Author: "Nesme, Xavier" / Publication Year Range: Last 10 years - Searchworks@Jio Institute Digital Library Search Results

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97 results on '"Nesme, Xavier"'

1. Development and validation of a UHPLC-ESI-QTOF mass spectrometry method to analyze opines, plant biomarkers of crown gall or hairy root diseases

Author: Padilla, Rosa, Gaillard, Vincent, Le, Thao Nhi, Bellvert, Floriant, Chapulliot, David, Nesme, Xavier, Dessaux, Yves, Vial, Ludovic, Lavire, Céline, and Kerzaon, Isabelle
Published: 2021
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2. Comparative Genomics of Novel Agrobacterium Tomkonis Sp. Nov. Isolated from the International Space Station

Author: Singh, Nitin K, Lavire, Céline, Nesme, Joseph, Vial, Ludovic, Nesme, Xavier, Mason, Christopher E, Lassalle, Florent, and Venkateswaran, Kasthuri
Published: 2021

3. Comparative Genomics of Novel Agrobacterium Tomkonis Sp. Nov. Isolated from the International Space Station

Author: Venkateswaran, Kasthuri, Lassalle, Florent, Mason, Christopher E, Nesme, Xavier, Vial, Ludovic, Nesme, Joseph, Lavire, Céline, and Singh, Nitin K
Published: 2021

4. Ecological speciation in bacteria: reverse ecology approaches reveal the adaptive part of bacterial cladogenesis

Author: Lassalle, Florent, Muller, Daniel, and Nesme, Xavier
Published: 2015
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5. Evolutionary classification of tumor- and root-inducing plasmids based on T-DNAs and virulence regions

Author: Nabi, Nesrine, primary, Ben Hafsa, Ahmed, additional, Gaillard, Vincent, additional, Nesme, Xavier, additional, Chaouachi, Maher, additional, and Vial, Ludovic, additional
Published: 2022
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6. Comparative Genomics of Novel Agrobacterium G3 Strains Isolated From the International Space Station and Description of Agrobacterium tomkonis sp. nov.

Author: Singh, Nitin K., primary, Lavire, Céline, additional, Nesme, Joseph, additional, Vial, Ludovic, additional, Nesme, Xavier, additional, Mason, Christopher E., additional, Lassalle, Florent, additional, and Venkateswaran, Kasthuri, additional
Published: 2021
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7. Comparative Genomics of Novel Agrobacterium G3 Strains Isolated From the International Space Station and Description of Agrobacterium tomkonis sp. nov.

Author: Singh, Nitin K., Lavire, Céline, Nesme, Joseph, Vial, Ludovic, Nesme, Xavier, Mason, Christopher E., Lassalle, Florent, Venkateswaran, Kasthuri, Singh, Nitin K., Lavire, Céline, Nesme, Joseph, Vial, Ludovic, Nesme, Xavier, Mason, Christopher E., Lassalle, Florent, and Venkateswaran, Kasthuri
Abstract: Strains of Agrobacterium genomospecies 3 (i.e., genomovar G3 of the Agrobacterium tumefaciens species complex) have been previously isolated from diverse environments, including in association with plant roots, with algae, as part of a lignocellulose degrading community, from a hospital environment, as a human opportunistic pathogen, or as reported in this study, from a surface within the International Space Station. Polyphasic taxonomic methods revealed the relationship of Agrobacterium G3 strains to other Agrobacterium spp., which supports the description of a novel species. The G3 strains tested (n = 9) were phenotypically distinguishable among the strains from other genomospecies of the genus Agrobacterium. Phylogenetic analyses of the 16S rRNA gene, gyrB gene, multi-locus sequence analysis, and 1,089-gene core-genome gene concatenate concur that tested G3 strains belong to the Agrobacterium genus and they form a clade distinct from other validly described Agrobacterium species. The distinctiveness of this clade was confirmed by average nucleotide identity (ANI) and in silico digital DNA-DNA hybridization (dDDH) comparisons between the G3 tested strains and all known Agrobacterium species type strains, since obtained values were considerably below the 95% (ANI) and 70% (dDDH) thresholds used for the species delineation. According to the core-genome phylogeny and ANI comparisons, the closest relatives of G3 strains were Agrobacterium sp. strains UGM030330-04 and K599, members of a novel genomospecies we propose to call genomovar G21. Using this polyphasic approach, we characterized the phenotypic and genotypic synapomorphies of Agrobacterium G3, showing it is a bona fide bacterial species, well separated from previously named Agrobacterium species or other recognized genomic species. We thus propose the name Agrobacterium tomkonis for this species previously referred to as Agrobacterium genomospecies 3. The type strain of A. tomkonis is IIF1SW-B1(T) (= LMG 321
Published: 2021

8. How to name those to blame: A practical taxonomical study of the Xanthomonas causing bacterial leaf spot of lettuce has major consequences for the boundaries delimitation of X. hortorum

Author: Morinière, Lucas, Burlet, Alexandre, Rosenthal, Emma, Nesme, Xavier, Portier, Perrine, Bull, Carolee, Lavire, Céline, Fischer-Le Saux, Marion, Bertolla, Franck, Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Station expérimentale Rhône-Alpes et Information Légumière, SERAIL, Department of Plant pathology and Environmental Microbiology, Pennsylvania State University (Penn State), Penn State System-Penn State System, Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy
Abstract: International audience; Assessment of the taxonomy and diversity of the Xanthomonas strains causing bacterial leaf spot of lettuce (BLSL), commonly referred to as X. campestris pv. vitians, has been a long-lasting issue which held back the global efforts made to understand this pathogen. In order to provide a sound basis essential to its study, we conducted a polyphasic approach on a panel of strains obtained through sampling campaigns or acquired from collections. Results of a multilocus sequence analysis combined with phenotypic assays revealed that the pathotype strain of X. campestris pv. vitians does not match the description of the nomenspecies provided by Brown in 1918 [1]. However, LMG 938 = CFBP 8686 does fit this description. Therefore, we propose that LMG 938 = CFBP 8686 replaces LMG 937 = CFBP 2538 as pathotype strain of X. campestris pv. vitians. Then, overall genome relatedness indices (OGRIs) calculations and crossed-pathogenicity assays on lettuce allowed to validate the nomenclature X. hortorum pv. vitians comb. nov. originally proposed by Vauterin et al. in 1995 [2]. Interestingly, genome-based phylogenies exhibited an evolutionary continuum between closely related species X. hortorum and X. cynarae, confirmed by multiple OGRIs calculations between all the taxonomically relevant members of these two species. Phenotypic profiles characterized with Biolog GEN III microplates did not reveal any stable diagnostic traits legitimizing the distinction into two different species but a strong stable core phenotype. Thus, to be in accordance with nowadays standards in bacterial taxonomy and with respect to the global taxonomical framework of the genus Xanthomonas [3, 4], we propose the new combination of X. hortorum Vauterin et al. 1995 and X. cynarae (Trébaol 2000) Timilsina et al. 2018 into a new X. hortorum comb. nov. This new stable species would allow to integrate new uncharacterized members of X. hortorum isolated over the years on a wide range of host plants, making it a promising model for the study of genomic and ecologic determinants underlying adaptation to host plants. 1. Brown NA. Some bacterial diseases of lettuce. J Agric Res 1918;13:367. 2. Vauterin L, Hoste B, Kersters K, Swings J. Reclassification of Xanthomonas. Int J Syst Evol Microbiol 1995;45:472-489. 3. Chun J, Oren A, Ventosa A, Christensen H, Arahal DR, et al. Proposed minimal standards for the use of genome data for the taxonomy of prokaryotes. Int J Syst Evol Microbiol 2018;68:461-466. 4. Rosselló-Móra R, Amann R. Past and future species definitions for Bacteria and Archaea. Syst Appl Microbiol 2015;38:209-216.
Published: 2020

9. Saisine relative à une demande d’avis sur la période de latence de Xylella fastidiosa sur le genre Citrus: Avis de l'Anses. Rapport d'expertise collective

Author: Deberdt, Péninna, Legrand, Philippe, Manceau, Charles, Nesme, Xavier, Olivier, Valérie, Le Bourgeois, Thomas, Balesdent, Marie-Hélène, Binet, Françoise, Biondi, Antonio, Castagnone-Sereno, Philippe, Desneux, Nicolas, Desprez Loustau, Marie-Laure, Escobar Gutiérrez, Abraham, Gentzbittel, Laurent, Jactel, Hervé, Makowski, David, Monty, Arnaud, Navajas, Maria, Robin, Marie-Hélène, Steyer, Stéphan, Verheggen, François, Wetzel, Thierry, Gachet, Emmanuel, Tayeh, Christine, Fonctionnement agroécologique et performances des systèmes de cultures horticoles (UPR HORTSYS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Département Performances des systèmes de production et de transformation tropicaux (Cirad-PERSYST), Unité de quarantaine (LSV Clermont-Ferrand), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Retraitée, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de bactériologie, virologie, OGM (BVO), Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Università degli studi di Catania = University of Catania (Unict), Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Côte d'Azur (UCA), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT), Unité Mixte de Recherche sur l'Ecosystème Prairial - UMR (UREP), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Liège, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), Université de Liège - Gembloux, Deutsches Zentrum für Luft- und Raumfahrt (DLR), Anses, Contrat : 2019-SA-0050, Commanditaire : Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, and Date de signature : 2020-04-10
Subjects: Xylella fastidiosa, période asymptomatique, latent infection, Citrus, survival period, période de latence, sub-species pauca, latence period, timing symptoms appearance, symptoms appearance, période d’incubation, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, asymptomatic period, sub-species multiplex, période endophytique, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, sous-espèce pauca, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, endophytic period, sous-espèce multiplex, incubation period
Abstract: La bactérie Xylella fastidiosa, sous-espèce multiplex, a été identifiée pour la première fois en France en 2015. Aujourd’hui, elle est établie dans certaines communes du littoral méditerranéen de la région Provence-Alpes-Côte d’Azur et dans la région Corse, pour laquelle une stratégie d’enrayement est en place depuis janvier 2018.La décision d’exécution 2015/789/UE modifiée précise les dispositions visant à empêcher d’autres introductions de la bactérie Xylella fastidiosa ainsi que sa propagation dans l’UE. Conformément à l'article 9.1 de cette décision, les mouvements de végétaux spécifiés (la liste des espèces spécifiées est précisée en annexe I de la décision d’exécution 2015/789/UE) en dehors des zones délimitées (la définition d’une zone délimitée est précisée à l’article 4 de la décision d’exécution 2015/789/UE), sont interdits. Par dérogation, l’article 9.2 définit des conditions permettant à l'autorité compétente d’autoriser un opérateur à déplacer des végétaux spécifiés hors de zones délimitées. Parmi ces dispositions1, l’obligation de maintenir sous protection matérielle (en conditions « insect-proof » permanentes) le site de production du végétal spécifié pendant toute la durée de culture pose des difficultés de mise en œuvre. De ce fait, aucune dérogation n’a été délivrée, à ce jour, en France. Cela se traduit notamment par des pertes de marchés et des baisses du chiffre d'affaires chez les professionnels concernés pouvant aller jusqu'à 50 %.
Published: 2020

