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I-MOVE-COVID-19 primary care study team (in addition to authors above): Nick Andrews, Jamie Lopez Bernal, Heather Whitaker, Caroline Guerrisi, Titouan Launay, Shirley Masse, Sylvie van der Werf, Vincent Enouf, John Cuddihy, Adele McKenna, Michael Joyce, Cillian de Gascun, Joanne Moran, Ana Miqueleiz, Ana Navascués, Camino Trobajo-Sanmartín, Carmen Ezpeleta, Paula López Moreno, Javier Gorricho, Eva Ardanaz, Fernando Baigorria, Aurelio Barricarte, Enrique de la Cruz, Nerea Egüés, Manuel García Cenoz, Marcela Guevara, Conchi Moreno-Iribas, Carmen Sayón, Verónica Gomez, Baltazar Nunes, Rita Roquete, Adriana Silva, Aryse Melo, Inês Costa, Nuno Verdasca, Patrícia Conde, Diogo FP Marques, Anna Molesworth, Leanne Quinn, Miranda Leyton, Selin Campbell, Janine Thoulass, Jim McMenamin, Ana Martínez Mateo, Luca Basile, Daniel Castrillejo, Carmen Quiñones Rubio, Concepción Delgado-Sanz, Jesús Oliva. The I-MOVE-COVID-19 network collates epidemiological and clinical information on patients with coronavirus disease (COVID-19), including severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) virological characterisation in 11 European countries [1]. One component of I-MOVE-COVID-19 is the multicentre vaccine effectiveness (VE) study at primary care/outpatient level in nine European study sites in eight countries. We measured overall and product-specific COVID-19 VE against symptomatic SARS-CoV-2 infection among those aged 65 years and older. We also measured VE by time since vaccination. This project has received funding from the European Union’s Horizon 2020 research and innovation programme under grant agreement No 101003673. info:eu-repo/semantics/publishedVersion

The transmission of COVID-19 through a population depends on many factors which model, incorporate, and integrate a large number of heterogeneous data sources. The work we describe in this paper focuses on the data management aspect of EpiGraph, a scalable agent-based virus-propagation simulator. We describe the data acquisition and pre-processing tasks that are necessary to map the data to the different models implemented in EpiGraph in a way that is efficient and comprehensible. We also report on post-processing, analysis, and visualization of the outputs, tasks that are fundamental to make the simulation results useful for the final users. Our simulator captures complex interactions between social processes, virus characteristics, travel patterns, climate, vaccination, and non-pharmaceutical interventions. We end by demonstrating the entire pipeline with one evaluation for Spain for the third COVID wave starting on December 27th of 2020. This work has been supported by the Spanish Instituto de Salud Carlos III under the project grant 2020/00183/001, the project grant BCV-2021-1-0011, of the Spanish Supercomputing Network (RES) and the European Union's Horizon 2020 JTI-EuroHPC research and innovation program under grant agreement No 956748.

A remarkable excess mortality has coincided with the COVID-19 pandemic in Europe. We present preliminary pooled estimates of all-cause mortality for 24 European countries/federal states participating in the European monitoring of excess mortality for public health action (EuroMOMO) network, for the period March-April 2020. Excess mortality particularly affected ≥ 65 year olds (91% of all excess deaths), but also 45-64 (8%) and 15-44 year olds (1%). No excess mortality was observed in 0-14 year olds. he EuroMOMO network has received financial support from the European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC) and from the World Health Organization (WHO) Regional Office for Europe. We acknowledge all EuroMOMO partners for their contributions as well as the various National Offices of Statistics that are essential partners in ensuring the ongoing monitoring of mortality across Europe. Sí

El objetivo final de la vigilancia de las enfermedades transmisibles es reducir su incidencia en la comunidad. La Red Nacional de Vigilancia Epidemiológica (RENAVE) tiene entre sus funciones la recogida sistemática de la información epidemiológica, su análisis e interpretación y la difusión de los resultados1. Este informe presenta los resultados de la vigilancia de las enfermedades transmisibles para los años 2017 y 2018 realizada por los servicios de vigilancia de las comunidades autónomas (CCAA). El Centro de Coordinación de Alertas y Emergencias (CCAES) del Ministerio de Sanidad coordina a las CCAA para llevar a cabo esta actividad y la gestión de la información la realiza el Centro Nacional de Epidemiología del Instituto de Salud Carlos III de acuerdo a los protocolos de la RENAVE. Agradecimientos Abreviatruras y Acrónimos usados en este informe. 1. Introducción 2. Vigilancia de las enfermedades infecciosas en 2017-2018. 3. Enfermedades transmitidas por alimentos y agua 4. Enfermedades prevenibles por la vacunación.5. Enfermedades de transmisión respiratoria 6. Enfermedades transmitidas por vectores 7. Zoonosis 8. Enfermedades de transmisión sexual y parenteral 9. Encefalopatías espongiformes transmisibles humanas. 10. Anexos No

