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20 results on '"Barry, Séverine"'

2. Spatio-temporal distribution and international context of bovine viral diarrhoea virus genetic diversity in France.

Author

Lescoat, Claire, Perrotte, Delphine, Barry, Séverine, Oden, Élise, Herbet, Valentin, Beaunée, Gaël, Tabouret, Marc, Benoit, Fabienne, Pitel, Pierre-Hugues, Duquesne, Véronique, Bailly, Xavier, Thézé, Julien, and Kouokam, Guy

Abstract

Bovine viral diarrhoea (BVD) is one of the most economically damaging livestock enzootic diseases in the world. BVD aetiological agents are three pestiviruses (BVDV-1, -2 and HoBi-like pestivirus), which exhibit high genetic diversity and complex transmission cycles. This considerably hampers the management of the disease, which is why eradication plans have been implemented in several countries. In France, a national plan has been in place since 2019. Our understanding of its impact on the distribution of BVDV genotypes is limited by the availability of French genetic data. Here, we conducted a molecular epidemiology study to refine our knowledge of BVDV genetic diversity in France, characterise its international relationships, and analyse national spatio-temporal genotypic distribution. We collated 1037 BVDV-positive samples throughout France between 2011 and 2023, with a greater sampling effort in two major cattle production areas. We developed a high-throughput sequencing protocol which we used to complete the 5'UTR genotyping of this collection. We show that two main BVDV-1 genotypes, 1e and 1b, account for 88% of genotyped sequences. We also identified seven other BVDV-1 genotypes occurring at low frequencies and three BVDV-2 samples (genotype 2c). Phylogenetic analyses indicate different worldwide distribution patterns between the two main BVDV-1 genotypes. Their relative frequencies present no major changes in France since the 1990s and few variations at the national scale. We also found some degree of local spatial structuring in western France. Overall, our results demonstrate the potential of large-scale sequence-based surveillance to monitor changes in the epidemiological situation of enzootic diseases. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Published
2024
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5. Molecular methods routinely used to detect Coxiella burnetii in ticks cross-react with Coxiella-like bacteria

Author

Jourdain Elsa, Olivier Duron, Barry Séverine, Daniel González-Acuña, and Karim Sidi-Boumedine

Subjects
Q fever, tick-borne diseases, tick endosymbiont, false positive, surveillance, PCR primers, Infectious and parasitic diseases, RC109-216
Abstract

Background: Q fever is a widespread zoonotic disease caused by Coxiella burnetii. Ticks may act as vectors, and many epidemiological studies aim to assess C. burnetii prevalence in ticks. Because ticks may also be infected with Coxiella-like bacteria, screening tools that differentiate between C. burnetii and Coxiella-like bacteria are essential. Methods: In this study, we screened tick specimens from 10 species (Ornithodoros rostratus, O. peruvianus, O. capensis, Ixodes ricinus, Rhipicephalus annulatus, R. decoloratus, R. geigy, O. sonrai, O. occidentalis, and Amblyomma cajennense) known to harbor specific Coxiella-like bacteria, by using quantitative PCR primers usually considered to be specific for C. burnetii and targeting, respectively, the IS1111, icd, scvA, p1, and GroEL/htpB genes. Results: We found that some Coxiella-like bacteria, belonging to clades A and C, yield positive PCR results when screened with primers initially believed to be C. burnetii-specific. Conclusions: These results suggest that PCR-based surveys that aim to detect C. burnetii in ticks by using currently available methods must be interpreted with caution if the amplified products cannot be sequenced. Future molecular methods that aim at detecting C. burnetii need to take into account the possibility that cross-reactions may exist with Coxiella-like bacteria.

Published
2015
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6. Seroprevalence of Q fever among blood donors and screening for Coxiella burnetii DNA in environmental dust in a French conurbation recently confronted to clustered human cases

Author

Jourdain, Elsa, Lafarge, Xavier, Fournier, Pierre-Edouard, Perroquin, Magali, Abrial, David, Barry, Séverine, Lebert, Isabelle, Ceniceros, Raquel, Pouget, Renaud, Robert, Maxime, Vialard, Jaquemine, Massot, Marie, Treilles, Michael, Amphoux, Bernard, Luciani, Léa, Rousset, Elodie, Unité Mixte de Recherche d'Épidémiologie des maladies Animales et zoonotiques (UMR EPIA), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Etablissement Français du Sang Nouvelle Aquitaine [Bordeaux] (EFS Bordeaux Nouvelle Aquitaine), Unité Fièvre Animale Q (Fièvre Q), Laboratoire de Sophia Antipolis, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection (IHU Marseille), Agence Régionale de Santé Nouvelle-Aquitaine [Bordeaux] (ARS NA), Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort [ANSES], Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Qualyse, American Rickettsia Society, European Society for Chlamydia Research, European Society on intracellular bacteria (ESCCAR), and Martel, Anne-Sophie

