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Objective. To determine the fatty acid (FA) profile, conjugated linoleic acid (CLA) and isomers in cow's milk produced under organic conditions in southeastern Mexico. Materials and methods. Forty-eight milk samples were collected during one year from three production units (PU 1, 2 and 3) and a collecting tank (CT) in the municipality of Tecpatán, Chiapas (12 months x 4 = 48), following the guidelines established in Mexican regulations. Fat was extracted with detergent solution; AG analysis was performed by gas chromatography with flame ionization detector and ALC and isomers were obtained by high performance liquid chromatography (HPLC) with UV-Vis detector. Results. Chromatographic analyses identified and quantified 23 FA in all milks, from C4 to C20:1. Statistical analysis (ANOVA, Tukey) showed significance (p<0.05) at C4-C10, C16, C18, C18:1n9t, C18:2n6 and C20; in all cases the TC was similar in at least two PU. The mean values over time exhibited homogeneous regularity behavior. CLA and 9 of its isomers were also determined; ANOVA did not show significance. The isomer C18:2 9c-11t had the highest percentage of total CLA with a mean value of 90.06%. Conclusions. Gas and liquid chromatographic analyses allowed characterization of FA, CLA and isomers profiles in organic milk produced in southeastern Mexico, which had not been studied so far., Objetivo. Determinar el perfil de ácidos grasos (AG), ácido linoleico conjugado (ALC) e isómeros en leche de vaca producida en condiciones orgánicas en el sureste de México. Materiales y métodos. Durante un año se colectaron 48 muestras de leche, proveniente de tres unidades de producción (UP 1, 2 y 3) y tanque colector (TC) del municipio de Tecpatán, Chiapas (12 meses x 4 = 48), siguiendo las pautas establecidas en normatividad mexicana. La grasa se extrajo con solución detergente; el análisis de AG se realizó por cromatografía de gases con detector de ionización de flama y el ALC e isómeros se obtuvieron mediante cromatografía líquida de alta resolución (CLAR) con detector UV-Vis. Resultados. Los análisis cromatográficos identificaron y cuantificaron 23 AG en todas las leches, desde el C4 hasta el C20:1. El análisis estadístico (ANOVA, Tukey) arrojó significancia (p<0.05) en C4-C10, C16, C18, C18:1n9t, C18:2n6 y C20; en todos los casos el TC fue similar en al menos dos UP. Los valores medios a través del tiempo exhibieron comportamiento con regularidad homogénea. Asimismo, se determinaron el ALC y 9 de sus isómeros; el ANOVA no arrojó significancia. El isómero C18:2 9c-11t tuvo el mayor porcentaje del ALC total con un valor medio de 90.06%. Conclusiones. Los análisis de cromatografía de gases y de líquidos permitieron caracterizar los perfiles de AG, ALC e isómeros en leche orgánica que se produce en el sureste mexicano, que hasta el momento no se habían estudiado.