,Bacteremia ,Endocarditis, Bacterial ,Staphylococcal Infections ,Community-Acquired Infections ,Phenotype ,Genes, Bacterial ,[SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases ,[SDV.MHEP.MI] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases ,Humans ,Genetic distinction ,Infective endocarditis - Abstract
International audience; Infective endocarditis (IE)((1)) is a severe condition complicating 10-25% of Staphylococcus aureus bacteremia. Although host-related IE risk factors have been identified, the involvement of bacterial features in IE complication is still unclear. We characterized strictly defined IE and bacteremia isolates and searched for discriminant features. S. aureus isolates causing community-acquired, definite native-valve IE (n=72) and bacteremia (n=54) were collected prospectively as part of a French multicenter cohort. Phenotypic traits previously reported or hypothesized to be involved in staphylococcal IE pathogenesis were tested. In parallel, the genotypic profiles of all isolates, obtained by microarray, were analyzed by discriminant analysis of principal components (DAPC)((2)). No significant difference was observed between IE and bacteremia strains, regarding either phenotypic or genotypic univariate analyses. However, the multivariate statistical tool DAPC, applied on microarray data, segregated IE and bacteremia isolates: IE isolates were correctly reassigned as such in 80.6% of the cases (C-statistic 0.83, P
- Published
- 2015
3. Diagnostic Accuracy of Procalcitonin for Predicting Blood Culture Results in Patients With Suspected Bloodstream Infection
- Author
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Oussalah, Abderrahim, Ferrand, Janina, Filhine-Tresarrieu, Pierre, Aissa, Nejla, Aimone-Gastin, Isabelle, Namour, Fares, Garcia, Matthieu, Lozniewski, Alain, Guéant, Jean-Louis, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Nutrition-Génétique et Exposition aux Risques Environnementaux (NGERE), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lorraine (UL), Stress, Immunité, Pathogènes (SIMPA), Université de Lorraine (UL), and Service de Bactériologie [CHRU Nancy]
- Subjects
Community-acquired pneumonia ,Antibiotic-treatment ,Septic patients ,Bacteremia ,Metaanalysis ,bacterial infections and mycoses ,[SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology ,Sepsis ,parasitic diseases ,Critically-ill patients ,[SDV.IMM]Life Sciences [q-bio]/Immunology ,Therapy ,Emergency-department ,Patterns - Abstract
International audience; Previous studies have suggested that procalcitonin is a reliable marker for predicting bacteremia. However, these studies have had relatively small sample sizes or focused on a single clinical entity. The primary endpoint of this study was to investigate the diagnostic accuracy of procalcitonin for predicting or excluding clinically relevant pathogen categories in patients with suspected bloodstream infections. The secondary endpoint was to look for organisms significantly associated with internationally validated procalcitonin intervals. We performed a cross-sectional study that included 35,343 consecutive patients who underwent concomitant procalcitonin assays and blood cultures for suspected bloodstream infections. Biochemical and microbiological data were systematically collected in an electronic database and extracted for purposes of this study. Depending on blood culture results, patients were classified into 1 of the 5 following groups: negative blood culture, Gram-positive bacteremia, Gram-negative bacteremia, fungi, and potential contaminants found in blood cultures (PCBCs). The highest procalcitonin concentration was observed in patients with blood cultures growing Gram-negative bacteria (median 2.2ng/mL [IQR 0.6-12.2]), and the lowest procalcitonin concentration was observed in patients with negative blood cultures (median 0.3ng/mL [IQR 0.1-1.1]). With optimal thresholds ranging from 0.4 to 0.75ng/mL, procalcitonin had a high diagnostic accuracy for excluding all pathogen categories with the following negative predictive values: Gram-negative bacteria (98.9%) (including enterobacteria [99.2%], nonfermenting Gram-negative bacilli [99.7%], and anaerobic bacteria [99.9%]), Gram-positive bacteria (98.4%), and fungi (99.6%). A procalcitonin concentration 10ng/mL was associated with a high risk of Gram-negative (odds ratio 5.98; 95% CI, 5.20-6.88) or Gram-positive (odds ratio 3.64; 95% CI, 3.11-4.26) bacteremia but dramatically reduced the risk of PCBCs or fungemia. In this large real-life setting experience with more than 35,000 patients, procalcitonin was highly effective at excluding bloodstream infections regardless of pathogen categories. The results from our study are limited by its cross-sectional design and deserve to be validated in prospective longitudinal studies.
- Published
- 2015
4. Épidémiologie des souches d’entérobactéries productrices de BLSE isolées dans 18 hôpitaux français en 2012
- Author
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Robin, F., Aissa, Nejla, Bret, L., Brieu, N., Cattoir, Vincent, Chapuis, A., Lanotte, Philippe, Scheftel, J.M., Bonnet, R., Service de Bactériologie [CHU Clermont-Ferrand], CHU Gabriel Montpied [Clermont-Ferrand], CHU Clermont-Ferrand-CHU Clermont-Ferrand, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de Référence de la Résistance aux Antibiotiques (CNR), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Laboratoire de Bactériologie, Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-CHU Grenoble, Laboratoire de Bactériologie, CHU de Poitiers, Centre hospitalier universitaire de Poitiers (CHU Poitiers), Centre Hospitalier du Pays d'Aix, CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours (UT), Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours
- Subjects
[SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology ,Microbiology and Parasitology ,Microbiologie et Parasitologie ,ComputingMilieux_MISCELLANEOUS - Abstract
National audience
- Published
- 2013
Catalog
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