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Este artigo, a partir da constatação de que o processo de categorização é básico para a cognição e, portanto, fundamental no processo de ensino/aprendizagem de ciências, apresenta o modelo clássico de categorização e a concepção metafísica subjacente a ele. Visando apontar algumas críticas e alternativas ao modelo clássico, o presente trabalho indica alguns aspectos da metafísica de processo com o intuito de demonstrar uma metafísica alternativa ao essencialismo. Nesse contexto, os argumentos, construídos a partir de conceitos e teorias da biologia e da química, relacionam-se a dois estudos de caso vinculados ao conceito de ecossistema. Um deles consiste num exame em torno de livros didáticos, enquanto o outro corresponde a uma análise sobre o entendimento do conceito de ecossistema por parte de alunos de pós-graduação em ecologia.