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Introdução: A gravidade da tuberculose depende da interação entre a resposta imune do hospedeiro e a virulência do Mycobacterium tuberculosis (Mtb). Pouco se conhece sobre a associação entre a caracterização genotípica e os aspectos clínicos da doença. Objetivo: Determinar os fatores de virulência micobacterianos associados a tuberculose disseminada, extrapulmonar e a forma pulmonar cavitária de isolados de pacientes com tuberculose ativa atendidos no HC-FMUSP de 2014 a 2020. Método: Análise de amostras de conveniência de isolados de Mtb de pacientes com diagnóstico de tuberculose ativa. Os prontuários clínicos foram consultados para avaliar os dados demográficos, clínicos e desfecho. Os isolados de Mtb foram sequenciadas pela plataforma Ion Torrent. A árvore filogenética baseada nos polimorfismos de nucleotídeo único do coregenoma foi construida com o método de máxima virossimilhança pelo programa REALPHY. Além disso, os linhagens e sublinhagens dos isolados foram determinados utilizando TB profiler. A presença dos genes de virulência foi avaliada através do programa Virulence Factor Database (VFDB) e confirmada por curadoria manual. Os genes com variabilidade > 5% foram incluidas na análise bivariada com qui quadrado para avaliar a associação com a forma disseminada, acometimento extrapulmonar e pulmonar cavitária. Resultados: No total, 141 isolados clínicos de Mtb foram sequenciados, 65% foram de pacientes de sexo masculino, a mediana de idade foi de 44 anos e 36% (n = 50) foram imunocomprometidos. A forma pulmonar localizada foi a mais comum (65%, n = 91), seguida da forma disseminada (26%, n = 37) e extrapulmonar localizada (9%, n = 13). A maioria dos isolados pertenceram a linhagem euroamericana (99%, n = 140), predominantemente da sublinhagem LAM. Na árvore filogenêtica, não evidenciamos cluster de acordo com as formas clinicas avaliadas. Foram analisados 69 genes de virulência, 84% (n = 58) foram constitucionais do Mtb por estar presentes em 100% das amostras. Cinco genes mbtB, EspB, PPE, espK e plcD tiveram variabilidade > 5% entre as amostras. Não observamos associação entre os genes avaliados e a presença de tuberculose com acometimento extrapulmonar, forma disseminada ou pulmonar cavitária. Conclusão: Não encontramos associação entre os genes de virulência analizados e a gravidade da tuberculose. A avaliação do genoma completo de Mtb pode completar a presente análise.

Background: Assessing the risk of multidrug-resistant colonization and infections is pivotal for optimizing empirical therapy in hematopoietic stem cell transplants (HSCTs). Limited data exist on extended-spectrum β-lactamase-producing Enterobacterales (ESBL-E) colonization in this population. This study aimed to assess whether ESBL-E colonization constitutes a risk factor for ESBL-E bloodstream infection (BSI) and to evaluate ESBL-E colonization in HSCT recipients. Methods: A retrospective analysis of ESBL-E colonization and BSI in HSCT patients was conducted from August 2019 to June 2022. Weekly swabs were collected and cultured on chromogenic selective media, with PCR identifying the β-lactamase genes. Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) and whole-genome sequencing (WGS) assessed the colonizing strains’ similarities. Results: Of 222 evaluated HSCT patients, 59.45% were colonized by ESBL-E, with 48.4% at admission. The predominant β-lactamase genes were blaTEM (52%) and blaSHV (20%). PFGE analysis did not reveal predominant clusters in 26 E. coli and 15 K. pneumoniae strains. WGS identified ST16 and ST11 as the predominant sequence types among K. pneumoniae. Thirty-three patients developed thirty-five Enterobacterales-BSIs, with nine being third-generation cephalosporin-resistant. No association was found between ESBL-E colonization and ESBL-BSI (p = 0.087). Conclusions: Although the patients presented a high colonization rate of ESBL-E upon admission, no association between colonization and infection were found. Thus, it seems that ESBL screening is not a useful strategy to assess risk factors and guide therapy for ESBL-BSI in HSCT-patients.