[ES] La epidemia gripal 2018-19 se ha iniciado en España en la semana 01/2019, tres semanas más tarde que en las dos temporadas previas, pero en el rango de las temporadas post-pandémicas previas. La incidencia de gripe se asocia de forma casi exclusiva a la circulación de virus de la gripe tipo A. Aunque la proporción entre subtipos A(H1N1)pdm09 y A(H3N2) es similar, la tendencia de las últimas semanas indica un aumento en la proporción del primero. Los datos de vigilancia en hospitales señalan una distribución similar por tipo/subtipo de virus. Si bien el grupo de mayores de 65 años es el mayoritario (53%), este porcentaje es inferior al que se puede observar en aquellas temporadas en las que predomina A(H3N2) y se parece más a aquellas temporadas en las que predominó A(H1N1)pdm09. Hasta el momento, la epidemia gripal 2018-19 presenta un nivel bajo de transmisibilidad en todos los grupos de edad. El impacto ocasionado en la población española se estima medio, en términos de tasa de hospitalización y bajo en términos de excesos de mortalidad por todas las causas. Ambos indicadores, así como la gravedad clínica de la enfermedad, se seguirán evaluando en las semanas próximas de la epidemia gripal. Las estimaciones preliminares de EV antigripal de esta temporada en Canadá señalan un valor de EV frente a A(H1N1)pdm09 por encima del 70%, en consonancia con datos preliminares de la red Europea I-MOVE. La EV antigripal frente a A(H3N2) es subóptima hasta el momento. Sin embargo, se han estimado valores moderados de EV antigripal frente a todos los virus A en grupos recomendados de vacunación, lo que refuerza la recomendación oficial de vacunación antigripal en estos grupos de riesgo de complicaciones por gripe. En definitiva, las características de la epidemia 2018-19 hasta el momento se mueven en un patrón intermedio entre las temporadas de A(H1N1)pdm09 y las de A(H3N2), de forma que según derive la circulación mayoritaria de uno u otro virus, cabe esperar que predominen unas u otras características. [EN] Influenza activity in Spain started this 2018-19 season in week 01/2019, three weeks later than in the previous two seasons, but in the range of the previous post-pandemic seasons. So far, the influenza season 2018-19 is characterized by the predominant circulation of type A. Although both A(H1N1) pdm09 and A(H3N2) subtypes are co-circulating in similar proportions, the trend of the last weeks indicates an increase in the proportion of the first. Surveillance data in hospitals indicate a similar distribution by type/subtype. Although 53% were adults 65 years of age and older, this percentage is lower than that observed in seasons associated with A(H3N2) predominance, and more similar to those seasons in which A(H1N1)pdm09 predominated. So far, the influenza season 2018-19 has a low level of transmissibility in all age groups. The impact caused in the Spanish population is estimated as “medium”, in terms of hospitalization rates, and “low” in terms of all causes excess mortality. Both indicators, as well as the clinical severity of the disease, will continue to be evaluated in the next few weeks of the flu epidemic. Preliminary estimates of the effectiveness of influenza vaccine this season in Canada indicate good vaccine effectiveness (VE) (above 70%), in line with preliminary data from the European I-MOVE network. The VE against influenza A(H3N2) viruses is suboptimal so far. However, moderate values of VE have been estimated against all A viruses in recommended groups of vaccination, which reinforces the official recommendation of influenza vaccination in these risk groups of complications due to influenza. In short, the characteristics of the influenza season 2018-19 so far move in an intermediate pattern between the A(H1N1)pdm09 seasons and those with A(H3N2) predominance. It is expected that some or other characteristics will prevail depending on the predominance of the circulation of one or the other virus.

