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Abstract: Purpose of the study: Hepatitis C virus genotyping is needed for treatment decision and monitoring. The results of a genotyping assay based on real-time PCR and TaqMan chemistry were compared with the results of NS5B region sequencing. Materials and methods: One hundred and two sera (genotypes 1–6) were tested. Amplification and detection of viral RNA were performed with the Abbott RealTime HCV Genotype II assay targeting 5′non-coded region (5′NC) for the identification of genotypes 1 to 6 and NS5B, for 1a and 1b subtypes detection. Sequencing of 5′NC fragment was used to resolve discrepant results. Results: No indeterminate results were obtained. Concordance with NS5B sequencing was 93% (95 on 102), 96% at the genotype level (98 on 102) and 93% for genotype 1 subtyping (40 on 43). Discordant genotyping results were a 2f subtype identified as 5, a 6a typed as 1, a 3a identified as a 1-3 co-infection and a 4r identified as a 1-4 co-infection. Discordant subtyping results were 2 1b subtypes only typed as 1 and a 1e identified as 1a. Conclusion: Abbott RealTime HCV Genotype II assay is a rapid, automated and simple to interpret method for HCV genotyping. It allows the detection of possible mixed infections which might have a negative impact on therapeutic response. However, the discrepant results found in this small series underline the need for assay optimization. [Copyright &y& Elsevier]

Abstract: We present a case of acute hepatitis C in an HIV infected patient. According to the findings of third-generation serological assays, 18 months after spontaneous recovery, anti-HCV specific antibodies were completely disappeared, leaving no trace of HCV infection. [Copyright &y& Elsevier]

Abstract: Purpose of the study: Very few is known on genotype II hepatitis A virus (HAV) since it is rarely isolated. From 2002 to 2007, the French observatory of HAV identified six sub-genotype IIA strains of which one from a patient having travelled to West Africa. To investigate the possible African origin of sub-genotype IIA, we determined its prevalence among French travellers in 2008 and characterised its genetic variability. Patients and methods: The 2008 mandatory notification records were screened for travel to Africa. Viral genotype was determined on the nucleotide sequencing of the VP1/2A junction region. The P1 region coding for capsid proteins was used to compare the genetic diversity of IIA isolates to those of other genotypes. Results: In 2008, five out of 54 patients returning from West Africa were infected by IIA strains and an additional “autochthonous” case was identified. Two more African cases were identified in 2009. A total of 14 IIA isolates (eight African and six “autochthonous”) were analysed. Nucleotide and amino-acid variability of IIA sequences was lower than that of the other genotypes. Phylogenetic analysis revealed the clustering of two “autochthonous” cases with African isolates whereas the other ones belonged to a different lineage. Conclusion: Most IIA strains isolated in France are imported by travellers returning from West Africa. However, the unexplained contamination mode of some “autochthonous” cases suggests another geographical origin to discover or a French reservoir to explore. [Copyright &y& Elsevier]

Abstract: The serological diagnosis hepatitis B (HBV) infections relies mainly on the detection of the small surface antigen (HBsAg). Immuno-enzymatic assays use antibodies directed against epitopes of the major hydrophilic region, in particular against a determinant. Genetic variants have been detected in vaccinated children, liver transplanted patients receiving anti-HBs immunoprophylaxis and chronic carriers with an occult infection (negative HBsAg). Substitutions in this region can induce conformational changes abolishing some diagnostic antibodies binding leading to false negative results. To estimate the prevalence of such substitutions, we studied 55 sequences of the gene S obtained between 2002 and 2004, carried out mainly in the search of changes of resistance to the lamivudine. The polymorphism of the major hydrophilic region (positions 102 to 169) was studied using Mutation Master software. Each sequence was compared with a consensus sequence of the same genotype. Genotype distribution is as follows: D, 40%; With, 20%; C, 16%; B, 11%; E, 9%; F, 2% and G, 2%. Changes I195 M and W196L, reflecting lamivudine resistance are present among 18 patients (33%). Substitutions of the major absorbent area are found among 31 patients (56%), of which a third associated with resistance mutations. The most frequent substitutions involved the following amino-acids: F/Y134 (7/31), M133 (6/31), D144 (6/31) and G145 (6/31). These two latter are known to be associated anti-HBs immunoglobulins or vaccine escape. BLOSUM scores are indicative of substitutions inducing important changes of physicochemical properties in 16 patients (29%). Such substitutions could thus potentially alter the binding of antibodies used in diagnostic assays. In conclusion, changes of the major hydrophilic loop of HBs antigen are not rare and could have an important implications for transfusion safety and diagnostic reliability. [Copyright &y& Elsevier]

