Search

Amaç: Bu tez çalışmasında, Bilgi Çağı teknolojisinin günlük yaşam ile durmaksızın kesiştiği başlıca alanlardan biri olan, `Hastane Bilgi Sistemleri` (HBS) ele alınmaktadır. Her gün milyonlarca insana sağlık hizmeti sunulmasına aracılık eden bu sistemler, yine Bilgi Çağı sürecinde yeşeren disiplinlerden biri olan `Denetim` yönünden incelenmektedir. Günümüzde neredeyse HBS kullanmayan bir sağlık kuruluşunun olmaması ve bu sistemlerin işleyişindeki artan karmaşıklık, klinik denetimin yanında bilgi sistemleri ve teknolojileri denetimini de giderek daha önemli hale getirmiştir. Bununla beraber, sistemlerdeki aksaklıkların tespit edilerek sistemlerin iyileştirilmesi de ayrı bir gereksinimdir. Bu araştırmanın temel amacı, Türkiye'de bankacılık ve sermaye piyasalarında hali hazırda yasal bir gereklilik olarak uygulanmakta olan Bilgi Sistemleri Denetimi (BSD) süreçlerinin, Hastane Bilgi Sistemleri (HBS) açısından gerekliliğini vurgulamak ve bu hususta geliştirilebilecek genel bir çerçeve hakkında bilgi vermektir.Yöntem: Karma araştırma yöntemi izlenerek çalışılan bu tezde, BSD konusu salt HBS açısından ve bir denetçinin bakış açısıyla incelenmiştir. Bu doğrultuda, uygulanabilir bir denetim çerçevesi önerilmeye çalışılmış, buradan hareketle Hastane Bilgi Sistemleri Denetimi (HBSD) kavramı türetilmiş ve bu tez yazım tarihi itibariyle henüz uygulaması bulunmayan oldukça bakir bir konu, bir sağlık bilimci ve denetçi gözüyle irdelenmiştir.Bulgular: Çalışma kapsamında, BSD uygulamalarına ilişkin Türkiye yerel mevzuatında yürürlükte olan ilgili düzenlemelere dayalı olarak ve ISACA'nın COBIT rehberi kullanılarak HBSD için formal bir çerçevenin geliştirilebilir olduğu bulunmuştur.Sonuç: Halihazırdaki Bilgi Sistemleri Denetimi (BSD) uygulamalarının Hastane Bilgi Sistemleri (HBS) yönünden sağlık hizmetleri alanına uyarlanabilir olduğu ve bu doğrultuda genel nitelikli bir çerçeveye ihtiyaç duyulduğu sonucuna varılmıştır. Bununla birlikte, Hastane Bilgi Sistemleri Denetimi (HBSD) konusu kavramsal olarak ilk kez akademik bir çalışmaya konu edilmiş ve literatüre kazandırılmaya çalışılmıştır.Anahtar Kelimeler: hastane bilgi sistemleri denetimi, denetim çerçevesi, COBIT Objective: In this thesis, Hospital Information Systems (HIS), which is one of the main areas where the Information Age technology intersects with daily life, is taken into consideration. These systems, which mediate the provision of health services to millions of people every day, are examined from IS Auditing perspective, that is also an emerging concept. The factual knowledge that any form of the health organizations of today cannot be expected to render healthcare services without HIS as well as the increasing complexity on the functioning of these systems has made the audit of information systems and technologies increasingly important besides clinical supervision. However, it also brings in a separate need to identify the failures in HIS in order to improve the systems. The main objective of this research to emphasize the necessity of Information Systems Auditing (ISA), which is already being applied as a statutory requirement in financial and capital markets in Turkey, for a possible adaptation to Hospital Information Systems (HIS) and provide information about a general framework to be developed in this regard.Method: In this thesis, which has a mixed research method, ISA is examined in terms of HIS and from an auditor's point of view. In this respect, a viable audit framework has been tried to be developed and from this point, the concept of Hospital Information Systems Auditing (HISA) has been derived to examine a virgin topic, which has not yet been studied as of the date of this paper, from the eye of a health scientist and an auditor.Results: Within the scope of the study, the developability of a formal audit framework has been found applicable to promote HISA using ISACA's COBIT guide and based on local ISA regulations that are already in force in the related legislation in Turkey.Conclusion: It was concluded that the existing ISA applications are adaptable to HIS and health services field in line with the need for a general framework. Alongside this, the subject of Hospital Information Systems Auditing (HISA) has been conceptualized for the first time in an academic study and it has been tried to contribute to the literature.Key words: hospital information systems auditing, audit framework, COBIT 88

