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Muestreos mensuales para el análisis de oxígeno disuelto, pH, nutrientes y pigmentos, fueron realizados en las aguas superficiales del río Manzanares durante un período de nueve meses (noviembre 1988-julio 1989), con la finalidad de determinar la distribución de los diferentes parámetros en función de la época del año y de la salinidad. La distribución y evolución del oxígeno disuelto y del pH ponen en evidencia la existencia de una elevada concentración de diferentes aportes externos al ecosistema. Los nitratos, en las aguas del río, se encuentran en concentraciones relativamente elevadas, mientras que la distribución del amonio y de los ortofosfatos señalan, para todo el período de estudio, la existencia de un aporte puntual en la parte alta del sistema. Los silicatos presentan altas concentraciones a nivel del agua dulce y su distribución es conservativa , con la excepción del mes de mayo cuando se observa una disminución de las concentraciones a lo largo del estuario. La elevada turbidez y el corto tiempo de residencia de las aguas son dos factores que limitan la producción fitoplanctónica y por consecuencia, el consumo de los elementos nutritivos en la zona alta e intermedia del ecosistema.