The prognosis of HIV infection has been modified by antiretroviral therapy. However, the morbidity and the mortality of HCV co-infection increase and may be a major problem of health service. Up to now co-infected patients are excluded of transplantation due to complexity, the ethical aspects, the immunodeficiency and the co-infection. This study tries to estimate the feasibility in this population. Between December 1999 and March 2002, seven patients were transplanted. The average of CD4 was 332/ml; the viral load was <50 copies/ml. Before transplantation, no patient had experienced opportunist infection and all patients received antiretroviral therapy adapted to their history. The average follow-up is of 14 months: one patient died 3 months after transplantation, the other one presented a candida in oesophagus, the average of CD4 was 280/ml, and viral load was <50 copies/ml in five patients. A relapse of HVC was observed in all patients. Interferon/rivabirine therapy was proposed for four patients. Every patient received tacrolimus and corticoids. HAART were modified four times for toxicity and one time for virological failure. We observed two cases of transient renal insufficiency, two cases of diabetes, two cases of pancreatitis, and abnormalities of the respiratory mitochondrial chain in four patients. Finally, liver transplantation in HIV–HCV co-infected patients seems to be feasible when strict criteria of selection are taken into account. This still experimental strategy requires a multidisciplinary partnership. [Copyright &y& Elsevier]

Introduction et objectifs: Évaluer la pertinence des prescriptions des fluoroquinolones (FQ), de la pipéracilline-tazobactam (TZP), de l’imipénème (IPM), de la vancomycine (VA) et du linézolide (LZD) dans les services de médecine, maladies infectieuses et onco-hématologie de l’hôpital Paul Brousse. Matériels et méthodes: Pendant trois mois, tous les patients traités par FQ, TZP, IPM, VA ou LZD, dans ces 3 services ont été inclus dans l’étude. Les prescriptions et le dossier patient ont été analysés par un groupe d’experts. Les référentiels utilises étaient : le guide de bonne pratique de prescription des antibiotiques de l’hôpital Paul Brousse et les recommandations professionnelles de l’HAS 2008. L’évaluation portait sur la pertinence des indications de prescription, choix de la molécule, respect des posologies, réévaluation à 72 h et durée de traitement. Résultats: 181 prescriptions correspondant à 159 patients ont été analysées. La prescription des antibiotiques était conforme dans 80,7 % des cas, adaptée au germe dans 100 % des cas et avec des posologies conformes dans 100 % des cas. La réévaluation antibiotique à 72 heures était inscrite dans le dossier dans 34,6 % des cas. Une désescalade était réalisée dans 67,5 % des cas, sur documentation bactériologique. La poursuite d’une antibiothérapie probabiliste au-delà de 3-4 jours était motivée pour 62,1 % des cas. La durée dépassait une semaine sans justification dans 25 % des cas. Conclusion: La diffusion du guide de bonne pratique en antibiothérapie en 2007 et les consultations du référent antibiotique ont amélioré la pertinence des prescriptions des antibiotiques à large spectre. La mise en place d’une consultation mobile d’antibiothérapie pourrait aider à une plus juste prescription des antibiotiques. [Copyright &y& Elsevier]

