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The deliverable D1.1 addressed some of the specific objectives of Task 1.1, as summarised below: 1. To select a set of relevant MP/NP to maximise the impact ofPlasticsfatecovering as much aspossible the compositional/morphological classes of micro-nano plastics (MP/NP) commonly spreadinto food, drinking and environmental matrices. 2. To generate and store a bank of relevant reference and/or certified, well-characterisedmicro-nano plastics (MP/NP) covering the identified classes for use inPlasticsfateand for future projectsthatwillcharacteriseor develop strategies to mitigate MP/NP pollution. 3. To develop standardized protocol for how to handle,characterize, store and distribute MP/NP. 4. To facilitate particles labelling, traceability and detection by means of fluorescent markers. In response to specific objective 1, it was established at portfolio (1st Tier) ofPlasticsfateMP/NPmaterials, differing for polymer type, source/size, use scenarios, it was agreed the code for theirclassificationand they were distributed to partners for the characterisation. In response to specific objective 2, BAMwas in charge ofthe creation ofPlasticsfatesamplesrepository, including some primary plastics, some commercial samples and some secondary particles,obtained by BAM throughcryomilling/aging treatments. The samples were checked by BAM andISTEC through dynamic imaging and optical or electronic microscope characterisation. The endotoxincontamination was tested by GAIKER (a partner from WP3), confirming that secondary PE, PETparticles and HDPE commercial sample (CeridustfromCariant) were not affected by endotoxincontamination. In response to specific objective 3, BAM developed and tested protocols for plastics milling andweathering; ISTEC-CNR and UNITO carried out an intensedispersabilitystudyin order toidentifydispersion protocols suitable for characterisation in WP1-3. A two-step process was selected, ageneral protocol for the preparation of stock dispersions and specific dispersants for the dilution ofstock dispersions in relevant simulant fluids (work dispersions). In response to specific objective 4, CSICcharacterisedLa-Eu doped PS nanoparticles purchased anddistributed by STAMI. Traceability was investigated by Raman-luminescence mapping. The results from D1.1. were shared/disseminated through the participation atCUSPchannels/events/workshops, where Task 1.1 partners are involved: Anna Costa/MagdaBlosirepresentatives forPlasticsfatein WG1 (Analytical methods and representative materials) andKorinnaAltmann/DanHodoraba, as coordinator of WG3 (Inter-laboratory comparisons).

Raman spectroscopy is becoming a key technology used in the research and development for characterization of materials. Ideally, spectra should be comparable and linked to specific material properties. However, in real life, Raman spectra differ between instruments and depend on the spectrometer, optical path, or sample environment, among others, and only a limited number of calibration standards for Raman spectroscopy are available to date 10.1177/00037028221090988. The CHARISMA EU’s Horizon 2020 project (No. 952921) aims to harmonize and standardize characterization by Raman spectroscopy, including hardware, measurement protocols, and in silico methods, enabling end users to share digital spectral data through a FAIR database across domains and across the entire life cycle of diverse products. We present https://github.com/h2020charisma/ramanchada2, an open-source, MIT-licensed, Python package that collects existing and novel state-of-the-art algorithms allowing the users to process Raman spectra, perform energy and efficiency calibrations and generate synthetic spectra based on user specification and/or data from DFT simulations. Installation with pip is available.ramanchada2 is used as a core dependency of a FAIR Raman database, implemented as a Python API with a cloud backend and HDF5 storage for Raman spectra and metadata. The metadata query and spectra search API is compatible with the eNanoMapper database and the NanoSafety Data Interface 10.1038/s41565-021-00911-6. To facilitate Raman spectra analysis by end users, we are also developing oranchada, an user friendly wrapper of all ramanchada2 functionality. It is available as an add-on for the popular data mining software Orange https://github.com/h2020charisma/oranchada. For the harmonisation of Raman spectroscopy terminology, a collaboratively edited knowledge base is established at https://wiki.charisma.ideaconsult.net/. It is implemented with Wikibase, an extension for MediaWiki.