[ES] Siguiendo las recomendaciones de la Organización Mundial de la Salud (OMS), España ha adaptado su guía PISA (por las siglas en inglés de Pandemic Influenza Severity Assessment) para evaluar la gravedad de cualquier epidemia de gripe, estacional o pandémica, a partir de la información de vigilancia de gripe disponible. Dicha gravedad se establece en función de tres indicadores: la transmisibilidad del virus circulante, la gravedad clínica de la enfermedad que produce y su impacto en la población. En este manuscrito se aplican los indicadores y parámetros PISA utilizados en España con la información obtenida en el Sistema de Vigilancia de Gripe en España (SVGE) y del sistema de monitorización de la mortalidad diaria (MoMo y EuroMOMO), con el objetivo de evaluar la gravedad de la gripe durante la temporada 2017-18 en España. La transmisibilidad de la epidemia gripal de la temporada 2017-18 alcanzó un nivel moderado/alto para todas las edades en la semana de máxima actividad gripal (3/2018), y se caracterizó particularmente por una alta transmisibilidad en mayores de 64 años. En cuanto a la gravedad clínica, la epidemia gripal 2017-18, según el grado de admisión en UCI entre los casos graves hospitalizados confirmados de gripe (CGHCG), presentó un nivel bajo para todas las edades, adultos jóvenes y mayores de 64 años. En menores de 15 años el porcentaje de admisión en UCI alcanzó niveles altos respecto a los valores observados en temporadas previas. En términos de letalidad entre los CGHCG, se estimó que en la temporada 2017-18 se alcanzó un nivel alto de gravedad clínica en todas las edades y mayores de 64 años. En adultos jóvenes de 15-64 años la letalidad se estabilizó en un nivel bajo en el pico de la epidemia gripal y en menores de 15 años se consideró baja respecto a los valores observados en temporadas previas. En cuanto al impacto, la temporada 2017-18 presentó un impacto muy alto en términos de tasas de hospitalización de CGHCG en todas las edades, a expensas fundamentalmente de las hospitalizaciones por gripe en el grupo de mayores de 64 años. En este grupo de edad se observaron las tasas más altas de hospitalización desde la temporada 2013-14. En términos de excesos de mortalidad por todas las causas, la epidemia alcanzó un impacto alto en todas las edades, a expensas fundamentalmente de la mortalidad observada en el grupo de mayores de 64 años, siendo, en menores de 15 años y adultos jóvenes, el impacto nulo. En definitiva, la guía PISA permite la estimación de una serie de indicadores y parámetros para evaluar la gravedad de una epidemia o posible pandemia de gripe. La actividad realizada en el marco del proyecto PISA es un proceso dinámico en continua revisión, susceptible de mejora a medida que se desarrolla y aplica a las diferentes temporadas de gripe. [EN] Following World Health Organization (WHO) recommendations, Spain has adapted its PISA guide (for Pandemic Influenza Severity Assessment) to assess the severity in seasonal epidemics and pandemics, based on available influenza surveillance information. This severity is defined in terms of three indicators: the transmissibility of the circulating virus, the seriousness or clinical severity of the disease it produces and its impact on the population. In this manuscript the PISA indicators and parameters used in Spain are applied with the information obtained in the Spanish Influenza Surveillance System and the daily mortality monitoring system (MoMo and EuroMOMO), with the objective of evaluating the severity of the influenza during the 2017-18 season in Spain. The transmissibility indicator in the 2017-18 influenza season reached a moderate / high level for all ages in the peak week (week 03/2018), and was particularly high in people over 64 years. Regarding seriousness, the 2017-18 influenza epidemic, according to the cumulative percentage of ICU admissions among severe hospitalized confirmed influenza cases (SHCIC), presented a low level for all ages, young adults and those over 64 years. In children under 15, the cumulative percentage of ICU admissions reached high levels compared to the values observed in previous seasons. In terms of lethality among the SHCIC, it was estimated that the 2017-18 season presented a high level of clinical severity at all ages and over 64 years. In young adults aged 15-64, lethality stabilized at a low level at the peak of the flu epidemic. In children under 15 years, the lethality was estimated low compared to the values observed in previous seasons. Regarding the impact, the 2017-18 influenza season presented a very high impact in terms of SHCIC rates at all ages, mainly due to hospitalizations in the group over 64 years. In this age group, the highest hospitalization rates were observed this season, since the 2013-14 season. In terms of excess mortality from all causes, the epidemic reached a high impact at all ages group, mainly due to the mortality observed in the group over 64 years. In children under 15 years and young adults, the impact according to excess mortality from all causes was low. In short, the PISA guide allows the estimation of indicators and parameters to assess the severity in seasonal epidemics and possible pandemics. The activity carried out within the framework of the PISA project is a dynamic process in continuous revision, susceptible to improvement as it develops and applies to the different influenza seasons.

