Introduction: One of the adopted measures during the Coronavirus disease of 2019 (COVID-19) pandemic in education is the online modality, which can impact students' quality of Life (QoL) and their academic performance. Methods: This cross-sectional study aims to assess the impact of online education on health-related QoL in a sample of 401 medical students. Results: Most students attended all the online sessions, and around 32% participated in some of them. Only 16.2% reported high satisfaction from the online sessions, and almost 39% reported low satisfaction. Overall, medical students had moderate QoL. Online education affected medical students psychologically more than physically, translated by higher scores for the physical components than the mental ones. Students who preferred online over in-person education had significantly lower scores for the mental domains, namely lower social functioning and emotional role scores. Academic satisfaction did not influence any SF-36 scores, and students’ preferences (online or in-person education) did not affect any of the physical component scores. Conclusion: The pandemic directly impacted the QoL of medical students, namely their mental health. Medical students in Lebanon had a higher preference for in-person education, possibly due to its novelty and to other technological, technical, or personal challenges. Future research exploring the reasons and viable solutions should be performed to maintain a steady level of education during unanticipated situations. Resumen: Introducción: Una de las medidas adoptadas durante la pandemia de la enfermedad por Coronavirus de 2019 (COVID-19) en la educación es la modalidad en línea, la cual puede impactar la calidad de Vida (CdV) de los estudiantes y su rendimiento académico. Métodos: Este estudio transversal tiene como objetivo evaluar el impacto de la educación en línea en la calidad de vida relacionada con la salud en una muestra de 401 estudiantes de medicina. Resultados: La mayoría de los estudiantes asistieron a todas las sesiones en línea y alrededor del 32% participó en algunas de ellas. Solo el 16,2 % reportó una alta satisfacción con las sesiones en línea y casi el 39 % reportó una baja satisfacción. En general, los estudiantes de medicina tenían una CdV moderada. La educación en línea afectó a los estudiantes de medicina psicológicamente más que físicamente, lo que se traduce en puntajes más altos para los componentes físicos que para los mentales. Los estudiantes que preferían la educación en línea a la presencial tenían puntajes significativamente más bajos en los dominios mentales, es decir, puntajes más bajos en el funcionamiento social y el rol emocional. La satisfacción académica no influyó en ningún puntaje del SF-36, y las preferencias de los estudiantes (educación en línea o en persona) no afectaron ninguno de los puntajes del componente físico. Conclusión: la pandemia impactó directamente en la CdV de los estudiantes de medicina, es decir, en su salud mental. Los estudiantes de medicina en el Líbano tenían una mayor preferencia por la educación presencial, posiblemente debido a su novedad y a otros desafíos tecnológicos, técnicos o personales. Se deben realizar investigaciones futuras que exploren las razones y las soluciones viables para mantener un nivel constante de educación durante situaciones imprevistas.