Amaç: Böbrek nakli, son dönem böbrek yetmezliği olan hastalar için, canlı ya da kadavradan alınan böbreğin cerrahi yöntemler ile hastaya takılmasıdır. Böbrek Transplantasyon başarısızlığı hastalar için olumsuz sonuçlarla ilişkili olduğundan, risk faktörlerini araştırmak, tanımlamak ve kontrol etmek son derece önemlidir. Veri madenciliği, veri tabanlarındaki örtük, bilinmeyen ve anlamlı sonuçların çıkarılmasını sağlayan bir disiplindir. Bu tez çalışmasında, böbrek nakli yapılan hastaların demografik, klinik ve genetik faktörlerin betimleyici istatistiksel yöntemler ile analizi ve veri madenciliği ile böbrek nakli hastalarında akut rejeksiyonun incelenmesi amaçlanmıştır.Yöntem: Bu çalışmada, Akdeniz Üniversitesi Hastanesinde 01/06/2016 ve 01/06/2017 tarihleri arasında böbrek nakli yapılmış yetişkin 155 hasta ve donöre ait veriler retrospektif olarak değerlendirilmiştir. Veri setinde her hasta ve donör için klinik, laboratuvar, genetik ve demografik veriler bulunmaktadır. Özellikler arasındaki ilişkiyi incelemek için, SPSS, SimMine, Weka paket yazılımları kullanılmıştır. Veriler üzerinde betimleyici istatistiksel yöntemler lojistik regresyon ve veri madenciliği metodlarından genetik algoritmalar uygulanmıştır.Bulgular: Böbrek nakli hastalarına ve donörlere ait demografik veriler betimleyici istatistiksel yöntemler ile analiz edilmiştir. Klinik özellikler bakımından anlamlı ilişkiler tespit edilmiştir. Genetik Algoritmalar metodu ile akut rejeksiyon tahminlenmesi için kural oluşturulmuştur. Ayrıca demografik, klinik, genetik faktörler üzerinde yapılan Ki-Kare analizlerinde istatistiksel anlamlı ilişkiler tespit edilmiştir.Sonuç: Akdeniz Üniversitesi Hastanesinde böbrek nakli yapılan hastaların demografik faktörleri ortaya konmuştur. Ayrıca çalışmada böbrek nakli yapılan hastlarda gelişebilecek ciddi komplikasyonlardan akut rejeksiyonun önceden tahminlenmesi için kural oluşturulmuştur. Böbrek nakillerindeki ciddi kompikasyonların tespiti şu an için klinik değerlendirmeler ile yapılsa da mevcut veya yeni veri madenciliği yöntemlerinin süreç içerisinde daha önemli bir hale gelmesi kaçınılmazdır. Objective: Renal transplantation is a surgical implantation of a kidney from live donors or a cadaver for patients with end-stage renal disease. Kidney transplant failure is associated with adverse outcomes for patients, so it is important to investigate, identify and control risk factors. Data mining is a discipline that extract implicit, unknown and meaningful conclusions from databases. In this study, a descriptive statistical analysis of demographic, clinical and genetic factors of renal transplant patients is presented, and data mining results to understand acute rejection in renal transplant patients were aimed. Method: In this study, the data from 155 patients and donors who underwent renal transplantation between 01/06/2016 and 01/06/2017 in Akdeniz University Hospital were evaluated retrospectively. The data set contains clinical, laboratory, genetic and demographic data for each patient and donor. SPSS, SimMine and Weka software packages were used to examine the relationship between features. Descriptive statistical methods, logistic regression and genetic algorithms from data mining methods were applied on the data. Results: Demographic data of renal transplant patients and donors were analyzed by descriptive statistical methods. Significant relationships were found in terms of clinical features. Genetic Algorithms method has been used to predict acute rejection. In addition, statistically significant relationships were determined in the Chi-Square analyzes performed on demographic, clinical and genetic factors. Conclusion: Demographic factors of renal transplant patients were presented in Akdeniz University Hospital. In addition, a rule was established for the prediction of acute rejection from serious complications that may develop in patients undergoing renal transplantation. Although the detection of serious complications in renal transplants is currently done with clinical evaluations, it is inevitable that existing or new data mining methods will become more important in this process. 65

Amaç: Dünya Geneli'nde Internet kullanıcılarının %69.6'sı, Internet'ten sağlık bilgisine erişmektedir. Sağlık bilgisine erişimde Internet'in bu kadar önemli rol oynadığı bu dönemlerde, sağlık bilgisini aramaya yönlendiren kaynak da son derece önemlidir.Bu çalışmada, daha önceden çalışılan ve literatürde çok sayıda örneğine rastlanan, şöhretli kişilerin sağlık sorunları ile Google Trends arasındaki ilişkiden yola çıkılarak, Amerika Birleşik Devletleri'nde en çok izlenen üç dizide bahsedilen sağlık konuları ile Google Trends arasındaki ilişki incelendi. Böylelikle dizilerde bahsedilen sağlık konularının farkındalık açısından etkilerinin önemi tespit edilmek istendi.Yöntem: Dizilerde bahsedilen sağlık konularının verileri, Google'ın, tarama trendlerini ölçmek için ücretsiz olarak halka sunduğu uygulaması olan Google Trend üzerinden elde edildi. Google Trends verilerindeki sıradışı hareketleri saptamak için ağırlıklandırılmış hareketli ortalamalar süreci yöntemi ile üstel yumuşatma yöntemi kullanılmıştır. Bu yöntem ile zaman serilerinde son dönemlere ağırlık verilebilir. Serilerin analizi için, üstel yumuşatma yönteminin çevirimiçi kullanımını sağlayan wessa.net sitesi kullanıldı.Bulgular: Dizilerde işlenen bir kısım sağlık sorunları, arama sayısında artışa neden olurken, büyük kısmında artış görülmemiştir. Bu çalışmadaki analiz sonuçlarına göre, dizilerde bahsedilen sağlık konuları belirli stratejiler ile anlamlı sonuçlar sergileyebilir. Stratejiler belirlenirken, dizilerin genel konuları, tanımlanan sağlık konuları ve sağlık konularının dizilerde hangi adı ile kullanılması gerektiği konusunda çalışmalar yapılmalıdır.Sonuç: Çalışmada sonuç olarak, doğru stratejiler ile sağlık konuları açısından toplumda farkındalık yaratmada dizilerin etkili bir araç olarak kullanılabileceği öngörüldü.Anahtar Kelimeler: Google Trends, TV dizileri, Üstel Yumuşatma, Sağlık Objective: 69.6% of Internet users in the world access the health information from Internet. In recent years, Internet plays an important role for accessing health information, the source that provokes the search of health information is also very important. In this study, based on presence of large number of cases which were studied in the literature, the relationship between the health issues and Google Trends was examined for the three most popular TV series in the United States of America. Thus, the effect of health issues which were mentioned in TV series, on creating awareness was aimed to be determined.Method: The search data of the health issues mentioned in the TV series were obtained through Google Trends, which is an free service by Googleto obtain search trends. For detection of abnormal peaks in Google Trends data, exponential smoothing method was used with weighted moving average method. With this method, more weight is given to to more recent periods. For the analysis of the series, wessa.net, which provides online use of exponential smothing method was used.Results: Increasing search trends for some of the health issues which were mentioned in TV series was observed, but no increasing trend was observed for most of the health issues. According to the results of the analysis, the health issues mentioned in the TV series may show significant increase with specific strategies. When these strategies will be determined, a special attention must be given on the genre of the TV series, the health issues which will be discussed, and the terminology which will be used. Conclusion: As a result of the present study, it is proposed that, TV series can be used as an effective tool to create awareness on health issues on the community with proper strategies.Key words: Google Trends, TV series, Exponential Smoothing, Health 111