10. Stratégie de lutte vis-à-vis de Xylella fastidiosa: Avis de l'Anses. Rapport d'expertise collective

Author: Verdin, Eric, Sicard, Anne, Gentzbittel, Laurent, Legendre, Bruno, Suffert, Frédéric, Thébaud, Gaël, Le Bourgeois, Thomas, Balesdent, Marie-Helene, Binet, Françoise, Biondi, Antonio, Castagnone, Philippe, Deberdt, Péninna, Desneux, Nicolas, Desprez Loustau, Marie Laure, Escobar Gutiérrez, Abraham, Jactel, Herve, Makowski, David, Monty, Arnaud, Navajas, Maria, Nesme, Xavier, Robin, Marie-Hélène, Steyer, Stéphan, Verheggen, François, Wetzel, Thierry, Tassus, Xavier, Station de Pathologie Végétale (AVI-PATHO), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, ANSES - Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort (ANSES), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (UMR BGPI), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Università degli studi di Catania [Catania], Institut Sophia Agrobiotech [Sophia Antipolis] (ISA), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Fonctionnement agroécologique et performances des systèmes de cultures horticoles (UPR HORTSYS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Unité de recherche d'Agronomie (UA), Université de Liège, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), Université de Liège - Gembloux, Deutsches Zentrum für Luft- und Raumfahrt (DLR), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail, Contrat : 2018-SA-0248, Commanditaire : Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, and Date de signature : 2020-04-29
Subjects: Xylella fastidiosa, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, olivier, Antibes, gestion, Menton, France, olive tree, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, management, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy
Abstract: AVIS de l’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail relatif à « la stratégie de lutte vis-à-vis de Xylella fastidiosa ». L’Anses a été saisie le 26 novembre 2019 par la Direction générale de l’alimentation pour la réalisation de l’expertise suivante : demande d’avis relatif à la stratégie de lutte vis-à-vis de Xylella fastidiosa.
Published: 2020

11. Période de latence de Xylella fastidiosa sur le genre Citrus

Author: Deberdt, Péninna, Legrand, Philippe, Manceau, Charles, Nesme, Xavier, Olivier, Valérie, Le Bourgeois, Thomas, Balesdent, Marie-Hélène, Binet, Françoise, Biondi, Antonio, Castagnone, Philippe, Desneux, Nicolas, Desprez Loustau, Marie-Laure, Escobar Gutiérrez, Abraham, Gentzbittel, Laurent, Jactel, Hervé, Makowski, David, Monty, Arnaud, Navajas, Maria, Robin, Marie-Hélène, Steyer, Stéphan, Verheggen, François, Wetzel, Thierry, Gachet, Emmanuel, Tayeh, Christine, Fonctionnement agroécologique et performances des systèmes de cultures horticoles (UPR HORTSYS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Département Performances des systèmes de production et de transformation tropicaux (Cirad-PERSYST), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Università degli studi di Catania [Catania], Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Côte d'Azur (UCA), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Unité Mixte de Recherche sur l'Ecosystème Prairial - UMR (UREP), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Liège, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), Université de Liège - Gembloux, Deutsches Zentrum für Luft- und Raumfahrt (DLR), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail, Contrat : 2019-SA-0050, Commanditaire : Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, and Date de signature : 2020-04-10
Subjects: Xylella fastidiosa, période asymptomatique, latent infection, Citrus, survival period, période de latence, sub-species pauca, latence period, timing symptoms appearance, symptoms appearance, période d’incubation, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, asymptomatic period, sub-species multiplex, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, période endophytique, sous-espèce pauca, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, endophytic period, sous-espèce multiplex, incubation period
Abstract: AVIS de l’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail relatif à une « Demande d’avis de l’Anses sur la période de latence de Xylella fastidiosa sur le genre Citrus »
Published: 2020

12. Évaluation du risque simplifiée du tomato brown rugose fruit virus pour la France métropolitaine : Avis de l'Anses. Rapport d'expertise collective

Author: Verdin, Eric, Gentit, Pascal, Steyer, Stéphan, Wetzel, Thierry, Le Bourgeois, Thomas, Balesdent, Marie-Helene, Binet, Françoise, Biondi, Antonio, Castagnone, Philippe, Deberdt, Péninna, Desneux, Nicolas, Desprez Loustau, Marie Laure, Escobar Gutiérrez, Abraham, Gentzbittel, Laurent, Jactel, Herve, Makowski, David, Monty, Arnaud, Navajas, Maria, Nesme, Xavier, Robin, Marie-Hélène, Verheggen, François, and Tayeh, Christine
Subjects: risque phytosanitaire, virus phytopathogène, analyse de risques, description de symptomes, Vegetal Biology, tomato brown rugose fruit virus, tobamovirus, tomate, piment, résistance, dissémination, semences, évaluation du risque, Phytopathology and phytopharmacy, état de l'art, Virologie, maladie émergente, culture legumiere, expertise scientifique, Phytopathologie et phytopharmacie, filière économique, Virology, pathologie végétale, épidémie, Biologie végétale
Published: 2020

13. Agrobacterium fabrum C58 involved nitrate reductase NapA and antisense RNA NorR to denitrify

Author: Lecomte, Solène, primary, Nesme, Xavier, additional, Franzino, Théophile, additional, Villard, Camille, additional, Pivard, Mariane, additional, Vial, Ludovic, additional, Doré, Jeanne, additional, Hommais, Florence, additional, and Haichar, Feth el Zahar, additional
Published: 2020
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14. Clarifying the taxonomy of the causal agent of bacterial leaf spot of lettuce through a polyphasic approach reveals that Xanthomonas cynarae Trébaol et al. 2000 emend. Timilsina et al. 2019 is a later heterotypic synonym of Xanthomonas hortorum Vauterin et al. 1995

Author: Morinière, Lucas, primary, Burlet, Alexandre, additional, Rosenthal, Emma R., additional, Nesme, Xavier, additional, Portier, Perrine, additional, Bull, Carolee T., additional, Lavire, Céline, additional, Fischer-Le Saux, Marion, additional, and Bertolla, Franck, additional
Published: 2020
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15. Who’s who : Resolving the taxonomy of the causal agent of bacterial leaf spot of lettuce through a polyphasic approach leads to combine Xanthomonas hortorum Vauterin et al. 1995 and Xanthomonas cynarae (Trébaol 2000) Timilsina et al. 2018

Author: Morinière, Lucas, Burlet, Alexandre, Rosenthal, Emma, Nesme, Xavier, Portier, Perrine, Bull, Carolee, Lavire, Céline, Fischer-Le Saux, Marion, Bertolla, Franck, Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Station expérimentale Rhône-Alpes et Information Légumière, SERAIL, Department of Plant pathology and Environmental Microbiology, Pennsylvania State University (Penn State), Penn State System-Penn State System, Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Université d'Angers (UA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Angers (UA)
Subjects: taxonomy, [SDV]Life Sciences [q-bio], Xanthomonas hortorum, Xanthomonas cynarae, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, bacterial leaf spot of lettuce, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy
Abstract: International audience; Assessment of the taxonomy and diversity of the Xanthomonas strains causing bacterial leaf spot of lettuce (BLSL), commonly referred as Xanthomonas campestris pathovar vitians, has been a long-lasting issue which held back the global efforts made to understand this disease and struggle against the damages it causes in the field. In order to restore sane bases essential to the study of this pathogen, we conducted an extensive polyphasic approach on a panel of strains obtained through sampling campaigns or collection strains acquisitions. Results of a multilocus sequence analysis crossed with pathogenicity assays revealed that BLSL-causing strains formed a monophyletic pathovar sparsely diversified in three clonal groups. However, genome-based phylogenies yielded only two major groups of strains. From the bigger picture perspective, phylogenies exhibited the intermediate position of pathovar vitians between close species X. hortorum and X. cynarae, resulting in a phylogenetic continuum regarding the known diversity of the genus. Finally, whole-genome comparisons of all type, pathotype or representative strains of these two species by multiple overall genome relatedness indices (OGRIs) calculation endorsed the hypothesis of one single specie. Carbon and nitrogen sources utilization tested using Biolog microplates did not revealed any particular phenotypic differences which would have legitimate the distinction into two species. Therefore, we propose the combination of X. hortorum, X. cynarae and X. campestris pv. vitians into a new X. hortorum comb. nov. with CFBP 4925 T = LMG 937 T remaining the type strain, and LMG 938 neoPT = NCPB 2248 neoPT becoming the pathotype strain of X. hortorum pv. vitians.
Published: 2019

