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Objetivo: Estimar los costos de tratamiento hospitalario de la infección respiratoria aguda grave (IRAG) en niños en Nicaragua. Métodos: Se estimaron costos de tratamiento de pacientes hospitalizados a partir del microcosteo retrospectivo de una muestra aleatoria de casos ocurridos durante el periodo 2009-2011 en Nicaragua y atendidos en un hospital pediátrico universitario de alta complejidad. Se calculó una muestra aleatoria de pacientes con diagnósticos de IRAG (CIE-10), según parámetros extraídos de la literatura. En esta, se estimó el costo promedio por paciente. Los costos fueron expresados en moneda local de 2011 y dólares americanos. Resultados: El costo promedio total de atención de caso en niños fue de 314,9 US$ (intervalo de confianza [IC] 95%: 280,1-349,7 US$) y de 971,6 (655,5-1.287,8 US$) para los que requirieron UCI. El 41% de los costos en los que solo requieren hospitalización general se explican por gastos de hotelería, mientras que en los que requieren UCI el 52% es por medicamentos. Conclusión: El microcosteo de los casos incluidos de IRAG permitió estimar un valor medio por caso tratado, con sus respectivos IC y estos podrían tener validez para el total de la población atendida por estos diagnósticos en hospitales con similar perfil epidemiológico y similar nivel de complejidad en Nicaragua.