Amaç: Bu çalışmada amaç klinik laboratuvar testlerinde pre-analitik süreçte merkez laboratuvara otomatik numune giriş kaydı, numune sıralaması, sınıflandırması ve kontrolü yapan daha ekonomik, yerli teknoloji bir makine alternatifin geliştirilmesidir. Yöntem: Çalışma kapsamında amaçlanan hizmeti optimum düzeyde gerçekleştirebilmek için öncelikle ülkemizde yaygın kullanılan, kolay erişilebilir, çoğunluğu yerli malı malzemeler kullanılacak şekilde bir elektromekanik tasarım ve prototip üretimi gerçekleştirilmiştir. İkinci olarak bu elektromekanik üniteyi kontrol eden programlanabilir denetleyici programı yazılarak mekanik düzeneklerin beklenen verimlilikte çalışması sağlanmıştır. Daha sonra tüp kapak rengi ve barkod okuma işlemi yaparak TCP/IP protokolü üzerinden Akdeniz Üniversitesi hastane bilgi yönetim sistemi ve laboratuvar bilgi sistemi ile iletişim kurabilen yazılım oluşturulmuştur. Tüm bileşenlerin birlikte çalışabilirliğini ve etkinliğini test amacıyla üniversite hastanesi merkez laboratuvarında kullanılmakta olan benzer bir endüstriyel model ile 100 adet deneme numunesi her iki makinede de kullanarak işlem hızı (numune/saat) ve hata oranı (%) açısından karşılaştırmaları yapılmıştır. Bulgular: Çalışma sırasında yaygın yöntem olan renk ve barkod okuma için iki ayrı endüstriyel sensör kullanımı yerine dijital bir kameradan alınan görüntü üzerinden yazılımla her iki okumanın gerçekleştirilebildiği görülmüştür. Bu bulgu yaygın kullanımdakine göre mekanik düzeneğin de basitleşmesine sebep olmuş, bu sayede önemli oranda ekonomi ve özgünlük sağlanmıştır. Sonuç: Çalışma sonunda yüksek yerlilik oranında, benzerlerine göre çok daha ekonomik olarak tasarlanan mekanik tasarımın ve oluşturulan yazılımların piyasadaki pahalı ve ithal örneklere yakın bir performans sağladığı görülmüştür.

Amaç: Laboratuvar Bilgi Sistemi, klinik laboratuvarlar için verileri kaydeden, yöneten ve depolayan bir yazılım sistemidir. Bu çalışmada laboratuvar örneklerinin belirli kurallar çerçevesinde sınıflandırılıp, optimum örnek miktarlarının alınması, otomatik kabulü, hızlı ve kolay ulaşımın sağlanması için Clarion, C#, VB.NET yazılım dilleri ve Oracle 11g, Sql Server 2014 veri tabanları kullanılarak, mevcut LBS'nin ek modüller ve karar destek sistemleri (KDS) ile performansının arttırılması hedeflenmiştir. Yöntem: Yazılım geliştirilme süreçlerinde: Öncelikle optimum örnek miktarlarının ve kapların belirlenmesi için veri tabanı tasarımı ve ara yüz yazılımları geliştirilmiştir. Geliştirilen sistem, girilen verilere ve kurallara göre alınacak örnek kapları ve miktarlarını otomatik olarak hesaplar duruma getirilmiştir. Bulgular: Bu sistem Akdeniz Üniversitesi Hastanesi kan alma biriminde otomatik etiketleme cihazı ile entegre edilerek kullanıldığında, yapılan tetkiklerde aynı türden eski sistemde en fazla 5 tüp, yeni sisteminde en fazla 2 tüp kullanılırken, hastaların etiketleme için ortalama bekleme süresi 3 dakikadan 2 dakikaya düşerek %33 azaltılmış, cihazdan verilen örnek kapları için %0,174 olan hatalı örnek kabı verme durumu ortadan kaldırılmıştır. Çalışmada saat başına kabul sayıları değerlendirildiğinde, yeni sistem ortalama 176 örnek kabulü, personel ise ortalama 21 örnek kabulü yapmıştır. Bu sayılara göre yeni sistemin kabul alma konusunda da daha verimli olduğu görülmüştür. Sonuç: Çalışma sonucunda oluşan yeni sistemin değerlendirilmesinde seçilen 1701 hasta örneklemi üzerinde yapılan analizlerde; eski sisteme göre, saatlik kabul sayının arttığı, hastalardan alınan örnek tüp sayısının ve hata sayısının azaldığı, iş akışının hızlandığı, iş yükünün ve kurum maliyetlerinin azaldığı, yapılan anketler sonucunda hastaların memnuniyetinin ve kuruma olan güvenlerinin arttığı görülmüştür. Ayrıca, iyileştirilen yazılımın LBS'ye etkileri ortaya koyularak, ideal laboratuvar sistemlerinde olması gereken örnek alım ve kabul işleyişi hakkında bilgi verilmiştir.