16. Maladie du huanglongbing: Analyse du risque phytosanitaire pour l’Union européenne

Author: Silvie, Pierre, Cellier, Gilles, Gentzbittel, Laurent, Martin, Pierre, Milagros - Lopez, Maria, Ryckewaert, Philippe, Sauvion, Nicolas, Reignault, Philippe, Balesdent, Marie-Hélène, Castagnone, Philippe, Chauvel, Bruno, Desneux, Nicolas, Desprez Loustau, Marie-Laure, Escobar Gutiérrez, Abraham, Jactel, Hervé, Le Bourgeois, Thomas, Nesme, Xavier, Steyer, Stéphan, Suffert, Frédéric, Verdier, Valérie, Verheggen, François, Wetzel, Thierry, Institut de Recherche pour le Développement (IRD [Bolivie]), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Agroécologie et Intensification Durables des cultures annuelles (UPR AIDA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias - Institut Valencià d'Investigacions Agraries - Valencian Institute for agricultural Research (IVIA), Fonctionnement agroécologique et performances des systèmes de cultures horticoles (UPR HORTSYS), Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (UMR BGPI), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), UMR Résistance des plantes aux bioagresseurs, Unité Entomologie fonctionnelle et évolutive, Université de Liège, DLR Rheinpfalz, Institute of Plant Protection, Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail, Contrat : 2016-SA-0235, Superviseur : Pierre Silvie, Commanditaire : Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, and Date de signature : 2016-10-31
Subjects: risque phytosanitaire, [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, dissémination, huanglongbing, expertise scientifique, phytopathogenic bacteria, Trioza erytreae, Candidatus Liberibacter africanus, plant introduction, introduction de plantes, Citrus spp, Union européenne, Rutaceae, Candidatus Liberibacter asiaticus, pathologie végétale, bactérie phytopathogène, analyse de risques, état de l'art, Candidatus Liberibacter americanus, analyse de risque phytosanitaire (ARP), région méditerrannéenne, insect vectors, vecteur de transmission des maladies, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, Murraya paniculata, filière économique, HLB, agrume, Diaphorina citri, outbreaks, psylle vecteur, insecte vecteur, épidémie
Abstract: Maladie du huanglongbing. Analyse du risque phytosanitaire pour l’Union européenne
Published: 2019

17. Maladie du huanglongbing

Author: Silvie, Pierre, Cellier, Gilles, Gentzbittel, Laurent, Martin, Pierre, Milagros - Lopez, Maria, Ryckewaert, Philippe, Sauvion, Nicolas, Reignault, Philippe, Balesdent, Marie-Hélène, Castagnone-Sereno, Philippe, Chauvel, Bruno, Desneux, Nicolas, Desprez Loustau, Marie-Laure, Escobar Gutiérrez, Abraham, Jactel, Hervé, Le Bourgeois, Thomas, Nesme, Xavier, Steyer, Stéphan, Suffert, Frédéric, Verdier, Valérie, Verheggen, François, Wetzel, Thierry, and ProdInra, Archive Ouverte
Subjects: risque phytosanitaire, dissémination, huanglongbing, expertise scientifique, phytopathogenic bacteria, Trioza erytreae, Candidatus Liberibacter africanus, plant introduction, introduction de plantes, Citrus spp, Union européenne, Rutaceae, Candidatus Liberibacter asiaticus, pathologie végétale, [SDV.BV.PEP] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, bactérie phytopathogène, analyse de risques, [SDV.SA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, état de l'art, Candidatus Liberibacter americanus, analyse de risque phytosanitaire (ARP), région méditerrannéenne, insect vectors, vecteur de transmission des maladies, Murraya paniculata, filière économique, HLB, agrume, Diaphorina citri, outbreaks, psylle vecteur, insecte vecteur, épidémie
Abstract: Maladie du huanglongbing. Analyse du risque phytosanitaire pour l’Union européenne
Published: 2019

18. of Tomato root microbiota and Phytophthora parasitica-associated disease

Author: Larousse, Marie, Rancurel, Corinne, Syska, Camille, Palero, Ferran, Etienne, Catherine, BenoĂŽt Industri, Nesme, Xavier, Bardin, Marc, and Galiana, Eric
Abstract: of Tomato root microbiota and Phytophthora parasitica-associated disease
Published: 2019
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19. Who’s who: Clarifying the taxonomy of the causal agent of bacterial leaf spot of lettuce through a polyphasic approach led to combine X. hortorum Vauterin et al. 1995 and X. cynarae Trebaol et al. 2000 emend. Timilsina et al. 2018

Author: Morinière, Lucas, Burlet, Alexandre, Rosenthal, Emma, Nesme, Xavier, Portier, Perrine, Bull, Carolee T, Lavire, Céline, Saux, Marion Fischer-Le, and Bertolla, Franck
Published: 2019
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20. Résistance de la variété Platanor contre Ceratocystis platani: Evaluation des résultats d'expérimentation de contournement

Author: Gentzbittel, Laurent, Sache, Ivan, Tharreau, Didier, Le Bourgeois, Thomas, Balesdent, Marie-Hélène, Binet, Françoise, Biondi, Antonio, Castagnone, Philippe, Clement, Christophe, Deberdt, Péninna, Desneux, Nicolas, Desprez Loustau, Marie-Laure, Escobar Gutiérrez, Abraham, Jactel, Hervé, Makowski, David, Monty, Arnaud, Navajas Navarro, Maria, Nesme, Xavier, Steyer, Stéphan, Verheggen, François, Wetzel, Thierry, Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Département Agriculture, Alimentation et environnement, Université de Catagne, Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Résistance Induite et Bioprotection des Plantes - EA 4707 (RIBP), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-SFR Condorcet, Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Fonctionnement agroécologique et performances des systèmes de cultures horticoles (UPR HORTSYS), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agronomie, Université de Liège, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), Unité Entomologie fonctionnelle et évolutive, Dienstleistungszentrum Ländlicher Raum DLR Rheinpfalz (DLR Rheinpfalz), Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail, Contrat : 2018-SA-0069, Superviseur : Thomas Le Bourgeois, Commanditaire : Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, Date de signature : 2018-03-12, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), and DLR Rheinpfalz, Institute of Plant Protection
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, arbre ornemental, résistance variétale, platane, prévention des infections, état de l'art, Platanus sp, Platanor® Vallis-Clausa, health status, champignon phytopathogène, expertise scientifique, état sanitaire, phytopathogenic fungus, niveau de contamination, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, chancre colore du platane, outbreaks, chancre coloré du platane, Ceratocystis platani, contournement de résistance, évolution génétique des populations, pathologie végétale, source d'inoculum, épidémie, analyse de risque
Abstract: Résistance de la variété Platanor contre [i]Ceratocystis platani[/i]. Evaluation des résultats d'expérimentation de contournement
Published: 2019

21. Minimal standards for the description of new genera and species of rhizobia and agrobacteria

Author: Peix, Álvaro [0000-0001-5084-1586], Lajudie, Philippe M. de, Andrews, Mitchell, Ardley, Julie, Eardly, Bertrand, Jumas-Bilak, Estelle, Kuzmanović, Nemanja, Lassalle, Florent, Lindström, Kristina, Mhamdi, Ridha, Martínez-Romero, Esperanza, Moulin, Lionel, Abdollah Mousavi, Seyed, Nesme, Xavier, Peix, Álvaro, Puławska, Joanna, Steenkamp, Emma, Stępkowski, Tomasz, Tian, Chang-Fu, Vinuesa, Pablo, Wei, Gehong, Willems, Anne, Zilli, Jerri, Young, Peter, Peix, Álvaro [0000-0001-5084-1586], Lajudie, Philippe M. de, Andrews, Mitchell, Ardley, Julie, Eardly, Bertrand, Jumas-Bilak, Estelle, Kuzmanović, Nemanja, Lassalle, Florent, Lindström, Kristina, Mhamdi, Ridha, Martínez-Romero, Esperanza, Moulin, Lionel, Abdollah Mousavi, Seyed, Nesme, Xavier, Peix, Álvaro, Puławska, Joanna, Steenkamp, Emma, Stępkowski, Tomasz, Tian, Chang-Fu, Vinuesa, Pablo, Wei, Gehong, Willems, Anne, Zilli, Jerri, and Young, Peter
Abstract: Herein the members of the Subcommittee on Taxonomy of Rhizobia and Agrobacteria of the International Committee onSystematics of Prokaryotes review recent developments in rhizobial and agrobacterial taxonomy and propose updatedminimal standards for the description of new species (and genera) in these groups. The essential requirements (minimalstandards) for description of a new species are (1) a genome sequence of at least the proposed type strain and (2) evidencefor differentiation from other species based on genome sequence comparisons. It is also recommended that (3) geneticvariation within the species is documented with sequence data from several clearly different strains and (4) phenotypicfeatures are described, and their variation documented with data from a relevant set of representative strains. Furthermore,it is encouraged that information is provided on (5) nodulation or pathogenicity phenotypes, as appropriate, with relevantgene sequences. These guidelines supplement the current rules of general bacterial taxonomy, which require (6) a namethat conforms to the International Code of Nomenclature of Prokaryotes, (7) validation of the name by publication eitherdirectly in theInternational Journal of Systematic and Evolutionary Microbiologyor in a validation list when publishedelsewhere, and (8) deposition of the type strain in two international culture collections in separate countries
Published: 2019

22. Connaissances nécessaires à la gestion du risque 'écorces sensibles au nématode du pin'

Author: Castagnone-Sereno, Philippe, Jactel, Hervé, Reignault, Philippe, Balesdent, Marie-Hélène, Chauvel, Bruno, Desneux, Nicolas, Desprez Loustau, Marie-Laure, Escobar Gutiérrez, Abraham, Gentzbittel, Laurent, Le Bourgeois, Thomas, Nesme, Xavier, Silvie, Pierre, Steyer, Stéphan, Verheggen, François, Wetzel, Thierry, Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Agroécologie et Intensification Durables des cultures annuelles (UPR AIDA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), Unité Entomologie fonctionnelle et évolutive, Université de Liège, DLR Rheinpfalz, Institute of Plant Protection, Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail, Contrat : 2018-SA-103, Commanditaire : Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, Date de signature : 2018-04-23, and ProdInra, Archive Ouverte
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [SDV.SA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, lutte contre les nématodes, état de l'art, transmission, forestry tractors, copeau, expertise scientifique, insect vectors, méthode de transmission, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, Bursaphelenchus xylophilus, nematode control, vecteur de maladies, disease vector, nématode du pin, Monochamus galloprovincialis, insecte vecteur, matériel forestier, pathologie végétale, [SDV.BV.PEP] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, écorce
Abstract: Connaissances nécessaires à la gestion du risque "écorces sensibles au nématode du pin"
Published: 2018