Resumen del póster presentado a la 16ª Reunión de la Red Española de Bacterias Lácticas (RedBAL), celebrada en Madrid los días 11 y 12 de mayo de 2023., El interés por los microplásticos (MPs) y sus efectos en la salud ha abierto un campo nuevo de estudio con un crecimiento exponencial. Los MPs se han detectado en numerosos alimentos y bebidas de consumo humano, así como en las heces humanas, mientras que desde la investigación se están proponiendo nuevos materiales y nuevas propiedades de bioplásticos para su uso industrial. El ácido poliláctico (PLA) es el bioplástico más utilizado en envases de alimentos y otros productos desechables, dispositivos biomédicos y procedimientos quirúrgicos. Sin embargo, a pesar de su demostrada biodegradabilidad y biocompatibilidad y de su estatus GRAS (Generally Recognised As Safe), estudios recientes en animales acuáticos e insectos han demostrado que las partículas de PLA pueden alterar las poblaciones microbianas intestinales. Comprender el potencial impacto de los MPs en la microbiota humana y su posible biotransformación en el tracto gastrointestinal es fundamental para evaluar sus riesgos potenciales a nivel digestivo y sistémico.En este trabajo se ha evaluado el efecto de la ingestión de una cantidad realista de MPs de PLA de dos tamaños distintos tras el paso por el tracto gastrointestinal humano. Para ello, se simuló el tránsito digestivo mediante la combinación del modelo in vitro estandarizado Infogest y la fermentación colónica en estático utilizando el simulador gastrointestinal simgi®. La fermentación se llevó a cabo en triplicado utilizando muestras fecales de donantes sanos (n=3). Los posibles cambios en la morfología de las partículas se monitorizaron mediante microscopía electrónica de barrido de emisión de campo (FESEM) y espectroscopía Raman. La composición y funcionalidad microbiana se analizó mediante secuenciación del gen ARNr 16S y predicción funcional bioinformática, y la actividad metabólica microbiana mediante el análisis de ácidos grasos de cadena corta y de ácido láctico. El análisis por FESEM mostró pequeñas perforaciones en la superficie de los MPs de PLA tras la etapa gástrica, cuyo aspecto dependió del tamaño de la partícula. Además, tras la fase colónica, se observó la adhesión de materia orgánica y la formación de un biofilm microbiano en la superficie de las partículas. Por otro lado, el análisis por espectroscopía Raman mostró degradación en la superficie de los MPs de menor tamaño, especialmente tras las fases intestinal y colónica. El impacto de los MPs de PLA en la microbiota colónica fue diferencial dependiendo del voluntario y del tamaño de partícula. Se detectaron diferencias en los parámetros de biodiversidad alpha y beta entre el control y los distintos tamaños de partícula durante la fase colónica, cuyas tendencias fueron dependientes del voluntario. A nivel taxonómico y a pesar de la variabilidad, se constató un incremento en los niveles de miembros del género Bifidobacterium en los 3 voluntarios en presencia de los MPs de mayor tamaño. Además, el análisis por predicción funcional reveló un incremento, entre otras funciones, en la actividad pululanasa, previamente descrita en el género Bifidobacterium. Los resultados de este estudio sugieren la biotransformación de los MPs PLA durante la digestión, sin que se hayan encontrado alteraciones en las comunidades microbianas de intestino. Son necesarios más estudios para comprobar las tendencias observadas, profundizar en la posible biodegradación del PLA por parte de la microbiota intestinal y los potenciales metabolitos derivados, y poder descifrar el efecto a largo plazo de los MPs de PLA sobre la microbiota humana y la salud., Proyecto H2020 PlasticsFatE, ref. nº 95921