Amaç: Meme kanserlerinin erken tanısı için değişik görüntüleme yöntemleri kullanılmaktadır. Bu yöntemlerden bazıları, Manyetik Rezonans Görüntüleme (MRG), Pozitron Emisyon Tomografisi (PET) ve ultrasondur. En sık kullanılan yöntem ise mamografidir. Mamografi sisteminin maliyetinin yüksek olması ve bazı tümör yapılarını ayırt edememesi gibi dezavantajları vardır. Son yıllarda, dokuya zarar vermeyen dalga boyunda ışık kullanılarak, gönderilen ışığa dokunun verdiği yanıtı inceleyerek görüntü oluşturabilen Difüz Optik Tomografi (DOT) sistemleri kullanılmaya başlanmıştır. Bu tezde, bir klinik DOT sistemin elektronik devre tasarımı ve uygulamasının yapılması amaçlanmıştır.Yöntem: Bir Difüz Optik Tomografi sisteminin, görüntüleme oluşturabilmesi için gerekli olan veriyi elde etmek üzere, gelişen teknolojinin sunduğu yeni devre elemanları ve yazılım geliştirme olanaklarını kullanarak, örnek bir elektronik donanım, mikrodenetleyici yazılımı ve donanımı kontrol edip elde edilen ham görüntüleme verisini bilgisayar ortamına aktaran bir bilgisayar yazılımı geliştirildi. Mikrodenetleyici yazılımı Rowley Crossworks For Arm geliştirme ortamında, bilgisayar yazılımı Visual Studio geliştirme ortamında C# dili kullanılarak oluşturuldu.Bulgular: Geliştirilen sistemin mikrodenetleyici tabanlı donanımı ve bu mikrodenetleyicide çalışan yazılım ile bilgisayarda çalışan C# tabanlı olarak geliştirilen yazılımın, benzetilmiş çalışma şartları altındaki performansı incelendi.Sonuç: Arm cortex M3 temelli donanım sistemi ve yazılımı yapıldı. Optik seçici düzenekle birlikte test edildi. Bilgisayar arayüz programı yazıldı. Elektriksel performans ölçümleri yapıldı ve ham görüntü veri dosyaları elde edildi. Objective: Several different imaging techniques have been used for early diagnosis of breast cancer. Magnetic resonance imaging (MRI), positron-emission tomography (PET) and ultrasound imaging are some of them. Most often used technique is mammography. The mammography technique has some disadvantages as having high cost and not being able to differentiate some types of tumors. In recent years, diffuse optical tomography (DOT) systems that use near infrared light that are not harmful to tissue and can generate images by examining the response of the tissue to the light, have been put into use. In this theses, circuit design and implemention of a clinical DOT system have been targeted.Method: In this study, in order to obtain the necessary data for a Diffuse Optical Tomography system to generate an image, and electronical hardware system, a microcontroller firmware, and a computer software which controls the hardware and conveys obtained raw imaging data to computer environment have been developed and implemented by taking advantages of the new circuit components and software development tools presented by developing technologies. Microcontroller software was developed in Rowley Crossworks development environment and computer software was developed in Visual Studio development environment by using C# language.Results: System performance of the developed microcontroller based hardware, the code that runs in the microcontroller and the C# based computer program, have been examined under simulated working conditions.Conclusion: Arm cortex M3 based hardware system and it's firmware implemented. The system tested with an optical switching device. Electrical performance measurements of the system was carried out and raw imaging data files obtained. 73

Amaç: Şizofreni hastalarının günlük yaşamı ve günlük sosyal aktiviteleri hastanın iyileşme sürecinde ve takibinde oldukça önemlidir. Bu aktivitelerin takibi geleneksel olarak kâğıt tabanlı kayıtlarla yapılmaktadır. Bu çalışmada akıllı telefon üzerinde çalışabilen bir mobil uygulama ile bu aktivitelerin kaydı ve takibinin yapılması ve sonuçların değerlendirilmesi hedeflenmiştir.Yöntem: Geliştirdiğimiz uygulama hastanın günlük aktivitelerini kayıt etmesini sağlayan, yapmayı unuttuğu aktivitelerin hatırlatan, ilaç kullanımını takip eden ve hatırlatan, bu kayıtların canlı olarak doktor panelinden görüntülemesini sağlayan hibrit yapıda bir Andorid OS uygulamasıdır. Hastaların çalışmadan önce ve sonra klinik değerlendirmesi ve psikiyatrik testleri yapılmıştır. Geliştirilen mobil uygulama kullanılabilirlik çalışması sonrası 14 hasta tarafından bir ay kullanılmıştır. Çalışmayı tamamlayan 12 hastanın verileri değerlendirilmiştir.Bulgular: Çalışma süresince teknik açıdan bir sorun yaşanmamıştır. Uygulamaya, bir aylık sürede 12 kullanıcı tarafından toplam 1901 veri kaydedilmiştir. Hastaların günlük ortalama veri giriş sayısı 5,1'dir. Hastaların bir ay içinde uygulamayı kullanma sayıları minimum 22, maksimum 388'dir. Çalışmadan önce ve sonra PANSS, CGI, IADL, ŞİLÖ, FROGS toplam puanlarında anlamlı bir değişim görülmemiştir. İki alt ölçekte değişim görülmüştür, bunlardan biri olumlu biri olumsuz yöndedir, ancak kullanım sayısının yetersizliği nedeni ile bu değişimi uygulama kullanımına bağlamak zordur. Hastaların uygulamayı kullanma sayıları ile PANNS Pozitif belirtiler, PANNS Toplam, Klinik Global İzlenim arasında negatif korelasyon, ŞİLO Günlük yaşam becerileri ve ŞİLO toplam puan arasında pozitif korelasyon izlenmektedir.Sonuç: Teknik açıdan sorun olmamakla birlikte, uygulamanın kullanım sıklığı açısından bir sorun vardır. Bu sıklığı artırmak için neler yapılmasının araştırılması gerekmektedir.Anahtar Kelimeler: Mobil uygulama; Sosyal aktivite; Şizofreni; Hasta takibi; Sosyal izolasyon Objective: Daily life and social activities of schizophrenic patients are important because these activities both help the patients getting better and they are also indicator of being functional for the patients. Traditionally, these activities are recorded on paper based media. The purpose of this study is to evaluate the use of a mobile application which records the activities of the patients. Method: We have developed a hybrid Android OS application which is used for recording daily activities of the patients, reminds the required activities and medications, follows up medication usage, and permits the physican to view this data in a separate doctor panel. Clinical evaluation and pshyciatric tests of the patients were performed before and after the study. After usability study, the application was used by 14 patients. We evaluated the data of 12 patients who completed the study. Results: We had no technical problems during the study. Twelve users recorded a total of 1901 activities in one month. Average data entry per day is 5,1 for each patient. They used the application minimum 22, maximum 388 times in a month. We observed no statistically significant changes between pre and post PANSS, CGI, Lawton&Brody instrumental activities of daily living, Functional Remission of General Schizophrenia (FROGS) Scale, or Katz Index of Independence in Activities of Daily Living. We observed statistically significant changes in two sub-scales, one in a positive, one in a negative way, however it is difficult to link these differences to use of application, due to low usage of the application. There are negative correlations between number of use of the application and PANNS Positive scale, PANNS Total, and CGI. There are positive correlations between number of use of the application and FROGS total and FROGS daily life.Conclusion: We had no technical problems during the study, however we observed a problem of frequency of use of the application. The methods to increase the number of use must be investigated.Key Words: Mobile application; Social activities; Schizophrenia; patient follow-up; Social isolation 117