23. Connaissances nécessaires à la gestion du risque ' écorces sensibles au nématode du pin

Author: Tassus, Xavier (ed.), Castagnone, Philippe, Jactel, Hervé, Reignault, Philippe, Balesdent, Marie-Hélène, Chauvel, Bruno, Desneux, Nicolas, Desprez-Loustau, Marie-Laure, Escobar-Gutièrrez, Abraham, Gentzbittel, Laurent, Le Bourgeois, Thomas, Nesme, Xavier, Silvie, Pierre, Steyer, Stéphan, Suffert, Frédéric, Verdin, Eric, Verheggen, François, and Wetzel, Thierry
Published: 2018

24. Risques et bénéfices relatifs des alternatives aux produits phytopharmaceutiques comportant des néonicotinoïdes

Author: Jactel, Hervé, Bonafos, Romain, DELORME, Robert, Thybaud, Eric, Thiery, Denis, Reignault, Philippe, Balesdent, Marie-Hélène, Castagnone, Philippe, Chauvel, Bruno, Desneux, Nicolas, Desprez Loustau, Marie-Laure, Escobar Gutiérrez, Abraham, Gentzbittel, Laurent, Le Bourgeois, Thomas, Nesme, Xavier, Silvie, Pierre, Steyer, Stéphan, Suffert, Frédéric, Verdier, Valérie, Verheggen, François, Wetzel, Thierry, Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Chercheur indépendant, Institut National de l'Environnement Industriel et des Risques (INERIS), Unité Mixte de Recherche en Santé Végétale (INRA/ENITA) (UMRSV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École Nationale d'Ingénieurs des Travaux Agricoles - Bordeaux (ENITAB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Agroécologie et Intensification Durables des cultures annuelles (UPR AIDA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), UMR Résistance des plantes aux bioagresseurs, Institut de Recherche pour le Développement (IRD [Bolivie]), Unité Entomologie fonctionnelle et évolutive, Université de Liège, DLR Rheinpfalz, Institute of Plant Protection, Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail, Contrat : 2016-SA-0057, Superviseur : Hervé JACTEL, Commanditaire : Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, and Date de signature : 2016-07-18
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, insecte pollinisateur, indicateurs de risque, néonicotinoïdes, état de l'art, public health, insecticide, expertise scientifique, environmental impact, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, santé publique, méthodes de lutte alternatives, organismes nuisibles, impact environnemental, organisme nuisible, lutte alternative, pests, évaluation économique
Abstract: Risques et bénéfices relatifs des alternatives aux produits phytopharmaceutiques comportant des néonicotinoïdes. Tome 1 – Rapport du groupe de travail Identification des alternatives aux usages autorisés des néonicotinoïdes
Published: 2018

25. Risques et bénéfices relatifs des alternatives aux produits phytopharmaceutiques comportant des néonicotinoïdes. Tome 1 – Rapport du groupe de travail Identification des alternatives aux usages autorisés des néonicotinoïdes

Author: Balesdent, Marie-Hélène, Castagnone, Philippe, Chauvel, Bruno, Desneux, Nicolas, Desprez-Loustau, Marie-Laure, Escobar-Gutièrrez, Abraham, Gentzbittel, Laurent, Jactel, Hervé, Le Bourgeois, Thomas, Nesme, Xavier, Silvie, Pierre, Steyer, Stéphan, Suffert, Frédéric, Verdier, Valérie, Verdin, Eric, Verheggen, François, and Wetzel, Thierry
Subjects: H01 - Protection des végétaux - Considérations générales, Pollinisateur, Lutte anti-insecte, Impact sur l'environnement, neonicotinoid insecticides [EN], Santé publique, Pesticide, Méthode alternative, P01 - Conservation de la nature et ressources foncières
Published: 2018

26. Risque phytosanitaire (ARP) portant sur Fusarium oxysporum f. sp. cubense (agent pathogène responsable de la maladie de Panama) pour les départements d'Outre-mer

Author: Balesdent, Marie-Hélène, Chilin Charles, Yolande, Makowski, David, Steinberg, Christian, Silvie, Pierre, Castagnone, Philippe, Chauvel, Bruno, Desneux, Nicolas, Desprez Loustau, Marie-Laure, Escobar Gutiérrez, Abraham, Gentzbittel, Laurent, Jactel, Hervé, Le Bourgeois, Thomas, Nesme, Xavier, Steyer, Stéphan, Suffert, Frédéric, Verheggen, François, Wetzel, Thierry, BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Mathématiques et Informatique Appliquées (MIA-Paris), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-AgroParisTech-Université Paris-Saclay, Agronomie, AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Agroécologie et Intensification Durables des cultures annuelles (UPR AIDA), Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), Unité Entomologie fonctionnelle et évolutive, Université de Liège, DLR Rheinpfalz, Institute of Plant Protection, Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail, Contrat : 2017-SA-0050, Commanditaire : Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, Date de signature : 2017-03-08, and ProdInra, Archive Ouverte
Subjects: Analyse de risque phytosanitaire, [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [SDV.SA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, outre mer français, état de l'art, risque économique, regulation, weed control methods, race tropicale 4, champignon phytopathogène, expertise scientifique, phytopathogenic fungus, banane, détection, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, Foc TR4, méthode de lutte, maladie de Panama, Fusarium oxysporum f. sp. cubense, réglementation, pathologie végétale, [SDV.BV.PEP] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, économie des filières
Abstract: Risque phytosanitaire (ARP) portant sur [i]Fusarium oxysporum[/i] f. sp.[u] cubense[/u] (agent pathogène responsable de la maladie de Panama) pour les départements d'Outre-mer
Published: 2018

27. Espèces hôtes dans le cadre de la lutte contre Phytophthora ramorum

Author: Desprez Loustau, Marie-Laure, Robin, Cécile, Ioos, Renaud, Marçais, Benoit, Pautasso, Marco, Le Bourgeois, Thomas, Balesdent, Marie-Hélène, Binet, Françoise, Biondi, Antonio, Castagnone-Sereno, Philippe, Clement, Christophe, Deberdt, Péninna, Desneux, Nicolas, Escobar Gutiérrez, Abraham, Gentzbittel, Laurent, Jactel, Hervé, Makowski, David, Monty, Arnaud, Navajas Navarro, Maria, Nesme, Xavier, Steyer, Stéphan, Verheggen, François, Wetzel, Thierry, Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Interactions Arbres-Microorganismes (IAM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lorraine (UL), European Food Safety Authority (EFSA), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Université de Catane, Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Agronomie, AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Liège, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), Unité Entomologie fonctionnelle et évolutive, DLR Rheinpfalz, Institute of Plant Protection, Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail, Contrat : 2017-SA-0259, Superviseur : Marie-Laure Deprez Loustau, Commanditaire : Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, Date de signature : 2017-12-26, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Università degli studi di Catania = University of Catania (Unict), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Toulouse (UT), Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Dienstleistungszentrum Ländlicher Raum DLR Rheinpfalz (DLR Rheinpfalz)
Subjects: risque phytosanitaire, [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, arbre forestier, Larix, champignon phytopathogène, expertise scientifique, forest tree, plant introduction, pépinières, mélèze, introduction de plantes, épidémiologie végétale, sensibilité, pathologie végétale, analyse de risques, programme d'éradication, zonage de risque, état de l'art, phytopathogenic fungus, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, outbreaks, France, réseau de surveillance, sensibilité aux maladies, épidémie, Phytophthora ramorum
Abstract: Espèces hôtes dans le cadre de la lutte contre [i]Phytophthora ramorum[/i]
Published: 2018

28. Comité d'experts spécialisé Risques biologiques pour la santé des végétaux Groupe de travail Charançon rouge du palmier 2

Author: Silvie, Pierre, Reignault, Philippe, Balesdent, Marie-Hélène, Castagnone, Philippe, Chauvel, Bruno, Desneux, Nicolas, Desprez-Loustau, Marie-Laure, Escobar-Gutièrrez, Abraham, Gentzbittel, Laurent, Jactel, Hervé, Le Bourgeois, Thomas, Nesme, Xavier, Steyer, Stéphan, and Suffert, Frédéric
Published: 2018

29. Stratégies de lutte contre le charançon rouge du palmier

Author: Silvie, Pierre, Reignault, Philippe, Balesdent, Marie-Hélène, Castagnone, Philippe, Chauvel, Bruno, Desneux, Nicolas, Desprez-Loustau, Marie-Laure, Escobar-Gutièrrez, Abraham, Gentzbittel, Laurent, Jactel, Hervé, Le Bourgeois, Thomas, Nesme, Xavier, Steyer, Stéphan, Suffert, Frédéric, Verdier, Valérie, Verdin, Eric, Verheggen, François, and Wetzel, Thierry
Subjects: Ravageur des plantes, Lutte anti-insecte, Arecaceae, H10 - Ravageurs des plantes, Rhynchophorus ferrugineus, Méthode de lutte, Curculionidae
Abstract: Deux situations dans la lutte contre le charançon rouge du palmier sont à prendre en considération : i) la situation de la zone dite " centre-atlantique "pour laquelle une éradication du CRP est possible et ii) la situation de la zone dite " méditerranéenne " pour laquelle la recherche d'une stabilisation des populations de CRP est envisageable mais demeure ambitieuse et coûteuse. Pour la zone " méditerranéenne ", l'alternative se présente de la manière suivante : i) stabiliser si possible la population de CRP en sachant que le coût sera élevé, et chercher à limiter son aire d'extension géographique ou ii) envisager de limiter la protection à certains palmiers notamment pour leur importance patrimoniale et de proposer des espèces végétales de remplacement pour les zones non protégées.
Published: 2018