Enquadramento: As fibrilhas de amiloide são polímeros de proteínas implicadas em vários processos fisiológicos. Quando existe acumulação de fibrilhas de amiloide defeituosas ocorre uma patologia denominada amiloidose. Esta pode ter vários subtipos. Descrição do caso: Os autores descrevem o caso de um homem de 78 anos, independente na sua vida diária, que procurou a unidade de saúde queixando-se de dispneia agravada nos últimos meses. Este doente é seguido regularmente nesta unidade, apresentando os seguintes antecedentes pessoais: insuficiência cardíaca congestiva classe III da NYHA, hiperuricemia, fibrilhação auricular permanente, hipertensão essencial controlada e derrame pleural espontâneo dois meses antes. No exame físico, suspeitou-se de um derrame pleural à direita, pelo que foi referenciado para o serviço de urgência hospitalar. Em consequência desta referenciação, foi internado num serviço de Medicina Interna para investigação etiológica. No decurso do internamento, foram feitos múltiplos exames complementares de diagnóstico, nomeadamente: estudos analítico e imagiológicos. Após dois meses de internamento, melhoria sintomática e exames complementares de diagnóstico se terem mostrado inconclusivos, o doente teve alta hospitalar. Posteriormente, em consulta de Cardiologia, foi-lhe pedida ressonância magnética cardíaca por suspeita de patologia sistémica. Este exame revelou sinais muito sugestivos de amiloidose cardíaca. Perante este resultado, o doente foi novamente referenciado ao serviço hospitalar que o acompanhou no primeiro internamento para investigação adicional de uma possível amiloidose. Foi realizada biópsia de gordura abdominal, cujo resultado sugeria diagnóstico de amiloidose. Posteriomente, e após estudos adicionais em consulta de Hematologia, excluiu-se amiloidose sistémica e estabeleceu-se o diagnóstico definitivo de amiloidose cardíaca. Discussão: Perante um quadro clínico, a hipótese diagnóstica mais robusta sustenta-se pela lei das probablibilidades. Contudo, existem exceções que contradizem esta lei, constituindo verdadeiros desafios diagnósticos. Nas situações clínicas raras, a abordagem multidisciplinar é imprescindível, sendo a análise holística em Medicina Geral e Familiar o ponto de partida para este processo., Revista Portuguesa de Hipertensão e Risco Cardiovascular, N.º 84 (2021): Julho / Agosto

Introdução: Os aneurismas no membro superior, especialmente os da artéria braquial, são raros quando comparados com outros aneurismas arteriais periféricos. A maioria destes são pseudo-aneurismas causados por traumatismo, incluindo trauma iatrogénico, cirurgia anterior e abuso de drogas. Os aneurismas verdadeiros podem-se dever a anormalidades congénitas do tecido conjuntivo, síndrome de Kawasaki, doença de Buerger e trauma repetitivo, ou serem idiopáticos. Descrição do caso: Utente do sexo masculino, 39 anos. Toxicodependente, em programa de metadona, seguido na equipa de tratamento para a desabituação de estupefacientes. Recorreu ao Serviço de urgência hospitalar por abcesso axilar direito, após se ter injetado para consumo de heroína, tendo sido medicado e com indicação para seguimento no seu médico assistente. Passado cerca de um mês detetou-se uma tumefação pulsátil no local puncionado, que se veio a revelar uma formação aneurismática verdadeira da artéria braquial, tendo sido referenciado para consulta de Cirurgia Vascular e submetido a intervenção cirúrgica. Conclusões: Encontrou-se um aneurisma verdadeiro da artéria braquial, ao contrário do que seria expetável, um pseudo- aneurisma, dado que houve um trauma penetrante, tratando-se, portanto de uma ocorrência ainda mais rara e que levanta a dúvida se haveria por exemplo alguma doença inflamatória vascular ou aterosclerótica subjacente. Este caso vem reforçar também a importância que existe na cooperação entre a unidade de saúde familiar e os outros serviços multidisciplinares, como a equipa de tratamento para a desabituação de estupefacientes e o serviço de Cirurgia Vascular., Revista Portuguesa de Hipertensão e Risco Cardiovascular, N.º 85 (2021): Setembro / Outubro

Resumen del trabajo presentado a la 15ª Reunión de la Red Española de Bacterias Lácticas: Bacterias Lácticas en Alimentación y Salud. Valencia, 26 y 27 de mayo de 2022., PlasticsFatE (H2020) y ALIBIRD-CM 2020 P2018/BAA-4343 (Comunidad de Madrid).

