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Este trabalho foi executado com a finalidade de acrescentar elementos objetivos na avaliação das diferenças genéticas entre as duas bases conhecidas da raça Sindi no Brasil. Para isso, realizou-se a caracterização zoométrica de vacas Sindi utilizando medidas cranianas, morfoestruturais e índices corporais de fêmeas adultas de cinco rebanhos formados a partir das duas bases. Os dados foram submetidos a uma análise de variância e teste de médias (Tukey, 5 % de probabilidade) e posteriormente a uma análise multivariada de componentes principais. Verificou-se diferença estatística significante entre as médias obtidas para a maioria das características estudadas, principalmente nas medidas morfoestruturais e nos índices corporais, demonstrando claramente a formação de grupos distintos em relação à base de formação genética dos rebanhos, o que sugere a presença de duas linhas genéticas distintas da raça no Brasil.