30. Diversifying anaerobic respiration strategies to compete in the rhizosphere

Author: Lecomte, Solène, Achouak, Wafa, ABROUK, Danis, Heulin, Thierry, Nesme, Xavier, Haichar, Feth El Zahar, Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Biosciences et Biotechnologies d'Aix-Marseille (ex-IBEB) (BIAM), Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Laboratoire d'Ecologie Microbienne de la Rhizosphère et d'Environnements Extrêmes (LEMIRE), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), ANR [ANR-18-CE32-0005], ANR-18-CE32-0005,DIORE,Régulation de la dénitrification par la nature des exsudats racinaires(2018), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Aix Marseille Université (AMU)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), and ANR-18-CE32-0005,DIORE,Régulation de la dénitrification par la nature des exsudats racinaires
Subjects: lcsh:GE1-350, rhizosphere competence, fungi, adaptation, respiration anaérobie, anaerobic respiration, terminal electron acceptors, colonisation racinaire, rhizobacteria, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, root colonization, rhizosphère, rhizobactérie, lcsh:Environmental sciences, respiratory pathways
Abstract: The rhizosphere is the interface between plant roots and soil where intense, varied interactions between plants and microbes influence plants 'health and growth through their influence on biochemical cycles, such as the carbon, nitrogen, and iron cycles. The rhizosphere is also a changing environment where oxygen can be rapidly limited and anaerobic zones can be established. Microorganisms successfully colonize the rhizosphere when they possess specific traits referred to as rhizosphere competence. Anaerobic respiration flexibility contributes to the rhizosphere competence of microbes. Indeed, a wide range of compounds that are available in the rhizosphere can serve as alternative terminal electron acceptors during anaerobic respiration such as nitrates, iron, carbon compounds, sulfur, metalloids, and radionuclides. In the presence of multiple terminal electron acceptors in a complex environment such as the rhizosphere and in the absence of O-2, microorganisms will first use the most energetic option to sustain growth. Anaerobic respiration has been deeply studied, and the genes involved in anaerobic respiration have been identified. However, aqueous environment and paddy soils are the most studied environments for anaerobic respiration, even if we provide evidence in this review that anaerobic respiration also occurs in the plant rhizosphere. Indeed, we provide evidence by performing a BLAST analysis on metatranscriptomic data that genes involved in iron, sulfur, arsenate and selenate anaerobic respiration are expressed in the rhizosphere, underscoring that the rhizosphere environment is suitable for the establishment of anaerobic respiration. We thus focus this review on current research concerning the different types of anaerobic respiration that occur in the rhizosphere. We also discuss the flexibility of anaerobic respiration as a fundamental trait for the microbial colonization of roots, environmental and ecological adaptation, persistence and bioremediation in the rhizosphere. Anaerobic respiration appears to be a key process for the functioning of an ecosystem and interactions between plants and microbes.
Published: 2018

31. Réalisation d'une analyse de risques relative au houblon du Japon et élaboration de recommandations de gestion

Author: Monty, Arnaud, Albert, Arnaud, Fried, Guillaume, Silvie, Pierre, Balesdent, Marie-Hélène, Castagnone-Sereno, Philippe, Chauvel, Bruno, Desneux, Nicolas, Desprez Loustau, Marie-Laure, Escobar Gutiérrez, Abraham, Gentzbittel, Laurent, Jactel, Hervé, Le Bourgeois, Thomas, Nesme, Xavier, Steyer, Stéphan, Suffert, Frédéric, Verheggen, François, Wetzel, Thierry, Université de Liège, Agence Française de la Biodiversité, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Agroécologie et Intensification Durables des cultures annuelles (UPR AIDA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), Unité Entomologie fonctionnelle et évolutive, DLR Rheinpfalz, Institute of Plant Protection, Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du Travail, Contrat : 2016-SA-0091, Superviseur : Arnaud Monty, Commanditaire : Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, Date de signature : 2016-02-19, and ProdInra, Archive Ouverte
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [SDV.SA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, état de l'art, plante envahissante, Humulus japonicus, santé humaine, expertise scientifique, human health, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, [SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, stratégie de gestion, perte de rendement, union européenne, espèce exotique invasive, analyse de risque phytosanitaire, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Humulus scandens, impact sur la biodiversité, [SDV.BV.PEP] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy, houblon du japon
Abstract: Réalisation d'une analyse de risques relative au houblon du Japon et élaboration de recommandations de gestion
Published: 2018

32. Risque phytosanitaire portant sur Fusarium oxysporum f. sp. cubense pour les départements d'outre-mer

Author: Tassus, Xavier (ed.), Balesdent, Marie-Hélène, Chilin-Charles, Yolande, De Lapeyre de Bellaire, Luc, Makowski, David, Steinberg, Christian, Silvie, Pierre, Castagnone, Philippe, Chauvel, Bruno, Desneux, Nicolas, Desprez-Loustau, Marie-Laure, Escobar-Gutièrrez, Abraham, Gentzbittel, Laurent, Jactel, Hervé, Le Bourgeois, Thomas, Nesme, Xavier, Steyer, Stéphan, Suffert, Frédéric, Verdin, Eric, Verheggen, François, and Wetzel, Thierry
Subjects: Évaluation du risque, Musa, Fusarium oxysporum, Mesure phytosanitaire, H20 - Maladies des plantes
Published: 2018

33. Réalisation d'une analyse de risques relative au houblon du Japon et élaboration de recommandations de gestion

Author: Tassus, Xavier (ed.), Monty, Arnaud, Albert, Arnaud, Fried, Guillaume, Silvie, Pierre, Balesdent, Marie-Hélène, Castagnone, Philippe, Chauvel, Bruno, Desneux, Nicolas, Desprez-Loustau, Marie-Laure, Escobar-Gutièrrez, Abraham, Gentzbittel, Laurent, Jactel, Hervé, Le Bourgeois, Thomas, Nesme, Xavier, Steyer, Stéphan, Suffert, Frédéric, Verdin, Eric, Verheggen, François, and Wetzel, Thierry
Subjects: H01 - Protection des végétaux - Considérations générales, 000 - Autres thèmes, Risque, Santé publique, Réaction allergique, Mesure phytosanitaire, Humulus, Espèce envahissante
Published: 2018

34. Back to basics : Rethinking the diversity and pathogeny of the causal agent of Bacterial Leaf Spot of Lettuce

Author: Moriniere, Lucas, Burlet, Alexandre, Portier, Perrine, Lavire, Céline, Nesme, Xavier, Bertolla, Franck, Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Station d’Expérimentation Rhône-Alpes Information Légumes, SERAIL, Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.BV.PEP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Phytopathology and phytopharmacy
Abstract: International audience
Published: 2018
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35. Stratégies de lutte contre le charançon rouge du palmier

Author: Suffert, Frédéric, Escobar Gutiérrez, Abraham, Ollivier, Laurence, Rochat, Didier, Silvie, Pierre, Reignault, Philippe, Balesdent, Marie-Hélène, Castagnone-Sereno, Philippe, Chauvel, Bruno, Desneux, Nicolas, Desprez Loustau, Marie-Laure, Gentzbittel, Laurent, Jactel, Hervé, Le Bourgeois, Thomas, Nesme, Xavier, Steyer, Stéphan, Verdier, Valérie, Verheggen, François, Wetzel, Thierry, Binet, Françoise, Biondi, Antonio, Clément, Christophe, Deberdt, Péninna, Manceau, Charles, BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Institut d'écologie et des sciences de l'environnement de Paris (iEES), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO), Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Université de Liège, Dienstleistungszentren Landlicher Raum Rheinland-Pfalz (DLR), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Catania [Italy], Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), Anses, Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail, Contrat : 2017-SA-0137, Superviseur : Charles Manceau, Commanditaire : Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (France), Type de commande : Commande avec contrat/convention/lettre de saisine, Date de signature : 2017-05-30, ProdInra, Migration, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, [SDV.SA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, non chemical control method, biological control, méthode de lutte chimique, chemical control method, lutte biologique, control strategies, charançon rouge du palmier, palmier, Rhynchophorus ferrugineus, palm tree, bioagressor, Phoenix canariensis, red palm weevil, bio-agresseur, méthode de lutte non chimique, stratégies de lutte
Abstract: La communauté scientifique internationale (source : publication FAO d’avril 2017) s’accorde sur l’importance de la combinaison des mesures de lutte en fonction des niveaux d’infestation par le charançon rouge du palmier. Plusieurs mesures de lutte sont disponibles ou envisageables : assainissement mécanique, application d’insecticides à titre préventif ou curatif, piégeage de masse et biocontrôle (lutte biologique sensu stricto). Il est à noter que plusieurs expérimentations sur le biocontrôle sont en cours.Dans la perspective d’améliorer les stratégies de lutte contre le charançon rouge du palmier, il est demandé : 1) d’identifier les stratégies de lutte (en tant que combinaison de différentes méthodes de lutte) les plus pertinentes en fonction du niveau d’infestation et de l’objectif poursuivi (éradication/stabilisation de la population), 2) de proposer également des scénarios incluant les méthodes en cours de développement, des scénarios mobilisant uniquement des méthodes non chimiques ou de biocontrôle, et 3) de veiller d’une manière générale à identifier le cadre réglementaire dans lequel peuvent s’inscrire chacun d’entre eux.
Published: 2018