Amaç: Dünya Sağlık Örgütü'nün tanımına göre inme; 24 saatten uzun süren ya da ölümle sonlanan, vasküler neden dışında gösterilebilir başka bir nedeni olmayan, hızlı gelişen, serebral işlevin fokal ve bazen de global olan bozukluğudur (Mazzoni ve ark., 2009). Özellikle tıbbi metinlerde, hemipleji ise "tek taraflı, kasın aşırı aktivasyonu ve motor aktivitesinde azalma, kas gerginliğinin artması, güçsüzlük ve seçici motor kontrolü kaybı" şeklinde tanımlanmaktadır (Barnes ve Fairhurst, 2012). Bu çalışma ile hemiplejik hastaların yürüme verileri analiz edilerek hastalıklarının hangi evrede (Brunnstrom Evrelemesi) olduğunun tespit edilebilmesi amaçlanmaktadır. Yöntem: Çalışmada kullanılan üç eksenli ivmeölçer sinyalleri Matlab programında Daubechies5 (DB5) dalgacığı kullanılarak altıncı seviyeye kadar ayrıştırıldı. Yeni oluşan sinyallerden altıncı seviyedeki yaklaşım sinyalinin öznitelikleri seçildi. Daha sonra seçilen öznitelikler WEKA programında Iterative Classifier Optimizier, AdaBoost, Bagging, Classification via Regression (CVR), LogitBoost, OneR, J48, Random Forest, Random SubSpace, Multi Class Classifier ve RepTree algoritmaları; MATLAB programında ise Lineer Discriminant, Complex Tree, Subspace Discriminant ve RUSBoosted Trees algoritmaları ile sınıflandırma yapılarak evreleri tahmin etmek için kullanıldı. Bulgular: Bu çalışmada hemiplejik hastaların hangi evrede oldukları, yürüme sinyalleri kullanılarak ayrık dalgacık dönüşümü yöntemi ve yapay öğrenme yöntemleri ile tahmin edilmeye çalışılmıştır. Hemiplejik hastaların Brunnstrom Evrelerini en iyi tahmin eden sınıflandırıcı WEKA'da LogitBoost algoritması ve MATLAB programında RUSBoosted Trees algoritması olmuştur. Sonuç: Hemiplejik hastaların tedavisine yön verme bakımından önemli olan evre belirlemede dalgacık dönüşümü yöntemi ve yapay öğrenme yöntemlerinin kullanılabileceği görülmüştür. LogitBoost ve RUSBoosted Trees algoritmaları en iyi sonucu vermiştir.

Hemşirelik tanıları, hastaya yapılacak girişimlerin seçiminde yol gösterdiği için hemşirelik sürecinde kritik bir rol oynamaktadır. Yapılan çalışmalarda hemşirelik öğrecilerinin tanı koymada zorluk yaşadıkları görülmüş, bu sorunun çözümünde mobil öğrenme eğitimsel bir girişim olarak seçilmiştir. Çalışmanın amacı, mobil ortamda erişilebilecek web tabanlı eğitim materyalleri ile sistemin öğrencilerin tanı koyma başarısına etkisini, mobil öğrenme uygulamasının etkililiğine yönelik görüşlerini ve tutumlarını değerlendirmektir. Yöntem: Çalışma üç aşamadan oluşmaktadır. İlk aşamada öğrencilerin mobil öğrenme ortamlarına hazır bulunuşlukları, bu ortamlara ilişkin tercih ve tutumları belirlenmiştir. İkinci aşamada bu sonuçlar dikkate alınarak "nandacepte.org" web tabanlı mobil öğrenme sistemi geliştirilmiştir. Son aşamada ise ön test-son test ile sistemin tanı koymadaki başarıya etkisi, çevirim içi anket ile sistemle ilgili görüş ve tutumları değerlendirilmiş, odak grup görüşmeleri ile öğrencilerin mobil kullanım davranışları, sistemle ilgili görüş ve önerileri derinlemesine incelenmiştir. Bulgular: Öğrencilerin %67'si mobil öğrenmeye hazır olduğunu belirtmiştir. İçerisinde 30 adet hemşirelik tanısına ait sunumların, kavram haritalarının, bilgi testlerinin, senaryoların ve videoların yer aldığı sistemin üç ay boyunca kullanımı sağlanmıştır. Sistem en sık akıllı telefon ile kullanılmıştır. Sistemi kullanan ve kullanmayan öğrencilerin ön testteki tüm başarı puanları arasında fark bulunmazken, son testte sistemi kullanan öğrencilerin ortalama genel başarı puanlarında artış görülmüştür (X̄1=%40,36; X̄2=%53,62; p

Bu çalışmanın amacı, Pubmed literatür veri tabanında bulunan makale özetleri kullanılarak, sağlık bakım profesyonellerine hasta bakımında veya klinik araştırmalarda ihtiyaç duydukları bilgiye (kanıta) erişimlerinde ve bilgiyi değerlendirmelerinde yardımcı olacak web tabanlı bir sistem geliştirmektir. Yöntem: Sistem geliştirme süreci, Pubmed literatür veri tabanından makale özetlerine erişim, metin madenciliği teknikleri kullanılarak metnin ön işlenmesi, medikal varlıkların etiketlenmesi, özetlerden amaç ve istatistiksel terimlerin çıkarımı ve web ara yüzü aracılığı ile gösterimini kapsamaktadır. Özetlere erişim için Biopython Kütüphanesi, medikal varlıkları etiketlemek için Becas Annotator web servisi, istatistiksel terimler için ise NCBO Annotator ve terimleri içeren bir liste kullanılmıştır. Özetlerdeki amaç cümleleri sözlük tabanlı olarak geliştirilen yeni bir algoritma ile çıkartılmaktadır. Etiketlenen varlıklar arasındaki ilişki örüntülerinin bulunması amacıyla birlikte bulunma frekansları hesaplanmaktadır. Bulgular: Özetler içerisinde etiketlenen varlıklar farklı renklerle vurgulanarak Pubmed benzeri bir ara yüzle kullanıcıya sunulmaktadır. Sistem erişilen makalenin amacını, çalışmada kullanılan istatistiksel terimleri otomatik olarak belirlemekte ve makaleye ait bazı özellikler ve etiketlenen medikal varlıklar ile birlikte tablo biçiminde kullanıcıya sunmaktadır. Farklı sınıflara ait kavramların birlikte bulunma frekansları tablo biçiminde ve grafiksel olarak sunulmaktadır. Amaç çıkarma modülünün kesinlik, hassasiyet ve f-ölçütü değerleri sırasıyla %95, %83,5, %90, istatistiksel terimleri çıkarma modülünün kısmi eşleşme değerlendirme sonuçları %95,4 kesinlik, %88,3 hassasiyet ve %91,7 f-ölçüt, tam eşleşme değerlendirme sonuçları sırasıyla %94,1, %67,8 ve %78,8 şeklindedir. Sonuç: Sistem Pubmed'te yer alan özetleri analiz ederek medikal bilgiye hızlı erişimi web tabanlı olarak sunmaktadır. Ayrıca literatürdeki diğer sistemlerle karşılaştırıldığında; (i) geniş çaptaki sınıflara ait varlıkları çıkartması (ii) farklı ara yüzlerle kullanıcıya daha hızlı gözden geçirme imkanı sunması ve (iii) ikiden fazla sınıfa ait varlıklar arasındaki ilişki örüntülerini çıkarması ile ayrıcalıklı olduğu görülmektedir.

