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La reproduction des analyses bio-informatiques de routine est difficile en raison d’une combinaison de facteurs difficiles a controler. Nextflow est un gestionnaire de flux (workflow manager ) qui utilise la technologie des conteneurs pour assurer un deploiement et une reproductibilite efficace des pipelines d’analyse computationnelle. Les pipelines tiers peuvent etre portes dans Nextflow avec un recodage minimum. Nous montrons ici a l’aide d’exemples concrets comment la quantification des niveaux d’expression, l’annotation de genomes et la reconstruction de phylogenie peuvent se reveler non reproductibles lorsqu’elles sont realisees sur des plates-formes UNIX differentes, alors qu’elles deviennent stables lorsqu’elles sont deployees dans Nextflow. Nextflow est disponible sur www.nextflow.io.