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Summary: Head and neck cancer is frequent worldwide and oropharyngeal locations are presently sharply on the increase, in relation with an increasing incidence of oropharyngeal infection by oncogenic type-16 human papillomavirus (HPV). The clinical and biologic profile of these patients is distinct from that of other oropharyngeal carcinoma patients, with earlier onset, cystic cervical nodes and basaloid carcinoma histopathology. Detection of intratumoral viral DNA is essential to confirm the role of HPV, and E6/E7 mRNA expression is the most relevant indicator for stratification. Several methods can reveal intratumoral oncogenic HPV DNA, but PCR with hybridization is the most sensitive and most widely used. According to several reports, prognosis in terms of survival and locoregional control is better in HPV-positive oropharyngeal carcinoma than in oropharyngeal carcinoma associated with smoking and alcohol consumption. The future lies in vaccination, but further studies will determine whether the rate of oropharyngeal carcinoma falls in women vaccinated against cervical cancer. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Les HSH ont fréquemment des IST des sites extragénitaux conduisant à pratiquer systématiquement des prélèvements au niveau pharyngé, anal et urinaire dans cette population, générant des coûts élevés. L'objectif de cette étude est d'évaluer les performances de la détection de CT , Ng et Mg dans des prélèvements poolés (pharynx, rectum, urines) par comparaison à la même détection dans des prélèvements non poolés en utilisant une PCR multiplex. Il s'agit d'une étude prospective multicentrique. Les patients inclus sont des HSH majeurs consultant dans un CeGIDD. Un prélèvement pharyngé, anal, ainsi qu'un recueil du premier jet d'urine est réalisé. Une PCR est effectuée dans chaque centre à la recherche de Ct, Ng ± Mg. Si un des sites est positif, 3 nouveaux prélèvements sont effectués et centralisés pour réaliser une PCR multiplex (Allplex TM STI essential, Seegene) sur les prélèvements non poolés et poolés au laboratoire. Une recherche de résistance aux macrolides est effectuée pour les Mg détectés (PCR S-DiaMGRes TM, Diagenode ± séquençage). Cent dix patients sont actuellement inclus. L'âge moyen est de 36 ans (18–65), il s'agit le plus souvent de patients asymptomatiques (84,2 %, 80/95). Ils sont le plus souvent infectés par un seul des 3 germes (73 %, 80/110) et au niveau d'un seul site (64,5 %, 73/110). Le site le plus souvent atteint est ano-rectal (2/3 des cas) et dans 61,6 % des cas (45/73), il n'y a pas d'infection des autres sites. Les patients ayant une localisation pharyngée n'ont pas d'autre localisation dans la moitié des cas (51,2 %, 21/40). Une résistance aux macrolides a été détectée pour 78 % (18/25) des Mg avec des différences en fonction des sites chez un même patient. Concernant les résultats de la PCR multiplex réalisée à partir des prélèvements isolés versus poolés, la concordance globale est de 95,5 % (105/110). La sensibilité de la PCR réalisée sur les pools est de 94,2 % (50/53) pour Ct, 98,2 % (56/57) pour Ng, 96,4 % (27/28) pour Mg. Il n'y a pas d'impact en fonction du site : 95,1 % (39/41) pour le pharynx, 97,2 % pour l'anus (71/73), 96,2 % pour l'urine (25/26). La spécificité est de 100 %. Les cas discordants correspondent à des patients ayant une très faible quantité de germes détectables dans un des 3 sites. Notre étude montre que le poolage des prélèvements urinaires, pharyngés et rectaux pour un même patient peut être utilisé pour détecter CT , Ng et Mg par PCR en temps réel et rappelle l'importance de prélever aux niveaux des différents sites et de détecter la résistance aux macrolides des Mg. Le dépoolage peut être réalisé seulement en cas de positivité afin de préciser le ou les sites infectés. Cette pratique permet une réduction significative des coûts. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Background: Merkel cell carcinoma (MCC) can present as a cutaneous tumor or a lymph node metastasis without a primary tumor. MCC presenting without a primary tumor (MCCWOPT) can be misinterpreted on histologic examination as lymph node metastasis (LNM) from another neuroendocrine carcinoma (LNMNEC). However, this distinction is crucial for therapeutic management.Objective: To determine the discriminative criteria for the differential diagnosis of MCCWOPT, LNM from cutaneous MCC, and LNMNECs.Methods: Clinical, morphologic, and immunohistochemical data (expression of cytokeratins AE1, AE3, 7, 19, and 20; chromogranin A, synaptophysin, thyroid transcription factor-1 [TTF-1]), as well as the presence of Merkel cell polyomavirus (by immunohistochemistry and PCR) were compared in patients with MCCWOPT (n = 17), LNM from a cutaneous MCC (n = 11), and LNMNEC (n = 20; 8 lung, 7 thyroid, 3 digestive tract, 2 other).Results: MCC (including MCCWOPT and LNM from a cutaneous MCC) differed from LNMNEC by 7 discriminative criteria: 1) elderly age, 2) location of the tumor, 3) extent of the disease, 4) cytokeratin expression, 5) TTF-1 expression, 6) histologic type, and 7) Merkel cell polyomavirus detection, summarized under the acronym ELECTHIP. All MCC patients had ≥5 of the ELECTHIP criteria, whereas all patients with LNMNEC (except 1) had <3 criteria.Limitations: The discriminant ability of the ELECTHIP criteria should be validated in a second independent set.Conclusion: MCCWOPT can be distinguished from other LNMNEC by the ELECTHIP criteria. