1. La microbiologie moléculaire au service du diagnostic environnemental. Synthèse de Recherche. Contrat n°1406C0050. Projet de recherche coordonné par : 'Observatoire des sols vivants'
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Bouchez , Théodore, Blieux , Anne Laure, Dequiedt , Samuel, Domaizon , Isabelle, Dufresne , Alexis, Ferreira , Stéphanie, Godon , Jean-Jacques, Hellal , Jennifer, Joulian , Catherine, Quaiser , Achim, Martin , Fabrice, Mauffret , Aourell, Monier , Jean Marie, Peyret , Pierre, Schmitt-Koplin , Philippe, Sibourg , Olivier, d’Oiron Verame , Elisabeth, Bispo , Antonio, Deportes , Isabelle, Grand , Cécile, Cuny , Philippe, Maron , Pierre-Alain, Ranjard , Lionel, Hydrosystèmes et bioprocédés (UR HBAN), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Welience AgroEnvironnement, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques (CARRTEL), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Genoscreen, Laboratoire de Biotechnologie de l'Environnement [Narbonne] (LBE), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Bureau de Recherches Géologiques et Minières (BRGM) (BRGM), ENOVEO, EA CIDAM, Université Clermont Auvergne (UCA), CRBV, Helmholtz-Zentrum München (HZM), Observatoire Français des Sols Vivants, Unité INFOSOL (ORLEANS INFOSOL), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agence de l'Environnement et de la Maîtrise de l'Energie (ADEME), Institut Pythéas (OSU PYTHEAS), Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), OCEAMED, n° 1406C0050, Hydrosystèmes et Bioprocédés (UR HBAN), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry]), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Conception, Ingénierie et Développement de l'Aliment et du Médicament (CIDAM), Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA), InfoSol (InfoSol), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Helmholtz Zentrum München = German Research Center for Environmental Health, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hydrosystèmes et bioprocédés ( UR HBAN ), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté ( UBFC ), Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques ( CARRTEL ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Savoie Mont Blanc ( USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry] ), Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] ( ECOBIO ), Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -INEE-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes ( OSUR ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de Biotechnologie de l'Environnement [Narbonne] ( LBE ), Institut national de la recherche agronomique [Montpellier] ( INRA Montpellier ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), Bureau de Recherches Géologiques et Minières (BRGM) ( BRGM ), Université Clermont Auvergne ( UCA ), Helmholtz-Zentrum München ( HZM ), Unité INFOSOL ( ORLEANS INFOSOL ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Agence de l'Environnement et de la Maîtrise de l'Energie ( ADEME ), Institut Pythéas ( OSU PYTHEAS ), and Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
- Subjects
[ SDV ] Life Sciences [q-bio] ,[SDV]Life Sciences [q-bio] - Abstract
EABIOmEINRA; National audience; L'étude a pour objectif de décrire les différentes techniques relevant de la microbiologie moléculaire en termes d'état d'avancement, de limites techniques et de sensibilité pour étudier l'abondance, la diversité, l'activité et les potentialités fonctionnelles des communautés microbiennes indigènes de diverses matrices environnementales (eau, sol, air, substrats déchets). On trouve dans l'étude neuf fiches de présentation des méthodes, puis vingt-neuf fiches d'application sur les milieux/substrats eau, sol, air et déchets. Des indicateurs de microbiologie moléculaire permettant un diagnostic environnemental ont été recherchés. Une trentaine d'entreprise qui les propose en routine sont données dans le rapport. Ces indicateurs microbiens sont opérationnels pour des prestations de diagnostic de la qualité de différentes matrices environnementales par différents types d'opérateurs (agriculteurs, industriels, gestionnaires de déchets, aménageurs du territoire)
- Published
- 2016