Radyoloji raporları genellikle yapılandırılmamış düz metinler halinde olup, karar destek için kullanılabilecek bir çok veriyi içinde barındırmaktadırlar. Bunun yanı sıra raporlarda genellikle birden fazla lezyona ve bu lezyonların özelliklerine ait bilgiler bulunmakta ve bu durum her bir lezyona ait bilgi çıkarımı gibi ileri düzey bir çalışmayı gerektirmektedir. Bu çalışmanın amaçlarından ilki, doğal dil işleme yöntemleri ile yapılandırılmamış ya da yarı yapılandırılmış mamografi raporlarından karar destek sistemine girdi verisi olarak verilebilecek otomatik bilgi çıkarımı sağlayan bir sistem geliştirmektir. Bu amaçla, General Architecture for Text Engineering (GATE) NLP isimli platform kullanılarak, bir çok farklı bileşen içeren bir ardışık düzen geliştirilmiştir. Bu ardışık düzen sonucunda karar destek için gerekli olan veriler mamografi raporlarından çıkartılmaktadır. Geliştirilen sistem Stanford Üniversitesi görüntü bilişimi laboratuarının kullanımına sunulmuş olan ve yapılandırılmış raporlama uygulamasını da destekleyen PenRad (PenRad, Buffalo, MN) isimli radyoloji veri tabanından seçilen 300 mamografi raporu üzerinde değerlendirilmiştir. Referans veri setinde 797 lezyon bulunurken sistem 815 lezyon saptamıştır (780 gerçek pozitif, 35 yanlış pozitif, 17 yanlış negatif). Geliştirilen bilgi çıkarımı sisteminin tüm lezyonların özellikleriyle birlikte saptanma doğruluğunu belirten kesinlik değeri 94,9 olup hassasiyet değeri 90,9'dur ve F ölçümü 92,8 olarak hesaplanmıştır.Bir çok çalışmada mamografi değerlendirmelerinde gözlemler ve gözlemciler arası değişkenliğin önemli bir problem olduğu ve bu değişkenliği azaltmak için mamografide karar destek sistemlerinin kullanımının önemi vurgulanmıştır. Klinik değerlendirmeler sırasında ortaya çıkan bu ve benzeri problemlerin çözümünde karar destek sistemlerinin katkıları bilinse de, bulgulardaki değişkenlik gibi problemlerinin giderilmesine katkı sağlayan BI-RADS sınıflandırma sistemini içeren ve gerçek zamanlı sonuç veren bir karar destek sistemi bulunmamaktadır. Bu çalışmanın ikinci amacı, bilgi çıkarımı sisteminin çıkarttığı bilgileri karar destek sistemine girdi verisi olarak vererek, raporlama sırasında lezyonlara ait sonuç üretebilecek gerçek zamanlı karar destek sistemi (GZ-KDS) geliştirmek ve çıktılarını değerlendirmektir. Bilgi çıkarımı sistemi tarafından saptanan ve referans veri setinde bulunan verilerin karar destek sisteminde analizi ile elde edilen BI-RADS sınıflama kodları arasındaki uyumu ölçmek için hesaplanan ağırlıklandırılmış Kappa (ƙw) değeri κ=0.721 olarak hesaplanmıştır (p

Tıbbi Görüntüleme alanında aşırı ve uygunsuz tetkik kullanıldığına ait veriler konunun daha sistematik ve öncelikli olarak çalışılmasına neden olmuştur. Bu durumun nedenlerinin belirlenmesi ve çözüm önerilerinin geliştirilmesi önemli ve güncel bir araştırma konusudur. Öte yandan bilgi teknolojilerindeki gelişmeler, kompleks ve önemli kararların verildiği tıp alanındaki karar verme süreçlerine de yansımış ve çeşitli karar destek araçlarının kullanılmasını sağlamıştır. Ancak, uygun radyolojik tetkik seçimine yardımcı olmak için literatürde tanımlanmış karar destek sistemi (KDS) son derece az sayıdadır.Bu çalışmada uygun radyolojik tetkik seçimi için bilgi tabanlı bir karar destek sistemi geliştirilmiş, değerlendirmesi yapılmış ve sonuçları tartışılmıştır. Bu amaçla tetkik uygunluğu açısından halen dünyada en çok kabul gören ve kanıta dayalı kılavuzlardan oluşan American College of Radiology uygunluk kriterlerinin (ACRAC) nöroradyoloji alt başlığı uzman görüşü olarak kullanılmıştır. Bu ölçütler karar ağacı diagramlarına dönüştürülerek XML tabanlı, mobil araçları destekleyen web uygulaması biçiminde bir ?radyolojik tetkik seçimi karar destek sistemi? (RADDES) geliştirilmiştir. RADDES hızlı, basit ve karar süreçlerine uygun olarak tasarlanmıştır. Değerlendirme amacı ile hazırlanan senaryolara RADDES kullanmaksızın gönüllü hekimlerin tetkik önerileri alınmıştır. Bu öneriler ACRAC ile karşılaştırılarak uyumluluğu saptanmıştır. İkinci aşamada, yeni bir senaryo seti verilmiş ve hekimlerin kararlarını RADDES önerilerini aldıktan sonra oluşturmalarıistenmiştir. RADDES ile birlikte alınan öneriler ile önceki öneriler ACRAC uyumlulukları açısından karşılaştırılmıştır. RADDES kullanarak yapılan önerilerin ACRAC önerileri ile uyumluluğu istatistiksel olarak anlamlı yüksek bulunmuştur. Ayrıca RADDES kullanılabilirlik açısından değerlendirilmiş ve kullanılabilir bir sistemolduğu sonucuna varılmıştır.Literatürde ulaşabildiğimiz kadarı ile hekimlerin tetkik önerilerinin kanıta dayalı kılavuzlar olan ACRAC önerileri ile uyumluluğu ilk kez bu çalışmada değerlendirilmiştir. Ayrıca tetkik uygunluğu için XML tabanlı, mobil araçları destekleyen web uygulaması şeklinde bir KDS ilk kez geliştirilmiştir.Sonuç olarak, tetkik uygunluğu önemli bir kavram olup tıp uygulamalarında iyileştirilmelidir. RADDES, radyolojik tetkiklerin uygun seçimine katkı sağlamaktadır ve KDS olarak kullanılabilir bir sistemdir. ACRAC ya da farklı bir kanıta dayalı çalışma ile hazırlanacak bir KDS uygun tetkik seçimine yardımcı olacaktır. Bu amaçla RADDES?te kullanılan karar ağacı diagramı veya karar verme süreçlerine uygun benzeri yöntemler yarar sağlayabilir.

