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2. Supplementary Tables from Ancient DNA of narrow-headed vole reveal common features of the Late Pleistocene population dynamics in cold-adapted small mammals
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Baca, Mateusz, Popović, Danijela, Agadzhanyan, Alexander K., Baca, Katarzyna, Conard, Nicholas J., Fewlass, Helen, Filek, Thomas, Golubiński, Michał, Horáček, Ivan, Knul, Monika V., Krajcarz, Magdalena, Krokhaleva, Maria, Lebreton, Loïc, Lemanik, Anna, Maul, Lutz C., Nagel, Doris, Noiret, Pierre, Primault, Jérome, Rekovets, Leonid, Rhodes, Sara E., Royer, Aurélien, Serdyuk, Natalia V., Soressi, Marie, Stewart, John R., Strukova, Tatiana, Talamo, Sahra, Wilczyński, Jarosław, and Nadachowski, Adam
- Abstract
The narrow-headed vole, collared lemming and common vole were the most abundant small mammal species across the Eurasian Late Pleistocene steppe-tundra environment. Previous ancient DNA studies of the collared lemming and common vole have revealed dynamic population histories shaped by climatic fluctuations. To investigate the extent to which species with similar adaptations share common evolutionary histories, we generated a dataset comprised the mitochondrial genomes of 139 ancient and 6 modern narrow-headed voles from several sites across Europe and northwestern Asia covering approximately the last 100 thousand years (kyr). We inferred Bayesian time-aware phylogenies using 11 radiocarbon-dated samples to calibrate the molecular clock. Divergence of the main mtDNA lineages across the three species occurred during marine isotope stages (MIS) 7 and MIS 5, suggesting a common response of species adapted to open habitat during interglacials. We identified several time-structured mtDNA lineages in European narrow-headed vole, suggesting lineage turnover. The timing of some of these turnovers was synchronous across the three species, allowing us to identify the main drivers of the Late Pleistocene dynamics of steppe- and cold-adapted species.
- Published
- 2023
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3. Ancient DNA of narrow-headed vole reveal common features of the Late Pleistocene population dynamics in cold-adapted small mammals
- Author
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Baca, Mateusz, primary, Popović, Danijela, additional, Agadzhanyan, Alexander K., additional, Baca, Katarzyna, additional, Conard, Nicholas J., additional, Fewlass, Helen, additional, Filek, Thomas, additional, Golubiński, Michał, additional, Horáček, Ivan, additional, Knul, Monika V., additional, Krajcarz, Magdalena, additional, Krokhaleva, Maria, additional, Lebreton, Loïc, additional, Lemanik, Anna, additional, Maul, Lutz C., additional, Nagel, Doris, additional, Noiret, Pierre, additional, Primault, Jérome, additional, Rekovets, Leonid, additional, Rhodes, Sara E., additional, Royer, Aurélien, additional, Serdyuk, Natalia V., additional, Soressi, Marie, additional, Stewart, John R., additional, Strukova, Tatiana, additional, Talamo, Sahra, additional, Wilczyński, Jarosław, additional, and Nadachowski, Adam, additional
- Published
- 2023
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4. Six ans de PCR « Réseau de lithothèques » en région Centre Val de Loire
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Delvigne, Vincent, Angevin, Raphaël, Fernandes, Paul, Lethrosne, Harold, Affolter, Jehanne, Allard, Pierre, Aubry, Thierry, Bressy-Leandri, Céline, Capron, Delphine, Chassin de Kergommeaux, Aurélie, Creusillet, Marie-France, Demouche, Frédéric, Deparis, Bruno, Deschamps, Sandrine, Dépont, Jean, Dupart, Olivia, Gibaud, Alix, Gouriot, Léa, Klaric, Laurent, Langlais, Mathieu, Lardy, Jean-Marie, Le Bourdonnec, François-Xavier, Mallet, Nicole, Mangado, Xavier, Marquet, Jean-Claude, Mevel, Ludovic, Millet, Dominique, Millet-Richard, Laure-Anne, Noiret, Pierre, Nouvel, Blandine, Piboule, Michel, Primault, Jérôme, Queffelec, Alain, Quillet, Jean-Pierre, Raynal, Jean-Paul, Recq, Clément, Renault, Stéphane, Océane Spinelli, Sanchez, Teurquety, Gabriel, Thiry, Médard, Tuffery, Christophe, Vaissié, Erwan, Verjux, Christian, Technologie et Ethnologie des Mondes Préhistoriques (TEMPS), Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne (UP1)-Université Paris Nanterre (UPN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), université de Liège - service de Préhistoire, Service régional de l'archéologie d'Auvergne-Rhône-Alpes (SRA Auvergne-Rhône-Alpes), Ministère de la Culture (MC), Archéologies et Sciences de l'Antiquité (ArScAn), Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne (UP1)-Université Paris 8 Vincennes-Saint-Denis (UP8)-Université Paris Nanterre (UPN)-Ministère de la Culture et de la Communication (MCC)-Institut national de recherches archéologiques préventives (Inrap)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Paléotime, EVEHA (Etudes et valorisations archeologiques), Trajectoires - UMR 8215, Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne (UP1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ar-Geo-Lab, Foundation Foz Coa, Direction Régionale des Affaires Culturelles Corse (Drac Corse), Ministère de la Culture et de la Communication (MCC), Travaux et recherches archéologiques sur les cultures, les espaces et les sociétés (TRACES), École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Ministère