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], Q fever Coxiella burnetii, [SDV.SPEE] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie
Abstract

International audience

Published
2022

7. Extraction d'ADN et amplification PCR sur des poussières prélevées en élevages de ruminants et en lieux publics : exemple du projet EXPAIRCOX

Author

Jourdain, Elsa, Treilles, Michael, Barry, Séverine, Maingourd, Cyril, Massot, Marie, Thibault-Poisson, Virginie, Pineau, Lucie, Tardy, Florence, Chaigneau, Pauline, Jardin, Alice, Chauvineau, Maryline, Sommier, Karine, Lamothe, Raphaël, Pouget, Renaud, Robert, Maxime, Ceniceros, Raquel, Tabouret, Marc, Vialard, Jaquemine, Rousset, Elodie, Unité Mixte de Recherche d'Épidémiologie des maladies Animales et zoonotiques (UMR EPIA), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire de Développement et d'Analyses de la Manche, Partenaires INRAE, Laboratoire d'analyses, Santé et agroécologie du vignoble (UMR SAVE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro), Fonctionnement écologique et gestion durable des agrosystèmes bananiers et ananas (UR GECO), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), EXPAIRCOX, and Martel, Anne-Sophie

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], amplification PCR, [SDV]Life Sciences [q-bio], extraction adn, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2021

8. Fièvre Q : état d'avancement du projet EXPAIRCOX sur les risques de transmission et la perception de ces risques

Author

Tabouret, Marc, Treilles, Michaël, Lamothe, Raphaël, Sommier, Karine, Ceniceros, Racquel, Pouget, Renaud, Lafarge, Xavier, Fournier, Pierre-Edouard, Barry, Séverine, Abrial, David, Bailly, Xavier, Ramillien, Emilie, Fourt, Xavier, Cayre, Patrice, Rousset, Elodie, Jourdain, Elsa, Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort [ANSES], Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Agence Régionale de Santé Nouvelle-Aquitaine [Bordeaux] (ARS NA), Vecteurs - Infections tropicales et méditerranéennes (VITROME), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA), Unité Mixte de Recherche d'Épidémiologie des maladies Animales et zoonotiques (UMR EPIA), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité fièvre Q animale, Laboratoire de Sophia Antipolis, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA), and Unité Fièvre Animale Q (Fièvre Q)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

Présentation destinées à des vétérinaires; International audience

Published
2021

9. Molecular epidemiology of Coxiella burnetii in French livestock reveals the existence of three main genotype clusters and suggests species-specific associations as well as regional stability

Author

Joulié, Aurélien, Sidi-Boumedine, Karim, Bailly, Xavier, Gasqui, Patrick, Barry, Séverine, Jaffrelo, Lydia, Poncet, Charles, Abrial, David, Yang, Elise, Animal Diagnostic Laboratories Consortium, ., Leblond, Agnès, Rousset, Elodie, Jourdain, Elsa, Unité Mixte de Recherche d'Épidémiologie des maladies Animales et zoonotiques (UMR EPIA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Laboratory of Sophia Antipolis, Animal Q Fever Unit, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Unité de recherche d'Épidémiologie Animale (UEA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Épidémiologie des Maladies Animales et Zoonotiques - UMR 346 (EPIA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)

Subjects
0301 basic medicine, [SDV]Life Sciences [q-bio], Minisatellite Repeats, Zoonosis, Genotype, Phylogeny, 2. Zero hunger, Genetics, Molecular Epidemiology, biology, Goats, Multiple-Locus Variable number tandem repeats Analysis (MLVA), Ruminants, Abortion, Veterinary, Infectious Diseases, Coxiella burnetii, Host-Pathogen Interactions, Enzootic, Female, Livestock, France, Q Fever, Microbiology (medical), Genotyping, 030106 microbiology, Cattle Diseases, Sheep Diseases, Q fever, Multiple Loci VNTR Analysis, Microbiology, Genomic Instability, Host Specificity, 03 medical and health sciences, Species Specificity, medicine, Animals, Molecular Biology, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Genetic diversity, Goat Diseases, Sheep, Molecular epidemiology, business.industry, Genetic Variation, Sequence Analysis, DNA, bacterial infections and mycoses, biology.organism_classification, medicine.disease, Cattle, business, Genome, Bacterial, Multilocus Sequence Typing
Abstract