Şizofreni, otizm gibi bazı psikolojik hastalıklarda görülebilen yüze ait duygu ifadelerini tanımadaki eksiklik, hastaların günlük yaşamlarını olumsuz yönde etkileyebilmektedir. Yapılan araştırmalar bilgi teknolojilerinin kullanıldığı eğitimsel yazılım ve oyunlarla bu eksikliğin giderilebileceğini göstermektedir. Bu tez projesinde amaç öncelikle, güvenilir bir ?Yüze Ait Duygu İfadeleri? dijital fotoğraf seti oluşturmak daha sonra bu seti kullanarak yüze ait duygu ifadelerini tanıma konusunda bozukluğu olan insanlara eğitim veren ?Yüz İfadelerini Öğreniyorum? isimli, web tabanlı, ciddi oyunların olduğu bir eğitim yazılımı geliştirerek kullanılabilirliğini ve etkinliğini değerlendirmektir. Yüze ait duygu ifadeleri fotoğraf seti için, Türkiye Cumhuriyeti vatandaşı olan gönüllü modellerin (40) evrensel olarak tanınan mutlu, üzgün, iğrenmiş, kızgın, korkmuş, şaşırmış ve ifadesiz yüz ifadelerini yansıtan fotoğraflar çekilmiştir. Bu tez çalışması için geliştirilen İnternet tabanlı anket yardımıyla 427 gönüllü hakem fotoğrafları değerlendirmişlerdir. Eğer bir fotoğrafın yansıttığı duygu ifadesi için katılımcılardan %85 veya üzerinde bir fikir birliği sağlanmışsa, fotoğraf seti için fikirbirliğine varılan ifadeyi temsil etmesi için seçilmiştir. %85?in altında fikir birliğine varılan fotoğraflar ise güvenilir bulunmadığı için çalışma dışı bırakılmıştır. Sadece korku ifadesini yansıtan fotoğraflar için katılımcıların %75 ve üzeri fikir birliğine vardığı fotoğraflar seçilmiştir. Sonuçta, 40 katılımcıdan elde edilen 905 adet fotoğraftan 362 adedi yüz ifadeleri fotoğraf seti için seçilmiştir.Eğitim yazılımının planlama, tasarım ve geliştirme aşamalarında konuyla ilgili literatürden ve uzman görüşlerinden yararlanılmıştır. Web sitesinin kullanılabilirliği sekiz uzman tarafından sezgisel değerlendirme yöntemi değerlendirilmiş, majör ve minör kullanılabilirlik problemleri tespit edilmiş ve hastalar tarafından değerlendirilmeden önce bu problemler çözülmüştür. ?Yüz İfadelerini Öğreniyorum?web sitesinin beş adet şizofreni hastası tarafından kullanılabilirliğinin değerlendirildiği çalışmanın sonuçları göz önüne alınarak web sitesi için belirgin iyileştirmelerde bulunulmuştur. Çalışmaya katılan 32 şizofreni hastası ön test ile eğitim alan ve eğitim almayan olarak iki gruba ayırılmıştır. Eğitim grubundan, geliştirilen web sitesindeki ciddi oyunları bir ay süre ile oynamaları istenmiştir. Bir ay sonunda tüm hastalara son test yapılmıştır. Hastalara uygulanan ön test ve son test sonuçları karşılaştırıldığında eğitim alan grup için sonuçlar arasında istatistiksel olarak anlamlı kabul edilen bir fark (p=0,000; ortancaöntest=16,5; ortancasontest= 20 ) görülürken, eğitim almayan grup için anlamlı bir farklılık (p=0,05; ortancaöntest= 17,5; ortancasontest= 18) görülmemiştir. Sonuç olarak, Yüz İfadelerini Öğreniyorum web sitesinin şizofreni hastaları için kullanılabilir ve yüze ait duygu ifadelerinin eğitiminde etkili bir araç olduğu yönünde bulgular elde edilmiştir.