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Background Human metapneumovirus (HMPV) has recently emerged as a cause of respiratory infections in hematological patients. Clinical data are lacking to guide the management of HMPV pneumonias. Objectives To characterize the clinical and radiographic presentation and outcome of HMPV pneumonias diagnosed in hematological patients. Study design We screened the patients with a positive HMPV respiratory test in two French teaching hospitals between 2007 and 2011. Among them, the medical charts from the hematological patients who presented with HMPV pneumonia were reviewed. Results Among the 54 patients with several underlying hematological conditions who were positive for HMPV, we found 13 cases of HMPV pneumonias. HMPV could be the cause of pneumonia as a single pathogen without associated upper respiratory infection. Centrilobular nodules were constant on lung computed tomography scans. No patients died despite the absence of administration of antiviral treatments. Conclusions Our data provide further insights in the diagnosis and management of HMPV pneumonias in this setting. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Abstract: Objective: Respiratory infections require a rapid etiological diagnosis for efficient management of cases. We evaluated multiplex PCR used for the diagnosis and the epidemiological surveillance of influenza and respiratory syncytial virus (RSV) infections. Patients and methods: Our study included 278 patients (mean age: 37.2±22.9 years) with flu or flu-like syndromes, consulting physicians affiliated with the GROG Poitou-Charentes or hospitalized in the Poitiers teaching hospital. A multiplex PCR detecting A(H3), A(H1) and B influenza viruses, and RSV A and B, was performed with both a direct examination by immunofluorescence and cell-culture. Results: We diagnosed a viral infection in 139 (50.0%) patients: 99 cases of influenza A(H3), 2 cases of influenza A(H1), 28 cases of influenza B and 11 cases of RSV infections. The diagnosis yield in GROG patients (52.3%) was significantly higher than that observed in hospitalized patients (34.5%) (P =0.04). All techniques were correlated in 61% of cases. The multiplex PCR yielded 22.3% more positive samples compared to the conventional techniques. All positive samples by conventional techniques were also positive by multiplex PCR. We observed a perfect correlation between viral types and subtypes determined by PCR and cell-culture. Conclusion: Multiplex PCR is a sensitive technique allowing an efficient and rapid diagnosis of respiratory infections due to influenza and RSV. [Copyright &y& Elsevier]

• Majority of the T. vaginalis–positive pharyngeal specimens contained actually T. tenax DNA. • Specificity of primers used in multiplex PCR commercialized kits must be tested and confirmed. • Roles of T. vaginalis in pharyngeal sites need to be clarify. In a retrospective study, we used sequencing to investigate Trichomonas vaginalis -positive specimens (genital, rectal and pharyngeal) with the Allplex™ STI Essential or the Anyplex™-II-STI-7 assays. Our results confirm that majority of T. vaginalis –positive genital and pharyngeal specimens contained T. vaginalis DNA and actually T. tenax DNA, respectively. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Abstract: Background: The incidence of oropharyngeal cancers has gradually increased over the last decades. Recent studies suggest an association between human papillomavirus (HPV) infection and several head and neck cancers, especially oropharyngeal and oral cavity invasive carcinomas. Objectives: The objective was to assess the overall and type specific HPV prevalence in oropharyngeal and oral cavity carcinomas in France. Study design: Paraffin-embedded tumour specimens were retrospectively collected in 12 French centres and centrally tested for HPV detection and genotyping (INNO-LiPA assay). Results: A total of 523 cases (77% males) were collected, among which 60% were oropharyngeal and 40% oral cavity carcinomas. The most frequent anatomical sites were tonsil (58.9%) and base of tongue (13.7%) for the oropharynx and floor of mouth (41.1%) and oral tongue (38.3%) for the oral cavity. Overall HPV prevalence was 46.5% in oropharyngeal carcinomas and 10.5% in oral cavity carcinomas and was higher in female than in male cases (63.5% vs 42.2% in oropharynx and 17.2% vs 8.0% in oral cavity). About 95% of HPV-positive cases were infected by a single HPV type. HPV 16 was the most prevalent type and was found in 89.7% and 95.5% of HPV-positive oropharyngeal and oral cavity carcinoma cases, respectively. All other HPV types had prevalence below 5%. Conclusions: Our results indicate that HPV is common among oropharyngeal and oral cavity carcinoma cases in France and emphasize the predominance of HPV 16. The potential benefit of HPV vaccination on the occurrence of head and neck carcinomas should be further evaluated. [Copyright &y& Elsevier]