de la Culture et de la Communication (MCC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ville de Chartres et Chartres Métropole - Direction de l'Archéologie, Environnements, Dynamiques et Territoires de la Montagne (EDYTEM), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut national de recherches archéologiques préventives, Centre archéologique de Saint-Cyr-en-Val (Inrap, Saint-Cyr-en-Val), Institut national de recherches archéologiques préventives (Inrap), Musée départemental de Préhistoire du Grand Pressigny, Département d'Indre-et-Loire, Laboratoire méditerranéen de préhistoire Europe-Afrique (LAMPEA), Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ministère de la Culture (MC), Service départemental archéologique du Loiret (SeDAL), Conseil général du Loiret, Service d'Archéologie Préventive du Département de l'Allier, Conseil départemental d’Eure-et-Loir - Service d'archéologie préventive, De la Préhistoire à l'Actuel : Culture, Environnement et Anthropologie (PACEA), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of History and Archaeology, Universitat de Barcelona (UB), Archéosciences Bordeaux, Université de Bordeaux (UB)-Université Bordeaux Montaigne-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Cités, Territoires, Environnement et Sociétés (CITERES), Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Camille Jullian - Histoire et archéologie de la Méditerranée et de l'Afrique du Nord de la protohistoire à la fin de l'Antiquité (CCJ), Aix Marseille Université (AMU)-Ministère de la Culture et de la Communication (MCC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Fédération et Ressources sur l'Antiquité (FRANTIQ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Direction Régionale des Affaires Culturelles Poitou-Charente (DRAC Poitou-Charente), Institut national de recherches archéologiques préventives, Centre de recherches archéologiques de Dijon (Inrap, Dijon), Service régional de l'Archéologie de région Centre Val-de-Loire, Direction régionale des affaires culturelles, Ministère de la culture et de la Communication (SRA Centre Val-de-Loire), Société préhistorique française, Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne (UP1)-Université Paris 8 Vincennes-Saint-Denis (UP8)-Université Paris Nanterre (UPN)-Ministère de la Culture et de la Communication (MCC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ministère de la Culture et de la Communication (MCC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Environnements, Dynamiques et Territoires de Montagne (EDYTEM), Institut national de recherches archéologiques préventives - Centre de recherches archéologiques de Saint-Cyr-en-Val (Inrap, Saint-Cyr-en-Val), Université de Bordeaux (UB)-Université Bordeaux Montaigne (UBM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut national de recherches archéologiques préventives - Centre de recherches archéologiques de Dijon (Inrap, Dijon)
- Subjects
[SHS.ARCHEO]Humanities and Social Sciences/Archaeology and Prehistory ,prospections ,Centre-Val-de-Loire ,lithothèques ,silicites - Abstract
International audience; Depuis 2016, le PCR « Réseau de lithothèques en région Centre - Val de Loire » s’inscrit dans une perspective longue de recherche sur les modes d’exploitation des ressources lithiques et sur la territorialité des groupes humains préhistoriques. Outre l’étude ou la révision de séries archéologiques de l’espace régional, la caractérisation précise des silicites (silex, chert, silcrète, jaspéroïde) dans leur contexte géologique revêt une importance toute particulière en ce qu’elle permet de dessiner des espaces parcourus (parfois sur de très grandes étendues) et, couplée à la technologie lithique, d’identifier des modes de transport des artefacts. Ces réalités renseignent sur les formes sociales et les régimes de mobilité des groupes humains, permettant de matérialiser des processus d’interaction qui mettent parfois en jeu des entités culturelles perçues comme distinctes.Si la région Centre-Val-de-Loire a depuis longtemps servi de moteur aux réflexions sur la diffusion des silicites, les travaux passés n’étaient plus en mesure de répondre aux problématiques de la recherche actuelle en pétroarchéologie. En réponse à cet état de fait, le PCR développe depuis 2016 cinq principaux axes :- Axe 1 : Inventaire, développement et enrichissement de l’outil lithothèque ;- Axe 2 : Méthodologie : Caractérisation dynamique des silicites de l’espace régional ;- Axe 3 : Cartographie des formations à silicites ;- Axe 4 : Applications archéologiques ;- Axe 5 : Diffusion et valorisation des connaissances dans et en dehors du PCR ;Ces axes sont amendés régulièrement dans le but de répondre aux attentes de la communauté des préhistoriens. Toutes nos initiatives vont dans ce sens et sont rendues possibles par une convergence d’actions interdisciplinaires qui nous pousse, non seulement à un renouvellement méthodologique permanent en profondeur, mais également à une réflexion épistémologique sur l’évolution de nos démarches en termes de limites des approches considérées (techniques, conceptuelles ou théoriques) et d’impacts sur les autres champs de recherche ou questionnements de la préhistoire (tracéologie, techno-économie, notion de site, notion de territoire, cartographie, modalité d’enregistrement et de traitement des données…).