Genomik ve bilgisayar teknolojilerindeki gelişmelerin ardından genetik araştırmalarda biyoinformatik disiplininin rolü daha da artmıştır. Karmaşık araştırma sorularının çözümü için yeni veri analiz tekniklerine duyulan ihtiyaç, biyoinformatik profesyonellerinin karşılaştığı en önemli sorundur.Hasta ve kontrol grupları arasındaki allel frekansı farklılıklarını araştırmada en çok kullanılan araştırma tasarımı Genom Çağında İlgi Çalışmalarıdır (GWAS). İlk GWAS araştırması 2005 senesinde gerçekleştirilmiştir ve o zamandan beri gittikçe artan sayıda GWAS araştırması yayınlanmıştır. GWAS, tüm kısıtlılıklarına rağmen vaka ? kontrol temelli genetik araştırmalar için en önemli yöntemlerden birisidir.Genomik verilerin analizi için yakın zamanda önerilen en yeni yöntemlerden birisi de Çok Değişkenli Uzaklık Matrisi Regresyonu'dur (MDMR). MDMR, özellikle bağımsız değişken sayısının olgu sayısına kıyasla çok fazla olduğu durumlar için oldukça güçlü bir analiz yöntemidir. Bireyler arasındaki uzaklıklar hesaplanarak bir bağımlı değişkenler matrisi oluşturulur ve genetik bilgi içeren değişkenler de modele bağımsız değişken olarak eklenebilir. Böylece bağımsız değişkendeki varyasyon miktarı açıklanmaya çalışılır. Yakın zamana kadar, yntemin genetik alanındaki kullanımı gen ekspresyonu verisi ile sınırlı kalmıştır.Bu çalışmada GWAS yaklaşımı ve MDMR yöntemi birlikte bipolar bozukluk veri setine uygulanmıştır. İlk basamakta GWAS yapılarak bipolar hastası bireylerle kontrol olgularını birbirinden ayıran istatistiksel olarak nalamlı SNPler bulunmaya çalışılmıştır. İkinci basamakta ise bipolar bozukluk hastalarına MDMR uygulanmış ve hastalığın seyrine etki etmesi olası fenotip X genotip etkileşimleri incelenmiştir. En son basamakta ise bu iki uygulamanın sonuçları kıyaslanmış ve kesişim SNPleri araştırılmıştır.Bazı kısıtlılıkları olmasına rağmen MDMR yöntemi, genetik faktörlerin kompleks hastalıklara etkisini incelemek için güçlü bir analiz aracıdır. Yöntemin esnekliği hem gen ekspresyonu verisi ile hem de SNP verisi ile genomik araştırmaların yürütülmesine olanak tanımaktadır. Bilindiği kadarıyla bu çalışma MDMR yönteminin fenotip verisi ile oluşturulan uzaklık matrisleri ile ilk uygulamasıdır. Ayrıca yöntem bipolar bozukluk verisi için ilk kez kullanılmaktadır.GWAS ve MDMR analizleri sonucunda toplam 12 SNP ortak olarak bulunmuştur. Bu SNPler hem hastalığın ortaya çıkması hem de seyri açısından önemlidirler. Ayrıca analizler sonucunda istatistiksel anlamlılığı gösterilen bazı SNP ve genlerin önceki araştırmalarda da bipolar bozukluk ile ilişkili olduğu gösterilmiştir.Sonuç olarak, MDMR etkin bir analiz aracıdır ve kısıtlılıkları üzerinde çalışılarak genomik araştırmalarda verimli şekilde kullanılabileceği düşünülmektedir. Following the advances in genomics and computer technologies, the role of bioinformatics in genetic studies dramatically increased. The need for new data analysis techniques to handle complex problems is one of the most challenging tasks that bioinformatics professionals have to deal with.Most frequent study design to compare allele frequency distances between patients and controls is called GWAS (Genome Wide Association Study). Since the first GWAS in 2005, increasing numbers of similar research were published. GWAS has its own strengths and weaknesses and still is a major design for most case ? control genetic research.One of the recent data analysis methods proposed for the analysis of genomic data is Multivariate Distance Matrix Regression (MDMR). MDMR is a statistically powerful tool, especially for the problems where the number of independent variables exceeds the total number of cases. A dependent variable matrix is calculated based on statistical distances between individuals and genetic information is added to the model as independent variables to explain the variation in the distance matrix. Until recently, its use in genetic research was limited with gene expression studies.This study utilizes traditional GWAS approach and MDMR method on a bipolar disorder data set. As the first step, we applied the GWAS technique to determine the statistically significant SNPs those may distinguish bipolar patients and control individuals. In the second step, we applied MDMR model to understand the phenotype X genotype interactions those may affect the disease course in bipolar disorder. As the last step, we compared the outcomes collected in previous steps and determined the overlapping SNPs.Despite several limitations, MDMR is a useful analysis tool, especially for investigating the effects of genetic factors on complex diseases. Flexibility of the method is an advantage as it can be used in both gene expression and SNP based genomic research. To our knowledge, this study is the first MDMR application on phenotype based distance matrices. Moreover, this is the first study to apply the method on bipolar disorder data.A total of 12 SNPs were common in both GWAS and MDMR runs. These SNPs are crucial in terms of both occurrence and course of bipolar disorder. Several SNPs and genes those found to be statistically significant in our analysis were previously reported to be associated with bipolar disorder.As a conclusion, MDMR is a useful tool and it should be tweaked in terms of its limitations so that it can be used more effectively in genomic research. 95

Access to medical information by health professionals during medical care has critical importance for quality of medical care and administration of health institutions. Clinical data must be reliable and updated and accessible in a short time when required. Design and usage of clinical information systems have been remained insufficient and their dissemination is very limited when compared to financial and administrative medical systems. The main reasons of this situation are complexity of medical data and failure to recognize this complexity. Present clinical information systems usually collects data by unstructured data entry interfaces, free text based entries, and they do not have hierarchical structure. Thus, the stored data is difficult to be queried, reproduced, and converted to information. There is no structured, modelled clinical data set in Turkish. In this study, the aim is to develop a model design for clinical data and to develop a clinical oncologic data model including its subdomains of chemotherapy and radiotherapy. Oncologic domain data was analysed by object oriented approach and clinical data modelling has been performed. The model is documented using OpenSDE modelling editor. Clinical oncology domain data set which was produced in this study is expected to be an example for data modelling in other clinical domains and to assist the design of clinical information systems. Access to medical information by health professionals during medical care has critical importance for quality of medical care and administration of health institutions. Clinical data must be reliable and updated and accessible in a short time when required. Design and usage of clinical information systems have been remained insufficient and their dissemination is very limited when compared to financial and administrative medical systems. The main reasons of this situation are complexity of medical data and failure to recognize this complexity. Present clinical information systems usually collects data by unstructured data entry interfaces, free text based entries, and they do not have hierarchical structure. Thus, the stored data is difficult to be queried, reproduced, and converted to information. There is no structured, modelled clinical data set in Turkish. In this study, the aim is to develop a model design for clinical data and to develop a clinical oncologic data model including its subdomains of chemotherapy and radiotherapy. Oncologic domain data was analysed by object oriented approach and clinical data modelling has been performed. The model is documented using OpenSDE modelling editor. Clinical oncology domain data set which was produced in this study is expected to be an example for data modelling in other clinical domains and to assist the design of clinical information systems. 196