1. Yam genomics supports West Africa as a major cradle of crop domestication
- Author
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Scarcelli, Nora, Cubry, Philippe, Akakpo, Roland, Thuillet, Anne-Céline, Obidiegwu, Jude, Baco, Mohamed N., Otoo, Emmanuel, Sonké, Bonaventure, Dansi, Alexandre, Djedatin, Gustave, Mariac, Cédric, Couderc, Marie, Causse, Sandrine, Alix, Karine, Chaïr, Hâna, François, Olivier, Vigouroux, Yves, Diversité, adaptation, développement des plantes (UMR DIADE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), National Root Crops Research Institute, Université de Parakou (UP), Centre for Scientific and Industrial Research, Partenaires INRAE, University of Yaoundé [Cameroun], National University of Sciences, Technologies, Engineering and Mathematics of Abomey, Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université de Montpellier (UM), Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) (GQE-Le Moulon), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroParisTech-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Agence Nationale de la Recherche (ANR) : AFRICROP ANR-13-BSV7-0017, ANR : ANR-10-INBS-09, ARCAD project - Agropolis foundation, FEDER program, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-AgroParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
- Subjects
Crops, Agricultural ,Pennisetum ,Séquence nucléotidique ,[SDV]Life Sciences [q-bio] ,Forests ,Polymorphism, Single Nucleotide ,F30 - Génétique et amélioration des plantes ,génomique ,Domestication ,Evolution, Molecular ,Rivers ,Igname ,[SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology ,B50 - Histoire ,Research Articles ,Histoire naturelle ,Evolutionary Biology ,Models, Statistical ,Base Sequence ,Whole Genome Sequencing ,Dioscorea ,Domestication des plantes ,SciAdv r-articles ,Agriculture ,Oryza ,F70 - Taxonomie végétale et phytogéographie ,Genomics ,Plant Leaves ,Africa, Western ,Provenance ,Genome, Plant ,Research Article - Abstract
Yam, a tuber crop, was domesticated alongside some African cereals and defines a cradle of domestication in West Africa., While there has been progress in our understanding of the origin and history of agriculture in sub-Saharan Africa, a unified perspective is still lacking on where and how major crops were domesticated in the region. Here, we investigated the domestication of African yam (Dioscorea rotundata), a key crop in early African agriculture. Using whole-genome resequencing and statistical models, we show that cultivated yam was domesticated from a forest species. We infer that the expansion of African yam agriculture started in the Niger River basin. This result, alongside with the origins of African rice and pearl millet, supports the hypothesis that the vicinity of the Niger River was a major cradle of African agriculture.
- Published
- 2019