Fundamentos: Desde 2008-09 la efectividad de la vacuna (EV) antigripal en España se estima con el estudio de casos y controles para la evaluación de la EV antigripal (cycEVA), componente español de la red europea (Influenza-Monitoring Vaccine Effectiveness (I-MOVE). El objetivo es describir la evolución del estudio cycEVA durante las cinco temporadas del período 2008/09-; 2012/13. Métodos: Se analizaron los siguientes indicadores: 1) participación de los médicos/pediatras centinela (MP); 2) población y periodo de estudio, 3) calidad de los datos y 4) difusión de los resultados mediantes publicaciones. Se calculó el porcentaje anual de cambio constante de los indicadores analizándose su tendencia mediante el test de Cochran-Armitage. Resultados: El número de MP participantes aumentó de 164 en 2008-09 hasta 246 en ediciones posteriores. El porcentaje de médicos que reclutaron al menos un paciente experimentó un cambio anual significativo (PCA) del 15,33%. El porcentaje de pacientes reclutados incluidos en el análisis aumentó del 77% en 2008-09 a más del 95% en las siguientes ediciones (PCA=5,91%). El porcentaje de casos y controles participantes en cycEVA sobre el total de pacientes que contribuyeron al estudio europeo I-MOVE osciló entre el 23% en la edición piloto y 30% en la temporada 2011-12. Los resultados finales se difundieron en revistas científicas con un factor de impacto situado en el cuartil 2 y en 2010-11 y 2011-12 se publicaron resultados preliminares en revistas con un factor de impacto situado en el cuartil 1 (97 citas). Conclusiones: La experiencia del estudio cycEVA se reflejó en una mejora en la oportunidad e impacto de sus resultados, cruciales para orientar las recomendaciones anuales de vacunación antigripal. In Spain, influenza vaccine effectiveness (EV) is estimated since 2008-09 season through the cycEVA case-control study, the Spanish component of the European I-MOVE (Monitoring Influenza Vaccine Effectiveness in the EU/EEA) network. We aimed at describing cycEVA performance in its five consolidated editions 2008/09 -; 2012/13. During the study period the following indicators were analysed: 1) the participation of sentinel general practitioners and pediatricians (MP), 2) the population studied and the study period, 3) the data quality and 4) the dissemination of the cycEVA results. Trend analysis of the indicators was done using the Cochran-Armitage test to compute the Annual Percentage Change (PCA). The number of participating MP increased from 164 in 2008-09 to 246 in the following editions. The percentage of MP recruiting at least one patient increased significantly annually (PCA = 15.33%). The percentage of recruited patients included into the analysis increased (PCA=5.91%) from 77% in 2008-09 to more than 95% in the following editions. The percentage of cycEVA patients contributing to the I-MOVE study ranged between 23% and 30% in the pilot and 2011-12 editions respectively.. Final results were disseminated in quartile 2 peer-reviewed journals and 2010-11 and 2011-12 preliminary EV estimates were published in quartile 1 journals. cycEVA publications received 97 citations. cycEVA study achieved more quality information, timely EV estimates and a higher impact of the results. El estudio fue financiado por el European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC tender OJ/2007/07/30-PROC/2007/015) a través de la Red para la vigilancia de la efectividad de la vacuna antigripal en Europa (I-MOVE) y por el Instituto de Salud Carlos III [Programa de Investigación sobre la nueva Gripe AH1N1Influenza A(H1N1)pdm09 Programme (GR09/0017)]. Este proyecto recibió financiación adicional del Centers for Disease Control and Prevention de Estados Unidos, de la Oficina Europea de la Organización Mundial de la Salud y de Epiconcept, Francia. No existen conflictos de intereses. Sí