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Introduction and objectives: Hypertrophic cardiomyopathy (HCM) is accompanied by pathophysiological changes that predispose to the development of atrial fibrillation (AF). This arrhythmia impacts negatively on the morbidity, mortality and quality of life of these patients. Our objective was to evaluate the behavior of left atrial function, by means of atrial strain (derived from speckle tracking) and volumetric analysis by three-dimensional echocardiography, in patients with HCM with paroxysmal AF. Method: We analysed left atrial function in 53 patients with HCM, 25 of whom were paroxysmal AF carriers (mean age 61.7±9.9 years; 56% female) compared with 28 members of the control group (mean age 60.5±10 years; 53.6% female) who were matched especially for sex, age and other demographic data. Results: It was observed that patients with HCM and a history of paroxysmal AF had lower left atrial emptying fractions than individuals in the control group; and the active atrial emptying fraction was a factor independently associated with the presence of this arrhythmia (p=0.018; odds ratio=0.93). Moreover, we found a significant reduction of the left atrial strain in all its components in the total sample of patients, with no difference between the groups. Conclusions: Measurements of atrial emptying fractions by three-dimensional echocardiography allowed differentiating patients with HCM with and without paroxysmal AF. Resumo: Introdução e objetivos: A miocardiopatia hipertrófica (MCH) é acompanhada de alterações fisiopatológicas que predispõem ao desenvolvimento de fibrilhação auricular (FA). Esta arritmia impacta de forma negativa na morbimortalidade e na qualidade de vida desses doentes. Nosso objetivo foi avaliar o comportamento da função auricular esquerda, por meio do strain auricular (derivado do speckle tracking) e da análise volumétrica pelo ecocardiograma tridimensional, em doentes com MCH portadores de FA paroxística. Método: Analisámos a função auricular esquerda em 53 doentes com MCH, sendo 25 portadores FA paroxística (idade média de 61,7±9,9 anos; 56% sexo feminino) comparados com 28 integrantes do grupo controle (idade média de 60,5±10 anos; 53,6% do sexo feminino) que foram pareados especialmente por sexo, idade e outros dados demográficos. Resultados: Observou-se que doentes portadores de MCH e antecedentes de FA paroxística apresentaram frações de esvaziamento auricular menores do que indivíduos do grupo controle; sendo que a fração de esvaziamento auricular ativa foi um fator independentemente associado à presença desta arritmia (p=0,018; odds ratio=0,93). Além disso, encontramos redução importante do strain da aurícula esquerda em todos seus componentes na amostra total de pacientes, sem diferença entre os grupos. Conclusão: As medidas das frações de esvaziamento auricular pela ecocardiografia tridimensional permitiram diferenciar os doentes com MCH com e sem FA paroxística.