International audience; Q fever is a worldwide zoonosis caused by the bacterium Coxiella burnetii. In domestic ruminants, Q fever main clinical manifestations are abortions. Although the clinical signs may differ between ruminant species, C. burnetii's genetic diversity remains understudied in enzootic areas. Here, we focused on France, where Q fever is enzootic, with the aims to (a) identify potential associations between C. burnetii genotypes and ruminant host species; (b) assess the distribution of C. burnetii genotypes both within French farms and across France's major livestock-farming regions; and (c) suggest a subset of markers for future genotypic studies. We used DNA samples collected between 2006 and 2015 from 301 females (160 cows, 76 ewes, 65 goats) aborted of Q fever within 7 different farming regions. C. burnetii diversity was determined using a multiple-locus variable-number of tandem repeat analysis (MLVA) considering 17 markers. Using a phylogenetic approach, we identified 3 main genotypic clusters divided into 12 sub-clusters. These clusters were significantly associated with ruminant species: almost all the cattle genotypes were found in a "cattle-specific" cluster whereas small ruminants genotypes essentially grouped into the two other clusters. The clusters also proved stable over space and time, some genotypes being more specifically observed in certain farming regions. We also observed some within-farm diversity but this diversity was restricted to a same genotypic cluster. Finally, we identified 6 MLVA markers that maximized the representativeness of the diversity described. Overall, we highlighted that molecular epidemiology is a relevant approach to assess C. burnetii's genetic diversity and to reveal the existence of species-specific associations and regional stability. These results will be valuable in the field to trace genotype circulation among ruminants and from ruminants to humans. Ultimately, the potential links between genotypes and virulence traits need to be investigated to adapt control measures in livestock farms.

Published
2017

10. Longitudinal follow-up of the shedding and environmental contamination by C. burnetii after an abortive episode attributed to Q fever in a goat herd welcoming visitors

Author

Muffat-Es-Jacques, Patricia, Chuzeville, C., Barry, Séverine, Yang, E., Gache, K., Unité Mixte de Recherche d'Épidémiologie des maladies Animales et zoonotiques (UMR EPIA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Royal (Dick) School of Veterinary Studies, GDS Bourgogne - Franche-Comté (GDS 71), Fédération nationale des Groupements de Défense Sanitaire (GDS France), LNR fièvre Q, Laboratoire de Sophia Antipolis, Unité de Fièvre Q animale, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), INRA, and IDELE

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2018

11. Evaluation de la télédéclaration pour estimer l’incidence de l’érythème migrant en Pays des Combrailles : étude Pilote

Author

Lebert, Isabelle, Letertre-Gilbert, Paule, Vourc’h, Gwenaël, René-Martellet, Magalie, Gasser, Sabrina, Barry, Séverine, Martineau, D., Beytout, Jean, Lesens, Olivier, Unité Mixte de Recherche d'Épidémiologie des maladies Animales et zoonotiques (UMR EPIA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Service des maladies infectieuses, Hôpital d'Annecy, Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Services déconcentrés d'appui à la recherche Auvergne-Rhône-Alpes, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], Territoire des Combrailles, Maladie de Lyme, érythème migrant, télédéclaration
Abstract