36. Diversifying anaerobic respiration strategies to compete in the rhizosphere

Author: Lecomte, Solène M., Achouak, Wafa, Abrouk, Danis, Heulin, Thierry, Nesme, Xavier, and Haichar, Feth-El-Zahar
Subjects: Biodiversity and Ecology, Biodiversité et Ecologie, rhizosphere competence, anaerobic respiration, terminal electron acceptors, respiratory pathways, rhizobacteria, root colonization, adaptation, fungi, colonisation racinaire, respiration anaérobie, rhizosphère, rhizobactérie
Abstract: The rhizosphere is the interface between plant roots and soil where intense, varied interactions between plants and microbes influence plants 'health and growth through their influence on biochemical cycles, such as the carbon, nitrogen, and iron cycles. The rhizosphere is also a changing environment where oxygen can be rapidly limited and anaerobic zones can be established. Microorganisms successfully colonize the rhizosphere when they possess specific traits referred to as rhizosphere competence. Anaerobic respiration flexibility contributes to the rhizosphere competence of microbes. Indeed, a wide range of compounds that are available in the rhizosphere can serve as alternative terminal electron acceptors during anaerobic respiration such as nitrates, iron, carbon compounds, sulfur, metalloids, and radionuclides. In the presence of multiple terminal electron acceptors in a complex environment such as the rhizosphere and in the absence of O-2, microorganisms will first use the most energetic option to sustain growth. Anaerobic respiration has been deeply studied, and the genes involved in anaerobic respiration have been identified. However, aqueous environment and paddy soils are the most studied environments for anaerobic respiration, even if we provide evidence in this review that anaerobic respiration also occurs in the plant rhizosphere. Indeed, we provide evidence by performing a BLAST analysis on metatranscriptomic data that genes involved in iron, sulfur, arsenate and selenate anaerobic respiration are expressed in the rhizosphere, underscoring that the rhizosphere environment is suitable for the establishment of anaerobic respiration. We thus focus this review on current research concerning the different types of anaerobic respiration that occur in the rhizosphere. We also discuss the flexibility of anaerobic respiration as a fundamental trait for the microbial colonization of roots, environmental and ecological adaptation, persistence and bioremediation in the rhizosphere. Anaerobic respiration appears to be a key process for the functioning of an ecosystem and interactions between plants and microbes.
Published: 2018

37. Minimal standards for the description of new genera and species of rhizobia and agrobacteria

Author: de Lajudie, Philippe M., primary, Andrews, Mitchell, additional, Ardley, Julie, additional, Eardly, Bertrand, additional, Jumas-Bilak, Estelle, additional, Kuzmanović, Nemanja, additional, Lassalle, Florent, additional, Lindström, Kristina, additional, Mhamdi, Ridha, additional, Martínez-Romero, Esperanza, additional, Moulin, Lionel, additional, Mousavi, Seyed Abdollah, additional, Nesme, Xavier, additional, Peix, Alvaro, additional, Puławska, Joanna, additional, Steenkamp, Emma, additional, Stępkowski, Tomasz, additional, Tian, Chang-Fu, additional, Vinuesa, Pablo, additional, Wei, Gehong, additional, Willems, Anne, additional, Zilli, Jerri, additional, and Young, Peter, additional
Published: 2019
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38. Agrobacterium fabrum C58 involved nitrate reductase NapA and antisense RNA NorR to denitrify.

Author: Lecomte, Solène, Nesme, Xavier, Franzino, Théophile, Villard, Camille, Pivard, Mariane, Vial, Ludovic, Doré, Jeanne, Hommais, Florence, and Haichar, Feth el Zahar
Subjects: *ANTISENSE RNA, *NITRATE reductase, *AGROBACTERIUM, *NON-coding RNA, *DENITRIFICATION, *PLANT roots
Abstract: Agrobacterium fabrum C58 is a plant-associated bacterium that is able to denitrify under anoxic conditions. The cluster of denitrification genes harbored by this strain has been well characterized. It includes nir and nor operons encoding nitrite and nitric oxide reductases, respectively. However, the reductase involved in nitrate reduction has not yet been studied and little information is available on denitrification regulators in A. fabrum C58. In this study, we aimed to (i) characterize the nitrate reductase, (ii) determine its role in A. fabrum C58 fitness and root colonization and (ii) reveal the contribution of small RNA on denitrification regulation. By constructing a mutant strain defective for napA , we demonstrated that the reduction of nitrate to nitrite was catalyzed by the periplasmic nitrate reductase, NapA. We evidenced a positive role of NapA in A. fabrum C58 fitness and suggested that A. fabrum C58 is able to use components exuded by plant roots to respire anaerobically. Here, we showed that NorR small RNA increased the level of norCBQ mRNA and a decrease of NorR is correlated with a decrease in N2O emission. Together, our results underscore the importance of understanding the denitrification pathway at the strain level in order to develop strategies to mitigate N2O production at the microbial community level. [ABSTRACT FROM AUTHOR]
Published: 2021
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39. Analyses de risque relative à l’ambroisie trifide (Ambrosia trifida L.) et élaboration de recommandations de gestion: Avis de l’Anses. Rapport d’expertise collective

Author: Le Bourgeois, Thomas, Chauvel, Bruno, Fried, Guillaume, Monty, Arnaud, Reignault, Philippe, Balesdent, Marie‐Hélène, Castagnone, Philippe, Desneux, Nicolas, Desprez Loustau, Marie-Laure, Escobar-Gutierrez, Abraham J., Gentzbittel, Laurent, Jactel, Hervé, Nesme, Xavier, Silvie, Pierre, Steyer, Stéphan, Suffert, Frédéric, Verdier, Valerie, Verheggen, Francois, Wetzel, Thierry, Tassus, Xavier, AIGUEPERSE, Marie, Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Laboratoire de santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Université de Liège, Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de Physiologie et Biotechnologies Végétales (LPBV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Agroécologie et Intensification Durables des cultures annuelles (UPR AIDA), Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Université de Liège - Gembloux, Dienstleistungszentrum Ländlicher Raum (DLR), Institut für Phytomedizin, Université d'Angers (UA), and Agence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation de l’Environnement et du Travail
Subjects: Ambroisie trifide, Expertise collective, Pest risk assessment, Ragweed, [SDE]Environmental Sciences, Policy making, risk assessment, Ambrosia trifida, MESH: Ambrosia, Ambrosia, Analyse de risque
Abstract: Le 22 octobre 2014, le Parlement européen et le Conseil ont publié un règlement relatif à la prévention et à la gestion de l'introduction et de la propagation des espèces exotiques envahissantes (EEE). Ce règlement prévoit, en particulier àson article 19, que les États membres mettent en place des mesures efficaces de gestion vis-à-vis d'une liste d'EEE dites préoccupantes pour l'Union Européenne (UE) qui, selon l'article 4, doit être adoptée, par voie d'actes d'exécution, par la Commission européenne début 2016. Cette liste sera régulièrement révisée. Ainsi l'inscription d'une espèce dans cette liste se traduira par la mise en place d'actions de prévention et de lutte coordonnées entre les différents États membres de l'Union européenne, visant à réduire les impacts négatifs de ces espèces en premier lieu sur la biodiversité et les services écosystémiques ainsi que d'autres impacts négatifs éventuels dans le cas de certaines EEE pouvant entraîner des impacts sur la santé humaine et/ou des impacts économiques. Pour toutes les espèces qui seront proposées pour la future liste susmentionnée, la Commission européenne doit disposer d'une analyse de risques respectant 14 normes qu'eIle a fixées dans le rapport « invasive alien species -framework forthe identification of invasive alien species of EU concern. ENV.B.2/ETU/2013/0026 ››, ainsi que 5 critères définis à l'articIe 4 du règlement. Pour un certain nombre d'espèces listées dans le rapport suscité, des analyses de risques sont déjà disponibles. Pour celles n'y figurant pas et qu'un État membre souhaiterait voir proposer dans le cadre de la révision régulière de la liste (cf. Article 4), une analyse de risque est à fournir à la Commission européenne.Parmi les espèces végétales du genre Ambrosiaprésentes en France, plusieurs constituent des espèces exotiques envahissantes à impact potentiel pour la santé puisqu'elles émettent un pollen hautement allergisant pour l'homme. C'est le cas en particulier de l'ambroisie à feuilles d'armoise (Ambrosia artemisiifoliaL.), de l'ambroisie trifide (Ambrosia trifidaL.) et de l'ambroisie à épis lisses (Ambrosia psilostachyaDC.). Si pour l'ambroisie à feuilles d'armoise (Ambrosia artemisiifoliaL.), une analyse de risques est disponible dans le rapport susmentionné, tel n'est pas le cas pour l'ambroisie trifide.L'ambroisie trifide est également une adventice des cultures des plus difficiles à gérer dans sa zone d'origine, sa taille et son cycle de végétation induisant une concurrence forte avec la végétation en place. Elle a fait l'objet d'une fiche d'alerte de l'Anses en 2013 et les observations confirment son implantation en Midi-Pyrénées, sur des périmètres permettant encore d'envisager son contrôle.Par ailleurs, cette espèce est visée par plusieurs actionsdu 3èmeplan national santé-environnement (PNSE 3), en particulier l'action n°11 visant à mieux évaluer l'exposition à l'ambroisie et surveiller son expansion géographique, et l'action n°12 qui a notamment pour objectif de renforcer et de coordonner la gestion des espèces végétales et animales dont la prolifération peut être nuisible à la santé publique.Dans ce contexte et afin de pouvoir proposer également cette ambroisie lors d'une prochaine révision de la liste européenne susmentionnée, une analyse de risque concernant A. trifidasera réalisée en considérant comme aire géographique l'ensemble du territoire de l'Union européenne. Cette analyse de risques comprendra à la fois un volet évaluation des risques incluant les impacts sur la santé humaine et leseffets du changement climatique dans un avenir prévisible, et un volet gestion des risques, en suivant la méthodologie préconisée par la Commission européenne dans le cadre du règlement européen susmentionné.Afin de mettre en œuvre l'action n°12 du PNSE 3, l’expertise fournira également des recommandations visant à renforcer la gestion de cette espèce en France et améliorer la coordination des actions de gestion déjà mises en œuvre sur notre territoire.
Published: 2017

40. Demande d’avis relatif à la réalisation d’une analyse de risques relative à l’ambroisie trifide (Ambrosia trifida L.) et pour l’élaboration de recommandation de gestion: Avis de l’Anses. Rapport d’expertise collective