ABSTRACT The COVID-19 pandemic has given rise to numerous commercially available antigen rapid diagnostic tests (Ag-RDTs). To generate and to share accurate and independent data with the global community requires multisite prospective diagnostic evaluations of Ag-RDTs. This report describes the clinical evaluation of the OnSite COVID-19 rapid test (CTK Biotech, CA, USA) in Brazil and the United Kingdom. A total of 496 paired nasopharyngeal (NP) swabs were collected from symptomatic health care workers at Hospital das Clínicas in São Paulo, Brazil, and 211 NP swabs were collected from symptomatic participants at a COVID-19 drive-through testing site in Liverpool, United Kingdom. Swabs were analyzed by Ag-RDT, and results were compared to quantitative reverse transcriptase PCR (RT-qPCR). The clinical sensitivity of the OnSite COVID-19 rapid test in Brazil was 90.3% (95% confidence interval [CI], 75.1 to 96.7%) and in the United Kingdom was 75.3% (95% CI, 64.6 to 83.6%). The clinical specificity in Brazil was 99.4% (95% CI, 98.1 to 99.8%) and in the United Kingdom was 95.5% (95% CI, 90.6 to 97.9%). Concurrently, analytical evaluation of the Ag-RDT was assessed using direct culture supernatant of SARS-CoV-2 strains from wild-type (WT), Alpha, Delta, Gamma, and Omicron lineages. This study provides comparative performance of an Ag-RDT across two different settings, geographical areas, and populations. Overall, the OnSite Ag-RDT demonstrated a lower clinical sensitivity than claimed by the manufacturer. The sensitivity and specificity from the Brazil study fulfilled the performance criteria determined by the World Health Organization, but the performance obtained from the UK study failed to do. Further evaluation of Ag-RDTs should include harmonized protocols between laboratories to facilitate comparison between settings. IMPORTANCE Evaluating rapid diagnostic tests in diverse populations is essential to improving diagnostic responses as it gives an indication of the accuracy in real-world scenarios. In the case of rapid diagnostic testing within this pandemic, lateral flow tests that meet the minimum requirements for sensitivity and specificity can play a key role in increasing testing capacity, allowing timely clinical management of those infected, and protecting health care systems. This is particularly valuable in settings where access to the test gold standard is often restricted.

Introdução: Nos últimos anos, um número crescente de isolados de bactérias gram-negativas mostraram resistência aos antibióticos, destacando esses microrganismos na categoria crítica, principalmente pela escassez de novas drogas terapêuticas. Em estudos se demonstra que os tratamentos contra organismos multirresistentes talvez sejam mais eficazes em terapia combinada de antibióticos do que em monoterapia. Objetivo: Avaliar o sinergismo in vitro dos aminoglicosídeos com outros antimicrobianos em bactérias gram-negativas multirresistentes de linhagens distintas e com mecanismos de resistência variados. Método: Os microrganismos foram isolados do sangue, urina, tecido e aspirado traqueal e identificados no sistema automatizado Vitek-2, por PCR e por sequenciamento de genoma completo. Os métodos de disco aproximação e epsilometrico (E-test) foram utilizados para avaliar o sinergismo in vitro entre os aminoglicosídeos com colistina, meropenem e ceftazidima/avibactam. Resultados: Em 72,5% (29/40) dos isolados de K. pneumoniae se evidenciou sinergismo na combinação entre amicacina e colistina. Nos isolados de A. baumannii foi observado sinergismo em 55% (11/20) na combinação entre amicacina e CZA. Nos isolados de S. marcescens foi observado sinergismo em 75,0% (9/12) na combinação de amicacina e meropenem. Entretanto, em 17% (2/12) das combinações de amicacina com colistina e 25% (3/12) entre gentamicina com colistina se evidenciou antagonismo pelo método de disco aproximação, respectivamente. Por outro lado, obteve-se associação entre a sensibilidade a amicacina e os resultados de sinergismo na combinação entre amicacina e meropenem em K. pneumoniae. Em A. baumannii se evidenciou associação na combinação entre amicacina e colistina e entre amicacina e CZA, considerando a sensibilidade a colistina e amicacina, respectivamente. Em S. marcescens, teve associação entre a sensibilidade a meropenem com os resultados de sinergismo nessa combinação. Finalmente, o número de genes de resistência demonstraram relação com o FICI, no qual os isolados com mais genes de resistência apresentaram sinergismo. Conclusão: Os aminoglicosídeos demostraram sinergismo quando combinados com outras drogas como polimixinas e carbapenêmicos, considerando-se uma alternativa à monoterapia em infecções por bactérias multirresistentes. Os métodos de sinergismo apresentam concordância muito boa entre os resultados, tornando-se métodos eficazes e úteis na hora de analisar associação entre antibióticos no laboratório de microbiologia convencional.