National audience; Comme les manifestations précoces et tardives de la maladie de Lyme sont parfois difficiles à diagnostiquer avec certitude, une stratégie envisagée pour évaluer l’incidence de la maladie est d’enregistrer l’occurrence de l’Erythème Migrant (EM), une manifestation cutanée pathognomonique des premières phases de la maladie. L’objectif de cette étude était d’évaluer la faisabilité de la télédéclaration de l’EM pour estimer l’incidence de la maladie de Lyme. L’étude a été menée dans une zone rurale de 47 000 habitants, les Combrailles (Auvergne), connue pour héberger de nombreuses tiques Ixodes ricinus infectées par Borrelia burgdorferi. Une campagne d’information a été organisée à l’attention des habitants et des professionnels de santé. Ont été incluses dans l’étude les personnes ayant (i) envoyé une image d’une lésion cutanée suspecte à l’adresse mail et/ou au numéro de téléphone dédiés entre le 1er avril 2017 et le 31 mars 2018 et (ii) ayant répondu à un questionnaire. Deux médecins, infectiologue et dermatologue, du CHU de Clermont-Ferrand ont jugé la qualité de l’image et la probabilité d’un EM. Parallèlement, un questionnaire a été envoyé aux médecins généralistes et aux pharmaciens de la région afin d’estimer le nombre de cas vus en consultations sur la même période. Au total, 113 images ont été reçues (mails ou MMS). Parmi les déclarants, 73 étaient hors zone ou hors période d’étude et 9 n’ont pas répondu au questionnaire. Sur les 31 personnes ayant envoyé une photo dans la zone et la période d’étude, 24 ont répondu au questionnaire. Parmi elles, 5 personnes ont déclaré ne pas avoir de smartphone. Tous les participants sauf 2 ont envoyé facilement les photos, toutefois dans 9 cas sur 31 l’envoi a été effectué par un tiers (famille, pharmacien, médecin, infirmier). Dix-huit sur 31 (58%) étaient des femmes. L’âge médian était de 51,5 ans [35-58]. La qualité des photos variait de très bonne (71%), bonne (23%) à médiocre (6%). Cinq images (16%) ont été évaluées comme érythème migrant probable, 7 (23%) possible, 7 (23%) peu probable et dans 12 cas (38%), le diagnostic d’EM a été rejeté. La majorité des déclarations ont été recensée pendant les mois de mai à aout, que ce soit par la population, les médecins ou les pharmaciens. L’estimation de l’incidence des EM par télédéclaration est un outil prometteur. Toutefois cette étude pilote montre des limites : nécessité d’une campagne de sensibilisation préalable (affiches, flyers, presse, radio, réunion d’informations pour médecins, pharmaciens et grand public), intervention impérative de médecins pour la collecte des données cliniques et l’interprétation des images permettant d’appuyer l’hypothèse d’un EM.

Published
2018

12. Insight into farmhouse PDO cheese primary production environment to reconcile sanitary control and microbial ecosystems

Author

Verdier-Metz, Isabelle, Chauvin, Caroline, Rifa, Etienne, Theil, Sébastien, Theil, G., Rey-Cadilhac, Lucille, Barry, Séverine, Jourdain, Elsa, Hulin Bertaud, Sophie, Montel, Marie-Christine, Martin, Bruno, Delbes, Céline, Unité Mixte de Recherche sur le Fromage (UMRF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Pôle Fromager AOP du Massif Central, Unité Mixte de Recherche d'Épidémiologie des maladies Animales et zoonotiques (UMR EPIA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020])-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], [INFO]Computer Science [cs], [SHS] Humanities and Social Sciences, [INFO] Computer Science [cs], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SHS]Humanities and Social Sciences
Abstract

International audience

Published
2018

13. Facteurs associés à la détection de Coxiella burnetii dans les prélèvements de poussière en élevages de ruminants domestiques

Author

Carrié, Pauline, Barry, Séverine, Rousset, Elodie, De Cremoux, Renée, Sala, Carole, Perrin, Jean-Baptiste, Bronner, Anne, Gasqui, Patrick, Gilot-Fromont, Emmanuelle, Gache, Kristel, Becker, Claire A. M., Jourdain, Elsa, Unité Mixte de Recherche d'Épidémiologie des maladies Animales et zoonotiques (UMR EPIA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut de l'élevage (IDELE), Bureau Santé Animale, Direction Générale de l'Alimentation (DGAL), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), GDS France, Partenaires INRAE, Mycoplasmoses des Ruminants - UMR (MYCO), and Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

Attendre la publication d'actes; International audience

Published
2018

14. Swab cloths as a tool for revealing environmental contamination by Q fever in ruminant farms

Author

Carrié, Pauline, primary, Barry, Séverine, additional, Rousset, Elodie, additional, Crémoux, Renée, additional, Sala, Carole, additional, Calavas, Didier, additional, Perrin, Jean‐Baptiste, additional, Bronner, Anne, additional, Gasqui, Patrick, additional, Gilot‐Fromont, Emmanuelle, additional, Becker, Claire A. M., additional, Gache, Kristel, additional, and Jourdain, Elsa, additional

Published
2019
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15. Facteurs associés à la détection de Coxiella burnetii dans les prélèvements de poussière en élevages de ruminants domestiques

Author

Carrie, Pauline, primary, Barry, Séverine, additional, Rousset, Elodie, additional, Crémoux, Renée de, additional, Sala, Carole, additional, Calavas, Didier, additional, Perrin, Jean-Baptiste, additional, Bronner, Anne, additional, Gasqui, Patrick, additional, Fromont, Emmanuelle, additional, Gache, Kristel, additional, Becker, Claire, additional, and Jourdain, Elsa, additional