- Published
- 2022
5. Ancient DNA reveals interstadials as a driver of common vole population dynamics during the last glacial period
- Author
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Baca, Mateusz, primary, Popović, Danijela, additional, Lemanik, Anna, additional, Bañuls‐Cardona, Sandra, additional, Conard, Nicholas J., additional, Cuenca‐Bescós, Gloria, additional, Desclaux, Emmanuel, additional, Fewlass, Helen, additional, Garcia, Jesus T., additional, Hadravova, Tereza, additional, Heckel, Gerald, additional, Horáček, Ivan, additional, Knul, Monika Vlasta, additional, Lebreton, Loïc, additional, López‐García, Juan Manuel, additional, Luzi, Elisa, additional, Marković, Zoran, additional, Mauch Lenardić, Jadranka, additional, Murelaga, Xabier, additional, Noiret, Pierre, additional, Petculescu, Alexandru, additional, Popov, Vasil, additional, Rhodes, Sara E., additional, Ridush, Bogdan, additional, Royer, Aurélien, additional, Stewart, John R., additional, Stojak, Joanna, additional, Talamo, Sahra, additional, Wang, Xuejing, additional, Wójcik, Jan M., additional, and Nadachowski, Adam, additional
- Published
- 2022
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6. Ancient DNA reveals interstadials as a driver of the common vole population dynamics during the last glacial period
- Author
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Baca, Mateusz, primary, Popović, Danijela, additional, Lemanik, Anna, additional, Bañuls-Cardona, Sandra, additional, Conard, Nicholas J., additional, Cuenca-Bescós, Gloria, additional, Desclaux, Emmanuel, additional, Fewlass, Helen, additional, Garcia, Jesus T., additional, Hadravova, Tereza, additional, Heckel, Gerald, additional, Horáček, Ivan, additional, Knul, Monika Vlasta, additional, Lebreton, Loïc, additional, López-García, Juan Manuel, additional, Luzi, Eliza, additional, Marković, Zoran, additional, Lenardić, Jadranka Mauch, additional, Murelaga, Xabier, additional, Noiret, Pierre, additional, Petculescu, Alexandru, additional, Popov, Vasil, additional, Rhodes, Sara E., additional, Ridush, Bogdan, additional, Royer, Aurélien, additional, Stewart, John R., additional, Stojak, Joanna, additional, Talamo, Sahra, additional, Wang, Xuejing, additional, Wójcik, Jan M., additional, and Nadachowski, Adam, additional
- Published
- 2022
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7. Ancient DNA reveals interstadials as a driver of common vole population dynamics during the last glacial period.
- Author
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Baca, Mateusz, Popović, Danijela, Lemanik, Anna, Bañuls‐Cardona, Sandra, Conard, Nicholas J., Cuenca‐Bescós, Gloria, Desclaux, Emmanuel, Fewlass, Helen, Garcia, Jesus T., Hadravova, Tereza, Heckel, Gerald, Horáček, Ivan, Knul, Monika Vlasta, Lebreton, Loïc, López‐García, Juan Manuel, Luzi, Elisa, Marković, Zoran, Mauch Lenardić, Jadranka, Murelaga, Xabier, and Noiret, Pierre
- Subjects
MITOCHONDRIAL DNA ,GLACIATION ,FOSSIL DNA ,POPULATION dynamics ,VOLES ,LAST Glacial Maximum - Abstract
Aim: Many species experienced population turnover and local extinction during the Late Pleistocene. In the case of megafauna, it remains challenging to disentangle climate change and the activities of Palaeolithic hunter‐gatherers as the main cause. In contrast, the impact of humans on rodent populations is likely to be negligible. This study investigated which climatic and/or environmental factors affect the population dynamics of the common vole. This temperate rodent is widespread across Europe and was one of the most abundant small mammal species throughout the Late Pleistocene. Location: Europe. Taxon: Common vole (Microtus arvalis). Methods: We generated a dataset comprised of 4.2 kb long fragment of mitochondrial DNA (mtDNA) from 148 ancient and 51 modern specimens sampled from multiple localities across Europe and covering the last 60 thousand years (ka). We used Bayesian inference to reconstruct their phylogenetic relationships and to estimate the age of the specimens that were not directly dated. Results: We estimated the time to the most recent common ancestor of all last glacial and extant common vole lineages to be 90 ka ago and the divergence of the main mtDNA lineages present in extant populations to between 55 and 40 ka ago, which is earlier than most previous estimates. We detected several lineage turnovers in Europe during the period of high climate variability at the end of Marine Isotope Stage 3 (MIS 3; 57–29 ka ago) in addition to those found previously around the Pleistocene/Holocene transition. In contrast, data from the Western Carpathians suggest continuity throughout the Last Glacial Maximum (LGM) even at high latitudes. Main Conclusions: The main factor affecting the common vole populations during the last glacial period was the decrease in open habitat during the interstadials, whereas climate deterioration during the LGM had little impact on population dynamics. This suggests that the rapid environmental change rather than other factors was the major force shaping the histories of the Late Pleistocene faunas. [ABSTRACT FROM AUTHOR]
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- 2023
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