Author: Le Bourgeois, Thomas, Chauvel, Bruno, Fried, Guillaume, Monty, Arnaud, Rossi, Jean-Pierre, Reignault, Philippe, Balesdent, Marie‐hélène, Castagnone, Philippe, Desneux, Nicolas, Desprez Loustau, Marie-Laure, Escobar-Gutierrez, Abraham J., Gentzbittel, Laurent, Jactel, Hervé, Nesme, Xavier, Silvie, Pierre, Steyer, Stéphan, Suffert, Frédéric, Verdier, Valerie, Verheggen, Francois, Wetzel, Thierry, Tassus, Xavier, Aigueperse, Marie, Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Laboratoire de santé des végétaux (LSV Angers), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Université de Liège, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO), Unité de Chimie Environnementale et Interactions sur le Vivant (UCEIV), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Physiologie et Biotechnologies Végétales (LPBV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Agroécologie et Intensification Durables des cultures annuelles (UPR AIDA), Centre Wallon de Recherches Agronomiques (CRA-W), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Université de Liège - Gembloux, Dienstleistungszentrum Ländlicher Raum (DLR), Institut für Phytomedizin, Université d'Angers (UA), and Anses
Subjects: Ambroisie trifide, Pest risk assessment, [SDE]Environmental Sciences, Ambrosia trifida, MESH: Ambrosia, Ambrosia, Analyse de risque, Giant ragweed
Abstract: Le 22 octobre 2014, le Parlement européen et le Conseil ont publié un règlement relatif à la prévention et à la gestion de l'introduction et de la propagation des espèces exotiques envahissantes (EEE). Ce règlement prévoit, en particulier àson article 19, que les États membres mettent en place des mesures efficaces de gestion vis-à-vis d'une liste d'EEE dites préoccupantes pour l'Union Européenne (UE) qui, selon l'article 4, doit être adoptée, par voie d'actes d'exécution, par la Commission européenne début 2016. Cette liste sera régulièrement révisée. Ainsi l'inscription d'une espèce dans cette liste se traduira par la mise en place d'actions de prévention et de lutte coordonnées entre les différents États membres de l'Union européenne, visant à réduire les impacts négatifs de ces espèces en premier lieu sur la biodiversité et les services écosystémiques ainsi que d'autres impacts négatifs éventuels dans le cas de certaines EEE pouvant entraîner des impacts sur la santé humaine et/ou des impacts économiques. Pour toutes les espèces qui seront proposées pour la future liste susmentionnée, la Commission européenne doit disposer d'une analyse de risques respectant 14 normes qu'eIle a fixées dans le rapport « invasive alien species -framework forthe identification of invasive alien species of EU concern. ENV.B.2/ETU/2013/0026 ››, ainsi que 5 critères définis à l'articIe 4 du règlement. Pour un certain nombre d'espèces listées dans le rapport suscité, des analyses de risques sont déjà disponibles. Pour celles n'y figurant pas et qu'un État membre souhaiterait voir proposer dans le cadre de la révision régulière de la liste (cf. Article 4), une analyse de risque est à fournir à la Commission européenne. Parmi les espèces végétales du genre Ambrosiaprésentes en France, plusieurs constituent des espèces exotiques envahissantes à impact potentiel pour la santé puisqu'elles émettent un pollen hautement allergisant pour l'homme. C'est le cas en particulier de l'ambroisie à feuilles d'armoise (Ambrosia artemisiifoliaL.), de l'ambroisie trifide (Ambrosia trifidaL.) et de l'ambroisie à épis lisses (Ambrosia psilostachya DC.). Si pour l'ambroisie à feuilles d'armoise (Ambrosia artemisiifoliaL.), une analyse de risques est disponible dans le rapport susmentionné, tel n'est pas le cas pour l'ambroisie trifide.L'ambroisie trifide est également une adventice des cultures des plus difficiles à gérer dans sa zone d'origine, sa taille et son cycle de végétation induisant une concurrence forte avec la végétation en place. Elle a fait l'objet d'une fiche d'alerte de l'Anses en 2013 et les observations confirment son implantation en Midi-Pyrénées, sur des périmètres permettant encore d'envisager son contrôle.Par ailleurs, cette espèce est visée par plusieurs actions du 3ème plan national santé-environnement (PNSE 3), en particulier l'action n°11 visant à mieux évaluer l'exposition à l'ambroisie et surveiller son expansion géographique, et l'action n°12 qui a notamment pour objectif de renforcer et de coordonner la gestion des espèces végétales et animales dont la prolifération peut être nuisible à la santé publique..
Published: 2017

41. Analyses de risque relative à l’ambroisie trifide (Ambrosia trifida L.) et élaboration de recommandations de gestion. Avis de l’Anses Saisine n° «2016-SA-0090». Rapport d’expertise collective

Author: LE BOURGEOIS, Thomas, CHAUVEL, Bruno, FRIED, Guillaume, MONTY, Arnaud, REIGNAULT, Philippe, BALESDENT, Marie‐Hélène, CASTAGNONE, Philippe, DESNEUX, Nicolas, DESPREZ LOUSTAU, Marie-Laure, ESCOBAR-GUTIERREZ, Abraham J., GENTZBITTEL, Laurent, JACTEL, Hervé, NESME, Xavier, SILVIE, Pierre, STEYER, Stéphan, SUFFERT, Frédéric, VERDIER, Valerie, VERHEGGEN, Francois, WETZEL, Thierry, TASSUS, Xavier, and AIGUEPERSE, Marie
Subjects: Ambroisie trifide, Expertise collective, Ambrosia trifida, Analyse de risque
Published: 2017

42. Analyses de risque relative à l’ambroisie trifide (Ambrosia trifida L.) et élaboration de recommandations de gestion

Author: Le Bourgeois, Thomas, Chauvel, Bruno, Fried, Guillaume, Monty, Arnaud, Rossi, Jean-Pierre, Reignault, Philippe, Balesdent, Marie‐hélène, Castagnone, Philippe, Desneux, Nicolas, Desprez Loustau, Marie-Laure, Escobar-Gutierrez, Abraham J., Gentzbittel, Laurent, Jactel, Hervé, Nesme, Xavier, Silvie, Pierre, Steyer, Stéphan, Suffert, Frédéric, Verdier, Valerie, Verheggen, Francois, Wetzel, Thierry, Tassus, Xavier, Aigueperse, Marie, and EL Mjiyad, Noureddine
Subjects: Ambroisie trifide, [SDE] Environmental Sciences, Pest risk assessment, Ambrosia trifida, Ambrosia, Analyse de risque, Giant ragweed
Abstract: Le 22 octobre 2014, le Parlement européen et le Conseil ont publié un règlement relatif à la prévention et à la gestion de l'introduction et de la propagation des espèces exotiques envahissantes (EEE). Ce règlement prévoit, en particulier àson article 19, que les États membres mettent en place des mesures efficaces de gestion vis-à-vis d'une liste d'EEE dites préoccupantes pour l'Union Européenne (UE) qui, selon l'article 4, doit être adoptée, par voie d'actes d'exécution, par la Commission européenne début 2016. Cette liste sera régulièrement révisée. Ainsi l'inscription d'une espèce dans cette liste se traduira par la mise en place d'actions de prévention et de lutte coordonnées entre les différents États membres de l'Union européenne, visant à réduire les impacts négatifs de ces espèces en premier lieu sur la biodiversité et les services écosystémiques ainsi que d'autres impacts négatifs éventuels dans le cas de certaines EEE pouvant entraîner des impacts sur la santé humaine et/ou des impacts économiques. Pour toutes les espèces qui seront proposées pour la future liste susmentionnée, la Commission européenne doit disposer d'une analyse de risques respectant 14 normes qu'eIle a fixées dans le rapport « invasive alien species -framework forthe identification of invasive alien species of EU concern. ENV.B.2/ETU/2013/0026 ››, ainsi que 5 critères définis à l'articIe 4 du règlement. Pour un certain nombre d'espèces listées dans le rapport suscité, des analyses de risques sont déjà disponibles. Pour celles n'y figurant pas et qu'un État membre souhaiterait voir proposer dans le cadre de la révision régulière de la liste (cf. Article 4), une analyse de risque est à fournir à la Commission européenne. Parmi les espèces végétales du genre Ambrosiaprésentes en France, plusieurs constituent des espèces exotiques envahissantes à impact potentiel pour la santé puisqu'elles émettent un pollen hautement allergisant pour l'homme. C'est le cas en particulier de l'ambroisie à feuilles d'armoise (Ambrosia artemisiifoliaL.), de l'ambroisie trifide (Ambrosia trifidaL.) et de l'ambroisie à épis lisses (Ambrosia psilostachya DC.). Si pour l'ambroisie à feuilles d'armoise (Ambrosia artemisiifoliaL.), une analyse de risques est disponible dans le rapport susmentionné, tel n'est pas le cas pour l'ambroisie trifide.L'ambroisie trifide est également une adventice des cultures des plus difficiles à gérer dans sa zone d'origine, sa taille et son cycle de végétation induisant une concurrence forte avec la végétation en place. Elle a fait l'objet d'une fiche d'alerte de l'Anses en 2013 et les observations confirment son implantation en Midi-Pyrénées, sur des périmètres permettant encore d'envisager son contrôle.Par ailleurs, cette espèce est visée par plusieurs actions du 3ème plan national santé-environnement (PNSE 3), en particulier l'action n°11 visant à mieux évaluer l'exposition à l'ambroisie et surveiller son expansion géographique, et l'action n°12 qui a notamment pour objectif de renforcer et de coordonner la gestion des espèces végétales et animales dont la prolifération peut être nuisible à la santé publique..
Published: 2017

43. Demande d’avis relatif à la réalisation d’une analyse de risques relative à l’ambroisie trifide (Ambrosia trifida L.) et pour l’élaboration de recommandation de gestion

