Hassan Abolhassani, Nils Landegren, Paul Bastard, Marie Materna, Mohammadreza Modaresi, Likun Du, Maribel Aranda-Guillén, Fabian Sardh, Fanglei Zuo, Peng Zhang, Harold Marcotte, Nico Marr, Taushif Khan, Manar Ata, Fatima Al-Ali, Remi Pescarmona, Alexandre Belot, Vivien Béziat, Qian Zhang, Jean-Laurent Casanova, Olle Kämpe, Shen-Ying Zhang, Lennart Hammarström, Qiang Pan-Hammarström, Department of Biosciences and Nutrition [Karolinska Insitutet, Sueden] (BioNut), Karolinska Institutet [Stockholm], Iran University of Medical Sciences [Tehran, Iran] (IUMS), Uppsala University, Department of medicine [Stockholm], Karolinska Institutet [Stockholm]-Karolinska University Hospital [Stockholm], St. Giles Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases, Rockefeller University [New York], Human genetics of infectious diseases : Mendelian predisposition (Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Children’s Medical Center [Tehran, Liban], Tehran University of Medical Sciences (TUMS), Karolinska Institute, Sidra Medicine [Doha, Qatar], Hamad Bin Khalifa University (HBKU), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service d'immunologie [Centre Hospitalier Lyon Sud - HCL], Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL] (CHLS), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Hôpital Femme Mère Enfant [CHU - HCL] (HFME), Hospices Civils de Lyon (HCL), Howard Hughes Medical Institute [New York] (HHMI), Howard Hughes Medical Institute (HHMI)-New York University School of Medicine, NYU System (NYU)-NYU System (NYU)-Rockefeller University [New York]-Columbia University Irving Medical Center (CUIMC), Karolinska University Hospital [Stockholm], Open access funding provided by Karolinska Institute. This work was supported by The European Union’s Horizon 2020 research and innovation program (ATAC, 101003650), the Center for Innovative Medicine at Karolinska Institutet, the Swedish Research Council, the Knut and Alice Wallenberg Foundation (KAW). The Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases is supported by the Howard Hughes Medical Institute, the Rockefeller University, the St. Giles Foundation, the National Institutes of Health (NIH) (R01AI088364 and R01AI163029), the National Center for Advancing Translational Sciences (NCATS), NIH Clinical and Translational Science Award (CTSA) program (UL1TR001866), a Fast Grant from Emergent Ventures, Mercatus Center at George Mason University, the Fisher Center for Alzheimer’s Research Foundation, the Meyer Foundation, the JPB Foundation, the French National Research Agency (ANR) under the 'Investments for the Future' program (ANR-10-IAHU-01), ANR grants (ANR-14-CE14-0008–01, ANR-18-CE15-0020–02, ANR-20-CE93-003, ANR-20-CO11-000,1 and ANR-21-COVR-0039), the Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases Laboratory of Excellence (ANR-10-LABX-62-IBEID), the French Foundation for Medical Research (FRM) (EQU201903007798), the FRM and ANR GENCOVID project (ANR-20-COVI-0003), ANRS Nord-Sud (ANRS-COV05), the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program under grant agreement no. 824110 (EASI-Genomics), the Square Foundation, Grandir-Fonds de solidarité pour l’enfance, the SCOR Corporate Foundation for Science, Fondation du Souffle, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), REACTing-INSERM, and the University of Paris. PB was supported by the French Foundation for Medical Research (FRM, EA20170638020). PB was supported by the MD-PhD program of the Imagine Institute (with the support of the Fondation Bettencourt-Schueller). NM received funding from Sidra Medicine (SDR400048) and the Qatar National Research Fund (NPRP9-251–3-045)., ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-14-CE14-0008,IEIHSEER,L'encéphalite Herpétique de l'enfant résulte de déficits héréditaires d'immunité contre l'HSV-1: une exception ou une règle?(2014), ANR-18-CE15-0020,SEAe-HostFactors,Facteurs de susceptibilité de l'hôte à l'encéphalite pédiatrique en Asie du Sud Est(2018), ANR-20-CE93-0003,GENVIR,Analyse multi-omique de l'immunité anti-virale: de l'identification des circuits biologiques pertinents à la découverte de défauts monogéniques héréditaires de l'immunité chez les patients avec infections virales sévères(2020), ANR-20-CO11-0001,AABIFNCOV,Bases génétiques et immunologiques des auto-anticorps contre les interférons de type I prédisposant aux formes sévères de COVID-19.(2020), ANR-21-COVR-0039,GenMIS-C,Recherche des Déficits immunitaires innées monogéniques prédisposant au syndrome inflammatoire multisystémique chez l'enfant.(2021), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-20-COVI-0003,GENCOVID,Identification des défauts monogéniques de l'immunité responsables des formes sévères de COVID-19 chez les patients précédemment en bonne santé(2020), European Project: 824110,H2020-INFRAIA-2018-1,EASI-Genomics(2019), Université Paris Cité, Equipe HAL, Instituts Hospitalo-Universitaires - Institut Hospitalo-Universitaire Imagine - - Imagine2010 - ANR-10-IAHU-0001 - IAHU - VALID, Appel à projets générique - L'encéphalite Herpétique de l'enfant résulte de déficits héréditaires d'immunité contre l'HSV-1: une exception ou une règle? - - IEIHSEER2014 - ANR-14-CE14-0008 - Appel à projets générique - VALID, APPEL À PROJETS GÉNÉRIQUE 2018 - Facteurs de susceptibilité de l'hôte à l'encéphalite pédiatrique en Asie du Sud Est - - SEAe-HostFactors2018 - ANR-18-CE15-0020 - AAPG2018 - VALID, Analyse multi-omique de l'immunité anti-virale: de l'identification des circuits biologiques pertinents à la découverte de défauts monogéniques héréditaires de l'immunité chez les patients avec infections virales sévères - - GENVIR2020 - ANR-20-CE93-0003 - AAPG2020 - VALID, Bases génétiques et immunologiques des auto-anticorps contre les interférons de type I prédisposant aux formes sévères de COVID-19. - - AABIFNCOV2020 - ANR-20-CO11-0001 - COVID-19 - VALID, Recherche des Déficits immunitaires innées monogéniques prédisposant au syndrome inflammatoire multisystémique chez l'enfant. - - GenMIS-C2021 - ANR-21-COVR-0039 - COVID-19 - VALID, Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases - - IBEID2010 - ANR-10-LABX-0062 - LABX - VALID, Identification des défauts monogéniques de l'immunité responsables des formes sévères de COVID-19 chez les patients précédemment en bonne santé - - GENCOVID2020 - ANR-20-COVI-0003 - COVID-19 - VALID, European Advanced infraStructure for Innovative Genomics - EASI-Genomics - - H2020-INFRAIA-2018-12019-02-01 - 2023-07-31 - 824110 - VALID, Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)