Published
2018
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16. Coxiella burnetii circulation in a naturally infected flock of dairy sheep: shedding dynamics, environmental contamination, and genotype diversity

Author

Joulié, Aurélien, Sidi-Boumedine, K., Bailly, Xavier, Gasqui, Patrick, Barry, Séverine, Jaffrelo, Lydia, Poncet, Charles, Abrial, David, Leblond, Agnès, Rousset, E., Jourdain, Elsa, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), UPE, European Union Reference Laboratory for equine diseases (EURL), and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2016

18. Détection de Coxiella burnetii dans l’environnement

Author

Jourdain, Elsa, Carrié, Pauline, Joulie, Aurelien, Rousset, Elodie, Barry, Séverine, De Cremoux, Renée, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire National de Référence de la Tuberculose, and Institut de l'élevage (IDELE)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2015

19. Molecular methods routinely used to detect Coxiella burnetii in ticks cross-react with Coxiella-like bacteria

Author

Karim Sidi-Boumedine, Daniel González-Acuña, Barry Séverine, Jourdain Elsa, Olivier Duron, We thank Elodie Rousset for reading and providing comments on the manuscript, Aurélien Joulie, Sébastien Masseglia, and Elise Yang for their involvement in the molecular analyses, and Karen McCoy, Christine Chevillon, Abel Biguezoton, Marcelo Labruna, Pat, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Evolution of host-microbe communities (MIVEGEC-EVCO), Processus Écologiques et Évolutifs au sein des Communautés (PEEC), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Veterinary School, University of Glasgow, and Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)

Subjects
false positive, Ixodes ricinus, tick-borne diseases, PCR primers, Epidemiology, [SDV]Life Sciences [q-bio], chemical and pharmacologic phenomena, Q fever, Environmental Science (miscellaneous), Tick, and Q fever, lcsh:Infectious and parasitic diseases, O. occidentalis, Amblyomma cajennense, Microbiology, In this study, 03 medical and health sciences, Rhipicephalus annulatus, parasitic diseases, medicine, lcsh:RC109-216, Original Research Article, R. decoloratus, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Tick-borne disease, biology, R. geigy, 030306 microbiology, tick endosymbiont, O. capensis, biology.organism_classification, medicine.disease, Coxiella burnetii, bacterial infections and mycoses, Virology, O. peruvianus, 3. Good health, tick endosymbionts, surveillance, bacteria, we screened tick specimens from 10 species (Ornithodoros rostratus, O. sonrai, Bacteria
Abstract

Background : Q fever is a widespread zoonotic disease caused by Coxiella burnetii. Ticks may act as vectors, and many epidemiological studies aim to assess C. burnetii prevalence in ticks. Because ticks may also be infected with Coxiella -like bacteria, screening tools that differentiate between C. burnetii and Coxiella -like bacteria are essential. Methods : In this study, we screened tick specimens from 10 species ( Ornithodoros rostratus , O. peruvianus , O. capensis , Ixodes ricinus , Rhipicephalus annulatus , R. decoloratus , R. geigy , O. sonrai , O. occidentalis , and Amblyomma cajennense) known to harbor specific Coxiella -like bacteria, by using quantitative PCR primers usually considered to be specific for C. burnetii and targeting, respectively, the IS1111 , icd , scvA , p1 , and GroEL/htpB genes. Results : We found that some Coxiella -like bacteria, belonging to clades A and C, yield positive PCR results when screened with primers initially believed to be C. burnetii -specific. Conclusions : These results suggest that PCR-based surveys that aim to detect C. burnetii in ticks by using currently available methods must be interpreted with caution if the amplified products cannot be sequenced. Future molecular methods that aim at detecting C. burnetii need to take into account the possibility that cross-reactions may exist with Coxiella -like bacteria. Keywords: Q fever; tick-borne diseases; tick endosymbiont; false positive; surveillance; PCR primers (Published: 24 November 2015) Citation: Infection Ecology and Epidemiology 2015, 5: 29230 - http://dx.doi.org/10.3402/iee.v5.29230

Published
2015

20. Do genetic markers routinely used to detect Coxiella burnetii in ticks cross-react with Coxiella-like bacteria?

Author

Jourdain, Elsa, Barry, Séverine, González-Acuña, D.,, Duron, Olivier, Sidi-Boumedine, Karim, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Universidad de Concepción, Evolution of host-microbe communities (MIVEGEC-EVCO), Processus Écologiques et Évolutifs au sein des Communautés (PEEC), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), ESCCAR (European Society for Coxiella, Chlamydia, Anaplasma, Rickettsia and other intracellular bacteria)., Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), and Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2015

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