Author: Le Bourgeois, Thomas, Chauvel, Bruno, Fried, Guillaume, Monty, Arnaud, Rossi, Jean-Pierre, Reignault, Philippe, Balesdent, Marie‐hélène, Castagnone-Sereno, Philippe, Desneux, Nicolas, Desprez Loustau, Marie-Laure, Escobar-Gutierrez, Abraham J., Gentzbittel, Laurent, Jactel, Hervé, Nesme, Xavier, Silvie, Pierre, Steyer, Stéphan, Suffert, Frédéric, Verdier, Valerie, Verheggen, Francois, Wetzel, Thierry, Tassus, Xavier, Aigueperse, Marie, and EL Mjiyad, Noureddine
Subjects: Ambroisie trifide, [SDE] Environmental Sciences, Pest risk assessment, Ambrosia trifida, Ambrosia, Analyse de risque, Giant ragweed
Abstract: Le 22 octobre 2014, le Parlement européen et le Conseil ont publié un règlement relatif à la prévention et à la gestion de l'introduction et de la propagation des espèces exotiques envahissantes (EEE). Ce règlement prévoit, en particulier àson article 19, que les États membres mettent en place des mesures efficaces de gestion vis-à-vis d'une liste d'EEE dites préoccupantes pour l'Union Européenne (UE) qui, selon l'article 4, doit être adoptée, par voie d'actes d'exécution, par la Commission européenne début 2016. Cette liste sera régulièrement révisée. Ainsi l'inscription d'une espèce dans cette liste se traduira par la mise en place d'actions de prévention et de lutte coordonnées entre les différents États membres de l'Union européenne, visant à réduire les impacts négatifs de ces espèces en premier lieu sur la biodiversité et les services écosystémiques ainsi que d'autres impacts négatifs éventuels dans le cas de certaines EEE pouvant entraîner des impacts sur la santé humaine et/ou des impacts économiques. Pour toutes les espèces qui seront proposées pour la future liste susmentionnée, la Commission européenne doit disposer d'une analyse de risques respectant 14 normes qu'eIle a fixées dans le rapport « invasive alien species -framework forthe identification of invasive alien species of EU concern. ENV.B.2/ETU/2013/0026 ››, ainsi que 5 critères définis à l'articIe 4 du règlement. Pour un certain nombre d'espèces listées dans le rapport suscité, des analyses de risques sont déjà disponibles. Pour celles n'y figurant pas et qu'un État membre souhaiterait voir proposer dans le cadre de la révision régulière de la liste (cf. Article 4), une analyse de risque est à fournir à la Commission européenne. Parmi les espèces végétales du genre Ambrosiaprésentes en France, plusieurs constituent des espèces exotiques envahissantes à impact potentiel pour la santé puisqu'elles émettent un pollen hautement allergisant pour l'homme. C'est le cas en particulier de l'ambroisie à feuilles d'armoise (Ambrosia artemisiifoliaL.), de l'ambroisie trifide (Ambrosia trifidaL.) et de l'ambroisie à épis lisses (Ambrosia psilostachya DC.). Si pour l'ambroisie à feuilles d'armoise (Ambrosia artemisiifoliaL.), une analyse de risques est disponible dans le rapport susmentionné, tel n'est pas le cas pour l'ambroisie trifide.L'ambroisie trifide est également une adventice des cultures des plus difficiles à gérer dans sa zone d'origine, sa taille et son cycle de végétation induisant une concurrence forte avec la végétation en place. Elle a fait l'objet d'une fiche d'alerte de l'Anses en 2013 et les observations confirment son implantation en Midi-Pyrénées, sur des périmètres permettant encore d'envisager son contrôle.Par ailleurs, cette espèce est visée par plusieurs actions du 3ème plan national santé-environnement (PNSE 3), en particulier l'action n°11 visant à mieux évaluer l'exposition à l'ambroisie et surveiller son expansion géographique, et l'action n°12 qui a notamment pour objectif de renforcer et de coordonner la gestion des espèces végétales et animales dont la prolifération peut être nuisible à la santé publique..
Published: 2017

44. Évaluation de démarches collectives engagées contre le charançon rouge du palmier par la Communauté Var-Esterel-Méditerranée (CAVEM). Avis de l'Anses : rapport d'expertise collective (Saisine n°2017-SA-0035)

Author: Suffert, Frédéric, Escobar-Gutiérrez, Abraham, Ollivier, Laurence, Rochat, Didier, Reignault, Philippe, Balesdent, Marie-Hélène, Castagnone-Sereno, Philippe, Chauvel, Bruno, Desneux, Nicolas, Desprez Loustau, Marie-Laure, Gentzbittel, Laurent, Jactel, Hervé, Le Bourgeois, Thomas, Nesme, Xavier, Silvie, Pierre, Steyer, Stéphan, Verdier, Valérie, Verheggen, François, Wetzel, Thierry, Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (P3F), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Bioagresseurs, analyse et maîtrise du risque (UPR Bioagresseurs), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Évolution, génomes, comportement et écologie (EGCE), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-IRD-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Agroécologie et Intensification Durables des cultures annuelles (UPR AIDA), UMR - Interactions Plantes Microorganismes Environnement (UMR IPME), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), and ANSES
Subjects: [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, palm tree, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, FRANCE, Rynchophorus ferrugineus, palmier, benzoate d'émactine, emamectin benzoate
Published: 2017

45. Agrobacterium rosae sp. nov., isolated from galls on different agricultural crops

Author: Kuzmanović, Nemanja, primary, Puławska, Joanna, additional, Smalla, Kornelia, additional, and Nesme, Xavier, additional
Published: 2018
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46. Ancestral Genome Estimation Reveals the History of Ecological Diversification in Agrobacterium

Author: Lassalle, Florent, primary, Planel, Rémi, additional, Penel, Simon, additional, Chapulliot, David, additional, Barbe, Valérie, additional, Dubost, Audrey, additional, Calteau, Alexandra, additional, Vallenet, David, additional, Mornico, Damien, additional, Bigot, Thomas, additional, Guéguen, Laurent, additional, Vial, Ludovic, additional, Muller, Daniel, additional, Daubin, Vincent, additional, and Nesme, Xavier, additional
Published: 2017
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47. Tomato root microbiota and Phytophthora parasitica-associated disease

Author: Larousse, Marie, primary, Rancurel, Corinne, additional, Syska, Camille, additional, Palero, Ferran, additional, Etienne, Catherine, additional, Industri, Benoît, additional, Nesme, Xavier, additional, Bardin, Marc, additional, and Galiana, Eric, additional
Published: 2017
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48. Small RNA deep-sequencing analyses reveal a new regulator of virulence in Agrobacterium fabrum C58

Author: Dequivre, Magali, Diel, Benjamin, Villard, Camille, Sismeiro, Odile, Durot, Maxime, Coppée, Jean-Yves, Nesme, Xavier, VIAL, Ludovic, Hommais, Florence, Microbiologie, adaptation et pathogénie (MAP), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Transcriptome et Epigénome (PF2), Institut Pasteur [Paris] (IP), Génomique métabolique (UMR 8030), Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This study was supported by the EcoGenome project of the French Agence Nationale de la Recherche [grant number ANR-BLAN-08-0090], PEPS INSB and PEPII INSB-INEE-INSMI-INS2I ' Bio-Math-Info' funding from the Centre National de la Recherche Scientifique. M. Dequivre received a doctoral grant from the French Ministère de l’Education nationale de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche, Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), Institut Pasteur [Paris], Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes (UMR CMAEE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Chromatine et Régulation de la Pathogénie bactérienne (CRP), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Microbiologie, adaptation et pathogénie ( MAP ), Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon ( INSA Lyon ), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Institut National des Sciences Appliquées ( INSA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Ecologie microbienne ( EM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon ( ENVL ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -VetAgro Sup ( VAS ), Transcriptome et Epigénome ( PF2 ), Génomique métabolique ( UMR 8030 ), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ) -Université d'Évry-Val-d'Essonne ( UEVE ) -Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon, Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [ SDV.BV ] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Base Sequence, Virulence, Sequence Analysis, RNA, [SDV]Life Sciences [q-bio], Molecular Sequence Data, Agrobacterium, High-Throughput Nucleotide Sequencing, Gene Expression Regulation, Bacterial, Sequence Analysis, DNA, RNA, Bacterial, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [ INFO.INFO-BI ] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], RNA, Small Untranslated, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, RNA, Messenger, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], Transcriptome, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Gene Library, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract: Novel ways of regulating Ti plasmid functions were investigated by studying small RNAs (sRNAs) that are known to act as posttranscriptional regulators in plant pathogenic bacteria. sRNA-seq analyses of Agrobacterium fabrum C58 allowed us to identify 1,108 small transcripts expressed in several growth conditions that could be sRNAs. A quarter of them were confirmed by bioinformatics or by biological experiments. Antisense RNAs represent 24% of the candidates and they are over-represented on the pTi (with 62% of pTi sRNAs), suggesting differences in the regulatory mechanisms between the essential and accessory replicons. Moreover, a large number of these pTi antisense RNAs are transcribed opposite to those genes involved in virulence. Others are 5′- and 3′-untranslated region RNAs and trans-encoded RNAs. We have validated, by rapid amplification of cDNA ends polymerase chain reaction, the transcription of 14 trans-encoded RNAs, among which RNA1111 is expressed from the pTiC58. Its deletion decreased the aggressiveness of A. fabrum C58 on tomatoes, tobaccos, and kalanchoe, suggesting that this sRNA activates virulence. The identification of its putative target mRNAs (6b gene, virC2, virD3, and traA) suggests that this sRNA may coordinate two of the major pTi functions, the infection of plants and its dissemination among bacteria.
Published: 2015

49. Coordinated Regulation of Species-Specific Hydroxycinnamic Acid Degradation and Siderophore Biosynthesis Pathways in Agrobacterium fabrum

Author: Baude, Jessica, primary, Vial, Ludovic, additional, Villard, Camille, additional, Campillo, Tony, additional, Lavire, Céline, additional, Nesme, Xavier, additional, and Hommais, Florence, additional
Published: 2016
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50. Ancestral genome estimation reveals the history of ecological diversification in Agrobacterium

Author: Lassalle, Florent, primary, Planel, Rémi, additional, Penel, Simon, additional, Chapulliot, David, additional, Barbe, Valérie, additional, Dubost, Audrey, additional, Calteau, Alexandra, additional, Vallenet, David, additional, Mornico, Damien, additional, Bigot, Thomas, additional, Guéguen, Laurent, additional, Vial, Ludovic, additional, Muller, Daniel, additional, Daubin, Vincent, additional, and Nesme, Xavier, additional
Published: 2015
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