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CONTEXTO E OBJETIVO: O desenvolvimento científico e tecnológico é crucial para avançar o Sistema Único de Saúde e promover qualidade de vida. Analisou-se como o Ministério da Saúde (MS) apoiou a pesquisa clínica para proporcionar autonomia, auto-suficiência, competitividade e inovação no complexo industrial produtivo da saúde, segundo a Política Nacional de Ciência, Tecnologia e Inovação em Saúde. TIPO DE ESTUDO E LOCAL: Estudo descritivo baseado em dados secundários, realizado no Departamento de Ciência e Tecnologia, Ministério da Saúde. MÉTODOS: O banco de dados gerencial de pesquisas do MS, PesquisaSaúde, foi analisado de 2002 a 2009, empregando a palavra chave "pesquisa clínica" nos campos "sub-agenda principal" ou "sub-agenda secundária". Foram encontrados 368 projetos, classificados em seis categorias: pesquisa biomédica básica, estudos pré-clínicos, pesquisa clínica expandida, ensaios clínicos, infraestrutura e avaliação de tecnologias em saúde. A partir da revisão estruturada sobre "financiamento da pesquisa clínica", resultados de países selecionados são apresentados e discutidos. RESULTADOS: O total investido foi R$ 140 milhões. A maioria dos projetos apoiou "pesquisa biomédica básica" e os maiores investimentos foram em "ensaios clínicos" e projetos de "infra-estrutura". O Sudeste deteve a maior proporção de projetos e recursos financeiros. Em alguns aspectos, o Brasil está à frente de outros países do BRICS (Rússia, Índia, China e África do Sul), sobretudo no estabelecimento da Rede Nacional de Pesquisa Clínica. CONCLUSÃO: O MS assegurou investimentos para incentivar a pesquisa clínica no Brasil, contribuindo para promover a coesão entre os investigadores, as políticas de saúde e o complexo industrial da saúde. CONTEXT AND OBJECTIVE: Scientific and technological development is crucial for advancing the Brazilian health system and for promoting quality of life. The way in which the Brazilian Ministry of Health has supported clinical research to provide autonomy, self-sufficiency, competitiveness and innovation for the healthcare industrial production complex, in accordance with the National Policy on Science, Technology and Innovation in Healthcare, was analyzed. DESIGN AND SETTING: Descriptive investigation, based on secondary data, conducted at the Department of Science and Technology, Ministry of Health. METHODS: The Ministry of Health's research management database, PesquisaSaúde, was analyzed from 2002 to 2009, using the key word "clinical research" in the fields "primary sub-agenda" or "secondary sub-agenda". The 368 projects retrieved were sorted into six categories: basic biomedical research, preclinical studies, expanded clinical research, clinical trials, infrastructure support and health technology assessment. From a structured review on "clinical research funding", results from selected countries are presented and discussed. RESULTS: The amount invested was R$ 140 million. The largest number of projects supported "basic biomedical research", while the highest amounts invested were in "clinical trials" and "infrastructure support". The southeastern region had the greatest proportion of projects and financial resources. In some respects, Brazil is ahead of other BRICS countries (Russia, India, China and South Africa), especially with regard to establishing a National Clinical Research Network. CONCLUSION: The Ministry of Health ensured investments to encourage clinical research in Brazil and contributed towards promoting cohesion between investigators, health policies and the healthcare industrial production complex.