Objectives Group A rotavirus is a major cause of acute gastroenteritis in young children worldwide. A prospective surveillance network has been set up in France to investigate rotavirus infections and to detect the emergence of potentially epidemic strains. Methods From 2014 to 2017, rotavirus-positive stool samples were collected from 2394 children under 5 years old attending the paediatric emergency units of 13 large hospitals. Rotaviruses were genotyped by RT-PCR with regard to their outer capsid proteins VP4 and VP7. Results Genotyping of 2421 rotaviruses showed that after a marked increase in G9P[8] (32.1%) during the 2014–2015 season, G9P[8] became the predominant genotype during the 2015–2016 and 2016–2017 seasons with detection rates of 64.1% and 77.3%, respectively, whereas G1P[8] were detected at low rates of 16.8% and 6.6%, respectively. Phylogenetic analysis of the partial rotavirus VP7 and VP4 coding genes revealed that all of these G9P [8] strains belonged to the lineage III and the P [8]-3 lineage, respectively, and shared the same genetic background (G9-P[8]-I1-R1-C1-M1-A1-N1-T1-E1-H1) as did most of previously detected G9P[8] strains and particularly the emerging G9P[8] strains from the 2004–2005 season in France. Conclusions G9P[8] rotaviruses have become the predominant circulating genotype for the first time since their emergence a decade ago. In the absence of rotavirus immunization programmes in France, our data give an insight into the natural fluctuation of rotavirus genotypes in a non-vaccinated population and provide a base line for a better interpretation of data in European countries with routine rotavirus vaccination. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Introduction Les infections sexuellement transmissibles (IST), en recrudescence en France, peuvent être asymptomatiques ce qui facilite leur transmission. Un diagnostic précis de tous les microorganismes impliqués est nécessaire pour une prise en charge optimale, constituant un enjeu majeur de santé publique. Les PCR multiplex, permettant de détecter de façon simultanée des microorganismes difficilement ou non cultivables tels que Chlamydia trachomatis (CT), Neisseria gonorrhoeae (NG), Mycoplasma genitalium (MG) ou Trichomonas vaginalis (TV) peuvent répondre à cette attente. Nous avons évalué l’apport de cette technique dans le dépistage des IST au CeGIDD. Matériels et méthodes La détection de CT, NG, MG, TV et des autres mycoplasmes urogénitaux Ureaplasma urealyticum (UU), U. parvum (UP) et M. hominis (MH) a été effectuée par la technique de PCR multiplex Anyplex ® STI7 (Seegene, Eurobio) à partir de 1 er jet d’urine chez l’homme ou d’autoprélèvement vaginal. En cas de PCR NG positive, le prélèvement a été mis en culture. Le nombre de prélèvements positifs et la prévalence des microorganismes ont été estimés sur une période de 18 mois. Les données ont été analysées puis comparées à l’aide d’un test de chi 2 . Résultats L’analyse de 2451 prélèvements dont 1059 urines (43 %, médiane 23 ans [16–56]) et 1392 prélèvements vaginaux (57 %, médiane 21 ans [16–52]) a permis de détecter au moins un des pathogènes parmi CT, NG, MG et TV dans 13,3 % des cas (326), 12,5 % ( n = 132) chez les hommes et 13,8 % ( n = 194) chez les femmes. La prévalence était, respectivement chez les hommes et les femmes, de 8,7 % ( n = 92) et 10,1 % ( n = 140) pour CT, 1,2 % ( n = 13) et 0,8 % ( n = 11) pour NG, 2,5 % ( n = 26) et 2,6 % ( n = 36) pour MG et 0,1 % ( n = 1) et 0,5 % ( n = 7) pour TV. Les mono infections à CT étaient plus fréquentes chez les hommes ( p < 0,0001). La fréquence de détection des autres mycoplasmes urogénitaux était respectivement chez les hommes et les femmes de 5 % ( n = 53) et 15 % ( n = 209) pour MH, 21,3 % ( n = 226) et 58,3 % ( n = 811) pour UP, 12,2 % ( n = 129) et 18,1 % ( n = 252) pour UU. Les infections multiples étaient plus fréquentes chez les femmes ( p < 0,0001). L’association d’UP et CT était supérieure chez la femme ( p < 0,05). La présence d’UU chez l’homme et de MH chez la femme a été prise en compte en cas de signes d’urétrite chez l’homme ou de vaginose. Au total, la PCR multiplex a permis de diagnostiquer et de traiter 94 (40,5 %) infections (NG, MG, TV) qui n’auraient pas été détectées avec la stratégie antérieure de dépistage. Conclusion La PCR multiplex représente un atout pour la prise en charge des patients. La technique Anyplex ® permet la détection supplémentaire de TV, de diagnostic difficile, mais aussi de MG et UU, chacun impliqués dans environ 15 % des urétrites non gonococciques masculines. Elle permet également la distinction entre UP et UU non réalisable en culture. [ABSTRACT FROM AUTHOR]