Supplemental Material for Chemometrics for Raman Spectroscopy Harmonization by Bastian Barton, James Thomson, Enrique Lozano Diz, and Raquel Portela in Applied Spectroscopy

Em estudos anteriores sobre o gene murF de Staphylococcus aureus, responsável pela adição do terminal D-alanil-D-alanina do pentapéptido do peptidoglicano, verificou-se que a sua interrupção, no mutante de inserção F9, levava à anormal incorporação de tripéptido na parede, apesar da sua viabili- dade e taxa de crescimento não serem afetadas. A análise transcriptómica deste mutante revelou a exis- tência de um sistema sobreexpresso, constituído por dois genes de função desconhecida, scwdA e scwdB, e um gene que codifica uma proteína transmembranar, scwdC. Resultados preliminares mostra- ram que estas proteínas têm um papel no fitness de S. aureus aquando da presença de danos na parede e sugerem que ScwdA-B se associam a membranas biológicas através de hélices-α anfipáticas. A hipó- tese colocada é que a expressão das proteínas ScwdA-B seja desencadeada pelo dano na parede, sendo secretadas pela ScwdC, e atuem como bacteriocinas contra outras bactérias ou no hospedeiro. Esta tese teve como objetivo caracterizar o papel do sistema scwdABC em interações inter- espécie e com o hospedeiro. As proteínas ScwdA e ScwdB recombinantes foram expressas e purificadas como fusões His- tag, tendo estes processos sido otimizados. Quanto à localização, os resultados mostraram uma possível associação entre as proteínas ScwdA-B e a membrana celular de Escherichia coli, quando estas proteí- nas são sobreexpressas heterologamente por E. coli. A sobreexpressão de ScwdC na presença de tampão fosfato afetou negativamente o crescimento de S. aureus, um efeito que foi acentuado pelo aumento de concentração de fosfato, e foi revertido na presença de ScwdB, revelando um possível papel no fitness da bactéria em condições de stress. As proteínas, isoladamente, bem como o meio de cultura dos mu- tantes de sobreexpressão não apresentaram atividade antimicrobiana contra as espécies bacterianas e estirpes de S. aureus estudadas, não sendo possível concluir quanto à sua atividade como bacteriocinas. Adicionalmente, os resultados não mostraram uma correlação entre os genes scwdA-B e a capacidade de formação de biofilme. No entanto, a sua sobreexpressão resultou num aumento da internalização de S. aureus em macrófagos. revelando um possível papel de ScwdA-B na interação com o hospedeiro. Previous studies on the Staphylococcus aureus murF gene, responsible for the addition of the D- alanyl-D-alanine terminus of the peptidoglycan pentapeptide, showed that its interruption, in the F9 insertion mutant, led to the abnormal incorporation of tripeptide into the cell wall, although its viability and growth rate were not affected. The transcriptomic analysis of this mutant revealed the overexpres- sion of a genetic system, constituted by two genes of unknown function, scwdA-B, and a gene encoding a transmembrane protein, scwdC. Preliminary results showed a role for these proteins in the fitness of S. aureus in the presence of a cell wall damage and a possible association between ScwdA-B and bio- logical membranes through amphipathic α-helices. The hypothesis raised is that the expression of ScwdA-B proteins is triggered by a damage to the wall, being both proteins secreted, possibly by ScwdC, and acting as bacteriocins on other bacteria or on the host. The aim of this thesis was to characterize the role of the scwdABC system in inter-species and host interactions. ScwdA and ScwdB recombinant proteins were expressed and purified as His-tag fusions and these processes were optimized. The results showed a possible association between the ScwdA-B pro- teins and Escherichia coli cell membrane, when the proteins were heterologously expressed by E. coli. The overexpression of ScwdC in the presence of increasing concentrations of phosphate buffer nega- tively affected the growth of S. aureus, and this effect was reversed in the presence of ScwdB, revealing a possible role of ScwdB in the fitness of the bacteria under stress conditions. The proteins alone, as well as the spent medium of the overexpression mutants did not show antimicrobial activity against the studied bacterial species and S. aureus mutant strains, thus it was not possible to conclude on their activity as bacteriocins. Additionally, the results did not show a correlation between scwdA-B genes and the capacity to form biofilm. However, their overexpression was shown to increase the internaliza- tion of S. aureus into macrophages, revealing a possible role of ScwdA-B in host interaction.