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Macrobenthos distribution along the salinity gradient and the pattern of species temporal changes were investigated in the Itanhaem River Estuary. Environmental variables such as grain size, sediment organic content, water salinity, water temperature and dissolved oxygen were examined as factors likely to influence the distribution of species. A total of 2130 individuals, distributed in 16 taxa (species/genera) were collected from the 12 samples obtained. The most abundant species were Cyprideis salebrosa, Heteromastus similis, Scololepsis squamata, Nephtys squamosa, Diplodonta sp. and Tellina sp. The canonical ordinations analysis indicated the presence of three benthic associations: a marine Diplodonta sp. - Tellina sp. community; a brackish water C. salebrosa - N. squamosa community and a wide spread S. squamata - H. similis community. The distribution of the estuarine macrozoobenthic species seems to be mainly controlled by salinity and the observed gradient in species compositon and dominance in the marine and brackish part of the Itanhaem River Estuary is similar to the one occurring in other mixohaline habitats of the Brazilian South eastern Coast. Composicion estacional y distribucion espacial de asociaciones macrobentonicas en un gradiente estuarino de Itanhaem, Sao Paulo, Brasil La distribucion de los macrobentos a lo largo del gradiente de la salinidad y el patron de los cambios temporales de las especies fueron investigados en el estuario del Rio Itanhaem. Las variables ambientales tales como tamano de grano, contenido organico del sedimento, salinidad del agua, temperatura del agua y el oxigeno disuelto fueron examinados como factores que determinan la distribucion de las especies. Se recolectaron un total de 2130 individuos, de 16 taxa (especies/generos) de las 12 muestras obtenidas. Las especies mas abundantes fueron Cyprideis salebrosa, Heteromatus similis, Scololepsis squamata, Nephtys squamosa, Diplodonta sp. y Tellina sp. El analisis canonico de correspondencia indico la presencia de tres asociaciones bentonicas: una comunidad marina, Diplodonta sp. - Tellina sp.; una comunidad de agua salobre, C. salebrosa - N. squamosa y una comunidad de extension amplia, S. squamata - H. similis . La distribucion de la especies macrozoobentonica de estuario parece ser controlada principalmente por la salinidad y el gradiente observados en composicion. La dominancia de especies en las partes marina y salobre del estuario del Rio de Itanhaem es similar a la de otros habitats mixohalinos de la costa del sudeste brasileno.