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El presente artículo desarrolla una discusión conceptual y jurídica de la autonomía universitaria y su aplicación en Chile a través de la distinción y análisis de tres periodos de reforma en materia de educación superior desde el 1981 a 2020. La contribución central de este estudio es incluir en su análisis una nueva etapa de reforma (Ley N° 21.091) que cambia profundamente tanto la normativa como las instituciones que rigen a los centros de educación superior y, hasta el momento, no ha sido explorado por parte de la literatura especializada. Se concluye señalando que aun cuando se han generado transformaciones significativas en el funcionamiento del sistema de educación superior, es posible identificar elementos comunes que han persistido como eje orientador. El texto pertenece a los estudios sobre derecho y ciencia política y metodológicamente utiliza la revisión bibliográfica y normativa para analizar las trayectorias ya mencionadas y su impacto en la institucionalidad y devenir nacional. Finalmente, el texto presenta claves históricas en un momento de discusión nacional e identifica nudos críticos a profundizar en investigaciones futuras.