Introduction et objectifs: Alerte : Quatre cas groupés d’hépatite A, 3 soignants et une patiente, ont été diagnostiqués dans un service hospitalier entre le 16 et le 20/01/08. Le diagnostic a été confirmé par la présence d’IgM anti-VHA. Une investigation a été menée pour identifier la source de l’infection. Matériels et méthodes: L’enquête a envisagé le risque de transmission alimentaire et le risque de transmission par contact : gestion des excrétas, revue des dossiers cliniques des patients hospitalisés dans le service dans le mois précédant les signes cliniques des cas (période d’incubation). Les sérums ont été adressés au Centre National de Référence pour typage des souches (analyse de la région VP1/2A) et mesure de l’avidité des IgG anti-VHA. Résultats: Lors de l’enquête, qui a écarté la contamination d’origine alimentaire, 2 cas supplémentaires ont été identifiés : un agent de la blanchisserie le 01/02/08 et une technicienne de laboratoire le 23/02/2008. Les 6 cas étaient infectés par une même souche de génotype IA. Sur les 87 dossiers revus, un patient a présenté une cytolyse du 4/12/07 au 13/01/08. Le diagnostic d’hépatite A a été porté rétrospectivement sur la présence d’IgM anti-VHA dans un sérum du 07/02/2008 dans lequel une souche identique à celle des 6 autres cas a été identifiée. Une avidité des IgG anti-VHA à 81 % suggérait une infection évoluant depuis plus de 2 mois, résultat cohérent avec la date de début de la cytolyse. Ce patient a été hospitalisé dans le service du 12/12/07 au 12/02/08 après un séjour de 15 jours en réanimation suite à une noyade. Conclusion: L’enquête a noté des locaux vétustes, l’absence de supports muraux pour solution hydro-alcoolique, le rinçage des bassins à la douchette, un souseffectif en personnel avec des patients très dépendants, contexte favorisant la transmission directe et indirecte du virus de l’hépatite A. [Copyright &y& Elsevier]

Introduction. Objectifs: Montrer comment une souche de VHA identifiée a diffusé en France. Matériel et méthodes: Ces données sont issues de la confrontation de données épidémiologiques (enquête pratiquées autour de cas groupés, déclaration obligatoire…) et du génotypage de la souche effectué au Centre National de Référence (CNR). Résultats: En octobre 2004 une épidémie survient dans l’école d’un village d’Auvergne. Une investigation est pratiquée comportant notamment des prélèvements salivaires. 25 cas sont diagnostiqués et une vaccination des enfants et de leur famille est pratiquée ; l’épidémie s’éteint (décembre 2004). La souche est isolée : son génotypage détermine une souche 3A, nouvelle en France ; la même souche a été isolée chez un habitant du même village hospitalisé pour ictère quelques mois plus tôt à son retour de Madagascar. De nouveaux cas surviennent dans le Puy-de-Dôme, l’Allier, la Haute-Vienne, puis dans l’Indre mais aussi l’Ariège et les Pyrénées Orientales. Deux épidémies importantes sont investiguées : une dans l’Indre en 2005-6 (23 cas), l’autre dans le Puy-de-Dôme (83 cas en 2006) : elles affectent surtout des enfants de moins de 15 ans de familles semi-nomades ; des mesures sanitaires sont prises et une vaccination des plus jeunes est pratiquée. La même souche de génotype 3A est en cause (homologie de 100 % de la séquence étudiée). Par la suite, des cas groupés impliquant des gens du voyage sont déclarés sur tout le territoire national métropolitain ; l’épidémie de l’été 2007 dans les Côtes d’Armor est due aussi à cette souche. De 2006 à 2008 plus de 25 % des souches identifiées au CNR ont ce génotype : il est plus souvent associé à des épidémies que les autres génotypes. Conclusion: Dans notre pays, le succès de telles souches provenant d’un pays de haute endémicité a conduit le Comité Technique des Vaccinations à réaffirmer l’importance de la vaccination des voyageurs et à recommander, lors de la survenue d’un cas dans une communauté vivant dans des conditions précaires, une vaccination large des sujets exposés. [Copyright &y& Elsevier]

