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Dall’esame post-mortem di conigli allevati e macellati in Romagna e Veneto sono emersi quadri infiammatori renali di sospetta origine infettiva. 54 reni, appartenenti a 27 soggetti, mostravano lesioni di nefrite interstiziale acuta multifocale (26), acuta a focolai chiari sparsi (16), sub-acuta (6) e cronica con focolai retratti (6), rispettivamente classificate in 4 stadi (sI, sII, sIII, sIV). Tutti i reni e l’encefalo di 4 conigli con lesioni renali sI, sII, sIII sono stati sottoposti ad indagine istologica. L’esame microscopico confermava i quadri di nefrite tubulo-interstiziale con dilatazione/degenerazione dei tubuli e vari gradi di fibrosi. Accanto ai focolai, il metodo di Gram ed il blu di toluidina su sezioni semifini evidenziavano spore di microsporidi all’interno di vacuoli intracitoplasmatici. In particolare, le spore erano visibili in cellule di tubuli della midollare di reni con lesioni sI (1,85% di 54) ed sII (7,4 % di 54), nessuna in reni con lesioni sIII ed sIV. Focolai granulomatosi e di peri-vasculite apparivano in sezioni di SNC, mentre nel tratto bulbo-pontino di un caso si rilevava una vescicola contenente spore. L’indagine ultrastrutturale evidenziava nei vacuoli Encephalitozoon cuniculi in diversi stadi di sviluppo: meronte, sporonte, sporoblasto (lungo 2 μm con sezioni trasversali del tubo polare) e spore mature elettrondense. Tali osservazioni indicano la presenza di Encephalitozoon cuniculi in reni con lesioni sI, sII e talvolta in sezioni encefaliche di soggetti con lesioni renali sI/sIII. E. cuniculi causa l’encefalitozoonosi, importante zoonosi soprattutto in individui immunodepressi e già segnalata anche in conigli da compagnia.