1. COVID-19-Associated Pulmonary Aspergillosis, Fungemia, and Pneumocystosis in the Intensive Care Unit: a Retrospective Multicenter Observational Cohort during the First French Pandemic Wave
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Bretagne, Stéphane, Sitbon, Karine, Botterel, Françoise, Dellière, Sarah, Letscher-Bru, Valérie, Chouaki, Taieb, Bellanger, Anne-Pauline, Bonnal, Christine, Fekkar, Arnault, Persat, Florence, Costa, Damien, Bourgeois, Nathalie, Dalle, Frédéric, Lussac-Sorton, Florian, Paugam, André, Cassaing, Sophie, Hasseine, Lilia, Huguenin, Antoine, Guennouni, Nadia, Mazars, Edith, Le Gal, Solène, Sasso, Milène, Brun, Sophie, Cadot, Lucile, Cassagne, Carole, Cateau, Estelle, Gangneux, Jean-Pierre, Moniot, Maxime, Roux, Anne-Laure, Tournus, Céline, Desbois-Nogard, Nicole, Le Coustumier, Alain, Moquet, Olivier, Alanio, Alexandre, Dromer, Françoise, Centre National de Référence Mycoses Invasives et Antifongiques - National Reference Center Invasive Mycoses & Antifungals (CNRMA), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Génomique évolutive, modélisation et santé (GEMS), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Laboratoire de Parasitologie-Mycologie [CHU Saint Louis, Paris], Groupe Hospitalier Saint Louis - Lariboisière - Fernand Widal [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Mycologie moléculaire - Molecular Mycology, CHU Henri Mondor [Créteil], Laboratoire de Parasitologie et de Mycologie Médicale [Strasbourg], Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS), Laboratoire de parasitologie et de mycologie médicales [CHU Amiens], CHU Amiens-Picardie, Service de parasitologie et mycologie [CHRU de Besançon], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Centre d'Immunologie et des Maladies Infectieuses (CIMI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de parasitologie et mycologie médicale [Hôpital de la Croix Rousse, Lyon], Hôpital de la Croix-Rousse [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), CHU Rouen, Normandie Université (NU), Laboratoire de Parasitologie-Mycologie (CHU de Montpellier), Pôle Biologie-Pathologie [CHRU Montpellier], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Laboratoire de parasitologie mycologie (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), CHU Bordeaux [Bordeaux], Hôpital Cochin [AP-HP], Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Nice, Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice)-Université Côte d'Azur (UCA), Centre Hospitalier Universitaire de Reims (CHU Reims), Epidémiosurveillance de protozooses à transmission alimentaire et vectorielle (ESCAPE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Centre hospitalier [Valenciennes, Nord], Laboratoire de Parasitologie et Mycologiede [CHRU Brest], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest), Hôpital Universitaire Carémeau [Nîmes] (CHU Nîmes), Centre Hospitalier Universitaire de Nîmes (CHU Nîmes), Service de Parasitologie [Avicenne], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Avicenne [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Sorbonne Paris Nord, CHU Montpellier, Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection (IHU Marseille), Vecteurs - Infections tropicales et méditerranéennes (VITROME), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA), Centre hospitalier universitaire de Poitiers (CHU Poitiers), Institut de recherche en santé, environnement et travail (Irset), Université d'Angers (UA)-Université de Rennes (UR)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), CHU Clermont-Ferrand, Hôpital Raymond Poincaré [AP-HP], Hôpital Ambroise Paré [AP-HP], Centre Hospitalier de Saint-Denis [Ile-de-France], Centre Hospitalier Universitaire de Martinique [Fort-de-France, Martinique], Centre Hospitalier de Beauvais, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), The NRCMA is supported by Santé Publique France and Institut Pasteur, Institut Pasteur [Paris], Génomique évolutive, modélisation et santé (CNRS-UMR2000), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Henri Mondor, Service de parasitologie - mycologie [CHU Pitié-Salpétrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Centre d'Immunologie et de Maladies Infectieuses (CIMI), CHU Toulouse [Toulouse], Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (EHESP)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université d'Angers (UA), Service de Parasitologie - Mycologie [CHU Pitié-Salpétrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA), Gestionnaire, Hal Sorbonne Université, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], Hôpital Henri Mondor, Laboratoire de parasitologie et mycologie médicale [CHU Strasbourg], CHU Strasbourg, Service de Parasitologie Mycologie[Bichat], and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris]
- Subjects
Male ,Antifungal Agents ,[SDV.MHEP.PSR]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Pulmonology and respiratory tract ,Mannans ,[SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases ,MESH: COVID-19 ,aspergillosis ,MESH: Treatment Outcome ,MESH: Aged ,[SDV.MHEP.ME] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Emerging diseases ,[SDV.MHEP.ME]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Emerging diseases ,MESH: Middle Aged ,fungemia ,Coinfection ,Pneumonia, Pneumocystis ,Middle Aged ,QR1-502 ,Intensive Care Units ,Treatment Outcome ,Aspergillus ,[SDV.MHEP.MI] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases ,Female ,MESH: Pulmonary Aspergillosis ,France ,Research Article ,MESH: Galactose ,Microbiology ,pneumocystosis ,MESH: Mannans ,MESH: Critical Care ,MESH: Fungemia ,Humans ,MESH: SARS-CoV-2 ,Aged ,Retrospective Studies ,[SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health ,MESH: Humans ,SARS-CoV-2 ,Galactose ,COVID-19 ,MESH: Retrospective Studies ,MESH: Antifungal Agents ,MESH: Male ,MESH: Coinfection ,MESH: France ,critical care ,[SDV.SPEE] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie ,[SDV.MHEP.PSR] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Pulmonology and respiratory tract ,MESH: Intensive Care Units ,[SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie ,Pulmonary Aspergillosis ,MESH: Female ,MESH: Pneumonia, Pneumocystis - Abstract
International audience; The aim of this study was to evaluate diagnostic means, host factors, delay of occurrence, and outcome of patients with COVID-19 pneumonia and fungal coinfections in the intensive care unit (ICU). From 1 February to 31 May 2020, we anonymously recorded COVID-19-associated pulmonary aspergillosis (CAPA), fungemia (CA-fungemia), and pneumocystosis (CA-PCP) from 36 centers, including results on fungal biomarkers in respiratory specimens and serum. We collected data from 154 episodes of CAPA, 81 of CA-fungemia, 17 of CA-PCP, and 5 of other mold infections from 244 patients (male/female [M/F] ratio = 3.5; mean age, 64.7 ± 10.8 years). CA-PCP occurred first after ICU admission (median, 1 day; interquartile range [IQR], 0 to 3 days), followed by CAPA (9 days; IQR, 5 to 13 days), and then CA-fungemia (16 days; IQR, 12 to 23 days) (P < 10-4). For CAPA, the presence of several mycological criteria was associated with death (P < 10-4). Serum galactomannan was rarely positive (
- Published
- 2021
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