Introduction et objectifs: L’hépatite aiguë A (HA) est une maladie à déclaration obligatoire (DO). Cette étude décrit les caractéristiques épidémiologiques des enfants adoptés souffrant d’HA, déclarés en 2008, et de celles de leur entourage et documente la transmission du virus HA à partir d’enfants adoptés. Matériels et méthodes: La DO recueille : âge, sexe, symptômes, ictère, expositions à risque dans les 2 à 6 semaines avant diagnostic (cas dans l’entourage, séjour hors métropole, consommation de fruits de mer). La notion d’adoption non recueillie en routine peut être signalée par le déclarant. Les sérums ont été adressés au CNR VHA pour typage des souches et mesure de l’avidité des IgG anti-VHA. Résultats: Parmi les 1 179 cas HA, 26 (2 %) étaient 13 enfants adoptés (international) et 13 personnes de leur entourage. Les 13 enfants (8 garçons, 5 filles, âge moyen 1,5 ans) ont été adoptés par 11 familles. Onze enfants étaient originaires d’Éthiopie, 2 d’Haïti. Les 13 personnes de l’entourage avaient un âge médian de 34 ans [3-40], 7 étaient des femmes. Une personne avait séjourné en Éthiopie. Soixante pour cent des adoptés et 9 % des cas de l’entourage étaient asymptomatiques. Les 13 cas dans l’entourage (8 chez les parents adoptifs, 2 dans la fratrie, 3 dans l’entourage non familial) sont survenus dans 5 des 11 familles. Un même génotype IB a été détecté pour les 8 patients virémiques (cas entourage) parmi les 11 patients analysés. Conclusion: En France, pays d’incidence faible pour l’HA, l’adoption d’enfants très jeunes, le plus souvent asymptomatiques et originaires de pays de haute d’endémicité peut parfois être à l’origine de cas groupés. Une information des familles sur la prévention anti-HA devrait être recommandée mais aussi sur les autres maladies à transmission fécale (shigellose, salmonellose). [Copyright &y& Elsevier]

Objectifs: Évaluer les motifs d’ablation, la fréquence des complications des CCI et les critères de diagnostic cliniques et microbiologiques d’infection. Méthodologie: Analyse rétrospective sur une période de 1 an (2007) des dossiers cliniques et microbiologiques des patients traités dans notre hôpital dont le CCI a été retiré. L’infection sur CCI a été établie à partir de données cliniques et/ou microbiologiques : culture positive d’au moins un des éléments du CCI suivant : chambre, liquide de rinçage, extrémité du cathéter avec un seuil à 103 UFC/ml ou bactériémie liée au CCI. Résultats: 152 ablations de CCI ont été analysées, représentant 150 patients (âge = 61 ans ± 12 ans, 99,3 % de cancers) et 49 337 jours de cathétérisme (JC). 79 (52 %) CCI ont été enlevés pour infection, 73 (48 %) pour une cause non infectieuse dont fin de traitement 55 (36 %). Parmi les 79 CCI enlevés pour infection, 47 (59,5 % -0,95/1 000 JC) patients avaient au moins un critère microbiologique d’infection : 34 avaient une culture positive pour au moins un élément de la chambre (seuil 103 UFC/ml) dont 19 associées à une bactériémie ; 13 ont eu une bactériémie liée au CCI (CCI cultures négatives). 32 (40,5 %) n’avaient aucun critère microbiologique d’infection. Les bactéries retrouvées étaient : entérobactéries (n = 16), Pseudomonas aeruginosa (n = 8), A. baumannii (n = 1), staphylocoque à coagulase négative (n = 14), S. aureus (n = 7), streptocoque (n = 1), E. faecium (n = 1), levures (n = 1). Conclusion: La moitié des CCI étaient enlevées pour une complication infectieuse. Cette infection était avérée dans 30 % des cas. Une concertation pluridisciplinaire pourrait contribuer à améliorer la décision d’ablation des CCI. [Copyright &y& Elsevier]