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Museus e Centros de Ciências são importantes espaços para a educação científica do público em geral. Os museus escolares são um tipo especial de museu que congrega desde a memória e o patrimônio institucional, até ações pedagógicas voltadas para o ensino. O Museu de História Natural do ISERJ, situado no Instituto Superior de Educação do Rio de Janeiro, é um exemplo de museu escolar que possui uma coleção de história natural e de materiais pedagógicos voltados para o ensino de ciência. O objetivo deste trabalho é verificar o papel desse museu escolar no ensino de ciência de maneira geral e, consequentemente, para a alfabetização científica. Nosso intuito foi analisar o sentido e impacto de um museu de ciências no interior de uma instituição formal de ensino, sendo usado, para tanto, metodologia de pesquisa qualitativa com ênfase na perspectiva histórica, através de um levantamento bibliográfico e documental do museu, desde a origem da coleção até sua relevância no ensino de ciência, bem como verificar seu sentido hoje em dia. Foi possível perceber que a criação do museu escolar do ISERJ estava inserida em uma política educacional mais ampla, que remonta ao final do século XIX, fundada na premissa de um ensino de ciência mais tangível. Apesar do pouco conhecimento e uso dos museus escolares, a sua existência pode ser uma excelente oportunidade para destacar ainda mais seus méritos e sua importância para o ensino de ciências.