Introdução: Surtos relacionados a Acinetobacter baumannii resistente a carbapenêmicos (CRAB) em unidades de terapia intensiva são eventos relatados na literatura durante a pandemia de COVID-19 e já observados em serviços do Brasil. Objetivo: Descrever um surto de CRAB numa UTI adulto destinada a COVID, as medidas de prevenção aplicadas e os resultados após os planos de ação. Método: Os dados clínicos e epidemiológicos relacionados ao surto foram registrados durante o período do evento pela equipe da UTI e pela equipe da Subcomissão do Controle de Infecção Hospitalar para fins de vigilância epidemiológica do hospital e para notificação. Os materiais para culturas foram coletados com propósito diagnóstico no momento da suspeita clínica e analisados pelo laboratório de referência do serviço (Laboratório Maricondi) e algumas cepas foram encaminhadas para o laboratório externo (Laboratorio de Investigação Médica do Instituto de Medicina Tropical) para análise de linhagem bacteriana com o objetivo de avaliar fonte comum do surto, sensibilidade antimicrobiana e mecanismos de resistência. Resultados: O surto ocorreu em junho a setembro de 2021 no HU-UFSCAR, em pacientes internados na UTI adulto/ Leitos de suporte ventilatório para pacientes COVID 19 (total de 14 leitos). Neste período, 21 pacientes apresentaram swab de colonização ou cultura clínica positiva para o agente. Destes, 6 evoluíram a óbito (28%). A maioria (85%) apresentou o agente em trato respiratório, sendo um fator comum entre eles a necessidade de suporte respiratório (95%). No período, 2 pacientes tiveram cultura positiva para CRAB, mas encontravam-se internados em área diferente da área do surto (enfermaria não-COVID). Após envio das cepas para laboratório de pesquisa foram identificados 3 clones que eram comuns a todas as áreas do hospital. Foram identificados problemas como má adesão a prática de higiene de mãos, uso de avental e luvas fora do atendimento ao paciente e ausência de rotinas de limpeza dos equipamentos e leitos. Após treinamento de toda a equipe hospitalar, adequação do uso de EPIs, avaliação da qualidade de limpeza tivemos como resultado 4 semanas sem novos isolados e redução da densidade de incidência de infecções por CRAB de 14,4/1000 paciente.dia em julho para 0 em agosto. Conclusão: Surtos de bactérias multirresistentes estão relacionadas a más práticas de higiene de mãos e limpeza de ambiente. A readequação dessas práticas é eficaz para o controle de surto e consequentemente redução das IRAS dentro de um serviço.

This study evaluates a possible correlation between multidrug-resistant Klebsiella pneumoniae strains and virulence markers in a Danio rerio (zebrafish) model. Whole-genome sequencing (WGS) was performed on 46 strains from three Brazilian hospitals. All of the isolates were colistin-resistant and harbored blaKPC-2. Ten different sequence types (STs) were found; 63% belonged to CC258, 22% to ST340, and 11% to ST16. The virulence factors most frequently found were type 3 fimbriae, siderophores, capsule regulators, and RND efflux-pumps. Six strains were selected for a time-kill experiment in zebrafish embryos: infection by ST16 was associated with a significantly higher mortality rate when compared to non-ST16 strains (52% vs. 29%, p = 0.002). Among the STs, the distribution of virulence factors did not differ significantly except for ST23, which harbored a greater variety of factors than other STs but was not related to a higher mortality rate in zebrafish. Although several virulence factors are described in K. pneumoniae, our study found ST16 to be the only significant predictor of a virulent phenotype in an animal model. Further research is needed to fully understand the correlation between virulence and sequence types.