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N-配糖体のコア構造中のManβ1-4GlcNAc結合を加水分解するエンド-β-マンノシダーゼ(EC3.1.2.152) が高等植物より見いだされた。我々は、最近、エンド-β-マンノシダーゼの精製、遺伝子クローニングに成功した。エンド-β-マンノシダーゼのオーソログ遺伝子は植物種のみからしか見いだせず、この酵素は植物に特異的な機能をもっていると考えられる。このエンドグリコシダーゼの基質特異性は、(Man)nManα1-6Manβ1-4GlcNAcβ1-4GlcNAc (n=0～2)のManβ1-4GlcNAc結合を加水分解するというユニークなものである。これらの基質はManα1-3Manβ結合を優先的に加水分解するタチナタマメα-マンノシダーゼ様酵素がハイマンノース型糖鎖に作用することによって生じる。つまり、植物細胞内でエンド-β-マンノシダーゼとタチナタマメα-マンノシダーゼ様酵素が協同的に働いてハイマンノース型糖鎖をN,N'-ジアセチルキトビオースにまで加水分解していると考えられる。また、このエンド-β-マンノシダーゼはトランスグリコシレーション活性を持ち、化学合成時に立体制御が困難なβ-マンノシドを形成することができる。

化学的に均一な糖鎖 (主に蛍光ラベルされた糖鎖) を用いたいくつかの糖鎖関連酵素の基質特異性解析は、酵素の生体内での基質を明らかにする。その解析により、酵素が加水分解部位あるいは糖転移部位のみならず、その部位からかなり離れた基質部分も認識する場合のあることが明らかになってきた。5糖、6糖、場合によっては10糖以上の単位で糖鎖を認識し、ある部分は厳密に、ある部分はあいまいに認識している。また基質特異性が相補的な酵素の組み合わせがあることも明らかになってきた。これらの一例を記述し、糖鎖関連酵素の厳密なそして寛容な広い領域の基質認識の生物学的意義について議論したい。